Tetrakis(trimethylsilyloxy)silane for nanostructured SiO2-like films deposited by PECVD at atmospheric pressure

We performed the thin films deposition using atmospheric pressure plasma enhanced chemical vapour deposition (AP-PECVD) by means of a radiofrequency and a microwave plasma jets operating with mixtures of argon and tetrakis(trimethylsilyloxy)silane (TTMS)

The androgen receptor controls expression of the cancer-associated sTn antigen and cell adhesion through induction of ST6GalNAc1 in prostate cancer

Patterns of glycosylation are important in cancer, but the molecular mechanisms that drive changes are often poorly understood. The androgen receptor drives prostate cancer (PCa) development and progression to lethal metastatic castration-resistant disease. Here we used RNA-Seq coupled with bioinformatic analyses of androgen-receptor (AR) binding sites and clinical PCa expression array data to identify ST6GalNAc1 as a direct and rapidly activated target gene of the AR in PCa cells. ST6GalNAc1 encodes a sialytransferase that catalyses formation of the cancer-associated sialyl-Tn antigen (sTn), which we find is also induced by androgen exposure. Androgens induce expression of a novel splice variant of the ST6GalNAc1 protein in PCa cells. This splice variant encodes a shorter protein isoform that is still fully functional as a sialyltransferase and able to induce expression of the sTn-antigen. Surprisingly, given its high expression in tumours, stable expression of ST6GalNAc1 in PCa cells reduced formation of stable tumours in mice, reduced cell adhesion and induced a switch towards a more mesenchymal-like cell phenotype in vitro. ST6GalNAc1 has a dynamic expression pattern in clinical datasets, beingsignificantly up-regulated in primary prostate carcinoma but relatively down-regulated in established metastatic tissue. ST6GalNAc1 is frequently upregulated concurrently with another important glycosylation enzyme GCNT1 previously associated with prostate cancer progression and implicated in Sialyl Lewis X antigen synthesis. Together our data establishes an androgen-dependent mechanism for sTn antigen expression in PCa, and are consistent with a general role for the androgen receptor in driving important coordinate changes to the glycoproteome during PCa progression

A comprehensive assessment of somatic mutation detection in cancer using whole-genome sequencing.

As whole-genome sequencing for cancer genome analysis becomes a clinical tool, a full understanding of the variables affecting sequencing analysis output is required. Here using tumour-normal sample pairs from two different types of cancer, chronic lymphocytic leukaemia and medulloblastoma, we conduct a benchmarking exercise within the context of the International Cancer Genome Consortium. We compare sequencing methods, analysis pipelines and validation methods. We show that using PCR-free methods and increasing sequencing depth to ∼ 100 × shows benefits, as long as the tumour:control coverage ratio remains balanced. We observe widely varying mutation call rates and low concordance among analysis pipelines, reflecting the artefact-prone nature of the raw data and lack of standards for dealing with the artefacts. However, we show that, using the benchmark mutation set we have created, many issues are in fact easy to remedy and have an immediate positive impact on mutation detection accuracy.We thank the DKFZ Genomics and Proteomics Core Facility and the OICR Genome Technologies Platform for provision of sequencing services. Financial support was provided by the consortium projects READNA under grant agreement FP7 Health-F4-2008-201418, ESGI under grant agreement 262055, GEUVADIS under grant agreement 261123 of the European Commission Framework Programme 7, ICGC-CLL through the Spanish Ministry of Science and Innovation (MICINN), the Instituto de Salud Carlos III (ISCIII) and the Generalitat de Catalunya. Additional financial support was provided by the PedBrain Tumor Project contributing to the International Cancer Genome Consortium, funded by German Cancer Aid (109252) and by the German Federal Ministry of Education and Research (BMBF, grants #01KU1201A, MedSys #0315416C and NGFNplus #01GS0883; the Ontario Institute for Cancer Research to PCB and JDM through funding provided by the Government of Ontario, Ministry of Research and Innovation; Genome Canada; the Canada Foundation for Innovation and Prostate Cancer Canada with funding from the Movember Foundation (PCB). PCB was also supported by a Terry Fox Research Institute New Investigator Award, a CIHR New Investigator Award and a Genome Canada Large-Scale Applied Project Contract. The Synergie Lyon Cancer platform has received support from the French National Institute of Cancer (INCa) and from the ABS4NGS ANR project (ANR-11-BINF-0001-06). The ICGC RIKEN study was supported partially by RIKEN President’s Fund 2011, and the supercomputing resource for the RIKEN study was provided by the Human Genome Center, University of Tokyo. MDE, LB, AGL and CLA were supported by Cancer Research UK, the University of Cambridge and Hutchison-Whampoa Limited. SD is supported by the Torres Quevedo subprogram (MI CINN) under grant agreement PTQ-12-05391. EH is supported by the Research Council of Norway under grant agreements 221580 and 218241 and by the Norwegian Cancer Society under grant agreement 71220-PR-2006-0433. Very special thanks go to Jennifer Jennings for administrating the activity of the ICGC Verification Working Group and Anna Borrell for administrative support.This is the final version of the article. It first appeared from Nature Publishing Group via http://dx.doi.org/10.1038/ncomms1000

Helsingin hotellien kannattavuuden kehittäminen benchmarkkauksen avulla

Opintojemme aikana tutustuimme kolmeen toimintamalliin, joiden näimme olevan sidoksissa katetuottolaskennan kolmeen osa-alueeseen: myynnin lisäämiseen, katteen parantamiseen ja kiinteiden kustannusten alentamiseen. Yksi toimintamalleista oli lentoyhtiöiden käytössä, toi-nen osa kansainvälistä kehitysprojektia ja kolmas oli käytössä hotelleissa Suomen ulkopuolel-la. Huomasimme, ettei mitään näistä toimintamalleista oltu vielä hyödynnetty Helsingin alueen hotelleissa, minkä vuoksi päätimme lähteä tutkimaan opinnäytetyössämme niiden soveltu-vuutta kyseisen alueen toimipaikoissa. Tämän opinnäytetyön tavoitteena on benchmarkkauksen avulla tuoda esille toimintatapoja, joilla uskomme olevan vaikutusta kannattavuuden paranemiseen Helsingin hotelleissa. Tavoitteena on selvittää, kuinka toimivina Helsingin alueen hotellien ylin johto ne näkee. Työn tietoperustassa perehdytään toimintaympäristön nykytilaan ja käsitellään kannattavuuteen liittyvät keskeisimmät asiat. Kannattavuuden parantamisen osalta työ on rajattu koskemaan myynnin lisäämistä, myyntihinnan korotusta ja kiinteiden kustannusten pienentämistä. Osana tietoperustaa esitellään benchmarkkauksen kohteena olevat toimintamallit, jotka ovat The Plusgrade –sovellusalusta, Geneva Transport Card ja automatisoitu sisäänkirjautuminen. Opinnäytetyön tutkimusongelma on, voidaanko Helsingin hotellien kannattavuutta parantaa tässä opinnäytetyössä esitettyjen benchmarkattujen toimintamallien avulla. Tutkimusongelma on täsmennetty vielä alaongelmiksi. Niiden avulla pyritään löytämään vastaus siihen, kuinka toimiviksi nämä toimintatavat tutkimukseen osallistuneissa hotelleissa nähdään. Lisäksi selvitetään, miksi toimintatavat eivät toimisi tutkimukseen osallistuneissa hotelleissa ja mitä haasteita toimintatapoihin liittyy. Tutkimusstrategiaksi tässä työssä valikoitui kvalitatiivinen tutkimus ja sen tutkimusmetodiksi teemahaastattelu. Tutkimusta varten haastateltiin viittä Helsingin alueella toimivaa hotellinjohtajaa. Haastattelut tehtiin helmi-maaliskuussa vuonna 2016. Tutkimustuloksista ilmeni, että The Plusgrade -sovellusalustaa voitaisiin hyödyntää lähes ainoastaan kausiluontoisesti eikä sen kannattavuudesta oltu varmoja. Geneva Transport Card sai varovaisimman vastaanoton, koska sille ei nähty varsinaista tarvetta, rahoitus olisi haastavaa ja käyttöönotto edellyttäisi laajaa yhteistyötä eri toimijoiden välillä. Automatisoitu sisäänkirjautuminen sen sijaan kiinnosti haastateltavia eniten kaikesta kolmesta toimintamallista, sillä kyseessä on lähitulevaisuudessa tapahtuva muutos