Estimativa das idades das árvores numa floresta natural invadida na ilha de São Miguel, Açores

Dissertação de Mestrado, Biodiversidade e Biotecnologia Vegetal, 2 de Dezembro de 2016, Universidade dos Açores.As florestas naturais ocupam cerca de 10% da superfície terrestre nos Açores. Um aspeto que merece maior atenção é a determinação da idade das árvores em florestas naturais, uma vez que permitiria uma mais completa compreensão da dinâmica florestal. Foi analisada a estrutura da floresta e estimada a idade das árvores através da altura do peito em dois talhões de floresta laurifólia localizados na “Área Protegida para a Gestão de Habitats ou Espécies da Serra de Água de Pau” (SMG07, Parque Natural da Ilha de São Miguel), localizada a 569 (ST1) e 612 m (ST2). Utilizou-se o método de amostragem “T-Square” para estimar a densidade das árvores e mediu-se a altura das árvores, o diâmetro basal e o volume de copa. As amostras de madeira foram colhidas à altura do peito, utilizando a sonda de Pressler, e tratadas, para permitir a contagem dos anéis anuais de cada espécie. Na ST1 Morella faya foi a espécie mais frequente, sendo também a que apresentou maior área basal, contudo foi superada em biovolume por Pittosporum undulatum; Na ST2 Erica azorica, Ilex azorica e Laurus azorica foram mais frequentes, e L. azorica obteve maiores valores de área basal, mas P. undulatum apresentou um biovolume idêntico. A idade da árvore à altura do peito, na ST1 variou entre 10-52 anos para L. azorica, 15-82 anos, para M. faya e 34-79 anos para P. undulatum; na ST2 as idades das árvores variaram entre 10-39 anos para L. azorica, 17-38 anos para I. azorica, 9-31 anos para E. azorica, 13-34 anos para M. faya, e 29 e 51 anos para duas amostras de P. undulatum. O solo da floresta estava praticamente coberto por Hedychium gardnerianum e raramente foram encontrados plântulas ou plantas jovens. Este estudo também revelou diferentes tipos de padrões de anéis de crescimento para as diferentes espécies. Este é um dos primeiros estudos que revela as idades das árvores numa floresta laurifólia nos Açores.ABSTRACT: Natural forests have been estimate to occupy about 10% of the land surface in the Azores. One aspect that merits further attention is tree age determination in natural forests. This would allow a more complete understanding of temporal forest dynamics. We analyzed forest structure and estimated tree age at breast height at two stands of laurel forest located at the “Área Protegida para a Gestão de Habitats ou Espécies da Serra de Água de Pau” (SMG07, Parque Natural da Ilha de São Miguel), located at 569 (ST1) and 612 m (ST2). We used T-square sampling to estimate tree density and measured tree height, basal diameter and canopy volume. A Pressler borer was use to collect wood samples at breast height that were treated to allow annual tree ring counting. At ST1 Morella faya was the most frequent tree species and had the largest basal area but was surpassed in biovolume by Pittosporum undulatum; At ST2 Erica azorica, Ilex azorica and Laurus azorica were most frequent, L. azorica showed the largest basal area but P. undulatum equaled its biovolume. Tree ages at breast height, at ST1 ranged 10-52 years in L. azorica, 15-82 years in M. faya, and 34-79 years in P. undulatum; at ST2 tree ages ranged 10-39 years in L. azorica, 17-38 years for Ilex azorica, 9- 31 years for E. azorica, 13-34 years for M. faya, and 29-51 years for two specimens of P. undulatum. Forest soil was almost completely covered by Hedychium gardnerianum therefore seedlings and saplings were seldom found. This research also revealed different types of annual ring patterns for the different taxa. This is one of the first studies revealing tree age at a laurel forest stand in the Azores

Alinhamento da agenda política europeia com os objetivos de desenvolvimento sustentável: análise dos ODS 8 e ODS 12

The proposed work seeks to study the factors that influence the alignment of the European legislative agenda with the Agenda 2030, namely concerning the traits and characteristics of Members of the European Parliament MEPs. The research focuses on two specific Sustainable Development Goals, SDG 8, concerned with ensuring sustainable economic development and decent work, and SDG 12, which focuses on sustainable production and consumption patterns. To achieve the proposed aims, a qualitative analysis was conducted of all plenary sessions of the European Parliament (EP), between 2016 and 2019, that refer to any of the topics addressed in one or both SDGs. This analysis was carried out using NVivo software and all sessions were coded until a database was obtained, which connects the MEPs with their speeches around these two grand topics, that is the object of support for the discussion of this dissertation. The goal of the present research is to grasp the influence of MEPs' personal factors and traits on the approach to the SDGs under review, and thus on the legislative agenda of the European Parliament. The results show that men are more active in the EP towards issues concerning SDGs 8 and 12. Older MEPs also demonstrate more activity than their younger colleagues. With regard to the length of experience in this Institution, the data revealed that MEPs with less experience time are more intervening on the studied issues. Finally, left-wing parties are the ones that register the most interventions in the EP arena. The MEPs also reveal a tendency to approach SDG 8 more frequently than SDG 12.O trabalho que se propõe desenvolver pretende estudar os fatores que influenciam o alinhamento da agenda legislativa Europeia com a Agenda 2030 das Nações Unidas, nomeadamente a nível de traços e características dos Membros do Parlamento Europeu (MEPs). A investigação foca-se em dois dos Objetivos de Desenvolvimento Sustentável (ODS), o ODS 8, preocupado em garantir desenvolvimento económico sustentável e trabalho digno, e o ODS 12 que se foca em padrões de produção e consumo sustentáveis. De forma a atingir os objetivos propostos, conduziu-se uma análise qualitativa de todas as sessões de plenário do Parlamento Europeu (PE) entre 2016 e 2019 que se referem a algum dos tópicos abordados em um ou em ambos os ODS. Esta análise foi feita com recurso ao software NVivo e todas as sessões foram codificadas, até se obter uma base de dados, que associa os MEPs aos seus discursos em torno destes dois grandes desígnios, e que é o objeto de suporte de discussão desta dissertação. O objetivo da presente investigação é, assim, compreender a influência de fatores e traços pessoais dos eurodeputados na abordagem aos ODS em análise, e consequentemente, na agenda legislativa do Parlamento Europeu. Os resultados mostram que os homens são mais ativos no PE perante assuntos do ODS 8 e 12. Os eurodeputados mais velhos também revelam mais atividade do que os seus colegas mais novos. Em relação ao tempo de experiência nesta Instituição, os dados demonstraram que os eurodeputados com menos experiência se revelam mais interventivos em matérias destes ODS. Por último, os partidos de esquerda são aqueles que registam mais intervenções na arena do PE. Os MEPs também demonstram uma maior tendência a abordarem o ODS 8, em comparação com o ODS 12.Mestrado em Ciência Polític

Exploring cell reprogramming techniques for Angelman Syndrome disease modelling

Angelman Syndrome (AS) is an imprinted neurodevelopmental disease with no cure caused by the lack of UBE3A expression, which, in neurons, is exclusively maternally expressed. The paternal UBE3A allele is silenced by the UBE3A antisense transcript (UBE3A-ATS), which is only expressed from the paternal chromosome. In AS mouse model, inhibition of the UBE3A-ATS transcription can reactivate paternal UBE3A. To translate such an approach to humans, the development of a cellular model for this disease is necessary. Here we sought to develop cellular model systems of AS from patient-derived fibroblasts and evaluate their imprinting status using RNA FISH-based single-cell approaches. First, a neural direct conversion protocol based on expression of two neuronal transcription factors - ASCL1, NGN2 – and SMAD pathway inhibitors was tried in order to convert fibroblasts into neurons. Despite high infection efficiency and detection of transgenic ASCL1 expression, the generated “iNs” did not show signs of neuronal identity based on RT-qPCR and IF analysis. This failure might have been caused by lack of lentiviruses concentration by ultracentrifugation, antibiotic selection skipping and/or dislodging of the cells under conversion. Second, we tried to generate NPCs from iPSCs using a commercially available differentiation protocol. Based on RT-qPCR and IF analysis, the generated “NPCs” failed to express the correct genetic markers. This failure might be explained by inappropriate accelerated division rate of the cells during induction or lack of pluripotency of the newly-generated iPSCs used. Despite unsuccessful generation of neuronal cells, we were able to optimize nascent-transcript RNA FISH, combining UBE3A and paternally expressed SNORD116, which is a crucial tool to confirm the imprinting status of the Angelman locus in newly-generated cells. With future efforts, the establishment of AS cellular model systems will serve as drug screening platform to test paternal UBE3A reactivation as a therapeutic target for AS

Características epidemiológicas y clínicas de linfoma no Hodgkin en pacientes con VIH/SIDA. HNDM 2004 - 2010

Publicación a texto completo no autorizada por el autorRealiza una revisión retrospectiva de 23 casos de Linfoma no Hodgkin en pacientes con VIH, internados en el Hospital Nacional Dos de Mayo - HNDM (Lima-Perú) durante el periodo 2004 -2010, con el objetivo de conocer las características epidemiológicas y clínicas de esta neoplasia en pacientes con VIH/SIDA en la época de introducción del Tratamiento Antirretroviral de Gran Actividad (TARGA) en el Perú. Para lo cual se revisaron y evaluaron las historias clínicas de hospitalización y del Servicio de TARGA, abstrayendo información mediante una ficha de recolección previamente elaborada. Para el procesamiento y análisis de las variables se utilizó el programa estadístico SPSS V19. Resultados: Se identificaron veinticuatro casos de Linfomas no Hodgkin; pero sólo veintitrés ingresaron al estudio. En el 83% de ellos, el diagnóstico de VIH-SIDA precedió al diagnóstico de LNH con una media de tiempo de enfermedad con VIH de 2.6 años. El modo de transmisión de VIH más común fue la vía homosexual (61%), siendo en su totalidad hombres teniendo sexo con hombre (HSH). La mediana de edad al diagnóstico de LNH fue de 36 años y el 87% eran varones, 65% solteros y 91% procedentes de Lima Metropolitana. La mediana del recuento de CD4 al diagnóstico de LNH fue de 113 células/μL y la mediana de Carga Viral, fue de 530 copias/ml. El TARGA fue administrado a ocho casos en algún momento de la infección por VIH, pero sólo seis (26%) lo recibieron previo al diagnóstico de LNH, por una mediana de tiempo de 7 meses.De los 23 casos de LNH, el 67% fueron Linfoma Difuso de Células B Grandes (LDCBG) y dos de ellos Linfoma Plasmablástico (11%). El segundo en frecuencia fue el Linfoma tipo Burkitt (33%). La localización extra-nodal predominó como sitio primario en un 56% y dentro de estos el tracto gastrointestinal (54%). El 86% de los casos se presentaron en estadios III y IV de Ann Arbor, y catorce de los pacientes fallecieron antes de terminar el periodo de estudio, en una mediana de tiempo de 2 meses con diagnóstico de LNH. En conclusión este estudio, deja en evidencia que la presentación de LNH en pacientes con VIH, persiste como factor de mal pronóstico en nuestro medio, porque en su mayoría se presentan en estadios avanzados y porque un buen porcentaje no tiene acceso a TARGA previo al diagnóstico de la neoplasia. Además, se ha notado un incremento en ciertas variantes de LNH de alto grado, como el Linfoma Plasmablástico en nuestro País. Por lo que se debería impulsar, definitivamente, la realización de más estudios epidemiológicos que pudiesen explicar la diversa distribución del LNH según la región geográfica.Tesi

Establishment of pancreatic cancer zebrafish xenografts for personalized medicine in oncology practice

Tese de mestrado, Oncobiologia, Universidade de Lisboa, Faculdade de Medicina, 2021O cancro do pâncreas é das malignidades mais agressivas e mortais. Esta doença raramente é diagnosticada num estadio em que a resseção cirúrgica é viável. A maioria dos doentes, a quando do diagnóstico, encontram-se num estadio avançado onde as opções terapêuticas são limitadas. Para além disso, as características peculiares do microambiente tumoral do cancro do pâncreas, com um estroma fibrótico extremamente denso, compromete a distribuição eficaz dos fármacos anticancerígenos. A quimioterapia sistémica é a única opção terapêutica para doentes com cancro do pâncreas avançado – FOLFIRINOX ou gemcitabina+nab-paclitaxel. No entanto, ainda não existe na clínica marcadores eficazes com valor preditivo que permitem identificar qual a melhor terapêutica para cada doente. Consequentemente, os doentes são submetidos a múltiplas rondas de tratamento e toxicidades desnecessárias, até encontrar a terapia que seja mais eficaz. A imunoterapia também tem sido explorada como terapia complementar para o tratamento do cancro do pâncreas, incluindo inibidores de checkpoint imunológicos. Contudo, o microambiente tumoral rico em fibroblastos e células imunes com atividade imunossupressora, constitui um obstáculo significativo. Além disso, muitos dos doentes não são elegíveis para este tipo de terapia e portanto estratégias mais personalizadas estão a ser a investigadas em ensaios clínicos. Desta forma, um teste capaz de prever as respostas de cada doente antes do tratamento, seria de grande valor para o tratamento personalizado do cancro do pâncreas. O principal objetivo deste projeto de investigação foi testar as principais opções terapêuticas para o cancro do pâncreas em estadio avançado - FOLFIRINOX e gemcitabina+nab-paclitaxel - utilizando o modelo xenógrafo de peixe-zebra. Com este objetivo, xénografos de peixe-zebra foram gerados utilizando linhas celulares humanas de cancro do pâncreas (Panc-1 e MIA PaCa-2), e várias características tumorais foram analisadas por microscopia confocal, incluindo dinâmica tumoral – proliferação e morte celular – e composição do microambiente tumoral. Os efeitos citotóxicos do nivolumab em monoterapia e em combinação com gemcitabina+nabpaclitaxel (ensaio clínico a decorrer) também foram avaliados. Os resultados demonstraram que as linhas celulares de cancro do pâncreas apresentam diferentes capacidades de implantação no modelo de xénografos de peixe-zebra. Relativamente às terapias anticancerígenas, os nossos resultados demonstraram que os xénografos de peixe-zebra são capazes de revelar respostas tumorais ao FOLFIRINOX e gemcitabina+nab-paclitaxel, incluindo comprometimento da proliferação celular e indução da apoptose. Neste projeto, testámos também a imunoterapia com o anticorpo anti-PD-1- nivolumab. Surpreendentemente os xénografos de peixe-zebra submetidos ao nivolumab em monoterapia e em combinação com gemcitabina+nab-paclitaxel também revelaram sensibilidade celular, com indução significativa da apoptose e redução do tamanho tumoral. De seguida, decidimos caracterizar o microambiente tumoral em particular o infiltrado de neutrófilos e macrófagos. Aos 4 dias pós-injeção, a percentagem de neutrófilos aumentou em relação ao primeiro dia, e os macrófagos do tipo M2 (atividade pró-tumoral) passaram a dominar o microambiente tumoral. Para estudar o papel destes infiltrados na tumorigénese, gerámos xenógrafos em mutantes hipomórficos. A redução de neutrófilos, levou a um aumento do tamanho tumoral, enquanto que a redução de macrófagos, levou a um efeito contrário – diminuição do tamanho tumoral. Estes dados sugerem que os neutrófilos e macrófagos têm um papel antagónico, os neutrófilos com um papel anti-tumoral e os macrófagos pró-tumoral. Sumariamente, os nossos resultados realçam a viabilidade de usar xénografos de peixe-zebra como um modelo in vivo para o screening de respostas tumorais às opções terapêuticas do cancro do pâncreas, e para o estudo da complexidade do microambiente tumoral.In the modern era of cancer research, pancreatic cancer has proven to be one of the most aggressive and lethal malignancies. Pancreatic cancer is rarely diagnosed at a time when surgical resection is feasible. Therefore, most of the patients present with an advanced disease, at the time of diagnosis, in which treatment options are limited. In addition, the pancreatic cancer microenvironment has peculiar characteristics with a thick layer of stroma, which builds up around the tumor and compromises an efficient drug delivery. Systemic chemotherapy remains the only treatment option for patients with advanced pancreatic cancer – FOLFIRINOX or gemcitabine+nab-paclitaxel. However, effective biomarkers to help predict treatment responses for each patient are still lacking. Consequently, patients go through several trial-and-error approaches and subjected to unnecessary side effects, until the best therapy is found. Immunotherapy has also been explored as a complementary therapy for the treatment of pancreatic cancer, including immune checkpoint inhibitors. But, the tumor microenvironment enriched in fibroblasts and immune cells with immunosuppressive activity poses a major obstacle. Besides, many patients are not eligible for this type of treatment, and therefore more personalized regimens are being investigated in clinical trials. In this way, a test able to predict individual responses before treatment would be of great value for personalized pancreatic cancer treatment. The ultimate goal of this research project was to screen the major therapeutic options for PC treatment, FOLFINIROX and gemcitabine+nab-paclitaxel, using the zebrafish xenograft model. Additionally, the cytotoxic effects of nivolumab as a monotherapy, and in combination with gemcitabine+nab-paclitaxel (clinical trial ongoing) were also evaluated. To address this, zebrafish xenografts were generated with established human pancreatic cancer cell lines (Panc-1 and MIA PaCa-2), and several cancer hallmarks were analyzed through confocal microscopy, including tumoral dynamics – proliferation and cell death – and composition of the tumor microenvironment. Data revealed that pancreatic cancer cell lines have different capacities to engraft in the zebrafish xenograft model. Regarding anticancer therapies, results showed that zebrafish xenografts are able to reveal anti-tumor responses to both FOLFIRINOX and gemcitabine+nab-paclitaxel regimens, leading to impaired cell proliferation and induction of apoptosis. In this project, we also tested anti-PD-1-nivolumab immunotherapy. Surprisingly, zebrafish xenografts subjected to nivolumab and nivolumab in combination with gemcitabine-nab-paclitaxel also revealed cellular sensitivity, with significant induction of apoptosis and tumor size shrinkage. Next, we decided to characterize the tumor microenvironment, in particular neutrophil and macrophage populations. At 4 days post-injection, the percentage of neutrophils increased in comparison with the first day, and M2-like macrophages (protumoral activity) started to dominate the tumor microenvironment. To study the role of both populations in tumorigenesis, zebrafish xenografts were generated using hippomorphic mutants as hosts. Reduction of neutrophils induced an increase in the tumor size, while reduction of macrophages induced an opposite effect – decrease of the tumor size. These results suggest that neutrophils and macrophages are playing opposing roles, neutrophils as anti-tumoral and macrophages as pro-tumoral. Altogether, and most importantly, our results highlight the feasibility of using the zebrafish xenograft model as an in vivo screening platform for pancreatic cancer therapy, and to study the complexity of the tumor microenvironment

Molecular variability of different species of cyathostomins in selected hosts

Dissertação de Mestrado Integrado em Medicina VeterináriaCyathostomins are important intestinal nematode parasites of equids and include more than 50 accepted species. Their taxonomy has been frequently revised and sometimes the presence of cryptic species was suggested. Besides, usually molecular- and morphology-based phylogenetic analyses give divergent results. In this study, the nucleotide sequences of the second internal transcribed spacer (ITS-2) and cytochrome c oxidase subunit I (COI) of nuclear ribosomal DNA and mitochondrial DNA, respectively, were determined for adults of six cyathostomin species (Cylicocyclus nassatus, Coronocyclus labiatus, Coronocyclus coronatus, Cylicostephanus longibursatus, Cylicostephanus minutus, Cylicostephanus calicatus) from hosts of two geographic regions (domestic horses from Germany; a Przewalski horse, a donkey, a kulan, a zebra and a horse from Ukraine). Maximum likelihood trees were calculated for ITS-2, COI and combined data sets. No obvious differentiation was detected between geographic regions, nor equine host species. The ITS-2 was unable to separate between Coronocyclus coronatus and some Cylicostephanus calicatus sequences. Although COI sequence-based analysis easily distinguished them, they also revealed a close relationship between these two species. Cryptic species were detected in Cylicostephanus minutus and Cylicostephanus calicatus. Cylicocyclus nassatus and Coronocyclus labiatus showed diverse and mixed mitochondrial and nuclear haplotypes, while Cylicostephanus longibursatus was comparatively homogenous. In conclusion, combined analysis of nuclear and mitochondrial haplotypes from the same specimen, improved resolution of analyses and should be applied to more species and hosts from various geographic regions.RESUMO - Variabilidade molecular de diferentes espécies de ciatostomíneos em hospedeiros selecionados - Os ciatostomíneos são parasitas nematodes intestinais importantes dos equídeos e incluem mais de 50 espécies reconhecidas como tal. A sua taxonomia tem sido frequentemente revista e a presença de espécies crípticas foi sugerida algumas vezes. Além disso, análises filogenéticas baseadas na morfologia ou sequências moleculares dão, por norma, resultados divergentes. Neste estudo, as sequências nucleotídicas do segundo espaçador interno transcrito (ITS-2) e citocromo c oxidase I (COI) do DNA ribossómico nuclear e do DNA mitocondrial, respetivamente, foram determinadas para adultos de seis espécies de ciatostomíneos (Cylicocyclus nassatus, Coronocyclus labiatus, Coronocyclus coronatus, Cylicostephanus longibursatus, Cylicostephanus minutus, Cylicostephanus calicatus) de hospedeiros de duas regiões geográficas (cavalos domésticos da Alemanha; um Przewalski, um burro, um kulan, uma zebra e um cavalo da Ucrânia). As árvores de máxima verossimilhança foram calculadas para conjuntos de dados de ITS-2, COI e combinados. Não foi detetada nenhuma diferenciação óbvia entre regiões geográficas, nem entre espécies hospedeiras equinas. O ITS-2 foi incapaz de separar Coronocyclus coronatus e algumas sequências de Cylicostephanus calicatus. Embora as sequências de COI as distinguissem facilmente, revelaram também uma estreita relação entre essas duas espécies. Para Cylicostephanus minutus e Cylicostephanus calicatus foram detetadas espécies crípticas. Cylicocyclus nassatus e Coronocyclus labiatus apresentaram diversos haplótipos mitocondriais e nucleares, enquanto que Cylicostephanus longibursatus foi comparativamente mais homogéneo. Em conclusão, a análise combinada de haplótipos nucleares e mitocondriais das mesmas espécies, melhorou a resolução das análises e deve ser aplicada a mais espécies e hospedeiros de várias regiões geográficas.N/

A methodological approach on the creation of trustful test suites for grammar error detection

Machine translation’s research has been expanding over time and so has the need to automatically detect and correct errors in texts. As such, Unbabel combines machine translation with human editors in post-edition to provide high quality translations. In order to assist post-editors in these tasks, a proprietary error detection tool called Smartcheck was developed by Unbabel to identify errors and suggest corrections. The state-of-the-art method of identifying translation errors depends on curated annotated texts (associated with error-type categories), which are fed to machine translation systems as their evaluation standard, i.e. the test suites to evaluate a system’s error detection accuracy. It is commonly assumed that evaluation sets are reliable and representative of the content the systems translate, leading to the assumption that the root problem usually relates to grammar-checking rules. However, the issue may instead lie in the quality of the evaluation set. If so, then the decisions made upon evaluation will possibly even have the opposite effect to the one intended. Thus, it is of utmost importance to have suitable datasets with representative data of the structures needed for each system, the same for Smartcheck. With this in mind, this dissertation developed and implemented a new methodology on creating reliable and revised test suites to be applied on the evaluation process of MT systems and error detection tools. Using the resulting curated test suites to evaluate proprietary systems and tools to Unbabel, it became possible to trust the conclusions and decisions made from said evaluations. This methodology accomplished robust identification of problematic error types, grammar-checking rules, and language- and/or register-specific issues, therefore allowing production measures to be adopted. With Smartcheck’s (now reliable and accurate) correction suggestions and the improvement on post-edition revision, the work presented hereafter led to an improvement on the translation quality provided to customers.O presente trabalho focou-se na avaliação do desempenho de uma ferramenta proprietária da Unbabel, para detecção automática de erros, baseada em segmentos previamente anotados pela comunidade de anotadores, o Smartcheck. Assim, foi proposta uma metodologia para criação de um corpus de teste (do inglês test suites) baseado em dados de referência com estruturas relevantes (do inglês gold data). Deste modo, tornou-se possível melhorar a qualidade das sugestões de correção de erros do Smartcheck e, consequentemente, das traduções facultadas. Para além do objetivo inicial, a nova metodologia permitiu assegurar uma avaliação rigorosa, apropriada e fundamentada relativamente às regras usadas pelo Smartcheck, para identificar possíveis erros de tradução, assim como avaliar outras ferramentas e sistemas de tradução automática da Unbabel. Recentemente, assistiu-se também a uma fusão da Lingo24 com a Unbabel e, por essa razão, os dados presentes no corpus incluem conteúdo traduzido por ambas. Como tal, o trabalho desenvolvido contribuiu inclusivamente para a recente integração da Lingo24. A Secção 2 foi dedicada à apresentação da Unbabel, na qual se referem os processos de controlo de qualidade utilizados para assegurar níveis de qualidade exigidos e se descreve pormenorizadamente a ferramenta em foco, o Smartcheck. A Secção 3 focou-se no estado da arte da Tradução Automática e em processos de controlo de qualidade, dando especial atenção a corpora de teste e à influência dos mesmos. Além disso, foi também incluída uma descrição relativa ao desenvolvimento de ferramentas automáticas de deteção e correção de erros, criadas para aperfeiçoar os textos provenientes de traduções automáticas. A metodologia criada, descrita na Secção 4, foi dividida em três partes principais: avaliação piloto relativa às regras preexistentes do Smartcheck; análise de causas de erros (do inglês root-cause analysis); e, por fim, construção de um novo corpus de teste, com dados mais recentes e corrigidos. O primeiro passo na metodologia consistiu na avaliação do desempenho da ferramenta em foco na presente tese. Para tal, foi realizada uma análise piloto na qual cada regra utilizada pelo Smartcheck foi avaliada de acordo com métricas comumente aplicadas para avaliação de sistemas de deteção de erros, como o número de verdadeiros positivos (true positives) - casos em que o sistema conseguiu corretamente identificar erros -, de falsos negativos (false negatives) - casos em que existia um erro, mas o sistema não o identificou - e de falsos positivos (false positives) - casos em que o sistema incorretamente considerou existir erros. Outras métricas utilizadas para avaliação consistiram no cálculo de Precision, Recall, e F1-score, a partir dos valores obtidos das métricas anteriormente mencionadas. Tendo terminado a avaliação piloto, concluiu-se que nem todas as regras foram passíveis de avaliação (razão pela qual se tornou impossível averiguar o desempenho individual para cada regra) e, quanto às que foram avaliadas, os resultados não foram considerados satisfatórios. Isto porque, as regras não identificavam erros existentes nas traduções e consideravam como problemáticos inúmeros segmentos gramaticalmente corretos. A segunda etapa da metodologia surgiu, então, como tentativa de identificar possíveis razões pelas quais o Smartcheck e as regras associadas demonstraram um baixo desempenho. Em vista desse objetivo, foi feita uma análise na qual foi colocada a hipótese de que as regras teriam sido avaliadas com um corpus de teste não apropriado e obsoleto, explicando assim as métricas muito baixas da avaliação piloto. Esta hipótese surgiu uma vez que foi não só considerada a possibilidade de os dados do corpus não serem representativos das traduções feitas atualmente, mas também pelo facto de as estruturas consideradas problemáticas para os sistemas de tradução serem alteradas constantemente. De modo a corroborar a hipótese colocada, o corpus foi analisado com base em variados critérios: qual o tipo de tradução dos dados - se os segmentos analisados tinham ou não sido previamente revisto por pós-editores antes da respetiva submissão; existência de segmentos duplicados ou cujo texto de partida (do inglês source text) poderia conter erros - i.e. dados ruidosos; e revisão das anotações e das severidades associadas a cada erro, de acordo com tipologias e diretrizes específicas da Unbabel - considerando o número de anotações/severidades correta e incorretamente atribuídas, assim como em falta. Uma vez finalizada a análise, concluímos que cerca de 20% dos dados correspondiam a duplicações - tanto para o registo formal como para o informal -, que entre 15-25% das anotações foram consideradas incorretas e que apenas metade das severidades foram corretamente atribuídas. Assim sendo, considerámos que seria mais vantajoso criar um novo corpus representativo e refinado, ao invés de corrigir todas as anotações incorretas do corpus previamente usado. O terceiro e último passo da metodologia consistiu na construção de um novo corpus de teste com 27 500 exemplos previamente anotados de traduções automáticas. Os procedimentos para a criação deste novo corpus incluíram: filtragem de um conjunto de traduções automáticas, com dados representativos para todas as línguas suportadas pela Unbabel; distinção entre segmentos dependentes e não dependentes de contexto (uma limitação do corpus prévio); exclusão de exemplos duplicados e de casos com textos de partida problemáticos; e, por fim, revisão por parte de linguistas e tradutores das anotações atribuídas, seguindo tipologias proprietárias. Este último procedimento foi ainda subdividido em: uma avaliação geral, de modo a garantir que as traduções transmitiam de forma coerente, fluída e apropriada a mensagem do texto de partida e que, para além disso, seguiam regras específicas para cada língua; uma avaliação focada em especificidades por cliente, de modo a assegurar diretrizes existentes; e uma revisão de severidades associadas a cada anotação. Tendo sido a metodologia dada como terminada, o corpus de teste consistia agora num conjunto de dados de confiança, capaz de avaliar sistemas de tradução automática e ferramentas como o Smartcheck de uma forma objetiva e fundamentada. Posto isto, as várias avaliações realizadas - descritas na Secção 5 - usaram os dados compreendidos no corpus como termo de comparação. A primeira avaliação teve como objetivo principal comparar os resultados obtidos na análise piloto quanto às regras do Smartcheck com os resultados de uma nova avaliação das mesmas usando o novo corpus de teste, de forma a chegar a conclusões mais fiáveis e credíveis. A partir desta, foi possível concluir não só que, contrariamente às conclusões anteriores, todas as regras são agora passíveis de avaliação, mas também que o número de casos em que o Smartcheck incorretamente identificava segmentos como problemáticos foi reduzido. A avaliação seguinte comparou anotações recorrendo a uma matriz de confusão (do inglês confusion matrix) entre previsões concedidas tanto pelo Smartcheck como pelo corpus de teste. Deste modo, foi possível identificar quais os tipos de erros mais frequentes e quais os tipos mais (e menos) problemáticos de identificar pelo sistema. Assim, o corpus de teste foi considerado como gold standard de modo a realizar uma avaliação global do Smartcheck, calculando o número total de falsos positivos (atingindo cerca de 45%), falsos negativos (com 35%) e verdadeiros positivos (aproximadamente 20%). Quanto aos verdadeiros positivos, estes foram divididos em dois tipos: segmentos corretamente identificados pelo Smartcheck como erro, mas que foram classificados incorretamente (cerca de 11%); e erros em que tanto a extensão como a classificação foram atribuídas corretamente (a rondar os 8% do número total de anotações). A terceira e última análise recorreu aos totais obtidos na avaliação anterior para calcular valores para métricas como Precision, Recall e F1-score para cada língua e para cada registo suportado. Desta forma, foi possível concluir que, quanto à primeira métrica, a média entre registos estava bastante equilibrada, mas o mesmo não se verificou em Recall nem F1-score, uma vez que o registo formal atingiu valores superiores. Para além disso, recorremos ainda ao corpus para avaliar spell checkers usados pela Unbabel e, analisando os resultados obtidos, pudemos concluir que o spell checker em uso obteve a avaliação mais baixa. Tendo isto em conta, foi decidido que seria então preferível substituí-lo pelo spell checker com a melhor avaliação, de modo a reduzir o número de erros nas traduções e assim melhorar a qualidade das mesmas. Todo o trabalho realizado pôde ser implementado em vários outros campos para além do inicialmente estabelecido, i.e. para além da avaliação sistemática da ferramenta Smartcheck. Demonstrando, deste modo, todo o impacto que uma análise bem fundamentada pode ter no processo de tomada de decisão. Isto porque, sem um corpus de teste representativo e estruturado, as avaliações feitas não seriam válidas e os resultados obtidos facilmente levariam a conclusões impróprias ou até nocivas para o desenvolvimento dos sistemas e ferramentas em questão

Derivation of kidney organoids from human induced pluripotent stem cells under 3D conditions

Human induced pluripotent stem cells (hiPSCs) have the unique potential of self-renewal and the functional capacity to give rise to any specialized cell type in the human body, including all types of renal cells. By virtue of these outstanding features, hiPSCs constitute a powerful research tool and present an immensurable clinical potential. Kidney organoids derived from hiPSCs constitute attractive three-dimensional (3D) models that may enable kidney regeneration, disease modelling and drug screening, amongst others. The following experimental work focused on developing kidney organoids from hiPSCs under 3D conditions resorting to commercially available high-throughput microwells. For that purpose, two relevant protocols, which combine monolayer and 3D culture, were applied and adapted to a full 3D culture configuration. The conducted differentiation experiments under 3D conditions revealed temporal discrepancy of the obtained cellular stages in relation to the referred protocols. In the end, it was possible to generate immature kidney organoids.As células estaminais pluripotentes induzidas humanas (hiPSCs) têm o potencial único de autorrenovação e a capacidade funcional de originar qualquer tipo de célula especializada no corpo humano, incluindo todos os tipos de células renais. Em virtude destas características excecionais, as hiPSCs são um poderoso instrumento de pesquisa e apresentam um potencial clínico imensurável. Os organóides de rim derivados de hiPSCs constituem modelos tridimensionais (3D) atrativos que podem permitir a regeneração do rim, modelação de doenças e triagem de fármacos, entre outros. O seguinte trabalho experimental focou-se no desenvolvimento de organóides de rim a partir de hiPSCs sob condições 3D recorrendo a uma metodologia high-throughput através do uso de micropoços. Com esse propósito, dois protocolos relevantes, que combinam cultura em condições aderentes e cultura 3D, foram aplicados e adaptados a uma configuração de cultura totalmente em condições 3D. As experiências de diferenciação conduzidas sob condições 3D revelaram uma discrepância temporal dos estágios celulares obtidos em relação aos protocolos referidos. No final, foi possível gerar organóides de rim imaturos

Slow Fashion in Portugal: An Exploratory Approach

Dissertation presented as the partial requirement for obtaining a Master's degree in Information Management, specialization in Marketing IntelligenceDespite being an increasingly valuable economic activity worldwide, the fashion industry is also one of the most polluting industries. Conversely, consumers are becoming more and more conscious of the environmental impacts of this industry. As such, the slow fashion concept appears as a very different vision from the traditional fast fashion models that nowadays are still taking over this industry. Considering the growing interest in this topic and the fact that Portugal is one of Europe's key players in this sector, this research aims to explore the slow fashion concept in Portugal. One conducted exploratory research to obtain insights and knowledge about the concept from the perspective of consumers and the position of Portuguese slow fashion brands. It started with an online survey to withdraw general conclusions about the consumers' perceptions regarding the slow fashion concept and Portuguese slow fashion brands, followed by a netnography to understand the behaviour and position of the Portuguese slow fashion brands in the chosen online community: Instagram