Influence of steps on the tilting and adsorption dynamics of ordered Pn films on vicinal Ag(111) surfaces

Here we present a structural study of pentacene (Pn) thin films on vicinal Ag(111) surfaces by He atom diffraction measurements and density functional theory (DFT) calculations supplemented with van der Waals (vdW) interactions. Our He atom diffraction results suggest initial adsorption at the step edges evidenced by initial slow specular reflection intensity decay rate as a function of Pn deposition time. In parallel with the experimental findings, our DFT+vdW calculations predict the step edges as the most stable adsorption site on the surface. An isolated molecule adsorbs as tilted on the step edge with a binding energy of 1.4 eV. In addition, a complete monolayer (ML) with pentacenes flat on the terraces and tilted only at the step edges is found to be more stable than one with all lying flat or tilted molecules, which in turn influences multilayers. Hence our results suggest that step edges can trap Pn molecules and act as nucleation sites for the growth of ordered thin films with a crystal structure similar to that of bulk Pn.Comment: 4 pages, 4 figures, 1 tabl

The Prognosis Of Adult Burkitt’S Cell Leukemia In Real-Life Clinical Practice

Objective: Many studies reported an improved prognosis in patients with Burkitt’s lymphoma obviating the need of stem cell transplantation. However, prognosis of the advanced disease [i.e. Burkitt’s cell leukemia (BCL)] has not been reported with current treatment modalities except for a few prospective trials. The aim of this study is to compare the prognoses of BCL patients with similarly treated and nontransplanted patients with other types of acute lymphoblastic leukemia (ALL) and with ALL patients that underwent allogeneic stem cell transplantation (ASCT) in their first remissions. Materials and Methods: In this retrospective analysis, BCL patients aged between 16 and 63 who were admitted between 2000 and 2014 to the hospitals of Hacettepe or Gazi University and were treated with intensive therapies aimed at cure were included. All ALL patients who were treated with a similar protocol not including transplantation during the same period (NT-ALL group) and all ALL patients who underwent ASCT in the first complete remission during the same period (T-ALL group) served as control groups. Results: The central nervous system or extramedullary involvement rates, lactate dehydrogenase levels, and white blood cell counts at diagnosis were higher in the BCL group than the NT-ALL group and these differences were significant. BCL patients had disease-free survival (DFS) durations comparable with the T-ALL cohort but NT-ALL patients had significantly shorter DFS durations. Both cumulative relapse incidence and cumulative nonrelapse mortality were higher in NT-ALL patients compared to the T-ALL group and BCL patients. Conclusion: DFS in BCL patients treated with a widely accepted modern regimen, R-HyperCVAD, is comparable to results in other ALL patients receiving allogeneic transplantation. Our results are in agreement with a few prospective noncomparative studies suggesting no further need for stem cell transplantation in BCL.PubMedWoSScopu

Hybrid statistical/unit-selection Turkish speech synthesis using suffix units

Due to copyright restrictions, the access to the full text of this article is only available via subscription.Unit selection based text-to-speech synthesis (TTS) has been the dominant TTS approach of the last decade. Despite its success, unit selection approach has its disadvantages. One of the most significant disadvantages is the sudden discontinuities in speech that distract the listeners (Speech Commun 51:1039-1064, 2009). The second disadvantage is that significant expertise and large amounts of data is needed for building a high-quality synthesis system which is costly and time-consuming. The statistical speech synthesis (SSS) approach is a promising alternative synthesis technique. Not only that the spurious errors that are observed in the unit selection system are mostly not observed in SSS but also building voice models is far less expensive and faster compared to the unit selection system. However, the resulting speech is typically not as natural-sounding as speech that is synthesized with a high-quality unit selection system. There are hybrid methods that attempt to take advantage of both SSS and unit selection systems. However, existing hybrid methods still require development of a high-quality unit selection system. Here, we propose a novel hybrid statistical/unit selection system for Turkish that aims at improving the quality of the baseline SSS system by improving the prosodic parameters such as intonation and stress. Commonly occurring suffixes in Turkish are stored in the unit selection database and used in the proposed system. As opposed to existing hybrid systems, the proposed system was developed without building a complete unit selection synthesis system. Therefore, the proposed method can be used without collecting large amounts of data or utilizing substantial expertise or time-consuming tuning that is typically required in building unit selection systems. Listeners preferred the hybrid system over the baseline system in the AB preference tests.TÜBİTA

Expression Profiles Of The Individual Genes Corresponding To The Genes Generated By Cytotoxicity Experiments With Bortezomib In Multiple Myeloma

Objective: Multiple myeloma (MM) is currently incurable due to refractory disease relapse even under novel anti-myeloma treatment. In silico studies are effective for key decision making during clinicopathological battles against the chronic course of MM. The aim of this present in silico study was to identify individual genes whose expression profiles match that of the one generated by cytotoxicity experiments for bortezomib. Materials and Methods: We used an in silico literature mining approach to identify potential biomarkers by creating a summarized set of metadata derived from relevant information. The E-MTAB-783 dataset containing expression data from 789 cancer cell lines including 8 myeloma cell lines with drug screening data from the Wellcome Trust Sanger Institute database obtained from ArrayExpress was “Robust Multi-array analysis” normalized using GeneSpring v.12.5. Drug toxicity data were obtained from the Genomics of Drug Sensitivity in Cancer project. In order to identify individual genes whose expression profiles matched that of the one generated by cytotoxicity experiments for bortezomib, we used a linear regression-based approach, where we searched for statistically significant correlations between gene expression values and IC50 data. The intersections of the genes were identified in 8 cell lines and used for further analysis. Results: Our linear regression model identified 73 genes and some genes expression levels were found to very closely correlated with bortezomib IC50 values. When all 73 genes were used in a hierarchical cluster analysis, two major clusters of cells representing relatively sensitive and resistant cells could be identified. Pathway and molecular function analysis of all the significant genes was also investigated, as well as the genes involved in pathways. Conclusion: The findings of our present in silico study could be important not only for the understanding of the genomics of MM but also for the better arrangement of the targeted anti-myeloma therapies, such as bortezomib.PubMedWoSScopu

Hacettepe Dahiliye Ders Kitabı 1

Ondokuzuncu yüzyılın tıp literatürü, korku filmi gibidir. Hekimlerin, ellerine geçirdikleri her şeyi, akıllarına gelen her yöntemi tedavi için kullandıkları görülür. Bilgiye değil, kulaktan dolma duyumlara dayanan, “içten doğma” uydurma fikirlerle hastaların yelken kürek tedavi edilmeye çalışıldığı bir dönemdir. Litrelerce kan alınır, barsaklar yüksek basınçlı lavmanlarla delik deşik edilir, hastalar buzlu sulara yatırılıp uzuvlar gangren olana dek dondurulur, dondurmak işe yaramazsa kaynar kazanlara sokulur, deriyi kabartan bitkisel merhemlerle epidermis eritilir, terkibi ikinci kez asla tutturulamayan envai çeşit bitkisel karışımlarla organlar iflas ettirilirdi. Yirminci yüzyılın başında, modern tıbbın kurucusu sayılan Dr. William Osler öncelikle bu “palavra tıbba” rest çekmiş, yeni bir çağı aralamıştır. Çağdaşı olan bazı hünerli hekimlerle birlikte, önümüze gelen her hastayı, elimize geçirdiğimiz her şeyle, bu şekilde rastgele tedavi edemeyiz, öncelikle hastalıkları tanımamız gerekir diyerek, tıbbın önceliğini tanıya yöneltmişler, kendilerine kadar olan eski devirlerden miras iki ilaç (digoksin ve morfin) dışındaki tüm o ilkel tedavi yöntemlerini reddetmişlerdir. Akıldışı eski tedavileri reddederek, yerine henüz yeni bir tedavi seçenekleri de olmadığından; yalnızca (doğru) tanı koymaya çalışan ve hastanın prognozunu tayin etmeye odaklanmış, tepkisel ve aslında bir bakıma muhafazakar yeni bir tıbbı başlatmışlardır. Tıp eğitimini de bu doğrultuda değiştirip, çalakalem ilaç ve tedavi veren hekimler yerine; hastanın hastalığını kavramaya çalışan, doğru tanı koyan hekimler yetiştirmeye yönelmişlerdir. Tıp eğitimindeki “hasta başı vizitler” bizzat Dr. William Osler tarafından başlatılmıştır. Bu ekol, 1900’ların başında cesur bir kararla, neyi tedavi ettiğini bilmeyen eski hekimlik pratiğini kapatıp, öncelikle hastalıkları kavramaya, hastalarına titizlikle isabetli bir tanı koymaya odaklanmıştır. Bu devir, tıbbın rönesansı sayılır. Kuruluşundan itibaren çağdaşı modern tıp dünyasının bir takipçisi ve aktörü olan Hacettepe Tıp Fakültesi; hünerli hekimler, iyi klinisyenler yetiştirmeyi amaçlamıştır. Prof. Dr. Şeref Zileli’nin kurucusu olduğu İç Hastalıkları Anabilim Dalımız, mezuniyet öncesi tıp eğitiminde yatay ve dikey entegrasyon modeliyle klinik eğitim aşamasında, öğrencilerimize “dahiliye nosyonu” kazandırmayı hedeflemiştir. Dahiliye nosyonu, hastaya saçından tırnağına bir bütün olarak bakabilmeyi; hastanın sorunlarını rasyonel bir klinik denklem haline getirebilmeyi; semptomlarından başlayıp, fizik muayene ve isabetli tetkik seçimiyle en doğru tanıyı koyabilmeyi ve hastaya en az zarar verecek en uygun tedaviyi planlayabilmeyi gerektirir. Mezuniyet öncesi İç Hastalıkları Klinik Eğitim programımızın öğrenim hedefleriyle, içeriği ve ulusal çekirdek müfredatımız gözetilerek hazırlanan bu kitap; İç Hastalıkları, Kardiyoloji, Göğüs Hastalıkları, İnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji anabilim dallarımız öğretim üyelerinin ortaklaşa titiz bir çalışmasıdır

Hacettepe Dahiliye Ders Kitabı 2

Ondokuzuncu yüzyılın tıp literatürü, korku filmi gibidir. Hekimlerin, ellerine geçirdikleri her şeyi, akıllarına gelen her yöntemi tedavi için kullandıkları görülür. Bilgiye değil, kulaktan dolma duyumlara dayanan, “içten doğma” uydurma fikirlerle hastaların yelken kürek tedavi edilmeye çalışıldığı bir dönemdir. Litrelerce kan alınır, barsaklar yüksek basınçlı lavmanlarla delik deşik edilir, hastalar buzlu sulara yatırılıp uzuvlar gangren olana dek dondurulur, dondurmak işe yaramazsa kaynar kazanlara sokulur, deriyi kabartan bitkisel merhemlerle epidermis eritilir, terkibi ikinci kez asla tutturulamayan envai çeşit bitkisel karışımlarla organlar iflas ettirilirdi. Yirminci yüzyılın başında, modern tıbbın kurucusu sayılan Dr. William Osler öncelikle bu “palavra tıbba” rest çekmiş, yeni bir çağı aralamıştır. Çağdaşı olan bazı hünerli hekimlerle birlikte, önümüze gelen her hastayı, elimize geçirdiğimiz her şeyle, bu şekilde rastgele tedavi edemeyiz, öncelikle hastalıkları tanımamız gerekir diyerek, tıbbın önceliğini tanıya yöneltmişler, kendilerine kadar olan eski devirlerden miras iki ilaç (digoksin ve morfin) dışındaki tüm o ilkel tedavi yöntemlerini reddetmişlerdir. Akıldışı eski tedavileri reddederek, yerine henüz yeni bir tedavi seçenekleri de olmadığından; yalnızca (doğru) tanı koymaya çalışan ve hastanın prognozunu tayin etmeye odaklanmış, tepkisel ve aslında bir bakıma muhafazakar yeni bir tıbbı başlatmışlardır. Tıp eğitimini de bu doğrultuda değiştirip, çalakalem ilaç ve tedavi veren hekimler yerine; hastanın hastalığını kavramaya çalışan, doğru tanı koyan hekimler yetiştirmeye yönelmişlerdir. Tıp eğitimindeki “hasta başı vizitler” bizzat Dr. William Osler tarafından başlatılmıştır. Bu ekol, 1900’ların başında cesur bir kararla, neyi tedavi ettiğini bilmeyen eski hekimlik pratiğini kapatıp, öncelikle hastalıkları kavramaya, hastalarına titizlikle isabetli bir tanı koymaya odaklanmıştır. Bu devir, tıbbın rönesansı sayılır. Kuruluşundan itibaren çağdaşı modern tıp dünyasının bir takipçisi ve aktörü olan Hacettepe Tıp Fakültesi; hünerli hekimler, iyi klinisyenler yetiştirmeyi amaçlamıştır. Prof. Dr. Şeref Zileli’nin kurucusu olduğu İç Hastalıkları Anabilim Dalımız, mezuniyet öncesi tıp eğitiminde yatay ve dikey entegrasyon modeliyle klinik eğitim aşamasında, öğrencilerimize “dahiliye nosyonu” kazandırmayı hedeflemiştir. Dahiliye nosyonu, hastaya saçından tırnağına bir bütün olarak bakabilmeyi; hastanın sorunlarını rasyonel bir klinik denklem haline getirebilmeyi; semptomlarından başlayıp, fizik muayene ve isabetli tetkik seçimiyle en doğru tanıyı koyabilmeyi ve hastaya en az zarar verecek en uygun tedaviyi planlayabilmeyi gerektirir. Mezuniyet öncesi İç Hastalıkları Klinik Eğitim programımızın öğrenim hedefleriyle, içeriği ve ulusal çekirdek müfredatımız gözetilerek hazırlanan bu kitap; İç Hastalıkları, Kardiyoloji, Göğüs Hastalıkları, İnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji anabilim dallarımız öğretim üyelerinin ortaklaşa titiz bir çalışmasıdır