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Patient Reported Outcomes in Chronic Inflammatory Diseases: Current State, Limitations and Perspectives
Chronic inflammatory diseases (CID) are emerging disorders which do not only affect specific organs with respective clinical symptoms but can also affect various aspects of life, such as emotional distress, anxiety, fatigue and quality of life. These facets of chronic disease are often not recognized in the therapy of CID patients. Furthermore, the symptoms and patient-reported outcomes often do not correlate well with the actual inflammatory burden. The discrepancy between patient-reported symptoms and objectively assessed disease activity can indeed be instructive for the treating physician to draw an integrative picture of an individual's disease course. This poses a challenge for the design of novel, more comprehensive disease assessments. In this mini-review, we report on the currently available patient-reported outcomes, the unmet needs in the field of chronic inflammatory diseases and the challenges of addressing these
What’s a Biofilm?—How the Choice of the Biofilm Model Impacts the Protein Inventory of Clostridioides difficile
The anaerobic pathogen Clostridioides difficile is perfectly equipped to survive and persist inside the mammalian intestine. When facing unfavorable conditions C. difficile is able to form highly resistant endospores. Likewise, biofilms are currently discussed as form of persistence. Here a comprehensive proteomics approach was applied to investigate the molecular processes of C. difficile strain 630Δerm underlying biofilm formation. The comparison of the proteome from two different forms of biofilm-like growth, namely aggregate biofilms and colonies on agar plates, revealed major differences in the formation of cell surface proteins, as well as enzymes of its energy and stress metabolism. For instance, while the obtained data suggest that aggregate biofilm cells express both flagella, type IV pili and enzymes required for biosynthesis of cell-surface polysaccharides, the S-layer protein SlpA and most cell wall proteins (CWPs) encoded adjacent to SlpA were detected in significantly lower amounts in aggregate biofilm cells than in colony biofilms. Moreover, the obtained data suggested that aggregate biofilm cells are rather actively growing cells while colony biofilm cells most likely severely suffer from a lack of reductive equivalents what requires induction of the Wood-Ljungdahl pathway and C. difficile’s V-type ATPase to maintain cell homeostasis. In agreement with this, aggregate biofilm cells, in contrast to colony biofilm cells, neither induced toxin nor spore production. Finally, the data revealed that the sigma factor SigL/RpoN and its dependent regulators are noticeably induced in aggregate biofilms suggesting an important role of SigL/RpoN in aggregate biofilm formation
Expanding the clinical spectrum associated with defects in CNTNAP2 and NRXN1
RIGHTS : This article is licensed under the BioMed Central licence at http://www.biomedcentral.com/about/license which is similar to the 'Creative Commons Attribution Licence'. In brief you may : copy, distribute, and display the work; make derivative works; or make commercial use of the work - under the following conditions: the original author must be given credit; for any reuse or distribution, it must be made clear to others what the license terms of this work are.Abstract Background Heterozygous copy-number and missense variants in CNTNAP2 and NRXN1 have repeatedly been associated with a wide spectrum of neuropsychiatric disorders such as developmental language and autism spectrum disorders, epilepsy and schizophrenia. Recently, homozygous or compound heterozygous defects in either gene were reported as causative for severe intellectual disability. Methods 99 patients with severe intellectual disability and resemblance to Pitt-Hopkins syndrome and/or suspected recessive inheritance were screened for mutations in CNTNAP2 and NRXN1. Molecular karyotyping was performed in 45 patients. In 8 further patients with variable intellectual disability and heterozygous deletions in either CNTNAP2 or NRXN1, the remaining allele was sequenced. Results By molecular karyotyping and mutational screening of CNTNAP2 and NRXN1 in a group of severely intellectually disabled patients we identified a heterozygous deletion in NRXN1 in one patient and heterozygous splice-site, frameshift and stop mutations in CNTNAP2 in four patients, respectively. Neither in these patients nor in eight further patients with heterozygous deletions within NRXN1 or CNTNAP2 we could identify a defect on the second allele. One deletion in NRXN1 and one deletion in CNTNAP2 occurred de novo, in another family the deletion was also identified in the mother who had learning difficulties, and in all other tested families one parent was shown to be healthy carrier of the respective deletion or mutation. Conclusions We report on patients with heterozygous defects in CNTNAP2 or NRXN1 associated with severe intellectual disability, which has only been reported for recessive defects before. These results expand the spectrum of phenotypic severity in patients with heterozygous defects in either gene. The large variability between severely affected patients and mildly affected or asymptomatic carrier parents might suggest the presence of a second hit, not necessarily located in the same gene.Peer Reviewe
Roadmap für strombasierte Kraftstoffe 03EIV116A-G
Synthetische Kraftstoffe können die Defossilisierung des Verkehrssektors mit vorantreiben. Besonders bei hohen Transportvolumina oder für große Entfernungen sind diese Kraftstoffe eine vielversprechende Option, etwa in der Luft- und Schifffahrt oder zu Teilen im Schwerlastverkehr.
Auf Basis von Strom aus erneuerbaren Energien hergestellte Kraftstoffe sollen in Zukunft entscheidend dazu beitragen, die CO2-Bilanz zu verbessern und Klimaneutralität im Verkehrssektor zu erreichen. Die Forschung dockt damit an die Schnittstelle zwischen Energie- und Verkehrssektor an.
Im Rahmen der BMWK-Forschungsinitiative Energiewende im Verkehr (EiV) haben von 2018 bis 2023 insgesamt 16 industriegeführte F&E-Projekte die Entwicklung synthetischer Kraftstoffe für den Luft-, See- und Straßenverkehr deutlich vorangebracht. In den Projekten wurde eine Vielzahl verschiedener Kraftstoffe, Herstellverfahren und Anwendungen betrachtet. Dabei war es die Aufgabe der „Begleitforschung Energiewende im Verkehr“ (BEniVer), als einer der 16 EiV-Projektverbünde, die Projektergebnisse der technischen Forschungsvorhaben der Förderinitiative auf Basis eigenständiger wissenschaftlicher Analysen vergleichbar zu machen. Dazu wurden einheitliche Rahmenannahmen und Methodikleitfäden entwickelt.
Die Ergebnisse der Forschungsprojekte wurden in einer Gesamtbetrachtung zusammengeführt und dienten als Grundlage für technische, ökonomische und ökologische Bewertungen. Dabei beruhten die technologie-orientierten Bottom-Up-Analysen auf den neuesten Forschungsarbeiten. Diese wurden mit systemorientierten Top-Down-Analysen des Energie- und Verkehrssystems sowie möglichen Transformationspfaden auf dem Weg zur Klimaneutralität kombiniert. Weitere Analysen zur Akzeptanz und zur Markteinführung adressieren zudem gesellschaftliche Dimensionen und Auswirkungen der Einführung von strombasierten Kraftstoffen.
Auf Basis der ganzheitlichen Analysen wurden Schlussfolgerungen abgeleitet. Als Ergebnis der langjährigen und fachübergreifende Begleitung der EiV-Forschungsvorhaben ist mit der Roadmap für strombasierte Kraftstoffe ein Leitfaden entstanden mit Handlungsoptionen für die Erforschung, Entwicklung, Produktion und Markteinführung dieser Kraftstoffe
Forschungsinitiative Energiewende im Verkehr, Kurzbericht zur „Roadmap für strombasierte Kraftstoffe“ 03EIV116A-G
Synthetische Kraftstoffe können die Defossilisierung des Verkehrssektors mit vorantreiben. Besonders bei hohen Transportvolumina oder für große Entfernungen sind diese Kraftstoffe eine vielversprechende Option, etwa in der Luft- und Schifffahrt oder zu Teilen im Schwerlastverkehr.
Auf Basis von Strom aus erneuerbaren Energien hergestellte Kraftstoffe sollen in Zukunft entscheidend dazu beitragen, die CO2-Bilanz zu verbessern und Klimaneutralität im Verkehrssektor zu erreichen. Die Forschung dockt damit an die Schnittstelle zwischen Energie- und Verkehrssektor an.
Im Rahmen der BMWK-Forschungsinitiative Energiewende im Verkehr (EiV) haben von 2018 bis 2023 insgesamt 16 industriegeführte F&E-Projekte die Entwicklung synthetischer Kraftstoffe für den Luft-, See- und Straßenverkehr deutlich vorangebracht. In den Projekten wurde eine Vielzahl verschiedener Kraftstoffe, Herstellverfahren und Anwendungen betrachtet. Dabei war es die Aufgabe der „Begleitforschung Energiewende im Verkehr“ (BEniVer), als einer der 16 EiV-Projektverbünde, die Projektergebnisse der technischen Forschungsvorhaben der Förderinitiative auf Basis eigenständiger wissenschaftlicher Analysen vergleichbar zu machen. Dazu wurden einheitliche Rahmenannahmen und Methodikleitfäden entwickelt.
Die Ergebnisse der Forschungsprojekte wurden in einer Gesamtbetrachtung zusammengeführt und dienten als Grundlage für technische, ökonomische und ökologische Bewertungen. Dabei beruhten die technologie-orientierten Bottom-Up-Analysen auf den neuesten Forschungsarbeiten. Diese wurden mit systemorientierten Top-Down-Analysen des Energie- und Verkehrssystems sowie möglichen Transformationspfaden auf dem Weg zur Klimaneutralität kombiniert. Weitere Analysen zur Akzeptanz und zur Markteinführung adressieren zudem gesellschaftliche Dimensionen und Auswirkungen der Einführung von strombasierten Kraftstoffen.
Auf Basis der ganzheitlichen Analysen wurden Schlussfolgerungen abgeleitet. Als Ergebnis der langjährigen und fachübergreifende Begleitung der EiV-Forschungsvorhaben ist mit der Roadmap für strombasierte Kraftstoffe ein Leitfaden entstanden mit Handlungsoptionen für die Erforschung, Entwicklung, Produktion und Markteinführung dieser Kraftstoffe
Investigations to iron limitation in Streptococcus pneumoniae
Streptococcus pneumoniae is one of the leading human pathogen causing morbidity and mortality worldwide. The pneumococcus can cause a variety of different diseases ranging from mild illnesses like otitis media and sinusitis to life-threatening diseases such as pneumonia, meningitis and sepsis. Mostly affected are infants, elderly and immune-suppressed patients. Although, there are vaccines against pneumococci available, still hundreds of thousands of people got infected each year. These vaccines are targeting the pneumococcal polysaccharide capsule. Because of the high number of different serotypes, it is not possible to generate a vaccine against all present serotypes. In the last years a shift to non-vaccine serotypes was noticed. This strengthens the need for the development of vaccines which do not target polysaccharides. Thus, proteins came into focus as potential new vaccine candidates or targets for drug treatment, because several proteins are highly conserved among different strains or even genera. Proteome analyses can give insights into the protein composition in a certain state of a bacterium. So, targets can be identified, which are especially expressed under infection-relevant conditions. Iron limitation is one of these conditions and the knowledge on iron acquisition in pneumococci is still limited. Iron is an essential trace element and as redox-active catalyst or as cofactor involved in various key metabolic pathway in nearly all living organisms and thus also in bacteria. For instance, iron is necessary during biosynthesis of amino acids and in electron transport as well as in DNA replication. Within the human host iron is extremely limited due to its high insolubility under physiological conditions, which is part of the nutritional immunity of its human host. Hence, bacteria had to evolve mechanism to overcome iron starvation. In this thesis the adaptation process triggered by iron limitation in the S. pneumoniae serotype 2 strain D39 was investigated in a global mass spectrometry-based proteome analysis.
In preceding growth experiments the pneumococcal growth was adapted to the needs of proteomic workflows. In order to investigate the pneumococcal response to iron limitation, the organic iron-chelating agent 2,2’-bipyridine (BIP) was applied. For the quantification of changes in protein abundances comparing stress to control conditions the very reliable and robust metabolic labeling technique Stable Isotope Labeling with Amino Acids in Cell Culture (SILAC) was used. This method requires the bacterial cultivation in a chemically defined medium, for which reason modified RPMI 1640 medium was chosen. A pooled protein extract with heavy labeled amino acids was applied as an internal standard, which included proteins expressed under control and stress condition, to control, BIP and BIP-iron-complex (BIP control experiment) samples. Samples were analyzed by liquid chromatography coupled directly to a tandem mass spectrometer. It is described that under iron-restricted conditions proteins associated to pathogenesis are higher abundant in pathogenic bacteria like Staphylococcus aureus. Hence, similar observations were expected also for the proteomic adaptation of S. pneumoniae, but the first results showed a reduction in protein abundance of virulence factors. In order to explain these results inductively-coupled-plasma mass spectrometry was executed to determine the iron concentration of chemically defined medium (CDM) used in this experiment. The analysis revealed a relatively low iron concentration of approximately 190 µg l-1. Therefore, the iron concentration of the complex medium THY, in which pneumococci are usually grown, was investigated. THY contains four-fold (740 µg l-1) more iron than the CDM. Subsequently, an additional iron limitation approach was carried out in THY. As SILAC is not applicable in complex media like THY, MaxLFQ was applied as quantification method in this case. Because two different media were used, an additional comparative proteome analysis with regard to the two investigated media was executed.
Comparing the protein composition in both cultivation media it became clear that pneumococci exhibit a totally different proteome depending on the medium. Major differences were found in metabolisms of amino acids, vitamins and cofactors as well as in pathogenesis-associated proteins. These differences have to be taken into account during the analyses of both iron limitation approaches. Overall, more proteins were identified and quantified in CDM samples. The pneumococcal adaptation to iron limitation in both media was different; especially, the alterations in protein abundances of virulence factors. In contrast to the iron limitation in CDM, proteins involved in pathogenesis were higher abundant under iron limitation in THY, which was the expected result. Because of proteomic changes of cell division and lipid metabolism involved proteins in iron-limited pneumococci in CDM, electron microscopic pictures were taken in order to proof cell morphology. The pictures showed an impaired cell division in iron-limited CDM, but not in THY medium. However, both datasets have similarities as well. Thus, the iron uptake protein PiuA is strongly increased in iron-restricted conditions and the abundance of the iron storage protein Dpr is significantly decreased in both datasets. Notably, PiuA and Dpr seem to have important roles during the pneumococcal adaptation to iron-restricted environments.
One the basis of these results, it could be shown that the proteomic response of pneumococci to iron limitation is strongly dependent to the initial iron concentration of the environment. Hence, pneumococci will adapt differently to varying niches and thus potential vaccine candidates should be expressed independently of the localization within the human host.Streptococcus pneumoniae ist eines der wichtigsten Humanpathogene, das weltweit zu
hohen Krankheits- und Sterblichkeitsraten führt. Der Pneumokokkus kann viele
verschiedene Krankheiten verursachen, so zum Beispiel leichtere Infektionen wie
Mittelohrentzündungen (Otitis media) und Nasennebenhöhlenentzündungen (Sinusitis) als
auch schwerwiegende Krankheiten wie beispielsweise Lungenentzündungen (Pneumonie),
Hirnhautentzündungen (Meningitis) und Blutvergiftung (Sepsis). Von diesen Infektionen
sind meistens Kleinkinder, Senioren und immunsupprimierte Patienten betroffen. Jedes Jahr
werden mehrere tausend Menschen durch Pneumokokken infiziert, obwohl gegen diesen
Krankheitserreger Impfstoffe erhältlich sind. Diese Vakzine wirken gegen die Polysaccharide
innerhalb der Pneumokokkenkapsel. Dadurch, dass sehr viele verschiedene Serotypen
vorhanden sind, ist es nur schwer möglich einen Impfstoff gegen alle vorkommenden
Pneumokokkenserotypen zu entwickeln. In den letzten Jahren wurde festgestellt, dass
Serotypen, die von keinem Impfstoff abgedeckt sind, nunmehr häufiger vorkommen. Das
verstärkt die Notwendigkeit einen Impfstoff zu produzieren, der nicht gegen Polysaccharide
gerichtet ist. Proteine stellen einen alternativen Angriffspunkt für potentielle Impfstoff oder
auch Wirkstoffziele dar. Mithilfe von Proteomanalysen können Einblicke in die
Proteinzusammensetzungen von Bakterien, die unter bestimmten Bedingungen gewachsen
sind, gewonnen werden. So können Zielproteine identifiziert werden, die besonders unter
infektionsrelevanten Bedingungen exprimiert werden. Eisenmangel ist eine dieser
infektionsrelevanten Bedingungen. Das Wissen über Eisenaufnahmemechanismen in
Pneumokokken ist bisher noch eingeschränkt. Eisen ist ein Spurenelement, das als
redoxaktiver Katalysator als auch als Kofaktor in unterschiedlichen, metabolischen Wegen
von fast allen Lebewesen und insbesondere von Bakterien involviert ist. So zum Beispiel ist
Eisen während der Aminosäurebiosynthese, als auch während des Elektronentransports
und bei der DNA-Replikation beteiligt. Innerhalb des humanen Wirts ist freies Eisen,
aufgrund dessen geringer Löslichkeit unter physiologischen Bedingungen und durch
eisenbindende Proteine, die einen Teil der humanen Immunabwehr darstellen, extrem
limitiert. Deshalb haben Bakterien Mechanismen entwickelt, um den Eisenmangel zu
überwinden. In dieser Arbeit wurde der Anpassungsprozess von dem S. pneumoniae
Serotyp-2-Stamm D39 an Eisen-limitierte Umgebungen in einer umfassenden
Massenspektrometrie basierten Proteomanalyse untersucht.
Zunächst wurde das Pneumokokkenwachstum in Wachstumsversuchen an die Bedürfnisse
der proteomanalytischen Arbeitsprozesse angepasst. Um die proteomische Antwort auf
Eisenlimitation in Pneumokokken zu untersuchen, wurde der organische Eisenchelator 2,2‘-
Bipyridin (BIP) eingesetzt. Für die relative Quantifizierung von Änderungen der
Proteinmengen im Vergleich von Stress- zu Kontrollbedingungen wurde das sehr
zuverlässige und robuste metabolische Markierungsverfahren SILAC (Stable Isotope
Labeling by Amino Acids in Cell Culture, Stabile Isotopenmarkierung mittels Aminosäuren in
Zellkulturen) verwendet. Eine Voraussetzung dieser Methode ist die Anwendung eines
chemisch definierten Mediums (CDM), weshalb das modifiziert RPMI 1640-Medium
ausgewählt wurde. Ein gemischter Proteinextrakt, der schwer markierte Aminosäuren
enthält, ist als interner Standard zu den Kontroll-, BIP- und BIP-Komplexproben
hinzugegeben worden. Der interne SILAC-Standard ist eine Vereinigung möglichst aller
Proteine, die sowohl unter Kontroll- als auch unter Stressbedingungen in schwer markierten
CDM von Pneumokokken exprimiert wurden. Die Peptidproben wurden mittels
Flüssigkeitschromatografie mit Tandem-Massenspektrometrie analysiert. Aus früheren
Studien, beispielsweise in Staphylococcus aureus ist bekannt, dass unter Eisen-limitierenden
Bedingungen Pathogenese-assoziierte Proteine im Vergleich zu Kontrollbedingungen
deutlich erhöht sind. Aus diesem Grund wurden auch für die Anpassung der Pneumokokken
ähnliche Ergebnisse erwartet. Allerdings wiesen die ersten Resultate eine Reduktion der
Virulenzfaktoren auf. Um diese Ergebnisse zu verstehen, wurde die Eisenkonzentration des
CDMs mittels Massenspektrometrie mit induktiv gekoppeltem Plasma (ICP-MS) bestimmt.
Es zeigte sich, dass die Eisenkonzentration mit 190 μg l-1 im Medium relativ gering ist.
Deshalb wurde auch die Eisenkonzentration des komplexen Mediums THY bestimmt, in
welchem Pneumokokken für gewöhnlich kultiviert werden. THY hat in etwa eine vierfach
höhere Eisenkonzentration (740 μg l-1) als CDM. Anschließend wurde der
Eisenlimitationsversuch auch in THY durchgeführt. Da in diesem Medium die SILACMethode
nicht angewendet werden kann, wurde auf die markierungsfreie Methode MaxLFQ
zurückgegriffen. Dadurch, dass zwei grundverschiedene Medien untersucht wurden, wurde
eine weitere Proteomanalyse, die die Proteinzusammensetzung der Pneumokokken in
Abhängigkeit des Wachstumsmediums miteinander vergleicht, durchgeführt.
Wie zu erwarten war, wiesen die Pneumokokken im Vergleich der Proteinzusammensetzung
in beiden Medien eine unterschiedliche Proteinexpression auf. Vor allem wurden im
Aminosäuremetabolismus als auch im Metabolismus von Vitaminen und Kofaktoren und
auch bei Pathogenese-assoziierten Proteinen große Unterschiede festgestellt. Diese
Unterschiede müssen zur Interpretation der beiden Eisenmangelexperimente berücksichtigt
werden, um Fehlinterpretationen zu vermeiden.
Insgesamt konnten wesentlich mehr Proteine im CDM identifiziert als auch quantifiziert
werden. Des Weiteren war die Anpassung der Pneumokokken an die Eisenlimitation in den
beiden Medien unterschiedlich. Dabei sind besonders die gegensätzlichen Proteinmengen
der Virulenzfaktoren aufgefallen. Im Gegensatz zu den Ergebnissen der Eisenlimitation in
CDM, wurden Pathogenese-assoziierte Proteine im Eisen-limitierten THY deutlich stärker
exprimiert. Dieses Ergebnis entsprach den Erwartungen, wie zuvor beschrieben. Zusätzlich
wurden elektronenmikroskopische Aufnahmen angefertigt, nachdem im CDM-Datensatz
auffallende Veränderungen bezüglich der Zellteilung deutlich geworden sind. Tatsächlich
konnte man in den Bildern der Eisen-limitierten CDM-Proben eine gestörte Zellteilung der
Pneumokokken feststellen. Diese Beobachtungen wurden bei Eisen-limitierten
Pneumokokken, die in THY gewachsen sind, nicht gemacht. Auch die dazugehörigen
Proteomdaten wiesen keine deutlichen Veränderungen der Proteinmengen auf.
Neben den genannten Unterschieden zeigten sich in beiden Datensätzen auch
Gemeinsamkeiten. So war zum einen die Menge des Eisentransportproteins PiuA nach
Eisenlimitation in beiden Medien stark erhöht und zum anderen die Menge des
Eisenspeicherproteins Dpr signifikant verringert. Insbesondere scheinen diese beiden
Proteine, PiuA und Dpr, wichtige Rollen während der Anpassung an Eisenmangel
innezuhaben.
Basierend auf diesen Ergebnissen konnte gezeigt werden, dass die proteomische Antwort
der Pneumokokken auf Eisenlimitation von der Ausgangseisenkonzentration abhängig ist.
Daraus lässt sich schließen, dass die Anpassung von S. pneumoniae an das Nährstoffangebot in den verschiedenen Wirtsnischen unterschiedlich sein könnte. Aus diesem Grund wäre es von Vorteil, wenn potentielle Vakzinkandidaten, unabhängig vom Nährstoffangebot der Umgebung im humanen Wirt, exprimiert werden
Psychiatric Disorders and Distal 21q Deletion—A Case Report
Partial deletion of chromosome 21q is a very rare genetic condition with highly variable phenotypic features including heart defects, high or cleft palate, brain malformations (e.g., cerebral atrophy), developmental delay and intellectual disability. So far, there is very limited knowledge about psychiatric disorders and their effective treatment in this special population. To fill this gap, the authors present the case of an initially five-year-old girl with distal deletion (del21q22.2) and comorbid oppositional defiant disorder (main psychiatric diagnosis) covering a period of time of almost four years comprising initial psychological/psychiatric assessment, subsequent treatment with Parent–Child Interaction Therapy (PCIT), and follow-up assessments. Post-intervention results including a 19-month follow-up indicated good overall efficacy of PCIT and high parental satisfaction with the treatment. This case report makes a substantial contribution to enhancing knowledge on psychiatric comorbidity and its effective treatment in patients with terminal 21q deletion. Moreover, it emphasizes the necessity of multidisciplinarity in diagnosis and treatment due to the variety of anomalies associated with 21q deletion. Regular screenings for psychiatric disorders and (if indicated) thorough psychological and psychiatric assessment seem to be reasonable in most affected children, as children with developmental delays are at increased risk of developing psychiatric disorders. As demonstrated with this case report, PCIT seems to be a good choice to effectively reduce disruptive behaviors in young children with partial deletion of chromosome 21q
Rare copy number variants are a common cause of short stature
Human growth has an estimated heritability of about 80%-90%. Nevertheless, the underlying cause of shortness of stature remains unknown in the majority of individuals. Genome-wide association studies (GWAS) showed that both common single nucleotide polymorphisms and copy number variants (CNVs) contribute to height variation under a polygenic model, although explaining only a small fraction of overall genetic variability in the general population. Under the hypothesis that severe forms of growth retardation might also be caused by major gene effects, we searched for rare CNVs in 200 families, 92 sporadic and 108 familial, with idiopathic short stature compared to 820 control individuals. Although similar in number, patients had overall significantly larger CNVs (p-value50 kb for gene function, tissue expression, and murine knock-out phenotypes, we identified 10 duplications and 10 deletions ranging in size from 109 kb to 14 Mb, of which 7 were de novo (p<0.03) and 13 inherited from the likewise affected parent but absent in controls. Patients with these likely disease causing 20 CNVs were smaller than the remaining group (p<0.01). Eleven (55%) of these CNVs either overlapped with known microaberration syndromes associated with short stature or contained GWAS loci for height. Haploinsufficiency (HI) score and further expression profiling suggested dosage sensitivity of major growth-related genes at these loci. Overall 10% of patients carried a disease-causing CNV indicating that, like in neurodevelopmental disorders, rare CNVs are a frequent cause of severe growth retardation
Comprehensive genotype–phenotype analysis in 230 patients with tetralogy of Fallot
Background Tetralogy of Fallot (ToF), the most frequent cyanotic congenital heart disease, is associated with a wide range of intra- and extracardiac phenotypes. In order to get further insight into genotype–phenotype correlation, a large cohort of 230 unselected patients with ToF was comprehensively investigated.
Methods and results 230 patients with ToF were studied by karyotyping, comprehensive 22q11.2 deletion testing and sequencing of TBX1, NKX2.5 and JAG1, as well as molecular karyotyping in selected patients. Pathogenic genetic aberrations were found in 42 patients (18%), with 22q11.2 deletion as the most common diagnosis (7.4%), followed by trisomy 21 (5.2%) and other chromosomal aberrations or submicroscopic copy number changes (3%). Mutations in JAG1 were detected in three patients with Alagille syndrome (1.3%), while NKX2.5 mutations were seen in two patients with non-syndromic ToF (0.9%). One patient showed a recurrent polyalanine stretch elongation within TBX1 which represents a true mutation resulting in loss of transcriptional activity due to cytoplasmatic protein aggregation.
Conclusion This study shows that 22q11.2 deletion represents the most common known cause of ToF, and that the associated cardiac phenotype is distinct for obstruction of the proximal pulmonary artery, hypoplastic central pulmonary arteries and subclavian artery anomalies. Atrioventricular septal defect associated with ToF is very suggestive of trisomy 21 and almost excludes 22q11.2 deletion. We report a further patient with a recurrent polyalanine stretch elongation within TBX1 and for the first time link TBX1 cytoplasmatic protein aggregation to congenital heart defects
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