Towards Continuous Quality Control for Spoken Language Corpora

This paper describes the development of a systematic approach to the creation, management and curation of linguistic resources, particularly spoken language corpora. It also presents first steps towards a framework for continuous quality control to be used within external research projects by non-technical users, and discuss various domain and discipline specific problems and individual solutions. The creation of spoken language corpora is not only a time-consuming and costly process, but the created resources often represent intangible cultural heritage, containing recordings of, for example, extinct languages or historical events. Since high quality resources are needed to enable re-use in as many future contexts as possible, researchers need to be provided with the necessary means for quality control. We believe that this includes methods and tools adapted to Humanities researchers as non-technical users, and that these methods and tools need to be developed to support existing tasks and goals of research projects

New and future developments in EXMARaLDA

We present some recent and planned future developments in EXMARaLDA, a system for creating, managing, analysing and publishing spoken language corpora. The new functionality concerns the areas of transcription and annotation, corpus management, query mechanisms, interoperability and corpus deployment. Future work is planned in the areas of automatic annotation, standardisation and workflow management

Leitfaden zur Beurteilung von Aufbereitungsaufwand und Nachnutzbarkeit von Korpora gesprochener Sprache

Korpora gesprochener Sprache werden mindestens seit den 1950er Jahren von Sprachwissenschaftlern und Forschern anderer Disziplinen mit verschiedensten Forschungsinteressen aufgebaut. Die technischen Möglichkeiten für die Erhebung und Bereitstellung solcher Daten haben sich seitdem fortwährend und grundlegend gewandelt. Heute kann es als Normalfall angesehen werden, dass ein Korpus gesprochener Sprache digital erhoben wird. Die wissenschaftliche Community ist außerdem auf dem Wege, sich auf gewisse Mindeststandards zu einigen, die bei der Erhebung bezüglich Dokumentation, Strukturierung und Enkodierung der Daten eingehalten werden sollten, um eine möglichst nachhaltige Nutzung der Korpora zu ermöglichen. Verschiedene Datenzentren schließlich haben sich zum Ziel gesetzt, Korpora gesprochener Sprache zu einer eben solchen Nachnutzung dauerhaft zu archivieren und in digitalen Infrastrukturen bereitzustellen. Eine der wichtigsten Aufgaben solcher Zentren ist es, Korpora aus abgeschlossenen Projekten zu übernehmen und sie so aufzubereiten, dass eine dauerhafte Archivierung und Bereitstellung überhaupt möglich wird. Dieser Leitfaden basiert auf Erfahrungen, die hinsichtlich dieser Aufgabe an zwei Standorten – dem Sonderforschungsbereich 538 ‚Mehrsprachigkeit’ bzw. dem Zentrum für Sprachkorpora (HZSK) an der Universität Hamburg, sowie dem Archiv für gesprochenes Deutsch (AGD) am Institut für Deutsche Sprache in Mannheim – gesammelt wurden.1 Am SFB 538 (Laufzeit: 1999-2011) hatte das Projekt Z2 „Computergestützte Erfassungs- und Analysemethoden“ die Aufgabe übernommen, Korpora aus den Teilprojekten des SFB nach deren Abschluss für eine Archivierung und Nachnutzung vorzubereiten (siehe dazu Schmidt/Bennöhr 2007). Die Archivierung und Bereitstellung der Daten im Gesamtumfang von 30 Korpora erfolgt nun im zum Abschluss des SFB (2011) gegründeten HZSK (Hedeland/Lehmber /Schmidt/Wörner 2011). Das Archiv für Gesprochenes Deutsch bzw. dessen Vorläufer, das Deutsche Spracharchiv (Stift/Schmidt 2014), fungiert bereits seit den 1960er Jahren als eine zentrale Sammelstelle für Korpora des gesprochenen Deutsch. Im Laufe der Jahre hat es aus IDS-internen und -externen Projekten knapp 50 Korpora übernommen, die verschiedene Stadien der Aufbereitung erfahren haben und der wissenschaftlichen Gemeinschaft nun u.a. über die Datenbank für Gesprochenes Deutsch (DGD2, Schmidt/Dickgießer/Gasch 2013) zur Verfügung gestellt werden. Das derzeitige Angebot dieser beiden Einrichtungen zeigt, dass es prinzipiell möglich ist, von den im einleitenden Zitat beschriebenen Sammlungen zu dauerhaft nachnutzbaren digitalen 1 Die Konzeption dieses Leitfadens war Gegenstand eines Arbeitspakets im Projekt „Etablierung eines Schwerpunkts ‚Mehrsprachigkeit und Gesprochene Sprache‘ am Hamburger Zentrum für Sprachkorpora“, das von der Deutschen Forschungsgemeinschaft im Rahmen des Förderprogramms „Literaturversorgungs- und Informationssysteme (LIS)“ gefördert wurde. An der Umsetzung haben sich die genannten MitarbeiterInnen des HZSK und des AGD beteiligt.4 Ressourcen zu gelangen. Die Erfahrung zeigt aber auch, dass dies oft ein langwieriger Prozess mit vielen unvorhergesehenen Hindernissen ist, an dessen Ende man sich zumindest gelegentlich die Frage stellen kann, ob Aufwand und Nutzen der Datenaufbereitung in einem angemessenen Verhältnis zueinander stehen. Zweck dieses Leitfadens ist es, Kriterien für die Beurteilung von Aufbereitungsaufwand und Nachnutzbarkeit von Korpora gesprochener Sprache zu definieren, mittels derer bereits bei der Planung eines entsprechenden Projektes eine Abschätzung der Kosten und Nutzen getroffen werden kann. Kosten bezeichnen in diesem Kontext insbesondere den zeitlichen Arbeitsaufwand, der sich nicht immer leicht in monetäre Kosten umrechnen lässt. Die Nachnutzbarkeit definiert sich vor allem darüber, wie offen oder restriktiv der Zugang zum Korpus gestaltet wird und über die Quantität und Qualität der Korpusbestandteile. Der Leitfaden gliedert sich in sechs Abschnitte, die in Form von strukturierten Fragebäumen die wichtigsten Eigenschaften einer aufzubereitenden Ressource abfragen. Den Fragebäumen sind Erläuterungen zum besseren Verständnis der einzelnen Fragen vorangestellt. Die Pfade in den Fragebäumen führen jeweils zu einem "Ampelsymbol", anhand dessen über das weitere Vorgehen bei der Aufbereitung entschieden werden kann

Plasma atropine concentrations associated with decreased intestinal motility in horses

IntroductionAtropine is an essential part of the treatment protocol for equine uveitis. Topical atropine administration has been associated with decreased intestinal motility and abdominal pain in horses. Experimental studies have indicated that frequent dosing is associated with a higher risk than dosing every 6 h. Unfortunately, no quantitative pharmacodynamic data for inhibition of the equine gut are published. Materials and methodsEight standardbred horses were assigned to receive either atropine or saline (control) to be infused over 30 min in a two-treatment cross-over design. Atropine concentrations in plasma were measured using ultra-high-performance liquid chromatography-tandem mass spectrometry. Intestinal motility was measured using borborygmi frequency and electrointestinography (EIG). Experimental data were analyzed using a non-linear mixed effects model. The model was then used to simulate different dosing regimens. ResultsAtropine significantly decreased borborygmi response and EIG response. Six horses developed clinical signs of abdominal pain. The pharmacokinetic typical values were 0.31, 1.38, 0.69, and 1.95 L/kg center dot h for the volumes of the central, the highly perfused, the scarcely perfused compartments, and the total body clearance, respectively. The pharmacodynamic typical values were 0.31 mu g/L and 0.6 and 207 nV(2)7 cpm for the plasma concentration at 50% of the maximum response and the maximum response and the baseline of cecal EIG response, respectively. Six different dosing regimens of topical atropine sulfate to the eye (0.4 and 1 mg every hour, every 3 h, and every 6 h) were simulated. ConclusionThe IV PK/PD data coupled with simulations predict that administration of 1 mg of topical atropine sulfate administered to the eye every hour or every 3 h will lead to atropine accumulation in plasma and decreased intestinal myoelectric activity. Administration every 6 h predicted a safe dosing regimen in full-sized horses. Clinical studies would be valuable to confirm the conclusions. For smaller equids and horses put at risk for colic due to othercauses, droplet bottles that deliver 40 mu l of 1% atropine sulfate per drop or less may be used to lower the risk further

Ein Standard in der Praxis: ISO 24624:2016. Transcription of spoken language

Der Beitrag beschreibt die Entwicklung und Anwendung des TEI-basierten ISO-Standards ISO 24624:2016 Transcription of spoken language, der seit einigen Jahren für gesprochensprachliche Forschungsdaten aus unterschiedlichen Kontexten eingesetzt wird. Ein standardisiertes Dateiformat ermöglicht Interoperabilität zwischen verschiedenen Werkzeugen und weiteren Angeboten von Datenzentren und Infrastrukturen. Durch die methodologisch fundierte Abwägung zwischen Standardisierung und Flexibilität kann der ISO/TEI-Standard zudem Forschungsdaten aus verschiedenen Forschungskontexten abbilden, und so interdisziplinäre Vorhaben erleichtern. Der Beitrag stellt einige Anwendungsbereiche aus dem Lebenszyklus gesprochensprachlicher Forschungsdaten vor, in denen auf dem ISO/TEI-Standard basierenden Erweiterungen existierender Softwarelösungen erfolgreich umgesetzt werden konnten, und zeigt weitere Beispiele für die zunehmende Verbreitung des Formats

Prednisolone in Dogs—Plasma Exposure and White Blood Cell Response

Glucocorticoids such as prednisolone are commonly used in dogs but there is sparse quantitative pharmacokinetic and pharmacodynamic information of this drug in this species. The objective of this study was to quantitatively characterize the concentration-effect relationship for prednisolone in dogs on neutrophil and lymphocyte trafficking and cortisol suppression. Nine beagles, 2–12 years old and part of a group for teaching/research were used in a 4-way crossover experiment including two treatments, active or placebo, administered either per os (PO) or intravenously (IV). Plasma was analyzed for prednisolone and cortisol using ultra-high performance liquid chromatography – tandem mass spectrometry. Leucocyte counts were performed in whole blood. Data was then analyzed by non-linear mixed effect modeling to estimate pharmacokinetic and pharmacodynamic parameters. After administration of prednisolone sodium succinate IV, the typical value (between subject variation) for total body prednisolone clearance was 1,370 ml/h·kg (13.4%). The volumes of the central and peripheral compartment were 2,300 ml/kg (10.7%) and 600 ml/kg (16.0%), respectively. The terminal plasma half-life was 1.7 h. The prednisolone plasma concentration producing 50% of the maximum response was 10 ng/mL (90.3%), 22.5 ng/ml (52.3%) and 0.04 ng/mL (197.3%) for neutrophil, lymphocyte and cortisol response, respectively. The administered dose (1 mg/kg) increased neutrophil and decreased lymphocyte numbers but not over the entire dosage interval of 24 h, due to the short half-life. However, glucocorticoids have a wide range of responses. An anti-inflammatory response due to altered gene transcription might have a longer duration. Future studies on the anti-inflammatory potency together with data presented are needed to optimize future dosage recommendations in dogs

User, who art thou? User profiling for oral corpus platforms

This contribution presents the background, design and results of a study of users of three oral corpus platforms in Germany. Roughly 5.000 registered users of the Database for Spoken German (DGD), the GeWiss corpus and the corpora of the Hamburg Centre for Language Corpora (HZSK) were asked to participate in a user survey. This quantitative approach was complemented by qualitative interviews with selected users. We briefly introduce the corpus resources involved in the study in section 2. Section 3 describes the methods employed in the user studies. Section 4 summarizes results of the studies focusing on selected key topics. Section 5 attempts a generalization of these results to larger contexts

Oogenesis and lipid metabolism in the deep-sea sponge Phakellia ventilabrum (Linnaeus, 1767)

Sponges contain an astounding diversity of lipids that serve in several biological functions, including yolk formation in their oocytes and embryos. The study of lipid metabolism during reproduction can provide information on food-web dynamics and energetic needs of the populations in their habitats, however, there are no studies focusing on the lipid metabolism of sponges during their seasonal reproduction. In this study, we used histology, lipidome profiling (UHPLC-MS), and transcriptomic analysis (RNA-seq) on the deep-sea sponge Phakellia ventilabrum (Demospongiae, Bubarida), a key species of North-Atlantic sponge grounds, with the goal to (i) assess the reproductive strategy and seasonality of this species, (ii) examine the relative changes in the lipidome signal and the gene expression patterns of the enzymes participating in lipid metabolism during oogenesis. Phakellia ventilabrum is an oviparous and most certainly gonochoristic species, reproducing in May and September in the different studied areas. Half of the specimens were reproducing, generating two to five oocytes per mm(2). Oocytes accumulated lipid droplets and as oogenesis progressed, the signal of most of the unsaturated and monounsaturated triacylglycerides increased, as well as of a few other phospholipids. In parallel, we detected upregulation of genes in female tissues related to triacylglyceride biosynthesis and others related to fatty acid beta-oxidation. Triacylglycerides are likely the main type of lipid forming the yolk in P. ventilabrum since this lipid category has the most marked changes. In parallel, other lipid categories were engaged in fatty acid beta-oxidation to cover the energy requirements of female individuals during oogenesis. In this study, the reproductive activity of the sponge P. ventilabrum was studied for the first time uncovering their seasonality and revealing 759 lipids, including 155 triacylglycerides. Our study has ecological and evolutionary implications providing essential information for understanding the molecular basis of reproduction and the origins and formation of lipid yolk in early-branching metazoans

Study protocol for locoregional precision treatment of hepatocellular carcinoma with transarterial chemoembolisation (TACTida), a clinical study:idarubicin dose selection, tissue response and survival

INTRODUCTION: Hepatocellular carcinoma (HCC) is a common cause of cancer-related death, often detected in the intermediate stage. The standard of care for intermediate-stage HCC is transarterial chemoembolisation (TACE), where idarubicin (IDA) is a promising drug. Despite the fact that TACE has been used for several decades, treatment success is unpredictable. This clinical trial has been designed believing that further improvement might be achieved by increasing the understanding of interactions between local pharmacology, tumour targeting, HCC pathophysiology, metabolomics and molecular mechanisms of drug resistance. METHODS AND ANALYSIS: The study population of this single-centre clinical trial consists of adults with intermediate-stage HCC. Each tumour site will receive TACE with two different IDA doses, 10 and 15 mg, on separate occasions. Before and after each patient's first TACE blood samples, tissue and liquid biopsies, and positron emission tomography (PET)/MRI will be performed. Blood samples will be used for pharmacokinetics (PK) and liver function evaluation. Tissue biopsies will be used for histopathology analyses, and culturing of primary organoids of tumour and non-tumour tissue to measure cell viability, drug response, multiomics and gene expression. Multiomics analyses will also be performed on liquid biopsies. PET/MRI will be used to evaluate tumour viability and liver metabolism. The two doses of IDA will be compared regarding PK, antitumour effects and safety. Imaging, molecular biology and multiomics data will be used to identify HCC phenotypes and their relation to drug uptake and metabolism, treatment response and survival. ETHICS AND DISSEMINATION: Participants give informed consent. Personal data are deidentified. A patient will be withdrawn from the study if considered medically necessary, or if it is the wish of the patient. The study has been approved by the Swedish Ethical Review Authority (Dnr. 2021-01928) and by the Medical Product Agency, Uppsala, Sweden. TRIAL REGISTRATION NUMBER: EudraCT number: 2021-001257-31