Necrotrophism Is a Quorum-Sensing-Regulated Lifestyle in Bacillus thuringiensis

How pathogenic bacteria infect and kill their host is currently widely investigated. In comparison, the fate of pathogens after the death of their host receives less attention. We studied Bacillus thuringiensis (Bt) infection of an insect host, and show that NprR, a quorum sensor, is active after death of the insect and allows Bt to survive in the cadavers as vegetative cells. Transcriptomic analysis revealed that NprR regulates at least 41 genes, including many encoding degradative enzymes or proteins involved in the synthesis of a nonribosomal peptide named kurstakin. These degradative enzymes are essential in vitro to degrade several substrates and are specifically expressed after host death suggesting that Bt has an active necrotrophic lifestyle in the cadaver. We show that kurstakin is essential for Bt survival during necrotrophic development. It is required for swarming mobility and biofilm formation, presumably through a pore forming activity. A nprR deficient mutant does not develop necrotrophically and does not sporulate efficiently in the cadaver. We report that necrotrophism is a highly regulated mechanism essential for the Bt infectious cycle, contributing to spore spreading

Interstitial fluid: the overlooked component of the tumor microenvironment?

Background: The interstitium, situated between the blood and lymph vessels and the cells, consists of a solid or matrix phase and a fluid phase, together constituting the tissue microenvironment. Here we focus on the interstitial fluid phase of tumors, i.e., the fluid bathing the tumor and stromal cells. Novel knowledge on this compartment may provide important insight into how tumors develop and how they respond to therapy. Results: We discuss available techniques for interstitial fluid isolation and implications of recent findings with respect to transcapillary fluid balance and uptake of macromolecular therapeutic agents. By the development of new methods it is emerging that local gradients exist in signaling substances from neoplastic tissue to plasma. Such gradients may provide new insight into the biology of tumors and mechanistic aspects linked to therapy. The emergence of sensitive proteomic technologies has made the interstitial fluid compartment in general and that of tumors in particular a highly valuable source for tissue-specific proteins that may serve as biomarker candidates. Potential biomarkers will appear locally at high concentrations in the tissue of interest and will eventually appear in the plasma, where they are diluted. Conclusions: Access to fluid that reliably reflects the local microenvironment enables us to identify substances that can be used in early detection and monitoring of disease

Probabilistic evaluation of the structural reliability of river levees based on expert judgment

Les digues de protection contre les inondations sont d’une importance stratégique incontournable pour la sécurité des personnes et des biens. Une meilleure connaissance de leur fiabilité structurelle constitue un enjeu majeur pour les ingénieurs et pour les gestionnaires de ces ouvrages afin de répondre aux réglementations en vigueur et potentiellement les faire évoluer. La réglementation en France relative à la sûreté des ouvrages hydrauliques exige la réalisation d’études de dangers, au sein desquelles les démarches probabilistes d’évaluation de la sécurité prennent une place de plus en plus importante. De par la complexité de leurs mécanismes de rupture et l’absence de condition d’état-limite précis pour certains mécanismes de défaillance tels que l’érosion interne, la surverse ou l’affouillement, le calcul d’une probabilité de défaillance par des approches quantitatives demeure à ce jour impossible. Les digues induisent des problématiques particulières pour l’évaluation de leur fiabilité structurelle où l’intervention d’experts s’avère nécessaire et centrale. Ceux-ci doivent procéder à l’interprétation des données disponibles et la prise en compte de leurs incertitudes, pour pouvoir ensuite évaluer la fiabilité structurelle de digues en termes de probabilité de défaillance. L’objectif de la thèse est l’élaboration d’une démarche complète d’aide à l’évaluation probabiliste de la fiabilité structurelle des digues à partir du jugement expert. Une démarche scientifiquement justifiée pour le recueil et l’exploitation des évaluations expertes, incertaines mais quantitatives, de la fiabilité structurelle des ouvrages, sous la forme d’une probabilité de défaillance ou d’un coefficient de sécurité, assorti(e) d’une marge d’incertitude probabiliste. Afin de répondre à cet objectif, deux démarches ont été développée, « EiCAD » et « EiDA », toutes reposant (dans des ordres différents) sur les phases suivantes :- Une phase d’élicitation individuelle des avis experts (Ei) permettant le recueil des évaluations expertes probabilistes par la construction d’un formulaire de questionnement ;- Une phase de calibration (C) permettant de pondérer les évaluations expertes en fonction des degrés de précision et de justesse ;- Une phase d’agrégation (A) permettant une prise en compte simultanée de plusieurs évaluations expertes probabilistes ;- Une phase de débiaisage (D) permettant de traiter les biais susceptibles d’entacher les évaluations expertes probabilistes. Les démarches développées ont été mises en œuvre sur des cas de digues du Drac, dans l’agglomération grenobloise, pour évaluer la probabilité de défaillance, par jugement expert, vis-à-vis de mécanisme de rupture par glissement et par érosion interneRiver levees as protective measures against flooding are a matter of utmost strategic importance for the security of people and property. A better knowledge of their structural reliability is a major challenge for engineers and managers of these structures in order to meet current regulations and potentially develop them. In France, the regulations relating to the safety of hydraulic structures require the realization of hazard studies, in which probabilistic safety evaluation procedures take on a more and more important role. Due to the complexity of their failure mechanisms and the lack of a specific condition of limit-state for some failure mechanisms such as internal erosion and overtopping or scour, calculating a probability of failure by quantitative approaches remains impossible to this day. Levees induce specific problems in evaluating their structural reliability where expert intervention is necessary and pivotal. They must interpret the available data and take into account the uncertainties in their analysis, in order to evaluate the structural reliability of levees in terms of probability of failure. The aim of the thesis is to develop and elaborate a complete approach for supporting probabilistic evaluation of structural reliability of levees based on expert judgments. It is designed as a scientifically justified approach to collect and use uncertain but quantitative expert evaluations of structural reliability, in the form of a failure probability or a safety factor, accompanied by a margin of probabilistic uncertainty. To meet this goal, two approaches have been developed, "EiCAD" and "EiDA" composed of the following phases (in different orders):- individual elicitation phase of expert judgment (Ei) allowing the collection of probabilistic expert evaluations by a constricted questionnaire ;- calibration phase (C) to weigh the probabilistic expert evaluations elicited depending on the degrees of precision and accuracy that can be provided;- aggregation phase (A) during which the probabilistic expert evaluations elicited by several experts are taken into account ;- debiasing phase (D) during which biases that may affect the probabilistic expert evaluations are removed. The developed approaches have been implemented for the cases of Drac levees, located in the Grenoble agglomeration, to assess the probability of failure, by expert judgment, with regard to sliding and internal erosion mechanism of failur

Évaluation probabiliste de la fiabilité structurelle des digues fluviales à partir du jugement d’expert

River levees as protective measures against flooding are a matter of utmost strategic importance for the security of people and property. A better knowledge of their structural reliability is a major challenge for engineers and managers of these structures in order to meet current regulations and potentially develop them. In France, the regulations relating to the safety of hydraulic structures require the realization of hazard studies, in which probabilistic safety evaluation procedures take on a more and more important role. Due to the complexity of their failure mechanisms and the lack of a specific condition of limit-state for some failure mechanisms such as internal erosion and overtopping or scour, calculating a probability of failure by quantitative approaches remains impossible to this day. Levees induce specific problems in evaluating their structural reliability where expert intervention is necessary and pivotal. They must interpret the available data and take into account the uncertainties in their analysis, in order to evaluate the structural reliability of levees in terms of probability of failure. The aim of the thesis is to develop and elaborate a complete approach for supporting probabilistic evaluation of structural reliability of levees based on expert judgments. It is designed as a scientifically justified approach to collect and use uncertain but quantitative expert evaluations of structural reliability, in the form of a failure probability or a safety factor, accompanied by a margin of probabilistic uncertainty. To meet this goal, two approaches have been developed, "EiCAD" and "EiDA" composed of the following phases (in different orders):-individual elicitation phase of expert judgment (Ei) allowing the collection of probabilistic expert evaluations by a constricted questionnaire ;-calibration phase (C) to weigh the probabilistic expert evaluations elicited depending on the degrees of precision and accuracy that can be provided;-aggregation phase (A) during which the probabilistic expert evaluations elicited by several experts are taken into account ;-debiasing phase (D) during which biases that may affect the probabilistic expert evaluations are removed. The developed approaches have been implemented for the cases of Drac levees, located in the Grenoble agglomeration, to assess the probability of failure, by expert judgment, with regard to sliding and internal erosion mechanism of failureLes digues de protection contre les inondations sont d’une importance stratégique incontournable pour la sécurité des personnes et des biens. Une meilleure connaissance de leur fiabilité structurelle constitue un enjeu majeur pour les ingénieurs et pour les gestionnaires de ces ouvrages afin de répondre aux réglementations en vigueur et potentiellement les faire évoluer. La réglementation en France relative à la sûreté des ouvrages hydrauliques exige la réalisation d’études de dangers, au sein desquelles les démarches probabilistes d’évaluation de la sécurité prennent une place de plus en plus importante. De par la complexité de leurs mécanismes de rupture et l’absence de condition d’état-limite précis pour certains mécanismes de défaillance tels que l’érosion interne, la surverse ou l’affouillement, le calcul d’une probabilité de défaillance par des approches quantitatives demeure à ce jour impossible. Les digues induisent des problématiques particulières pour l’évaluation de leur fiabilité structurelle où l’intervention d’experts s’avère nécessaire et centrale. Ceux-ci doivent procéder à l’interprétation des données disponibles et la prise en compte de leurs incertitudes, pour pouvoir ensuite évaluer la fiabilité structurelle de digues en termes de probabilité de défaillance. L’objectif de la thèse est l’élaboration d’une démarche complète d’aide à l’évaluation probabiliste de la fiabilité structurelle des digues à partir du jugement expert. Une démarche scientifiquement justifiée pour le recueil et l’exploitation des évaluations expertes, incertaines mais quantitatives, de la fiabilité structurelle des ouvrages, sous la forme d’une probabilité de défaillance ou d’un coefficient de sécurité, assorti(e) d’une marge d’incertitude probabiliste. Afin de répondre à cet objectif, deux démarches ont été développée, « EiCAD » et « EiDA », toutes reposant (dans des ordres différents) sur les phases suivantes :-Une phase d’élicitation individuelle des avis experts (Ei) permettant le recueil des évaluations expertes probabilistes par la construction d’un formulaire de questionnement ;-Une phase de calibration (C) permettant de pondérer les évaluations expertes en fonction des degrés de précision et de justesse ;-Une phase d’agrégation (A) permettant une prise en compte simultanée de plusieurs évaluations expertes probabilistes ;-Une phase de débiaisage (D) permettant de traiter les biais susceptibles d’entacher les évaluations expertes probabilistes. Les démarches développées ont été mises en œuvre sur des cas de digues du Drac, dans l’agglomération grenobloise, pour évaluer la probabilité de défaillance, par jugement expert, vis-à-vis de mécanisme de rupture par glissement et par érosion intern

Development of an approach to evaluate the failure probabilities of river levees based on expert judgement: Application to a case study

International audienceStudies carried out to analyse the risks of levees must include an evaluation of the probabilities of occurrence of different failure mechanisms. The probabilistic quantitative evaluation of these mechanisms remains difficult due to often insufficient data, the natural variability of the materials, structures that are very long, and the unavailability of mechanical models for certain failure mechanisms. This makes it necessary to call for expert judgement to evaluate the probabilities of failure. However, expert judgement generally has qualitative and subjective dimensions, and it includes biases that are liable to impair the capacities of an expert to elicit their evaluations. This article proposes an approach to processing expert judgement that includes the modalities of Individual expert Elicitation, Calibration, Aggregation, and Debiasing of expert judgement (IeCAD). This IeCAD approach has been developed for river levees in view to correcting biased expert evaluations in the case of evaluating the failure probability of structures

Traitement des biais heuristiques pour l’évaluation probabiliste de la sûreté des digues fluviales

National audienceEn France, la réglementation concernant l’évaluation du niveau de sécurité des linéaires de digues a été renforcée. Elle nécessite l’évaluation probabiliste du risque de défaillance des ouvrages. Or ceux-ci et leurs mécanismes de défaillances demeurent dans une large mesure mal connus, conduisant à une prédominance de l’exploitation du jugement expert dans les études de diagnostic. Ainsi une erreur de jugement peut avoir des conséquences catastrophiques et la production d’une information fiable induit que l’ingénieur est capable de décrire fidèlement ses évaluations ainsi que l’incertitude qui s’y rattache. Répondant à ce besoin, notre recherche vise à produire des approches et des outils scientifiques pertinents pour la collecte et le traitement des déclarations d'experts fiables ou assorties d’un degré de vraisemblance. Nous présentons ici nos recherches concernant l’identification et le traitement des biais susceptibles d’entacher les évaluations expertes

Démarche d'Élicitation, Calibration, Agrégation et Dé-biaisage « EiCAD » du jugement d'expert pour l'évaluation probabiliste de la fiabilité structurelle des digues fluviales

10èmes journées Fiabilité des Matériaux et des Structures, Bordeaux, FRA, 27-/03/2018 - 28/03/2018National audienceIn civil engineering, utilization and exploitation of the expert judgment is an important issue in evaluating the structural reliability of civil works whose failure behaviour is poorly known and difficult to quantify. In this communication, the application of the elicitation, calibration, aggregation and debiasing steps of expert judgement to evaluate the reliability of river Levees is studied. These steps are been little exploited in the field of civil engineering while their implementation in other domains such as statistics, economics and psychology has witnessed a growing interest. The communication proposes a quantitative methodology of exploitation and treatment of the expert judgement for evaluating of probabilities of failure of the river levees. An application of this methodology in the case of an existing river levee is presented.En génie civil, l'utilisation et l'exploitation du jugement d'expert est un sujet important pour l'évaluation de la fiabilité structurelle des ouvrages dont le comportement de défaillance est mal connu et difficilement quantifiable. Dans cette communication l'application des démarches d'élicitation, de calibration, d'agrégation et de dé-biaisage des avis experts pour évaluer la fiabilité des digues fluviales est étudiée. Ces démarches sont peu exploitées dans le domaine du génie civil alors que leur mise en oeuvre dans d'autres domaines comme la statistique, l'économie et la psychologie a été témoin d'un intérêt croissant. La communication propose une démarche quantitative d'exploitation et de traitement du jugement d'expert pour l'évaluation des probabilités de défaillance des digues fluviales. Une application au cas d'une digue fluviale existante est présentée

Calibration et agrégation de jugements d'experts pour l'évaluation de la probabilité de défaillance de digues fluviales

International audienceIn civil engineering, the utilisation of expert judgement is important for evaluating the reliability of structures whose failure behaviour is little known and difficult to quantify. This article presents the application of the approaches of elicitation, calibration and aggregation of expert opinions to evaluate the reliability of river levees. These approaches have seldom been used in the field of French hydraulic structures whereas there is growing interest for them in other countries, concerning structures reliability and other fields such as aerospace industry, nuclear industry, hydrology, statistics, economics, psychology etc. This article proposes a quantitative approach to the use of expert judgement for evaluating river levee failure probability. An application to the case of an existing river levee is presented. The approach developed assesses the expert opinions according to their calibration (statistical accuracy) and their informativeness, then aggregates them in a single calibrated opinion. Applying the proposed weighting and aggregation procedure reduces variability in the probability of failure estimate, then it provides a better probabilistic distribution of aggregated expert opinion than of individual expert opinions. The results allow identifying a trend of aggregated expert opinions that point towards over- or lack of confidence

Démarche d'Élicitation, Calibration, Agrégation et Dé-biaisage « EiCAD » du jugement d'expert pour l'évaluation probabiliste de la fiabilité structurelle des digues fluviales

10èmes journées Fiabilité des Matériaux et des Structures, Bordeaux, FRA, 27-/03/2018 - 28/03/2018National audienceIn civil engineering, utilization and exploitation of the expert judgment is an important issue in evaluating the structural reliability of civil works whose failure behaviour is poorly known and difficult to quantify. In this communication, the application of the elicitation, calibration, aggregation and debiasing steps of expert judgement to evaluate the reliability of river Levees is studied. These steps are been little exploited in the field of civil engineering while their implementation in other domains such as statistics, economics and psychology has witnessed a growing interest. The communication proposes a quantitative methodology of exploitation and treatment of the expert judgement for evaluating of probabilities of failure of the river levees. An application of this methodology in the case of an existing river levee is presented.En génie civil, l'utilisation et l'exploitation du jugement d'expert est un sujet important pour l'évaluation de la fiabilité structurelle des ouvrages dont le comportement de défaillance est mal connu et difficilement quantifiable. Dans cette communication l'application des démarches d'élicitation, de calibration, d'agrégation et de dé-biaisage des avis experts pour évaluer la fiabilité des digues fluviales est étudiée. Ces démarches sont peu exploitées dans le domaine du génie civil alors que leur mise en oeuvre dans d'autres domaines comme la statistique, l'économie et la psychologie a été témoin d'un intérêt croissant. La communication propose une démarche quantitative d'exploitation et de traitement du jugement d'expert pour l'évaluation des probabilités de défaillance des digues fluviales. Une application au cas d'une digue fluviale existante est présentée