G-Finisher : uma nova estratégia para refinar e finalizar montagens de genomas bacterianos

Orientador : Prof. Dr. Fábio de Oliveira PedrosaCoorientadores : Profª. Drª. Maria Berenice Reynaud Steffens e Prof. Dr. Roberto Tadeu RaittzTese (doutorado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Ciências : Bioquímica. Defesa: Curitiba, 27/07/2016Inclui referências: f. 113-121Resumo: O processo de reconstrução completa da sequência de DNA dos genomas bacterianos ainda é complexo. Apenas 13% dos projetos de sequenciamento de genomas procarióticos são concluídos. Versões rascunho da sequência do genoma são depositadas nos bancos de dados públicos, na forma fragmentada de contigs e com prováveis perdas de informações gênicas. Esta tese tem o objetivo de identificar erros de montagem e melhorar o processo de montagem de genomas de bactérias. Padrões biólogos observados em sequências genômicas e a utilização de informação a priori permitem a identificação de regiões com erros de montagem, reorganizar as sequências e melhorar a montagem do genoma. Com a finalidade de melhorar a finalização das montagens, os contigs são quebrados nos pontos de máximo e mínimo local da curva Fuzzy-GC-Skew e armazenados em nós de um grafo sem bordas. Esses nós são ordenados com base na sequência de referência e submetidos para fechamento das lacunas pelo jFGap. No método desenvolvido neste trabalho - G-Finisher -, os contigs são quebrados nos pontos críticos da curva Fuzzy GC Skew, reordenados e as lacunas fechadas com o jFGap. O G-Finisher foi testado nas 96 montagens obtidas pelo GAGE-B e reduziu na média 86% o número de contigs. G-Finisher pode facilmente melhorar os projetos de montagens de genomas de procariotos, de modo que os programas de montagem podem ser melhorados com a incorporação do G-Finisher ou com a utilização de padrões de sequências biológicas. O software e o código-fonte, escrito em Java, foram licenciados na forma do software livre e disponibilizados em http://gfinisher.sourceforge.net/.Abstract: The process of reconstruction of complete genome from DNA sequences is still complex. Only 13% of the prokaryotic genome sequencing projects are completely finished. Draft genome sequences deposited in public databases are fragmented in contigs and may lack the full gene content. To identify assembly errors and improve the assembly process of bacterial genomes are the purpose of this work. The biological patterns observed in genomic sequences and the application of a priori information allows the identification of misassembled regions, and the reorganization and improvement of the overall genome assembly. In order to improve the finishing of genome assemblies the contigs are broken down at the peaks (all critical points) of a Fuzzy-GC-Skew-Moving-Average graph and stored in computer nodes in a graph data structure without edges. These nodes are ordered following a reference and submitted to the gap closing software jFGap. In the proposed new method - GFinisher - critical peaks in Fuzzy GC skew graphs are broken down, reassembled and closed using jFGap. The number of contigs decreases by up 86%. This has been successfully applied to the 96 genome assemblies described and provide by GAGE-B. GFinisher can easily optimize assemblies of prokaryotic draft genomes and can be used to improve the assembly programs using biological genome sequence patterns. The software was written em Java, licensed in open-source and the binaires and source code are available at http://gfinisher.sourceforge.net/. Keywords: genome finisher, gap close, contig order, genome assembl

Desenvolvimento de um novo processo de produção de esporos de Geobacillus stearothermophilus e sua utilização em indicador biológico para esterilização a vapor

Resum

Desenvolvimento de um novo processo de produção de esporos de Geobacillus stearothermophilus e sua utilização em indicador biológico para esterilização a vapor

Resum

Banco de dados biológico no modelo relacional para mineração de dados em genomas completos de procariotos disponibilizados pelo NCBI GenBank

Resumo: O NCBI GenBank, um dos três principais bancos de dados primários, tem centralizado as informações obtidas pelos processos de sequenciamento de DNA e/ou RNA e as tem distribuído no formato de arquivos textos. Nos servidores de arquivos do GenBank, para o Domínio Bactéria e Domínio Archea, existe um arquivo em formato específico para cada organismo, cromossomo ou plasmídeo completamente sequenciado, com seus genomas e respectivas anotações. Detectou-se a ausência de um modelo de banco de dados para armazenar todas as informações, bem como se observou a necessidade de redistribuir essas informações no formato de banco de dados relacional. Este trabalho propõe um modelo de banco de dados relacional e um conjunto de ferramentas para análise, transposição dos dados no formato texto para o modelo de banco de dados relacional desenvolvido e estratégias de atualização. O modelo foi desenvolvido a partir da análise da especificação do GenBank e da observação das informações de organismos espalhados em mais de 2000 arquivos. Para o desenvolvimento das ferramentas, adotou-se a metodologia da prototipação, padrões de projetos, testes e análises de desempenho. Os resultados obtidos demonstram a possibilidade de armazenar todos os dados nos principais SGBD, com redução significativa da redundância nos dados e obtenção de alto desempenho nas quatro etapas do processo: 1) sincronização dos arquivos de texto em um repositório local a partir do servidor de arquivos do NCBI; 2) análise dos arquivos e interpretação dos campos; 3) carga dos dados analisados no banco de dados e; 4) aderência do modelo desenvolvido com a especificação e desempenho observado nas consultas feitas. Esta dissertação contribui para um novo modelo de organização, acesso e distribuição das informações do NCBI GenBank

Análise do planejamento versus execução do plano plurianual do município de Curiiba no período de 2010 a 2013

Orientador: Profa. Dra. Mayla Cristina CostaMonografia (especialização) - Universidade Federal do Paraná, Curso de Especialização MBA em Auditoria IntegralInclui referênciasResumo : Este trabalho tem como objetivo geral avaliar, a partir das informações disponibilizadas no Portal da Transparência, a execução financeira do Plano Plurianual do Município de Curitiba, no período de 2010 a 2013, analisando os programas que foram executados de acordo com o planejamento e os que apresentaram baixo percentual de execução. O objetivo geral consiste em analisar a priorização dos cincos eixos estratégicos: Morar, Cuidar, Trabalhar, Aprender e Viver. Para o desenvolvimento do trabalho utilizou-se a pesquisa qualitativa do tipo exploratória, com os procedimentos técnicos da pesquisa bibliográfica e documental. A pesquisa bibliográfica sedimentou-se em torno das referências bibliográficas pertinentes a nova gestão pública, algumas ferramentas do planejamento público, como Plano Plurianual, Lei de Diretrizes Orçamentárias e Lei Orçamentária Anual, bem como a transparência da implantação dos programas e políticas públicas. A pesquisa documental constituiu-se ainda da utilização da Lei Municipal de Curitiba nº 13.378, de 11 de dezembro de 2009 que "Dispõe sobre o Plano Plurianual para o período 2010/2013" e todos os seus anexos e as despesas empenhadas e liquidadas, no período de 2010 a 2013, do Município de Curitiba, disponíveis no Portal da Transparência, constante no sítio da internet da Prefeitura Municipal de Curitiba. Os resultados mostram que no primeiro ano do PPA a gestão municipal implementou apenas 67,73% das ações planejadas e no ano seguinte, a liquidação foi de 75,68%. Em 2012, último ano da gestão 2009-2012, a execução das ações foi de 98,77%, em contrapartida no último ano do Plano e primeiro ano da gestão 2013-2016, a implementação das ações foi de 113,91%. Sendo assim, a gestão municipal executou o PPA em 89,77%. Inúmeros foram os programas implementados em mais de 100,00%. No entanto, outros programas não foram executados: Programa Legislativo Municipal, Programa Novo Centro, Reserva de Contingência e Reserva Orçamentária. Além dos programas não executados, outros apresentaram baixo percentual de liquidação: o Programa Fomento ao Desenvolvimento Econômico e ao Negócio foi liquidado em 4,29%, o Programa Metrô-Linha Azul em 8,71%, o Programa Educação/Expansão do Atendimento Educacional em 26,76% e o Programa Comunidade Escola foi executado em 38,09%. Em relação aos eixos estratégicos, constatou-se que o eixo que teve a maior priorização foi o "Trabalhar" com 137,19%, o segundo eixo foi o "Aprender" com 122,36% e em terceiro foi o "Cuidar" com 112,69%

Abordagem do HPV no ensino médio por meio de uma oficina temática: uma experiência a partir do PIBID/UEM

Anais do II Seminário Seminário Estadual PIBID do Paraná: tecendo saberes / organizado por Dulcyene Maria Ribeiro e Catarina Costa Fernandes — Foz do Iguaçu: Unioeste; Unila, 2014Este trabalho apresenta o relato de experiência de uma Oficina Temática relacionada ao Papilomavírus humano ( HPV), junto a estudantes do Ensino Médio. A atividade foi desenvolvida por licenciandas do curso de Ciências Biológicas, integrantes do Programa Institucional de Bolsas de Iniciação à Docência (PIBID) da Universidade Estadual de Maringá. Os dados foram obtidos junto a vinte e quatro alunos de uma escola pública da cidade de Maringá, região noroeste do estado do Paraná. Na organização do ensino foram empregadas atividades diversificadas, incluindo textos, trechos de filmes e documentários, imagens, dinâmicas grupais e confecção de cartazes (como meio de divulgação da campanha de vacinação promovida pelo Governo Federal, aos demais estudantes do colégio). A análise dos cartazes evidenciou uma apropriação de conhecimentos relacionados aos meios de prevenção, diagnóstico e tratamento do HPV e relevância da vacinaçã

Peripheral T-cell lymphoma in the oral cavity of a cow

Background: Squamous cell carcinomas and lymphomas are the most prevalent neoplasms in cattle, the latter usually being attributed to infection by bovine leukemia virus (BLV). Neoplasms of the oral cavity are sporadic in cattle, with but a single case of lymphoma involving this anatomic site in a bovine reported to date. This paper reports a case of lymphoma involving the oral cavity of a dairy cow. The clinical and pathological aspects of the tumor are described and discussed. Case: A 39-month-old Holstein-Friesian cow was presented with weight loss and a tumorous growth in the left masseter region, tearing in the left eye, and mild ipsilateral exophthalmos. Treatment with antibiotics was unsuccessful. The tumor growth was 16 x 11 cm, with a soft center and firm periphery, multilobulated, with white intercalated with black and friable areas from which a fetid odor emanated. The cut surface was predominantly white-yellow. A cross-section of the head, caudal to the second molar, revealed a mass infiltrating and almost completely obliterating the left nasal cavity, destroying the frontal sinus, the ventral conchae, and the middle and ventral meatus, and compressing the common meatus. The tracheobronchial, mediastinal, and internal iliac lymph nodes were enlarged and masses with similar characteristics to those in the oral cavity replace their parenchyma. Microscopically, the mass consisted of large neoplastic lymphocytes arranged in a non-encapsulated and infiltrative mantle and supported by scarce fibrovascular tissue. The cytoplasm of neoplastic cells was scarce and had distinct boundaries; the nuclei were round or oval, the chromatin was finely granulated, and the prominent nucleolus had occasionally multiplied. Nuclear pleomorphism was marked and there were, on average, five mitotic figures per microscopic field of 400x. Similar neoplastic cells obliterated the normal structure of the tracheobronchial, mediastinal, and internal iliac lymph nodes. In the immunohistochemical examination, labeling was diffuse and moderate in the cytoplasm of neoplastic cells when a CD3 antibody was used, and negative when antibodies to CD79α, cytokeratin, and vimentin were used. Due to its characteristic markings in the immunohistochemistry panel, the neoplasm was classified as an unspecified peripheral T-cell lymphoma. Discussion: The diagnosis of lymphoma was based on clinical signs and gross and histopathological findings, and was confirmed by immunohistochemistry. Lymphomas in cattle are common in several organs as part of enzootic bovine leukosis, a virus-induced type of B-cell lymphoma. However, lymphomas are rare in the oral cavity. The clinical presentation observed in this case points to the upper alimentary tract as the primary site of the neoplasm once clinical respiratory signs were not observed in the cow. The neoplasm cells described here presented a T-cell profile in immunohistochemistry panel, suggesting that the tumor should be included in the sporadic form of bovine leukosis since B-cells are the cellular population in cases of enzootic bovine leukosis. However, since the diagnosis of enzootic leukosis was not definitively excluded in this case, the cause of the neoplasia cannot be conclusively determined. It is concluded that, although rare, lymphomas may indeed occur in the bovine oral cavity and should be included in the differentials list for tumoral growth in the lateral region of the bovine face

Chemodectoma in a Bitch

Background: Chemodectomas, better known as tumors of the base of the heart, arise from aortic bodies, respiratory chemoreceptors located near or inside the aortic arch or originate from receptors located in the carotid arteries. Relatively rare, they affect dogs and, to a lesser extent, felines. They gain great importance when they influence the function of the cardiovascular system, with animals showing clinical signs related to congestive heart failure. Clinical diagnosis is based on symptomatology and complementary tests such as radiography, electrocardiography and echocardiography, while the definitive diagnosis is obtained by cytological and histopathological exams. This study aims to reports a case of malignant chemodectoma in a bitch, whose main symptomatology was neurological and not cardiovascular. Case: A 1-year-old Rottweiler bitch was attended with neurological alterations compatible with vestibular syndrome, hyporexia, dysphagia, apathy, melena, emesis, and purulent nasal discharge on the right nostril. On physical examination, the animal showed depressed level of consciousness, poor body condition, bilateral quemosis, paralysis of the right eye, inspiratory dyspnea and muffling of cardiac auscultation, besides a subcutaneous nodule between the scapulae. On neurological evaluation, horizontal nystagmus, head tilt to the right side, ventromedial strabismus and facial nerve paralysis on the right side were observed so that the localization of the lesion was set in peripheral vestibular system. During anesthesia for esophageal tube placement, a mass from the hard palate to the oropharynx was noted, making endotracheal intubation impossible to perform. Biopsy of this nodule was performed, and tracheostomy was indicated, but the owner opted for euthanasia before the procedure. Necropsy revealed white soft masses in the bilateral retromandibular region, on the subcutaneous tissue near the scapulae, in the right ear and since nasopharynx to the soft palate, in addition to sparse white nodules in the heart, lung, carotid artery, kidneys, right ovary, mesentery near to the spleen, and axillary lymph node. Histologically, the nodules were characterized by neoplastic cells population organized in short bundles or cords, arranged around small blood vessels surrounded by delicate connective tissue. Neoplastic cells infiltrated muscles and blood and lymphatic vessels were filled by multiple neoplastic emboli. The histological pattern of the cells allowed the diagnosis of chemodectoma. Discussion: The bitch from this case had 1-year-old when diagnosed with chemodectoma, differently from most cases from literature, that are between 7 to 15 years old. Furthermore, primarily cardiac tumors are considered rare, being chemodectoma the most common, often reported in Boxer and Boston Terrier dogs, but unusual in Rottweilers. Despites some articles mentioning seizure and Horner Syndrome secondary to a carotid body chemodectoma, neurological signs are not commonly observed in these cases. The presence of the tumor in the middle ear region of the right side supports the occurrence of peripheral vestibular syndrome and facial nerve paralysis on the same side. Because it is a neoplasm that is usually detected late during the course of the disorder, most patients either cannot obtain diagnosis in vivo, as in this reported animal, which was in such a critical condition that underwent euthanasia, or there are no more possible therapeutic choices. In the patient described, there were numerous metastatic masses and nodules spread throughout the body. Although the typical clinical signs in animals with chemodectomas are often related to heart disease, neurological signs may also be present. This report emphasizes the importance of chemodectoma being included as a differential diagnosis in young dogs and even in breeds such as Rottweiler. Keywords: aortic body neoplasia, paraganglioma, vestibular syndrome

IdentKit : Sistema para desenvolvimento de retratos falados

Orientador: Dieval GuizeliniMonografia (graduação) - Universidade Federal do Paraná, Escola Técnica, Curso de Tecnologia em InformáticaInclui bibliografi

Conhecimento das puérperas com relação aos métodos não farmacológicos de alívio da dor do parto

O uso dos métodos não farmacológicos para o alívio da dor da parturiente aumenta a tolerância à dor, possibilitando benefícios para a maioria das mulheres e participação no processo parturitivo. Essas práticas têm a finalidade de tornar o parto o mais natural possível, diminuindo as intervenções e cesarianas desnecessárias e a administração de fármacos. Avaliar o conhecimento das puérperas de maternidade filantrópica em relação aos métodos de alívio da dor, verificar sua opinião e identificar a técnica mais aplicada foram os objetivos deste estudo quantitativo, com participação de 120 puérperas. As entrevistas foram realizadas durante a internação no alojamento conjunto, em fevereiro e março de 2012, e abordaram questões referentes ao perfil sociodemográfico e aos métodos não farmacológicos de alívio da dor do parto. Os resultados mostram que esse grupo é caracterizado por mães jovens, primíparas, com união estável, com escolaridade média, na maioria desempregadas, com predomínio do desfecho de parto vaginal. O conhecimento dos métodos durante todo o período gravídico é deficiente, pois somente 23% das mulheres conheciam alguma técnica para aliviar a dor no parto. A opinião delas sobre a aplicação desses métodos foi relatado com sentimentos ambíguos de alívio e intensificação da dor, porém favoreceu a evolução do trabalho de parto, pela rapidez e eficiência. A técnica mais utilizada e considerada efetiva e confortável foi o banho de chuveiro. Este estudo evidenciou que o foco da deficiência de conhecimento sobre tais métodos não está na maternidade, mas sim no pré-natal