Análisis de concordancia de tres pruebas para el diagnóstico de malaria en la población sintomática de los municipios endémicos de Colombia

Introduction: Taking into account the difficulty of performing malaria microscopic diagnosis in rural areas, rapid diagnostic tests (RDT) are a good alternative, but it is important to verify their diagnostic performance.Objective: To evaluate the diagnostic performance of the RDTs used in five Colombian departments by comparing them with the microscopic diagnosis and using PCR as the reference standard.Materials and methods: Thick blood film and RDTs were used to diagnose symptomatic individuals; additionally, the filter paper was impregnated with blood for the molecular test.Results: We included 314 samples whose percentage of positivity for malaria was 49% by PCR, 48% by microscopy and 46% by RDT; parasitemia ranged between 180 and 23,800 p/μL of blood. The concordance of the results from the microscopy units and those of the PCR (National Laboratory of Reference) was as follows: Cohen’s kappa coefficient, 0.975 (95% CI: 0.950-0.999); sensitivity, 97% (95% CI 95-100); specificity 100% (95% CI: 100-100), and kappa index of species, 0.958 (IC95%: 0.912-1.00).The concordance between the Pf/Pv RDT (at the microscopy units) and the PCR (National Laboratory of Reference) was as follows: kappa coefficient, 0.878 (95% CI: 0.784-0.973); sensitivity, 94% (95% CI: 87-100); specificity, 95% (95% CI: 90-100), and kappa index of species, 1.0 (95% CI: 1.00-1.00).The concordance between the Pf/Pan RDT versus PCR was: Cohen’s kappa coefficient, 0.920 (95 % CI: 0.865- 0.974); sensitivity, 94% (95% CI: 90-98); specificity, 99% (95% CI 95-100), and kappa index of species, 0.750 (IC95% 0,637-0,863). Conclusion: The results of this study support the use of RDTs in Colombia; however, more training of the personnel is required to accurately differentiate Plasmodium species.Introducción. Dadas las dificultades del diagnóstico microscópico de la malaria o paludismo en las áreas rurales, las pruebas de diagnóstico rápido constituyen una buena alternativa, por lo que es importante conocer su desempeño.Objetivo. Evaluar el desempeño de las pruebas de diagnóstico rápido utilizadas en cinco departamentos para al diagnóstico microscópico de la malaria usando la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) como estándar de referencia.Materiales y métodos. Se usaron la prueba de gota gruesa y las pruebas de diagnóstico rápido y, además, se impregnó papel de filtro con sangre para la prueba molecular (PCR), en individuos sintomáticos.Resultados. Se incluyeron 314 muestras cuyo porcentaje de positividad para malaria fue de 49 % con la PCR, de 48 % con microscopía y de 46 % con las pruebas de diagnóstico rápido; la parasitemia fluctuó entre 180 y 23.800 parásitos/μl de sangre. La concordancia de los resultados de los puestos de microscopía comparados con la PCR (Laboratorio Nacional de Referencia) fueron los siguientes: coeficiente kappa de Cohen de 0,975 (IC95% 0,950-0,999), sensibilidad de 97 % (IC95% 95-100) y especificidad de 100 % (IC95% 100-100), e índice kappa de especie de 0,958 (IC95% 0,912-1,00). La concordancia de los resultados de la prueba de diagnóstico rápido Pf/Pv en los puestos de microscopía y los de la PCR (Laboratorio Nacional de Referencia), fue la siguiente: coeficiente kappa de 0,878 (IC95% 0,784-0,973), sensibilidad de 94 % (IC95% 87-100), especificidad de 95 % (IC95% 90-100), e índice kappa de especie de 1,0 (IC95% 1,00-1,00). La concordancia entre la prueba de diagnóstico rápido Pf/Pan y la PCR fue la siguiente: coeficiente kappa de Cohen de 0,920 (IC95% 0,865-0,974), sensibilidad de 94 % (IC95% 90-98), especificidad de 99 % (IC95% 95-100), e índice kappa de especie de 0,750 (IC95% 0,637-0,863).Conclusión. Los resultados de este estudio respaldan el uso de las pruebas de diagnóstico rápido en Colombia, aunque se requiere un mejor entrenamiento del personal para diferenciar eficientemente las especies de Plasmodium

Producción de proteínas recombinantes de Plasmodium falciparum en Escherichia coli

Introduction: The production of recombinant proteins is essential for the characterization and functional study of proteins from Plasmodium falciparum. However, the proteins of P. falciparum are among the most challenging to express, and when expression is achieved, the recombinant proteins usually fold incorrectly and lead to the formation of inclusion bodies. Objective: To obtain and purify four recombinant proteins and to use them as antigens to produce polyclonal antibodies. The production efficiency and solubility were evaluated as the proteins were expressed in two genetically modified strains of Escherichia coli to favor the production of heterologous proteins (BL21-CodonPlus (DE3)-RIL and BL21-pG-KJE8). Materials and methods: The four recombinant P. falciparum proteins corresponding to partial sequences of PfMyoA (Myosin A) and PfGAP50 (gliding associated protein 50), and the complete sequences of PfMTIP (myosin tail interacting protein) and PfGAP45 (gliding associated protein 45), were produced as glutathione S-transferase-fusion proteins, purified and used for immunizing mice. Results: The protein expression was much more efficient in BL21-CodonPlus, the strain that contains tRNAs that are rare in wild-type E. coli, compared to the expression in BL21-pG-KJE8. In spite of the fact that BL21-pG-KJE8 overexpresses chaperones, this strain did not minimize the formation of inclusion bodies. Conclusion: The use of genetically modified strains of E. coli was essential to achieve high expression levels of the four evaluated P. falciparum proteins and lead to improved solubility of two of them. The approach used here allowed us to obtain and purify four P. falciparum proteins in enough quantity to produce polyclonal antibodies in mice, and a fair amount of two pure and soluble recombinant proteins for future assays.Introducción. La producción de proteínas recombinantes es fundamental para el estudio funcional de las proteínas de Plasmodium falciparum. Sin embargo, las proteínas recombinantes de P. falciparum están entre las más difíciles de expresar y, cuando lo hacen, usualmente se agregan dentro de cuerpos de inclusión insolubles.Objetivo. Evaluar la producción de cuatro proteínas de P. falciparum usando como sistema de expresión dos cepas de Escherichia coli genéticamente modificadas para favorecer la producción de proteínas heterólogas y establecer una reserva de proteínas recombinantes puras y solubles, y producir anticuerpos policlonales a partir de ellas.Materiales y métodos. Las proteínas recombinantes, las cuales correspondían a secuencias parciales de PfMyoA (Miosina-A) y PfGAP50 (proteína-asociada a glideosoma de 50 kDa) y a las secuencias completas de PfMTIP (proteína de interacción con miosina-A) y PfGAP45 (proteína asociada a glideosoma de 45 kDa), fueron expresadas como proteínas de fusión con la glutatión S-transferasa y luego purificadas y usadas para producir anticuerpos policlonales en ratón.Resultados. La expresión de las proteínas recombinantes fue mucho más eficiente en la cepa BL21-CodonPlus (la cual expresa tRNAs escasos en las bacterias silvestres), que en la cepa BL21-pG-KJE8. Por el contrario, aunque la cepa BL21-pG-KJE sobreexpresa chaperonas, no redujo la formación de cuerpos de inclusión.Conclusión. El uso de cepas de E. coli genéticamente modificadas fue fundamental para alcanzar altos niveles de expresión de las cuatro proteínas recombinantes evaluadas y permitió obtener dos de ellas en forma soluble. La estrategia utilizada permitió expresar cuatro proteínas recombinantes de P. falciparum en cantidad suficiente para inmunizar ratones y producir anticuerpos policlonales y, además, conservar proteína pura y soluble de dos de ellas para ensayos futuros

Genotipificación de Plasmodium falciparum por PCR múltiple por medio de los genes msp1, msp2 y glurp, en cuatro localidades de Colombia

Introduction. The genetic diversity of Plasmodium falciparum has been one of the major obstacles for the success of anti-malaria drug therapy. It provides the parasite an ability to evade the host's immune response by generating changes in its antigenic composition and resistance to antimalarial drugs.Objective. The genetic diversity of P.falciparum was characterized in 4 Colombian localities through the analysis of polymorphic genes.Materials and methods. Eighty-one samples were obtained from patients with uncomplicated P. falciparum malaria and screened for polymorphic variants of msp1, msp2 (merozoite surface proteins) and glurp (glutamate-rich protein) with a multiplex PCR assay. The geographic regions sampled were Tierralta (Córdoba), in northwestern Colombia and in the Orinoco river watershed of eastern Colombia-- Inírida (Guainía), La Carpa (Guaviare), and Casuarito (Vichada).Results. The MAD20 variant was detected in all samples analyzed for the msp1 gene. For the msp 2 gene, the IC allelic family was found in 96.3% of the samples as compared to 4.9% of the samples with the FC family. Both families showed size polymorphism with bands between 467 and 513 basepairs (bp) for IC and 286 and 300 bp for FC. PCR products of differing sizes were detected for the glurp gene and grouped into 5 size classes: I (600-699 bp) 2.5%, II (700-799 bp) 19.8%, III (800-899 bp) 72.8%, IV (900-999 bp) 1.2% and V (1000-1099 bp) 3.7%.Conclusions. The msp1 molecular marker did not provide information for differentiating P. falciparum parasite populations. The msp 2 gene was more suitable for studying the genetic diversity, however, further studies are required to identify polymorphisms within the two allelic families. The glurp gene showed a great genetic diversity of circulating P. falciparum populations, and suggested that this gene may be useful for distinguishing between recrudescence and reinfection.Introducción. La diversidad genética de Plasmodium falciparum constituye un obstáculo para el éxito de la terapia antipalúdica, pues le permite al parásito evadir la respuesta inmunitaria del huésped, lo cual genera cambios en su composición antigénica y resistencia a los medicamentos antipalúdicos.Objetivo. Estudiar la diversidad genética de P. falciparum procedente de cuatro localidades colombianas mediante el análisis de los genes polimórficos msp1, msp2 y glurp.Materiales y métodos. Se genotipificaron 81 muestras mediante PCR múltiple de pacientes infectados con P. falciparum, procedentes de Tierralta (Córdoba), Inírida (Guainía), La Carpa (Guaviare) y Casuarito (Vichada).Resultados. Para el gen msp1 se detectó MAD20 en todas las muestras analizadas. Para el gen msp2 se halló con mayor frecuencia la familia alélica IC (96,3%) comparada con FC (4,9%). En ambas familias se evidenció polimorfismo de tamaño, y se encontraron bandas en un rango entre 467 y 513 pares de bases (pb) para IC y entre 286 y 300 pb para FC. Para el gen glurp se detectaron diferentes tamaños de productos de PCR, los cuales se agruparon en cinco genotipos: I (600-699 pb) 2,5%, II (700-799 pb) 19,8%, III (800-899 pb) 72,8%, IV (900-999 pb) 1,2% y V (1.000-1.099 pb) 3,7%.Conclusiones. Nuestros resultados demuestran que el marcador molecular msp1 no proporciona información útil para diferenciar las poblaciones parasitarias de P. falciparum. El gen msp2 es apropiado para evaluar la diversidad genética, pero requiere ensayos más finos que permitan diferenciar claramente el polimorfismo de tamaño en las dos familias. Los resultados obtenidos con el gen glurp evidenciaron una gran diversidad genética en las poblaciones de P. falciparum que circulan en el país y sugieren que este gen puede ser útil para diferenciar nuevas infecciones de infecciones recurrentes o recrudecimientos

The polygenic basis of relapse after a first episode of schizophrenia

Little is known about genetic predisposition to relapse. Previous studies have linked cognitive and psychopathological (mainly schizophrenia and bipolar disorder) polygenic risk scores (PRS) with clinical manifestations of the disease. This study aims to explore the potential role of PRS from major mental disorders and cognition on schizophrenia relapse. 114 patients recruited in the 2EPs Project were included (56 patients who had not experienced relapse after 3 years of enrollment and 58 patients who relapsed during the 3-year follow-up). PRS for schizophrenia (PRS-SZ), bipolar disorder (PRS-BD), education attainment (PRS-EA) and cognitive performance (PRS-CP) were used to assess the genetic risk of schizophrenia relapse.Patients with higher PRS-EA, showed both a lower risk (OR=0.29, 95% CI [0.11–0.73]) and a later onset of relapse (30.96± 1.74 vs. 23.12± 1.14 months, p=0.007. Our study provides evidence that the genetic burden of neurocognitive function is a potentially predictors of relapse that could be incorporated into future risk prediction models. Moreover, appropriate treatments for cognitive symptoms appear to be important for improving the long-term clinical outcome of relapse

IL-6 serum levels predict severity and response to tocilizumab in COVID-19: An observational study

Background: Patients with coronavirus disaese 2019 (COVID-19) can develop a cytokine release syndrome that eventually leads to acute respiratory distress syndrome requiring invasive mechanical ventilation (IMV). Because IL-6 is a relevant cytokine in acute respiratory distress syndrome, the blockade of its receptor with tocilizumab (TCZ) could reduce mortality and/or morbidity in severe COVID-19. Objective: We sought to determine whether baseline IL-6 serum levels can predict the need for IMV and the response to TCZ. Methods: A retrospective observational study was performed in hospitalized patients diagnosed with COVID-19. Clinical information and laboratory findings, including IL-6 levels, were collected approximately 3 and 9 days after admission to be matched with preadministration and postadministration of TCZ. Multivariable logistic and linear regressions and survival analysis were performed depending on outcomes: need for IMV, evolution of arterial oxygen tension/fraction of inspired oxygen ratio, or mortality. Results: One hundred forty-six patients were studied, predominantly males (66%); median age was 63 years. Forty-four patients (30%) required IMV, and 58 patients (40%) received treatment with TCZ. IL-6 levels greater than 30 pg/mL was the best predictor for IMV (odds ratio, 7.1; P < .001). Early administration of TCZ was associated with improvement in oxygenation (arterial oxygen tension/fraction of inspired oxygen ratio) in patients with high IL-6 (P = .048). Patients with high IL-6 not treated with TCZ showed high mortality (hazard ratio, 4.6; P = .003), as well as those with low IL-6 treated with TCZ (hazard ratio, 3.6; P = .016). No relevant serious adverse events were observed in TCZ-treated patients. Conclusions: Baseline IL-6 greater than 30 pg/mL predicts IMV requirement in patients with COVID-19 and contributes to establish an adequate indication for TCZ administrationThis study was funded by Spanish Ministry of Economy, Industry and Competitiveness (MINECO) and Instituto de Salud Carlos III (grant nos. RD16/0011/0012 and PI18/ 0371 to I.G.A., grant no. PI19/00549 to A.A., and grant no. SAF2017-82886-R to F.S.-M.) and co-funded by the European Regional Development Fund. The study was also funded by ‘‘La Caixa Banking Foundation’’ (grant no. HR17-00016 to F.S.-M.) and ‘‘Fondos Supera COVID19’’ by Banco de Santander and CRUE. None of these sponsors have had any role in study design; in the collection, analysis, and interpretation of data; in the writing of the report; and in the decision to submit the article for publicatio

Laboratorio de experiencias : una estrategia para la cultura informacional en la Biblioteca-CRAI Universidad de Antioquia

RESUMEN: El laboratorio de experiencias es una estrategia para generar un espacio de participación, aprendizaje y decisión conjunta en el que los involucrados acuerdan trabajar y aprender juntos para identificar de manera conjunta un horizonte formativo en perspectiva de una cultura informacional. Esto significa la consolidación de un marco teórico que ilumine el sendero de la práctica educativa y un modelo pedagógico que orienten sus acciones. En ese sentido, el laboratorio de experiencias se define como un espacio de trabajo colaborativo que busca apropiar conocimientos en el campo de la pedagogía y la didáctica que permitan la comprensión del proceso de formación desde los contenidos educativos, los métodos de enseñanza y las estrategias de evaluación, en la dimensión de una cultura informacional. Igualmente, se tiene en cuenta a otros actores que han aportado conceptualmente, desde las teorías de la formación y las tradiciones pedagógicas que soportan los pilares de la práctica educativa que se desarrolla en el Sistema de Bibliotecas de la Universidad de Antioquia

Colombian consensus recommendations for diagnosis, management and treatment of the infection by SARS-COV-2/ COVID-19 in health care facilities - Recommendations from expert´s group based and informed on evidence

La Asociación Colombiana de Infectología (ACIN) y el Instituto de Evaluación de Nuevas Tecnologías de la Salud (IETS) conformó un grupo de trabajo para desarrollar recomendaciones informadas y basadas en evidencia, por consenso de expertos para la atención, diagnóstico y manejo de casos de Covid 19. Estas guías son dirigidas al personal de salud y buscar dar recomendaciones en los ámbitos de la atención en salud de los casos de Covid-19, en el contexto nacional de Colombia

Genomic investigations of unexplained acute hepatitis in children

Since its first identification in Scotland, over 1,000 cases of unexplained paediatric hepatitis in children have been reported worldwide, including 278 cases in the UK1. Here we report an investigation of 38 cases, 66 age-matched immunocompetent controls and 21 immunocompromised comparator participants, using a combination of genomic, transcriptomic, proteomic and immunohistochemical methods. We detected high levels of adeno-associated virus 2 (AAV2) DNA in the liver, blood, plasma or stool from 27 of 28 cases. We found low levels of adenovirus (HAdV) and human herpesvirus 6B (HHV-6B) in 23 of 31 and 16 of 23, respectively, of the cases tested. By contrast, AAV2 was infrequently detected and at low titre in the blood or the liver from control children with HAdV, even when profoundly immunosuppressed. AAV2, HAdV and HHV-6 phylogeny excluded the emergence of novel strains in cases. Histological analyses of explanted livers showed enrichment for T cells and B lineage cells. Proteomic comparison of liver tissue from cases and healthy controls identified increased expression of HLA class 2, immunoglobulin variable regions and complement proteins. HAdV and AAV2 proteins were not detected in the livers. Instead, we identified AAV2 DNA complexes reflecting both HAdV-mediated and HHV-6B-mediated replication. We hypothesize that high levels of abnormal AAV2 replication products aided by HAdV and, in severe cases, HHV-6B may have triggered immune-mediated hepatic disease in genetically and immunologically predisposed children

La cooperación internacional y su coordinación a nivel local: caso Cartagena de Indias 2006-2014

La cooperación internacional ha tenido un papel relevante en la política mundial en las últimas décadas, y ha sido objeto de estudio de diferentes corrientes teóricas. Colombia ha sido receptor de importantes flujos de cooperación oficial, pero el gobierno nacional no ha sido el único receptor de esta ayuda. Algunos gobiernos locales se han posicionado como receptores de flujos de cooperación de actores como agencias de cooperación de diferentes países, organizaciones privadas, organizaciones no gubernamentales, entre otros, los cuales se enfrentan al desafío de coordinar sus acciones con esos actores locales con el fin de lograr su propósito de contribuir al desarrollo. ¿Cuáles son los factores que inciden en la articulación de la cooperación internacional a nivel local? ¿Estos conciernen únicamente el diseño de mecanismos y la implementación de los programas por parte de los gobiernos locales o existen otros factores que inciden y deben ser tenidos en cuenta para lograr que dicha articulación sea eficaz? Para responder estas preguntas se analizar el caso concreto de la cooperación internacional en Cartagena, en el período de 2006- 2015.Abstract International cooperation has played an important role in world politics in recent decades, and has been studied from different theoretical currents. Colombia has been the recipient of major inflows of official assistance, but the national government has not been the only recipient of this assistance. Some local governments have positioned themselves as recipients of aid flows actors as cooperation agencies of different countries, private organizations, NGOs, among others, which face the challenge of coordinating its actions with those local actors in order to achieve its purpose of contributing to development. What are the factors affecting the articulation of international cooperation at the local level? Do these relates only mechanism design and implementation of programs by local governments or other factors that influence and must be taken into account to achieve such coordination to be effective? To answer these questions the case of international cooperation in Cartagena will analyze, in the period 2006- 2015.Maestrí

Optimización bi-objetivo de eficiencia en tiempo de producción y consumo de energía en entornos flexibles de manufactura job-shop

Con este trabajo se presenta un nuevo enfoque para abordar objetivos de minimizar el tiempo de ejecución de operaciones y el consumo de energía en entornos de manufactura flexibles. El método propuesto se basa en un Algoritmo Genético de Ordenación No Dominado II (NSGAII), el cual permite encontrar eficientemente soluciones óptimas entre estos dos objetivos críticos. La clave del método es una técnica de ordenación no dominado que clasifica e identifica eficazmente las soluciones Pareto óptimas. El rendimiento del algoritmo se evaluó experimentalmente en casos de referencia conocidos, como Kacem y Brandimarte. Los resultados demuestran la eficacia del enfoque al momento de minimizar simultáneamente el tiempo de ejecución y el consumo de energía. Además, la diversidad inherente a las soluciones de Pareto contribuye a una optimización equilibrada de estos objetivos. Los resultados muestran el potencial de los algoritmos genéticos, y en particular del NSGA-II, como herramientas convenientes para abordar retos de optimización multiobjetivo. Este estudio acerca la brecha entre los conocimientos teóricos y la aplicación práctica y demuestra la importancia de incluir más objetivos en escenarios reales, haciendo énfasis en las prometedoras perspectivas de estas técnicas en escenarios complejos reales.This paper presents a novel approach to address the dual objectives of minimizing makespan and energy consumption in flexible manufacturing processes. The proposed method leverages the Non-Dominated Sorting Genetic Algorithm II (NSGA-II) to efficiently find optimal trade-offs between these two critical objectives. The cornerstone of the approach is a non-dominated sorting technique, which effectively ranks and identifies optimal Pareto solutions. The algorithm's performance was evaluated through experimentation on well-known benchmark instances, including Kacem and Brandimarte. The results demonstrate the efficacy of the approach in simultaneously minimizing both makespan and energy consumption. Furthermore, the inherent diversity within the Pareto solutions contributes to a balanced optimization of these objectives. The findings underscore the potential of genetic algorithms, particularly NSGA-II, as proficient tools to tackle multiobjective optimization challenges. This study bridges the gap between theoretical insights and practical implementation and demonstrates the importance of including more objectives in real scenarios, emphasizing the promising prospects of such techniques in complex real-world scenarios.MaestríaMagíster en Ingeniería Industria