Procura in sílico por genes de tripanosomatídeos com possível função regulatória do sistema complemento humano

Orientadora : Maria Berenice Reynaud SteffensCo-orientador : Marcel Ivan Ramirez ArayaDissertação (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Exatas, Programa de Pós-Graduação em Bioinformática. Defesa: Curitiba, 15/08/2013Inclui referênciasResumo: O Trypanosoma cruzi e o agente causador da doença de Chagas e possui um ciclo de vida complexo que alterna entre hospedeiros invertebrados e vertebrados. O ciclo do T. cruzi no hospedeiro vertebrado inicia-se na via sanguínea, onde ele entra em contato com o sistema complemento, o qual ele evade para penetrar em células e se multiplicar. O sistema complemento e um conjunto de proteínas séricas ativadas em cascata culminando com a lise do patógeno. Este sistema possui três vias de ativação; a via clássica, a via da lectina e a via alternativa. Vários estudos já apresentaram alguns mecanismos utilizados pelo T. cruzi para evadir a ação do sistema complemento. O presente trabalho propôs através de uma estratégia de bioinformática buscar novos mecanismos de evasão do T. cruzi ao sistema complemento. Com este objetivo desenvolvemos uma base de dados com dois grupos. Um grupo com dados de proteínas humanas de complemento e reguladoras ou inibidoras desse sistema e um outro grupo com informações de proteínas de tripanossomatideos, coletadas de tres bancos de dados proteicos distintos. As informações dos dois grupos foram confrontadas resultando em proteínas dos tripanossomatideos homologas a C1qBP (uma reguladora do sistema complemento em humanos). As proteínas homologas a C1qBP foram submetidas a analises de características biológicas e a fim de identificar as proteínas presentes nas três bases de dados simultaneamente, foram implementadas técnica de mineração de dados. Dentre as proteínas selecionadas , três eram de T. cruzi. Os resultados obtidos propõem um novo mecanismo de evasão ao sistema complemento utilizado pelo T. cruzi. Este mecanismo atua diretamente com o complexo antígeno anticorpo na ligação com a extremidade gC1q da proteína C1q, inibindo a ativação do componente C1 da via clássica do sistema complemento.Abstract: The Trypanosoma cruzi is the causative agent of Chagas disease, have a complex life cycle that alternates between vertebrate and invertebrate hosts. The parasite need evades the complement system to penetrate into eukaryotic cells for multiplying and produce the infection. The complement system is a group of serum proteins activated in cascade culminating with the lysis of the pathogen. This system has three activation pathways: the classical pathway, lectin pathway and alternative pathway. Several studies already shown some mechanisms used by Trypanosome cruzi to evade the action of the complement system. This work propose through a strategy of bioinformatics seek new evasion mechanisms of T. cruzi for complement system..We have developed a database with two data groups. The first data group including complement system proteins and regulators and inhibitors to complement. The second group contain informations about trypanosomatid proteins, collected from three different protein databanks. The information of the two groups were compared resulting in proteins homologous to C1qBP trypanosomes. Homologous proteins C1qBP were analyzed for biological characteristics as functional domain, cellular localization and protein structure . In order to identify the proteins present in the three databases we have used simultaneously data mining technique to ensure best coverage between them. Among the selected proteins were three T. cruzi. The results proposes a new mechanism to evade complement system used by T. cruzi. This mechanism work directly with the antigen antibody complex in connection with gC1q end of C1q protein, inhibiting the activation of the C1 component of the classical pathway of the complement system

Staphylococcus aureus resistente à ampicilina em ambiente de Clínica Odontológica

The aim of this research was to evaluate the prevalence of Sthaphylococcus spp. and S. aureus in the odontological clinic environment (air), their production of beta-lactamase and antibacterial susceptibility to the major antibiotics utilized in medical particle. During 12 months of samples collect were isolated 9775 CFU by MSA medium suggesting a high amount of Staphylococcus spp. in the clinic environment which can appear through aerosols. A total of 3149 colonies (32.2%) were suggestive of pathogenic staphylococci. Gram coloration, catalase test, colony-mallow growing on chromogenic medium, and coagulase test confirmed the identity of 44 (0.45%) S. aureus isolates. Of these, 35 isolates (79.5%) showed production of beta-lactamase by CefinaseTM discs and resistance to ampicillin, erythromycin (7 isolates) and tetracycline (1 isolate) suggesting the existence of multiresistant isolates. The evaluation of the oxacillin MIC by Etest® assays showed susceptibility patterns suggesting the inexistence of the mecA gene in chromosomal DNA. These results point out to the need of a larger knowledge on the contamination means and propagation of this microorganism into the odontological clinic.Foi avaliada a prevalência de Staphylococcus spp. e S. aureus no ambiente clínico odontológico, a produção de beta-lactamase e a susceptibilidade antibacteriana aos principais antibióticos utilizados na prática clínica. Durante 12 meses de coleta de amostras foram isolados 9775 UFC no meio de cultura AMS, demonstrando uma elevada quantidade de Staphylococcus spp. no ambiente clínico, provavelmente em decorrência da propagação de aerossóis. Um total de 3149 colônias (32,2%) foi sugestivo de estafilococos patogênicos. Coloração de Gram, teste de catalase, crescimento de colônias-malva sobre meio cromogênico e teste de coagulase confirmaram a identidade de 44 (0,45%) isolados de S. aureus. Destes, 35 isolados (79,5%) mostraram produção de beta-lactamase através de discos de CefinaseTM e resistência a ampicilina, eritromicina (7 isolados) e tetraciclina (1 isolado), sugerindo a existência de isolados multirresistentes. A avaliação do MIC de oxacilina através dos ensaios de Etest® mostrou padrões de susceptibilidade o que sugere a inexistência do gene mecA gene no DNA cromossômico. Estes resultados apontam para a necessidade de um maior conhecimento sobre os meios de contaminação e propagação deste microrganismo dentro da clínica odontológica

Electrophoretic Protein Patterns And Numerical Analysis Of Candida Albicans From The Oral Cavities Of Healthy Children.

The aim of this research was to evaluate the protein polymorphism degree among seventy-five C. albicans strains from healthy children oral cavities of five socioeconomic categories from eight schools (private and public) in Piracicaba city, São Paulo State, in order to identify C. albicans subspecies and their similarities in infantile population groups and to establish their possible dissemination route. Cell cultures were grown in YEPD medium, collected by centrifugation, and washed with cold saline solution. The whole-cell proteins were extracted by cell disruption, using glass beads and submitted to SDS-PAGE technique. After electrophoresis, the protein bands were stained with Coomassie-blue and analyzed by statistics package NTSYS-pc version 1.70 software. Similarity matrix and dendrogram were generated by using the Dice similarity coefficient and UPGMA algorithm, respectively, which made it possible to evaluate the similarity or intra-specific polymorphism degrees, based on whole-cell protein fingerprinting of C. albicans oral isolates. A total of 13 major phenons (clusters) were analyzed, according to their homogeneous (socioeconomic category and/or same school) and heterogeneous (distinct socioeconomic categories and/or schools) characteristics. Regarding to the social epidemiological aspect, the cluster composition showed higher similarities (0.788 < SD < or = 1.0) among C. albicans strains isolated from healthy children independent of their socioeconomic bases (high, medium, or low). Isolates of high similarity were not found in oral cavities from healthy children of social stratum A and D, B and D, or C and E. This may be explained by an absence of a dissemination route among these children. Geographically, some healthy children among identical and different schools (private and public) also are carriers of similar strains but such similarity was not found among other isolates from children from certain schools. These data may reflect a restricted dissemination route of these microorganisms in some groups of healthy scholars, which may be dependent of either socioeconomic categories or geographic site of each child. In contrast to the higher similarity, the lower similarity or higher polymorphism degree (0.499 < or = SD < 0.788) of protein profiles was shown in 23 (30.6%) C. albicans oral isolates. Considering the social epidemiological aspect, 42.1%, 41.7%, 26.6%, 23.5%, and 16.7% were isolates from children concerning to socioeconomic categories A, D, C, B, and E, respectively, and geographically, 63.6%, 50%, 33.3%, 33.3%, 30%, 25%, and 14.3% were isolates from children from schools LAE (Liceu Colégio Albert Einstein), MA (E.E.P.S.G. Prof. Elias de Melo Ayres), CS (E.E.P.G. Prof. Carlos Sodero), AV (Alphaville), HF (E.E.P.S.G. Honorato Faustino), FMC (E.E.P.G. Prof. Francisco Mariano da Costa), and MEP (E.E.P.S.G. Prof. Manasses Ephraim Pereira), respectively. Such results suggest a higher protein polymorphism degree among some strains isolated from healthy children independent of their socioeconomic strata or geographic sites. Complementary studies, involving healthy students and their families, teachers, servants, hygiene and nutritional habits must be done in order to establish the sources of such colonization patterns in population groups of healthy children. The whole-cell protein profile obtained by SDS-PAGE associated with computer-assisted numerical analysis may provide additional criteria for the taxonomic and epidemiological studies of C. albicans.45249-5

Padrões eletroforéticos de proteínas e análise numérica de Candida albicans isoladas da cavidade oral de crianças saudáveis

O objetivo da presente pesquisa foi avaliar os graus de polimorfismos protéicos entre setenta e cinco linhagens de C. albicans isoladas da cavidade oral de crianças saudáveis provenientes de cinco categorias socioeconômicas e oito escolas (particulares e públicas) do município de Piracicaba, Estado de São Paulo, a fim de identificar subespécies de C. albicans e suas similaridades em grupos de populações infantis e estabelecer suas possíveis rotas de disseminação. Culturas celulares foram desenvolvidas em meio YEPD, coletadas por centrifugação e lavadas com solução salina gelada. As proteínas celulares totais foram extraídas por rompimento celular usando pérolas de vidro e submetidas à técnica de SDS-PAGE. Após a eletroforese, as bandas de proteínas foram coradas com Coomassie-blue e analisadas pelo conjunto de programas estatísticos NTSYS-pc versão 1.70. Matriz de similaridade e dendrograma foram gerados, pela aplicação do coeficiente de similaridade de Dice e do algoritmo UPGMA, respectivamente, os quais permitiram avaliar os graus de polimorfismo ou similaridade intra-específico, baseados nos padrões eletroforéticos de proteínas totais de isolados orais de C. albicans. Um total de 13 principais fenons (grupos) foi analisado de acordo com suas características homogêneas (categoria socioeconômica e/ou escola idênticas) e heterogêneas (categorias socioeconômicas e/ou escolas diferentes). Com relação ao aspecto epidemiológico socioeconômico, as composições dos grupos mostraram alta similaridade (0.788 < S D < 1.0) entre algumas linhagens de C. albicans isoladas de crianças saudáveis independentemente de suas camadas socioeconômicas (alta, média e baixa). Isolados de alta similaridade não foram encontrados nas cavidades orais de crianças saudáveis pertencentes às camadas sociais A e D, B e C, ou C e E. Isto pode ser explicado pela ausência de uma rota de disseminação entre estas crianças. Geograficamente, algumas crianças saudáveis entre escolas idênticas e diferentes (particulares e públicas) também são portadoras de linhagens semelhantes, mas tal similaridade não foi encontrada entre outros de determinadas escolas. Esses dados podem refletir uma rota de disseminação restrita destes microrganismos em alguns grupos de escolares saudáveis, a qual pode ser dependente da categoria socioeconômica ou local geográfico de cada criança. Em contraste à alta similaridade, a baixa similaridade ou alto grau de polimorfismo (0.499 < S D < 0.788) dos perfis protéicos foi demonstrado em 23 (30,6%) isolados orais de C. albicans. Considerando o aspecto epidemiológico social, 42,1%, 41,7%, 26,6%, 23,5% e 16,7% foram isolados de crianças provenientes das categorias socioeconômicas A, D, C, B e E, respectivamente, e geograficamente, 63,6%, 50%, 33,3%, 33,3%, 30%, 25% e 14,3% foram isolados de crianças provenientes das escolas LAE, MA, CS, AV, HF, FMC e MEP, respectivamente. Tais resultados sugerem um maior grau de polimorfismo entre algumas linhagens isoladas de crianças saudáveis independentemente de suas camadas sociais ou locais geográficos. Estudos complementares envolvendo escolares saudáveis e seus familiares, professores, serventes, hábitos nutricionais e de higiene deverão ser realizados a fim de estabelecer as fontes de tais padrões de colonização em grupos de populações de crianças saudáveis. Os perfis de proteínas totais obtidos por SDS-PAGE associados com análise numérica computadorizada podem proporcionar critérios adicionais para os estudos epidemiológicos e taxonômicos de C. albicans.The aim of this research was to evaluate the protein polymorphism degree among seventy-five C. albicans strains from healthy children oral cavities of five socioeconomic categories from eight schools (private and public) in Piracicaba city, São Paulo State, in order to identify C. albicans subspecies and their similarities in infantile population groups and to establish their possible dissemination route. Cell cultures were grown in YEPD medium, collected by centrifugation, and washed with cold saline solution. The whole-cell proteins were extracted by cell disruption, using glass beads and submitted to SDS-PAGE technique. After electrophoresis, the protein bands were stained with Coomassie-blue and analyzed by statistics package NTSYS-pc version 1.70 software. Similarity matrix and dendrogram were generated by using the Dice similarity coefficient and UPGMA algorithm, respectively, which made it possible to evaluate the similarity or intra-specific polymorphism degrees, based on whole-cell protein fingerprinting of C. albicans oral isolates. A total of 13 major phenons (clusters) were analyzed, according to their homogeneous (socioeconomic category and/or same school) and heterogeneous (distinct socioeconomic categories and/or schools) characteristics. Regarding to the social epidemiological aspect, the cluster composition showed higher similarities (0.788 < S D < 1.0) among C. albicans strains isolated from healthy children independent of their socioeconomic bases (high, medium, or low). Isolates of high similarity were not found in oral cavities from healthy children of social stratum A and D, B and D, or C and E. This may be explained by an absence of a dissemination route among these children. Geographically, some healthy children among identical and different schools (private and public) also are carriers of similar strains but such similarity was not found among other isolates from children from certain schools. These data may reflect a restricted dissemination route of these microorganisms in some groups of healthy scholars, which may be dependent of either socioeconomic categories or geographic site of each child. In contrast to the higher similarity, the lower similarity or higher polymorphism degree (0.499 < S D < 0.788) of protein profiles was shown in 23 (30.6%) C. albicans oral isolates. Considering the social epidemiological aspect, 42.1%, 41.7%, 26.6%, 23.5%, and 16.7% were isolates from children concerning to socioeconomic categories A, D, C, B, and E, respectively, and geographically, 63.6%, 50%, 33.3%, 33.3%, 30%, 25%, and 14.3% were isolates from children from schools LAE (Liceu Colégio Albert Einstein), MA (E.E.P.S.G. "Prof. Elias de Melo Ayres"), CS (E.E.P.G. "Prof. Carlos Sodero"), AV (Alphaville), HF (E.E.P.S.G. "Honorato Faustino), FMC (E.E.P.G. "Prof. Francisco Mariano da Costa"), and MEP (E.E.P.S.G. "Prof. Manasses Ephraim Pereira), respectively. Such results suggest a higher protein polymorphism degree among some strains isolated from healthy children independent of their socioeconomic strata or geographic sites. Complementary studies, involving healthy students and their families, teachers, servants, hygiene and nutritional habits must be done in order to establish the sources of such colonization patterns in population groups of healthy children. The whole-cell protein profile obtained by SDS-PAGE associated with computer-assisted numerical analysis may provide additional criteria for the taxonomic and epidemiological studies of C. albicans

Dynamics of the seasonal airborne propagation of Staphylococcus aureus in academic dental clinics

Objective:&nbsp; Staphylococcus aureus strains can be disseminated during dental treatments and occasionally lead to the contamination and infection of patients and dentists, which is an important public health problem. The dynamics of the airborne propagation and the genetic diversity of S. aureus isolated in an academic dental clinic environment were investigated using isoenzyme typing. Material and Methods: The isoenzymes of 44 previously reported isolates were obtained from fresh cultures and extracted using glass beads. Nine isoenzymes were investigated using multilocus enzyme electrophoresis (MLEE). The genetic diversity and relationship among the strains (electrophoretic type – ET) were determined using statistics previously described by Nei25 (1972) and the SAHN grouping method (UPGMA algorithm). Results: Clonal pattern analyses indicated a high level of genetic polymorphism occurring among the 33 ETs, which were grouped into five taxa. Each taxon presented one or more clusters that were moderately related and that contained two or more identical/highly related isolates, revealing seasonal airborne propagation in these dental clinic environments. Conclusions: These data suggest the occurrence of active microevolutionary processes in S. aureus as well as the possibility of environmental propagation during a 14-month time span. Such findings are important to show that multiuser academic dental clinics can retain certain strains that are spreadable to different niches

Advances in Recombinant Lipases: Production, Engineering, Immobilization and Application in the Pharmaceutical Industry

Lipases are one of the most used enzymes in the pharmaceutical industry due to their efficiency in organic syntheses, mainly in the production of enantiopure drugs. From an industrial viewpoint, the selection of an efficient expression system and host for recombinant lipase production is highly important. The most used hosts are Escherichia coli and Komagataella phaffii (previously known as Pichia pastoris) and less often reported Bacillus and Aspergillus strains. The use of efficient expression systems to overproduce homologous or heterologous lipases often require the use of strong promoters and the co-expression of chaperones. Protein engineering techniques, including rational design and directed evolution, are the most reported strategies for improving lipase characteristics. Additionally, lipases can be immobilized in different supports that enable improved properties and enzyme reuse. Here, we review approaches for strain and protein engineering, immobilization and the application of lipases in the pharmaceutical industry

Efficacy of pre-exercise low-level laser therapy on isokinetic muscle performance in individuals with type 2 diabetes mellitus: study protocol for a randomized controlled trial

BACKGROUND: Type 2 diabetes, also known non-insulin-dependent diabetes, is the most prevalent type of the disease and involves defects in the secretion and action of insulin. The aim of the proposed study is to evaluate the efficacy of pre-exercise low-level laser therapy (LLLT) on muscle performance of the quadriceps femoris in individuals with type 2 diabetes. METHODS/DESIGN: A double-blind, randomized, controlled clinical trial will be carried out in two treatment phases. In the first phase, quadriceps muscle performance will be evaluated using an isokinetic dynamometer and the levels of creatine kinase and lactate dehydrogenase (biochemical markers of muscle damage) will be determined. The participants will then be allocated to four LLLT groups through a randomization process using opaque envelopes: Group A (4 Joules), Group B (6 Joules), Group C (8 Joules) and Group D (0 Joules; placebo). Following the administration of LLLT, the participants will be submitted to an isokinetic eccentric muscle fatigue protocol involving the quadriceps muscle bilaterally. Muscle performance and biochemical markers of muscle damage will be evaluated again immediately after as well as 24 and 48 hours after the experimental protocol. One week after the last evaluation the second phase will begin, during which Groups A, B and C will receive the LLLT protocol that achieved the best muscle performance in phase 1 for a period of 4 weeks. At the end of this period, muscle performance will be evaluated again. The protocol for this study is registered with the World Health Organization under Universal Trial Number U1111-1146-7109. DISCUSSION: The purpose of this randomized clinical trial is to evaluate the efficacy of pre-exercise LLLT on the performance of the quadriceps muscle (peak torque, total muscle work, maximum power and fatigue index – normalized by body mass) in individuals with DM-2. The study will support the practice of evidence-based to the use of LLLT in improving muscle performance in Individuals with DM-2. Data will be published after the study is completed

Fatores críticos de sucesso para implantação do CEP, uma visão do pólo de informática de Ilhéus / Critical success factors for CEP deployment, a view of Ilhéus informatic center

O sucesso das organizações está relacionado pela eficiência pela qual as mesmas conseguem gerir os processos na busca pela melhoria dos seus processos, dentre métodos e técnicas difundidas principalmente nas indústrias manufatureiras, encontra-se o (Controle Estatístico de Processo) CEP que é um conjunto de ferramenta estatística que dão auxiliam as tomadas de decisões. este trabalho tem por objetivo avaliar e identificar a utilização do CEP em três indústrias de polo de informática de ilhéus e analisar a aderência aos fatores críticos de sucesso pelas industrias estudadas. o método de análise da utilização da ferramenta e aderência aos fatores críticos de sucesso será feita por meio de um estudo de caso múltiplos, pois permite uma comparação entre as realidades de cada organização, através de entrevistas com os gestores da qualidade ou responsáveis pelo CEP. os resultados entre as empresas tanto na utilização das ferramentas quando aderência aos fatores críticos são distintos, destacando o uso dessas ferramentas dentro da organização apenas na produção, a falta de habilidade e competência entre a utilização em todos os departamentos também são destacados. as empresas precisam evoluir na sua gestão organizacional, bem como aprimoramento do uso das metodologias e ferramentas estatísticas que dão suporte no desempenho e na busca de melhorias dos processos organizacionais

Análise das práticas de melhoria contínua: um estudo de caso com uma empresa do setor de informática / Analysis of continuous improvement practices: a case study with an informatic company

As indústrias do ramo de informática devem por princípio utilizar novas tecnologias, e estabelecer novos métodos de trabalho. Nesse sentido a Melhoria Contínua (MC), se apresenta como um requisito fundamental para a diferenciação no mercado. devido à crise enfrentada pelo brasil, e a recessão das indústrias de modo geral, melhorar a eficiência é manter-se de forma competitiva no mercado. A MC se caracteriza como um processo de melhoria incremental e continuada ao longo prazo, visando eliminar os desperdícios dos sistemas e processos, através de melhorias e técnicas, tanto estatística como gerencial. o objetivo desse trabalho é analisar os motivos, objetivos e meios que a organização encontrou para promover e sustentar suas atividades de MC, tendo uma empresa de informática como objeto de estudo. o método de analise das práticas de melhoria será feita por meio de um estudo de caso único, pois permite uma análise aprofundada, através de entrevistas semi estruturada com os gestores da qualidade responsáveis pela MC. o resultado destacado é a falta de uma equipe destinada as práticas MC na empresa, o foco das ações de MC são específicas para as áreas que geram mais impactos e as ações são voltas para redução de custos e eliminação de falhas. a organização ainda tem um caminho longo a ser percorrido na busca da eficiência das melhorias, mas se mostrou capaz de evoluir seus sistemas

Análise das práticas de melhoria contínua: um estudo de caso com uma empresa do setor de informática / Analysis of continuous improvement practices: a case study with an informatic company

As indústrias do ramo de informática devem por princípio utilizar novas tecnologias, e estabelecer novos métodos de trabalho. Nesse sentido a Melhoria Contínua (MC), se apresenta como um requisito fundamental para a diferenciação no mercado. devido à crise enfrentada pelo brasil, e a recessão das indústrias de modo geral, melhorar a eficiência é manter-se de forma competitiva no mercado. A MC se caracteriza como um processo de melhoria incremental e continuada ao longo prazo, visando eliminar os desperdícios dos sistemas e processos, através de melhorias e técnicas, tanto estatística como gerencial. o objetivo desse trabalho é analisar os motivos, objetivos e meios que a organização encontrou para promover e sustentar suas atividades de MC, tendo uma empresa de informática como objeto de estudo. o método de analise das práticas de melhoria será feita por meio de um estudo de caso único, pois permite uma análise aprofundada, através de entrevistas semi estruturada com os gestores da qualidade responsáveis pela MC. o resultado destacado é a falta de uma equipe destinada as práticas MC na empresa, o foco das ações de MC são específicas para as áreas que geram mais impactos e as ações são voltas para redução de custos e eliminação de falhas. a organização ainda tem um caminho longo a ser percorrido na busca da eficiência das melhorias, mas se mostrou capaz de evoluir seus sistemas