Îles de la biodiversité dans la savane : analyse de la phytodiversité sur les termitières dans le nord du Bénin

Termitenhügel sind häufig vorkommende Mikrohabitate hoher Biodiversität in tropischen SavannenÖkosystemen und spielen eine wichtige Rolle für die Landschaftsheterogenität im subsaharischen Westafrika. In unserem Untersuchungsgebiet in Nordbenin wurden sowohl die floristische Zusammensetzung als auch Dichte, Struktur und Zonierung der Pflanzendecke untersucht und mit der angrenzenden Savannenvegetation verglichen. Insgesamt wurden 57 verlassene und dicht bewachsene Termitenhügel vergleichbarer Größe und gleichermaßen von Erosion betroffen, die sich in verschiedenen Savannentypen innerhalb und außerhalb des W-Nationalparks und in Baumwollfeldern befanden, untersucht. Unsere Untersuchungen zeigen, daß Termitenhügel spezielle Habitate darstellen, die sich in Vegetationsdichte, -zusammensetzung und –struktur deutlich von den sie umgebenden Savannen unterscheiden. Der Pflanzenbewuchs von Termitenhügeln zeigte eine ausgeprägte Zonierung. Sukkulente, Geophyten und Lianen wurden wesentlich häufiger, die Familie der Capparaceae ausschließlich auf Termitenhügeln gefunden. Die Flora und Vegetation auf Termitenhügeln stellte sich als ziemlich homogen heraus. Allerdings unterschieden sich die in Baumwollfeldern liegenden Hügel durch eine höhere Abundanz der Poaceae und eine geringere Artenvielfalt.Termite mounds represent abundant microhabitats of high biodiversity in tropical savanna ecosystems and are an important source of landscape heterogeneity in Sub–Saharan West Africa. Floristic composition as well as density, structure and zonation of plant cover on the mounds were investigated in northern Benin and compared to the adjacent savanna vegetation. A total of 57 abandoned and densely vegetated termite mounds of comparable size and similarly affected by erosion  located  in different types of savannas inside and outside of the W National Park and in cotton fields were studied. This study revealed that termitaria are special habitats differing in density, composition and structure from surrounding savannas. The plant cover of termite mounds showed a distinctive zonation. Succulents, geophytes, and lianas were much more abundant on mounds, the family Capparaceae was found exclusively on mounds. The floristic composition and vegetation on termitaria proved to be rather homogeneous; although those mounds located in cotton fields differed by higher abundance of Poaceae and lower species richness.Les termitières représentent de nombreux microhabitats riches en biodiversité dans les écosystèmes de savanes tropicales et sont une source importante d’hétérogénéité dans les paysages de l'Afrique de l'Ouest subsaharienne. La flore des termitières a été étudiées dans le nord du Bénin, ainsi que la densité, la structure et la zonation de la couverture végétale. De plus ces données ont été comparées avec la végétation des savanes adjacentes. Au total 57 termitières abandonnées et densément végétalisées, de dimension et d'érosion similaire, ont été étudiées dans les savanes du Parc National de W ainsi que dans les savanes attenantes et dans des champs de coton. Nous démontrons que les termitières sont des habitats avec une zonation prononcée de la couverture végétale, différant de la savane environnante par leur densité, leur composition et leur structure. Les succulentes, les géophytes et les lianes sont plus abondants sur les termitières. De plus la famille des Capparaceae y est exclusivement restreinte. La flore et la végétation des termitières se révéle homogène bien que celles située en champs de coton différent par une plus grande abondance de graminées (Poaceae) et par une richesse spécifique plus basse

Optimal assignment methods for ligand-based virtual screening

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>Ligand-based virtual screening experiments are an important task in the early drug discovery stage. An ambitious aim in each experiment is to disclose active structures based on new scaffolds. To perform these "scaffold-hoppings" for individual problems and targets, a plethora of different similarity methods based on diverse techniques were published in the last years. The optimal assignment approach on molecular graphs, a successful method in the field of quantitative structure-activity relationships, has not been tested as a ligand-based virtual screening method so far.</p> <p>Results</p> <p>We evaluated two already published and two new optimal assignment methods on various data sets. To emphasize the "scaffold-hopping" ability, we used the information of chemotype clustering analyses in our evaluation metrics. Comparisons with literature results show an improved early recognition performance and comparable results over the complete data set. A new method based on two different assignment steps shows an increased "scaffold-hopping" behavior together with a good early recognition performance.</p> <p>Conclusion</p> <p>The presented methods show a good combination of chemotype discovery and enrichment of active structures. Additionally, the optimal assignment on molecular graphs has the advantage to investigate and interpret the mappings, allowing precise modifications of internal parameters of the similarity measure for specific targets. All methods have low computation times which make them applicable to screen large data sets.</p

Rap in indigenen Sprachen

Dass Rap nicht immer nur von Problemen und Gewalt in den Städten der USA erzählen muss, ist mittlerweile allgemein bekannt. Von der Bronx aus trat die Hip-Hop-Kultur ihren Siegeszug um die Welt an und schaffte es, sich in vielen verschiedenen Regionen der Welt erfolgreich zu behaupten. Dabei hat sich dieses musikalische Genre stets an lokale Bedingungen angepasst und sich somit laufend neu erfunden. In der vorliegenden Arbeit werden drei ausgewählte Rapper aus verschiedenen Ländern Lateinamerikas zu bisherigen Erfahrungen als Künstler befragt. Die Thematiken gehen dabei von ersten Beweggründen bis hin zu besonderen Schwierigkeiten, die sie aufgrund ihrer Herkunft gegenüber anderen Rappern haben. Im Hintergrund liegt der Fokus stets darauf, wie sie die verschiedenen Erfahrungen aus ihrem Leben in den Texten ihrer Songs und in den Persönlichkeiten, die sie auf der Bühne darstellen, verarbeiten. Die Forschungsfragen beschäftigen sich mit folgenden Themen: Beweggründe für die Verwendung indigener Sprachen, Ähnlichkeiten und Unterschiede dieser Beweggründe, Merkmale der künstlerischen Identitäten im lokal-globalen Kontext, Verarbeitung von historisch-kollektiven Erlebnissen in der Kunst, Einfluss der globalen Hip-Hop-Kultur auf die jeweiligen lokalen Ausdrucksformen der Künstler, Onlinepräsenz der ausgewählten Künstler in den neuen Medien und Verbreitungsdynamik der Musik über diese digitalen Kanäle. Das ständige Ringen um die eigene Identität und Sprache in Ländern, in denen schon vor der Eroberung durch Spanien indigene Kulturen vorhanden waren, ergeben ein interessantes Spannungsfeld zwischen Tradition und Moderne. So wie sich die Rapper zwischen den verschiedenen Kulturen bewegen, so bewegen sich diese auch zwischen den Sprachen. Darum ist Mehrsprachigkeit in Lateinamerika ein entscheidender Punkt, der nicht vernachlässigt werden darf: Viele der Einwohner sprechen Spanisch und noch mindestens eine Sprache. Wie es zu dieser Situation kommen konnte und warum die Sprachen, die schon vor den europäischen Sprachen auf den amerikanischen Kontinenten existiert haben, immer stärker in Bedrängnis kommen konnten, wird im historischen Teil geklärt. Um diese breiten Themengebiete zu erforschen, wurden mit den Rappern Interviews geführt und diese wurden anschließend systematisch anhand der Methoden von Flick und Mayring (1995) ausgewertet. Um den Themenbezug zu erleichtern, kommen die Rapper laufend zu Wort und vermitteln dabei ein lebendiges Bild der Geschichte und der Ereignisse in den jeweiligen Ländern Mexiko, Chile und Peru. Die Rapper berichten über sich und darüber, welchen Einfluss das Umfeld, in dem sie sich täglich bewegen, auf ihre Arbeit hat. Die Themen werden von Rapper zu Rapper miteinander verglichen und es erfolgt eine individuelle Bestandsaufnahme zu der Situation in den jeweiligen Ländern durch die Rapper. Diese Ergebnisse ermöglichen es, zu jedem Künstler eine individuelle Beschreibung zu erhalten. Auf der Basis dieser Ergebnisse könnten in der Zukunft weitere Rapper in Lateinamerika befragt werden. Das Ziel dieser Thesis ist es, eine vergleichende Studie zu den Beweggründen von Rappern zu erstellen.The fact that rap does not always have to tell about problems and violence in US cities is well known. From the Bronx the Hip-Hop culture took began its glorious conquest of the world and managed it to be successful in various regions of that planet. This genre constantly to local circumstances and reinvented itself in many different regions of the world. For this thesis three rappers from different Latin-American countries have been interviewed about their experiences as artists. The brought field of questions ranged from their first motivations to special difficulties they might have due to their indigenous heritage compared to other rappers. In the background, the focus is always on how they deal with experiences of their lives in the lyrics of their songs and the personality they perform on stage. The research questions are answering the following topics: motivations for the use of indigenous languages, similarities and differences within those motivations, characteristics of their identities as an artist in a local-global setting, the processing of collective-historical experiences in their art, the influence of the global Hip-Hop culture on the local form of expression of each artist, the online presence of those artists in the new media and the dynamics of distribution through that channels. The constant fight for one’s own identity and language in those countries, where indigenous cultures where established long before the Spanish conquest, offer an interesting area of conflict in between tradition and modernity. As the rappers move between different cultures, they also move between languages. Multilingualism is an important topic in Latin-America and is not to be neglected, many of the inhabitants speak Spanish and at least one other language. How it came to this situation and why the languages that already existed before the European languages on the American continents, could increasingly come into distress, is clarified in the historical part. In order to explore these broad topics, interviews were conducted with the rappers and these were then systematically evaluated using the methods of Flick and Mayring (1995). In order to keep the connection to the research, the rappers will constantly report about their situations and will transmit a vivid picture of the circumstances in Mexico, Chile and Peru. They talk about themselves and about the influence their daily environment has on their work. The different points of interest will be compared from rapper to rapper and an individual assessment of the different situations in each country will occur by the rappers. Those findings will make it possible to describe each rapper on a very personal basis. With those results as foundation, more rappers could be assessed in the future for more comparisons. The aim of this thesis is to deliver a comparative study about the main reasons for rappers

Biodiversitätsinseln in der Savanne : Analyse der Phytodiversität auf Termitenhügeln in Nord-Benin

Termite mounds represent abundant microhabitats of high biodiversity in tropical savanna ecosystems and are an important source of landscape heterogeneity in Sub–Saharan West Africa. Floristic composition as well as density, structure and zonation of plant cover on the mounds were investigated in northern Benin and compared to the adjacent savanna vegetation. A total of 57 abandoned and densely vegetated termite mounds of comparable size and similarly affected by erosion located in different types of savannas inside and outside of the W National Park and in cotton fields were studied. This study revealed that termitaria are special habitats differing in density, composition and structure from surrounding savannas. The plant cover of termite mounds showed a distinctive zonation. Succulents, geophytes, and lianas were much more abundant on mounds, the family Capparaceae was found exclusively on mounds. The floristic composition and vegetation on termitaria proved to be rather homogeneous; although those mounds located in cotton fields differed by higher abundance of Poaceae and lower species richness.Les termitières représentent de nombreux microhabitats riches en biodiversité dans les écosystèmes de savanes tropicales et sont une source importante d’hétérogénéité dans les paysages de l'Afrique de l'Ouest subsaharienne. La flore des termitières a été étudiées dans le nord du Bénin, ainsi que la densité, la structure et la zonation de la couverture végétale. De plus ces données ont été comparées avec la végétation des savanes adjacentes. Au total 57 termitières abandonnées et densément végétalisées, de dimension et d'érosion similaire, ont été étudiées dans les savanes du Parc National de W ainsi que dans les savanes attenantes et dans des champs de coton. Nous démontrons que les termitières sont des habitats avec une zonation prononcée de la couverture végétale, différant de la savane environnante par leur densité, leur composition et leur structure. Les succulentes, les géophytes et les lianes sont plus abondants sur les termitières. De plus la famille des Capparaceae y est exclusivement restreinte. La flore et la végétation des termitières se révéle homogène bien que celles située en champs de coton différent par une plus grande abondance de graminées (Poaceae) et par une richesse spécifique plus basse.Termitenhügel sind häufig vorkommende Mikrohabitate hoher Biodiversität in tropischen SavannenÖkosystemen und spielen eine wichtige Rolle für die Landschaftsheterogenität im subsaharischen Westafrika. In unserem Untersuchungsgebiet in Nordbenin wurden sowohl die floristische Zusammensetzung als auch Dichte, Struktur und Zonierung der Pflanzendecke untersucht und mit der angrenzenden Savannenvegetation verglichen. Insgesamt wurden 57 verlassene und dicht bewachsene Termitenhügel vergleichbarer Größe und gleichermaßen von Erosion betroffen, die sich in verschiedenen Savannentypen innerhalb und außerhalb des W-Nationalparks und in Baumwollfeldern befanden, untersucht. Unsere Untersuchungen zeigen, daß Termitenhügel spezielle Habitate darstellen, die sich in Vegetationsdichte, -zusammensetzung und –struktur deutlich von den sie umgebenden Savannen unterscheiden. Der Pflanzenbewuchs von Termitenhügeln zeigte eine ausgeprägte Zonierung. Sukkulente, Geophyten und Lianen wurden wesentlich häufiger, die Familie der Capparaceae ausschließlich auf Termitenhügeln gefunden. Die Flora und Vegetation auf Termitenhügeln stellte sich als ziemlich homogen heraus. Allerdings unterschieden sich die in Baumwollfeldern liegenden Hügel durch eine höhere Abundanz der Poaceae und eine geringere Artenvielfalt

Geographical patterns of woody plants' functional traits in Burkina Faso

Schmidt, Marco, Traoré, Salifou, Ouédraogo, Amadé, Mbayngone, Elisée, Ouédraogo, Oumarou, Zizka, Alexander, Kirchmair, Ivana, Kaboré, Elice, Tindano, Elycée, Thiombiano, Adjima, Hahn, Karen, Zizka, Georg (2013): Geographical patterns of woody plants' functional traits in Burkina Faso. Candollea 68 (2): 197-207, DOI: 10.15553/c2012v682a

Thienoquinolines as Novel Disruptors of the PKC epsilon/RACK2 Protein-Protein Interaction

Ten protein kinase C (PKC) isozymes play divergent roles in signal transduction. Because of sequence similarities, it is particularly difficult to generate isozyme-selective small molecule inhibitors. In order to identify such a selective binder, we derived a pharmacophore model from the peptide EAVSLKPT, a fragment of PKCε that inhibits the interaction of PKCε and receptor for activated C-kinase 2 (RACK2). A database of 330 000 molecules was screened in silico, leading to the discovery of a series of thienoquinolines that disrupt the interaction of PKCε with RACK2 in vitro. The most active molecule, N-(3-acetylphenyl)-9-amino-2,3-dihydro-1,4-dioxino[2,3-g]thieno[2,3-b]quinoline-8-carboxamide (8), inhibited this interaction with a measured IC50 of 5.9 μM and the phosphorylation of downstream target Elk-1 in HeLa cells with an IC50 of 11.2 μM. Compound 8 interfered with MARCKS phosphorylation and TPA-induced translocation of PKCε (but not that of PKCδ) from the cytosol to the membrane. The compound reduced the migration of HeLa cells into a gap, reduced invasion through a reconstituted basement membrane matrix, and inhibited angiogenesis in a chicken egg assay

Ponatinib in the treatment of chronic myeloid leukemia and Philadelphia chromosome-positive acute leukemia: recommendations of a German expert consensus panel with focus on cardiovascular management

Treatment of chronic myeloid leukemia (CML) and Philadelphia chromosome-positive acute leukemia (Ph+ ALL) has been revolutionized with the advent of tyrosine kinase inhibitors (TKIs). Most patients with CML achieve long-term survival similar to individuals without CML due to treatment with TKIs not only in frontline but also in further lines of therapy. The third-generation TKI ponatinib has demonstrated efficacy in patients with refractory CML and Ph+ ALL. Ponatinib is currently the most potent TKI in this setting demonstrating activity against T315I mutant clones. However, ponatinib’s safety data revealed a dose-dependent, increased risk of serious cardiovascular (CV) events. Guidance is needed to evaluate the benefit–risk profile of TKIs, such as ponatinib, and safety measures to prevent treatment-associated CV events. An expert panel of German hematologists and cardiologists summarize current evidence regarding ponatinib’s efficacy and CV safety profile. We propose CV management strategies for patients who are candidates for ponatinib

Thienoquinolines as Novel Disruptors of the PKCε/RACK2 Protein–Protein Interaction

Ten protein kinase C (PKC) isozymes play divergent roles in signal transduction. Because of sequence similarities, it is particularly difficult to generate isozyme-selective small molecule inhibitors. In order to identify such a selective binder, we derived a pharmacophore model from the peptide EAVSLKPT, a fragment of PKCε that inhibits the interaction of PKCε and receptor for activated C-kinase 2 (RACK2). A database of 330 000 molecules was screened in silico, leading to the discovery of a series of thienoquinolines that disrupt the interaction of PKCε with RACK2 in vitro. The most active molecule, <i>N</i>-(3-acetylphenyl)-9-amino-2,3-dihydro-1,4-dioxino­[2,3-<i>g</i>]­thieno­[2,3-<i>b</i>]­quinoline-8-carboxamide (<b>8</b>), inhibited this interaction with a measured IC₅₀ of 5.9 μM and the phosphorylation of downstream target Elk-1 in HeLa cells with an IC₅₀ of 11.2 μM. Compound <b>8</b> interfered with MARCKS phosphorylation and TPA-induced translocation of PKCε (but not that of PKCδ) from the cytosol to the membrane. The compound reduced the migration of HeLa cells into a gap, reduced invasion through a reconstituted basement membrane matrix, and inhibited angiogenesis in a chicken egg assay

Toll-Like Receptor 3 Mediates Aortic Stenosis Through a Conserved Mechanism of Calcification.

BACKGROUND: Calcific aortic valve disease (CAVD) is characterized by a phenotypic switch of valvular interstitial cells to bone-forming cells. Toll-like receptors (TLRs) are evolutionarily conserved pattern recognition receptors at the interface between innate immunity and tissue repair. Type I interferons (IFNs) are not only crucial for an adequate antiviral response but also implicated in bone formation. We hypothesized that the accumulation of endogenous TLR3 ligands in the valvular leaflets may promote the generation of osteoblast-like cells through enhanced type I IFN signaling. METHODS: Human valvular interstitial cells isolated from aortic valves were challenged with mechanical strain or synthetic TLR3 agonists and analyzed for bone formation, gene expression profiles, and IFN signaling pathways. Different inhibitors were used to delineate the engaged signaling pathways. Moreover, we screened a variety of potential lipids and proteoglycans known to accumulate in CAVD lesions as potential TLR3 ligands. Ligand-receptor interactions were characterized by in silico modeling and verified through immunoprecipitation experiments. Biglycan (Bgn), Tlr3, and IFN-α/β receptor alpha chain (Ifnar1)-deficient mice and a specific zebrafish model were used to study the implication of the biglycan (BGN)-TLR3-IFN axis in both CAVD and bone formation in vivo. Two large-scale cohorts (GERA [Genetic Epidemiology Research on Adult Health and Aging], n=55 192 with 3469 aortic stenosis cases; UK Biobank, n=257 231 with 2213 aortic stenosis cases) were examined for genetic variation at genes implicated in BGN-TLR3-IFN signaling associating with CAVD in humans. RESULTS: Here, we identify TLR3 as a central molecular regulator of calcification in valvular interstitial cells and unravel BGN as a new endogenous agonist of TLR3. Posttranslational BGN maturation by xylosyltransferase 1 (XYLT1) is required for TLR3 activation. Moreover, BGN induces the transdifferentiation of valvular interstitial cells into bone-forming osteoblasts through the TLR3-dependent induction of type I IFNs. It is intriguing that Bgn-/-, Tlr3-/-, and Ifnar1-/- mice are protected against CAVD and display impaired bone formation. Meta-analysis of 2 large-scale cohorts with &gt;300 000 individuals reveals that genetic variation at loci relevant to the XYLT1-BGN-TLR3-interferon-α/β receptor alpha chain (IFNAR) 1 pathway is associated with CAVD in humans. CONCLUSIONS: This study identifies the BGN-TLR3-IFNAR1 axis as an evolutionarily conserved pathway governing calcification of the aortic valve and reveals a potential therapeutic target to prevent CAVD