Immunogenetics of extinct woolly mammoths and extant elephants

Anthropogenic pressure and climate change are the main causes of biodiversity loss. It is estimated that by 2050 the extinction of living species could reach 40%. Loss of genetic diversity, inbreeding depression, and mutation deleterious accumulation are the underlying mechanisms that might increase extinction risk reducing the adaptive potential of the endangered populations. Paleogenomics has helped to understand the population dynamics and evolution of extinct megafauna, however, causes of extinction may be species-specific. This PhD thesis is focused to understand the evolutionary dynamics of the immunity in populations of the extinct woolly mammoth and the three extant elephant species. Mammoths and elephants represent the Proboscidean order, a group that has undergone rapid diversification and extinction processes, thus providing fundamental insight into the genetic drivers of both extinction and conservation in closely related species. The approach consisted in analyze the spatiotemporal mammoths immunodiversity during the Late Pleistocene using in- solution target hybridization capture and next-generation sequencing. As a result, deleterious alleles segregate in mammoth populations and were maintained at considerable frequencies during the Late Pleistocene. On the other hand, immunogenetic diversity of TLRs and MHC was measured in the three living elephant populations by incorporation of a novel high throughput multilocus genotyping. Inbreeding and heterozygosity deficiency are decreasing genetic diversity in elephant populations that may implicate a depletion of the immune response, interesting, balancing selection is acting as rebound effect to maintain the MHC diversity. The findings found in this study provides important insight to quantify genetic threats in extinct and endangered species

Caracterización hidrológica de 10 puntos de monitoreo del Río Cauca en su cuenca baja

Trabajo de InvestigaciónEl contenido de este trabajo está encaminado a La caracterización de los 10 puntos de monitoreo seleccionados en la cuenca baja del Río Cauca. Mediante un software de análisis de frecuencia se analizan los registros históricos para determinar los umbrales tanto para inundaciones como sequias. Adicional se determinan los tiempos de reacción para las poblaciones más vulnerables cerca a dichos puntosINTRODUCCIÓN 1. GENERALIDADES 2. DETERMINACIÓN DE UMBRALES 3. CONCLUSIONES 4. RECOMENDACIONES 5. BIBLIOGRAFÍA 6. ANEXOSPregradoIngeniero Civi

Caracterización molecular y análisis evolutivo de receptores de células Natural Killer tipo lectina en primates neotropicales

La mayoría de las especies de primates neotropicales en Colombia se encuentran amenazadas o en peligro de extinción, debido principalmente a la destrucción de su hábitat y al aumento de la morbi-mortalidad como consecuencia de enfermedades infecciosas y malignas. En la interfase entre el sistema inmune adaptativo y el innato de los mamíferos, las células Natural Killer (NK) juegan un papel fundamental en el reconocimiento y eliminación de células malignas e infectadas por virus. La función de las células NK está regulada por receptores activadores e inhibidores específicos para moléculas del Complejo Mayor de Histocompatibilidad clase I presentes en las células blanco. Los receptores de células NK se clasifican en dos familias estructurales, la familia de las inmunoglobulinas y la de las lectinas. En el presente trabajo se caracterizaron dos receptores de células NK tipo lectina específicos para MHC clase I: CD94 y NKG2D, en nueve especies de primates de Colombia. RNA total se extrajo a partir de sangre periférica y fue amplificado por retrotranscriptasa reversa (RT)-PCR con iniciadores específicos. Los productos de amplificación fueron clonados y al menos 10 clones por cada individuo se secuenciaron por el método de Sanger. Las secuencias obtenidas mostraron un alto grado de conservación con aquellas de humanos y otros primates. Análisis filogenéticos con estas secuencias produjeron árboles que reflejan la filogenia de las especies. A pesar de su conservación, los genes que codifican para estos dos receptores tienen la capacidad de generar niveles altos de variabilidad mediante mecanismos de procesamiento alternativo del RNA. Catorce isoformas de CD94 y seis de NKG2D se identificaron, algunas de ellas presentes en todas las especies estudiadas mientras que otras están restringidas a solo un grupo de especies. Las variantes comunes a varias especies han sido probablemente seleccionadas para llevar a cabo funciones distintas a la de la forma completa. El modelamiento por homología de las estructuras mostró que la mayoría de las variantes son incapaces de interactuar con las moléculas del MHC clase I en la célula blanco, pero conservan regiones que podrían interactuar con otros ligandos. Los resultados de este estudio indican que los receptores de células NK tipo lectina CD94 y NKG2D son altamente conservados para funciones de reconocimiento del MHC, pero muestran un alto grado de diversificación por mecanismos de procesamiento alternativo del ARN que probablemente amplían su rango de especificidades.Abstract. Most species of New World primates in Colombia are threatened or endangered, mainly due to habitat destruction and increased morbidity and mortality from infectious and malignant diseases. At the interface between the adaptive and the innate immune system of mammals, Natural Killer (NK) cells play a critical role in the recognition and elimination of malignant and virally infected cells. The role of NK cells is regulated by activators and inhibitors receptors that are specific for molecules of the Major Histocompatibility Complex class I present in the target cells. NK cell receptors are classified into two structural families, the immunoglobulins and lectins classes. In this thesis in nine Colombian New World Primate species, the CD94 and NKG2D C type lectine receptors specific to MHC class I molecules were characterized. Total RNA was extracted from peripheral blood, it was amplyfied by reverse transcriptase (RT)-PCR using specific primers. The amplification products were cloned and at least 10 clones per individual were sequenced by the Sanger method. The gene sequences are highly conserved with humans and othe primates. Phylogenetic analysis with this results produced trees that reflect the species phylogeny. Although conservation, the genes coding for these two receptors are capable to produce high levels of variability by alternative splicing mechanisms. Fourteen isoforms of CD94 and six of NKG2D were identified, some of which are present in all species studied while others are restricted only one group of species. In several species common variants have probably been evolutionary selected to perform different functions of the complete protein. Homology modeling of structures showed that most of the variants are unable to interact with MHC class I molecules on the target cell, however, these retain regions that could be interact with other ligands. The results of this study indicate that CD94 and NKG2D NK lectine receptors are hihhly conserved for MHC recognition functions, but show a high degree of diversification led by alternative splicing mechanisms that probably expand their range of specificities.Maestrí

Implementación controles de seguridad área de SARLAFT empresa de sector salud prestador del servicio a domicilio

Trabajo de síntesis aplicadaTrabajo realizado para verificar las implementaciones adicionales que se deben tener para mitigar los controles en materia de SARLAFT para empresas prestadoras de salud en la línea de atención domiciliaria según circular externa 009 de 2016.2. Palabras Clave 3. Introducción 4. Objetivo General 5. Objetivos específicos 6. Marcos de referencia. 7. Metodología y presentación de Resultados. 8. Discusión de los resultados 9. Conclusiones 10. BibliografíaEspecializaciónEspecialista en Análisis y Administración Financier

Propuesta en supply chain management y logística en la empresa deli sweet

No aplicaEl presente proyecto de grado hace referencia al tema Supply Chain Management y logística, el cual podemos definir como la disciplina que administra los suministros y procesos a través de todas las etapas de un proyecto, producto o negocio entregable. El material comercial tiene un viaje a medida que se mueve de un estado a otro hasta que está listo para ser entregado al cliente o parte interesada. Luego está la logística de llevar el producto terminado de un lugar a otro. Superar estas diversas etapas de manera eficiente requiere control, que es donde interviene la gestión de la cadena de suministro. Las personas son administradas y los suministros también requieren administración. Para este caso se aplica toda la temática relacionada con la cadena de suministro y logística a la empresa Deli Sweet, la cual nos interesó ya que es una pequeña empresa, que se levantó a pulso, ubicada en la cuidad de Bogotá, con ella surgen diversas falencias que se pretenden mejorar a través de esta propuesta, con el fin de que sea más productiva y organizada, donde se planteará una propuesta de red estructural, se mencionan los 8 procesos del Global Supply Chain fórum y su aplicación en la misma, se verá los procesos según enfoque de APICS y su aplicación. Adicionalmente analizamos la posición de Colombia en términos de logística según informe del banco mundial, se propone un modelo de gestión de inventarios para la empresa, con el fin de mejorar su calidad de tiempo y maximizar su rentabilidad, se hará la propuesta de un LAYOUT o diseño para el almacén o centro de distribución, además de ello, se identifica los modos y medios de transporte utilizados por la empresa, de tal manera que esta permita al grupo de trabajo realizar una propuesta de una estrategia de aprovisionamiento, asimismo se identifica los beneficios al implementar estrategias del DRP y TMS.This degree project refers to the topic Supply Chain Management and logistics, which we can define as the discipline that manages the supplies and processes to through all stages of a deliverable project, product or business. The commercial material has a trip as it moves from state to state until ready to be delivered to the customer or interested party. Then there is the logistics of getting the finished product from place to place. other. Getting through these various stages efficiently requires control, which is where it comes in. supply chain management. People are managed and supplies too require administration. In this case, the entire theme related to the supply chain and logistics to the Deli Sweet company, which interested us since it is a small company, which is raised by hand, located in the city of Bogotá, with it various shortcomings arise that are intend to improve through this proposal, in order to make it more productive and organized, where a proposal for a structural network will be proposed, the 8 processes of the Global Supply Chain forum and its application in it, the processes according to the APICS approach will be seen and its application. Additionally, we analyze Colombia's position in terms of logistics According to the world bank report, an inventory management model is proposed for the company, in order to improve its quality of time and maximize its profitability, the proposal of a LAYOUT or design for the warehouse or distribution center, in addition to this, identifies the modes and means of transport used by the company, in such a way that this allow the working group to make a proposal for a procurement strategy, It also identifies the benefits of implementing DRP and TMS strategies

Comparación de cuatro condiciones del sistema de riesgos laborales entre Argentina y Colombia

En los diferentes países del mundo la seguridad y salud en el trabajo (SST) cobra vital importancia dada la obligación que se tiene para garantizar la protección de los trabajadores dependiendo el país que se entre a evaluar, existen notables diferencias en rigor de normatividad e implementación de la misma. Este artículo compara algunos aspectos importantes de las medidas normativas en materia de seguridad y salud en el trabajo que Argentina y Colombia han adoptado; asimismo, las metodologías de implementación acorde con las necesidades propias del país. A su vez, presenta reflexiones de los autores acerca de los aspectos comparados y que son de relevancia por las diferencias o similitudes presentadas para cada país, siempre teniendo en cuenta que el fin común es aumentar la seguridad al máximo y reducir las probabilidades de riesgo que estén en el entorno laboral. En este sentido, ambos países deben garantizar la protección y el cuidado de los trabajadores, en condiciones dignas y saludables, lo que genera nuevas ideas que contribuyen al proceso de mejora continua del SST sin perder de vista el desarrollo y productividad de cada uno

Genotipificación de los genes msp1 (bloque 2) y dhfr (codón108) de Plasmodium falciparum en muestras de campo recolectadas en cuatro localidades endémicas de Colombia.

Introduction. Plasmodium falciparum is a highly polymorphic parasite, which allows it to evade the host's immune response, spread drug resistance and favours transmission.Objectives. To analyse the genetic diversity of P. falciparum populations in samples from four endemic localities in Colombia.Materials And Methods. 123 blood samples were collected on filter paper from patients with non-complicated P. falciparum malaria during 2002 to 2004. The samples were genotyped using polymerase chain reaction with specific primers for the polymorphic region of block 2 of the msp1 gene and the 108 codon of the dhfr gene.Results. In msp1 block 2, 95.9% (118/123; 95% CI: 90.8-98.7) of the samples harboured MAD20; 6.5% K1 (8/123; 95% CI: 2.8-12.4) and 2.4% RO33 (3/123; 95% CI: 0.5-6.9). For the dhfrgene the mutant allele N 108 was found in all the samples amplified, T 108 in 3.2% and the wild type S108 in 34.1%. Taking together all the results from both genes, 61.8% (76/123; 95% CI: 52.6-70.4) of the samples were simple infections and 38.2% (47/123; 95% CI: 29.6-47.4) were mixed infections. MAD20/N108-S108 (30.1%) was the most frequent combination among the latter.Conclusions. Simple infections, i.e, a single allelic type in each one of the genes studied, prevailed among the circulating parasite populations. In this study the genetic composition of P. falciparum parasite populations was very homogeneous.Introducción. Plasmodium falciparum es un parásito altamente polimórfico, lo cual le permite evadir la respuesta inmune del hospedero, diseminar la resistencia a medicamentos y favorecer la transmisión. Objetivos. Analizar la diversidad genética de las poblaciones de P. falciparum en muestras de cuatro zonas endémicas de malaria en Colombia. Materiales y métodos. Se incluyeron muestras de sangre recolectadas en papel de filtro de 123 pacientes con malaria no complicada por P. falciparum durante los años 2002 a 2004; la genotipificación se realizó mediante reacción en cadena de la polimerasa con iniciadores específicos para los marcadores moleculares de la región polimórfica del bloque 2 del gen msp1 y del codón 108 de dhfr. Resultados. En el bloque 2 del gen msp1 se detectó MAD20 en 95,9% (118/123; IC 95%: 90,8 a 98,7), K1 en 6,5% (8/123; IC 95%: 2,8 a 12,4) y RO33 en 2,4% (3/123; IC 95%: 0,5 a 6,9) de las muestras. Para el gen dhfr, el alotipo mutante N108 se detectó en todas las muestras analizadas y el alotipo T108 en 3,2% (4/123; IC 95%: 0,9 a 8,1); el alotipo silvestre S108 se encontró en 34,1% (42/123; IC 95%: 25,8 a 43,2). Al combinar los resultados de ambos genes, el 61,8% (76/123; IC 95%: 52,6 a 70,4) de las muestras correspondieron a infecciones simples y el 38,2% (47/123; IC 95%: 29,6 a 47,4) a infecciones mixtas, siendo MAD20/N108-S108 la combinación más frecuente entre estas últimas (30,1%). Conclusiones. Las infecciones simples, o sea, la presencia de un solo alelo en cada uno de los genes, predominaron en las muestras estudiadas; las poblaciones de parásitos analizadas fueron muy homogéneas en su composición genética

Systematic Review of Mucosal Immunity Induced by Oral and Inactivated Poliovirus Vaccines against Virus Shedding following Oral Poliovirus Challenge

Inactivated poliovirus vaccine (IPV) may be used in mass vaccination campaigns during the final stages of polio eradication. It is also likely to be adopted by many countries following the coordinated global cessation of vaccination with oral poliovirus vaccine (OPV) after eradication. The success of IPV in the control of poliomyelitis outbreaks will depend on the degree of nasopharyngeal and intestinal mucosal immunity induced against poliovirus infection. We performed a systematic review of studies published through May 2011 that recorded the prevalence of poliovirus shedding in stool samples or nasopharyngeal secretions collected 5–30 days after a “challenge” dose of OPV. Studies were combined in a meta-analysis of the odds of shedding among children vaccinated according to IPV, OPV, and combination schedules. We identified 31 studies of shedding in stool and four in nasopharyngeal samples that met the inclusion criteria. Individuals vaccinated with OPV were protected against infection and shedding of poliovirus in stool samples collected after challenge compared with unvaccinated individuals (summary odds ratio [OR] for shedding 0.13 (95% confidence interval [CI] 0.08–0.24)). In contrast, IPV provided no protection against shedding compared with unvaccinated individuals (summary OR 0.81 [95% CI 0.59–1.11]) or when given in addition to OPV, compared with individuals given OPV alone (summary OR 1.14 [95% CI 0.82–1.58]). There were insufficient studies of nasopharyngeal shedding to draw a conclusion. IPV does not induce sufficient intestinal mucosal immunity to reduce the prevalence of fecal poliovirus shedding after challenge, although there was some evidence that it can reduce the quantity of virus shed. The impact of IPV on poliovirus transmission in countries where fecal-oral spread is common is unknown but is likely to be limited compared with OPV