Chromatin Accessibility-Based Characterization of the Gene Regulatory Network Underlying Plasmodium falciparum Blood-Stage Development.

Underlying the development of malaria parasites within erythrocytes and the resulting pathogenicity is a hardwired program that secures proper timing of gene transcription and production of functionally relevant proteins. How stage-specific gene expression is orchestrated in vivo remains unclear. Here, using the assay for transposase accessible chromatin sequencing (ATAC-seq), we identified ∼4,000 regulatory regions in P. falciparum intraerythrocytic stages. The vast majority of these sites are located within 2 kb upstream of transcribed genes and their chromatin accessibility pattern correlates positively with abundance of the respective mRNA transcript. Importantly, these regions are sufficient to drive stage-specific reporter gene expression and DNA motifs enriched in stage-specific sets of regulatory regions interact with members of the P. falciparum AP2 transcription factor family. Collectively, this study provides initial insights into the in vivo gene regulatory network of P. falciparum intraerythrocytic stages and should serve as a valuable resource for future studies

Comparative Heterochromatin Profiling Reveals Conserved and Unique Epigenome Signatures Linked to Adaptation and Development of Malaria Parasites.

Heterochromatin-dependent gene silencing is central to the adaptation and survival of Plasmodium falciparum malaria parasites, allowing clonally variant gene expression during blood infection in humans. By assessing genome-wide heterochromatin protein 1 (HP1) occupancy, we present a comprehensive analysis of heterochromatin landscapes across different Plasmodium species, strains, and life cycle stages. Common targets of epigenetic silencing include fast-evolving multi-gene families encoding surface antigens and a small set of conserved HP1-associated genes with regulatory potential. Many P. falciparum heterochromatic genes are marked in a strain-specific manner, increasing the parasite's adaptive capacity. Whereas heterochromatin is strictly maintained during mitotic proliferation of asexual blood stage parasites, substantial heterochromatin reorganization occurs in differentiating gametocytes and appears crucial for the activation of key gametocyte-specific genes and adaptation of erythrocyte remodeling machinery. Collectively, these findings provide a catalog of heterochromatic genes and reveal conserved and specialized features of epigenetic control across the genus Plasmodium

The private life of malaria parasites:Strategies for sexual reproduction

Malaria parasites exhibit a complex lifecycle, requiring extensive asexual replication in the liver and blood of the vertebrate host, and in the haemocoel of the insect vector. Yet, they must also undergo a single round of sexual reproduction, which occurs in the vector’s midgut upon uptake of a blood meal. Sexual reproduction is obligate for infection of the vector and thus, is essential for onwards transmission to new hosts. Sex in malaria parasites involves several bottlenecks in parasite number, making the stages involved attractive targets for blocking disease transmission. Malaria parasites have evolved a suite of adaptations (“strategies”) to maximise the success of sexual reproduction and transmission, which could undermine transmission-blocking interventions. Yet, understanding parasite strategies may also reveal novel opportunities for such interventions. Here, we outline how evolutionary and ecological theories, developed to explain reproductive strategies in multicellular taxa, can be applied to explain two reproductive strategies (conversion rate and sex ratio) expressed by malaria parasites within the vertebrate host

H3.3 demarcates GC-rich coding and subtelomeric regions and serves as potential memory mark for virulence gene expression in Plasmodium falciparum

Contains fulltext : 161999.pdf (publisher's version ) (Open Access

Chromatin regulation in malaria parasites

Contains fulltext : 191135.pdf (publisher's version ) (Open Access)Radboud University, 5 juli 2018Promotor : Stunnenberg, H.G. Co-promotor : Bártfai, R.231 p

Generalfeldmarschall Friedrich Paulus nach Stalingrad 1953-1957

Die vorliegende Arbeit widmet sich dem Leben und Wirken des Generalfeldmarschalls Friedrich Wilhelm Ernst Paulus. Aufgrund des beschränkten zur Verfügung stehenden Rahmens erhebt die nachfolgende Studie nicht den Anspruch einer Biographie. Vielmehr soll sie, fokussiert auf seine letzten Lebensjahre in der DDR, sein politisches Denken, Handeln und Schaffen dort analysieren. Hinzu kommt, dass der „Fall Paulus“ als beispielhaft für die Behandlung, ja die Umarmung ehemaliger Wehrmachtseliten durch das noch junge Pankower Regime gelten kann. Die vorliegende Arbeit versteht sich daher auch als Beitrag zu den Forschungen über die Mechanismen der Integration ehemaliger Eliten des Nationalsozialismus in die ostdeutsche Gesellschaft. Die Analyse des propagandistischen Wirkens sowie der Wirkung von Paulus’ Auftreten stellt zudem zugleich einen Indikator für den Einfluss der Sozialistischen Einheitspartei Deutschlands (SED) auf die Stimmungslage der westdeutschen Öffentlichkeit Mitte der fünfziger Jahre dar. Zunächst zeigt die Arbeit die persönlichen als auch politischen Voraussetzungen für das Auftreten und Handeln Paulus’ in der DDR auf. Im Zentrum der Studie steht dann die Zeit nach der Repatriierung. Ebenso werden die Zielsetzungen der SED herausgearbeitet. Was waren deren Motive sich mit Paulus zu arrangieren, ja sich vermeintlich mit ihm auszusöhnen und ihn politisch einzusetzen? Und wo lagen Grenzen einer Kooperation? In diesem Zusammenhang ist auch zu klären, inwiefern Paulus in der Kasernierten Volkspolizei (KVP) tätig wurde und weshalb man aber eine offizielle Tätigkeit im Rahmen der Aufrüstung ausschloss. Der dringend gebotene Blick auf die Überwachungstätigkeit des MfS bezüglich Paulus bildet dann das Fundament für die nachfolgenden Betrachtungen. Im Mittelpunkt steht hier zunächst die Darstellung und Analyse des Handelns und Wirkens Paulus’. Anhand der aufgezeigten vier großen Tätigkeitsbereiche (3.2.1 allgemeine Propaganda; 3.2.2 Offizierspropaganda; 3.2.3 der schriftlichen Tätigkeit; 3.2.4 der Vortragstätigkeit) wird deutlich, wie sehr Paulus’ Handeln in Abhängigkeit von den zuvor genannten Zielsetzungen der SED stand. Auch der Erfolg der einzelnen Tätigkeiten wird somit von den Vorgaben der SED maßgeblich beeinflusst. Es wird daher die Frage aufgeworfen, was Paulus bewegte, sich dieser vorgegebenen Strategie zu unterwerfen. (Kapitel 3.3). Die Analyse des propagandistischen Wirkens sowie der Wirkung von Paulus’ Auftreten stellt zudem zugleich einen Indikator für den Einfluss der Sozialistischen Einheitspartei Deutschlands (SED) auf die Stimmungslage der westdeutschen Öffentlichkeit Mitte der fünfziger Jahre dar. Der „Fall Paulus“ wird hiermit von einer zweiten Seite beleuchtet. Es gilt die Motivation Paulus’ aus dessen Perspektive und mit Blick auf seinen Erfahrungshintergrund darzustellen und zu analysieren. Es wird untersucht, aus welchen Faktoren sich Paulus’ Motive zur Mitarbeit generierten. Was waren dessen Beweggründe für eine Zusammenarbeit? Welchen Einfluss darauf hatte die Soziologie Paulus’ nach mehr als elf Jahren Kriegsgefangenschaft angesichts der nicht mal dreieinhalb verbliebenen Lebensjahre in der DDR? Welchen die Familie? Welchen die persönliche Prägung und Erfahrung? Schließlich befasst sich die Arbeit mit der politischen Verortung und den Zielsetzungen Paulus’ nach 1953. Was suchte er politisch zu erreichen? Inwiefern war dies realistisch? Welche Hoffnungen verband Paulus für sich persönlich mit einer Kooperation? In Anbetracht der Ergebnisse der vorangegangenen Untersuchungen wird anschließend die Frage aufgeworfen, ob es sich bei Paulus’ Propaganda im Dienste der SED schlicht um einen opportunistischen Akt handelte, oder ob seine Bemühungen gegen die Westbindung der Bundesrepublik und für ein Gesamtdeutschland, als Tätigkeit aus Überzeugung zu werten sind. Die Arbeit analysiert die Gründe des Scheiterns Paulus’ persönlicher und politischer Ambitionen und gleicht die Ergebnisse dieser Studie mit dem bisherigen (dünnen) Forschungsstand zur Person Paulus’ nach 1953 ab. (2/2008

An epigenetic map of Plasmodium gene expression during its developmental transition from host to vector

bam data sets for the study published under https://rdcu.be/b3y5Xbam data sets for the study published under https://rdcu.be/b3y5X