Investigando o desempenho de métodos de Aprendizado de Máquina para predição de RNAs não-codificadores utilizando construção in silico de dados artificiais

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Exatas, Departamento de Ciência da Computação, 2020.Métodos de aprendizado de máquina (AM) são frequentemente usados para predizer difer entes classes de RNAs não-codificadores (ncRNAs), como microRNAs ou snoRNAs. Nos métodos de AM que usam o paradigma de aprendizagem supervisionada, atributos ou características (em inglês, features) são extraídas dos dados de entrada e usados em um classificador, nas diferentes etapas desses métodos. No entanto, os métodos de AM não foram usados com tanto sucesso quanto se esperava para busca de homologia em ncR NAs. Neste contexto, é relevante medir o desempenho de métodos de AM para verificar seu poder de predição, tanto de sequências evolutivamente próximas quanto daquelas mais distantes. Uma avaliação sistemática de métodos de AM para predição de homologia re quer conjuntos de testes, grandes, controlados e conhecidos. Assim, devem ser criadas formas para construir grandes conjuntos de dados artificiais de forma que se aproxime o máximo possível dos ncRNAs reais. Nesta dissertação, inicialmente, descrevemos uma forma de gerar conjuntos arbitrariamente grandes e diversos de sequências de ncRNAs, com base em uma evolução artificial, das duas classes principais de snoRNAs, C/D box e H/ACA box snoRNAs. Em seguida, esses dados artificiais são usados para avaliar o poder de predição de snoRNAs, em um genoma de cordados, de três métodos supervisionados de AM - Máquina de Vetores de Suporte (em inglês, Support Vector Machine - SVM), Re des Neurais Artificiais (em inglês, Artificial Neural Networks - ANN) e Floresta Aleatória (em inglês, Random Forest - RF). Nossos resultados indicam que as abordagens de AM podem de fato ser competitivas para a busca de homologia em ncRNAs, dependendo do conhecimento de features biológicas, extraídas dos dados, que são a entrada desses méto dos de AM. Para a mutação de substituição, os classificadores SVM e ANN obtiveram excelentes desempenhos para conjuntos de dados com mutações de bases de 10%, 20%, 30% e 40% de diferença relativamente aos snoRNAs originais. No entanto, para conjuntos de dados com mutações de 50%, os classificadores não alcançaram um desempenho tão bom. Para H/ACA box, o desempenho dos classificadores de AM foram equivalentes, tanto utilizando um número maior de features biológicas conhecidas quanto um número reduzido delas. Para a mutação de inserção, quanto maior a porcentagem de mutação, menor o desempenho dos três classificadores - SVM, ANN e RF. Para os dois tipos de snoRNAs, os tamanhos das sequências mostraram ser características importantes para a predição correta. Além disso, os métodos de AM apresentaram resultados de predição melhores, quando comparados a métodos que usam diretamente as sequências primárias de ncRNAs, como BLAST.Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES).Machine learning (ML) methods are often used to predict different classes of non-coding RNAs (ncRNAs), such as microRNAs or snoRNAs. In ML methods that use the super vised learning paradigm, attributes or features are extracted from the input data and used in a classifier, in the different steps of these methods. However, ML methods have not been used as successfully as expected to search for homology in ncRNAs. In this context, it is relevant to measure the performance of ML methods in order to verify their predictive power, both for evolutionary close sequences and those that are more distant. A system atic evaluation of ML methods for homology prediction requires large, controlled and known sets of tests. Thus, large sets of artificial data have to be created such that their stored sequences are as close as possible to real ncRNAs. In this dissertation, initially, we describe a way to generate arbitrarily large and diverse sets of ncRNA sequences, based on an artificial evolution, of the two main classes of snoRNAs, C/D box and H/ACA box. Then, these artificial data are used to evaluate the predictive power of snoRNAs, in a chordate genome, of three supervised methods of ML - Support Vector Machine (SVM), Artificial Neural Networks (ANN) and Random Forest (RF). Our results indicate that ML approaches can in fact be competitive to predict homology for ncRNAs, depending on the knowledge of biological features, extracted from the data, which are the input of these ML methods. For the substitution mutation, the SVM and ANN classifiers achieved excellent performances for data sets with base mutations of 10%, 20%, 30% and 40% distant from the original snoRNAs. However, for data sets with mutations of 50%, the classifiers did not perform so well. For H/ACA box, the performance of the ML classifiers were equiv alent, using a larger number of known biological features as well as a reduced number of them. For the insertion mutation, the higher the percentage of mutation, the lower the performance of the three classifiers - SVM, ANN and RF. For both types of snoRNAs, the size of the sequences proved to be an important characteristic for correct prediction. In addition, ML methods showed much better prediction results, when compared to methods that directly use primary ncRNA sequences, such as BLAST

De olho na parceria com o consumidor: análise do negócio participativo da Threadless

Este artigo apresenta o modelo de negócio participativo da Threadless, uma empresa que produz camisetas e as vende através de um website na Internet, e busca compreender os caminhos adotados pela empresa dentro da perspectiva de co-criação de valor. A pesquisa releva como a Threadless sustenta seu negócio em uma parceria mutuamente benéfica com seus clientes, o que lhe permite não só ganhar maior valor perante eles, mas também abre espaço para uma comunicação mais transparente e eficient

PHOTODEGRADATION OF NATURAL ORGANIC MATTER IN THE PASSAÚNA RESERVOIR (PR), BRAZIL

Aquatic organic matter may be natural or of anthropic origin. In reservoirs resulting from damming of rivers, a significant part may originate from submerged vegetal biomass by the inundation and vary according to the implementation procedures adopted (e.g.: deforestation before flooding or maintenance of local vegetation). When coming from outside the aquatic environment through the runoff at the catchment, it varies qualitatively and quantitatively, depending on the use and occupation of the soil around the reservoirs. Understanding the changes in the concentration, composition, and distribution of aquatic organic matter is fundamental for the analysis of water quality and its variability as a function of seasonality, depth and hydraulic condition. Different mechanisms act in the degradation of aquatic organic matter, such as biodegradation and photodegradation, as well as sedimentation and transport processes. Thus, the objective is to investigate if photodegradation is a conditioning mechanism in the processes of degradation and transformation of organic matter in the water column, evaluating whether the origin, type and composition of organic matter influence water quality in the Passaúna reservoir/PR. The spatial and temporal variability of the organic matter was evaluated by applying the visible ultraviolet absorption spectroscopy techniques and the fluorescence emission-excitation matrix combined with the dissolved organic carbon concentration. The percentages of photodegradation of the organic matter were also determined and the nutrient concentrations were verified. Significant variation was expected as a function of the incident irradiation differences between the depths of the water column, however, it was modest, and the variation with the longer irradiation time was more significant. Current results should be compared with two more experimental test repetitions to verify possible climatic influence and comparison with photodegradation of patterns with defined initial organic matter. It is desired to obtain a better basis for inferences about water quality from the photodegradation of organic matter and, finally, the viability of extrapolating the results from the Passaúna reservoir to other similar reservoirs in the subtropical climate

Religiosidade dentro dos espaços museológicos : uma abordagem dos ex-votos, catolicismo e patrimônio cultural

Trabalho de Conclusão de Curso (graduação) — Universidade de Brasília, Faculdade de Ciência da Informação, 2021.O seguinte trabalho tem como propósito discutir como a Religião Católica está inserida dentro dos Museus e sua influência na formação cultural do ser humano, com ênfase no ex-voto, objetos que são colocados nas salas de milagres, santuários ou templos, com a finalidade de comprovar que a graça foi alcançada. Essa é uma forma de agradecimento, onde a fé se materializa através dos objetos, como fotos, partes do corpo humano feito a cera, madeira, que são denominados como os antropomorfos, representação iconográfica (pintura/ fotografia), jóias, inscrições em tábuas entre outros.Sendo assim, através desses objetos de variadas tipologias, cria-se uma comunicação entre o devoto e o santo, mostrando que houve a solução de uma enfermidade, proteção ou qualquer situação que causou aflição no cristão. Também será discutido através de vários autores os conceitos de voto e ex-voto sendo um Patrimônio Cultural Material e sua relação com identidade, comunicação e religião.The purpose of the following research is to discuss how the Catholic religion is within the museums and its influence over the cultural formation of the human being, with emphasis on the "ex-vows", which are objets placed in the miracle's rooms, sanctuaries or temples, as way of proving the achievement of a grace. It is a way of thanksgiving , in which faith is materialized through objects, such as photos, parts of the human body made out of wax, named antropomorphs, iconographic representations (paintings/ fotographies), jewels, wood engravings and many others. Thus, by means of these typologically varied objects, a communication beetwen the devoted and the saint is created, showing the cure of an illness, protection or any situation that caused affliction over the christian. A discussion, by means of many authors, about the concepts of vows and ex-vows as a material cultural heritage and its relations to identity, communication and religion shall be found as well

Enteral tube placement in newborns according to the modified measurement technique

Objective: To evaluate the effectiveness of the enteral tube measurement using the modified nose - ear - xiphoid (NEX) technique by disregarding the tube distal orifices for placement in newborns' neonatal gastric cavity. Methods: A prospective study conducted in a neonatal unit of a teaching hospital in the city of Sao Paulo, based on the radiographic analysis of 60 radiographs of 28 newborns using enteral tubes measured by the modified technique, and who had thoracoabdominal radiography. Results: The correct placement index according to analysis by position was 68.3% and 71.7%, according to evaluators 1 and 2, respectively. In the analysis by vertebrae, 95% of tubes were properly placed in the gastric cavity. There was a statistically significant association between height and location of the enteral tube according to evaluator 2. Conclusion: The evaluated measurement technique presents a risk for inadequate enteral tube placement in newborns, and its application in clinical practice should not be encouraged.Objetivo: Avaliar a efetividade da mensuração de sonda enteral pela técnica modificada, nariz - orelha - apêndice xifoide, com desconto dos orifícios distais da sonda, para posicionamento na câmara gástrica de neonatos. Métodos: Estudo prospectivo, desenvolvido em unidade neonatal de um hospital de ensino do município de São Paulo, a partir da análise radiográfica de 60 radiografias de 28 neonatos em uso de sonda enteral mensurada pela técnica modificada, submetidos à radiografia toracoabdominal. Resultados: O índice de posicionamento correto, de acordo com a análise por posições, foi de 68,3% e 71,7%, segundo os avaliadores 1 e 2, respectivamente, enquanto na análise por vértebras, 95% das sondas estavam adequadamente locadas na câmara gástrica. Ocorreu associação estatisticamente significante entre estatura e localização da sonda enteral, segundo o avaliador 2. Conclusão: A técnica de mensuração avaliada apresenta risco para posicionamento inadequado da sonda enteral utilizada em neonatos, devendo ser desencorajada sua aplicação na prática clínica.Univ Fed Sao Paulo, Escola Paulista Enfermagem, Sao Paulo, SP, BrazilUniv Fed Sao Paulo, Escola Paulista Enfermagem, Sao Paulo, SP, BrazilWeb of Scienc

Why not "do simple things in a simple way": Use of the Pap test as the first step in screening genetic stability for human cultured stem cell therapy?

The aim of this study was to analyze adipose tissue-derived mesenchymal stem cells (AT-MSCs) using the Pap test as a first screening step to evaluate genetic stability. Human adipose tissue from six healthy female donors was obtained from elective liposuction procedures. The cells were isolated, cultivated at P2/P3, characterized by flow cytometric analysis, and differentiation induced. The AT-MSCs were stained by Papanicolaou staining and analyzed according to the Bethesda classification, and viability-apoptosis relationships were evaluated. The results of the Pap test for Sample I indicated high-grade alterations consistent with genetic instability; for Samples II-V, atypical cells of undetermined significance; and for Sample VI, normal cells. These results demonstrate the potential of using the Pap test as an initial screening step to evaluate the genetic stability of cultured AT-MSCs and also suggest its use for other adherent cells such as embryonic stem cells or induced pluripotent stem cells

O Direito à Comunicação e a Tutela do Meio Ambiente Digital

This study aims to investigate whether there are instruments that effectively guarantee the right to media and their protection in the middle of the digital environment, not only the Internet but also in other media, in view of the already present and growing convergence digital. The method used was deductive logic, from analysis review of the literature, legislation and doctrine, based on the general premises of existing legislation on communication and cultural environment, to conclude that there is need to regulate the articles of CF / 88 dealing with the social communication.O presente trabalho tem como objetivo investigar se existem instrumentosque garantam efetivamente o direito à comunicação social e sua tutela no meio ambiente digital, não apenas na internet, mas também em outros meios de comunicação, tendo em vista a já presente e cada vez maior convergência digital.  O método utilizado foi o lógico dedutivo, a partir de análises de resenha de literatura específica, legislação e doutrina, partindo das premissas gerais da legislação existente sobre comunicação e meio ambiente cultural, para concluir que há necessidade de se regulamentar os artigos da CF/88 que tratam da comunicação social

RITMOS E RIMAS DA POESIA BARROCA: MÚSICA E LITERATURA NO ENSINO DE LÍNGUA PORTUGUESA

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