Novel genetic defects in titinopathies and other muscular dystrophies

Muscular dystrophies are a clinically and genetically heterogeneous group of inherited disorders that cause progressive weakness and atrophy of muscles. They are divided into several subgroups based on the clinical and genetic findings. Mutations in dozens of different genes are known to cause the disorders, but unsolved cases exist. Accurate molecular diagnosis is important for genetic counseling and management of the diseases. The aims of this doctoral study were to identify still unknown genetic defects in muscular dystrophy patients using Sanger sequencing and next-generation sequencing (NGS) methods and to develop a targeted NGS gene panel for molecular diagnostics. In the course of this study more than 30 muscular dystrophy families or sporadic patients obtained a molecular diagnosis. A majority of the identified mutations were located in TTN. The gene encodes titin, which is a giant muscle protein having a central role in aspects of development, structure and function of the striated muscle. Due to the huge size of the gene it was not routinely sequenced before the NGS era. Muscle disorders caused by mutations in TTN are called titinopathies. In the first study, missense mutations in TTN exon 343 were identified in 12 families from seven different countries having hereditary myopathy with early respiratory failure (HMERF). The findings considerable expanded the mutational spectrum of HMERF and highlighted the geographically wide occurrence of the disease as well as the role of TTN exon 343 as a mutational hotspot region. In the second study, additional mutations in patients having previously reported tibial muscular dystrophy (TMD) mutation in TTN exon 362 or 363, but atypical phenotypes, were identified. The patients had a frameshift mutation in the other TTN allele causing a more severe TMD phenotype or limb-girdle muscular dystrophy (LGMD). In the last study, recessive distal myopathy patients were identified to have novel mutations in TTN exon 362 or 363 in either homozygous state or in compound heterozygosity with a nonsense or frameshift mutation. The patients had similar more severe TMD phenotype as the patients in the previous study. The findings expanded the list of distal myopathies with a new category: juvenile or early adult onset recessive distal titinopathy. In addition, a few patients having other novel recessive TTN mutations and novel phenotypes were identified in this doctoral study. The targeted NGS gene panel, MyoCap, was designed to capture and sequence 180 myopathy related genes simultaneously. Altogether 61 myopathy patients, negative for previous candidate gene approaches, were screened using the assay and 19 (31%) of them obtained a molecular diagnosis. MyoCap has high sensitivity and specificity and it is easily updated when new discoveries of myopathy causing genes are made. It provides fast and reliable detection of mutations in myopathy patients and it has been implemented in the molecular diagnostics of myopathy patients in Finland. It is now the first method of choice in diagnostics if no clear candidate gene can be determined by conventional clinical examinations.Lihasdystrofiat ovat sekä kliinisesti että geneettisesti heterogeeninen joukko perinnöllisiä sairauksia, jotka aiheuttavat etenevää lihasten heikentymistä ja surkastumista. Taudit on jaettu useisiin alaryhmiin kliinisten ja geneettisten löydösten perusteella. Lihasdystrofioita aiheuttavia geenivirheitä tunnetaan kymmenissä eri geeneissä, mutta selvittämättömiä tapauksia on myös vielä paljon jäljellä. Geenivirheen löytäminen on tärkeää neuvonnan ja taudin hoitamisen kannalta. Tämän väitöskirjatutkimuksen tarkoituksena oli selvittää uusia geenivirheitä lihasdystrofiapotilailta käyttäen sekä perinteistä Sanger- että uuden sukupolven sekvensointimenetelmiä ja lisäksi kehittää geenipaneeli lihastautidiagnostiikkaan. Tutkimuksen aikana yli 30 perhettä tai yksittäistä potilasta saatiin diagnosoitua. Suuri osa löydetyistä uusista mutaatioista sijaitsi TTN-geenissä. Geeni koodaa titiiniä, jättimäistä lihasproteiinia, jolla on keskeinen rooli poikkijuovaisen lihaksen kehityksessä, rakenteessa ja toiminnassa. TTN-geenin suuresta koosta johtuen sitä ei ole aikaisemmin laajasti sekvensoitu. TTN-geenin mutaatioiden aiheuttamia lihastauteja kutsutaan titinopatioiksi. Ensimmäisessä osatutkimuksessa uusia mutaatioita löytyi perinnöllistä HMERF-tautia sairastavilta perheiltä TTN-eksonista 343. Löydökset laajensivat HMERF-mutaatioiden kirjoa ja korostivat eksonin 343 roolia HMERF-mutaatioalueena. Toisessa osatutkimuksessa potilailta, joilla oli tibiaalista lihasdystrofiaa (TMD) aiheuttava mutaatio TTN-eksonissa 362 tai 363, mutta tavallisesta TMD:stä poikkeava fenotyyppi, löytyi toisesta TTN-alleelista frameshift-mutaatio. Tämä johti vakavampaan TMD-tautiin ja osalla potilaista hartia-lantiotyypin lihasrappeumaan (LGMD). Viimeisessä osatutkimuksessa distaalista myopatiaa sairastavilta perheiltä löytyi uusia mutaatioita TTN-eksoneista 362 tai 363 ja lisäksi toisesta TTN-alleelista framshift- tai nonsense-mutaatio. Potilailla oli samanlainen aikaisemmin alkava ja vakavampi TMD-tauti kuin edellisen tutkimuksen potilailla. Nämä löydökset lisäsivät distaalimyopatioihin uuden kategorian: nuoruudessa alkava resessiivinen distaalinen titinopatia. Näiden lisäksi väitöskirjatutkimuksessa löydettiin uusia resessiivisiä TTN-mutaatioita myös muutamalta muulta potilailta, joilla oli uusi aiemmin kuvaamaton fenotyyppi. MyoCap-geenipaneeli suunniteltiin kattamaan 180 lihastautigeenin sekvensointi samanaikaisesti. Tutkimuksessa sitä käytettiin yhteensä 61 potilaan sekvensoimiseen, joilta ei oltu löydetty geenivirhettä aiemmissa tutkimuksissa. Potilaista 19 (31%) saatiin diagnosoitua. MyoCap on tarkka menetelmä ja siihen on helppo lisätä uusia tautigeenejä, kun niitä löydetään. Se tarjoaa nopean ja tehokkaan tavan paikantaa mutaatioita ja se on nykyisin käytössä lihastautipotilaiden diagnostiikassa. Sitä käytetään varsinkin potilailla, joiden tautigeeniä ei pystytä suoraan päättelemään kliinisissä tutkimuksissa

A solution for actors' viewpoints representation with collaborative product development

As product complexity and marketing competition increase, a collaborative product development is necessary for companies which develop high quality products in short lead-times. To support product actors from different fields, disciplines, and locations, wishing to exchange and share information, the representation of the actors' viewpoints is the underlying requirement of the collaborative product development. The actors' viewpoints approach was designed to provide an organisational framework following the actors' perspectives in the collaboration, and their relationships, could be explicitly gathered and formatted. The approach acknowledges the inevitability of multiple integration of product information as different views, promotes gathering of actors' interests, and encourages retrieved adequate information while providing support for integration through PLM and/or SCM collaboration. In this paper, a solution for neutral viewpoints representation is proposed. The product, process, and organisation information models are seriatim discussed. A series of issues referring to the viewpoints representation are discussed in detail. Based on XML standard, taking cyclone vessel as an example, an application case of part of product information modelling is stated.Comment: ISBN: 2-287-48363-

Dominantly inherited distal nemaline/cap myopathy caused by a large deletion in the nebulin gene

We report the first family with a dominantly inherited mutation of the nebulin gene (NEB). This 100kb in-frame deletion encompasses NEB exons 14-89, causing distal nemaline/cap myopathy in a three-generation family. It is the largest deletion characterized in NEB hitherto. The mutated allele was shown to be expressed at the mRNA level and furthermore, for the first time, a deletion was shown to cause the production of a smaller mutant nebulin protein. Thus, we suggest that this novel mutant nebulin protein has a dominant-negative effect, explaining the first documented dominant inheritance of nebulin-caused myopathy. The index patient, a young man, was more severely affected than his mother and grandmother. His first symptom was foot drop at the age of three, followed by distal muscle atrophy, slight hypomimia, high-arched palate, and weakness of the neck and elbow flexors, hands, tibialis anterior and toe extensors. Muscle biopsies showed myopathic features with type 1 fibre predominance in the index patient and nemaline bodies and cap-like structures in biopsies from his mother and grandmother. The muscle biopsy findings constitute a further example of nemaline bodies and cap-like structures being part of the same spectrum of pathological changes. (C) 2019 Elsevier B.V. All rights reserved.Peer reviewe

Re-evaluation of the phenotype caused by the common MATR3 p.Ser85Cys mutation in a new family

Peer reviewe

Novel mutations in DNAJB6 gene cause a very severe early-onset limb-girdle muscular dystrophy 1D disease

DNAJB6 is the causative gene for limb-girdle muscular dystrophy 1D (LGMD1D). Four different coding missense mutations, p.F89I, p.F93I, p.F93L, and p.P96R, have been reported in families from Europe, North America and Asia. The previously known mutations cause mainly adult-onset proximal muscle weakness with moderate progression and without respiratory involvement. A Finnish family and a British patient have been studied extensively due to a severe muscular dystrophy. The patients had childhood-onset LGMD, loss of ambulation in early adulthood and respiratory involvement; one patient died of respiratory failure aged 32. Two novel mutations, c.271T > A (p.F91I) and c.271T > C (p.F91L), in DNAJB6 were identified by whole exome sequencing as a cause of this severe form of LGMD1D. The results were confirmed by Sanger sequencing. The anti-aggregation effect of the mutant DNAJB6 was investigated in a filter-trap based system using transient transfection of mammalian cell lines and polyQ-huntingtin as a model for an aggregation-prone protein. Both novel mutant proteins show a significant loss of ability to prevent aggregation. (C) 2015 Elsevier B.V. All rights reserved.Peer reviewe

Neuromyopathy with congenital cataracts and glaucoma: A distinct syndrome caused by POLG variants

We identified three non-related patients manifesting a childhood-onset progressive neuromyopathy with congenital cataracts, delayed walking, distal weakness and wasting, glaucoma and swallowing difficulties. Electrophysiology and nerve biopsies showed a mixed axonal and demyelinating neuropathy, while muscle biopsy disclosed both neurogenic and myopathic changes with ragged red fibers, and muscle MRI showed consistent features across patients, with a peculiar concentric disto-proximal gradient of fatty replacement. We used targeted next generation sequencing and candidate gene approach to study these families. Compound biallelic heterozygous variants, p.[(Pro648Arg)]; [(His932Tyr)] and p.[(Thr251Ile),(Pro587Leu)]; [(Arg943Cys)], were found in the three patients causing this homogeneous phenotype. Our report on a subset of unrelated patients, that showed a distinct autosomal recessive childhood-onset neuromyopathy with congenital cataracts and glaucoma, expands the clinical spectrum of POLG-related disorders. It also confirms the association between cataracts and neuropathy with variants in POLG. Early onset cataract is otherwise rare in POLG-related disorders and so far reported only in a few patients with the clinical pattern of distal myopathy or neuromyopathy

Järjestön jäsenmäärän kasvattaminen : pääkaupunkiseudun Partiolaisten jäsenmäärän kasvu 2012-2013

Partiossa on kamppailtu muiden järjestöjen tapaan yhä vähenevän jäsenmäärän parissa. Toimintavuo-den 2012–2013 aikana yhden Suomen Partiolaiset - Finlands Scouter ry:n piirijärjestön jäsenmäärä nousi kuitenkin ennätyksellisen paljon ja vastoin aikaisempaa kehitystä. Partion jäsenmaksun maksa-neiden määrä nousi piirissä 7,7 % eli 8800 jäsenestä 9500 jäseneen. Suomen Partiolaisilla oli tarve selvittää, miten kasvu oli tapahtunut, minkälainen rooli piirijärjestöllä oli kasvun toteuttamisessa ja mitä partion paikallisyhdistyksissä eli lippukunnissa oli tehty kasvun toteut-tamiseksi. Piirin ja lippukuntien toiminnasta oli tarpeen oppia hyviä käytäntöjä, joita voidaan soveltaa valtakunnallisesti. Pääkaupunkiseudun Partiolaiset ry halusi saada selville, mitkä piirin valitsemista ja toteuttamista kasvutoimenpiteistä olivat lippukuntien näkökulmasta hyödyllisiä ja millä toimenpiteillä ei ollut merkitystä kasvun edistämisessä. Jäsenmäärän kasvua tutkittiin tekemällä haastattelututkimus. Tutkimukseen haastateltiin 23 sellaista pääkaupunkiseutulaista lippukuntaa, joissa maksaneiden jäsenten jäsenmäärä oli kasvanut. Haastatel-lut lippukunnat olivat 35 kaikkein eniten kasvaneen lippukunnan joukossa ja niiden jäsenmäärät olivat nousseet 15–46 % toimintavuoden 2012–2013 aikana. Haastattelukutsu osoitettiin lippukunnan johtajille eli yhdistyksen puheenjohtajille. Tutkimusaineistosta saatiin selville muutokset, jotka lippukunnissa olivat tapahtuneet, niiden suhde piirin toteuttamiin kasvutoimenpiteisiin ja piirin ohjauksen vaikutus lippukuntien toteuttamiin toimintaa kehittäviin muutoksiin. Haastateltavat kertoivat myös suhtautumisestaan piirin toteuttamaan kasvuvies-tintään ja piirin kasvutoimenpiteiden vaikutuksesta yleiseen kasvuun. Tutkimuksessa otettiin selvää, mitkä piirin kasvuhankkeista olivat lippukunnissa käytössä ja miten jäsenmäärän kasvu vaikutti toimin-nan laatuun. Tutkimus tuotti laadullista tietoa siitä, miten jäsenmäärän kasvutavoite saatiin toteutettua piiri- ja paikal-listasolla. Kasvu tuottaa kasvavan jäsenmäärän lisäksi toiminnan laatua, lisätuloja ja tulevaisuudenus-koa. Järjestön jäsenmäärää on mahdollista kasvattaa lyhyessäkin ajassa, mikäli keinot ja tavoitteet ovat yhteisiä ja oikein valittuja, hanketta johdetaan päättäväisesti ja toimijat osataan motivoida oikein. Pääkaupunkiseudun Partiolaisten jäsenmäärän kasvu toteuttamisen kuvaus on käyttökelpoinen malli jokaiselle järjestölle. Kasvuhankkeen johtaminen ja valitut toimenpiteet on sovellettavissa minkä tahan-sa järjestön kehittämiseen. Kasvu paransi paikallisyhdistysten ja koko valtakunnallisen partion elinvoimaisuutta.Like many other Finnish associations, scouting in Finland has struggled in the 2000s with an ever-decreasing number of members. However, during the operating period 2012–2013, the membership of the Guides and Scouts of Finland rose after a long period of decline. In the capital area district, the number of paid members rose by 7,7%, from 8,800 to 9,500 members. The national organisation wan-ted to find out the causes behind this unparalleled growth and the role that the national organisation had in making the improvement a reality. The Guides and Scouts of Finland also wished to determine what the local organisations, troops, had done in order to grow. Another objective was to find best practices in the actions of the district and the troops to share nationally. The capital area district also hoped to ascertain, which of its chosen growth actions were useful to the troops and had an effect in the increase of membership. The membership growth was studied by conducting 23 interviews of the capital area troop leaders. These troops were selected among the 35 that had managed to most increase their membership. The number of members in these chosen troops had increased by 15 % to 46 % during the operating pe-riod 2012–2013. The interviewees were mostly the chairpersons of the troops. The study shows the changes that occurred in the troops during this period, how these changes relat-ed to the growth actions arranged by the district, and what effect the district's guidance had on the changes that facilitated growth in the troops. The interviewees also shared their opinions on the dis-trict's communications focused on growth. The study identified the effect of the district's growth actions on membership growth in the troops in question, which of these proposed actions were actually in use in the troops, and also how the increase in membership affected the quality of scouting in the troops. The study produced qualitative information on how the membership increase was accomplished on both district and troop levels. According to the study, increasing membership brings about not only more members, but also more quality in scouting, more income at all levels, and a brighter view of the future. It is possible to increase the membership in an organisation even within a rather short timefra-me, if the methods and goals are well chosen and common for all participants, if the project leaders are persistent, and if the participants are motivated correctly. The model for increasing scouting and guiding membership in the capital area can be applied to all associations. The chosen methods and motivated and motivating leadership may be used as an example to other organisations. The growth in the capital area increased the vitality of scouting in the local troops, in the district, and in the Guides and Scouts of Finland

Yritys X:n sisäisen viestinnän tutkimus

Yritys X:ssä on käynnissä sisäisen viestinnän kehitystyö. Tämän tutkimuksen tarkoituk-sena oli tukea tuota työtä antamalla tietoa nykyisten viestintäkanavien toimivuudesta ja viestinnän hyödyllisyydestä. Lisäksi halusin selvittää, miten muutama jo toteutettu kehi-tystoimi on otettu yrityksessä vastaan. Tutkimuksen ote oli kvalitatiivinen ja vastauksia kerättiin henkilöstölle lähetettävän virtuaalisen kysymyslomakkeen avulla. Tutkimuksen perusjoukko rajattiin alle Manager-tason asiantuntijoihin. Lomakkeen teemat johdettiin keskusteluista yrityksen edustajien kanssa. Tutkimustulokset osoittavat henkilöstön olevan pääpiirteittäin tyytyväisiä kohdeyrityksen sisäiseen viestintään. Samalla kuitenkin koettiin, että yrityksen viestintäkanavien tarkoitusten sekä tehtävien viestiminen on ollut riittämätöntä, viestintävastuut ovat epäselvät ja viestinnän ote on edelleen liian monologinen. Myös yrityksen johdon vies-tintään toivottiin lisää läpinäkyvyyttä. Yritys X:n sisäistä viestintää voidaan parantaa selventämällä eri viestintäkanavien tehtä-vät ja niitä kautta saatavat pääviestit henkilöstölle. Viestintävastuita tulee selkeyttää esimerkiksi niin, että henkilöstö todella tietäisi, kuka vastaa mistäkin. Lisäksi ajankoh-taisen tiedottamisen takaamiseksi olisi hyvä kirkastaa, ketkä ovat tästä vastuussa. Koh-deyrityksen tulisi panostaa viestinnän avoimuuden kehittämiseen ja miettiä keinoja, jolla henkilöstölle saataisiin viestinnässä aktiivisempi rooli. Yrityksen johdon olisi hyvä kertoa nykyistä avoimemmin toiminnastaan, päätöksistään ja niihin johtaneista taustatekijöistä, sillä näillä asioilla on suuri vaikutus työyhteisön ilmapiiriin.An internal communication development process is ongoing at company X. The aim of this study is to support this process by providing information on how current com-municational channels work and on the usefulness of communication in general. In addition, I wanted to find out how personnel feel about some of the changes that have already been executed. The study is based on qualitative methods; answers were collected with a virtual ques-tionnaire form. The population was predefined to consist of personnel below the man-agerial level. The themes the questionnaire were created together with company X rep-resentatives. The results indicate that personnel are for the most part satisfied with the level of in-ternal communication at company X. However, at the same time they think that the profiling of communicational channels has been inadequate; communicational respon-sibilities are also somewhat unclear and the general approach to communication is seen as too one-way in nature. Personnel also wish that the communication of executives would be more transparent. Internal communication at company X can be improved by better defining its functions and main messages. Communicational responsibilities need to be better defined so that personnel know who is in charge of what and to ensure the availability of up-to-date information. The target company should invest more in open communication and determine how to inspire personnel to take a bigger role in this process. Executives should also be more transparent about their actions and decisions, as well as the factors behind them. This would prove to be quite beneficial for the overall atmosphere at company X