ИСТОРИЯ ОТДЕЛА ВИРУСОЛОГИИ И МОЛЕКУЛЯРНО-БИОЛОГИЧЕСКИХ МЕТОДОВ ИССЛЕДОВАНИЯ ДЕТСКОГО НАУЧНО-КЛИНИЧЕСКОГО ЦЕНТРА ИНФЕКЦИОННЫХ БОЛЕЗНЕЙ

The article deals with the history of formation of virology laboratory since 1963 after the resolution of the Academy of Medical Sciences of the USSR and the Ministry of Public Health on the expansion of virology investigation in the USSR.The results of the research work on studying various infections in children, developing new modified approaches to etiological express-diagnostics of the diseases, including those introduced into practice of the laboratory and regional medical centers are generalized. The laboratory got the name of the Department of Etiological Diagnostics Methods due to the basic direction of the research work. The primary goal of the department is to develop the methods and diagnostic algorithms for definite verification of infectious forms and the prognosis of the development of pathological process that allows determining the direction of further therapeutic approach to improve the disease outcome. In 2008 the Department of Etiological Diagnostics Methods began its «golden age» characterized by cardinal re-equipment and strengthening of the staff. There appeared the devices of expert class which completely replaced the manual testing process, the work connected with interpretation of serous meningitis outbreaks in Russia and the near abroad became more active.Now the department is a hi-technology scientific and practical center on studying viral and invasive forms of diseases with a priority direction of further innovations in laboratory diagnostics. В статье освещается история становления вирусологической лаборатории с 1963 г. после постановления АМН СССР и Министерства здравоохранения по расширению вирусологических исследований в СССР.Обобщены результаты научно-исследовательской работы по изучению различных инфекций у детей, разработке новых модифицированных подходов к этиологической экспресс-диагностике заболеваний, в том числе внедренных в практику не только самой лаборатории, но и региональных медицинских центров. Благодаря основному направлению исследований лаборатория получила название отдела этиологических методов диагностики. Основной задачей отдела является создание методов и диагностических алгоритмов для точной верификации инфекционных форм и прогноза развития патологического процесса, позволяющих определять направление дальнейшей терапевтической тактики с целью улучшения исходов заболеваний. С 2008 г. для отдела этиологических методов диагностики начался «золотой век», характеризующийся кардинальной модернизацией оборудования, усилением кадрового состава. В отделе появились приборы эксперт-класса, полностью заменившие ручную постановку анализов, активизировалась работа, связанная с расшифровками вспышек серозного менингита в России и ближнем зарубежье.В настоящее время отдел представляет собой высокотехнологичный научно-практический центр по изучению вирусных и инвазивных форм заболеваний с приоритетным направлением дальнейших инноваций в лабораторной диагностике.

СОВРЕМЕННЫЕ ВОЗМОЖНОСТИ ВИРУСОЛОГИЧЕСКОЙ ДИАГНОСТИКИ ПОЛИОМИЕЛИТА

The review presents the data from the literature of our and foreign countries devoted to modern virologic diagnostics of poliomyelitis viruses of 1, 2, and 3 types that is especially topical in connection with WHO program on complete poliomyelitis elimination in the world. There is described the role of laboratory virologic investigations in making the diagnosis of poliomyelitis infection. The classical methods of poliomyelitis viruses detection are given in detail.В обзоре представлены данные иностранной и отечественной литературы, посвященные современной вирусологической диагностике полиомиелитных вирусов 1, 2 и 3 типов, что особенно актуально в связи с программой ВОЗ о полной ликвидации полиомиелита в мире. Показана роль лабораторных вирусологических исследований в постановке диагноза полиомиелитной инфекции. Достаточно подробно рассматриваются классические методы обнаружения полиомиелитных вирусов

РОЛЬ ИНФЕКЦИОННОГО И ВОЗРАСТНОГО ФАКТОРА В РАЗВИТИИ ЛЕЙКОЭНЦЕФАЛИТОВ У ДЕТЕЙ

We have performed a clinical and cerebral MRI study of among 145 children with leukoencephalitis aged from 6 months to 18 years. The group of herpes viruses (i.e., herpes virus 1–2 and 6 types, virus Epstein – Barr, varicellazoster and cytomegalovirus) has been found to play the main role in etiology of leukoencephalitises with children; these viruses are detected in patients with mixed infections as well as in patients with mono infections. We defined clinical and MRI patterns, characteristic of leukoencephalitis and caused by different pathogens. The etiology of leukoencephalitis has been found to determine the course and outcome of the disease. Patient`s age (> 10 years) is associated with chronical leukoencephalitis.Проведен анализ клинической картины и данных МРТ головного и спинного мозга у 145 детей с лейкоэнцефалитами в возрасте от 6 мес. до 18 лет. Установлено, что в этиологии лейкоэнцефалитов у детей ведущее значение имеют группа вирусов герпеса: вирус герпеса 1–2-го и 6-го типов, вирус Эпштейна – Барр, варицелла-зостер и цитомегаловирус, в виде как моно-, так и микст-инфекций. Определены клинические и лучевые паттерны, характерные для различной этиологии и варианта течения заболевания. Выявлена зависимость этиологических агентов на течение и исходы лейкоэнцефалитов у детей. Установлено, что для ЛЭ с хроническим течением преобладал в 79,5% случаев возраст детей старше 10 лет

Результаты вирусологического наблюдения за внутриутробными инфекциями в Санкт-Петербурге

The purpose of researchis the determiningthe etiological structure ofintrauterine infections in Saint-Petersburg pediatric patients, pregnant women andinfants born to them using a variety of virological methods.Methods: serum from 164 children aged from 1 month to 14 years with diagnosis of «intrauterine infection». Serum from 80 pregnant women, collected in each trimester (total – 240 samples, their 42 children (at the age of 1–2 and 4–6  months of life, total – 82 samples). Immunoglobulin Mand G (IgM and IgG)to herpes virus type 1, cytomegalovirus (CMV), Toxoplasma gondii, mycoplasma and chlamydia, rubella, Epstein-Barr virus (EBV) and parvovirus B19, as well as IgG avidity,were determined by ELISA in all these samples. Theimmunoblot (Western blot), using the «Immunoblot2000» with test kits from «Euroimmun AG» (Germany), was applied to confirm cases. Statistical analysis wasperformed with theprograms Microsoft Excel, Statistica6.Results: cytomegalovirus, herpes virus 1st type and Epstein-Barr virus infections are dominate in the structure of intrauterine ones (45%, 23% and 14%, respectively). Laboratory evidence ofreactivationof cytomegalovirus (35% ofpregnant womenin the 2nd and/or 3rd trimesters) and acuteparvovirus infection (15% of cases) were found. Specific IgM to cytomegalovirus were detected in 6,2% ofchildren in the firstsix months of life.Conclusions: with the aim of early detection of cytomegalovirus reactivation and acute parvovirus infection it isnecessary to monitor pregnant women with the definition of specific IgM, IgG and avidity IgG. The procedure to using immunoblotting in the diagnosis of intrauterine infectionsneeds to be further study.Цель: определение этиологической структуры ВУИ в Санкт-Петербурге у больных детей, беременных и рожденных ими детей с использованием различных вирусологических методик.Материалы и методы: сыворотки крови 164 детей в возрасте от 1 месяца до 14 лет с диагнозом «внутриутробная инфекция». Сыворотки крови от 80 беременных женщин (в каждом триместре, всего – 240 образцов) и 42 родившихся у них детей (в возрасте 1–2 и 4–6 месяцев, всего – 84 образца). Во всех образцах методом ИФА определяли иммуноглобулины класса M и G (IgМ и IgG) к герпесу 1-го типа, цитомегаловирусной (ЦМВ), токсоплазменной, микоплазменной и хламидийной инфекциям, краснухе, вирусу Эпштейна – Барр (ВЭБ) и парвовирусу В19, а также – авидность IgG антител. Для подтверждения использовали иммуноблоттинг (иммуноблот) на аппарате «Иммуноблот 2000» с использованием тестаборов фирмы Euroimmun AG (Германия). Статистическая обработка результатов проведена с использованием программ Microsoft Excel, Statistica 6.Результаты: в этиологической структуре внутриутробных инфекций доминируют цитомегаловирусная инфекция (45%), инфекция вирусом простого герпеса 1-го типа (23%) и вирусом Эпштейна – Барр (14%). У 35% беременных во 2-м и/или 3-м триместрах обнаруживаются лабораторные признаки реактивации цитомегаловирусной инфекции, в 15% случаев – острой парвовирусной инфекции. Специфические IgM к ЦМВ выявлены у 6,2% детей первых шести месяцев жизни.Выводы: необходимо осуществлять мониторинг беременных с целью своевременного выявления реактивации цитомегаловирусной и острой парвовирусной инфекций с определением специфических IgM, IgG и авидности IgG. Порядок использования иммуноблоттинга в диагностике внутриутробных инфекций нуждается в дальнейшем изучении

Этиологическая характеристика внебольничной пневмонии у детей в зависимости от возраста

Aim. The study was aimed at investigation of etiology of communityacquired pneumonia (CAP) in children in relation to age.Methods.Chlamydophila pneumoniae, Mycoplasma pneumoniaе, respiratory viruses, Epstein–Barr virus, cytomegalovirus and human herpes virus type 6 were searched using bacteriological, serological and molecular methods.Results. We examined 145 hospitalized children aged 1 month to 17 years withrespiratory infection complicated by moderate CAP. Viruses were detected in 62 % of children under 4 years old, in 43 % of children of 4 to 7 years old and in 17 % of schoolage children. A rate of mixed viralbacterial CAP decreased with aging and was found in 30 % of children under 4 years old and in 4 % of schoolage children.Conclusion. Viral infection, mainly respiratory syncytial virus and cytomegalovirus, prevailed in the etiology of CAP in children under 4 years; C. pneumoniae and M. pneumoniae prevailed in schoolage children.Представлены результаты этиологической диагностики у детей (n = 145) в возрасте от 1 мес. до 17 лет, получавших лечение в клинике ФГБУ "Научноисследовательский институт детских инфекций" ФМБА России по поводу респираторной инфекции, осложненной развитием внебольничной пневмонии (ВП) средней степени тяжести. Для определения бактериальных агентов, возбудителей респираторного хламидиоза и микоплазмоза, острых респираторных вирусных инфекций, вируса Эпштейна–Барр, цитомегаловируса (ЦМВ) и вируса герпеса человека 6го типа использовались бактериологические, серологические и молекулярнобиологический методы. Показана доминирующая роль вирусных возбудителей в формировании ВП у детей до 4 лет, главным образом респираторносинцитиального вируса и ЦМВ, а также возбудителей респираторного микоплазмоза и хламидиоза – у детей школьного возраста

ПАРВОВИРУСНАЯ (B19V) ИНФЕКЦИЯ У БЕРЕМЕННЫХ И ДЕТЕЙ РАННЕГО ВОЗРАСТА

The modern detailed data about different aspects of parvovirus infection presented in this review. Based on the analysis of literature, the ethiology epidemiology, clinical manifestations of this disease described. The special attention pays to mechanisms of virus’s pathologic impact to fetus. The authors widely take up the possibilities to estimate risks of congenital parvovirus infection, antenatal diagnostics measures, interpretation of the lab and instrumental results. Therapeutic approaches in different clinical situations described, possibilities of prophylaxis discussed.В обзоре представлены современные подробные сведения о различных аспектах проблемы парвовирусной инфекции. На основании анализа данных литературы описаны этиология, эпидемиология заболевания, его клинические проявления. Особое внимание обращено на механизмы патологического воздействия парвовируса на плод. Широко освещены возможности оценки риска врожденной парвовирусной инфекции, антенатальной диагностики, интерпретации результатов различных лабораторных и инструментальных методов исследований. Описаны терапевтические подходы в различных клинических ситуациях, обсуждаются возможности профилактики заболевания

TRAIP promotes DNA damage response during genome replication and is mutated in primordial dwarfism.

DNA lesions encountered by replicative polymerases threaten genome stability and cell cycle progression. Here we report the identification of mutations in TRAIP, encoding an E3 RING ubiquitin ligase, in patients with microcephalic primordial dwarfism. We establish that TRAIP relocalizes to sites of DNA damage, where it is required for optimal phosphorylation of H2AX and RPA2 during S-phase in response to ultraviolet (UV) irradiation, as well as fork progression through UV-induced DNA lesions. TRAIP is necessary for efficient cell cycle progression and mutations in TRAIP therefore limit cellular proliferation, providing a potential mechanism for microcephaly and dwarfism phenotypes. Human genetics thus identifies TRAIP as a component of the DNA damage response to replication-blocking DNA lesions.This work was supported by funding from the Medical Research Council and the European Research Council (ERC, 281847) (A.P.J.), the Lister Institute for Preventative Medicine (A.P.J. and G.S.S.), Medical Research Scotland (L.S.B.), German Federal Ministry of Education and Research (BMBF, 01GM1404) and E-RARE network EuroMicro (B.W), Wellcome Trust (M. Hurles), CMMC (P.N.), Cancer Research UK (C17183/A13030) (G.S.S. and M.R.H), Swiss National Science Foundation (P2ZHP3_158709) (O.M.), AIRC (12710) and ERC/EU FP7 (CIG_303806) (S.S.), Cancer Research UK (C6/A11224) and ERC/EU FP7 (HEALTH-F2- 2010-259893) (A.N.B. and S.P.J.).This is the author accepted manuscript. The final version is available from NPG via http://dx.doi.org/10.1038/ng.345

Structural basis of ABCF-mediated resistance to pleuromutilin, lincosamide, and streptogramin A antibiotics in Gram-positive pathogens

he antibiotic target. One class of such proteins are the antibiotic resistance (ARE) ATP-binding cassette (ABC) proteins of the F-subtype (ARE-ABCFs), which are widely distributed throughout Gram-positive bacteria and bind the ribosome to alleviate translational inhibition from antibiotics that target the large ribosomal subunit. Here, we present single-particle cryo-EM structures of ARE-ABCF-ribosome complexes from three Gram-positive pathogens: Enterococcus faecalis LsaA, Staphylococcus haemolyticus VgaALC and Listeria monocytogenes VgaL. Supported by extensive mutagenesis analysis, these structures enable a general model for antibiotic resistance mediated by these ARE-ABCFs to be proposed. In this model, ABCF binding to the antibiotic-stalled ribosome mediates antibiotic release via mechanistically diverse long-range conformational relays that converge on a few conserved ribosomal RNA nucleotides located at the peptidyltransferase center. These insights are important for the future development of antibiotics that overcome such target protection resistance mechanisms

Mutations in DONSON disrupt replication fork stability and cause microcephalic dwarfism

To ensure efficient genome duplication, cells have evolved numerous factors that promote unperturbed DNA replication and protect, repair and restart damaged forks. Here we identify downstream neighbor of SON (DONSON) as a novel fork protection factor and report biallelic DONSON mutations in 29 individuals with microcephalic dwarfism. We demonstrate that DONSON is a replisome component that stabilizes forks during genome replication. Loss of DONSON leads to severe replication-associated DNA damage arising from nucleolytic cleavage of stalled replication forks. Furthermore, ATM- and Rad3-related (ATR)-dependent signaling in response to replication stress is impaired in DONSON-deficient cells, resulting in decreased checkpoint activity and the potentiation of chromosomal instability. Hypomorphic mutations in DONSON substantially reduce DONSON protein levels and impair fork stability in cells from patients, consistent with defective DNA replication underlying the disease phenotype. In summary, we have identified mutations in DONSON as a common cause of microcephalic dwarfism and established DONSON as a critical replication fork protein required for mammalian DNA replication and genome stability