Chemoinformatic Approach: The Case of Natural Products of Panama

Chemoinformatic analysis was used to characterize a compound database of natural products from Panama and other reference collections. Data mining allowed to compare drug-likeness properties with public and commercial software and to achieve a statistical analysis of the physicochemical properties. Visualization of the chemical space in 3D indicates a high structural similarity. Molecular flexibility and complexity were evaluated using 2D descriptors, whereas the molecular scaffold was obtained using the Murcko method, and these showed few differences between the explored data set. In this chapter, we also present and discuss an example of the application of the chemoinformatic approach using the concept of modeling the activity landscape to study the structure-activity relationships (SARs) of compounds with activity against Plasmodium falciparum

Latin American databases of natural products: biodiversity and drug discovery against SARS-CoV2

In this study, we evaluated 3444 Latin American natural products using cheminformatic tools. We also characterized 196 compounds for the first time from the flora of El Salvador that were compared with the databases of secondary metabolites from Brazil, Mexico, and Panama, and 42 969 compounds (natural, semi-synthetic, synthetic) from different regions of the world. The overall analysis was performed using drug-likeness properties, molecular fingerprints of different designs, two parameters similarity, molecular scaffolds, and molecular complexity metrics. It was found that, in general, Salvadoran natural products have a large diversity based on fingerprints. Simultaneously, those belonging to Mexico and Panama present the greatest diversity of scaffolds compared to the other databases. This study provided evidence of the high structural complexity that Latin America's natural products have as a benchmark. The COVID-19 pandemic has had a negative effect on a global level. Thus, in the search for substances that may influence the coronavirus life cycle, the secondary metabolites from El Salvador and Panama were evaluated by docking against the endoribonuclease NSP-15, an enzyme involved in the SARS CoV-2 viral replication. We propose in this study three natural products as potential inhibitors of NSP-15

Neoflavonoids as Inhibitors of HIV-1 Replication by Targeting the Tat and NF-kB Pathways

Twenty-eight neoflavonoids have been prepared and evaluated in vitro against HIV-1. Antiviral activity was assessed on MT-2 cells infected with viral clones carrying the luciferase reporter gene. Inhibition of HIV transcription and Tat function were tested on cells stably transfected with the HIV-LTR and Tat protein. Seven 4-phenylchromen-2-one derivatives showed HIV transcriptional inhibitory activity but only the phenylchrome-2-one 10 inhibited NF- B and displayed anti-Tat activity simultaneously. Compounds 10, 14, and 25, inhibited HIV replication in both targets at concentrations <25 M. The assays of these synthetic 4-phenylchromen-2-ones may aid in the investigation of some aspects of the anti-HIV activity of such compounds and could serve as a scaffold for designing better anti-HIV compounds, which may lead to a potential anti-HIV therapeutic dru

3-Phenylcoumarins as Inhibitors of HIV-1 Replication

We have synthesized fourteen 3-phenylcoumarin derivatives and evaluated their anti-HIV activity. Antiviral activity was assessed on MT-2 cells infected with viral clones carrying the luciferase gene as reporter. Inhibition of HIV transcription and Tat function were tested on cells stably transfected with the HIV-LTR and Tat protein. Six compounds displayed NF-κB inhibition, four resulted Tat antagonists and three of them showed both activities. Three compounds inhibited HIV replication with IC50 values < 25 μM. The antiviral effect of the 4-hydroxycoumarin derivative 19 correlates with its specific inhibition of Tat functions, while compound 8, 3-(2-chlorophenyl)coumarin, seems to act through a mechanism unrelated to the molecular targets considered in this research

Evaluación vascular y efecto hipotensor de plantas del género marila

El objetivo de este estudio fue determinar el perfil de actividad cardiovascular de diferentes extractos de las plantas Marila laxiflora y Marila pluricostata pertenecientes al género Marila. En estudios in vitro realizados en anillos de aorta de ratas Sprague-Dawley (250-270 g) precontraídos con fenilefrina (FE) 1X10-6 M, todos los extractos presentaron un efecto vasodilatador concentración dependiente, observándose que el extracto diclorometánico de las hojas de M. pluricostata (H-CH2Cl2) presentó el mayor efecto relajante (95.60 ± 2.40%), mientras que el extracto metanólico de las ramas de M. laxiflora (R-MeOH) demostró un efecto máximo de 63.49 ±3.07%, significativos comparados con el control. En otro grupo de ensayos se evaluó el efecto hipotensor de una sola dosis de 150 mg/kg, administrada por vía I.P., de los extractos de las plantas con mayor efecto vasodilatador en ratas espontáneamente hipertensas (SHR), utilizando el método de presión incruenta. Los resultados indican que los extractos de M. laxiflora presentaron solamente un ligero efecto hipotensor durante la primera hora; sin embargo, los extractos de M. pluricostata ejercen efecto hipotensor significativo que se mantiene hasta las seis horas después de la administración. Desde el punto de vista farmacológico, estos hallazgos sugieren que los compuestos químicos presentes en los extractos de las plantas del género Marila, podrían tener buen perfil de actividad cardiovascular

Descubrimiento de compuestos bioactivos a través de bioprospección en Panamá

Dentro del marco del Proyecto colaborativo entre la Universidad de Kansas y CIFLORPAN de la Universidad de Panamá se llevó a cabo bioprospección en la flora panameña, aún no explorada, para el descubrimiento de nuevas moléculas bioactivas contra tuberculosis, cáncer, enfermedad de Alzheimer y parasitarias. Se establecieron tres parcelas de 0.1 ha en tres parques nacionales: Parque Nacional Chagras (PNCH), Parque Nacional General de División Omar Torrijos Herrera (PNGDOTH) y el Parque Nacional Sarigua (PNS). Se identificaron un total de 2537 registros, distribuidos en 1536 (PNC), 708 ((PNGDOTH) y 293 (PNS). Se identificaron un total de 176 especies, 230 géneros pertenecientes a 95 familias. Se seleccionaron 197 especies para la evaluación biológica de plantas por su potencial farmacéutico con base en la búsqueda en la Base de Datos NAPRALERT. Para tal fin, se prepararon 302 extractos destanificados y 400 extractos etanólicos. Dos plantas Licania kallunkiae y Otoba novogranatensis demostraron actividad antituberculosa contra cepas de Mycobacterium tuberculosis sensibles (37Rv) y multirresistentes (MDR), con IC50 70.00 %). En los ensayos de citotoxicidad contra tres líneas celulares cancerosas humanas (NCI-MCF-7, NCI-H-460 y NCI-SF- 268), las plantas Erythroxylum sp., Enterolobium schomburgkii, Otoba novogranatensis, Hymenea courbaril, Rollinia sp., Casearia carymbosa, Miconia argentea, Erytrina fusca, Rauwolfia littoralis, Vouarana guianensis, Virola sp., Garcinia madruno, Inga sapindoides, Casearia sp., y Castilla elastica fueron activas. La evaluación de la actividad inhibidora contra la enzima acetilcolinesterasa permitió identificar 25 plantas como inhibidores selectivos de la enzima acetilcolinesterasa: Garcinia madruno, Ziziphus mauritiana, Erythrina fusca, Blakea herrerae, Guapira costaricana, Hortia colombiana, Tetrochidium sp., Pithecellobium hymeneaifolium. Pteridophyta, Psychotria capitata, Matayba sp., Cordia bicolor, Casearia corymbosa, Hymenea courbaril, Attalea butyracea, Bellucia pentamera, Indigofera suffruticosa, Machaerium sp, Bursera tomentosa, Garcinia madruno, Alysicarpus vaginalis, Dioclea megacarpa y Talisia nervosa. Mientras que en el ensayo de inhibición de butirilcolinesterasa, 10 plantas resultaron ser más activas: Pachira acuatica, Licaria sp., Warszewiczia coccinea, Rauwolfia littoralis, Nectandra sp, Neptunia sp, Piper sancti-felicis, Chamaecrista sp, Dussia atropurpurea y Elaeagio nitidifolia. Se seleccionaron cuatro plantas para estudios aislamiento biodirigidos y su caracterización estructural: Morinda rojoc, Homalomena wendlandii, Licania kallunkie y Warszewiczia coccinea. Se aislaron en total 17 compuestos, 4 de ellos nuevos reportes a la literatura y 13 conocidos, pero aislados por primera vez de plantas panameña

Design and Diversity Analysis of Chemical Libraries in Drug Discovery

Chemical libraries and compound data sets are among the main inputs to start the drug discovery process at universities, research institutes, and the pharmaceutical industry. The approach used in the design of compound libraries, the chemical information they possess, and the representation of structures, play a fundamental role in the development of studies: chemoinformatics, food informatics, in silico pharmacokinetics, computational toxicology, bioinformatics, and molecular modeling to generate computational hits that will continue the optimization process of drug candidates. The prospects for growth in drug discovery and development processes in chemical, biotechnological, and pharmaceutical companies began a few years ago by integrating computational tools with artificial intelligence methodologies. It is anticipated that it will increase the number of drugs approved by regulatory agencies shortly

Adenoma canalicular y adenoma de células basales de glándulas salivales: diagnóstico diferencial inmunohistoquímico

Introducción. El adenoma de células basales es una neoplasia epitelial infrecuente de glándulas salivales, de aspecto histológico monomorfo con predominio de células “basaloides”. Objetivo. Clasificar cinco casos de adenoma de células basales según sus patrones histológicos y realizar el diagnóstico diferencial con otros tumores salivales de pronóstico diferente. Métodos. Se realizó el estudio histopatológico (H/E, Masson, Ki 67, CK AE1-AE3 y marcadores sensitivos de diferenciación miógena -p63, alfa actina de músculo liso-) de cinco adenomas de células basales localizados en: parótida (n = 4) y labio superior (n = 1). Resultados. El patrón histológico más común fue el sólido. Sin embargo, se observaron áreas tubulares y trabeculares dentro del componente sólido y áreas de cambios quísticos. En un caso se encontraron zonas de patrón membranoso y en otro caso el patrón era exclusivamente tubular. No se observaron atipias celulares ni mitosis. Con p63 y alfa actina de músculo liso se observó el componente mioepitelial. La marcación con AE1-AE3 resultó positiva en los epiteliocitos. Ki 67 fue negativo. Conclusiones. De los cinco casos comunicados en el presente trabajo, la localización de uno de ellos en labio superior se considera una manifestación atípica de un tumor casi exclusivo de parótida. Su baja proliferación celular (Ki 67 negativo) permite diferenciarlos de su contraparte maligna, el adenocarcinoma de células basales. En el diagnóstico diferencial consideramos además, el adenoma pleomorfo, el adenoma canalicular, el carcinoma adenoide quístico y el carcinoma de células escamosas basaloide. Es un tumor raro de buen pronóstico que se debe diferenciar de tumores benignos y malignos de igual localización. La inmunohistoquímica indica que coexisten epiteliocitos y mioepiteliocitos.Fil: Samar, María Elena. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Odontología. Cátedra de Histología y Embriología A; Argentina.Fil: Avila, Rodolfo Esteban. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Médicas. Cátedra de Biología Celular, Histología y Embriología; Argentina.Fil: Furnes, Marta Susana. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Médicas. Cátedra de Patología; Argentina.Fil: Fonseca, Ismael Bernardo. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Médicas. Cátedra de Patología; Argentina.Fil: Olmedo, Luis Augusto. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Odontología. Cátedra de Microbiología e Inmunología; Argentina.Fil: Dionisio de Cabalier, María Elisa. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Médicas. Cátedra de Patología; Argentina.Otras Medicina Básic