iNGS: a prototype tool for genome interpretation and annotation

Currently, clinical interpretation of whole-genome NGS genetic findings are very low-throughput because of a lack of computational tools/software. The current bottleneck of whole-genome and whole-exome sequencing projects is in structured data management and sophisticated computational analysis of experimental data. In this work, we have started designing a platform for integrating, in a first step, existing analysis tools and adding annotations from public databases to the findings of these tools. This platform can be used to produce tools for different kind of users. As a first experiment with this platform, we have developed a Web tools for running multiple analysis tasks, completing the findings with public data and producing a simple report similar to blood test reports.Universidad de Málaga. Campus de Excelencia Internacional Andalucía Tech. The Project Grant (TIN2011-25840) (Spanish Ministry of Education and Science) and P11-TIC-7529 (Innovation, Science and Enterprise Ministry of the regional government of the Junta de Andalucía)

Violencia en centros de educación media superior: prácticas prosociales como mecanismo de solución

Violence in the school environment is characterized by all those forms of abuse that take place within schools and, of course, around it, which is suffered by students and carried out by other students, teachers and anyone who is find within the educational setting. Violence in schools has been recognized worldwide as a serious problem, since 2 out of 10 students have experienced some type of bullying or school violence. The high school student has a diminished moral development that is linked to antisocial or criminal behavior. The moral disconnect has to do with learning, which has a close relationship with family, friends or the community and, of course, school. Thus, when prosocial behaviors are adopted and appropriated in daily life, environments of respect and non-violence are promoted, that is, they defend others in situations of bullying among peers, try to help, listen to the other about the problems that it addresses, that is, being empathetic in the full extent of the word, is an important variable that is related to the defense of bullying. Therefore, teaching prosocial behavior in higher education spaces is important since it not only promotes the development of positive aspects among individuals, but also favorable or positive consequences of behaviors mostly based on support or help towards others.La violencia en el ámbito escolar se caracteriza por todas aquellas formas de maltrato que se gestan dentro de las escuelas y, desde luego, alrededor de ella, de la cual es padecida por estudiantes y llevadas a cabo por otros estudiantes, profesores y cualquiera que se encuentre dentro del escenario educativo. La violencia en las escuelas se ha reconocido a nivel mundial como una problemática seria, pues 2 de cada 10 estudiantes ha experimentado algún tipo de acoso o violencia escolar. Se realizó un análisis a partir de la revisión de artículos indexados en distintas fuentes nacionales e internacionales, utilizando palabras clave, se analizaron los factores y violencia en el ámbito educativo como: acoso escolar, disminución del desarrollo moral en los jóvenes y las conductas prosociales, la cual funciona como mecanismo para promover un desarrollo positivo en los estudiantes y con ello poder evitar que se susciten las conductas violentas que causan la violencia escolar. Como resultado, se obtuvo que, cuando se adoptan y se apropian las conductas prosociales en la vida diaria, se promueven ambientes de respeto y no violencia, esto es, se defienden a los demás ante situaciones de acoso entre los compañeros. Se concluye que, al enseñar la conducta prosocial en los espacios de educación medio superior es importante ya que, no solo promueve el desarrollo de aspectos positivos entre los individuos, sino también se experimentan consecuencias favorables o positivas de los comportamientos mayormente basados en el apoyo o ayuda hacia los demás

Peripheral myeloid-derived suppressor cells are good biomarkers of the efficacy of fingolimod in multiple sclerosis

Personalized medicine; Responder and non-responderMedicina personalizada; Respondedor y no respondedorMedicina personalitzada; Contestador i no contestadorBackground The increasing number of treatments that are now available to manage patients with multiple sclerosis (MS) highlights the need to develop biomarkers that can be used within the framework of individualized medicine. Fingolimod is a disease-modifying treatment that belongs to the sphingosine-1-phosphate receptor modulators. In addition to inhibiting T cell egress from lymph nodes, fingolimod promotes the immunosuppressive activity of myeloid-derived suppressor cells (MDSCs), whose monocytic subset (M-MDSCs) can be used as a biomarker of disease severity, as well as the degree of demyelination and extent of axonal damage in the experimental autoimmune encephalomyelitis (EAE) model of MS. In the present study, we have assessed whether the abundance of circulating M-MDSCs may represent a useful biomarker of fingolimod efficacy in EAE and in the clinical context of MS patients. Methods Treatment with vehicle or fingolimod was orally administered to EAE mice for 14 days in an individualized manner, starting the day when each mouse began to develop clinical signs. Peripheral blood from EAE mice was collected previous to treatment and human peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) were collected from fingolimod to treat MS patients’ peripheral blood. In both cases, M-MDSCs abundance was analyzed by flow cytometry and its relationship with the future clinical affectation of each individual animal or patient was assessed. Results Fingolimod-treated animals presented a milder EAE course with less demyelination and axonal damage, although a few animals did not respond well to treatment and they invariably had fewer M-MDSCs prior to initiating the treatment. Remarkably, M-MDSC abundance was also found to be an important and specific parameter to distinguish EAE mice prone to better fingolimod efficacy. Finally, in a translational effort, M-MDSCs were quantified in MS patients at baseline and correlated with different clinical parameters after 12 months of fingolimod treatment. M-MDSCs at baseline were highly representative of a good therapeutic response to fingolimod, i.e., patients who met at least two of the criteria used to define non-evidence of disease activity-3 (NEDA-3) 12 months after treatment. Conclusion Our data indicate that M-MDSCs might be a useful predictive biomarker of the response of MS patients to fingolimod.This work was supported by the Instituto de Salud Carlos III (PI18/00357, RD16-0015/0019, PI21/00302, all co-funded by the European Union), the Fundación Merck Salud (FMS_2020_MS), Esclerosis Múltiple España (REEM-EME-S5 and REEM-EME_2018), ADEMTO, ATORDEM and AELEM. CC-T holds a predoctoral fellowship from the Instituto de Salud Carlos III (FI19/00132, co-funded by the European Union). LC and JG-A were hired under PI18/00357 and RD16/0015/0019, respectively. DC, MCO and IM-D were hired by SESCAM

Activity of imipenem/relebactam against Enterobacterales and Pseudomonas aeruginosa in Spain. SMART 2016-2020

Objectives. To determine susceptibility to the novel β-lactam/β-lactamase inhibitor combination imipenem/relebactam in clinical isolates recovered from intra-abdominal (IAI), urinary (UTI), respiratory (RTI) and bloodstream (BSI) infections in the SMART (Study for Monitoring Antimicrobial Resistance Trends) study in SPAIN during 2016 – 2020. Methods. Broth microdilution MICs for imipenem/relebactam and comparators were determined by a central laboratory against isolates of Enterobacterales and Pseudomonas aeruginosa. MICs were interpreted using EUCAST-2021 breakpoints. Results. In total, 5,210 Enterobacterales and 1,418 P. aeruginosa clinical isolates were analyzed. Imipenem/relebactam inhibited 98.8% of Enterobacterales. Distinguishing by source of infection susceptibility was 99.1% in BSI, 99.2% in IAI, 97.9% in RTI, and 99.2% in UTI. Of intensive care unit isolates (ICU) 97.4% were susceptible and of non-ICU isolates 99.2% were susceptible. In Enterobacterales, activity against Class A, Class B and Class D carbapenemases was 96.2%, 15.4% and 73.2%, respectively. In P. aeruginosa, imipenem/relebactam was active in 92.2% of isolates. By source of infection it was 94.8% in BSI, 92.9% in IAI, 91.7% in RTI, and 93.1% in UTI. An 88.7% of ICU isolates and 93.6% of non-ICU isolates were susceptible to imipenem/relebactam. Imipenem/relebactam remained active against P. aeruginosa ceftazidime-resistant (76.3%), cefepime-resistant (73.6%), imipenem-resistant (71.5%) and piperacillin-resistant (78.7%) isolates. Of all multidrug-resistant or difficult-to-treat resistance P. aeruginosa isolates, 75.1% and 46.2%, respectively, were susceptible to imipenem/relebactam. Conclusions. Imipenem/relebactam showed high rates of susceptibility in Enterobacterales and P. aeruginosa isolates from different sources of infection as well as depending on patients’ location (ICU or non-ICU scenarios)

Condiciones laborales, empleabilidad sostenible y determinantes sociales de la salud. Análisis de la incidencia del estilo de vida y dos programas de actividad física y salud en el trabajo sobre la productividad y el bienestar de trabajadores en puestos de trabajo físicamente inactivos

156 p.El presente informe de investigación muestra los resultados más relevantes obtenidos tras la realización del programa de investigación llevado a cabo en el marco del proyecto titulado ?Organización e influencia de un programa de ejercicio físico supervisado sobre la salud y la productividad de profesionales sedentarios de los centros de trabajo españoles? (Ref.: DEP2016-77790-R) financiado por el Ministerio de Economía, Industria y Competitividad dentro del Programa Estatal de I+D+i Orientada a los Retos de la Sociedad (2013-2016). La mayor parte de los miembros del equipo de investigación que ha participado en este proyecto ha orientado su línea de investigación hacia la investigación social y organizativa en la actividad física y el deporte, especialmente en los colectivos más discriminados para dicha práctica. Durante los últimos años, la colaboración interuniversitaria en materia de investigación ha posibilitado alcanzar de los logros más importantes del grupo. En primer lugar, en el marco de la línea de investigación en Gerontología de la Actividad Física y del Deporte iniciada en 2002, primero desde el Departamento de Educación y posteriormente desde los Departamentos de psicopedagogía y educación física y desde el actual departamento de ciencias biomédicas de la Universidad de Alcalá, en colaboración estrecha con la Universidad Politécnica de Madrid, se diseñó y validó la primera escala motivacional específica de actividad física y personas mayores. Pues bien, dentro de esta etapa, en 2005, con la creación del Grupo de Investigación Psicosocial y Técnicas Aplicadas en el Deporte (hoy, grupo de Investigación Psicosocial en el Deporte) de la Universidad Politécnica de Madrid y la estrecha colaboración investigadora que se ha mantenido con el Grupo de Investigación en Gestión y Entrenamiento Deportivo de la Universidad de Alcalá, hemos podido avanzar y alcanzar en equipo diversos logros científicos a través de numerosas publicaciones científicas indexadas. Fruto de esta colaboración, otro de los logros alcanzados se materializó en el establecimiento de una significativa relación entre la práctica de actividad física de las personas mayores y la recomendación médica de ejercicio físico, el apoyo social, el estatus socioeconómico y otras variables analizadas. Asimismo, y de manera reciente, se identificaron las principales barreras y motivaciones de actividad física de las personas adultas y mayores. Los intereses y objetivos científico-técnicos desde el medio plazo de nuestra línea de investigación en conjunto reside en el estudio de las demandas y barreras a la actividad física en los grupos sociales con mayor desigualdad en el acceso a la salud y los determinantes de la salud (individuales y sociales) proporcionados por la actividad física. Para dar continuidad a esta línea de investigación, el Grupo de Investigación Psicosocial en el Deporte de la Universidad Politécnica de Madrid, dentro de la línea de investigación en ?Organización de la actividad física y del deporte?, inició su investigación sobre el objeto de estudio en organización de programas de ejercicio físico en las empresas con la intención de acumular evidencia empírica a este campo de conocimiento. El proyecto que engloba esta línea de investigación, titularizado por la Universidad de Alcalá, supone dar continuidad al trabajo que se inició entonces, y del que forman parte hoy investigadores e investigadoras de tres universidades y dos grupos de investigación distintos en la identificación de los mencionados grupos sociales para establecer sus demandas, barreras y hábitos, y justificar así la posterior aplicación en políticas, acciones, programas y procesos que reduzcan específicamente la desigualdad en el acceso a la práctica de actividad física y sus beneficios individuales y sociales que le son propios (primero fueron las personas mayores, luego las mujeres adultas y, ahora, a través del proyecto que presentamos, las personas que trabajan en las empresas).Ministerio de Economía, Industria y Competitivida

Participación y diversidad. Avanzando en la participación de las personas inmigrantes en la sociedad civil de Andalucía. Libro del proyecto y transcripción de las sesiones

Hasta el momento actual, la Inmigración ha venido abordándose bajo un enfoque estrictamente laboral o administrativo, fundamentado en los flujos que el mercado de trabajo demandaba. En menor medida desde la perspectiva del ejercicio de la ciudadanía de las personas inmigrantes, que han venido a buscar una nueva vida en Andalucía, ni en la consideración de que, además, ello le supone ejercer derechos básicos y contribuir a enriquecer y dar nuevas perspectivas y valores a nuestra sociedad civil. Desde este enfoque, el capital social que supone la Inmigración resulta necesario e imprescindible en los procesos de participación y empoderamiento de la sociedad civil de nuestra democracia. Para determinar una estrategia y encontrar las herramientas más adecuadas que nos permitan avanzar en este sentido, es para lo que hemos impulsado el proyecto "Participación y Diversidad" y los dos foros de indagación y debate participativo, que se han celebrado en Sevilla y en Granada entre octubre y noviembre de 2013 y cuyos resultados tienen ustedes en este libro. Por lo general, las personas inmigrantes sólo son llamadas a participar de los asuntos públicos cuando éstos tienen que ver con el tema específico de la inmigración. Pero, en este caso, hemos querido ir más allá abordando la cuestión de la inmigración no en términos particulares sino en relación con su papel en el conjunto de nuestra sociedad, en el procomún; trabajando sobre ese capital social que aportan y sobre el papel ciudadano que desempeñan -o que queremos que aporten y desempeñen las personas inmigrantes. En definitiva, trabajar sobre la participación real y efectiva en nuestra sociedad civil, de las personas que vienen de otros países (de la UE, países desarrollados o en vías de desarrollo) y con otras visiones del mundo, a compartir espacio y vida con nosotros, en igualdad con los andaluces y las andaluzas de origen.Pp. (1-129

Lactobacillus reuteri V3401 Reduces Inflammatory Biomarkers and Modifies the Gastrointestinal Microbiome in Adults with Metabolic Syndrome: The PROSIR Study

The following are available online at https://www.mdpi.com/2072-6643/11/8/1761/s1: Figure S1, Rarefaction curves; Figure S2, Alpha diversity measured by means of the Shannon index (H); Figure S3, Bacterial beta diversity; Table S1, Gastrointestinal microbiome normalized dataThis paper will be part of Carmen Tenorio Jimenez’s doctorate, which is being completed as part of Programa de Doctorado en Seguridad de los Alimentos at the University of Jaén, Spain. We also wish to thank all the participants who generously contributed to the study.Previous studies have reported that probiotics may improve clinical and inflammatory parameters in patients with obesity and metabolic syndrome (MetS). Lactobacillus (L.) reuteri V3401 has shown promising results on the components of MetS in animal studies. We aimed to evaluate the effects of L. reuteri V3401 together with healthy lifestyle recommendations on adult patients with MetS. Methods: We carried out a randomized, crossover, placebo-controlled, single-center trial in which we included 53 adult patients newly diagnosed with MetS. Patients were block randomly allocated by body mass index (BMI) and sex to receive a capsule containing either the probiotic L. reuteri V3401 (5 × 109 colony-forming units) or a placebo once daily for 12 weeks. Anthropometric variables, biochemical and inflammatory biomarkers, as well as the gastrointestinal microbiome composition were determined. Results: There were no differences between groups in the clinical characteristics of MetS. However, we found that interleukin-6 (IL-6) and soluble vascular cell adhesion molecule 1 (sVCAM-1) diminished by effect of the treatment with L. reuteri V3401. Analysis of the gastrointestinal microbiome revealed a rise in the proportion of Verrucomicrobia. Conclusions: Consumption of L. reuteri V3401 improved selected inflammatory parameters and modified the gastrointestinal microbiome. Further studies are needed to ascertain additional beneficial effects of other probiotic strains in MetS as well as the mechanisms by which such effects are exerted.This study is part of the grant entitled “Guía para la sustanciación de declaraciones de salud en alimentos: funciones inmune, cognitiva y síndrome metabólico”, funded by the company Biosearch life (Granada, Spain), reference 3006, managed by Fundación General Universidad de Granada, Spain

EL APRENDIZAJE INCREMENTADO PROTEGE A LA MEMORIA CONTRA TRATAMIENTOS AMNÉSICOS

Se hace una descripción somera de las técnicas clásicas utilizadas en el estudiode la neurobiología de la memoria, y de los resultados experimentalesque dieron base a la teoría de la consolidación de la memoria. Asimismo,se describen los experimentos que han dado lugar a una reinterpretaciónde dicha teoría, aplicable a la formación de la memoria de altos niveles deaprendizaje. Los datos derivados de estudios neurobiológicos en los que sehan utilizado diseños que implican aprendizajes mediados por niveles relativamente bajos de reforzamiento o de número de ensayos o de sesionesde entrenamiento, así como los derivados de situaciones de aprendizaje incrementadopueden se explicados en forma sencilla por dos modelos quehemos propuesto: la del procesamiento en serie y la del procesamiento enparalelo, que se discuten en el texto

Examining the immune signatures of SARS-CoV-2 infection in pregnancy and the impact on neurodevelopment: Protocol of the SIGNATURE longitudinal study.

The COVID-19 pandemic represents a valuable opportunity to carry out cohort studies that allow us to advance our knowledge on pathophysiological mechanisms of neuropsychiatric diseases. One of these opportunities is the study of the relationships between inflammation, brain development and an increased risk of suffering neuropsychiatric disorders. Based on the hypothesis that neuroinflammation during early stages of life is associated with neurodevelopmental disorders and confers a greater risk of developing neuropsychiatric disorders, we propose a cohort study of SARS-CoV-2-infected pregnant women and their newborns. The main objective of SIGNATURE project is to explore how the presence of prenatal SARS-CoV-2 infection and other non-infectious stressors generates an abnormal inflammatory activity in the newborn. The cohort of women during the COVID-19 pandemic will be psychological and biological monitored during their pregnancy, delivery, childbirth and postpartum. The biological information of the umbilical cord (foetus blood) and peripheral blood from the mother will be obtained after childbirth. These samples and the clinical characterisation of the cohort of mothers and newborns, are tremendously valuable at this time. This is a protocol report and no analyses have been conducted yet, being currently at, our study is in the recruitment process step. At the time of this publication, we have identified 1,060 SARS-CoV-2 infected mothers and all have already given birth. From the total of identified mothers, we have recruited 537 SARS-COV-2 infected women and all of them have completed the mental health assessment during pregnancy. We have collected biological samples from 119 mothers and babies. Additionally, we have recruited 390 non-infected pregnant women