Rapid fine mapping of causative mutations from sets of unordered, contig-sized fragments of genome sequence

Background Traditional Map based Cloning approaches, used for the identification of desirable alleles, are extremely labour intensive and years can elapse between the mutagenesis and the detection of the polymorphism. High throughput sequencing based Mapping-by-sequencing approach requires an ordered genome assembly and cannot be used with fragmented, un-scaffolded draft genomes, limiting its application to model species and precluding many important organisms. Results We addressed this gap in resource and presented a computational method and software implementations called CHERIPIC (Computing Homozygosity Enriched Regions In genomes to Prioritise Identification of Candidate variants). We have successfully validated implementation of CHERIPIC using three different types of bulk segregant sequence data from Arabidopsis, maize and barley, respectively. Conclusions CHERIPIC allows users to rapidly analyse bulk segregant sequence data and we have made it available as a pre-packaged binary with all dependencies for Linux and MacOS and as Galaxy tool

Fortalecimiento de saberes tradicionales campesinos en la IED Alfonso Pabón Pabón

Contribuir a la articulación de los saberes tradicionales campesinos y educación rural en la Institución Educativa Departamental Alfonso Pabón Pabón, Fosca, Colombia a partir de su caracterización.Los saberes tradicionales campesinos encuentran en las escuelas rurales un nicho propicio para su preservación. El presente proyecto plantea la articulación entre saberes tradicionales campesinos y educación rural en la IED Alfonso Pabón Pabón, Sáname, Fosca, Cundinamarca. Bajo un enfoque de Investigación Etnográfica se recopila información cuantitativa y cualitativa que permita el diseño conjunto con estudiantes y acudientes de una estrategia de educación popular que permita el rescate de estos saberes. Los resultados obtenidos han dado cuenta de la importancia que dan los padres de familia a este rescate de saberes tradicionales y la desconexión existente entre la educación rural y las realidades del contexto. Esta estrategia constituye una importante oportunidad para repensar la práctica educativa, permitiendo su diálogo con las formas de producción de conocimiento de las comunidades aledañas

Plan de negocios para el montaje de una tienda deportiva especializada, en el municipio de Villavicencio

285 Páginas.El negocio evaluado en el presente documento consiste en la creación de una tienda deportiva especializada, que estará ubicada en la ciudad de Villavicencio. La tienda contará con la más completa variedad de ropa, implementos y artículos deportivos de las más reconocidas marcas, requeridos por las disciplinas de mayor auge y prospectiva en la ciudad siendo estas tenis, patinaje, fútbol, ciclismo y natación, priorizadas a partir de los resultados de la investigación de mercados que sustenta este plan. La principal fuente de ingresos del negocio será la comercialización de los productos deportivos en el punto de venta, siendo el diseño de este bastante atractivo respondiendo en su estilo al de las tienda por departamento, dedicando un espacio específico para cada una de las disciplinas deportivas, facilitando la implementación de estrategias como venta cruzada e incremento de los ingresos de la compañía a través de sku por transacción y valorización del ticket promedio. El modelo de administración de clientes, que incluirá la identificación de necesidades, el fortalecimiento de relaciones, la retroalimentación constante con grupos de interés (clubes deportivos, escuelas de instrucción, grupos de aficionados, etc),la participación y promoción de eventos deportivos, todo ello soportado en el uso de redes sociales, así como la oferta de productos especializados por pedido vía catálogo, serán herramientas para la atracción de un mercado de clientes insuficientemente atendido por la competencia local

Prevalence and molecular epidemiology of bovine leukemia virus in Colombian cattle

Bovine leukemia virus (BLV) is one of the five agents considered most significant for cattle. It is important to determine the prevalence and molecular epidemiology of BLV throughout the country in order to gain a more thorough understanding of the current situation of BLV and to reveal the possibility of masked genotypes that the primers used by OIE are unable to identify. Blood samples were collected at random from 289 cows distributed in 75 farms across the country. PCR amplification of env, gag and tax gene segments was performed. The obtained amplicons were sequenced and then subjected to phylogenetic analyses. A total of 62% of the cows present at 92% of the farms were BLV-positive for gag fragment. Genotype 1 was exclusively detected by env gene segment when analyzed using previously reported primers. However, tax gene analysis revealed circulation of genotype 6 variants, which were also detected based on env gene analysis with newly designed primers. These results indicate that current genotyping approaches based on partial env sequencing may bias BLV genetic variability approaches and underestimate the diversity of the detected BLV genotypes. This report is one of the first molecular and epidemiological studies of BLV conducted in Colombia, which contributes to the global epidemiology of the virus; it also highlights the substantial impact of BLV on the country's livestock and thus is a useful resource for farmers and government entities

Transcriptomics reveal potential vaccine antigens and a drastic increase of upregulated genes during Theileria parva development from arthropod to bovine infective stages

<div><p><i>Theileria parva</i> is a protozoan parasite transmitted by the brown ear tick <i>Rhipicephalus appendiculatus</i> that causes East Coast fever (ECF) in cattle, resulting in substantial economic losses in the regions of southern, eastern and central Africa. The schizont form of the parasite transforms the bovine host lymphocytes into actively proliferating cancer-like cells. However, how <i>T</i>. <i>parva</i> causes bovine host cells to proliferate and maintain a cancerous phenotype following infection is still poorly understood. On the other hand, current efforts to develop improved vaccines have identified only a few candidate antigens. In the present paper, we report the first comparative transcriptomic analysis throughout the course of <i>T</i>. <i>parva</i> infection. We observed that the development of sporoblast into sporozoite and then the establishment in the host cells as schizont is accompanied by a drastic increase of upregulated genes in the schizont stage of the parasite. In contrast, the ten highest gene expression values occurred in the arthropod vector stages. A comparative analysis showed that 2845 genes were upregulated in both sporozoite and schizont stages compared to the sporoblast. In addition, 647 were upregulated only in the sporozoite whereas 310 were only upregulated in the schizont. We detected low p67 expression in the schizont stage, an unexpected finding considering that p67 has been reported as a sporozoite stage-specific gene. In contrast, we found that transcription of p67 was 20 times higher in the sporoblast than in the sporozoite. Using the expression profiles of recently identified candidate vaccine antigens as a benchmark for selection for novel potential vaccine candidates, we identified three genes with expression similar to p67 and several other genes similar to Tp1—Tp10 schizont vaccine antigens. We propose that the antigenicity or chemotherapeutic potential of this panel of new candidate antigens be further investigated. Structural comparisons of the transcripts generated here with the existing gene models for the respective loci revealed indels. Our findings can be used to improve the structural annotation of the <i>T</i>. <i>parva</i> genome, and the identification of alternatively spliced transcripts.</p></div

Mi escuela virtual de Educación Matemática

esde el año 2004 la Licenciatura en Matemáticas, consecuente con el principio de pertinencia de la Investigación en la Universidad de Cundinamarca, emprendió acciones inmediatas orientadas a generar procesos de innovación modernizadora en la formación de docentes investigadores en Educación Matemática que contribuyeran con la construcción gradual de bases sólidas para la línea de investigación del programa10, eje articulador del proyecto curricular

Potential for re-emergence of wheat stem rust in the United Kingdom

Wheat stem rust, a devastating disease of wheat and barley caused by the fungal pathogen Puccinia graminis f. sp. tritici, was largely eradicated in Western Europe during the mid-to-late twentieth century. However, isolated outbreaks have occurred in recent years. Here we investigate whether a lack of resistance in modern European varieties, increased presence of its alternate host barberry and changes in climatic conditions could be facilitating its resurgence. We report the first wheat stem rust occurrence in the United Kingdom in nearly 60 years, with only 20% of UK wheat varieties resistant to this strain. Climate changes over the past 25 years also suggest increasingly conducive conditions for infection. Furthermore, we document the first occurrence in decades of P. graminis on barberry in the UK. Our data illustrate that wheat stem rust does occur in the UK and, when climatic conditions are conducive, could severely harm wheat and barley production.</p

Fortalecimiento de saberes tradicionales campesinos en la IED Alfonso Pabón Pabón

Contribuir a la articulación de los saberes tradicionales campesinos y educación rural en la Institución Educativa Departamental Alfonso Pabón Pabón, Fosca, Colombia a partir de su caracterización.Los saberes tradicionales campesinos encuentran en las escuelas rurales un nicho propicio para su preservación. El presente proyecto plantea la articulación entre saberes tradicionales campesinos y educación rural en la IED Alfonso Pabón Pabón, Sáname, Fosca, Cundinamarca. Bajo un enfoque de Investigación Etnográfica se recopila información cuantitativa y cualitativa que permita el diseño conjunto con estudiantes y acudientes de una estrategia de educación popular que permita el rescate de estos saberes. Los resultados obtenidos han dado cuenta de la importancia que dan los padres de familia a este rescate de saberes tradicionales y la desconexión existente entre la educación rural y las realidades del contexto. Esta estrategia constituye una importante oportunidad para repensar la práctica educativa, permitiendo su diálogo con las formas de producción de conocimiento de las comunidades aledañas

FORTALECIMIENTO DE SABERES TRADICIONALES CAMPESINOS EN LA IED ALFONSO PABÓN PABÓN

Los saberes tradicionales campesinos encuentran en las escuelas rurales un nicho propicio para su preservación. El presente proyecto plantea la articulación entre saberes tradicionales campesinos y educación rural en la IED Alfonso Pabón Pabón, Sáname, Fosca, Cundinamarca. Bajo un enfoque de Etnografía Educativa se recopiló información cuantitativa y cualitativa que permitiera el diseño conjunto con estudiantes y acudientes de una estrategia de educación popular que permita el rescate de estos saberes. Los resultados obtenidos han dado cuenta de la importancia que dan los padres de familia a este rescate de saberes tradicionales y la desconexión existente entre la educación rural y las realidades del contexto. Esta estrategia constituye una importante oportunidad para repensar la práctica educativa, permitiendo su diálogo con las formas de producción de conocimiento de las comunidades aledañas