Mikroskalige Variabilität des <em>Fusarium</em>-Befalls und der Mykotoxinbelastung von Weizenkörnern

In den Jahren 2007 bis 2009 wurde das Auftreten der partiellen Taubährigkeit in Weizenbeständen auf unterschiedlichen Skalenebenen untersucht und räumlich analysiert. Auf der größten Skalenebene wurde die Variabilität des Auftretens von Fusarium spp. in Mischproben unterschiedlicher Weizensorten in Abhängigkeit von Stickstoffgaben und Fungizidapplikation bestimmt. Zur Ermittlung des räumlichen Auftretens von Fusarium-Arten und assoziierter Mykotoxine wurden auf der zweiten Skalenebene Rasterbeprobungen auf einer Fläche von 1 x 1 m durchgeführt. Auf der kleinsten Skalenebene wurde das Auftreten von Fusarium spp. und die Mykotoxinbelastung an Einzelpflanzen auf einer Fläche von 20 x 20 cm untersucht. Die Bestimmung des Fusarium-Befalls erfolgte mikrobiologisch und mittels TaqMan® real-time PCR. Die Mykotoxinanalyse wurde mit einer LC-ESI/MS-Methode zum simultanen Nachweis von 32 Mykotoxinen durchgeführt. Nach einer Clustering-Analyse mittels SADIE® wurden die Ergebnisse unter Zuhilfenahme eines Geographischen Informationssystems räumlich zugeordnet. Zur Beurteilung der Variabilität der Daten diente der Dispersionsindex. In den Jahren 2007 und 2008 wurden mit F. graminearum, F. avenaceum, F. poae, F. culmorum, F. tricinctum und F. proliferatum sechs Erreger der partiellen Taubährigkeit von Weizenkörnern aus Misch- und Rasterproben isoliert. Vorherrschende Art war in allen Versuchsjahren F. graminearum. Im Jahr 2007 variierte die Befallshäufigkeit auf den beiden untersuchten Standorten zwischen 12,6 % und 40,4 %. Im Jahr 2008 lag die Fusarium-Befallshäufigkeit bei den Sorten Drifter und Dekan in etwa auf einem Niveau, wohingegen die Sorte Tommi die doppelte Anzahl Fusarium-infizierter Körner aufwies. Die molekularbiologische Quantifizierung der Fusarium-Arten bestätigte F. graminearum als vorherrschenden Erreger der partiellen Taubährigkeit in den Versuchsjahren 2007 und 2009. Die Mykotoxine DON und ENNB wurden in allen Proben nachgewiesen, im Jahr 2007 zusätzlich hohe Belastungen durch ZEA. Des Weiteren traten 3Ac-DON, NIV und MON auf. Für die Rasterproben konnte in keinem Fall ein Zusammenhang zwischen Fusarium-Befallshäufigkeit und Mykotoxingehalt nachgewiesen werden, dagegen bestand in zwei Rasterproben eine positive Korrelation zwischen Fusarium-spezifischer DNA und Mykotoxinbelastung. Bei Untersuchung der Einzelähre korrelierte der untere Ährenabschnitt signifikant mit Befallsintensität und Mykotoxinkontamination. Die Fusarium-Befallshäufigkeit trat in 28 Fällen räumlich zufällig oder aggregiert auf, was auf eine windbürtige Verteilung des Inokulums oder auf die heterogene Verteilung von Ernteresten der Vorfrucht im Bestand zurückzuführen war. In drei Fällen lag für die Befallshäufigkeit eine Gleichverteilung oder eine Tendenz dazu vor. In den Rasterproben mit geringer N-Gabe und ohne Fungizidapplikation trat eine Fusarium-Art aggregiert auf, eine Fungizidbehandlung führte zu einer räumlich zufälligen Verteilung dieser Art. In den Rasterproben mit hoher N-Gabe und ohne Fungizidapplikation traten zwei Arten zufällig verteilt auf und bei Fungizidbehandlung lag eine signifikant aggregierte Verteilung dieser Arten vor. Die Befallsintensität trat in vier von sechs Fällen aggregiert und in zwei Fällen zufällig verteilt auf, was auf die räumliche Verteilung des Primärinokulums zurückzuführen war. Die räumliche Verteilung der Mykotoxinbelastungen war abhängig vom Mykotoxin. So traten DON, 3Ac-DON und ZEA aggregiert auf, ENNB, MON und NIV zeigten eine räumlich zufallsbedingte Verteilung. In keinem Fall wurde eine gleichmäßige Verteilung festgestellt. Die unterschiedlichen Verteilungsmuster der Fusarium-Befallsparameter zeigten die Notwendigkeit angepasster Beprobungsstrategien auf, um die Befallssituation einzelner Bestände zuverlässig charakterisieren zu können.Micro-scale variability of Fusarium infection and mycotoxin contamination of wheat ears Investigations on the incidence of Fusarium head blight pathogens were carried out in the period 2007 to 2009 on different scales. On the first scale the variability of Fusarium species on kernels depending on cultivar and production intensity was analyzed in mixed samples. On the second scale the spatial distribution of Fusarium head blight and associated mycotoxins was identified in 25 samples from a grid of 1 x 1 m. On the lowest scale ears were sampled from an area of 20 x 20 cm to determine the presence of Fusarium species and mycotoxin contamination on individual plants. Infection with Fusarium spp. was analyzed both microbiologically and using TaqMan®realtime PCR. Mycotoxin contamination was determined using a LC-ESI/MS method. Data on frequency and severity of Fusarium infected kernels as well as on mycotoxin contamination were statistically analyzed with SADIE® and displayed in a geographic information system. The variance-to-mean-ratio indicated the variability of Fusarium-infected kernels. A total of six Fusarium species- F. graminearum, F. avenaceum, F. poae, F. culmorum, F. tricinctum and F. proliferatum were isolated in 2007 and 2008 from both grid samples and mixed samples. Fusarium graminearum was the predominant species in all years. In 2007 the frequency of infected kernels varied from 12.6 % to 40.4 % in different habitats. In 2008 the levels of infection in the cultivars Drifter and Dekan were similar, whereas cultivar Tommi had twice the amount of Fusarium infested kernels. Molecular quantification of Fusarium biomass confirmed F. graminearum as the predominant Fusarium head blight pathogen in 2007 and 2009. In all samples the mycotoxins deoxynivalenol and enniatin B were detected. In 2007, kernels had high contents of zearalenone as well. In addition, 3Ac-DON, NIV and MON were present. On the second scale there was no correlation between the frequency of infected kernels and mycotoxin contamination whereas in two samples fungal biomass and mycotoxin contents were positively correlated. Investigations on individual ears demonstrated a significant link between the bottom section of the ears and fungal biomass as well as mycotoxin contamination. The frequency of infected kernels showed in 28 cases random or aggregated patterns, which was explained by airborne distribution of inoculum or aggregated residues from the previous crop providing primary inoculum. Homogenous distributions and tendency to regular patterns were rare. The spatial distribution of fungal biomass showed once random, in the other case aggregated patterns due to the distribution of primary inoculum. The frequency of one Fusarium species showed aggregated patterns in samples with low nitrogen dosage and no fungicide treatment, whereas with fungicide application the species was randomly distributed. In samples with high fertilization and no fungicide treatment two species showed random patterns, thus the spatial distribution in case of fungicide application was aggregated. The spatial distribution of mycotoxin contamination depended on the mycotoxin. Deoxynivalenol, 3Ac-DON and ZEA showed aggregated patterns. Enniatin B, MON and NIV showed predominantly random pattern. A regular distribution was not observed. Hence, different patterns of Fusarium head blight disease parameters emphasized the necessity to adapt sampling strategies for reliable characterizations of disease situations in fields

Fly-derived DNA and camera traps are complementary tools for assessing mammalian biodiversity

Background Metabarcoding of vertebrate DNA found in invertebrates (iDNA) represents a potentially powerful tool for monitoring biodiversity. Preliminary evidence suggests fly iDNA biodiversity assessments compare favorably with established approaches such as camera trapping or line transects. Aims and Methods To assess whether fly-derived iDNA is consistently useful for biodiversity monitoring across a diversity of ecosystems, we compared metabarcoding of the mitochondrial 16S gene of fly pool-derived iDNA (range = 49–105 flies/site, N = 784 flies) with camera traps (range = 198–1,654 videos of mammals identified to the species level/site) at eight sites, representing different habitat types in five countries across tropical Africa. Results We detected a similar number of mammal species using fly-derived iDNA (range = 8–15 species/site) and camera traps (range = 8–27 species/site). However, the two approaches detected mostly different species (range = 6%–43% of species detected/site were detected with both methods), with fly-derived iDNA detecting on average smaller-bodied species than camera traps. Despite addressing different phylogenetic components of local mammalian communities, both methods resulted in similar beta-diversity estimates across sites and habitats. Conclusion These results support a growing body of evidence that fly-derived iDNA is a cost- and time-efficient tool that complements camera trapping in assessing mammalian biodiversity. Fly-derived iDNA may facilitate biomonitoring in terrestrial ecosystems at broad spatial and temporal scales, in much the same way as water eDNA has improved biomonitoring across aquatic ecosystems.Peer Reviewe

Light-Induced Conformational Changes in the Plant Cryptochrome Photolyase Homology Region Resolved by Selective Isotope Labeling and Infrared Spectroscopy

Sommer C, Dietz MS, Patschkowski T, Mathes T, Kottke T. Light-Induced Conformational Changes in the Plant Cryptochrome Photolyase Homology Region Resolved by Selective Isotope Labeling and Infrared Spectroscopy. Photochemistry and Photobiology. 2017;93(3):881-887

L'Auto-vélo : automobilisme, cyclisme, athlétisme, yachting, aérostation, escrime, hippisme / dir. Henri Desgranges

07 avril 19271927/04/07 (A28,N9609)

Following [FeFe] Hydrogenase Active Site Intermediates by Time-Resolved Mid-IR Spectroscopy

Time-resolved nanosecond mid-infrared spectroscopy is for the first time employed to study the [FeFe] hydrogenase from Chlamydomonas reinhardtii and to investigate relevant intermediates of the enzyme active site. An actinic 355 nm, 10 ns laser flash triggered photodissociation of a carbonyl group from the CO-inhibited state H-ox-CO to form the state H-ox, which is an intermediate of the catalytic proton reduction cycle. Time-resolved infrared spectroscopy allowed us to directly follow the subsequent rebinding of the carbonyl, re-forming H-ox-CO, and determine the reaction half-life to be t(1/2) approximate to 13 +/- 5 ms at room temperature. This gives direct information GO on the dynamics of CO inhibition of the enzyme