Gene Ontology annotation highlights shared and divergent pathogenic strategies of type III effector proteins deployed by the plant pathogen Pseudomonas syringae pv tomato DC3000 and animal pathogenic Escherichia coli strains

Genome-informed identification and characterization of Type III effector repertoires in various bacterial strains and species is revealing important insights into the critical roles that these proteins play in the pathogenic strategies of diverse bacteria. However, non-systematic discipline-specific approaches to their annotation impede analysis of the accumulating wealth of data and inhibit easy communication of findings among researchers working on different experimental systems. The development of Gene Ontology (GO) terms to capture biological processes occurring during the interaction between organisms creates a common language that facilitates cross-genome analyses. The application of these terms to annotate type III effector genes in different bacterial species – the plant pathogen Pseudomonas syringae pv tomato DC3000 and animal pathogenic strains of Escherichia coli – illustrates how GO can effectively describe fundamental similarities and differences among different gene products deployed as part of diverse pathogenic strategies. In depth descriptions of the GO annotations for P. syringae pv tomato DC3000 effector AvrPtoB and the E. coli effector Tir are described, with special emphasis given to GO capability for capturing information about interacting proteins and taxa. GO-highlighted similarities in biological process and molecular function for effectors from additional pathosystems are also discussed

Common and contrasting themes in host cell-targeted effectors from bacterial, fungal, oomycete and nematode plant symbionts described using the Gene Ontology

A wide diversity of plant-associated symbionts, including microbes, produce proteins that can enter host cells, or are injected into host cells in order to modify the physiology of the host to promote colonization. These molecules, termed effectors, commonly target the host defense signaling pathways in order to suppress the defense response. Others target the gene expression machinery or trigger specific modifications to host morphology or physiology that promote the nutrition and proliferation of the symbiont. When recognized by the host's surveillance machinery, which includes cognate resistance (R) gene products, defense responses are engaged to restrict pathogen proliferation. Effectors from diverse symbionts may be delivered into plant cells via varied mechanisms, including whole organism cellular entry (viruses, some bacteria and fungi), type III and IV secretion (in bacteria), physical injection (nematodes and insects) and protein translocation signal sequences (oomycetes and fungi). This mini-review will summarize both similarities and differences in effectors and effector delivery systems found in diverse plant-associated symbionts as well as how these are described with Plant-Associated Microbe Gene Ontology (PAMGO) terms

Government to Business - Portalunterstützung in Gemeinden des Landes Baden-Württemberg

Die hier vorgestellte Arbeit stellt die Electronic Government (E-Government) Art Government to Business (G2B) vor und untersucht diese vor dem Hintergrund der Unterstützung durch Internetportale. Die Arbeit und damit die enthaltenen empirischen Untersuchungen beschränken sich auf Gemeinden im Bundesland Baden- Württemberg. Bei Government to Business handelt es sich um die Beziehung zwischen öffentlichen Verwaltungen und der Privatwirtschaft, unterstützt durch die moderne Informations- und Kommunikationstechnik. In der vorliegenden Arbeit werden die G2BBeziehungen beleuchtet, Internetportale mit möglichen Inhalten und Anforderungen vorgestellt, die tatsächliche Ein- und Umsetzung des G2B untersucht sowie Risiken und Chancen angesprochen. Außerdem werden die Vor- und Nachteile für Gemeindeverwaltung und Unternehmen untersucht sowie Vorschläge für eine mögliche Umsetzung in einem idealtypischen G2B-Portal vorgestellt

DNA MOLECULES AND POLYPEPTIDES OF \u3ci\u3ePSEUDOMONAS SYRINGAE\u3c/i\u3e HRP PATHOGENICITY ISLAND AND THEIR USES: U.S. Patent No. US 7,102,059 B2

One aspect of the present invention relates to isolated nucleic acid molecules (i) encoding proteins or polypeptides of Pseudomonas CEL and EEL genomic regions, (ii) nucleic acid molecules which hybridize thereto under stringent conditions, or (iii) nucleic acid molecules that include a nucleotide sequence which is complementary to the nucleic acid molecules of (i) and (ii). Expression vectors, host cells, and transgenic plants which include the DNA molecules of the present invention are also disclosed. Another aspect relates to the isolated proteins or polypeptides and compositions containing the same. The nucleic acid molecules and proteins of the present invention can be used to imparting disease resistance to a plant, making a plant hypersusceptible to colonization by nonpathogenic bacteria, causing eukaryotic cell death, and treating cancerous conditions

Fragmentierung oder Annäherung? Die zivil-militärische Lücke in Theorie und Praxis

"Seit dem Ende des Kalten Krieges sind spezifische Verschiebungen der Wertvorstellungen in Bezug auf Sicherheit, Krieg und Frieden festzustellen. Dies betrifft insbesondere die Aspekte Bedrohungswahrnehmung und (Un-)sicherheitsempfinden der Menschen. Des weiteren sind Anzeichen einer Transformation der kollektiven Identitäten in ganz Europa feststellbar, die offenbar mit der veränderten Situation des Sicherheitskontextes zu tun haben. Diese gehen weg von einer rein national konstruierten Identität, hin zu zusammengesetzten Formen, die sich entlang des 'global-lokal' Kontinuums (Robertson) zu materialisieren scheinen. Seit der Erklärung des Krieges gegen den Terror, den Kriegen in Afghanistan und im Irak haben sich schließlich neuerliche Akzentverschiebungen in der öffentlichen Meinung zu Fragen der Außen-, Sicherheits- und Verteidigungspolitik ergeben. Der Beitrag geht diesen Akzentverschiebungen nach, dabei werden aktuelle Daten aus Befragungen verschiedener Subkulturen innerhalb der deutschen Gesellschaft herangezogen und auf die Frage hin interpretiert, ob hierbei weiter fortschreitende wertemäßige Fragmentierungen der Gesellschaft oder eher Tendenzen zur Annäherung der Einstellungen und Meinungen der Menschen zu beobachten sind." (Autorenreferat

Verwaltete Vielfalt

Vielfalt prägte das frühneuzeitliche Europa. Am Beispiel der königlichen Domänen in Polen-Litauen lässt sich dies besonders gut zeigen. Die landwirtschaftlichen Güter der königlichen "Tafel" (mensa regia) lagen wie ein Archipel über das Territorium der Adelsrepublik verstreut. Sie bildeten eine herrschaftliche Kontaktzone, die sich durch sprachliche, konfessionelle und strukturelle Diversität auszeichnete und in der auch unterschiedliche Herrschaftskulturen aufeinandertrafen. Dies gilt besonders für die Jahrzehnte nach 1697, als mit August II. (dem ""Starken"") und August III. zwei sächsische Kurfürsten auf dem polnischen Thron saßen. Die königliche Eigenwirtschaft entwickelte sich nun zunehmend zu einer Keimzelle der Bürokratisierung und des frühmodernen Staates auf dem Territorium Polen-Litauens. Peter Collmer zeigt am Beispiel der polnisch-litauischen Adelsrepublik, was Vielfalt für die Konzeption und Realisierung von Herrschaft vor dem Zeitalter des Nationalismus bedeutete. Er versteht Herrschaft als kommunikativen Prozess und kontrastiert die Geschichte der Institutionen immer wieder durch Einblicke in die Lebenswelten der Akteure

The Plant-Associated Microbe Gene Ontology (PAMGO) Consortium: community development of new Gene Ontology terms describing biological processes involved in microbe-host interactions

All microbes that form beneficial, neutral, or pathogenic associations with hosts face similar challenges. They must physically adhere to and/or gain entry to host tissues; they must avoid, suppress, or tolerate host defenses; they must acquire nutrients from the host and successfully multiply. Microbes that associate with hosts come from many kingdoms of life and include bacteria, fungi, oomycetes, and nematodes. The increasing numbers of full genome sequences from these diverse microbes provide the opportunity to discover common mechanisms by which the microbes forge and maintain intimate associations with host organisms. However, cross-genome analyses have been hindered by lack of a universal vocabulary for describing biological processes involved in the interplay between microbes and their hosts. The Plant-Associated Microbe Gene Ontology (PAMGO) Consortium has been working for three years as an official interest group of the Gene Ontology (GO) Consortium to develop well-defined GO terms that describe many of the biological processes common to diverse plant- and animal-associated microbes. Creating these terms, over 700 at this time, has required a synthesis of diverse points of view from many research communities. The use of these terms in genome annotation will allow cross-genome searches for genes with common function (without demand for sequence similarity) and also improve the interpretation of data from high-throughput microarray and proteomic analyses. This article, and the more focused mini-reviews that make up this supplement to BMC Microbiology, describe the development and use of these terms