Nuclear Scaffold Attachment Sites within ENCODE Regions Associate with Actively Transcribed Genes

The human genome must be packaged and organized in a functional manner for the regulation of DNA replication and transcription. The nuclear scaffold/matrix, consisting of structural and functional nuclear proteins, remains after extraction of nuclei and anchors loops of DNA. In the search for cis-elements functioning as chromatin domain boundaries, we identified 453 nuclear scaffold attachment sites purified by lithium-3,5-iodosalicylate extraction of HeLa nuclei across 30 Mb of the human genome studied by the ENCODE pilot project. The scaffold attachment sites mapped predominately near expressed genes and localized near transcription start sites and the ends of genes but not to boundary elements. In addition, these regions were enriched for RNA polymerase II and transcription factor binding sites and were located in early replicating regions of the genome. We believe these sites correspond to genome-interactions mediated by transcription factors and transcriptional machinery immobilized on a nuclear substructure

Regulation of rat mammary gene expression by extracellular matrix components

In the mammary gland the induction and maintenance of differentiation are dependent on both lactogenic hormones and the extracellular matrix (ECM). Since mammary epithelial cells differentiate on a basement membrane in vivo we have examined the effects of basement membrane components on the expression of milk protein genes in primary rat mammary cultures. We examined the effects of a basement membrane gel derived from the Englebreth-Holm-Swarm tumor as well as its major component, laminin, on the expression of a group of milk protein genes. We demonstrate that the basement membrane gel induces [alpha]-casein and [alpha]-lactalbumin ([alpha]-LA) accumulation up to 160- and 70-fold, respectively, of that on tissue culture plastic. Laminin, a major component of the basement membrane, also caused significant induction of these same proteins. In order to determine whether these ECM effects occurred at a translational or post-translational level, pulse-chase experiments were performed. These experiments demonstrated that a laminin substratum selectively effects milk protein turnover and secretion. In order to demonstrate whether ECM effects occurred at the level of steady state accumulation of mRNA we performed dot blot and Northern analyses using cloned cDNA probes for [alpha]-, [beta]-, and [gamma]-caseins and [alpha]-LA. These studies demonstrated that ECM components induced [alpha]- and [beta]-caseins up to 10-fold and [alpha]-LA up to 3-fold, with no significant effect on [gamma]-casein. These results demonstrate that milk protein genes are not coordinately regulated by ECM components. Furthermore, since the amount of induction of milk proteins exceeds the amount of induction of mRNAs for these proteins, we conclude that in our system a major effect of ECM components is at the translational and/or post-translational levels. Based on these findings we propose a model in which basement membrane components effect mammary gene expression at multiple levels.Peer Reviewedhttp://deepblue.lib.umich.edu/bitstream/2027.42/26485/1/0000021.pd

Chain transactions in the Value-added tax

Przedmiotem niniejszej pracy magisterskiej jest zagadnienie transakcji łańcuchowych w podatku od towarów i usług. Te transakcje, będące legislacyjną próbą uregulowania ciągle zmieniającego się krajobrazu obrotu gospodarczego, od momentu wprowadzenia przepisów ich regulujących stanowią z perspektywy praktyki szczególnie skomplikowane zagadnienie, które nastręcza problemów polskim podatnikom. Celem niniejszej pracy jest najpierw analiza regulacji krajowych i unijnych, a następnie przedstawienie najczęstszych problemów wynikających ze stosowania w praktyce przepisów dotyczących transakcji łańcuchowych.Praca składa się z 4 rozdziałów. Pierwszy z nich przede wszystkim dotyczy przywołania istoty podatku od towarów i usług, w tym historię podatku od wartości dodanej i jego implementacji w Europie i w Polsce. Następnie, przywołano w nim podstawowe zasady konstrukcyjne tego podatku wraz z ich znaczeniem dla interpretowania poszczególnych z przepisów ustawy o VAT. Finalnie przywołano podstawowe instytucje podatku od towarów i usług takie jak przedmiot i podmiot opodatkowania czy prawdo do odliczenia. Drugi z rozdziałów dotyczy w całości regulacji szczególnej, dotyczącej transakcji łańcuchowych. W tym rozdziale przywoływano historię regulacji wraz z jej zmianami, a następnie przeanalizowano polskie przepisy ustawy. Dodatkowo, w tym rozdziale omówiono tzw. procedurę uproszczoną. Trzeci z rozdziałów dotyczy praktycznego zagadnienia jakim jest odróżnienie transakcji łańcuchowej od obrotu karuzelowego. Najpierw przywołano istotę przestępstwa karuzelowego, by następnie wskazać podstawowe cechy odróżniające te dwa zagadnienia. Czwarty z rozdziałów dotyczy pozostałych problemów praktycznych związanych ze stosowaniem przepisów o transakcjach łańcuchowych, ze szczególnym uwzględnieniem zagadnienia przyporządkowywania transportu.The subject of this master's thesis is the issue of chain transactions in Value Added Tax. These transactions, which are a legislative attempt to regulate the ever-changing landscape of economic trade, have, since the introduction of the regulations concerning them, been a particularly complicated issue from the perspective of practice, which causes difficulties for the Polish taxpayers. The purpose of this thesis is first to analyse the national and EU regulations, and then to present the most common problems arising from the practical application of the provisions on chain transactions.The thesis consists of 4 chapters. The first one primarily concerns recalling the essence of the value-added tax, including the history of the value-added tax and its implementation in Europe and Poland. Then, the basic structural principles of this tax are recalled, together with their significance for the interpretation of individual provisions of the Polish VAT Act. Finally, the basic institutions of value-added tax are described, such as the subject and object of taxation or the right to deduct. The second chapter focuses entirely on the special regulation concerning chain transactions. In this chapter, the history of the regulation was recalled along with its amendments, followed by an analysis of the Polish VAT Act. In addition, this chapter discusses the so-called simplified procedure. The third chapter addresses the practical issue of distinguishing a chain transaction from carousel trading. First, the essence of the carousel offence is recalled and then the basic features distinguishing the two issues are indicated. The fourth chapter concerns the remaining practical problems related to the application of the provisions on chain transactions, with particular emphasis on the issue of the allocation of transport

The system of the Local Government in Poland during The Second Polish Republic.

Tematem niniejszej pracy jest ustrój samorządu terytorialnego w Polsce w okresie II Rzeczypospolitej, którego kształtowanie jest wynikiem długiej ewolucji. Sprawy administracji lokalnej w okresie międzywojennym prowadzone były przez różnego typu organy administracji rządowej oraz samorządu komunalnego.Praca podzielona została na cztery rozdziały. W rozdziale pierwszym omówiono podstawy polskiej samorządności. Przedstawione zostały pojęcie i istota samorządu terytorialnego oraz zasada subsydiarności i decentralizacji władzy publicznej, z którymi istnienie i działanie samorządu terytorialnego jest nieodłącznie związane. Ukazana została także geneza tej instytucji w XIX wieku, kiedy to powstały zręby polskiej administracji. Rozdział pierwszy stanowi wprowadzenie do zagadnienia rozwiniętego w kolejnych częściach pracy.W drugim rozdziale przybliżone zostały typy samorządu terytorialnego na ziemiach polskich bezpośrednio po odzyskaniu suwerenności. Omówiono ustrój gmin wiejskich, miejskich oraz samorządu powiatowego i wojewódzkiego. W tym rozdziale została przestawiona również specyfika Województwa Śląskiego, które otrzymało swoją autonomię i samorząd przed uchwaleniem konstytucji państwowej. Rozdział trzeci obejmuje informacje dotyczące najważniejszych aktów prawnych w okresie międzywojennym: Konstytucja Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 17 marca 1921 r., ustawa o częściowej zmianie ustroju samorządu terytorialnego z dnia 23 marca 1933 r. oraz Ustawa Konstytucyjna z dnia 23 kwietnia 1935 r. Zostały opisane próby zunifikowania całości ustroju samorządu terytorialnego poprzez uchwalenie ustaw samorządowych. Ukazana została pozycja samorządu terytorialnego w systemie państwowym. Zapisy Konstytucji Marcowej należały do ostatnich deklaracji dotyczących rozbudowy samorządu. Kolejne lata przyniosły umocnienie pozycji organów administracji rządowej oraz ograniczenie roli czynnika społecznego w administracji.W czwartym rozdziale wyjaśnione zostało zagadnienie nadzoru państwa nad samorządem terytorialnym w II Rzeczypospolitej. Omówiona została różnica pomiędzy instytucją nadzoru a kontroli. Kwestia relacji pomiędzy państwem i jego organami a instytucjami samorządu terytorialnego pozostawała jednym z istotnych elementów debaty publicznej na temat zasad ustroju II Rzeczypospolitej. Jednolitość systemu nadzoru nad samorządem terytorialnym wprowadziła ustawa z dnia 23 marca 1933 r. o częściowej zmianie ustroju samorządu terytorialnego.W końcowych wnioskach autor pracy zwraca uwagę na zjawisko stopniowego odchodzenia od idei daleko posuniętej decentralizacji samorządu na rzecz rozwiązań centralistycznych, które było kształtowane w okresie II Rzeczypospolitej. Zaprezentowane wartości samorządu terytorialnego w okresie dwudziestolecia międzywojennego służą lepszemu zrozumieniu przyszłości samorządu.The topic of this thesis is the system of the Local Government in Poland during The Second Polish Republic whose formation was a result of a long evolution. Matters of the local administration were managed by different authorities of government’s administration and municipal government. The whole project is divided into four chapters. The first chapter includes information concerning the basics of self-government in Poland. The concept and the essence of the local government, the principle of subsidiarity and decentralization of public authority, which is bounded with the existence and operation of the local government, are also included in this chapter. Moreover, the chapter contains the genesis of this institution dated from the XIXth century when the foundations of Polish administration were created. This section is also an introduction to definition which is developed in the next chapters.Second chapter brings a close up on the types of the local government on the areas of Poland created just after the country’s obtainment of the sovereign. This part of the master degree thesis presents the system of communes (rural and urban) and county’s and voivodeship’s self-government. The section also provides the specificity of Silesian voivodeship which obtained it’s autonomy and self-government before the declaration of country’s constitution.Chapter three contains information about the most important acts of law during the Interwar period such as : March Constitution (17th March 1921), Act of Partial Change in the Local Self-government (23rd March 1933) and Constitutional Act (23rd April 1935).Attempts of uniting the system of local government by adopting self-government acts are included in this part of thesis. Furthermore, the thesis shows the local government’s position in the country’s system. Records of March Constitution were the last declarations concerning self-government’s development. Within years, the position of government administration’s authorities became stronger and the role of public factor in administration reduced .Issues of country’s surveillance over the local government of The Second Polish Republic are described in chapter four. Difference between the institution of surveillance and the institution of control was also described. The question of relation between a country with it’s authorities and self-government’s institutions, was one of the most important elements of the public debate concerning the principles of The Second Polish Republic. The uniformity of surveillance system over the self-government was brought by Act of Partial Change in the Local Self-government (23rd March 1933).In conclusions of the project, the author points out the phenomenon of partial departure from the idea of government’s decentralization in aid of the centralization’s solutions from the Interwar period. Presented qualities of the local government are meant for better understanding of self-government’s

Autonomous activity of the alternate aldolase A muscle promoter is maintained by a sequestering mechanism.

The mouse aldolase A gene contains two closely-spaced alternate promoter/first exons. The more distal of the two, the M promoter, is muscle-specific while the 3' promoter, the H promoter, is expressed constitutively. Various segments from these promoter regions were linked to a reporter gene and used to transfect the myogenic cell line C2C12 and the hepatoma cell line BWTG3. A muscle-specific enhancer, MEN1, responsible for 80% of promoter M activity and containing 4 consensus MyoD binding sites was localized between -2578 to -2723 of the M promoter. Another muscle-specific enhancer and a restrictive element, MEN2/MSE, were found in the interval -1100 to -350. The MSE restrictive element was found to prohibit inappropriate up-regulation of the M promoter by selectively sequestering it from H promoter elements in both myoblasts and myotubes. Among the H promoter elements was found an enhancer, HEN, situated between -533 and -200 which did not function in myotubes. These studies also show that H promoter elements can act synergistically with a non-specific element, MAE, located between -350 and -130 of the M cap site greatly stimulating M promoter transcription in all cell types when the MSE restrictive element was absent. Through the analysis of interactions between these elements and the aldolase A and HSV-TK promoters we showed that neither the enhancers nor the promoter proximal sequences by themselves contain adequate information to reproduce the native pattern of aldolase A promoter modulation. Rather, the sequestering of the M promoter by the MSE restrictive element and the relative positioning and context of promoters M and H appear critical to the regulated expression of aldolase A