Cause-Specific Mortality in Patients During Long-Term Follow-Up After Atrial Switch for Transposition of the Great Arteries

Background Little is known about the cause of death (CoD) in patients with transposition of the great arteries palliated with a Mustard or Senning procedure. The aim was to describe the CoD for patients with the Mustard and Senning procedure during short- (20 years) follow-up after the operation. Methods and Results This is a retrospective, descriptive multicenter cohort study including all Nordic patients (Denmark, Finland, Norway, and Sweden) who underwent a Mustard or Senning procedure between 1967 and 2003. Patients who died within 30 days after the index operation were excluded. Among 968 patients with Mustard/Senning palliated transposition of the great arteries, 814 patients were eligible for the study, with a mean follow-up of 33.6 years. The estimated risk of all-cause mortality reached 36.0% after 43 years of follow-up, and the risk of death was highest among male patients as compared with female patients (P=0.004). The most common CoD was sudden cardiac death (SCD), followed by heart failure/heart transplantation accounting for 29% and 27%, respectively. During short-, mid-, and long-term follow-up, there was a change in CoD with SCD accounting for 23.7%, 46.6%, and 19.0% (P=0.002) and heart failure/heart transplantation 18.6%, 22.4%, and 46.6% (P=0.0005), respectively. Conclusions Among patients corrected with Mustard or Senning transposition of the great arteries, the most common CoD is SCD followed by heart failure/heart transplantation. The CoD changes as the patients age, with SCD as the most common cause in adolescence and heart failure as the dominant cause in adulthood. Furthermore, the risk of all-cause mortality, SCD, and death attributable to heart failure or heart transplantation was increased in men >10 years after the Mustard/Senning operation.Peer reviewe

Prevalence of PALB2 Mutations in Breast Cancer Patients in Multi-Ethnic Asian Population in Malaysia and Singapore

10.1371/journal.pone.0073638PLoS ONE88-POLN

A pre-specified analysis of the Dapagliflozin and Prevention of Adverse Outcomes in Chronic Kidney Disease (DAPA-CKD) randomized controlled trial on the incidence of abrupt declines in kidney function

This pre-specified analysis of DAPA-CKD assessed the impact of sodium-glucose cotransporter 2 inhibition on abrupt declines in kidney function in high risk patients based on having chronic kidney disease (CKD) and severe albuminuria. DAPA-CKD was a randomized, double-blind, placebo-controlled trial had a median follow-up of 2.4 years. Adults with CKD (urinary albumin-to-creatinine ratio 200-5000 mg/g and estimated glomerular filtration rate 25-75 mL/min/1.73m ) were randomized to dapagliflozin 10 mg/day matched to placebo (2152 individuals each). An abrupt decline in kidney function was defined as a pre-specified endpoint of doubling of serum creatinine between two subsequent study visits. We also assessed a post-hoc analysis of investigator-reported acute kidney injury-related serious adverse events. Doubling of serum creatinine between two subsequent visits (median time-interval 100 days) occurred in 63 (2.9%) and 91 (4.2%) participants in the dapagliflozin and placebo groups, respectively (hazard ratio 0.68 [95% confidence interval 0.49, 0.94]). Accounting for the competing risk of mortality did not alter our findings. There was no heterogeneity in the effect of dapagliflozin on abrupt declines in kidney function based on baseline subgroups. Acute kidney injury-related serious adverse events were not significantly different and occurred in 52 (2.5%) and 69 (3.2%) participants in the dapagliflozin and placebo groups, respectively (0.77 [0.54, 1.10]). Thus, in patients with CKD and substantial albuminuria, dapagliflozin reduced the risk of abrupt declines in kidney function

A method to assess the clinical significance of unclassified variants in the BRCA1 and BRCA2 genes based on cancer family history

Introduction Unclassified variants (UVs) in the BRCA1/BRCA2 genes are a frequent problem in counseling breast cancer and/or ovarian cancer families. Information about cancer family history is usually available, but has rarely been used to evaluate UVs. The aim of the present study was to identify which is the best combination of clinical parameters that can predict whether a UV is deleterious, to be used for the classification of UVs. Methods We developed logistic regression models with the best combination of clinical features that distinguished a positive control of BRCA pathogenic variants (115 families) from a negative control population of BRCA variants initially classified as UVs and later considered neutral (38 families). Results The models included a combination of BRCAPRO scores, Myriad scores, number of ovarian cancers in the family, the age at diagnosis, and the number of persons with ovarian tumors and/ or breast tumors. The areas under the receiver operating characteristic curves were respectively 0.935 and 0.836 for the BRCA1 and BRCA2 models. For each model, the minimum receiver operating characteristic distance (respectively 90% and 78% specificity for BRCA1 and BRCA2) was chosen as the cutoff value to predict which UVs are deleterious from a study population of 12 UVs, present in 59 Dutch families. The p. S1655F, p. R1699W, and p. R1699Q variants in BRCA1 and the p. Y2660D, p. R2784Q, and p. R3052W variants in BRCA2 are classified as deleterious according to our models. The predictions of the p. L246V variant in BRCA1 and of the p. Y42C, p. E462G, p. R2888C, and p. R3052Q variants in BRCA2 are in agreement with published information of them being neutral. The p. R2784W variant in BRCA2 remains uncertain. Conclusions The present study shows that these developed models are useful to classify UVs in clinical genetic practic

A trial to evaluate the effect of the sodium–glucose co‐transporter 2 inhibitor dapagliflozin on morbidity and mortality in patients with heart failure and reduced left ventricular ejection fraction (DAPA‐HF)

Background: Sodium–glucose co‐transporter 2 (SGLT2) inhibitors have been shown to reduce the risk of incident heart failure hospitalization in individuals with type 2 diabetes who have, or are at high risk of, cardiovascular disease. Most patients in these trials did not have heart failure at baseline and the effect of SGLT2 inhibitors on outcomes in individuals with established heart failure (with or without diabetes) is unknown. Design and methods: The Dapagliflozin And Prevention of Adverse‐outcomes in Heart Failure trial (DAPA‐HF) is an international, multicentre, parallel group, randomized, double‐blind, study in patients with chronic heart failure, evaluating the effect of dapagliflozin 10 mg, compared with placebo, given once daily, in addition to standard care, on the primary composite outcome of a worsening heart failure event (hospitalization or equivalent event, i.e. an urgent heart failure visit) or cardiovascular death. Patients with and without diabetes are eligible and must have a left ventricular ejection fraction ≤ 40%, a moderately elevated N‐terminal pro B‐type natriuretic peptide level, and an estimated glomerular filtration rate ≥ 30 mL/min/1.73 m2. The trial is event‐driven, with a target of 844 primary outcomes. Secondary outcomes include the composite of total heart failure hospitalizations (including repeat episodes), and cardiovascular death and patient‐reported outcomes. A total of 4744 patients have been randomized. Conclusions: DAPA‐HF will determine the efficacy and safety of the SGLT2 inhibitor dapagliflozin, added to conventional therapy, in a broad spectrum of patients with heart failure and reduced ejection fraction

LabKey Server: An open source platform for scientific data integration, analysis and collaboration

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>Broad-based collaborations are becoming increasingly common among disease researchers. For example, the Global HIV Enterprise has united cross-disciplinary consortia to speed progress towards HIV vaccines through coordinated research across the boundaries of institutions, continents and specialties. New, end-to-end software tools for data and specimen management are necessary to achieve the ambitious goals of such alliances. These tools must enable researchers to organize and integrate heterogeneous data early in the discovery process, standardize processes, gain new insights into pooled data and collaborate securely.</p> <p>Results</p> <p>To meet these needs, we enhanced the LabKey Server platform, formerly known as CPAS. This freely available, open source software is maintained by professional engineers who use commercially proven practices for software development and maintenance. Recent enhancements support: (i) Submitting specimens requests across collaborating organizations (ii) Graphically defining new experimental data types, metadata and wizards for data collection (iii) Transitioning experimental results from a multiplicity of spreadsheets to custom tables in a shared database (iv) Securely organizing, integrating, analyzing, visualizing and sharing diverse data types, from clinical records to specimens to complex assays (v) Interacting dynamically with external data sources (vi) Tracking study participants and cohorts over time (vii) Developing custom interfaces using client libraries (viii) Authoring custom visualizations in a built-in R scripting environment.</p> <p>Diverse research organizations have adopted and adapted LabKey Server, including consortia within the Global HIV Enterprise. Atlas is an installation of LabKey Server that has been tailored to serve these consortia. It is in production use and demonstrates the core capabilities of LabKey Server. Atlas now has over 2,800 active user accounts originating from approximately 36 countries and 350 organizations. It tracks roughly 27,000 assay runs, 860,000 specimen vials and 1,300,000 vial transfers.</p> <p>Conclusions</p> <p>Sharing data, analysis tools and infrastructure can speed the efforts of large research consortia by enhancing efficiency and enabling new insights. The Atlas installation of LabKey Server demonstrates the utility of the LabKey platform for collaborative research. Stable, supported builds of LabKey Server are freely available for download at <url>http://www.labkey.org</url>. Documentation and source code are available under the Apache License 2.0.</p

Vägen till samverkanssäkrad utbildning

Kunskapsutbyte och samverkan mellan lärosäten och andra aktörer i samhället är viktigt för att vi ska kunna möta morgondagens utmaningar. Man måste arbeta över sektorsgränser, inte bara inom forskning utan också inom utbildning. “Vägen till samverkanssäkrad utbildning: metoder och strategier” handlar om hur samverkan kan integreras i högre utbildning. Slutsatserna baseras på de erfarenheter som gjorts i projektet Samverkanssäkrade utbildningsprogram som letts av lärosätena i Linköping, Malmö och Umeå. Publikationens andra del, “Möjligheter och utmaningar”, berättar ett antal historier ur samverkansvardagen. // Att med andra samhällsaktörer samverka kring utformningen av utbildningsprogram och i undervisningen bidrar till kvalitetsutveckling och säkerställer att utbildningen är till nytta för samhället. Samverkan förbereder också studenterna för ett livslångt lärande och underlättar övergången mellan utbildning och arbetsliv. För att man långsiktigt ska kunna integrera samverkan i utbildningsprogram krävs insatser på flera nivåer. Till exempel måste lärosätesledningar ta tydlig ställning i samverkansfrågan i sina styrdokument, och samverkansaspekten måste vara en självklar del av lärosätets kvalitetssäkringssystem. Det krävs också att ledningen för fakulteter och institutioner utformar system för dokumentation, styrning och uppföljning av samverkan. Vidare bör samverkan ingå i de pedagogiska modeller som lärare använder för att leda studenternas kunskapsutveckling, och lärosätena bör också uppmärksamma och belöna framgångsrikt samverkansarbete. Slutligen bör politiker och departement utforma ett fördelningssystem där framgångsrika samverkansinsatser inom utbildningen leder till en förstärkning av resursbasen på lärosätena

Vägen till samverkanssäkrad utbildning. [1] : Metoder och strategier

Universitet och högskolor bidrar till samhällsutvecklingen genom att forskningsbaserad kunskap tillämpas av olika aktörer i samhället. För att möta dagens och morgondagens samhällsutmaningar utgör således kunskapsutbyte och samverkan mellan lärosäten och samhället en värdefull möjlighet. Att ha starka relationer med samhällets aktörer identifieras också som viktigt i utvecklingen av ett internationellt starkt lärosäte. Samverkan i högre utbildning främjar samhällets förändringsförmåga och stärker utbildningens kvalitet, men samverkan förbereder också studenterna för ett livslångt lärande och underlättar övergången mellan utbildning och arbetsliv. Ett lärosäte i nära samverkan med aktörer i samhället är ett relevant lärosäte, det vill säga ett lärosäte som är till nytta för sin omvärld och för sina medarbetare och studenter. Ett grundläggande problem vad gäller möjligheterna att integrera samverkan i akademisk utbildning står att finna i statens fördelning av medel till lärosätena. De statliga medlen utgår nämligen i två separata anslag, ett vardera för de båda huvuduppdragen utbildning och forskning. Samverkan kan sägas ingå i bägge uppdragen. Till skillnad från forskningssamverkan finns det för utbildningssamverkan ingen särskild uppföljning och inte heller några ekonomiska incitament. Utvärdering av forskning och utbildning bör således breddas så att kvalitetsstärkande samverkansinslag också inkluderas i resursfördelningsprinciperna. Statens bristande strukturer för fördelning och uppföljning återspeglas i hur lärosätena fördelar resurser till och följer upp samverkan: lärare ges sällan resurser (i form av särskild tid) för att på ett pedagogiskt genomtänkt sätt kunna inkludera samverkansinslag i undervisningen; samverkan är sällan meriterande eller lönegrundande; och den utbildningssamverkan som bedrivs följs sällan upp – varken på institutions-, fakultets- eller lärosätesnivå. Samma sak kan sägas gälla på nationell nivå – det samverkande lärosätet erhåller inga extra anslag och det bestraffas ej heller för försummelse av detsamma. Att göra samverkan till en integrerad del av utbildningen innebär att samverkan bör ingå i de pedagogiska modeller som lärare använder för att leda studenternas kunskapsutveckling mot de mål som finns angivna i kurs- och utbildningsplaner. Det betyder också att arbetet med samverkan bör inkluderas i processer för styrning, planering och uppföljning av utbildning och undervisning på såväl kurs- och programnivå som på institutions-, fakultets- och lärosätesnivå. Att göra samverkan till en integrerad del av utbildningen är att sträva mot att externa aktörer ska bli en självklar del i den dagliga verksamheten – för studenter såväl som för medarbetare och för de organisationer man samverkar med. För att svenska lärosäten ska ges en realistisk möjlighet att göra samverkan till en integrerad del av utbildningsverksamheten krävs det framför allt följande: att politiker och departement utformar ett fördelningssystem där framgångsrika samverkansinsatser inom utbildningen leder till en förstärkning av resursbasen på lärosätena; att lärosätesledningar tar tydlig ställning för samverkansfrågan i sina strategiska styrdokument och att samverkan införs i lärosätenas kvalitetssäkringssystem för utbildning, samt att lärosätena inför system för att styra och följa upp samverkan i utbildningen på lärosätesövergripande nivå; att ledningen för fakulteter, institutioner eller motsvarande omsätter lärosätets strategiska åtaganden i handlingsplaner och lokala styrdokument samt utformar system för dokumentation, styrning och uppföljning av samverkan i utbildningsprogram; att lärare samt kurs- och programansvariga inför samverkan i utbildningens styrande dokument (t.ex. kurs- och utbildningsplaner) samt i den ordinarie undervisningsverksamheten. Dessutom bör lärosätena – både gemensamt men också vart och ett för sig – införa system och karriärvägar där medarbetares insatser i det vardagliga samverkansarbetet uppmärksammas och belönas. Mot bakgrund av detta kan man konstatera att det är angeläget att lärosätenas strategiska arbete avseende utveckling och uppföljning av samverkan i utbildningen vidareutvecklas. Men, med vilka verktyg, var i verksamheten och på vilka sätt? I följande skrift samlas erfarenheter och goda exempel gjorda inom ramen för ett flerårigt lärosätesövergripande samarbetsprojekt, Samverkanssäkrade utbildningsprogram, där utgångspunkten har varit att identifiera strategier och metoder för att integrera samverkan i utbildningsprogram. Målet har varit att undersöka och beskriva hur samverkan kan vara ett medel som bidrar till att stärka utbildningens kvalitet och relevans, samt ge förslag på hur vägen till samverkanssäkrad utbildning kan se ut. Den centrala slutsatsen är att samverkan, när den är en integrerad del av utbildningen, bidrar till kvalitet och säkerställer att utbildningen blir till nytta för samhället. Det finns också andra vinster med att bedriva ett systematiskt samverkansarbete, till exempel att det leder till pedagogisk utveckling för undervisande personal, att det ökar förutsättningarna för ett utmaningsbaserat lärande med studenten i centrum, att det underlättar övergången från studier till arbetsliv, och att det möjliggör fördjupade relationer med den värld lärosätet finns i. Resan mot samverkanssäkrad utbildning är, med andra ord, mödan väl värd.Projektet Samverkanssäkrade utbildningsprogram har finansierats av  Vinnova inom programmet "Universitets och högskolors strategiska utveckling av samverkan" och är ett samarbete mellan Linköpings universitet, Malmö högskola och Umeå universitet.</p