Taxonomic resolution of the ribosomal RNA operon in bacteria: Implications for its use with long-read sequencing

DNA barcoding through the use of amplified regions of the ribosomal operon, such as the 16S gene, is a routine method to gain an overview of the microbial taxonomic diversity within a sample without the need to isolate and culture the microbes present. However, bacterial cells usually have multiple copies of this ribosomal operon, and choosing the ‘wrong’ copy could provide a misleading species classification. While this presents less of a problem for well-characterized organisms with large sequence databases to interrogate, it is a significant challenge for lesser known organisms with unknown copy number and diversity. Using the entire length of the ribosomal operon, which encompasses the 16S, 23S, 5S and internal transcribed spacer regions, should provide greater taxonomic resolution but has not been well explored. Here, we use publicly available reference genomes and explore the theoretical boundaries when using concatenated genes and the full-length ribosomal operons, which has been made possible by the development and uptake of long-read sequencing technologies. We quantify the issues of both copy choice and operon length in a phylogenetic context to demonstrate that longer regions improve the phylogenetic signal while maintaining taxonomic accuracy

Seasonality in insect abundance in the “Cerrado” of Goiás State, Brazil

Sazonalidade na abundância de insetos no Cerrado de Goiás, Brasil. Alguns estudos fornecem evidências de que os insetos tropicais possuem variação na abundância entre as estações seca e chuvosa. No Cerrado brasileiro, a alternância entre seca e chuva é particularmente evidente. O objetivo desse estudo foi avaliar se existe variação sazonal na abundância de insetos em uma área de Cerrado em Pirenópolis, Goiás, Brasil. As amostras foram coletadas quinzenalmente com armadilha luminosa, entre setembro/2005 e agosto/2006. Os insetos coletados foram separados em nível de ordem e contados. Foi realizada uma análise faunística para selecionar as ordens de insetos predominantes, uma regressão linear múltipla para verificar a relação das variáveis climáticas (temperatura e precipitação) com a abundância de insetos e uma análise circular de distribuição para se avaliar a existência de sazonalidade na abundância das ordens de insetos. Foram coletados 34.741 espécimes de insetos pertencentes a 19 ordens. As ordens com mais espécimes foram Hymenoptera (8.022), Coleoptera (6.680), Diptera (6.394), Lepidoptera (6.223), Isoptera (2.272), Hemiptera (2.240) e Trichoptera (1.967), que somaram 97,3% do total coletado. Todas as ordens, com exceção de Diptera, Isoptera e Trichoptera, apresentaram relação com temperatura, e todas as ordens com exceção de Diptera, apresentaram distribuição agrupada, com maior abundância na transição seca (setembro) e chuva (outubro/novembro). Discussão sobre a sazonalidade na abundância dos Insecta é apresentada.Seasonality in insect abundance in the “Cerrado” of Goiás State, Brazil. Many studies have provided evidence that tropical insects undergo seasonal changes in abundance and that this is partly due to alternation between the dry and rainy seasons. In the Brazilian “Cerrado” (savannah), this season alternation is particularly evident. The purpose of this work was to study the seasonal abundance of insects in a “Cerrado” area in the municipality of Pirenópolis, Goiás State, Brazil. The insects were captured fortnightly using a light trap between September 2005 and August 2006. The insects collected were separated at the order level and counted. Faunistic analysis was performed to select the predominant insect orders, a multiple linear regression to examine the relation between climatic variables (temperature and precipitation) with the abundance of insects and a circular distribution analysis to evaluate the existence of seasonality in the abundance of insect orders. A total of 34,741 insect specimens were captured, belonging to 19 orders. The orders with the greatest number of specimens were Hymenoptera (8,022), Coleoptera (6,680), Diptera (6,394), Lepidoptera (6,223), Isoptera (2,272), Hemiptera (2,240) and Trichoptera (1,967), which represent 97.3% of all the specimens collected. All the orders, except for Diptera, Isoptera and Trichoptera, showed a relationship with the climate variables (temperature), and all the orders, except for Diptera, presented a grouped distribution, with greater abundance in the transition from the end of the dry season (September) to the start of the rainy one (October/November). A discussion about seasonality on the abundance of the insects is presented

Milho geneticamente modificado e sua ação sobre a lagarta-do-cartucho e tesourinha em condições de campo

Avaliou-se o efeito do milho geneticamente modificado MON810 sobre o inseto praga Spodoptera frugiperda (J.E. Smith) e o seu predador Doru luteipes (Scudder) em condições de campo no Brasil. As avaliações foram conduzidas em campos de milho MON810, comparadas com milho convencional com e sem aplicação de inseticidas, em quatro safras na região de Barretos, SP. Foram avaliados os danos de S. frugiperda em plantas e a contagem do número de lagartas de S. frugiperda e de adultos e ninfas do predador D. luteipes em plantas de milho. Verifi cou-se uma menor porcentagem de danos de S. frugiperda e os menores números médios de lagartas (pequenas e grandes) no milho MON810. Não foram observadas diferenças (P>0,05) entre os tratamentos na abundância do predador D. luteipes em plantas de milho. A segunda época de plantio apresentou as maiores porcentagens de danos de S. frugiperda e as menores médias do número de tesourinhas coletadas. O milho MON810 foi efetivo no controle de S. frugiperda e a abundância do predador D. luteipes foi similar nos três tratamentos, em condições de campo.The effects of corn MON810 on the Spodoptera frugiperda (J.E. Smith) and the earwig Doru luteipes (Scudder) were tested under fi eld conditions in Brazil. Results from MON810 corn fi elds were compared with those fields of conventional corn with and without the application of insecticides in four harvests in the region of Barretos, SP. It was assessed the damage to S. frugiperda via direct counts of the number of fall armyworms and adults and nymphs of the predator D. luteipes on corn plants. The rate of S. frugiperda damage and the average numbers of larvae (large and small) were lower in the MON810 corn fi eld relative to the control plot. There were no differences (P>0.05) between treatments regarding the predator abundance in corn plants. The second crop season (“safrinha”) showed the greatest extent of S. frugiperda damage and the lowest average abundance of earwigs. MON810 was effective in controlling S. frugiperda and abundance of predator D. luteipes was similar in the three treatments under fi eld conditions

RESISTIVIDADE ELÉTRICA EM CONCRETO DE MISTURA PROLONGADA

Este trabalho teve como objetivo avaliar o comportamento da resistividade elétrica volumétrica e superficial em concreto endurecido proveniente de misturas prolongadas por até 8 horas, no qual foram utilizados três tipos distintos de cimentos CP II E 32, CP III 40 RS e CP V ARI. Pode-se concluir que o tipo de cimento influência nos resultados da resistividade elétrica do concreto e que quanto maior for o tempo de mistura, maior será a propensão de corrosão das armaduras protegidas pelo concreto de mistura prolongada

Effect of solarization, chemical and organic fertilization on the control of nematode on greenhouse lettuce

Os efeitos da solarização do solo associados à adubação no controle de nematóides e na produtividade da alface cultivar "Verônica" foram avaliados em solo naturalmente infestado. Dois experimentos foram conduzidos, um com e outro sem solarização, em casa de vegetação, ambos com cinco tratamentos: adubação orgânica; nitrogênio na forma amoniacal (NH4); adubação com NPK; adubação orgânica mais NPK; testemunha (sem adubação). No experimento solarizado, o solo foi coberto durante 132 dias com filme plástico transparente. A população de nematóides foi avaliada em duas camadas (0–10 cm e 10-20 cm), e as coletas de solo foram feitas em três épocas (antes da implantação do experimento; após a solarização; após a colheita). O delineamento experimental foi o de blocos ao acaso com três repetições em parcelas sub-subdivididas, com medidas no espaço e no tempo (5 adubações x 2 camadas x 3 épocas), e a comparação entre experimentos foi feita pela análise conjunta. O efeito da solarização sobre o controle de nematóides dependeu da adubação e camada do solo. A solarização reduziu a população de nematóides na camada de 0-10 cm em todos os tratamentos de adubação. A solarização associada ao NH4 reduziu a diversidade na camada de 10-20 cm. A solarização combinada às adubações orgânica, N-NH4, NPK e orgânica mais NPK reduziu de maneira eficiente o número de galhas, o número de massas de ovos e a população de nematóides fitoparasitas nas raízes, em especial de Meloidogyne spp. Solarização combinada à adubação orgânica apresenta potencial para controle de nematóides e redução do uso de agrotóxicos. ________________________________________________________________________________________ ABSTRACTThe effect of soil solarization and fertilization was evaluated for nematode control in 'Veronica' lettuce in naturally infested soil. The two greenhouse experiments consisted of five fertilization treatments: organic fertilization; ammoniacal nitrogen (ammonium sulphate); NPK fertilization; organic and NPK fertilization; control (without fertilization), in solarized and non-solarized soils. In the solarized plot the soil was covered during 132 days with transparent plastic film. The nematode populations were evaluated in two layers (010 cm and 10-20 cm) with soil collections done at three times (before solarization; after solarization; and after harvest). The experimental design was of sub-subdivided blocks plots with assessments in space and time (5 fertilization x 2 depths x 3 times). The effect of solarization on nematode control was dependent on fertilization and soil depth. Solarization reduced nematodes population at 0-10 cm depth in all the fertilization treatments. Solarization associated to ammoniacal nitrogen reduced nematode diversity at 10-20 cm depth. Solarization associated to organic, ammoniacal nitrogen, NPK and organic + NPK fertilization reduced efficiently gall numbers, egg masses number and phytoparasitic nematodes, specially Meloidogyne spp., in lettuce roots. Solarization associated to organic fertilization has a potential to be used in nematode control and to reduce pesticides application

Da crise de governabilidade à crise de legitimidade: os impactos da crise política sobre a política externa brasileira

Durante el gobierno de Dilma Rousseff, la política exterior brasileña heredó muchos elementos de la política implementada en el período anterior, pero, aun así, terminó por perder el dinamismo y la proactividad, convirtiéndose en una política reactiva. El declive no fue mayor debido a la presencia que el Ministerio de Relaciones Exteriores (MRE) poseía en los espacios multilaterales, regionales y globales, manteniendo la observancia de los principios e intereses valorados por la diplomacia brasileña. Michel Temer asumió el poder prometiendo retomar el crecimiento económico y la desideologización de la política externa, en medio de la repercusión negativa generada por el cuestionamiento de la legalidad del proceso de impeachment que destituyó a Rousseff y las innumerables acusaciones de corrupción que pesan sobre él. Con la política externa “altiva y activa” cada vez más en el pasado, Brasil ha pasado a sufrir una significativa pérdida de relevancia en el plano internacional, así como el surgimiento de disidencias dentro del propio MRE

From the governability crisis to the legitimacy crisis: the impacts of the political crisis on Brazilian foreign policy

Ao longo do governo de Dilma Rousseff, a política externa brasileira herdou muitos elementos da política implementada no período anterior, mas, ainda assim, terminou por perder dinamismo e proatividade, convertendo-se em uma política reativa. O declínio não foi maior devido à presença que o Ministério de Relações Exteriores (MRE) possuía nos espaços multilaterais regionais e globais, mantendo a observância de princípios e interesses caros à diplomacia brasileira. Michel Temer assumiu o poder prometendo a retomada do crescimento econômico e a desideologização da política externa, em meio à repercussão negativa que as contestações quanto à legalidade do processo de impeachment que havia destituído Dilma Rousseff, e as inúmeras acusações de corrupção que lhe pairavam sobre a cabeça haviam produzido. Com a política externa “altiva e ativa” ficando cada vez mais no passado, o Brasil passou a sofrer com significativa perda de relevância no plano internacional, assim como com o surgimento de dissidências dentro do próprio MRE.Durante el gobierno de Dilma Rousseff, la política exterior brasileña heredó muchos elementos de la política implementada en el período anterior, pero, aun así, terminó por perder el dinamismo y la proactividad, convirtiéndose en una política reactiva. El declive no fue mayor debido a la presencia que el Ministerio de Relaciones Exteriores (MRE) poseía en los espacios multilaterales, regionales y globales, manteniendo la observancia de los principios e intereses valorados por la diplomacia brasileña. Michel Temer asumió el poder prometiendo retomar el crecimiento económico y la desideologización de la política externa, en medio de la repercusión negativa generada por el cuestionamiento de la legalidad del proceso de impeachment que destituyó a Rousseff y las innumerables acusaciones de corrupción que pesan sobre él. Con la política externa “altiva y activa” cada vez más en el pasado, Brasil ha pasado a sufrir una significativa pérdida de relevancia en el plano internacional, así como el surgimiento de disidencias dentro del propio MRE.During the Dilma Rousseff government, the Brazilian foreign policies took many elements from the previous Brazilian presidency. However, during her government, the foreign policy of the country ends up losing its policy dynamics and proactive approach, becoming a mere reactionary policy. Greater degradation was avoided due to the presence of the Ministry of Foreign Affairs in regional and global multilateral spaces maintaining the fulfillment of the Brazilian diplomacy principles. Michel Temer assumed the power promising economic growth and the de-ideologization of Brazilian foreign policy. These promises were made in the middle of the questioned impeachment process of Rousseff and countless accusations of corruption pointing to Temer. With foreign policy “proud and active” becoming something of the past, Brazil suffered a significant loss of relevance in the international plan while dissidents emerged in the Ministry of Foreign Affairs