Um algoritmo para comparação sintatica de genomas baseado na complexidade condicional de Kolmogorov

Orientador : João MeidanisDissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Matematica, Estatistica e Computação CientificaResumo: Desde 1953, quando Natson e Crick desvendaram a estrutura do DNA (ácido desoxirribonucleico), a área de Biologia Molecular tem avançado rapidamente. Técnicas que permitem a manipulação de biomoléculas foram criadas e aperfeiçoadas desde então, gerando enormes quantidades de dados. A necessidade de processar estas informações criou um novo campo chamado de Biologia Molecular Computacional, o qual consiste em desenvolver e usar técnicas matemáticas e de computação para ajudar a resolver problemas de Biologia Molecular. Existem problemas desta área relacionados a Comparação de Genomas, que consiste, a grosso modo, em analisar e comparar seqüências de ácidos nucléicos ou aminoácidos entre espécies. A comparação de genomas busca desvendar as relações existentes entre diferentes espécies. A descoberta de genes ou porções semelhantes nos genomas pode indicar proximidade evolutiva ou regiões indispensáveis à existência da vida. Por outro lado, as diferenças podem relacionar o comportamento particular de uma espécie com uma determinada região de seu genoma. Diante destas observações, iniciamos o desenvolvimento de um algoritmo que realiza a comparação sintática de genomas baseado nos trabalhos de Li e colegas, que utilizam a Complexidade de Kolmogorov para medir a distância entre dois genomas. Ao invés de uma medida de distância, o algoritmo proposto indica as regiões similares entre genomas que são consideradas relevantes pelo critério da Complexidade Condicional de KolmogorovAbstract: Since 1953, when Watson and Crick discovered the DNA (deoxiribonucleic acid) structure, Molecular Biology has advanced quickly. Techniques were developed and improved to manipulate biomolecules since that, generating huge quantities of data. The need to process this information created a new field called Computational Molecular Biology, which consists in the development and usage of mathematical and computing techniques to solve Molecular Biology problems. There are problems in that are a related to Genome Comparison, which consists, roughly speaking, in analysis and comparison of nucleic acid or aminoacid sequences between species. Genome Comparison tries to reveal existing relationships between species. The discovery of similar genes or pieces in genomes can point out evolutionary proximity or indispensable regions for life existence. Besides, differences can relate the unique behavior of a species with some of its genome regions. Based on these observations, we start the development of an algorithm that makes sintatic genome comparison using some ideas of Li and colleagues. They work with Kolmogorov Complexity to measure the distance between two genomes. Instead of a distance measure, the proposed algorithm shows similar regions that are considered relevant by the Conditional Kolmogorov Complexity criteriaMestradoMestre em Ciência da Computaçã

Ferramenta para exportação de dados biológicos

Anais do VI Encontro de Iniciação Científica e II Encontro Anual de Iniciação ao Desenvolvimento Tecnológico e Inovação – EICTI 2017 - 04 a 06 de outubro de 2017 - temática Coências Exatas e da TerraDados biológicos envolvem uma enorme variedade de informação que representam as interações entre as espécies com o meio ambiente. Assim, existe a necessidade de organizar, armazenar e compartilhar esses dados de forma automatizada (KONTIJEVSKIS, 2007). Uma das soluções utilizadas pela comunidade técnica – cientifica foi o uso de planilhas, por exemplo planilhas Excel, banco de dados access, visando a representação desses dados, porem, essas soluções não permitem a integração dos dados, ou seja, somente eram disponíveis em um servidor e careciam de facilidade para ser lidas. Sendo assim, avanços no desenvolvimento de banco de dados biológicos que lidem com quantidades gigantescas de informação torna-se uma tarefa importante no âmbito da bioinformática (ZOU et. al., 2015)Universidade Federal da Integração Latino-Americana (Unila); Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq); Fundação Araucária; Parque Tecnológico Itaipu (PTI) e Companhia de Saneamento do Paraná (SANEPAR

Turismo e cerveja : uma análise das representações culturais cervejeiras em Pinhais/PR

Orientador : Vander ValdugaMonografia (graduação) - - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Humanas, Curso de Graduação em TurismoInclui referênciasResumo : A cerveja é uma bebida milenar, que acompanha o ser humano em diversas ocasiões de sua vida, em particular durante os momentos de interação social, comemorações e inclusive no seu ócio produtivo. A bebida, que já representou a principal fonte de carboidrato da população majoritária no Egito Antigo, há 3400 a.C. Atualmente, além do seu papel histórico, representa uma mercado de consumo bastante importante no Brasil, e isso se reflete na produção e logicamente na economia nacional. O mercado cervejeiro é praticamente dominado por grandes grupos empresariais, que definem padrões de produção focado essencialmente no lucro. Em contramão a este padrão de produção, o movimento de cervejas artesanais no Brasil vem se destacando, trazendo consigo uma produção levando em consideração, diversos critérios técnicos de qualidade, bem como uma enorme gama de simbologia e rituais que envolvem o consumo das cervejas artesanais. Os eventos agem como canais de distribuição desses produtos e incentivam a proximidade do consumidor/turista à cervejaria, tendo em vista de que é um hábito das cervejarias de Pinhais realizarem reuniões sociais próximas ao ambiente de produção, acrescentando no fator imersão da experiência em relação a cultura cervejeira, é um ambiente que reúne além dos padrões estéticos e simbólicos da tradição cervejeira artesanal. No contexto geográfico das cervejarias artesanais do município de Pinhais-PR, a representatividade na produção e na definição de pertencimento em relação à cultura cervejeira artesanal é evidente, inclusive esta, é refletida no turismo e materializada através da criação da Rota da Cerveja de Pinhais/PR. Os souvenires podem agir para definir e reforçar vínculos sociais e simbólicos entre a população, ser uma fonte de memória de determinada experiência turística em particular durante os eventos. Para analisar os referenciais simbólicos dos souvenires comercializados nas cervejaria, foi utilizada uma metodologia descritiva baseada em KOVALESKI (2008) a partir de definições de HORODYSKI et al (2014), analisando os elementos que compõe as suas características principais: Alimentos e Bebidas, Identificação, Embalagem, Transporte e Identidade. Os resultados da análise, demonstram que há pouca referência, tanto simbólica quanto direta nos produtos a cidade de Pinhais/PR além de pouca aderência por parte das cervejarias a Rota da cerveja. Para mitigar tal situação, o presente trabalho propõe a criação de um curso ministrado pelas cervejarias para a população e posteriormente o desenvolvimento de um evento para a apresentação das criações dos alunos.Abstract : Beer is a millenarian beverage that accompanies the human being on several occasions in his life, particularly during moments of social interaction, celebrations and even in his productive leisure. The beverage, which has already represented the main carbohydrate source of the majority population in Ancient Egypt, is 3400 BC. In addition to its historical role, it represents a very important consumer market in Brazil, and this is reflected in production and logically in the national economy. The brewing market is virtually dominated by large business groups, which set production standards focused primarily on profit. Contrary to this pattern of production, the movement of craft beers in Brazil has been highlighting, bringing with it a production taking into account, several technical criteria of quality, as well as a huge range of symbology and rituals that involve the consumption of craft beers. The events act as channels of distribution of these products and encourage the proximity of the consumer / tourist to the brewery, since it is a habit of the Pinhais breweries to hold social gatherings close to the production environment, adding in the experience immersion factor in relation to brewing culture, is an environment that brings together the aesthetic and symbolic standards of the traditional brewing tradition. In the geographic context of the artisanal breweries of the municipality of Pinhais-PR, the representativeness in the production and definition of belonging in relation to the craft brewing culture is evident, including this one, is reflected in the tourism and materialized through the creation of the beer route of Pinhais / PR. Souvenirs can act to define and reinforce social and symbolic ties among the population, be a source of memory for particular tourist experience during events. In order to analyze the symbolic references of souvenirs marketed in the brewery, a descriptive methodology based on KOVALESKI (2008) was used based on the definitions of HORODYSKI et al (2014), analyzing the elements that make up its main characteristics: Food and Beverage, Identification, Packaging, Transportation and Identity. The results of the analysis show that there is little reference, both symbolic and direct in the products, the city of Pinhais / PR and little adherence by the breweries to the Beer Route. To mitigate this situation, the present work proposes the creation of a course given by the breweries to the population and later the development of an event for the presentation of the students' creations

Propriedades fisico-organolépticas e bacteriológicas de carcaças de frangos tratadas por um " iodophor"

It was analyzed physical, organoleptic and bacteriological properties of processed broiler carcasses (cooled and frozen) in which it was used an iodophor at 1:1,250 dilution in the pre-cooling phase. At the same time it was determined the number of bacteria in the carcasses (total number of aerobics, coliforms and enterococcus) from the daughter to the 25th day of storage in the cooling room for periodical analysis from 5 to 5 days. The results permit to summarize the following conclusions: a) there is no depreciation of the physical and organoleptic characteristics of the treated carcasses; b) the iodophor there was no detected in the external area of the treated carcasses: c) the bacterial number of the treated carcasses it was lower than the control; d) there was no higher level of enterococcus than coliforms in the treated and control carcasses.Foram analisadas as propriedades físico-organolépticas de carcaças de frangos industrializados (resfriados e congelados), em cuja fase de pré-resfriamento utilizou-se como substância desinfetante uma solução de "iodophor" na proporção de 1:1 .250. Paralelamente, foi determinada a carga bacteriana das carcaças (número global de aeróbios, de coliformes e de enterococos), desde o dia do abate até o vigésimo quinto dia de armazenagem sob congelação, em avaliações regulares de 5 em 5 dias. Os resultados obtidos permitem sumarizar as seguintes conclusões: a) não houve depreciação das características físico-organoléticas das carraças; b ) não houve detecção do “iodophor” sobre a superfície externa das carcaças; c ) a carga microbiana das carcaças tratadas foi relativamente menor do que a das carcaças testemunhas; d ) houve supremacia numérica dos enterococos sobre os coliformes, tanto nas carcaças tratadas quanto nas testemunhas

Dynamic Geometry Collaborative: an analysis with the VMTwG environment

Este artigo analisa como os alunos interagem quando inseridos em um Ambiente Virtual de Aprendizagem (AVA) que integra as funcionalidades do GeoGebra, o Virtual Math Teams with GeoGebra (VMTwG), para a aprendizagem colaborativa de Geometria. O VMTwG permite que os alunos resolvam problemas de forma colaborativa e que o professor acompanhe o processo de construção e colaboração ocorrido durante a resolução da atividade proposta. Para analisar os processos de colaboração entre estudantes no VMTwG e a aprendizagem de conceitos geométricos, realizou-se uma pesquisa, de cunho qualitativo, com alunos do curso de Licenciatura em Matemática durante o Ensino Remoto Emergencial (ERE) na disciplina de Geometria I. As interações ocorridas no ambiente foram analisadas à luz do modelo dos cinco estágios de aprendizagem on-line, em busca de pistas que evidenciassem a aprendizagem colaborativa. Os resultados mostram que o processo de pensar junto colaborativamente proporcionou a apropriação de conceitos geométricos pelos estudantes, evidenciando ações como negociações de significados e construção compartilhada de conhecimento.This article analyzes how students interact when inserted in a Virtual Learning Environment (VLE) that integrates the Virtual Math Teams with GeoGebra (VMTwG) as features of GeoGebra (VMTwG), for the collaborative learning of Geometry. VMTwG allows students to solve problems collaboratively and for the teacher to follow the construction and collaboration process that took place during the resolution of the proposed activity. In order to analyze the collaboration processes between students at VMTwG and the learning of geometric concepts, qualitative research was carried out with undergraduate students in Mathematics during Emergency Remote Teaching in the discipline of Geometry I. Interactions in environment were analyzed in the light of the five-stage online learning model, looking for clues that would show collaborative learning. The results show that the process of thinking together collaboratively provided an appropriation of geometric concepts by students, evidencing actions such as negotiations of meanings and shared construction of knowledge.Facultad de Informátic

Dynamic Geometry Collaborative: an analysis with the VMTwG environment

Este artigo analisa como os alunos interagem quando inseridos em um Ambiente Virtual de Aprendizagem (AVA) que integra as funcionalidades do GeoGebra, o Virtual Math Teams with GeoGebra (VMTwG), para a aprendizagem colaborativa de Geometria. O VMTwG permite que os alunos resolvam problemas de forma colaborativa e que o professor acompanhe o processo de construção e colaboração ocorrido durante a resolução da atividade proposta. Para analisar os processos de colaboração entre estudantes no VMTwG e a aprendizagem de conceitos geométricos, realizou-se uma pesquisa, de cunho qualitativo, com alunos do curso de Licenciatura em Matemática durante o Ensino Remoto Emergencial (ERE) na disciplina de Geometria I. As interações ocorridas no ambiente foram analisadas à luz do modelo dos cinco estágios de aprendizagem on-line, em busca de pistas que evidenciassem a aprendizagem colaborativa. Os resultados mostram que o processo de pensar junto colaborativamente proporcionou a apropriação de conceitos geométricos pelos estudantes, evidenciando ações como negociações de significados e construção compartilhada de conhecimento.This article analyzes how students interact when inserted in a Virtual Learning Environment (VLE) that integrates the Virtual Math Teams with GeoGebra (VMTwG) as features of GeoGebra (VMTwG), for the collaborative learning of Geometry. VMTwG allows students to solve problems collaboratively and for the teacher to follow the construction and collaboration process that took place during the resolution of the proposed activity. In order to analyze the collaboration processes between students at VMTwG and the learning of geometric concepts, qualitative research was carried out with undergraduate students in Mathematics during Emergency Remote Teaching in the discipline of Geometry I. Interactions in environment were analyzed in the light of the five-stage online learning model, looking for clues that would show collaborative learning. The results show that the process of thinking together collaboratively provided an appropriation of geometric concepts by students, evidencing actions such as negotiations of meanings and shared construction of knowledge.Facultad de Informátic

Forum as an engagement strategy in the discipline of plane geometry : analysis of an experience in remote learning

Este artigo apresenta uma investigação sobre os impactos do engajamento e das interações sociais na aprendizagem de Geometria Euclidiana Plana, em atividades realizadas em fóruns no ambiente virtual de aprendizagem institucional, durante o Ensino Remoto Emergencial. Trata-se de uma pesquisa qualitativa com o objetivo de identificar evidências de desenvolvimento do pensamento geométrico e da habilidade de argumentação, além da apropriação dos recursos do software GeoGebra para apoiar a argumentação nos fóruns de discussão colaborativa disponibilizados ao longo do desenvolvimento da disciplina. Os resultados da pesquisa mostram que o engajamento nos fóruns teve impacto positivo nas construções geométricas realizadas no GeoGebra e na qualidade das demonstrações geométricas.This article presents an investigation on the impacts of engagement and social interactions on Plane Euclidean Geometry learning, in activities carried out in forums in the virtual institutional learning environment, during Emergency Remote Teaching. This is a qualitative research with the objective of identifying evidences of the development of geometric thinking and argumentation skills, in addition to the appropriation of GeoGebra software resources to support argumentation in the collaborative discussion forums made available throughout the course's development. The survey results show that the engagement in the forums had a positive impact on the geometric constructions carried out in GeoGebra and on the quality of the geometric beads

Dynamic Geometry Collaborative : an analysis with the VMTwG environment

Este artigo analisa como os alunos interagem quandoinseridos em um Ambiente Virtual de Aprendizagem (AVA) que integra as funcionalidades do GeoGebra, o Virtual Math Teams with GeoGebra (VMTwG), para a aprendizagem colaborativa de Geometria. O VMTwG permite que os alunos resolvam problemas de forma colaborativa e que o professor acompanhe o processo de construção e colaboração ocorrido durante a resolução da atividade proposta. Para analisar os processos de colaboração entre estudantes no VMTwG e a aprendizagem de conceitos geométricos, realizou-se uma pesquisa, de cunho qualitativo, com alunos do curso de Licenciatura em Matemática durante o Ensino Remoto Emergencial (ERE) na disciplina de Geometria I. As interações ocorridas no ambiente foram analisadas à luz do modelo dos cinco estágios de aprendizagem on-line, em busca de pistas que evidenciassem a aprendizagem colaborativa. Os resultados mostram que o processo de pensar junto colaborativamente proporcionou a apropriação de conceitos geométricos pelos estudantes, evidenciando ações como negociações de significados e construção compartilhada de conhecimento.This article analyzes how students interact when inserted in a Virtual Learning Environment (VLE) that integrates the Virtual Math Teams with GeoGebra (VMTwG) as features of GeoGebra (VMTwG), for the collaborative learning of Geometry. VMTwG allows students to solve problems collaboratively and for the teacher to follow the construction and collaboration process that took place during the resolution of the proposed activity. In order to analyze the collaboration processes between students at VMTwG and the learning of geometric concepts, qualitative research was carried out with undergraduate students in Mathematics during Emergency Remote Teaching in the discipline of Geometry I. Interactions in environment were analyzed in the light of the five-stage onlinelearning model, looking for clues that would show collaborative learning. The results show that the process of thinking together collaboratively provided an appropriation of geometric concepts by students, evidencing actions such as negotiations of meanings and shared construction of knowledge