Third-generation cephalosporin-resistant klebsiella pneumoniae: Does the origin matter?

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A delecção do gene TP53 e a acumulação do p53 (AB-240) são importantes na determinação do prognóstico no carcinoma urotelial da bexiga

TP53 gene deletions or mutations were related to more aggressiveness in invasive and in situ bladder tumors. However, its prognostic value in the superficial ones is not well defined. Sixty-two cases with low-grade superficial urothelial cell carcinomas (uccs) were studied. twenty-two suffered recurrence and 10 of these progressed. FiSH for TP53 detection and immunohistochemistry for p53 with both Do7 and Ab-240 antibodies were used. TP53 aberrations were suggestively related to p53 (Ab-240) positive immunoexpression (p=0.06). the 5-year recurrence-free survival was significantly lower (p= 0.002) in cases with TP53 monosomic deletion and these had a much lower 5-year progression-free survival (p= 0.075). the p53 (Ab-240) negative cases showed a significantly better outcome (p=0.04). the superficial papillary uccs with TP53 monosomic deletion or p53 Ab-240 positive immunoexpression had a poor outcome, being these surrogate biologic factors of poor prognosis. As delecções ou mutações do gene TP53 têm sido relacionadas com a maior agressividade dos carcinomas da bexiga in situ ou invasores. no entanto, o seu valor prognóstico nos tumores superficiais ainda não está definido. Foram estudados 62 tumores da bexiga superficiais e de baixo grau. Vinte e dois sofreram recorrência e 10 destes progrediram. utilizou-se o FiSH para a detecção do gene TP53 e a imunohistoquímica para a proteína p53 com os anticorpos Do7 e Ab-240. As alterações do gene TP53 relacionaram-se com a imunoexpressão positiva da p53 (Ab-240; p=0,06). A sobrevivência livre de recorrência aos 5 anos foi significativamente menor (p=0,002) nos doentes cujos tumores tinham delecção do gene TP53, tendo também uma menor sobrevivência livre de progressão (p=0,075). os doentes cujos tumores eram negativos para a p53 (Ab-240) mostraram resultados significativamente melhores (p=0,04). os doentes cujos tumores apresentavam delecção do gene TP53 ou imunoexpressão para a p53 com o anticorpo Ab-240, mostraram piores resultados, podendo estes ser potenciais marcadores biológicos de pior prognóstico

Do Klebsiella pneumoniae environmental strains maintain clinically relevant genomic and phenotypic traits?

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Carbapenem-resistant klebsiella pneumoniae clinical isolates harbouring similar conjugative plasmids

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Polyphasic characterization of carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae clinical isolates suggests vertical transmission of the blaKPC-3 gene

Carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae are a major global threat in healthcare facilities. The propagation of carbapenem resistance determinants can occur through vertical transmission, with genetic elements being transmitted by the host bacterium, or by horizontal transmission, with the same genetic elements being transferred among distinct bacterial hosts. This work aimed to track carbapenem resistance transmission by K. pneumoniae in a healthcare facility. The study involved a polyphasic approach based on conjugation assays, resistance phenotype and genotype analyses, whole genome sequencing, and plasmid characterization by pulsed field gel electrophoresis and optical DNA mapping. Out of 40 K. pneumoniae clinical isolates recovered over two years, five were carbapenem- and multidrug- resistant and belonged to multilocus sequence type ST147. These isolates harboured the carbapenemase encoding blaKPC-3 gene, integrated in conjugative plasmids of 140 kbp or 55 kbp, belonging to replicon types incFIA/incFIIK or incN/incFIIK, respectively. The two distinct plasmids encoding the blaKPC-3 gene were associated with distinct genetic lineages, as confirmed by optical DNA mapping and whole genome sequence analyses. These results suggested vertical (bacterial strain-based) transmission of the carbapenem-resistance genetic elements. Determination of the mode of transmission of antibiotic resistance in healthcare facilities, only possible based on polyphasic approaches as described here, is essential to control resistance propagation

Aspergillus Species and Antifungals Susceptibility in Clinical Setting in the North of Portugal: Cryptic Species and Emerging Azoles Resistance in A. fumigatus

Aspergillus spp. are agents of a broad-spectrum of diseases among humans. Their growing resistance to azoles, the cornerstone in the management of human aspergillosis, is a worrisome problem around the world. Considering lack of data from Portugal on this topic, particularly from the northern region, a retrospective surveillance study was planned to assess frequency of cryptic Aspergillus species and azoles resistance. A total of 227 clinical isolates, mainly from the respiratory tract (92.1%), collected from three hospitals serving a population of about three million people, were studied for their epidemiology and antifungal susceptibility patterns determined by the E.DEF.9.3 protocol of EUCAST. Employing molecular methods, seven Aspergillus complexes were identified; Aspergillus fumigatus sensu stricto was the most frequent isolate (86.7%). A 7.5% prevalence of cryptic species was found; A. welwitschiae (A. niger complex-3.1%) and A. lentulus (A. fumigatus complex-2.2%) were the most frequent. Amongst cryptic species, it was found a percentage of resistance to voriconazole, posaconazole and isavuconazole of 47.1, 82.4, and 100%, respectively. Five A. fumigatus sensu stricto showed pan-azole resistance. Sequencing their cyp51A gene revealed the presence of one isolate with TR46/Y121F/T289A mutation and two isolates with TR34/L98H mutation. This study emphasizes the need to identify strains to the species level and to evaluate their antifungal susceptibility in all human originated Aspergillus spp. isolates, particularly those from invasive aspergillosis.This work was supported by Grant IN-PT-131-1755 from Gilead Sciences.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

A delecção do gene TP53 e a acumulação do p53 (AB-240) são importantes na determinação do prognóstico no carcinoma urotelial da bexiga

TP53 gene deletions or mutations were related to more aggressiveness in invasive and in situ bladder tumors. However, its prognostic value in the superficial ones is not well defined. Sixty-two cases with low-grade superficial urothelial cell carcinomas (uccs) were studied. twenty-two suffered recurrence and 10 of these progressed. FiSH for TP53 detection and immunohistochemistry for p53 with both Do7 and Ab-240 antibodies were used. TP53 aberrations were suggestively related to p53 (Ab-240) positive immunoexpression (p=0.06). the 5-year recurrence-free survival was significantly lower (p= 0.002) in cases with TP53 monosomic deletion and these had a much lower 5-year progression-free survival (p= 0.075). the p53 (Ab-240) negative cases showed a significantly better outcome (p=0.04). the superficial papillary uccs with TP53 monosomic deletion or p53 Ab-240 positive immunoexpression had a poor outcome, being these surrogate biologic factors of poor prognosis. As delecções ou mutações do gene TP53 têm sido relacionadas com a maior agressividade dos carcinomas da bexiga in situ ou invasores. no entanto, o seu valor prognóstico nos tumores superficiais ainda não está definido. Foram estudados 62 tumores da bexiga superficiais e de baixo grau. Vinte e dois sofreram recorrência e 10 destes progrediram. utilizou-se o FiSH para a detecção do gene TP53 e a imunohistoquímica para a proteína p53 com os anticorpos Do7 e Ab-240. As alterações do gene TP53 relacionaram-se com a imunoexpressão positiva da p53 (Ab-240; p=0,06). A sobrevivência livre de recorrência aos 5 anos foi significativamente menor (p=0,002) nos doentes cujos tumores tinham delecção do gene TP53, tendo também uma menor sobrevivência livre de progressão (p=0,075). os doentes cujos tumores eram negativos para a p53 (Ab-240) mostraram resultados significativamente melhores (p=0,04). os doentes cujos tumores apresentavam delecção do gene TP53 ou imunoexpressão para a p53 com o anticorpo Ab-240, mostraram piores resultados, podendo estes ser potenciais marcadores biológicos de pior prognóstico

Drivers of genetic diversity in secondary metabolic gene clusters within a fungal species

Drivers of genetic diversity in secondary metabolic gene clusters within a fungal speciesFilamentous fungi produce a diverse array of secondary metabolites (SMs) critical for defense, virulence, and communication. The metabolic pathways that produce SMs are found in contiguous gene clusters in fungal genomes, an atypical arrangement for metabolic pathways in other eukaryotes. Comparative studies of filamentous fungal species have shown that SM gene clusters are often either highly divergent or uniquely present in one or a handful of species, hampering efforts to determine the genetic basis and evolutionary drivers of SM gene cluster divergence. Here, we examined SM variation in 66 cosmopolitan strains of a single species, the opportunistic human pathogen Aspergillus fumigatus. Investigation of genome-wide within-species variation revealed 5 general types of variation in SM gene clusters: nonfunctional gene polymorphisms; gene gain and loss polymorphisms; whole cluster gain and loss polymorphisms; allelic polymorphisms, in which different alleles corresponded to distinct, nonhomologous clusters; and location polymorphisms, in which a cluster was found to differ in its genomic location across strains. These polymorphisms affect the function of representative A. fumigatus SM gene clusters, such as those involved in the production of gliotoxin, fumigaclavine, and helvolic acid as well as the function of clusters with undefined products. In addition to enabling the identification of polymorphisms, the detection of which requires extensive genome-wide synteny conservation (e.g., mobile gene clusters and nonhomologous cluster alleles), our approach also implicated multiple underlying genetic drivers, including point mutations, recombination, and genomic deletion and insertion events as well as horizontal gene transfer from distant fungi. Finally, most of the variants that we uncover within A. fumigatus have been previously hypothesized to contribute to SM gene cluster diversity across entire fungal classes and phyla. We suggest that the drivers of genetic diversity operating within a fungal species shown here are sufficient to explain SM cluster macroevolutionary patterns.National Science Foundation (grant number DEB-1442113). Received by AR. U.S. National Library of Medicine training grant (grant number 2T15LM007450). Received by ALL. Conselho Nacional de Desenvolvimento Cientı´fico e 573 Tecnológico. Northern Portugal Regional Operational Programme (grant number NORTE-01- 0145-FEDER-000013). Received by FR. Fundação de Amparo à Pesquisa do 572 Estado de São Paulo. Received by GHG. National Institutes of Health (grant number R01 AI065728-01). Received by NPK. National Science Foundation (grant number IOS-1401682). Received by JHW. The funders had no role in study design, data collection and analysis, decision to publish, or preparation of the manuscript.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Otimização dos processos de purificação por precipitação na síntese de um API

O M.HCl é um princípio ativo sintetizado na Cipan em 7 passos, onde 4 deles incluem precipitações (Figura 1.1, página 3). Nos últimos anos tem-se estudado os passos reacionais com o intuito de diminuir a variabilidade verificada no rendimento global do processo e aumentar a qualidade do produto. Por conseguinte foi agora necessário estudar e aprimorar os passos de cristalização uma vez que estes podem ser responsáveis por diminuições significativas no rendimento do processo. Este trabalho teve assim como objetivo o estudo e otimização do 2ºPasso, 3ºPasso e o seu reprocessamento e o 5º Passo, que representam a precipitação de DOT.T, DOT.B e M.SAL, respetivamente. Para tal, foram realizados ensaios analisando a influência de alguns parâmetros do processo como o tempo de precipitação, a quantidade de ácido, a temperatura, a concentração de soluções e a velocidade de agitação, sobre o rendimento e doseamento obtido. A síntese de M.HCl é realizada em one-pot até ao final do 3ºPasso onde a DOT.B é isolada. Assim, o estudo da precipitação de DOT.T e DOT.B (2º e 3º Passos) foi realizado em simultâneo. Verificou-se que uma diminuição da quantidade de PTSA para a proporção estequiométrica de DMCT.HCl resulta numa subida de 3% no rendimento, o que pode traduzir-se numa poupança de 137 €/ ton de DMCT.HCl processada. Relativamente ao reprocessamento de DOT.B revelou-se também que a utilização da quantidade estequiométrica permitia obter um produto com a mesma qualidade. Além disto a redução do tempo de precipitação reflete-se uma subida de 2% no doseamento obtendo assim um produto com uma pureza cromatográfica de epímero de DOT quatro vezes mais baixa. Relativamente ao M.SAL os resultados dos ensaios permitiram ver que a precipitação praticamente não é afetada pelos parâmetros testados mas sim pela solução hidrogenada de minociclina e respetiva matéria-prima. Com a análise térmica foi possível detetar a sua fusão e respetiva recristalização por volta dos 175ºC

Current laboratory diagnostic methods for sickle cell disease and a novel approach : usefulness in resource-limited settings

Trabalho Final do Curso de Mestrado Integrado em Medicina, Faculdade de Medicina, Universidade de Lisboa, 2015Sickle cell disease represents a major public health problem, especially in Africa, where most of the cases occur. The characteristic feature of the condition is the occurrence of the abnormal hemoglobin S, which polymerizes. Affected individuals may display severe complications, often leading to early death. Therefore, they need to be properly identified to start a treatment as early as possible. However, currently available laboratory diagnostic methods are not feasible in resource-limited settings, since they are time-consuming, usually require expertise and expensive equipment and consumables, and do not allow point of care testing. Thus, there is an urgent need for a reliable low-cost diagnostic test. Some new approaches are under development to overcome this issue. This review summarizes existing methods and new approaches for the diagnosis of the disease and gives the background for my on-going study to use the birefringence of polymerized hemoglobin S to develop a novel diagnostic method (work in progress). An optical assay able to detect light depolarization of haemoglobin S may not only give the diagnosis, but may eventually serve as a novel clinical parameter to assess disease severity.A doença de células falciformes constitui um importante problema de saúde pública, principalmente em África, onde ocorre a maioria dos casos. Esta doença caracteriza-se pela presença de uma variante da hemoglobina normal, a hemoglobina S, que polimeriza. Estes doentes podem apresentar complicações graves, que frequementemente conduzem a morte prematura. Consequentemente, precisam de ser identificados adequadamente para iniciarem o tratamento o mais cedo possível. No entanto, os métodos diagnósticos laboratoriais disponíveis actualmente não são aplicáveis em regiões com poucos recursos, uma vez que requerem tempo, experiência e equipamentos e consumíveis caros e não permitem realizar o teste no local onde o doente é atendido. Deste modo, há uma necessidade urgente de um teste diagnóstico de baixo custo. Novos métodos estão a ser desenvolvidos para ultrapasssar este problema. Esta revisão aborda os métodos existentes e novas técnicas para o diagnóstico da doença e apresenta o meu projecto em curso de um novo método de diagnóstico utilizando a propriedade de birefringência dos polímeros de hemoglobina S (trabalho em densenvolvimento). Um método óptico capaz de detectar a depolarização da luz pela hemoglobina S poderá não só permitir o diagnóstico, mas também eventualmente constituir um novo parâmetro clínico para avaliar a gravidade da doença