The role of wild leporids as reservoirs of infectious agents

Tese de doutoramento em Ciências Veterinárias, apresentada à Universidade de Évora, 2017.Orientadora Líbia Zé-Zé e coorientadora Isabel Lopes de Carvalho, Centro de Estudos de Vetores e Doenças Infeciosas (CEVDI), Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge, Águas de Moura, Portugal.Acesso em conformidade com o repositório da UE.The European wild rabbit (Oryctolagus cuniculus) and the Iberian hare (Lepus granatensis), are keystones species in various ecosystems of the Iberian Peninsula and on the local game-based economy. This thesis aimed to investigate the rabbit haemorrhagic disease virus 2 (RHDV2), detected in Portugal in 2012 and currently disseminated in the continent and autonomous regions (Azores, Madeira, Berlengas). Given its alarming impact in the wild rabbit populations, the Portuguese Government has recently activated a plan aiming the control of the disease (Despatch 4757/2017 of May 31st). A second objective of this thesis was the epidemiological surveillance of Francisella tularensis zoonotic vector-borne pathogenic bacterium, with potential impact on Human Health. The Iberian hare is considered reservoir and potential sentinel species for this pathogen. Several methodologies were used to carry out the studies presented in this work, including basic pathology, microbiology and molecular methods. Data analysis involved the resource to phylogenetic inference, statistical programs and bioformatics (e.g. R software). This work enabled the development and validation of the first molecular diagnostic method for RHDV2, currently figuring in the OIE manual, and allowed insights into to the virus dynamic evolution in different epidemiologic and geographic contexts, widening the comprehension of RHDV2 phylogenetic relations among the strains that circulate in Portugal from 2012 until 2017. This study also made possible to ascertain the tularaemia epidemiologic situation in Portugal, confirming the role of wild leporids as reservoirs for the agent and enabling preliminary conclusions on Public Health risk in the country. Moreover, this work allowed confirming ticks as the main vectors for Francisella tularensis in Portugal. Globally, this work contributed to the state-of-the-art of both infections and produced relevant information that can be used to adjust the medical and sanitary prophylactic measures of both diseases to the present reality.Os leporídeos silvestres coelho-bravo (Oryctolagus cuniculus) e lebre ibérica (Lepus granatensis), são determinantes no equilíbrio de vários ecossistemas na Península Ibérica e, simultaneamente, espécies cinegéticas de relevante importância económica. Esta tese visou investigar o vírus da doença hemorrágica dos coelhos de tipo 2 (RHDV2), detetado em Portugal desde 2012 e atualmente disseminado no continente e arquipélagos (Açores, Madeira, Berlengas). Dado o impacto alarmante nas populações de coelho-bravo, o Governo Português ativou recentemente um plano para controlo da doença (Despacho 4757/2017 de 31 de Maio). Um segundo objetivo desta tese consistiu na epidemiovigilância da Francisella tularensis, uma bactéria patogénica zoonótica transmitida por vetores, com potencial impacto em Saúde Pública. A lebre ibérica é seu reservatório e potencial espécie sentinela. Os estudos apresentados nesta tese envolveram a utilização de metodologias clássicas de patologia, microbiologia e moleculares. Para a análise de dados produzidos recorremos, entre outros, a inferências filogenéticas, e a programas de análise estatística e bioformática (eg R software). Este trabalho permitiu o desenvolvimento e validação do primeiro método molecular de diagnóstico para RHDV2, presentemente adotado pelo manual da OIE, e contribuiu para uma compreensão da dinâmica de evolução do vírus em cenários epidemiológicos e geográficos distintos, alargando o conhecimento das relações filogenéticas entre as estirpes que circularam em Portugal entre 2012 e 2017. No que diz respeito à tularémia, este estudo permitiu aferir a situação epidemiológica da doença em Portugal, confirmando o papel dos leporideos silvestres como reservatório e possibilitando conclusões preliminares sobre o risco desta zoonose para a Saúde pública no país. Adicionalmente, permitiu confirmar que os ixodídeos são o principal vetor de F. tularensis em Portugal. Globalmente, este trabalho contribuiu para o estado-da-arte das duas infeções, e disponibilizou informação relevante para adequar o diagnóstico e a profilaxia sanitária e médica destas duas doenças à realidade atualN/

Rede Portuguesa de Laboratórios para o Diagnóstico da Gripe: inverno 2013/2014

A Rede Portuguesa de Laboratórios para o Diagnóstico da Gripe (RPLDG) integra, atualmente, 15 laboratórios maioritariamente hospitalares e é coordenada pelo Laboratório Nacional de Referência para o Vírus da Gripe (LNRVG) do Departamento de Doenças Infecciosas do Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge, I.P. A RPLDG realiza o diagnóstico laboratorial do vírus da gripe assim como de outros vírus respiratórios, permitindo um conhecimento mais preciso da etiologia das infeções respiratórias, particularmente em casos hospitalizados de infeção respiratória aguda grave, constituindo um complemento valioso para o PNVG. Os casos de SG provenientes de emergências hospitalares e casos de Infecção Respiratória Aguda Grave, incluindo casos com internamento em unidade de cuidados intensivos, foram notificados pelos laboratórios da Rede ao LNRVG. Dos 15 laboratórios da Rede, 13 notificaram casos de doença respiratória durante a época de 2013/2014. Os dados recolhidos foram inseridos em suporte informático tendo as bases de dados sido agregadas numa base de dados comum submetida a um processo de validação de congruência de dados. Os dados analisados correspondem ao período que decorreu entre a semana 38 de 2013 e a semana 21 de 2014. Foram notificados pelos Laboratórios da Rede um total de 3790 casos de infeção respiratória. O maior número de notificações foi observado no mês de janeiro e fevereiro (semanas 2/2014 a 8/2014), com um pico de ocorrência na semana 4/2014 com a notificação de 454 casos de infeção respiratória. O vírus da gripe foi detetado em 822 casos de infeção respiratória. O vírus influenza A foi identificado em 807 (98,2%) dos casos positivos, destes 403 (49,0%) pertencem ao subtipo A(H1)pdm09, 98 (12,0%) ao subtipo A(H3) e 306 (37,0%) vírus influenza A não foram subtipados. O vírus influenza B foi detetado em 14 (2,0%) casos. Foi identificada 1 infecção mista por vírus influenza A(H1)pdm09 e A(H3) (0,1%). A maior percentagem de casos de gripe foi observada em indivíduos entre os 15 e os 64 anos sendo o vírus influenza A(H1)pdm09 o predominantemente detetado. Nas crianças com menos de 4 anos o vírus influenza foi detetado numa proporção reduzida, apenas em 8,8% dos casos analisados laboratorialmente, sendo o agente mais detetado neste grupo etário, o vírus sincicial respiratório (dados não mostrados). A Rede Portuguesa de Laboratórios para o Diagnóstico da Gripe permitiu a deteção dos vírus da gripe em meio hospitalar, incluindo doentes em internamento e UCI. Os vírus influenza A foram predominantes e detetados em maior percentagem nos jovens e adultos

Aspectos metodológicos e desafios da Coorte On-line Comportamento Alimentar e Saúde Mental (COCASa) de docentes e discentes universitários durante a pandemia da COVID-19

O distanciamento social adotado para controle da COVID-19 obrigou Instituições de Ensino Superior (IES) a aderirem a novas estratégias para realização das atividades acadêmicas e muitas pesquisas passaram a ser realizadas em ambientes virtuais. O objetivo deste artigo é descrever os aspectos metodológicos e principais desafios enfrentados para a execução do projeto COCASa, um estudo de coorte on-line sobre comportamento alimentar e saúde mental de docentes e discentes de IES do Brasil. O estudo foi iniciado em julho de 2020 e acompanhará os participantes por dois anos. Adotou-se amostragem não probabilística estratificada proporcional com a utilização de escalas, de inquérito alimentar e de questões estruturadas elaboradas pela equipe do projeto. Entre os participantes do baseline, 4.074 discentes e 2.210 docentes iniciaram o questionário e, respectivamente, 76,8% e 85,1% finalizaram o preenchimento. Em ambos os grupos, a maior participação foi de mulheres (docentes: 66,7% e discentes: 76,2%) e residentes nas regiões Nordeste (docentes: 37% e discentes: 50,9%) e Sul (docentes: 27,1% e discentes: 22,5%) do Brasil. A pesquisa on-line amplia a possibilidade de recrutamento de participantes e alcança limites territoriais com menor demanda por financiamento. Durante a pandemia da COVID-19, o uso do ambiente virtual tornou-se uma estratégia viável e acessível para a manutenção das atividades de pesquisa, configurando-se como uma provável tendência a ser adotada pela comunidade científica

MAMMALS IN PORTUGAL : A data set of terrestrial, volant, and marine mammal occurrences in P ortugal

Mammals are threatened worldwide, with 26% of all species being includedin the IUCN threatened categories. This overall pattern is primarily associatedwith habitat loss or degradation, and human persecution for terrestrial mam-mals, and pollution, open net fishing, climate change, and prey depletion formarine mammals. Mammals play a key role in maintaining ecosystems func-tionality and resilience, and therefore information on their distribution is cru-cial to delineate and support conservation actions. MAMMALS INPORTUGAL is a publicly available data set compiling unpublishedgeoreferenced occurrence records of 92 terrestrial, volant, and marine mam-mals in mainland Portugal and archipelagos of the Azores and Madeira thatincludes 105,026 data entries between 1873 and 2021 (72% of the data occur-ring in 2000 and 2021). The methods used to collect the data were: live obser-vations/captures (43%), sign surveys (35%), camera trapping (16%),bioacoustics surveys (4%) and radiotracking, and inquiries that represent lessthan 1% of the records. The data set includes 13 types of records: (1) burrowsjsoil moundsjtunnel, (2) capture, (3) colony, (4) dead animaljhairjskullsjjaws, (5) genetic confirmation, (6) inquiries, (7) observation of live animal (8),observation in shelters, (9) photo trappingjvideo, (10) predators dietjpelletsjpine cones/nuts, (11) scatjtrackjditch, (12) telemetry and (13) vocalizationjecholocation. The spatial uncertainty of most records ranges between 0 and100 m (76%). Rodentia (n=31,573) has the highest number of records followedby Chiroptera (n=18,857), Carnivora (n=18,594), Lagomorpha (n=17,496),Cetartiodactyla (n=11,568) and Eulipotyphla (n=7008). The data setincludes records of species classified by the IUCN as threatened(e.g.,Oryctolagus cuniculus[n=12,159],Monachus monachus[n=1,512],andLynx pardinus[n=197]). We believe that this data set may stimulate thepublication of other European countries data sets that would certainly contrib-ute to ecology and conservation-related research, and therefore assisting onthe development of more accurate and tailored conservation managementstrategies for each species. There are no copyright restrictions; please cite thisdata paper when the data are used in publications.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Mammals in Portugal: a data set of terrestrial, volant, and marine mammal occurrences in Portugal

Mammals are threatened worldwide, with ~26% of all species being included in the IUCN threatened categories. This overall pattern is primarily associated with habitat loss or degradation, and human persecution for terrestrial mammals, and pollution, open net fishing, climate change, and prey depletion for marine mammals. Mammals play a key role in maintaining ecosystems functionality and resilience, and therefore information on their distribution is crucial to delineate and support conservation actions. MAMMALS IN PORTUGAL is a publicly available data set compiling unpublished georeferenced occurrence records of 92 terrestrial, volant, and marine mammals in mainland Portugal and archipelagos of the Azores and Madeira that includes 105,026 data entries between 1873 and 2021 (72% of the data occurring in 2000 and 2021). The methods used to collect the data were: live observations/captures (43%), sign surveys (35%), camera trapping (16%), bioacoustics surveys (4%) and radiotracking, and inquiries that represent less than 1% of the records. The data set includes 13 types of records: (1) burrows | soil mounds | tunnel, (2) capture, (3) colony, (4) dead animal | hair | skulls | jaws, (5) genetic confirmation, (6) inquiries, (7) observation of live animal (8), observation in shelters, (9) photo trapping | video, (10) predators diet | pellets | pine cones/nuts, (11) scat | track | ditch, (12) telemetry and (13) vocalization | echolocation. The spatial uncertainty of most records ranges between 0 and 100 m (76%). Rodentia (n =31,573) has the highest number of records followed by Chiroptera (n = 18,857), Carnivora (n = 18,594), Lagomorpha (n = 17,496), Cetartiodactyla (n = 11,568) and Eulipotyphla (n = 7008). The data set includes records of species classified by the IUCN as threatened (e.g., Oryctolagus cuniculus [n = 12,159], Monachus monachus [n = 1,512], and Lynx pardinus [n = 197]). We believe that this data set may stimulate the publication of other European countries data sets that would certainly contribute to ecology and conservation-related research, and therefore assisting on the development of more accurate and tailored conservation management strategies for each species. There are no copyright restrictions; please cite this data paper when the data are used in publications

Deteção de Francisella tularensis pela reação de polimerase em cadeia em tempo real com sondas Taqman

Deteção de Francisella tularensis pela reação de polimerase em cadeia em tempo real com sondas Taqman In: Abordagens Moleculares em Veterinária, cap.2

Screening of mosquitoes as vectores of F. tularensis in Portugal

Background: Francisella tularensis subsp. holartica is the etiologic agent of type B tularemia, an emergent zoonosis that occurred recently in Portugal´s neighboring country Spain, where there was an outbreak in 2007.(1) This fact has propelled the research of this pathogen in Portugal. Mosquitoes Culex spp. and Aedes spp. are considered important vectors of the pathogen in Sweden(2) but in Portugal the presence of F. tularensis subsp. holartica in mosquitoes has never been investigated. Materials and Methods and Materials: In this work wWe investigated the presence of F. tularensis subsp. holartica in 68 pools of mosquitoes with a total of 1373 mosquitos Culex spp., which were captured during the year of 2011 in the North of Portugal and in Alentejo, covering border areas with Spain Spanish affected regions. We also investigated 143 female mosquitoes of the genera Culex spp., Anopheles spp., Culiseta spp., Ochlerotatus spp. and Aedes spp. captured during 2011 all over the national territory. In the total,For the we studied 1516 mosquitos investigated for the presence of F. tularensis subsp. Holartica the distribution was as fallows: of which 97,8% Culex spp. (97,8%)., 0,5% Anopheles spp. (0,5%)., 0,5% Culiseta spp. (0,5%), 0,9% Ochlerotatus spp. (0,9%) and 0,4% Aedes spp. (0,4%) We usedA convenctional PCR for Francisella sp. was used for the specific partial amplification of tul4 gene in mosquito samples screening and the results were evaluated by gel electrophoresis. All samples that amplified fragments with the expected size were analyzed by sequencing sequenced. Results: (Until the moment, all samples investigated had were negative results for the presence of F. tularensis subs. holartica.

A real time Taqman RT-PCR for the detection of rabbit hemorrhagic disease virus 2 (RHDV2)

A specific real time RT-PCR for the detection of RHDV2 was developed and validated using RHDV and RHDV2 RNA preparations from positive field samples. The system was designed to amplify a 127 nucleotide-long RNA region located within the vp60 gene, based on the alignment of six sequences originated in Portugal, obtained in our laboratory, and 11 sequences from France and Italy. The primers and probe target sequences are highly conserved in the vast majority of the RHDV2 sequences presently known. In the sequences showing variability, only one mismatch is found per strain, usually outlying the 3′ end of the primer or probe hybridization sequences. The specificity of the method was demonstrated in vitro with a panel of common rabbit pathogens. Standardization was performed with RNA transcripts obtained from a recombinant plasmid harboring the target sequence. The method was able to detected nine RNA molecules with an efficiency of 99.4% and a R2 value of 1. Repeatability and reproducibility of the method were very high, with coefficients of variation lower than 2.40%. The assay was proven a valuable tool to diagnose most of RDVH2 circulating strains, and may be also useful to monitor viral loads, and consequently, disease progression and vaccination efficacy