Data mining identifies novel RNA-binding proteins involved in colon and rectal carcinomas

Colorectal adenocarcinoma (COREAD) is the second most deadly cancer and third most frequently encountered malignancy worldwide. Despite efforts in molecular subtyping and subsequent personalized COREAD treatments, multidisciplinary evidence suggests separating COREAD into colon cancer (COAD) and rectal cancer (READ). This new perspective could improve diagnosis and treatment of both carcinomas. RNA-binding proteins (RBPs), as critical regulators of every hallmark of cancer, could fulfill the need to identify sensitive biomarkers for COAD and READ separately. To detect new RBPs involved in COAD and READ progression, here we used a multidata integration strategy to prioritize tumorigenic RBPs. We analyzed and integrated 1) RBPs genomic and transcriptomic alterations from 488 COAD and 155 READ patients, 2) ∼ 10,000 raw associations between RBPs and cancer genes, 3) ∼ 15,000 immunostainings, and 4) loss-of-function screens performed in 102 COREAD cell lines. Thus, we unraveled new putative roles of NOP56, RBM12, NAT10, FKBP1A, EMG1, and CSE1L in COAD and READ progression. Interestingly, FKBP1A and EMG1 have never been related with any of these carcinomas but presented tumorigenic features in other cancer types. Subsequent survival analyses highlighted the clinical relevance of FKBP1A, NOP56, and NAT10 mRNA expression to predict poor prognosis in COREAD and COAD patients. Further research should be performed to validate their clinical potential and to elucidate their molecular mechanisms underlying these malignancies

Cerebral venous system anatomy. Imaging findings

El sistema venoso cerebral se divide en tres grandes grupos: sistema venoso profundo, superficial y senos durales. Se empieza a desarrollar a partir de la sexta semana de gestación y culmina su formación cerca de la semana 16. Es importante reconocer la anatomía venosa del cerebro en las diferentes modalidades diagnósticas, a fin de identificar las estructuras y territorios vasculares venosos del parénquima cerebral, con el propósito de interpretar adecuadamente las imágenes y realizar la correlación clínica al momento de enfrentarse a un paciente con patología cerebral de etiología venosa.Cerebral venous system is divided into three main groups: deep venous system, superficial venous system and dural sinuses. Its development begins from sixth week of gestation and finishes its formation around 16th week. It is important to recognize brain venous anatomy throughout different diagnostic modalities to identify venous vascular structures and territories of the cerebral parenchyma, in order to properly interpret the images and perform clinical correlation for patients with cerebral pathology of venous etiolog

Cytogenetic and genomic analysis of a patient with turner syndrome and t(2;12): a case report

Background: Turner syndrome is a genetic disorder that afects women. It is caused by an absent or incomplete X chromosome, which can be presented in mosaicism or not. There are 12 cases of Turner syndrome patients who present structural alterations in autosomal chromosomes. Case presentation: The present case report describes a patient with a reciprocal, maternally inherited translocation between chromosomes 2 and 12 with a mosaicism of X monosomy 45,X,t(2;12)(p13;q24)[95]/46,XX,t(2;12)(p13;q24) [5]. Through genetic mapping arrays, altered genes in the patient were determined within the 23 chromosome pairs. These genes were associated with the patient’s clinical features using a bioinformatics tool Conclusion: To our knowledge, this is the frst case in which a translocation (2;12) is reported in a patient with Turner syndrome and confrmed by conventional cytogenetics, FISH and molecular genetics. Clinical features of our patient are closely related with the loss of one X chromosome, however mild intellectual disability can be likely explained by autosomal genes. The presence of familial translocations was a common fnding, thus emphasizing the need for familiar testing for further genetic counselling

A Quick Guide for Using Microsoft Onenote as an Electronic Laboratory Notebook

[Abstract] Scientific data recording and reporting systems are of a great interest for endorsing reproducibility and transparency practices among the scientific community. Current research generates large datasets that can no longer be documented using paper lab notebooks (PLNs). In this regard, electronic laboratory notebooks (ELNs) could be a promising solution to replace PLNs and promote scientific reproducibility and transparency. We previously analyzed five ELNs and performed two survey-based studies to implement an ELN in a biomedical research institute. Among the ELNs tested, we found that Microsoft OneNote presents numerous features related to ELN best functionalities. In addition, both surveyed groups preferred OneNote over a scientifically designed ELN (PerkinElmer Elements). However, OneNote remains a general note-taking application and has not been designed for scientific purposes. We therefore provide a quick guide to adapt OneNote to an ELN workflow that can also be adjusted to other nonscientific ELNs

Actualización en metodología de la investigación científica

La investigación es un proceso organizado y sistemático, que tiene como finalidad resolver problemas de la realidad que circunda al ser humano. Los autores de esta obra siguen de forma muy cercana este postulado y analizan detalladamente los diferentes elementos que envuelven la pasión de investigar. El libro parte con dilemas epistemológicos hasta llegar a los métodos mixtos de la investigación. Estamos seguros que, con esta propuesta bibliográfica, se solucionarán muchas dudas en torno al proceso investigativo y, de seguro, en futuras obras, los autores seguirán aportando con respuestas sobre este fascinante mundo científico.Universidad Tecnológica Indoaméric

USO DE MICROSOFT ONENOTE COMO CUADERNO ELECTRÓNICO DE LABORATORIO

Los sistemas de registro y de reporte de datos son de gran interés, puesto que respaldan la reproducibilidad y transparencia científica. La investigación actual genera una gran cantidad de datos que ya no se pueden documentar utilizando cuadernos de laboratorio de papel (CLP). Los cuadernos electrónicos de laboratorio (CEL) podrían ser una solu-ción prometedora para reemplazar los CLP y promover la reproducibilidad científica y su transparencia. Anteriormente analizamos cinco CEL y realizamos dos encuestas para implementar un CEL en un instituto de investigación biomédica. Entre los CEL proba-dos, encontramos que Microsoft OneNote presenta numerosas características relacio-nadas con las mejores funcionalidades del CEL. Además, ambos grupos encuestados prefirieron OneNote sobre un CEL científico (Elements de PerkinElmer). Sin embargo, OneNote es una aplicación general para tomar notas que no ha sido diseñada para fi-nes científicos. Por lo tanto, en este trabajo proporcionamos varias pautas para adaptar OneNote a un flujo de trabajo experimental

In silico Analyses of Immune System Protein Interactome Network, Single-Cell RNA Sequencing of Human Tissues, and Artificial Neural Networks Reveal Potential Therapeutic Targets for Drug Repurposing Against COVID-19

Background: There is pressing urgency to identify therapeutic targets and drugs that allow treating COVID-19 patients effectively.Methods: We performed in silico analyses of immune system protein interactome network, single-cell RNA sequencing of human tissues, and artificial neural networks to reveal potential therapeutic targets for drug repurposing against COVID-19.Results: We screened 1,584 high-confidence immune system proteins in ACE2 and TMPRSS2 co-expressing cells, finding 25 potential therapeutic targets significantly overexpressed in nasal goblet secretory cells, lung type II pneumocytes, and ileal absorptive enterocytes of patients with several immunopathologies. Then, we performed fully connected deep neural networks to find the best multitask classification model to predict the activity of 10,672 drugs, obtaining several approved drugs, compounds under investigation, and experimental compounds with the highest area under the receiver operating characteristics.Conclusion: After being effectively analyzed in clinical trials, these drugs can be considered for treatment of severe COVID-19 patients. Scripts can be downloaded at

5to. Congreso Internacional de Ciencia, Tecnología e Innovación para la Sociedad. Memoria académica

El V Congreso Internacional de Ciencia, Tecnología e Innovación para la Sociedad, CITIS 2019, realizado del 6 al 8 de febrero de 2019 y organizado por la Universidad Politécnica Salesiana, ofreció a la comunidad académica nacional e internacional una plataforma de comunicación unificada, dirigida a cubrir los problemas teóricos y prácticos de mayor impacto en la sociedad moderna desde la ingeniería. En esta edición, dedicada a los 25 años de vida de la UPS, los ejes temáticos estuvieron relacionados con la aplicación de la ciencia, el desarrollo tecnológico y la innovación en cinco pilares fundamentales de nuestra sociedad: la industria, la movilidad, la sostenibilidad ambiental, la información y las telecomunicaciones. El comité científico estuvo conformado formado por 48 investigadores procedentes de diez países: España, Reino Unido, Italia, Bélgica, México, Venezuela, Colombia, Brasil, Estados Unidos y Ecuador. Fueron recibidas un centenar de contribuciones, de las cuales 39 fueron aprobadas en forma de ponencias y 15 en formato poster. Estas contribuciones fueron presentadas de forma oral ante toda la comunidad académica que se dio cita en el Congreso, quienes desde el aula magna, el auditorio y la sala de usos múltiples de la Universidad Politécnica Salesiana, cumplieron respetuosamente la responsabilidad de representar a toda la sociedad en la revisión, aceptación y validación del conocimiento nuevo que fue presentado en cada exposición por los investigadores. Paralelo a las sesiones técnicas, el Congreso contó con espacios de presentación de posters científicos y cinco workshops en temáticas de vanguardia que cautivaron la atención de nuestros docentes y estudiantes. También en el marco del evento se impartieron un total de ocho conferencias magistrales en temas tan actuales como la gestión del conocimiento en la universidad-ecosistema, los retos y oportunidades de la industria 4.0, los avances de la investigación básica y aplicada en mecatrónica para el estudio de robots de nueva generación, la optimización en ingeniería con técnicas multi-objetivo, el desarrollo de las redes avanzadas en Latinoamérica y los mundos, la contaminación del aire debido al tránsito vehicular, el radón y los riesgos que representa este gas radiactivo para la salud humana, entre otros