A call for benchmarking transposable element annotation methods.

International audienceDNA derived from transposable elements (TEs) constitutes large parts of the genomes of complex eukaryotes, with major impacts not only on genomic research but also on how organisms evolve and function. Although a variety of methods and tools have been developed to detect and annotate TEs, there are as yet no standard benchmarks-that is, no standard way to measure or compare their accuracy. This lack of accuracy assessment calls into question conclusions from a wide range of research that depends explicitly or implicitly on TE annotation. In the absence of standard benchmarks, toolmakers are impeded in improving their tools, annotators cannot properly assess which tools might best suit their needs, and downstream researchers cannot judge how accuracy limitations might impact their studies. We therefore propose that the TE research community create and adopt standard TE annotation benchmarks, and we call for other researchers to join the authors in making this long-overdue effort a success

Abdominal Surgery in Patients With Idiopathic Noncirrhotic Portal Hypertension: A Multicenter Retrospective Study

In patients with idiopathic noncirrhotic portal hypertension (INCPH), data on morbidity and mortality of abdominal surgery are scarce. We retrospectively analyzed the charts of patients with INCPH undergoing abdominal surgery within the Vascular Liver Disease Interest Group network. Forty‐four patients with biopsy‐proven INCPH were included. Twenty‐five (57%) patients had one or more extrahepatic conditions related to INCPH, and 16 (36%) had a history of ascites. Forty‐five procedures were performed, including 30 that were minor and 15 major. Nine (20%) patients had one or more Dindo‐Clavien grade ≥ 3 complication within 1 month after surgery. Sixteen (33%) patients had one or more portal hypertension–related complication within 3 months after surgery. Extrahepatic conditions related to INCPH (P = 0.03) and history of ascites (P = 0.02) were associated with portal hypertension–related complications within 3 months after surgery. Splenectomy was associated with development of portal vein thrombosis after surgery (P = 0.01). Four (9%) patients died within 6 months after surgery. Six‐month cumulative risk of death was higher in patients with serum creatinine ≥ 100 μmol/L at surgery (33% versus 0%, P < 0.001). An unfavorable outcome (i.e., either liver or surgical complication or death) occurred in 22 (50%) patients and was associated with the presence of extrahepatic conditions related to INCPH, history of ascites, and serum creatinine ≥ 100 μmol/L: 5% of the patients with none of these features had an unfavorable outcome versus 32% and 64% when one or two or more features were present, respectively. Portal decompression procedures prior to surgery (n = 10) were not associated with postoperative outcome. Conclusion: Patients with INCPH are at high risk of major surgical and portal hypertension–related complications when they harbor extrahepatic conditions related to INCPH, history of ascites, or increased serum creatinine

Pour un développement réfléchi des contenus relatifs à la littéracie numérique dans le secondaire supérieur. Comparaison des systèmes scolaires belge francophone et états-unien sous l’angle de la didactique de l’écrit :apports théoriques, pratiques de terrain et analyse de dispositifs didactiques

La présente recherche doctorale porte sur une comparaison des systèmes scolaires belge francophone et états-unien sous l’angle de la didactique de l’écrit. Elle vise au développement réfléchi des contenus relatifs à la littéracie numérique dans le secondaire supérieur. La première partie est consacrée à l’analyse des contextes sociohistoriques et politiques des deux pays étudiés. La seconde partie établit les cadrages théoriques et modèles d’analyse mobilisés. La troisième partie étudie les préconisations internationales et les prescrits nationaux. Elle cible plus particulièrement l’État du Massachusetts et la Fédération Wallonie-Bruxelles. La quatrième partie dresse un état des lieux des pratiques des élèves sur la base d’enquêtes existantes menées à grande échelle ainsi que d’un recueil de données au sein de nos classes. Une posture de praticienne-chercheuse est adoptée au fil du l’étude. Elle prend ensuite en compte les perceptions et pratiques des enseignants. Enfin, après un inventaire non exhaustif des ressources existantes, quelques dispositifs didactiques sont observés et discutés en vue de soutenir une intégration réfléchie des technologies en classe et le travail des savoirs et compétences littéraciques des apprenants.Doctorat en Langues, lettres et traductologieinfo:eu-repo/semantics/nonPublishe

Acculturation nécessaire à la littéracie numérique : quels accompagnements fournir sur la base des profils des élèves ?

Du point de vue d'une praticienne chercheuse, cette recherche questionne l'inclusion du numérique en classe de français lors des deux dernières années du cycle secondaire et interroge l'accompagnement des apprenants au, pour et avec le numérique en comparant les systèmes scolaires états-unien et belge francophone dont les prescrits établissent désormais explicitement les objectifs et compétences visés. Plusieurs points émergent quant à l'utilisation du numérique et son accompagnement en classe. Tout d'abord, la nécessité de formation des enseignants au numérique et son utilisation pédagogique. Cela implique une posture orientée vers l'autonomie et la curiosité, notamment vis-à-vis des ressources existantes et de leur utilisation. L'enseignant doit en outre se dégager des préjugés associés au concept de Digital Natives, car si les jeunes sont hyperconnectés, cela n'empêche pas un besoin d'accompagnement pour parvenir à une utilisation efficace des ressources existantes en ligne. Enfin, la première étape à envisager serait de s'intéresser au profil des apprenants dans leurs usages numériques pour aiguiller l'enseignant sur les enjeux, problématiques et besoins que soulèvent l'inclusion des technologies pour parvenir aux objectifs attendus dans les prescrits tout en établissant un suivi adapté.By comparing the US and the French-speaking Belgian school systems whose prescriptions now explicitly set out the objectives and skills targeted for digital literacy, our research examines the digital inclusion in English Language and Art (ELA)/French classes during the last two years of high school (respectively named the fifth and sixth secondary grade in Belgium and K11 and K12 in the US), and questions the support of learners in, for and with digital media. Several points emerge regarding the use of digital technology and how it should be introduced and accompanied in the classroom. First of all rises the need for professional development from the teachers. This implies a teaching attitude autonomy- and curiosity- oriented, especially with regards to the existing online resources and their use. The teachers must also try to avoid the prejudices resulting from the concept of "Digital Natives", because even though teenagers might be hyper-connected, there is still a need to guide them with digital support to ensure the most efficient and intelligent use of online resources. Finally, the first step to consider would be to look at the profile of learners in their digital uses to guide teachers on issues, possibilities and needs raised by the inclusion of technologies to achieve the objectives expected while establishing adapted follow-up

Médecines alternatives et syndrome du côlon irritable (intérêt de la phyto-aromathérapie et de la supplémentation nutritionnelle)

Le syndrome de l'intestin irritable (SII) est l'une des pathologies gastro-intestinales les plus fréquentes. Même si l'origine du SII n'est pas encore entièrement élucidée, on sait d'ores et déjà que plusieurs facteurs sont en cause. Les symptômes sont multiples et varient selon les individus. Ce polymorphisme rend le traitement bien difficile. A ce jour, les traitements allopathiques ne sont pas réellement efficaces, ils visent essentiellement à soulager les symptômes et non pas traiter les causes. Les médecines alternatives, quant à elles, tentent davantage de cibler les causes du SII. Vu le nombre de données disponibles sur le sujet, il serait intéressant de les mettre à profit afin que la phyto-aromathérapie et la supplémentation nutritionnelle trouvent leur place dans l'arsenal thérapeutique du SII.Irritable bowel syndrome (IBS) is one of the most common gastro-intestinal disorders. Although the origin of IBS is not yet fully known, we are aware that several factors are involved. The symptoms are numerous and vary among individuals. This polymorphism makes treatment difficult. To date, the allopathic treatments are not extremely effective, they are essentially aimed at relieving symptoms rather than treating the cause. Alternative medicine more attempts to target the causes of IBS. Considering the amount of available data on the subject, the phyto-aromatherapy and nutritional supplementation could find a place in the treatment of IBS.LYON1-BU Santé (693882101) / SudocRENNES1-BU Santé (352382103) / SudocSudocFranceF

Solving genetic heterogeneity in extended families by identifying sub-types of complex diseases

Familial dependence, Pedigree peeling, Triplet-transmission probability, Latent class model,

Cours préparatoires. Pratique des discours universitaires :cours de français et de méthodologie

info:eu-repo/semantics/publishe

Effects of waterlogging levels on Holcus lanatus response traits in different created topsoils

International audienc

Pour enseigner le français en quatrième :variations autour des UAA et des savoirs dans l'enseignement secondaire de transition

info:eu-repo/semantics/publishe

Impact de l'addition de Rhamnolipide dans un sol dopé avec du Phénanthrène (PHE) : adsorption, dégradation et bactéries impliquées.

International audienc