Associativismo Juvenil Enquanto Estratégia de Integração Social:

Na Guiné-Bissau, o ímpeto associativo juvenil coincidiu com a institucionalização das reivindicações sindicais, transformando estes actores e as suas organizações numa massa de defesa de novas formas de integração social, o que teve como impacto a integração de grupos de jovens excluídos e em vias de marginalização em Associações, resultado de uma má interpretação do conceito da liberalização política pelo Estado. A inquietude social perante os problemas e necessidades sociais dos jovens e a vontade pela transformação da realidade, foram bases que os assistiram, associado a existência duma forte motivação pelo trabalho comunitário. Este facto obrigou o governo pela primeira vez a ensaiar a elaboração duma política nacional de juventude. Mas a institucionalização precoce do movimento reivindicativo juvenil teve um carácter reflexivo inibidor, pois, contribuiu para obstaculizar a formação de verdadeiros movimentos sociais, assistindo-se a uma degradação do ímpeto inicial, transformando-as num espaço de disputas, monotonias, alienação político-partidária. Esta comunicação visa perceber em que medida esses jovens conseguiram construir bases para a sua integração na sociedade, sem perder de vista o empoderamento das suas estruturas e dos seus membros, e por outro lado, contribuir para o bem-estar social

Tissue donation context in Portugal: defining a strategy for improvement

The scarcity of tissue available for transplantation is a problem all over the world, especially in Portugal, as demand exceeds the available supply. In this context the central problem of this work is to know how the current context of chronic shortage of tissues available for transplantation can be improved. Therefore, the objective of this work is to contribute to the understanding of the problem of tissue donation and to define strategies to improve the context of shortage of tissues available for transplantation in Portugal. Methodology: On this research, a qualitative methodology was used with a systematic and consistent literature review, interviews with experts, informal meetings, nonparticipative observations, applications for official data and search in institutional websites, bibliographic databases and governmental websites. For a more objective analysis of the donation processes in Portugal, its gaps and problems, the content analysis method was used to analyze 6 semi-formal interviews. This analysis had the support of TROPES® software, versions 8.4 and 7.2. The SWOT analysis summarized all the information in order to facilitate the understanding of the context and establish possible strategies for improvement. Results: The content analysis results showed that economic restrains are leading to a policy of cost control and an institutional-based policy limiting the development of new and more efficient procedures. Results highlight the importance of a centralized system to fight the clear lack of resources in Portugal. The Spanish paradigm may be used to improve the current Portuguese model in order to increase its efficiency and effectiveness. Conclusions: It’s very important to optimize the few resources allocated to the activity and perform regulation updates to provide the foundation necessary on which to build a centralized and more efficient system.A escassez de tecidos disponíveis para transplantação é um problema em todo o Mundo, nomeadamente em Portugal, pois a procura excede a oferta disponível. Neste contexto a problemática central deste trabalho consiste em saber como pode ser melhorado o contexto atual de escassez crónica de tecidos disponíveis para transplantação. Portanto, o objetivo deste trabalho é contribuir para a compreensão da problemática da doação de tecidos e definir estratégias para melhorar o contexto de escassez de tecidos disponíveis para transplantação em Portugal. Metodologia: Neste estudo foi utilizada uma metodologia qualitativa com recurso a uma revisão sistemática e consistente da literatura, entrevistas com especialistas, reuniões informais, observações não participativas, pedidos de dados oficiais e pesquisa em sites institucionais, bases de dados bibliográficas e sites governamentais. Para uma análise mais objetiva dos processos de doação em Portugal, das suas lacunas e problemas, foi utilizado o método de análise de conteúdo para a análise de 6 entrevistas semiformais. Esta análise foi efetuada com o apoio do software TROPES® versões 8.4 e 7.2. A análise SWOT foi utilizada para integrar toda a informação de forma a facilitar a compreensão do contexto e estabelecer possíveis estratégias de melhoria. Resultados: Os resultados da análise revelaram que as restrições económicas estão a levar a uma política de controlo de custos e a uma política institucional que limita o desenvolvimento de procedimentos novos e mais eficientes. Os resultados destacam a importância de um sistema centralizado para combater a clara falta de recursos em Portugal. O paradigma Espanhol poderá servir de para melhorar o modelo Português atual no sentido de aumentar a sua eficiência e eficácia. Conclusões: É importante otimizar os poucos recursos alocados para a atividade e realizar atualizações de regulamentos para fornecer a base necessária para construir um sistema centralizado e mais eficiente

Alternative splicing detection across different tissues in cork oak

Tese de mestrado, Bioinformática e Biologia Computacional (Bioinformática) Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2017As florestas de sobreiro (Quercus suber L.) são recursos únicos e emblemáticos em Portugal, com elevado impacto económico, ecológico e social. A disponibilidade recente da sequência do genoma de sobreiro forneceu um importante contributo para revitalizar a pesquisa em temas como desenvolvimento de cortiça e melhoramento da planta, assim como promover a competitividade da indústria da cortiça. No entanto, é ainda necessário adicionar mais detalhe à anotação estrutural do genoma, nomeadamente ao nível dos transcritos, incluindo previsão de eventos de splicing alternativo. O splicing alternativo (AS) é um processo usado durante a expressão génica que origina diferentes variantes de transcritos (isoformas) e produtos proteicos a partir um único gene. No presente estudo, procedemos à análise de dezasseis bibliotecas de RNA-seq, preparadas a partir de quatro tecidos de sobreiro (folhas, felema, entrecasco e xilema), de modo a prever novas formas de AS para genes já previstos e melhorar a anotação estrutural do genoma. Um protocolo bioinformático foi definido para testar o desempenho do software HISAT2 e STAR para mapeamento de reads de RNAseq no genoma de referência, e do software Cufflinks e StringTie para (re)construção de transcritos. O alinhamento de reads no genoma efetuado com STAR resultou em taxas de mapeamento (de 84,22% a 86,86%) superiores aos resultados atingidos com HISAT2 (73,88% a 76,55%). Assim, os resultados de mapeamento com STAR foram utilizados para a (re)construção de transcritos. O uso do StringTie para este processo foi globalmente mais conservador do que com Cufflinks, gerando menos transcritos novos, mas com melhor cobertura de reads por pares de base. Para melhorar a precisão da anotação e reduzir falsos positivos, foi realizado um passo adicional de otimização com StringTie. Desta otimização resultou uma anotação que prevê a ocorrência de 7 958 novos transcritos (8% dos transcritos totais), dos quais 5 453 são novas isoformas para genes previstos na anotação de referência. Esta nova anotação foi utilizada como referência para estimar a abundância dos transcritos em cada um dos tecidos estudados e efetuar a análise de expressão diferencial. Cerca de 16% de todos os genes expressos nos quatro tecidos e que contêm intrões apresentaram splicing alternativo, e os principais eventos de splicing foram alternative acceptor site e intron retention. Grupos de transcritos com expressão diferencial entre os quatro tecidos foram identificados e a análise de enriquecimento funcional confirmou os principais processos biológicos esperados para cada tecido: os transcritos mais expressos nas folhas e no xilema estavam relacionados com a fotossíntese e com transporte, respetivamente; transcritos mais expressos na periderme (felema e entrecasco) mostraram um enriquecimento em categorias funcionais relacionadas com a síntese de suberina e outros componentes de parede celular presentes nas células de cortiça. Estes grupos específicos mostraram também um enriquecimento em transcritos envolvidos na resposta ao stresse (biótico ou abiótico). Nos tecidos que compõem a periderme, este enriquecimento foi observado principalmente no entrecasco, enquanto que no felema foi detetado um enriquecimento em transcritos envolvidos no metabolismo secundário. A presente tese permitiu a definição de um protocolo padrão que poderá ser usado para estudar o splicing alternativo no sobreiro e para uma análise mais aprofundada na nova versão do genoma, que estará disponível em breve.Cork oak (Quercus suber L.) forests are unique and emblematic resources for Portugal, with high economical, ecological and social significance. The recent availability of the cork oak genome sequence provided an important contribution to reinvigorate research in fundamental topics such as cork development and plant improvement, and to promote the competitiveness of cork industry. Yet, further analysis is required to add detail to genome structure annotation, namely at the transcript level, also taking into account alternative splicing. Alternative splicing (AS) is a process used during gene expression to yield different transcript variants and protein products derived from a single gene. In the present study, we analyzed sixteen RNA-seq libraries prepared from four cork oak tissues (leaf, xylem, phellem and inner bark), in order to predict new AS forms for the already predicted genes and improve genome structural annotation. A bioinformatics pipeline was defined in order to test the performance of HISAT2 and STAR for read mapping against the reference genome, and Cufflinks and StringTie for transcript assembly. STAR yielded higher mapping efficiencies (84.22% to 86.86%) for the cork oak datasets, as compared to HISAT2 (73.88% to 76.55%), and the corresponding mapping data was selected for transcript assembly. The use of StringTie for this step was globally more conservative than Cufflinks, generating less novel transcripts, but with better support by read per base coverage. A further optimization step was performed using StringTie in order to improve annotation precision. The final transcript annotation was selected from this optimization step, predicting 7,958 novel transcripts (8% of total transcripts in the new annotation), 5,453 of which were novel isoforms for genes in reference annotation. This new annotation was used as reference to estimate transcript abundance in each tissue and differential expression analysis. Approximately 16% of all intron-containing genes expressed in the four tissues were alternatively spliced and the main event found in the four cork oak tissues was alternative acceptor site, followed by intron retention. Transcript clusters showing differential expression among the four tissues were identified and functional enrichment analysis confirmed the main biological processes expected for each tissue: transcripts highly expressed in leaves and xylem were mostly related to photosynthesis and transport, respectively; transcripts highly expressed in peridermis (phellem and inner bark) showed an enrichment in functional categories related to the synthesis of suberin and other component of cork cell walls. These tissue-specific clusters also showed an enrichment in transcripts involved in the response to stress (biotic or abiotic). Yet, in peridermis, this enrichment was mostly observed in inner bark samples, while phellem samples showed an enrichment in transcripts related to secondary metabolism. This thesis allowed the definition of a standard workflow that can be used to study alternative splicing in cork oak and used for further analysis on the new improved genome version that will be available soon

LADAR based mapping and obstacle detection system for service robots

Dissertação apresentada na Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa para a obtenção do grau de Mestre em Engenharia Electrotécnica e de ComputadoresWhen travelling in unfamiliar environments, a mobile service robot needs to acquire information about his surroundings in order to detect and avoid obstacles and arrive safely at his destination. This dissertation presents a solution for the problem of mapping and obstacle detection in indoor/outdoor structured3 environments, with particular application on service robots equipped with a LADAR. Since this system was designed for structured environments, offroad terrains are outside the scope of this work. Also, the use of any a priori knowledge about LADAR’s surroundings is discarded, i.e. the developed mapping and obstacle detection system works in unknown environments. In this solution, it is assumed that the robot, which carries the LADAR and the mapping and obstacle detection system, is based on a planar surface which is considered to be the ground plane. The LADAR is positioned in a way suitable for a three dimensional world and an AHRS sensor is used to increase the robustness of the system to variations on robot’s attitude, which, in turn, can cause false positives on obstacle detection. The results from the experimental tests conducted in real environments through the incorporation on a physical robot suggest that the developed solution can be a good option for service robots driving in indoor/outdoor structured environments

Do grego antigo ao português contemporâneo: o sortilégio da língua e a epifania da cultura

Quando Martin Heidegger publica o decisivo Sein und Zeit (Ser e Tempo), em 1927, na revista de Husserl Jahrbuch f. Phil. Und phänomelog. Forschung, afirma-se, acima de tudo, um esforço singular para libertar das garras aduncas do esquecimento a questão do ser, num gesto titânico e prometeico do próprio pensamento. O centro da reflexão de Heidegger é o homem e o sentido do ser, o modo como aparece a si mesmo e se revela como passo na caminhada para a compreensão do ser em geral. Assim, o filósofo utiliza o método fenomenológico de modo a analisar a ontologia fundamental a fim de descobrir as estruturas ontológicas do Dasein (ser - aí). Por outro lado, há que pensar as relações entre o homem e o mundo pois ele é um ser-no-mundo (In - der - Welt - sein) constituindo este um verdadeiro horizonte a partir do qual reflecte e compreende as coisas e a si próprio

Humanismo e Erasmismo no Renascimento português. Pedro Sanches e a musa de Roterdão: o (des)velado Cálamo de pendor Erasmista

O Manuscrito F.G. 6368 da Biblioteca Nacional de Lisboa, relicário da obra de Pedro Sanches, inclui um poema em 161 hexâmetros dactílicos, com o título De Superstitionibus Abrantinorum, ou seja, «Acerca das Superstições dos Abrantinos», que mereceu aturado estudo por parte do Doutor Américo da Costa Ramalho 1 e que se revela um texto basilar para a compreensão da personalidade do nosso humanista. Este poema denota um pendor erasmista se tivermos em mente um desvelado cálamo que ousou entrar nos domínios da crítica do exercício da religião. Porém, se o texto pode atestar o perfume da Musa de Roterdão, o autor, talvez devido às suas grandes responsabilidades na Corte - «Supremi Senatus a Secretis, rege Sebastiano», de acordo com o Ms. F.G. 6368 da B.N.L. - não o publicou, nem a outros semelhantes que talvez tivesse escrito, pelo que o cálamo erasmista de Sanches se apresenta velado, em relação à sua época e em relação ao próprio perfil do humanista, no que concerne à sua simpatia para com Erasmo

Duas nótulas queirosianas: I - O Crime do Padre Amaro como reflexo da evolução estético-ideológica de Eça de Queirós

Polémico e atemporal, O crime do padre Amaro configurará ad aeternum a sinergia de contributos estéticos e ideológicos que presidiu ao processo da sua publicação, bem como representará, na prática, um percurso da evolução literária. Encetemos uma subtil peregrinação de modo a equacionarmos, não com um pensativo cigarro, mas tão só com uma sinóptica pena, o itinerário da obra e do autor

Luís António Verney e o Verdadeiro Método de Estudar: Um Pensamento Inovador entre Portugal e a Europa.

Em Portugal, o século XVIII apresenta uma dimensão multímoda relativamente a estilos de época que nos possibilita identificar uma estética barroca retardatária, um neoclassicismo arcádico, um estilo rococó e um pré-romantismo em germinação que se irá afirmar progressivamente. Esta riqueza eclética de valores constitui, por excelência, uma epifania da renovação mental que se operou neste século e que perdurará ad aeternum em conexão íntima com esse movimento úbere que foi o Iluminism

Duas nótulas queirosianas: II - Eça de Queirós e Emile Zola - do palimpsesto ao autógrafo, entre Les Rougon-Macquart e os Maias

Em literatura, não raro encontramos posições críticas pautadas pelo maniqueísmo simplista que resvalam para o depauperamento do objecto de análise. Todavia, o leitor crítico deve procurar a compreensão multímoda que enforma uma reflexão pertinente e atenta. Esta premissa ilumina esta nótula sobre o autor de Os Maias, riquíssimo exemplo de um polifacetado percurso estético-ideológico. De facto, a obra de Eça conheceu reflexões e leituras baseadas na descoberta do texto que existe sob outro texto, em busca dos caracteres realistas e naturalistas. Porém, um leitor atento deve conciliar o fenómeno palimpséstico com o percurso do autor, demandando o autógrafo da originalidade