22 research outputs found
Sequence-specific electrochemical detection of enzymatic amplification products of Salmonella genome on ITO electrodes improves pathogen detection to the single copy level
Land-use change and windstorms legacies drove the recolonization dynamics of laurel forests in Tenerife, Canary islands
Laurel forests are quite relevant for biodiversity conservation and are among the island ecosystems most severely damaged by human activities. In the past, Canary laurel forests have been greatly altered by logging, livestock and agriculture. The remains of laurel forests are currently protected in the Canary Islands (Spain). However, we miss basic information needed for their restoration and adaptive management, such as tree longevity, growth potential and responsiveness to natural and anthropogenic disturbances. Using dendrochronological methods, we studied how forest dynamic is related to land-use change and windstorms in two well-preserved laurel forests on Tenerife Island. Wood cores were collected from over 80 trees per stand at three stands per forest. We used ring-width series to estimate tree ages and calculate annual basal area increments (BAI), cumulative diameter increases, and changes indicative of released and suppressed growth. Twelve tree species were found in all stands, with Laurus novocanariensis, Ilex canariensis and Morella faya being the most common species. Although some individuals were over 100 years old, 61.8%–88.9% of the trees per stand established between 1940 and 1970, coinciding with a post-war period of land abandonment, rural exodus and the onset of a tourism economy. Some trees have shown growth rates larger than 1 cm diameter per year and most species have had increasing BAI trends over the past decades. Strong growth releases occurred after windstorms at both sites, but the effects of windstorms were site-dependent, with the 1958 storm affecting mainly the eastern tip of the island (Anaga massif) and the 1991 storm the western tip (Teno massif). Given the great ability of laurel forest trees to establish after land use cessation and to increase growth after local disturbances such as windstorms, passive restoration may be sufficient to regenerate this habitat in currently degraded areas.12 página
Tree-ring distinctness, dating potential and climatic sensitivity of laurel forest tree species in Tenerife Island
Producción CientíficaMacaronesian laurel forests are the only remnants of a subtropical palaeoecosystem dominant during the Tertiary in Europe and northern Africa. These biodiverse ecosystems are restricted to cloudy and temperate insular environments in the North Atlantic Ocean. Due to their reduced distribution area, these forests are particularly vulnerable to anthropogenic disturbances and changes in climatic conditions. The assessment of laurel forest trees’ response to climate variation by dendrochronological methods is limited because it was assumed that the lack of marked seasonality would prevent the formation of distinct annual tree rings. The aims of this study were to identify the presence of annual growth rings and to assess the dendrochronological potential of the most representative tree species from laurel forests in Tenerife, Canary Islands. We sampled increment cores from 498 trees of 12 species in two well-preserved forests in Tenerife Island. We evaluated tree-ring boundary distinctness, dating potential, and sensitivity of tree-ring growth to climate and, particularly, to drought occurrence. Eight species showed clear tree-ring boundaries, but synchronic annual tree rings and robust tree-ring chronologies were only obtained for Laurus novocanariensis, Ilex perado subsp. platyphylla, Persea indica and Picconia excelsa, a third of the studied species. Tree-ring width depended on water balance and drought occurrence, showing sharp reductions in growth in the face of decreased water availability, a response that was consistent among species and sites. Inter-annual tree-ring width variation was directly dependent on rainfall input in the humid period, from previous October to current April. The four negative pointer years 1995, 1999, 2008 and 2012 corresponded to severe drought events in the study area. This study gives the first assessment of dendrochronological potential and tree-ring climate sensitivity of tree species from the Tenerife laurel forest, which opens new research avenues for dendroecological studies in Macaronesian laurel forests.Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades (projects PID2019-109906RA-I00, PID2020-118444GA-100 and PID2019-106908RA-I00/AEI/10.13039/501100011033)Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades (predoctoral contract PRE2018-084106)Ministerio de Economía, Industria y Competitividad (project CGL2017-87309-P and postdoctoral grant IJC2019-040571-I)Junta de Castilla y León (projects VA113G19 and IR2020-1-UVA08)Universidad de Valladolid (predoctoral contract 113-2019PREUVA22)Comunidad de Madrid (project S2018/EMT-4338
How to build and install your own CaptuRING
Producción CientíficaCaptuRING is a reliable and affordable tool to transform tree-ring samples into digital images combining open source software and do-it-yourself philosophies. A Raspberry Pi runs the system through an Arduino board that controls the wood sample movement across a linear screw at the time that a digital camera takes sequential high resolution (>4500 dpi) images from a wood sample. Here, we present three video tutorials, with English and Spanish subtitles, to construct and install CaptuRING (github.com/CambiumRG/CaptuRING) from scratch. First video tutorial explains the necessary components and how to assemble them to construct the CaptuRING platform, second tutorial covers Arduino board and Raspberry Pi connections, and the third tutorial is devoted to hardware configuration, software installation and CaptuRING use.Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades - Agencia Estatal de Investigación (grants PRE2018-084106 and IJC2019-040571-I ; project PID2020-118444GA-100)Junta de Castilla y Leon (projects IR2020-1-UVA08 and VA171P20)EU LIFE Soria Forest Adapt (project LIFE19 CCA/ES/001181)Caja Rural de Soria - FUNGE-UVa (project 26/04/2022 TCUE 2021-2023
Kwapa: Gente del río. Estrategias transmedia de impacto social
PAP Alter Código produce materiales de interacción audiovisual que se organizan en un universo transmedia, trabaja con personas de todas las edades, su meta es difundir representaciones no estigmatizantes de grupos socialmente desfavorecidos, además de compartir esta visión a todo aquel que colabore en el proyecto.
En la temporada de verano 2023, el equipo Alter CÓDIGO continuó con el desarrollo del videojuego “A la orilla del río”, para ello la organización del trabajo se dividió en múltiples áreas tanto como comunitarias como digitales para dar una mayor profundidad al producto. Los avances más significativos van desde una versión más actualizada del guion, storyboards, una primera
animación, un demo, este último de lo que sería el gameplay, y un minijuego. Asimismo, se muestra la vinculación comunitaria e impacto social que se logró con el desarrollo de los talleres de intervención fotográfica con niños acerca de su territorio. Paralelamente se aborda la creación de redes sociales y página web para la difusión del proyecto por fuera del PAP.
En los dos meses de trabajo se cumplieron con los ideales del Proyecto de Aplicación Profesional y se logró una difusión transmedia. A pesar de que el proyecto aún no llega a su finalización, los avances y el alcance superaron las metas que se otorgaron al inicio de la temporada.ITESO, A.C
Adynaton 5
Revista de narrativa y poesía escrita en los talleres literarios de CETYS Universidad."Adynaton" es una revista del Círculo de Letras de CETYS Universidad
Clonal chromosomal mosaicism and loss of chromosome Y in elderly men increase vulnerability for SARS-CoV-2
The pandemic caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2, COVID-19) had an estimated overall case fatality ratio of 1.38% (pre-vaccination), being 53% higher in males and increasing exponentially with age. Among 9578 individuals diagnosed with COVID-19 in the SCOURGE study, we found 133 cases (1.42%) with detectable clonal mosaicism for chromosome alterations (mCA) and 226 males (5.08%) with acquired loss of chromosome Y (LOY). Individuals with clonal mosaic events (mCA and/or LOY) showed a 54% increase in the risk of COVID-19 lethality. LOY is associated with transcriptomic biomarkers of immune dysfunction, pro-coagulation activity and cardiovascular risk. Interferon-induced genes involved in the initial immune response to SARS-CoV-2 are also down-regulated in LOY. Thus, mCA and LOY underlie at least part of the sex-biased severity and mortality of COVID-19 in aging patients. Given its potential therapeutic and prognostic relevance, evaluation of clonal mosaicism should be implemented as biomarker of COVID-19 severity in elderly people. Among 9578 individuals diagnosed with COVID-19 in the SCOURGE study, individuals with clonal mosaic events (clonal mosaicism for chromosome alterations and/or loss of chromosome Y) showed an increased risk of COVID-19 lethality
Sin / Sense
Sexto desafío por la erradicación de la violencia contra las mujeres
del Institut Universitari d’Estudis Feministes i de Gènere «Purificación Escribano» de la Universitat Jaume
Dispositivos electroquímicos para la detección de patógenos basados en amplificación isotérmica de ADN dependiente de Helicasa
Los métodos para la detección rápida y sensible de bacterias patógenas adecuados a entornos con pocos recursos son esenciales para mejorar el diagnóstico y el control de enfermedades que representan una amenaza de salud pública en todo el mundo. Los ensayos de detección de ácidos nucleicos actualmente disponibles se basan principalmente en la PCR, por lo que su utilidad en el punto de necesidad es limitada. En consecuencia, existe un gran interés en el desarrollo de plataformas rentables, robustas y portátiles para la detección temprana de estos microorganismos dañinos. Desde su descripción en 2004, la amplificación isotérmica dependiente de helicasa (HDA) se ha aplicado con éxito en el desarrollo de nuevas tecnologías para la detección rápida, sensible y selectiva de virus y bacterias, aunque su combinación con sistemas de detección electroquímica está poco explorada. En esta Tesis Doctoral se combina e integra la HDA con genoensayos y genosensores electroquímicos para la detección de dos importantes patógenos, Mycobacterium tuberculosis y Salmonella. En primer lugar, se describe un método sencillo para la cuantificación de secuencias de ADN específicas de Mycobacterium tuberculosis basado en el acoplamiento de HDA asimétrica con detección electroquímica. Para ello, las secuencias de ADN de hebra simple amplificadas a 65 ˚C se atrapan sobre partículas magnéticas y se detectan mediante un ensayo de hibridación que proporciona un grado añadido de selectividad. Tras 90 minutos de amplificación, se consigue un factor de amplificación de 3×106. Además, con este sistema se puede detectar, en condiciones isotérmicas y en menos de 4 horas, una concentración de 0,5 aM de la secuencia de ADN diana, correspondiente a 15 copias del gen específico de M. tuberculosis en 50 μL de muestra. La implantación de este enfoque en los laboratorios clínicos exige demostrar que sus características analíticas son comparables a las del método estándar actual, la PCR. En este trabajo, se compara por tanto la amplificación asimétrica de la secuencia de ADN de 84 bases específica para Mycobacterium tuberculosis mediante PCR y HDA, utilizando el mismo ensayo genomagnético electroquímico para la detección. Los resultados indican que la plataforma que se propone puede utilizarse de manera general para cuantificar productos de amplificación sin purificación previa. Además, se demuestra que en condiciones óptimas es posible amplificar el mismo gen por PCR o HDA obteniendo un límite de detección de 11 copias para PCR, comparable al estimado para HDA. Ambos ensayos se han aplicado a la detección de M. tuberculosis en muestras de esputo, orina y líquido pleural con distinta carga bacteriana obteniéndose resultados comparables y concordantes con los ensayos de control habitualmente utilizados en los laboratorios de análisis clínicos. Por otro lado, la tecnología de sensores de ácidos nucleicos requiere superficies modificadas con oligonucleótidos con una estabilidad térmica y de almacenamiento lo suficientemente alta como para facilitar su comercialización. En este trabajo se desarrolla un método fácilmente accesible para anclar el ADN a superficies de óxido de indio y estaño (ITO) que muestran una estabilidad sorprendentemente alta. Estas superficies se procesan en aire proporcionando una alternativa atractiva a las monocapas tioladas de oro usadas más frecuentemente. La detección electroquímica sobre esta superficie se combinó con los sistemas de amplificación PCR y HDA para la cuantificación de una secuencia específica del gen bipA de Salmonella, mejorándose el límite de detección de 100 genomas alcanzado con el método estándar, la PCR en tiempo real, en dos órdenes y medio orden de magnitud respectivamente. Por último, se demuestra la utilidad de esta plataforma con estabilidad térmica y de almacenamiento para la amplificación HDA del genoma de Salmonella en su superficie. La amplificación se desarrolla a 65 ˚C directamente sobre la plataforma de ITO modificada con el cebador inverso tiolado. La adición del cebador directo marcado con fluoresceína y una cantidad menor del cebador inverso en disolución, además de las enzimas necesarias en el proceso de amplificación, da lugar a la formación de un dúplex de ADN anclado a la superficie que se detecta posteriormente por voltametría diferencial de pulso y espectrofotometría. El dispositivo con detección electroquímica permite obtener señales significativamente diferentes de las obtenidas para un control negativo para sólo 10 genomas de Salmonella, con una reproducibilidad del 20%, frente a los 100 genomas y una reproducibilidad del 30% que se obtienen con el sistema de detección óptica. Se demuestra así que el dispositivo propuesto puede ser utilizado para el análisis descentralizado, con instrumentación sencilla, de diferentes tipos de patógenos