Clonal chromosomal mosaicism and loss of chromosome Y in elderly men increase vulnerability for SARS-CoV-2

The pandemic caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2, COVID-19) had an estimated overall case fatality ratio of 1.38% (pre-vaccination), being 53% higher in males and increasing exponentially with age. Among 9578 individuals diagnosed with COVID-19 in the SCOURGE study, we found 133 cases (1.42%) with detectable clonal mosaicism for chromosome alterations (mCA) and 226 males (5.08%) with acquired loss of chromosome Y (LOY). Individuals with clonal mosaic events (mCA and/or LOY) showed a 54% increase in the risk of COVID-19 lethality. LOY is associated with transcriptomic biomarkers of immune dysfunction, pro-coagulation activity and cardiovascular risk. Interferon-induced genes involved in the initial immune response to SARS-CoV-2 are also down-regulated in LOY. Thus, mCA and LOY underlie at least part of the sex-biased severity and mortality of COVID-19 in aging patients. Given its potential therapeutic and prognostic relevance, evaluation of clonal mosaicism should be implemented as biomarker of COVID-19 severity in elderly people. Among 9578 individuals diagnosed with COVID-19 in the SCOURGE study, individuals with clonal mosaic events (clonal mosaicism for chromosome alterations and/or loss of chromosome Y) showed an increased risk of COVID-19 lethality

Bioclimatología de la Coccidioidomicosis en Baja California, México

El estudio bioclimático de la Coccidioidomicosis, enfermedad endémica de las zonas áridas de América ocasionada por ascomicetos del género Coccidioides spp., tiene una estrecha relación con dos aspectos: la distribución espacial de la enfermedad asociada a ambientes desérticos, y la correlación entre la incidencia de casos y eventos meteorológicos. A pesar de que el noroeste de México es un área endémica bien conocida, la situación actual de la enfermedad prácticamente está inexplorada. Por tal motivo, en este trabajo se regionalizó la probable área endémica en Baja California, por medio de un sistema de información geográfica (SIG) utilizando variables bioclimáticas, y se analizó la relación entre eventos meteorológicos y los casos reportados de la enfermedad durante el periodo de enero de 1988 a diciembre de 1994. Se encontró correlación entre el número de casos reportados de la enfermedad, la precipitación pluvial mensual acumulada (PP) y las temperaturas medias máxima y mínima. Existe evidencia a favor de que la región endémica propuesta para Baja California presenta un patrón de lluvias bimodal, en verano y en invierno, característico de zonas bioclimáticas transicionales. Los casos reportados de la enfermedad se registraron principalmente en los meses más secos del año después de las lluvias estacionales. Se concluye que Baja California reúne las condiciones bioclimáticas más favorables para el hábitat de Coccidioides spp. en la transición del bioma mediterráneo al desértico

Bioclimatología de la Coccidioidomicosis en Baja California, México

El estudio bioclimático de la Coccidioidomicosis, enfermedad endémica de las zonas áridas de América ocasionada por ascomicetos del género Coccidioides spp., tiene una estrecha relación con dos aspectos: la distribución espacial de la enfermedad asociada a ambientes desérticos, y la correlación entre la incidencia de casos y eventos meteorológicos. A pesar de que el noroeste de México es un área endémica bien conocida, la situación actual de la enfermedad prácticamente está inexplorada. Por tal motivo, en este trabajo se regionalizó la probable área endémica en Baja California, por medio de un sistema de información geográfica (SIG) utilizando variables bioclimáticas, y se analizó la relación entre eventos meteorológicos y los casos reportados de la enfermedad durante el periodo de enero de 1988 a diciembre de 1994. Se encontró correlación entre el número de casos reportados de la enfermedad, la precipitación pluvial mensual acumulada (PP) y las temperaturas medias máxima y mínima. Existe evidencia a favor de que la región endémica propuesta para Baja California presenta un patrón de lluvias bimodal, en verano y en invierno, característico de zonas bioclimáticas transicionales. Los casos reportados de la enfermedad se registraron principalmente en los meses más secos del año después de las lluvias estacionales. Se concluye que Baja California reúne las condiciones bioclimáticas más favorables para el hábitat de Coccidioides spp. en la transición del bioma mediterráneo al desértico

mtDNA Single-Nucleotide Variants Associated with Type 2 Diabetes

Type 2 diabetes (T2D) is a chronic systemic disease with a complex etiology, characterized by insulin resistance and mitochondrial dysfunction in various cell tissues. To explore this relationship, we conducted a secondary analysis of complete mtDNA sequences from 1261 T2D patients and 1105 control individuals. Our findings revealed significant associations between certain single-nucleotide polymorphisms (SNPs) and T2D. Notably, the variants m.1438A>G (rs2001030) (controls: 32 [27.6%], T2D: 84 [72.4%]; OR: 2.46; 95%CI: 1.64–3.78; p T (rs193302980) (controls: 498 [36.9%], T2D: 853 [63.1%]; OR: 2.57, 95%CI: 2.18–3.04, p C (rs3937033) (controls: 363 [43.4%], T2D: 474 [56.6%]; OR: 1.24, 95%CI: 1.05–1.47, p = 0.012) were significantly associated with the likelihood of developing diabetes. The variant m.16189T>C (rs28693675), which has been previously documented in several studies across diverse populations, showed no association with T2D in our analysis (controls: 148 [13.39] T2D: 171 [13.56%]; OR: 1.03; 95%CI: 0.815–1.31; p = 0.83). These results provide evidence suggesting a link between specific mtDNA polymorphisms and T2D, possibly related to association rules, topological patterns, and three-dimensional conformations associated with regions where changes occur, rather than specific point mutations in the sequence

Novel genes and sex differences in COVID-19 severity.

Here we describe the results of a genome-wide study conducted in 11 939 COVID-19 positive cases with an extensive clinical information that were recruited from 34 hospitals across Spain (SCOURGE consortium). In sex-disaggregated genome-wide association studies for COVID-19 hospitalization, genome-wide significance (p < 5x10-8) was crossed for variants in 3p21.31 and 21q22.11 loci only among males (p = 1.3x10-22 and p = 8.1x10-12, respectively), and for variants in 9q21.32 near TLE1 only among females (p = 4.4x10-8). In a second phase, results were combined with an independent Spanish cohort (1598 COVID-19 cases and 1068 population controls), revealing in the overall analysis two novel risk loci in 9p13.3 and 19q13.12, with fine-mapping prioritized variants functionally associated with AQP3 (p = 2.7x10-8) and ARHGAP33 (p = 1.3x10-8), respectively. The meta-analysis of both phases with four European studies stratified by sex from the Host Genetics Initiative confirmed the association of the 3p21.31 and 21q22.11 loci predominantly in males and replicated a recently reported variant in 11p13 (ELF5, p = 4.1x10-8). Six of the COVID-19 HGI discovered loci were replicated and an HGI-based genetic risk score predicted the severity strata in SCOURGE. We also found more SNP-heritability and larger heritability differences by age (<60 or ≥ 60 years) among males than among females. Parallel genome-wide screening of inbreeding depression in SCOURGE also showed an effect of homozygosity in COVID-19 hospitalization and severity and this effect was stronger among older males. In summary, new candidate genes for COVID-19 severity and evidence supporting genetic disparities among sexes are provided