Poems

Poems include: Broken, by Gina Zellmer and The Need for Tears like Rain, by Jane Bair

Colonization of Heterodera glycines cysts by Fusarium solani form A, the cause of sudden death syndrome, and other fusaria in soybean fields in the midwestern and southern United States

La forme A du Fusarium solani et d'autres fusariums ont été isolés de kystes de l' Heterodera glycines désinfectés en surface et récoltés dans la rhizosphère de plants de soja ( Glycine max) présentant des symptômes du syndrome de la mort subite et récoltés dans des champs du centre-ouest et du sud des États-Unis. Deux formes du Fusarium solani, pathogènes du soja, ont été isolées : la forme A, responsable du syndrome de la mort subite, et la forme B, responsable d'une maladie des semis et d'un pourridié fusarien. La forme B du Fusarium solani a été isolée plus souvent que la forme A. La forme A du Fusarium solani était présente dans les kystes de 82 % des champs infestés de kystes et avec des plantes présentant des symptômes du syndrome de la mort subite, avec des fréquences maximale et moyenne (champs et années confondus) de respectivement 28 et 7 %. Ce champignon n'a pas été retrouvé dans les kystes de cinq champs exempts du syndrome de la mort subite. Des isolats de la forme B du F. solani ont été très fréquemment retrouvés dans les kystes de chacun de ces champs ; la forme B du F. solani était présente dans les kystes de 94 % des champs envahis de kystes et avec le syndrome de la mort subite, avec des fréquences maximale et moyenne (champs et années confondus) de respectivement 48 et 16 %. Le Fusarium oxysporum (l'espèce ayant la troisième fréquence moyenne d'isolement), le F. chlamydosporum, le F. equiseti, le F. moniliforme, et le F. pallidoroseum (syn. F. semitectum) ont aussi été isolés. En se basant sur les densités des populations de kystes dans le sol et les pourcentages de kystes colonisés par la forme A du F. solani, le maximum et la moyenne de kystes colonisés par 500 cm3 de sol de la rhizosphère étaient respectivement de 149 et 22. Une grande proportion de la forme A du Fusarium solani a survécu dans des kystes dans du sol entreposé durant 8 mois à approximativement 10 C, ce qui montre la possibilité d'une hibernation dans des kystes entre les saisons de croissance du soja. Le taux de survie de la forme A du Fusarium solani était faible dans des kystes dans du sol entreposé durant 20 mois. Le maximum et la moyenne de kystes par 500 cm3 de sol étaient plus élevés pour la forme B du F. solani, avec respectivement 700 et 82, que pour la forme A du F. solani. De plus, les taux de survie des kystes dans du sol entreposé durant 8 et 20 mois étaient aussi plus élevés. Les isolats de la forme A du F. solani provenant de kystes étaient aussi virulents sur le soja que des isolats provenant de racines malades.Fusarium solani form A and other fusaria were isolated from surface disinfested cysts of Heterodera glycines collected from the rhizosphere of soybean (Glycine max) plants symptomatic for sudden death syndrome, collected from fields in the midwestern and southern United States. Two forms of Fusarium solani pathogenic to soybean were isolated: form A, the cause of sudden death syndrome, and form B, the cause of seedling disease and root rot. Fusarium solani form B was more frequently isolated than form A. Fusarium solani form A occurred in cysts in 82% of the cystinfested fields containing plants symptomatic of sudden death syndrome, with maximum and average isolation frequencies (across fields and years) of 28 and 7%, respectively. This fungus was not found in cysts from five fields lacking sudden death syndrome. Isolates of F. solani form B were found in high frequency in cysts from each of those fields; F. solani form B occurred in cysts in 94% of the cyst-infested fields containing sudden death syndrome, with maximum and average isolation frequencies (across years and fields) of 48 and 16%, respectively. Fusarium oxysporum (the species with the third highest average isolation frequency), F. chlamydosporum, F. equiseti, F. moniliforme, and F. pallidoroseum (syn. F. semitectum) were also isolated. Based on cyst population densities occurring in soil and percentages of cysts colonized by F. solani form A, the maximum and average numbers of colonized cysts per 500 cm3 of rhizosphere soil were 149 and 22, respectively. Fusarium solani form A survived at a high rate in cysts in soil stored for 8 months at ca 10 C, indicating an ability to overwinter in cysts between soybean growing seasons. Fusarium solani form A had a poor survival rate in cysts in soil stored for 20 months. Compared to F. solani form A, maximum and average numbers of F. solani form B in cysts per 500 cm3 soil were higher, at 700 and 82, respectively. Furthermore, the survival rate of cysts in soil stored for 8 and 20 months was also higher. Isolates of F. solani form A from cysts were as virulent on soybean as isolates from diseased roots

Fungi associated with pods and seeds during the R6 and R8 stages of four soybean cultivars in southwestern Indiana

Un total de 6403 isolats de champignons ont été récupérés de gousses et de graines de soja récoltées vers la fin des saisons 1992 et 1993 (stades de croissance R6 et R8). La majorité des champignons étaient des Deutéromycètes (95,5 %) puis des Ascomycètes (0,9 %). Les genres de champignons les plus communément isolés lors de l’étude furent les Phomopsis, Alternaria, Cercospora, et Colletotrichum (= Glomerella). Les Cercospora et les Phomopsis ont été retrouvés plus souvent sur les gousses et les graines à pleine maturité (R8) qu’au stade de développement fève verte (R6). Par contre, la fréquence d’isolement des Colletotrichum était plus élevée pour les tissus récoltés au stade R6 que pour ceux au stade R8. Les fréquences d’isolement étaient similaires pour les tissus des gousses ou des graines pour la plupart des champignons sauf les Alternaria, Phoma et Nigrospora. Les principales espèces pathogènes isolées du complexe Diaporthe/Phomopsis étaient le D. phaseolorum var. caulivora et le D. phaseolorum var. sojae avec des fréquences d’isolement totalisant 28,2 % alors que le D. phaseolorum var. meridionalis et le Phomopsis longicolla étaient identifiés dans 1 % de tous les échantillons. Dans cette étude, les tissus des gousses contenaient un plus grand nombre de champignons que les graines. Des comparaisons statistiques des sections du pédoncule, du centre et du style des gousses n’ont pas permis de trouver de différence entre les fréquences d’isolement pour les cultivars testés, que ce soient les tissus des gousses ou les graines qui soient comparés. En résumé, la fréquence d’isolement de champignons pathogènes de gousses et de graines au stade R6 a été un indicateur fiable du potentiel de gravité des maladies. De plus, la présence significativement plus grande du D. phaseolorum var. caulivora et du D. phaseolorum var. sojae par rapport aux autres Phomopsis/ Diaporthe spp. (e.g. D. phaseolorum var. meridionalis) dans le sud-ouest de l’Indiana va permettre aux scientifiques de continuer à concentrer leurs efforts d’amélioration génétique sur la résistance à ces deux importants agents pathogènes.A total of 6,403 isolates of fungi were identified from soybean pods and seeds collected late in the 1992 and 1993 growing season (R6 and R8 soybean growth stages). The majority of fungi consisted of Deuteromycetes (95.5%) followed by Ascomycetes (0.9%). Common fungal genera isolated during the study included Phomopsis, Alternaria, Cercospora, and Colletotrichum (= Glomerella) . Cercospora and Phomopsis were identified more commonly from pods and seeds at harvest maturity (R8) than at the greenbean stage of development (R6). However, isolation frequencies of Colletotrichum were greater from tissues collected at R6 than at R8. Isolation frequencies compared between pod and seed tissue were similar for almost all the fungi except Alternaria, Phoma, and Nigrospora. The primary pathogenic species identified from the Diaporthe/Phomopsis complex were D. phaseolorum var. caulivora and D. phaseolorum var. sojae at 28.2% of the total isolation frequencies compared to D. phaseolorum var. meridionalis and Phomopsis longicolla that were identified from 1% of the total samples. The pod tissue harbored greater numbers of fungi than seeds during this study. In statistical comparisons of the peduncle, middle, and stylar regions from pods, no differences in isolation frequencies were found for the cultivars tested regardless if pod tissues or seeds were compared. In summary, the percent isolation frequency of pathogenic fungi from pod and seed at R6 was an effective indicator of the potential for increased disease severity. Furthermore, the significantly greater occurrence of D. phaseolorum var. caulivora and D. phaseolorum var. sojae compared to the other Phomopsis/Diaporthe spp. (e.g. D. phaseolorum var. meridionalis) in southern Indiana will enable scientists to continue to concentrate their breeding efforts for resistance to control these two major pathogens

Relative longevity of Leptosphaeria maculans and associated mycobiota on canola debris

La survie de l'agent de la jambe noire (Leptosphaeria maculans) dans des débris de canola (Brassica napus var. oleifera) a été étudiée à trois sites lors de deux tests séparés effectués entre août 1995 et octobre 1998. Selon les données d'isolement de tous les sites combinés, la fréquence d'isolement du L. maculans a diminué avec le temps de 85,0 % avant l'enfouissement en juillet, à 15,4 % en septembre et à 3,4 % en décembre. Onze mois après le début du test, le L. maculans n'était plus isolé de morceaux de tige de canola. Les fréquences d'isolement du L maculans à trois profondeurs étaient semblables quels que soient la date et le lieu d'isolement. La présence de tous les autres champignons, présents selon une analyse préliminaire, a aussi diminué après l'enfouissement. La présence des Trichoderma spp. n'était pas détectable au début du test, mais elle était de 27,5 % lors du dernier échantillonnage de juillet 1996. L'accroissement de la présence des Trichoderma spp. coïncide avec la diminution des fréquences d'isolement du L maculans et des autres champignons dans les morceaux de tige. Comme les résultats du premier test étaient différents de ceux d'études précédentes, un second test a débuté en 1996 près de Griffin, Géorgie. Dans le second test, la longévité relative du L. maculans a été déterminée sur des débris intacts (deux à trois fois plus gros) laissés sur le sol après la récolte d'un champ avec travail minimum ou sans travail du sol. En mai 1997, novembre 1997 et octobre 1998, le Leptosphaeria maculans a été respectivement isolé de 26,4, 31,2 et 20,8% des échantillons. Des pycnides contenant des conidies viables ont été aussi identifiées dans 43,7, 26,4 et 18,0 % des débris présents dans les boîtes de D-V-8, même si aucune colonie de L. maculans ne se développait sur l'agar. La différence de longévité relative du L. maculans entre les deux tests était directement reliée à la qualité et à la grosseur des débris de canola. Lors du premier test, les débris furent coupés en morceaux de 10 cm. Ces morceaux étaient très détériorés et fragmentés après 5 mois d'enfouissement. Par contre, dans le second test, les débris étaient encore intacts 36 mois après avoir été placés en surface du sol. Cette meilleure survie est attribuable à une plus forte dimension des débris, ce qui a réduit la fragmentation lors du travail du sol. Ainsi des débris de canola intacts peuvent servir de source d'inoculum pour au moins trois saisons.Survival of the blackleg pathogen (Leptosphaeria maculans) in canola (Brassica napus var. oleifera) stem debris was studied at three locations during two separate tests from August 1995 through October 1998. In combined isolation frequencies from both locations, L maculans decreased over time from 85.0% before burial in July to 15.4% in September and 3.4 % in December. Eleven months after initiation of this test, L maculans could not be isolated from the infected canola stem pieces. Isolation frequencies of L maculans were similiar among the three soil depths over all sampling dates at both locations. AH other fungi that were present in a preliminary assay also declined after burial. Trichoderma spp. were undetectable after initiation of the test and increased to 27.5 % on the last sampling date in July 1996. The increase of Trichoderma spp. corresponded with the decrease in isolation frequencies of L maculans and other fungi in the stem pieces. The first test differed from previous studies, consequently a second test located near Griffin, Georgia, was initiated in 1996. In the second test, the relative longevity of L. maculans was determined on intact debris (two to three times greater in size) left on the soil surface after harvest in a field using either minimum or no-tillage. Leptosphaeria maculanswas isolated from 26.4,31.2, and 20.8 % of the pieces, respectively, for May 1997, November 1997, and October 1998. Pycnidia containing viable conidia were also identified on 43.7, 26.4, and 18.0% from debris present in the D-V-8 plates even though no visible fungal colonies of L. maculans grew on the agar. The difference in relative longevity of L. maculans between the two tests was directly related to the condition and size of the canola debris. In the first test, the debris was sectioned into 10-cm pieces. These pieces were badly deteriorated and fragmented 5 months after burial. In contrast, the debris in the second test was still intact 36 months after being placed on the soil surface. This survival was because of increased debris size that resulted in reduced fragmentation from tillage. Thus, intact canola debris can serve as an inoculum source for at least three seasons or longer

Influence of crop rotation and flutolanil on the diversity of fungi on peanut shells

Les agents pathogènes du sol qui affectent les arachides (Arachis hypogaea) survivent ou hivernent souvent sur les écales d'arachides laissées sur ou dans le sol. Les effets de diverses rotations de cultures sur la flore fongique des écales d'arachides ont été comparés par trois tests en champ menés en 1992 et en 1993. Dans deux des tests, les parcelles d'arachides cultivées de façon continue ont été traitées ou non traitées avec le fongicide flutolanil. Les pratiques de rotation ont varié avec la localisation, et les cultures en rotation avec les arachides étaient le coton (Gossypium hirsutum), le seigle (Secale céréale), l'herbe de Bahia (Paspalum notatum), et le maïs (Zea mays). Au total,31 genres de champignon ont été isolés des écales. Plus des deux tiers des isolats étaient des Deutéromycètes, suivis en fréquence par les Basidiomycètes, les Ascomycètes et les Phycomycètes. Les pratiques de rotation ont affecté l'incidence de plusieurs champignons pathogènes (par exemple, les Fusarium spp. et le Lasiodiplodia theobromae) sur les écales d'arachides, mais les résultats n'ont pas été cohérents entre les tests et les années. L'herbe de Bahia ou le maïs cultivés en rotation avec les arachides ont réduit la fréquence du Rhizoctonia solani AG-4 dans les écales. Le Rhizoctonia solani AG-2-2 et le Macrophomina phaseolina ont été isolés à des niveaux plus élevés dans la rotation herbe de Bahia-arachide. Quand les arachides étaient cultivées en rotation avec le coton avec ou sans une culture de couverture de seigle, les parcelles recouvertes de seigle avaient des taux d'isolement moindres pour les champignons totaux en 1992 que les parcelles sans seigle, mais aucune différence n'a été observée en 1993. De plus, plusieurs espèces de Fusarium ont été isolées plus fréquemment des écales provenant de parcelles en rotation avec le seigle. Le flutolanil a diminué significativement les taux d'isolement de plusieurs champignons, incluant le R. solani AG-4, dans un des essais en 1992. L'ensemble des champignons isolés (en combinant tous les isolats de champignon) sur les parcelles traitées au flutolanil étaient plus élevés en 1993, mais pas en 1992 sur un des sites. Les taux d'isolement pour les différents genres et espèces de champignon différaient sur les deux milieux utilisés (agar à l'extrait de malt et agar au sel de malt). En particulier, l’AIternaria alternata et des espèces de Fusarium ont été isolés plus fréquemment sur l'agar au sel de malt, tandis que L theobromae, R. solani AG-4 et Trichoderma spp. Étaient plus souvent rencontrés sur l'agar à l'extrait de malt.Soilborne pathogens of peanut (Arachis hypogaea) often survive or over winter on peanut shells left on or in the soil. The effects of different crop rotations on the peanut shell mycobiota were compared in three field trials in 1992 and repeated in 1993. In two of the trials, plots grown continuously to peanut were either treated with the fungicide flutolanil or left untreated. Rotation practices varied with location and the crops in rotation with peanut were cotton (Gossypium hirsutum), rye (Secale cereale), bahiagrass (Paspalum notatum), and corn (Zea mays). In total, 31 different gene of fungi were isolated from shells. Over two-thirds of the isolates were Deuteromycotina, followed in frequency by Basidiomycetes, Ascomycetes, and Phycomycetes. The rotation practices affected the incidence of several pathogenic fungi (e.g., Fusarium spp., and Lasiodiplodia theobromae) in the peanut shells, but the results were not consistent across trials or years. Bahiagrass or corn grown in rotation with peanut reduced the frequency of Rhizoctonia solani AG-4 in shells. Rhizoctonia solani AG-2-2 and Macrophomina phaseolina were isolated at a greater level in the bahiagrass-peanut rotation. Where peanut was rotated with cotton with or without a winter cover crop of rye, plots containing rye had lower isolation rates for total fungi in 1992 than those without rye, but there was no différence in 1993. Also, several species of Fusarium were isolated more frequently from shells from plots rotated with rye. Flutolanil significantly lowered isolation rates of several fungi, including R. solani AG-4, in one trial in 1992. Total fungi isolated (all fungal isolates combined) in the flutolanil-treated plots were greater in 1993, but not in 1992 at one site. Isolation rates for the different gene and species of fungi differed on the two media utilized (malt-extract agar and malt-salt agar). In particular, Alternaria alternata and species of Fusarium were isolated more frequently on malt-salt agar, whereas L theobromae, R. solani AG-4 and Trichoderma spp. were more common on malt-extract agar

Telomere fusion threshold identifies a poor prognostic subset of breast cancer patients

Telomere dysfunction and fusion can drive genomic instability and clonal evolution in human tumours, including breast cancer. Telomere length is a critical determinant of telomere function and has been evaluated as a prognostic marker in several tumour types, but it has yet to be used in the clinical setting. Here we show that high-resolution telomere length analysis, together with a specific telomere fusion threshold, is highly prognostic for overall survival in a cohort of patients diagnosed with invasive ductal carcinoma of the breast (n = 120). The telomere fusion threshold defined a small subset of patients with an extremely poor clinical outcome, with a median survival of less than 12 months (HR = 21.4 (7.9-57.6), P < 0.0001). Furthermore, this telomere length threshold was independent of ER, PGR, HER2 status, NPI, or grade and was the dominant variable in multivariate analysis. We conclude that the fusogenic telomere length threshold provides a powerful, independent prognostic marker with clinical utility in breast cancer. Larger prospective studies are now required to determine the optimal way to incorporate high-resolution telomere length analysis into multivariate prognostic algorithms for patients diagnosed with breast cancer

Measurement of the B0-anti-B0-Oscillation Frequency with Inclusive Dilepton Events

The $B^0$-$\bar B^0$ oscillation frequency has been measured with a sample of 23 million \B\bar B pairs collected with the BABAR detector at the PEP-II asymmetric B Factory at SLAC. In this sample, we select events in which both B mesons decay semileptonically and use the charge of the leptons to identify the flavor of each B meson. A simultaneous fit to the decay time difference distributions for opposite- and same-sign dilepton events gives $\Delta m_d = 0.493 \pm 0.012{(stat)}\pm 0.009{(syst)}$ ps$^{-1}$.Comment: 7 pages, 1 figure, submitted to Physical Review Letter

How to make complexity look simple? Conveying ecosystems restoration complexity for socio-economic research and public engagement

Ecosystems degradation represents one of the major global challenges at the present time, threating people’s livelihoods and well-being worldwide. Ecosystem restoration therefore seems no longer an option, but an imperative. Restoration challenges are such that a dialogue has begun on the need to re-shape restoration as a science. A critical aspect of that reshaping process is the acceptance that restoration science and practice needs to be coupled with socio-economic research and public engagement. This inescapably means conveying complex ecosystem’s information in a way that is accessible to the wider public. In this paper we take up this challenge with the ultimate aim of contributing to making a step change in science’s contribution to ecosystems restoration practice. Using peatlands as a paradigmatically complex ecosystem, we put in place a transdisciplinary process to articulate a description of the processes and outcomes of restoration that can be understood widely by the public. We provide evidence of the usefulness of the process and tools in addressing four key challenges relevant to restoration of any complex ecosystem: (1) how to represent restoration outcomes; (2) how to establish a restoration reference; (3) how to cope with varying restoration time-lags and (4) how to define spatial units for restoration. This evidence includes the way the process resulted in the creation of materials that are now being used by restoration practitioners for communication with the public and in other research contexts. Our main contribution is of an epistemological nature: while ecosystem services-based approaches have enhanced the integration of academic disciplines and non-specialist knowledge, this has so far only followed one direction (from the biophysical underpinning to the description of ecosystem services and their appreciation by the public). We propose that it is the mix of approaches and epistemological directions (including from the public to the biophysical parameters) what will make a definitive contribution to restoration practice