Biological insertion of computationally designed short transmembrane segments

The great majority of helical membrane proteins are inserted co-translationally into the ER membrane through a continuous ribosome-translocon channel. The efficiency of membrane insertion depends on transmembrane (TM) helix amino acid composition, the helix length and the position of the amino acids within the helix. In this work, we conducted a computational analysis of the composition and location of amino acids in transmembrane helices found in membrane proteins of known structure to obtain an extensive set of designed polypeptide segments with naturally occurring amino acid distributions. Then, using an in vitro translation system in the presence of biological membranes, we experimentally validated our predictions by analyzing its membrane integration capacity. Coupled with known strategies to control membrane protein topology, these findings may pave the way to de novo membrane protein design

Prevalence of burnout syndrome during the COVID-19 pandemic and associated factors

Antecedentes: La epidemia por coronavirus 2019 (COVID-19) se ha extendido por todo el mundo desde principios de 2020, sometiendo a los profesionales sanitarios a una sobrecarga laboral ya un mayor nivel de estrés físico y emocional. Objetivos: El objetivo de este estudio es determinar la prevalencia de desgaste profesional y sus posibles factores asociados en los radiólogos españoles durante la COVID-19, y su comparación con la situación previa a la pandemia. Métodos: Estudio observacional realizado entre los meses de abril y agosto de 2020 (durante la pandemia) mediante una encuesta en línea. Se obtuvieron un total de 150 respuestas. Se recopiló y comparó la información demográfica y laboral de los encuestados. Se determinó la presencia del desgaste profesional con el cuestionario Maslach Burnout Inventory Human Services Survey (MBI-HSS) y se comparó su prevalencia y características con el estudio realizado de la misma manera en 2019. Se hizo un análisis estadístico para identificar los posibles factores de riesgo y protectores asociados con este síndrome, así como un análisis de homogeneidad entre las dos muestras. Resultados: La prevalencia del síndrome aumentó de forma significativa (p = 0,002) durante la pandemia COVID-19 (49,3% frente a 33,6%). Ningún factor de riesgo o de protección se ha identificado como constante antes y después de la pandemia. No se ha identificado ninguna correlación del desgaste con las características sociodemográficas o laborales. Conclusión: Este estudio demuestra un aumento importante del desgaste profesional durante la pandemia por la COVID-19 con afectación de casi la mitad de los radiólogos encuestados. Estos resultados destacan la necesidad de valorar el apoyo orientado al bienestar profesionalde los radiólogos en España. No se ha identificado correlación entre el síndrome y género, edad, número de guardias, antigüedad, ingreso anual, docencia, estado civil, número de hijos o tipo de contrato laboral.Background: The coronavirus 2019 (COVID-19) epidemic spread throughout the world from the beginning of 2020, increasing healthcare professionals’ workloads and levels of physical and emotional stress. Aims: To determine the prevalence of burnout syndrome in Spanish radiologists during the COVID-19 pandemic and the factors associated with the development of this syndrome, and to compare these findings with those obtained before the pandemic. Methods: This observation study took place between April 2020 and August 2020 (during the pandemic) through an online survey. A total of 150 responses were obtained. Demographic and work-related information was compiled. Burnout syndrome was measured with the Maslach Burnout Inventory Human Services Survey (MBI-HSS). The prevalence and characteristics of burnout syndrome obtained in this survey were compared with those of the same survey done in 2019. We performed a statistical analysis to identify possible risk factors and protective factors associated with this syndrome and to determine the homogeneity of the two samples. Results: The prevalence of burnout syndrome increased during the COVID-19 pandemic (49.3% vs. 33.6%, p = 0.002). No risk factors or protective factors that were valid both before and after the pandemic were identified. No correlations were identified between sociodemographic or work-related characteristics and burnout syndrome. Conclusion: This study demonstrates that burnout syndrome increased significantly in radiologists during the COVID-19 pandemic, affecting nearly half of all those who responded to the survey. These results underline the need to assess support for professional wellbeing of radiologists in Spain. No correlations were identified between burnout and gender, age, number of calls, years in the job, annual income, teaching, marital status, number of children, or type of contract

Polar/Ionizable Residues in Transmembrane Segments: Effects on Helix-Helix Packing

The vast majority of membrane proteins are anchored to biological membranes through hydrophobic α-helices. Sequence analysis of high-resolution membrane protein structures show that ionizable amino acid residues are present in transmembrane (TM) helices, often with a functional and/or structural role. Here, using as scaffold the hydrophobic TM domain of the model membrane protein glycophorin A (GpA), we address the consequences of replacing specific residues by ionizable amino acids on TM helix insertion and packing, both in detergent micelles and in biological membranes. Our findings demonstrate that ionizable residues are stably inserted in hydrophobic environments, and tolerated in the dimerization process when oriented toward the lipid face, emphasizing the complexity of protein-lipid interactions in biological membranes

Prevalencia del síndrome de desgaste en radiólogos españoles

Objetivos Analizar la prevalencia y grado del síndrome de desgaste profesional entre radiólogos en España. Como objetivos secundarios se pretende identificar sus posibles factores desencadenantes y atenuantes para implementar intervenciones preventivas y correctivas, disminuyendo el estrés asociado y aumentando el rendimiento y la satisfacción laboral de los radiólogos. Material y métodos Estudio transversal y observacional realizado mediante una encuesta en línea, anónima y voluntaria, desarrollada a través de formularios de Google® y dirigida a radiólogos especialistas y en formación. La encuesta se estructura en tres apartados: una valoración cualitativa del grado del síndrome de desgaste profesional a través del Maslach Burnout Inventory Human Services Survey (MBI-HSS), el segundo constituido por una serie de preguntas sociodemográficas y laborales, y el último apartado centrado en las posibles causas de estrés y de mejora en el entorno laboral. Los resultados de la encuesta se analizaron estadísticamente para determinar la asociación entre las variables y el síndrome, así como para determinar posibles factores de riesgo y protectores. Resultados Tras difundir la encuesta en redes sociales y correo electrónico se recibieron un total de 226 respuestas (175 de especialistas y 51 de residentes). La media de edad fue 41 años (desviación estándar de 11 años, rango de 25 a 68), sin predominancia de género (52% hombres). La prevalencia del síndrome fue del 33%, sin diferencias significativas entre adjuntos y residentes. No se han identificado factores de riesgo que se asocien con el desgaste profesional. Tener docencia en el lugar de trabajo fue el único factor de protección. Conclusiones Un tercio de los radiólogos que han contestado padecen síndrome de desgaste profesional. Dado que las consecuencias de este síndrome pueden afectar al entorno personal y al desempeño laboral del profesional, debería priorizarse su identificación temprana e implementarse una intervención adecuada.Background and aims The primary objective was to analyze the prevalence and degree of professional burnout in radiologists in Spain. Secondary objectives were to identify possible factors that increase or decrease the risk of burnout to enable preventive and corrective measures, decrease the stress associated with this condition, and thereby increase radiologists’ performance and satisfaction at work. Material and methods This cross-sectional observational study used a voluntary, anonymous online survey of attending radiologists and residents through Google Forms®. The survey was structured into three sections: a qualitative assessment of the degree of professional burnout with the Maslach Burnout Inventory Human Services Survey (MBI-HSS), a series of sociodemographic and work-related questions, and a final section centered on possible causes of stress and improvements to the working environment. The results of the survey were analyzed statistically to determine which variables were associated with burnout syndrome as well as to identify possible risk factors and protective factors. Results After disseminating the survey through social networks and email contacts, we received a total of 226 responses (175 from attending radiologists and 51 from residents; 52% men; mean age, 41±11 years; age range, 25-68). The prevalence of the syndrome was 33%, without significant differences between attending radiologists and residents. No risk factors associated with burnout were identified. Teaching in the workplace was the only protective factor. Conclusions One-third of the respondents had burnout syndrome. Because the consequences of this syndrome can affect professionals’ personal life and their ability to do their jobs, early detection and intervention should be prioritized

A practical solution to estimate the sample size required for clinical prediction models generated from observational research on data

[EN] Background Estimating the required sample size is crucial when developing and validating clinical prediction models. However, there is no consensus about how to determine the sample size in such a setting. Here, the goal was to compare available methods to define a practical solution to sample size estimation for clinical predictive models, as applied to Horizon 2020 PRIMAGE as a case study. Methods Three different methods (Riley's; "rule of thumb" with 10 and 5 events per predictor) were employed to calculate the sample size required to develop predictive models to analyse the variation in sample size as a function of different parameters. Subsequently, the sample size for model validation was also estimated. Results To develop reliable predictive models, 1397 neuroblastoma patients are required, 1060 high-risk neuroblastoma patients and 1345 diffuse intrinsic pontine glioma (DIPG) patients. This sample size can be lowered by reducing the number of variables included in the model, by including direct measures of the outcome to be predicted and/or by increasing the follow-up period. For model validation, the estimated sample size resulted to be 326 patients for neuroblastoma, 246 for high-risk neuroblastoma, and 592 for DIPG. Conclusions Given the variability of the different sample sizes obtained, we recommend using methods based on epidemiological data and the nature of the results, as the results are tailored to the specific clinical problem. In addition, sample size can be reduced by lowering the number of parameter predictors, by including direct measures of the outcome of interest.This work is funded by the HORIZON2020 PRIMAGE project (RIA, topic SC1DTH 07-2018), from the EU Framework Programme for Research and Innovation of the European Commission.Baeza-Delgado, C.; Cerdá Alberich, L.; Carot Sierra, JM.; Veiga-Canuto, D.; Martinez De Las Heras, B.; Raza, B.; Marti-Bonmati, L. (2022). A practical solution to estimate the sample size required for clinical prediction models generated from observational research on data. European Radiology Experimental. 6(1). https://doi.org/10.1186/s41747-022-00276-y6

Recursos multimedia de apoyo a las prácticas de fósiles en el Grado de Biología

El reconocimiento de fósiles forma parte de los contenidos de la asignatura Geología del Grado en Biología. En esta asignatura, gestionada por el Departamento de Ciencias de la Tierra y del Medio Ambiente de la UA, se imparten 6 créditos de contenidos teóricos y prácticos; de ellos 0,8 créditos corresponden a prácticas de laboratorio con fósiles, donde los estudiantes deben aprender los criterios de descripción e interpretación paleontológica para aplicarlos correctamente a la colección docente de muestras fósiles. Dada la diversidad de contenidos que se imparten en esta asignatura, las horas presenciales de estas prácticas son escasas, lo que dificulta la adquisición de las habilidades necesarias para el reconocimiento de fósiles. Por esta razón, el objetivo de esta red es crear un recurso multimedia que sirva como material docente complementario para las prácticas de paleontología de la asignatura Geología. De esta manera, se facilita al alumno el acceso a la colección de fósiles de la asignatura durante las horas no presenciales, así como los contenidos teóricos ligados a las prácticas de paleontología, favoreciendo el autoaprendizaje que le ayude tanto en el correcto seguimiento de la asignatura como en la preparación de los controles y pruebas de evaluación

Isla de Nueva Tabarca

Geolodía surge en el año 2005 de una iniciativa de José Luis Simón, de la Universidad de Zaragoza, y de Luis Alcalá, de la Fundación Dinópolis. El “Geolodía” es convocado desde el año 2010 por la Sociedad Geológica de España, la Asociación Española Para la Enseñanza de las Ciencias de la Tierra y el Instituto Geológico y Minero de España. Esta actividad pretende acercar a la sociedad tanto la Geología como la profesión de geólogo a partir de itinerarios didácticos guiados por expertos, en lugares interesantes por su entorno geológico. Además de una divulgación rigurosa, pretende sensibilizar a la población sobre la importancia y necesidad de proteger nuestro patrimonio geológico. Este año celebramos la décima edición de Geolodía en la provincia de Alicante. La participación de 3000 personas en la pasada edición de 2016 en Agosto, nos ha forzado a realizar inscripción gratuita, y limitar la participación. También hemos suprimido la ruta familiar y los talleres. Pero estamos diseñando una actividad específica dirigida a este tipo de público que esperamos ofertar en estos próximos años. En esta edición hemos aprovechado una de las maravillas naturales de la provincia de Alicante, la isla de Nueva Tabarca, para ofrecer una ruta de 5 kilómetros que discurre por su perímetro.Instituto Geológico y Minero de España, EspañaPeer reviewe

Structure-based statistical analysis of transmembrane helices

Recent advances in determination of the high-resolution structure of membrane proteins now enable analysis of the main features of amino acids in transmembrane (TM) segments in comparison with amino acids in water-soluble helices. In this work, we conducted a large-scale analysis of the prevalent locations of amino acids by using a data set of 170 structures of integral membrane proteins obtained from the MPtopo database and 930 structures of water-soluble helical proteins obtained from the protein data bank. Large hydrophobic amino acids (Leu, Val, Ile, and Phe) plus Gly were clearly prevalent in TM helices whereas polar amino acids (Glu, Lys, Asp, Arg, and Gln) were less frequent in this type of helix. The distribution of amino acids along TM helices was also examined. As expected, hydrophobic and slightly polar amino acids are commonly found in the hydrophobic core of the membrane whereas aromatic (Trp and Tyr), Pro, and the hydrophilic amino acids (Asn, His, and Gln) occur more frequently in the interface regions. Charged amino acids are also statistically prevalent outside the hydrophobic core of the membrane, and whereas acidic amino acids are frequently found at both cytoplasmic and extra-cytoplasmic interfaces, basic amino acids cluster at the cytoplasmic interface. These results strongly support the experimentally demonstrated biased distribution of positively charged amino acids (that is, the so-called the positive-inside rule) with structural data

Tarteso. Nuevas Fronteras (II)

El presente volumen recoge las contribuciones presentadas al II Congreso Internacional sobre Tarteso, Nuevas Fronteras, que tuvo lugar en Mérida entre los días 17 y 19 de noviembre de 2021. Su lectura permite un viaje desde el extremo oriental del Mediterráneo hasta el suroeste de la península ibérica, mostrando las diversas realidades históricas acontecidas en este territorio durante la I Edad del Hierro. El objetivo de esta publicación es mostrar la situación que atravesaba el Mediterráneo durante los años de surgimiento y desarrollo de la cultura tartésica para así comprender mejor la formación y evolución de dicha cultura. El conocimiento de Tarteso ha evolucionado sensiblemente en la última década, desde la celebración y publicación de las actas del I Congreso Internacional, Tarteso. El emporio del metal (Almuzara, 2013). La incorporación de nuevas voces y visiones enfocadas al conocimiento de la protohistoria peninsular, así como de algunos temas nunca antes abordados en el conocimiento de Tarteso, permiten presentar en este volumen una visión renovada, donde destaca la incorporación de unos nuevos límites territoriales para esta cultura.Esta publicación se ha beneficiado de las siguientes ayudas para su financiación: Proyecto de Investigación del Plan Nacional I+D+i: “Construyendo Tarteso 2.0: análisis constructivo, espacial y territorial de un modelo arquitectónico en el valle medio del Guadiana” (PID2019-108180GBI00), financiado por MCIN (AEI/10.13039/501100011033). Subvención global de la Secretaría General de Ciencia, Tecnología, Innovación y Universidad de la Junta de Extremadura al Instituto de Arqueología.Peer reviewe