High Risk Human Papillomavirus in Head and Neck Squamous Cell Carcinoma Patients at Kenyatta National Hospital, Kenya

 Background : Human Papillomavirus (HPV) has been associated with a subset of Head and Neck Squamous Cell Carcinoma (HNSCC) in particular Oropharyngeal Carcinoma. Objective: To determine the prevalence and Clinicopathological predictors of high-risk HPV among patients with HNSCC at Kenyatta National Hospital (KNH) Nairobi, Kenya. Materials: One hundred and sixty(160) patients who presented themselves to the ENT clinic between 2015 and 2017 with HNSCC had their history taken. A complete physical examination was done along with the appropriate haematological and radiological work-up. Two tissue biopsies were taken from the primary tumour for histology and real time polymerase chain reaction. Methodology: One hundred and sixty(160) patients with HNSCC aged 16 to 87 years were recruited and set in groups of six. These groups were based on the primary site of the tumour present such as; Oral cavity, Oropharynx, Nasopharynx, Hypopharynx, Larynx and Sinonasal. There were 117 (73.1%) males and 43 (26.9%) female participants. Twelve 12(7.5%) patients tested positive for high risk HPV. The HPV genotypes detected were 56, 52 and 33. There were no predictors for HPV positivity. Conclusion: High risk HPV prevalence was low among HNSCC patients at Kenyatta National Hospital. No HPV 16 nor 18. The positive patients did not have profiles that matched those of HPV-positive HNSCC globally. Key Words: Human papillomavirus, carcinoma, head and nec

KAJIAN PEMETAAN KAWASAN RISIKO GEMPA BUMI DI KABUPATEN ACEH TENGAH

Gempa bumi yang terjadi pada tanggal 02 Juli Tahun 2013 menjadi dasar yang melatar belakangi dilakukan penelitian ini. Kabupaten Aceh Tengah belum memiliki Peta Kawasan Risiko Gempa Bumi sampai skala kecamatan dan desa. Hal ini menjadi salah satu faktor ketidaksiapan dan rentannya masyarakat dan pemerintah dalam menghadapi dampak bencana gempa bumi. Kajian pada tesis ini bertujuan untuk mengetahui dan memetakan kawasan risiko bencana gempa bumi di kabupaten Aceh Tengah dengan menggunakan metode kualitatif dan pengumpulan data sekunder, data yang dibutuhkan antara lain; data patahan, kerapatan sesar, kondisi geologi, jumlah penduduk, sarana dan prasarana, tutupan lahan, penggunaan lahan, PDRB kabupaten, dan data sekunder lain yang selanjutnya di analisa dengan menggunakan software Arcgis. Metode analisis yang dilakukan yaitu dengan metode pembobotan faktor dan skoring terhadap parameter-parameter yang akan dianalisis untuk memperoleh output yaitu Peta Risiko Bencana Gempa Bumi kabupaten Aceh Tengah. Peta risiko gempa bumi diperoleh dengan melakukan tumpang susun peta ancaman, peta kerentanan dan peta kapasitas yang memiliki indikator-indikator tersendiri dalam penilaian dan pembobotannya dan dihitung berdasarkan formula yang telah ditetapkan. Ke tiga peta tersebut selanjutnya dianalisis dengan menggunakan tools raster calculator pada software Arcgis. Hasil dari analisis terhadap seluruh parameter-parameter tersebut menunjukkan seluas 178.541 hektar (37,69 %) teridentifikasi dengan risiko sedang dan seluas 257.975 hektar (54,46 %) teridentifikasi dengan risiko tinggi. Terdapat seluas 40.094 hektar (7,83 %) area yang tidak terdampak atau sangat rendah dari total luas keseluruhan kabupaten Aceh Tengah

KEPADATAN VEKTOR DEMAM BERDARAH DENGUE PADA MUSIM KEMARAU DAN MUSIM HUJAN DI KECAMATAN TEMBALANG KOTA SEMARANG

Demam Berdarah Dengue (DBD) merupakan penyakit menular yang endemis di Kecamatan Tembalang, Kota Semarang. DBD disebabkan oleh virus Dengue dan ditularkan oleh vektornya yaitu nyamuk Aedes sp khususnya Aedes aegypti. Tingginya keberadaan vektor DBD juga dapat berisiko terhadap kejadian DBD dimana keberadaan vektor ini bergantung pada tempat perindukannya (breeding place). Fakor iklim seperti suhu udara, kelembaban udara serta curah hujan menjadi pertimbangan keberadaan breeding place nyamuk. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis perbedaan kepadatan vektor DBD pada musim kemarau dan musim hujan di Kecamatan Tembalang. Jenis penelitian ini adalah analitik observasional dengan desain studi cross sectional. Sampel yang digunakan adalah rumah yang memiliki risiko terhadap kejadian DBD dengan jumlah sampel sebanyak 396 rumah. Sedangkan unit sampelnya adalah larva yang ditemukan di rumah warga. Hasil analisis statistik diketahui bahwa terdapat perbedaan suhu udara musim kemarau dan musim hujan (p = 0,025) ; kelembaban udara musim kemarau dan musim hujan (p = 0,016); curah hujan musim kemarau dan musim hujan (p = 0,000) ; Breeding Risk Index musim kemarau dan musim hujan (p = 0,020); dan Hygiene Risk Index musim kemarau dan musim hujan (p = 0,024); kepadatan vektor DBD musim kemarau dan musim hujan (p = 0,025).Terdapat hubungan antara curah hujan (p = 0,004) dan Breeding Risk Index dengan kepadatan vektor DBD (HI p = 0,045; CI p = 0,004; BI p = 0,040) Kata Kunci: DBD, Maya Index, Breeding Risk Index , Aedes sp, Faktor Ikli

Enhancing capacity of research ethics review committees in developing countries: The Kenyan example

Background. The increased number of clinical trials taking place in developing countries and the complexity of trial protocols mandate thatlocal ethics review committees (ERCs) reviewing them have the capacity to ensure that they are conducted to the highest ethical standards.Methods. The Kenya AIDS Vaccine Initiative (KAVI) Institute of Clinical Research (ICR) (KAVI-ICR) and the Kenyan National Council for Scienceand Technology (NCST) embarked on an exercise to enhance the capacity of ERCs in Kenya to review such protocols. This process involved conducting an audit of all ERCs in the country, and performing training needs  assessments to identify knowledge and capacity gaps. Information obtained was used to develop training materials for ERC members at workshops conducted in different parts of the country.Results. Five accredited and 13 non-accredited ERCs were identified. Four of the accredited ERCs were located in the capital city of Kenya, Nairobi. The most common challenges cited by participants during the needs assessments were excess workload, and a lack of co-ordination and/or communication between the ERCs. Subsequently, 140 ERC members from 17 institutions across the country were trained as follows: 36 from  institutions in the western part of Kenya, 38 from institutions in the south-eastern coastal region, 38 from the eastern region and 44 from Nairobi.Conclusion. The KAVI-ICR and the NCST have developed training modules for training ERC members in Kenya and are in the process of developing a manual to train members. The Kenyan experience may be used to  enhance the capacity of ERCs in the East African region

PERANCANGAN LAMPU LALU LINTAS PINTAR UNTUK SMART CITY MENGGUNAKAN WIRELESS SENSOR NETWORK

Menurut Badan Pusat Statistik, peningkatan jumlah alat transportasi darat selalu meningkat setiap tahun, peningkatan ini tentunya menimbulkan masalah baru yaitu kemacetan. Kemacetan adalah masalah utama di kota-kota besar di Indonesia yang sudah terjadi sejak lama di kota – kota besar di Indonesia, terutama di jam pergi dan pulang kantor. Kemacetan sering terjadi dimana saja termasuk di persimpangan jalan ibukota dan sudah menjadi hal yang bisa dilihat hampir setiap hari. Berdasarkan permasalahan diatas penulis membuat alat yang bisa mengatur lampu lalu lintas agar tidak terjadi hal tersebut dengan memanfaatkan sensor ultrasonic yang nantinya sensor ini akan mendeteksi kepadatan kendaraan yang ada di ruas jalan, sensor ultrasonic ini akan mengirimkan data melalui wireless ke NodeMCU yang mejadi otak dari sistem ini setelah itu NodeMCU akan menerima data dimana ruas jalan yang paling padat dan akan memberikan lampu hijau ke ruas jalan yang padat tersebut. Berdasarkan hasil perancangan prototype smart traffic light, sistem dapat memantau setiap jalur dan mengontrol nyala lampu di traffic light. Nilai rata-rata akurasi sensor ultrasonik adalah 99.18% dengan maksimal jarak pembacaan adalah 635 cm dan jarak pembacaan efektif adalah 350 cm. Kemudian, nilai QoS seperti delay dari jaringan yang digunakan menunjukkan bahwa delay dipengaruhi oleh banyaknya node yang aktif, semakin banyak node yang aktif dan terkoneksi dengan Broker maka delay akan meningkat. Oleh karena itu, setelah dilakukan pengujian pada sistem ini didapatkan nilai rata-rata Availability adalah 99.919% dan Reliablity adalah 99.919%. Kata kunci : Traffic Light, Smart Traffic Light, Wireless Sensor Network, Sensor Ultrasonic

PENGEMBANGAN INSTRUMEN PENILAIAN DIRI PADA PEMBELAJARAN BAHASA INDONESIA BERMUATAN LITERASI EMOSI DI SEKOLAH DASAR

Penelitian ini dilatarbelakangi oleh hasil kajian bahwa belum adanya penilaian untuk mengukur literasi emosi peserta didik. Tujuan penelitian ini adalah mengembangkan instrumen penilaian diri bermuatan literasi emosi, khususnya dalam pembelajaran Bahasa Indoseia di sekolah dasar. Penelitian ini menggunakan metode Educational Design Research (EDR) yang meliputi tiga tahap penelitian, yakni (1) tahap analisis dan eksplorasi; (2) tahap desain dan konstruksi; dan (3) tahap evaluasi dan refleksi. Teknik pengumpulan data yang digunakan, yaitu studi pustaka, wawancara, studi dokumentasi, validasi ahli, uji coba produk, dan uji respons terhadap produk. Penelitian ini mendapatkan hasil bahwa (1) tahap analisis dan eksplorasi menunjukkan analisis kebutuhan untuk produk yang dikembangkan dengan memperhatikan kajian literasi emosi dan ketersediaan mengenai penilaian untuk mengukur literasi emosi; (2) tahap desain dan konstruksi dilakukannya perancangan awal instrumen penilaian literasi emosi dan menunjukkan hasil kelayakan produk yang dikembangkan oleh (a) validator 1 dinyatakan “layak digunakan”; dan (b) validator 2 dinyatakan “layak digunakan dengan perbaikan”. (3) tahap evaluasi dan refleksi menghasilkan produk akhir dari penelitian ini, yakni instrumen penilaian diri pada pembelajaran Bahasa Indonesia bermuatan literasi emosi di sekolah dasar berdasarkan pelaksanaan uji coba dan uji respons sebanyak dua tahap, serta refleksi sehingga mendapatkan 30 pernyataan yang dinyatakan valid dan reliabel dalam instrumen penilaian literasi emosi. Implikasi dalam penelitian ini adalah (1) penilaian literasi emosi dapat digunakan dalam pembelajaran sebagai alternatif penilaian untuk mengukur literasi emosi peserta didik; dan (2) penilaian literasi emosi dapat memberikan umpan balik terhadap literasi emosi peserta didik. This research is motivated by the results that there is no assessment about students' emotional literacy. The purpose of this study is to develop self-assessment instruments filled with emotional literacy, especially Indonesian learning in elementary schools. This study uses Educational Design Research (EDR) method which includes three research stages (1) analysis and exploration; (2) design and construction; and (3) evaluation and reflection. Data collection techniques used literature studies, interviews, documentation studies, expert validation, product trials, and product response tests. This study found (1) analysis and exploration show an analysis for the needs of product developed with regard to a study about emotional literacy and the availability of assessments to measure emotional literacy; (2) design and construction carried out the initial design of the emotional literacy assessment instrument and show the results of the feasibility of the product developed by (a) validator 1 stated "proper to use"; and (b) validator 2 stated "proper to use with improvement". (3) evaluation and reflection produced the final product of this study, namely self-assessment instruments in Indonesian learning with emotional literacy in elementary schools based on the implementation of trials and response tests in two stages, as well as reflection so that 30 statements were declared valid and reliable in the emotional literacy assessment instrument. The implications of this study are (1) emotional literacy assessment can be used in learning as an alternative assessment to measure students' emotional literacy; and (2) emotional literacy assessment can provide feedback on students' emotional literacy

Occurrence of Aflatoxins and Fumonisins Contamination in Herbal Medicinal Products Sold in Nairobi, Kenya

Aflatoxins and fumonisins are referred to as Mycotoxins. They are secondary metabolites of some moulds which are highly toxic, mutagenic or teratogenic compounds. These substances are not formed by all mould species but are characteristic of their producers. The aim of this study was to determine the occurrence of Aflatoxin and Fumonisins contamination in herbal medicinal products sold in Nairobi Kenya. The study was undertaken in Nairobi, the capital and largest city in Kenya. Nairobi has several herbal clinics, especially in densely populated areas. This study employed an exploratory as well as laboratory-based experimental design to sample 138 herbal medicinal products. The sample were in different preparations, which included liquids, powders, capsules, creams/lotions, and syrups. Screening of the presence of aflatoxins and fumonisins were done using Envirologix Quick ToxTM Kit following the manufacturer’s instructions. Fumonisins and aflatoxins concentration in parts per billion (ppb) was analyzed statistically using Pearson Chi square test at 95% confidence interval. Contaminations were presented in form of frequencies and percentages. Aflatoxins were detected in 74(53.6%) samples while fumonisins were detected in 75(54.3%). Four (11.8%) samples from herbal clinics and 3(4.1%) from street vendors in form of powders and liquids had aflatoxins levels above 4.0ppb. Nine (26.5%) samples from herbal clinics, 10(13.5%) from streets vendors/hawkers and two (10.5%) from the supermarkets in form of powders and liquids had fumonisins levels above 4.0ppb. There was no significant association (c2 test; p>0.05) between detection of fungi from an herbal product and the occurrence of mycotoxins. Aspergillus flavus and A. parasiticus isolated in this study were associated with occurrence of aflatoxins while the Fusarium isolated were responsible for the presence of fumonisins among the herbal products. We conclude that herbal products investigated were contaminated with fumonisins and aflatoxins in varying degrees. Some were contaminated beyond the accepted limits. There were many genera of molds isolated in this study, which are associated with mycotoxins production, but the current study only focused on aflatoxins and fumonisins and therefore other mycotoxins should be investigated so as to ensure overall fungi toxins safety among the herbal products. Key words: aflatoxin, fumonisins, contamination, herbal medicinal products, Aspergillus, Fusarium, Nairobi