Anomaly detection in Multivariate Temporal Data for Vessels Abnormal Behaviour Detection

The growing number of deployed data mining systems leverage the interest in temporal data anomaly detection. From cyber-security or finance to heart-diseases detection, unexpected data often incorporate critical information that must be analysed. Data anomalies have long been studied from an univariate perspective where only one data dimension changes over time. Few works have been dedicated to multivariate anomaly detection. In this work we provide a comprehensive and structured analysis of the main definitions, state-of-art methods and approaches focusing multivariate temporal data anomaly detection. Our research focus on dealing with variable length data series with millions of samples and multiple feature categories, either static or dynamic, real or categorical valued. We describe a case-study in the maritime domain investigating the unusual spatio-temporal behaviour of commercial vessels and experiment over two open datasets and one got from the MARISA H2020 Project1

Measles virus : early infection, progression and pathogenesis in a transgenic mouse model

Tese de doutoramento, Farmácia (Microbiologia), Universidade de Lisboa, Faculdade de Farmácia, 2010O desenvolvimento de novas terapias, de vacinas e a aplicação dos vírus no tratamento do cancro será melhor sucedido quanto mais abrangente e aprofundado for o conhecimento da interacção entre o vírus e o hospedeiro. Esta tese tem como objectivo global compreender a interacção entre o vírus do sarampo e o hospedeiro e as consequências dessa interacção no tropismo e patogénese viral. Em particular, pretende-se identificar as células alvo iniciais do vírus bem como as células responsáveis pela disseminação do vírus no hospedeiro. Pretende-se ainda compreender os mecanismos de atenuação do vírus atenuado do sarampo. O vírus do sarampo é transmitido através de aerossóis e, apesar da infecção ter início no aparelho respiratório, as células alvo iniciais do vírus não são conhecidas. A partir do aparelho respiratório o vírus alcança os orgãos linfáticos e inicia a replicação nos nódulos linfaticos que drenam o aparelho respiratório. Apesar de vários estudos terem sido desenvolvidos, a contribuição da interacção entre os receptores e o vírus no tropismo viral e progressão da infecção têm sido restringidos pela falta de um modelo animal adequado. Os macacos são os únicos primatas não humanos que mostram susceptibilidade ao vírus do sarampo. No entanto, o seu uso fica muito limitado devido a questoes éticas e monetárias. O vírus wild type do sarampo utiliza como receptor celular uma proteína expressa em células activadas do sistema imune denominada de molécula de sinalização de activação linfocitária (SLAM, CD150). Com o objectivo de desenvolver um modelo animal para o estudo da infecção pelo vírus do sarampo, ratinhos transgénicos SLAMGe, ratinhos que expressam o SLAM humano (hSLAM), foram cruzados com ratinhos que apresentam inactivação do gene que codifica para o receptor do interferão tipo I, ratinhos Ifnarko, de forma a permitir uma replicação do vírus mais eficiente. Os ratinhos resultantes do cruzamento foram denominados ratinhos Ifnarko-SLAMGe. São deficientes na produção de interferão tipo I e expressam hSLAM com um perfil de expressão idêntico ao dos humanos. Estes ratinhos foram utilizados neste estudo para caracterizar as células infectadas pelo vírus do sarampo imediatamente após infecção respiratória bem como as células responsáveis pela progressão e disseminação do vírus no hospedeiro. Em primeiro lugar caracterizamos a expressão do hSLAM nos ratinhos Ifnarko-SLAMGe. A expressão de hSLAM foi detectada em linfócitos B e T extraídos do baço e em macrófagos produzidos a partir da medula óssea, através de citometria de fluxo, após activação destas células ex vivo. Uma vez que o linfonodo mediastinal foi previamente demonstrado ser relevante na infecção pelo vírus do sarampo em ratinhos SLAM, estudamos a expressão de hSLAM em células imunes provenientes do linfonodo mediastinal de ratinhos Ifnarko-SLAMGe. Através de citometria de fluxo demonstramos que os linfócitos B e T não activados provenientes do linfonodo mediastinal expressavam baixos níveis de hSLAM. Documentamos ainda que, mais células B do que células T expressavam hSLAM, como previamente demonstrado em tecidos linfáticos humanos. Uma vez que SLAM é expresso em células imunes e não em células epiteliais, as células imunes presentes nas vias respiratórias são candidatas a células alvo para a replicação do vírus. Desta forma, analizamos a expressão de hSLAM em células imunes provenientes dos pulmões do ratinho Ifnarko-SLAMGe. Cerca de 9% de células B e 3% de células T expressavam hSLAM nos pulmões do ratinho Ifnarko-SLAMGe e baixa percentagem de macrófagos alveolares expressavam hSLAM. De seguida, estes ratinhos foram inoculados via intranasal (IN) com o vírus do sarampo wild type. Um vírus derivado da estírpe Ichinoise B e ao qual foi adicionado o gene que codifica para a expressão da proteína verde fluorescente, wtMVgreen. Vários orgãos foram recolhidos um, dois e três dias após a inoculação e analizados para a expressão de proteína fluorescente. Um dia após inoculação a replicação viral foi detectada nos pulmões, e, de seguida, em vários orgãos do sistema linfático; inicialmente no linfonodo que drena o aparelho respiratório, o linfonodo mediatinal, e mais tarde em outros orgãos linfáticos, nomeadamente nos linfonodos mandibular, inguinal e mesentérico, no baço e em células mononucleares do sangue periférico. Para responder à questão quais as células que sustentam a replicação do vírus imediatamente após inoculação, os ratinhos foram inoculados via IN com wtMVgreen; os pulmões e vários orgãos linfáticos foram recolhidos e as células infectadas foram identificadas pela expressão de proteína verde fluorescente através de citometria de fluxo. Os macrófagos alveolares foram identificados como as principais células que sustêm a replicação do vírus do sarampo imediatamente após inoculação respiratória. As células dendríticas foram 5 vezes menos infectadas. Outras populações de células imunes foram infectadas em menor extensão. Apesar da expressão de SLAM pelos macrófagos alveolares ser muito reduzida, 24 horas apos a infecção a expressão de SLAM aumentou drasticamente; 0.86% de macrófagos alveolares expressava SLAM antes da infecção, passando 16% a expressarem SLAM após a infecção. Este resultado sugere que o vírus do sarampo utiliza um receptor celular que é facilmente induzido nas células alvo, contribuindo assim para uma rápida e eficiente disseminação no hospedeiro. Dois dias após a inoculação IN o vírus propagou-se ao sistema linfático sendo o linfonodo mediastinal o primeiro orgão linfático a ser infectado e o que suportou título viral mais elevado. Através de citometria de fluxo identificaram-se os linfócitos B e T como as principais células infectadas bem como células dendríticas, pese embora em menor grau. Por último, com o objectivo de compreender os mecanismos de atenuação da estírpe do vírus usada como vacina do sarampo, foi caracterizada a infecção e disseminação do vírus do sarampo atenuado, denominado aqui de MVvac. Ratinhos Ifnarko-SLAMGe foram inoculados com MVvac pela via de infecção intraperitoneal (IP) e o título viral foi determinado em vários orgãos linfáticos (nomeadamente nos linfonodos mandibular, mediastinal, mesentérico e inguinal e no baço). A replicação do vírus atenuado nos orgãos do ratinho foi muito baixa comparada com a replicação do wild type. Três dias após inoculação, o orgão que apresentou um título viral mais elevado foi o linfonodo mediastinal seguido do linfonodo mesentérico e do baço. A replicação nos linfonodos mandibular e inguinal ficou aquém do limite de detecção. Apesar de o linfonodo mediastinal ser o orgão linfático onde o vírus mais eficientemente se replicou a replicação neste linfonodo pelo MVvac foi cerca de 100 vezes inferior à replicação pelo vírus wild type. De seguida, as células que sustentam a replicação deste vírus bem como do wild type foram identificadas. Um e três dias após a infecção, o linfonodo mediastinal e o baço foram recolhidos e secções destes orgãos foram analisadas através de microscopia confocal. Um dia após inoculação, ambos os vírus infectaram uma população de macrófagos presente na região subcapsular dos linfonodo e na zona marginal do baço, denominados macrófagos do seio subcapsular (macrófagos SSC). Após uma primeira interacção com os macrófagos, foi observada uma disseminação generalizada do vírus do wild type nos folículos do linfonodo bem como na polpa branca do baço. Em contraste, quando os ratinhos foram inoculados com um vírus do sarampo atenuado, apesar de o vírus ser encontrado na região subcaspular do linfonodo e zona marginal do baço no primeiro dia após infecção, colocalizando com os macrófagos SSC, esta infecção inicial não foi seguida de infecção massiva das células linfáticas nestes orgãos. O vírus foi eliminado, observando-se apenas alguma replicação no linfonodo mediastinal e baço mas inferior à replicação pelo wild type. Ainda com o objectivo de esclarecer o mecanismo de atenuação do vírus do sarampo atenuado caracterizamos a replicação de um virus wild type com uma substitução de um aminoácido na proteína hemaglutinina. Esta mutação, asparagina por tirosina, no aminoácido 481 na proteína hemaglutinina (N481Y), está presente em todas as estirpes atenuadas do vírus do sarampo mas não no vírus wild type. Esta substituição introduzida no genoma do vírus wild type permite ao vírus, que apenas usa o SLAM como receptor celular, passar também a utilizar o receptor CD46. O receptor CD46 ou cofactor proteico membranar (MCP) é expresso em todas as células nucleadas do corpo humano. Todas estirpes atenuadas do vírus do sarampo para além de SLAM utilizam o CD46 como receptor celular. Para aceitar ou revogar a hipótese de que esta mutação presente no vírus atenuado pode afectar o fitness do vírus, introduzimos esta mutação num vírus wild type, denominado aqui wtMVN481Y e comparamos a replicação in vivo deste vírus com um vírus wild type original, wtMV. Para tal, ratinhos Ifnarko-SLAMGe forma inoculados via IP com wtMVN481Y ou wtMV. Três dias após inoculação, o título do vírus foi determinado em vários linfonodos e no baço. Demonstramos que esta mutação não afecta a replicação nem o tropismo do vírus uma vez que não se verificaram diferenças relevantes na replicação dos vírus nos diferentes orgãos. De seguida, para compreender se a interacção com o receptor CD46 para além do SLAM afecta a replicação e disseminação do vírus, obtivemos ratinhos transgénicos que expressam o CD46 humano (hCD46) para além do hSLAM, aqui denominados de ratinhos Ifnarko-CD46Ge SLAMGe. Inoculamos ratinhos Ifnarko-CD46Ge-SLAMGe e ratinhos Ifnarko- SLAMGe com o vírus wtMVN481Y e comparamos a replicação e disseminação deste vírus em vários orgãos linfáticos destes ratinhos. Não foram encontradas diferenças significativas na replicação e tropismo deste vírus o que sugere que o uso do receptor CD46 é pouco relevante na atenuação do vírus do sarampo. Este estudo demonstra que os macrófagos e as células dendríticas são as células alvo iniciais do vírus do sarampo e que podem estar envolvidas na rápida disseminação do vírus para outras células imunes no organismo. Demonstra-se ainda que, os macrófagos como células alvo iniciais, aliado à baixa replicação do vírus do sarampo atenuado parecem desempenhar um papel importante na atenuação deste vírus. O uso do receptor CD46 parece ser pouco relevante no mecanismo de atenuação do vírus. Para além disso, a linha de ratinhos transgénicos que expressam o receptor hSLAM são uma peça chave no estudo das fases iniciais de infecção do vírus do sarampo.Measles virus (MV) is one of the most infectious viruses but several aspects of MV biology and pathogenesis remain poorly understood. The virus is transmitted by aerosol droplets and initial infection is believed to occur in the upper airways but the cells that support early infection and viral spread throughout the body are not well defined. As wild type MV (wtMV) enters cells through SLAM but not CD46 receptor, we generated a transgenic mice expressing human SLAM (hSLAM) and used these mice to identify the cells supporting primary MV infection. We first characterized hSLAM expression in immune cells of these mice by flow cytometry. We documented hSLAM expression in resting B and T cells in the mediastinal lymph node (LN) and in B and T cells and in a small fraction of alveolar macrophages (AM) collected from the lungs. Next, we inoculated these animals intranasally and assessed viral infection in the nasal associated lymphoid tissue, lungs, several LN, spleen and thymus. One day post inoculation (p.i.), viral replication was documented in the lungs; the AM and dendritic cells (DC) were the main infected cells. It was observed that MV infection temporarily enhanced hSLAM expression in AM. From the lungs, infection spread to all lymphatic organs and in particular to the mediastinal LN. This LN supported high levels of infection upon IN and intraperitoneal inoculation. Finally, to understand the mechanisms of MV vaccine attenuation, we compared the spread of wtMV with that of a vaccine strain (MVvac) in Ifnarko-SLAM mice. One day p.i. MV was detected in the subcapsular macrophages in the mediastinal LN. Three days later, the wtMV spread to hSLAM expressing leukocytes whereas the MVvac was cleared. As the wtMV does not enter cells through CD46 receptor but the attenuated strain does, we compared the replication of a wtMV carrying a mutation in the hemagglutinin protein allowing CD46 usage. CD46 usage seems to have no relevant effect on MV attenuation. Thus, SLAM expressing mice allowed characterization of the early steps of MV infection. The alveolar macrophages and dendritic cells are the key players in MV infection and propagation.PhD scholarship (SFRH / BD / 19785 / 2004) from Programa SFRH, Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal

Potential drug interactions between oral antineoplastic agents and opioid analgesics

Oral antineoplastic drugs use has been gaining more importance due to its multiple benefits and the introduction of new molecules with new mechanisms of action. Opioids are often conjugated with antineoplastic therapy, however, this association brings possible drug interactions. Cytochrome P450 is responsible for the metabolization of a great part of drugs on the market. Identifying, explaining, and assessing the severity of possible drug interactions between oral antineoplastic agents and opioid analgesics were the aims of this investigation. A cross-sectional observational study was developed. Drugs selected in FHNM, were combined one by one in the Micromedex database. Twenty-three interactions were found with different types of grades of evidence and severity, and six were explained. Procarbazine was the oral antineoplastic with the highest number of possible interactions, while the opioid was buprenorphine. It’s important to monitor drug interactions in cancer patients considering the serious consequences that may arise from these.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Multiculturalidade: Uma realidade desafiante

Este estudo foi realizado em simultâneo com a Prática de Ensino Supervisionada numa escola pública situada em Lisboa num bairro social em que as diferenças de valores, costumes, religiões, línguas, crenças, etc. são bastante notórias. O presente trabalho é exemplo de uma investigação-ação que resulta das vivências neste contexto e da curiosidade em conhecer as minorias étnicas e de como estas se inserem na comunidade escolar do nosso país, visto que “a população estudantil, numa escolaridade obrigatória de 9 anos é cada vez menos homogénea e mais plural (…) sob o ponto de vista étnico, linguístico e de nacionalidade.” (Souta 1997, p.37). Sendo o multiculturalismo um tema bastante atual e cada vez mais presente nas realidades escolares, surgiu a nossa questão: Qual o papel do professor na promoção da integração e da aceitação da diferença por alunos de turmas multiculturais? Ao longo do percurso, em resultado da prática pedagógica e da interação com a professora cooperante, surgiu uma segunda questão: Que preparação têm ou deverão ter os professores para lidar com esta problemática? Para responder à primeira questão utilizámos uma metodologia qualitativa com recurso a questionários (instrumento de recolha de dados de uma metodologia quantitativa) e à observação direta e participante. Os resultados finais permitiram perceber as vantagens que os alunos têm, tanto a nível social como cognitivo, ao vivenciarem uma turma multicultural. Averiguámos também que a predisposição do docente é uma grande mais-valia para esta temática visto que as formações não são obrigatórias.This study was carried out simultaneously with the Supervised Teaching Practice in a public school located in Lisbon in a social neighborhood where differences in values, customs, religions, languages, beliefs, etc. were notorious. This work is an example of an action-research that results from the experiences in this context and the curiosity to know the ethnic minorities and how they are included in the school community of our country, as "the student population, in a compulsory education of 9 years is less homogeneous and more pluralistic (...) from the point of view of ethnic, linguistic and nationality "(Souta 1997, p. 37). As multiculturalism is a very current theme and increasingly present in the school realities, as future professionals we must realize that our role is very important, in the way that our attitude and educational practices are able to influence the formation of our students on positive form as such unfavorable and creating obstacles to their cognitive, social and emotional development. There for in the face of this reality some starting questions emerge: - What are the advantages of a multicultural class? - What is the teacher's role in a class with children from different cultures? - Will it require another type of training or some specific training for teachers who teach classes with these characteristics? To answer these questions, we used a qualitative methodology using questionnaires (a data collection tool for a quantitative methodology) and direct and participant observation. The final results allowed us to realise the advantages that students have, both socially and cognitively, when they experience a multicultural group. We also found that the predisposition of the teacher is a great asset for this subject since the formations are not required

Internal quality of eggs coated with whey protein concentrate

As vantagens de utilizar filmes e coberturas comestíveis podem ser justificadas pela manutenção das propriedades funcionais dos alimentos, através da diminuição da perda de umidade e da diminuição da troca de gases (O2 e CO2). Aplicação de cobertura em ovos com casca reduz a perda de peso e mantém a qualidade interna do produto. Os objetivos deste trabalho foram comparar a perda de peso, os valores de unidades Haugh e o pH do albume de ovos com e sem cobertura à base de concentrado protéico de soro de leite, armazenados a 25°C, por 3, 7, 10, 14, 21 e 28 dias. Durante todo o período de armazenamento houve decréscimo dos valores de unidades Haugh e perda de peso, tanto para os ovos com cobertura como para os ovos sem cobertura. O pH do albume aumentou para os ovos com e sem cobertura, a variação dos valores nos ovos com cobertura foi menor do que para os ovos sem cobertura. A cobertura de concentrado protéico de soro de leite reduz o transporte de vapor de água e gás (CO2) através dos poros da casca do ovo. Essa cobertura mantém o pH da clara de ovo na faixa de 8, durante quatro semanas de armazenamento e, desse modo, consegue manter as características necessárias para boa conservação do produto.The functional properties of foods can be preserved when they are coated with edible films, since both the loss of moisture and the transport of O2 and CO2 are reduced. The objectives of this work were: to compare weight loss, Haugh units, and albumen pH between fresh eggs and eggs coated with whey protein concentrate (WPC), under six storage periods (3, 7, 10, 14, 21 and 28 days), at 25°C. During the entire storage period, regardless of whether the eggs were coated or not, the Haugh unit values and the weight loss decreased, and differences between values from the first to the last period were lower for coated eggs. Albumen pH increased. The Haugh unit values for coated eggs were similar to those found in literature references when the same storage period was considered

Export Market Effectiveness: The Role of Export Commitment, Innovativeness and Marketing Capabilities

Drawing on the resource-based view, this study investigates the way that export commitment and innovativeness contribute to marketing capabilities development, and the effect of all these factors on export market effectiveness. We use a survey data of 202 exporting manufacturing firms based in Portugal to test the relationships between the constructs analyzed in this study. The findings demonstrate that a high export commitment tends to cultivate a higher degree of innovativeness, which in turn allows firms to develop superior marketing capabilities (i.e., pricing, new product development, marketing communication and distribution capabilities). Export commitment and new product development capability have a direct impact on export market effectivenes

Não indígenas na educação indígena: um olhar para a branquitude na formação de universitários kaingang e guarani na UFRGS

A tese busca olhar para a branquitude, para os não indígenas, que são predominantemente brancos, na formação de estudantes universitários kaingang e guarani na Universidade Federal do Rio Grande do Sul, UFRGS. A pesquisa que embasa a tese tem seus aportes nos estudos sobre a branquitude, os quais apontam a existência de discursos e mecanismos que atualizam e reproduzem persistentemente uma falsa ideia de supremacia branca e a sua contrapartida, a ideia falaciosa de uma inferioridade das populações indígenas e negras, assim como reservam privilégios aos primeiros em prejuízo dos demais. A tese também se nutriu teoricamente de publicações de estudantes indígenas da UFRGS, especialmente de trabalhos de final de curso. A pesquisa se assentou, por um lado, na análise de trabalhos de final de curso de graduação e dissertações de mestrado de estudantes indígenas que se diplomaram na UFRGS e, por outro lado, na aplicação de um questionário junto a docentes de cursos de licenciatura da mesma instituição. Através da pesquisa com docentes foi possível observar que, em que pese a disposição de muitos docentes para contemplar as especificidades de alunos indígenas, estes em geral contam com pouca formação e/ou poucas experiências com e sobre os povos indígenas. Também destaca-se que de modo geral tiveram pouquíssima convivência interracial com colegas, docentes e gestores em suas formações escolares e acadêmicas e também pouca ou mesmo nenhuma influência de autores não brancos nos seus estudos no ensino superior. Através da investigação, especialmente a partir das produções de estudantes indígenas, foi possível compreender que embora a instituição tenha um discurso inclusivo, as práticas no seu interior muitas vezes acabam se constituindo em ações assimilatórias/embranquecedoras, impondo currículos, padrões pedagógicos e burocracias que não contemplam as necessidades, conhecimentos, temporalidades e modos de vida dos estudantes indígenas, mas, ao contrário, impõem o modo de vida e o saber dos brancos, que historicamente são o grupo racial hegemônico na instituição.The thesis aims to look at whiteness, at non-indigenous people, who are predominantly white, in the education of Kaingang and Guarani university students at the Universidade Federal do Rio Grande do Sul (Federal University of Rio Grande do Sul), UFRGS. The research on which this thesis is based on is supported by studies about whiteness, which point to the existence of discourses and mechanisms that persistently update and reproduce a false idea of white supremacy and its counterparty, the fallacious idea of the inferiority of black and indigenous populations, as well as how they reserve privileges for the former to the detriment of the latter. The thesis was also theoretically nourished by publications by indigenous students at UFRGS, particularly from their undergraduate theses. On one hand, the research was based on the analysis of undergraduate theses and master’s dissertations of indigenous students that graduated from UFRGS, and on the other hand, on the application of a questionnaire aimed at undergraduate professors from the same institution. Through the research with professors it was possible to observe that, despite the willingness of many professors to contemplate the specificities of indigenous students, those professors have little education and/or experience with and about indigenous people. It is also notable, in general, that they have had very little interracial contact with colleagues, professors and managers during their school and university years and also little or even no influence of non-white authors in their higher education. Through the investigation, in particular of the indigenous students’ output, it was possible to understand that although the institution has an inclusive discourse, the practices inside it very often end up constituting assimilating/whitening actions, imposing curriculums, pedagogical standards and bureaucracies that do not contemplate the needs, knowledge, temporalities and ways of life of indigenous students, but, on the contrary, impose the way of life and knowledge of white people, who are historically the hegemonic racial group in the institution

Uma cultura de colaboração entre professores e bibliotecários: a orientação tutorial de estudantes de radiologia em Moçambique

O sucesso da aquisição de competências de literacia da informação no ensino superior garante-se através do trabalho colaborativo entre bibliotecários e professores. Em janeiro de 2015, uma equipa composta por uma professora de radiologia, uma professora de estatística e uma bibliotecária deslocaram-se a Maputo, em Moçambique, para uma missão de capacitação de docentes em metodologias de investigação aplicadas à saúde e de orientação tutorial para estudantes de radiologia no Instituto Superior de Ciências de Saúde. As sessões de formação foram desenhadas com a preocupação de criar oportunidades reais de discussão e de aprofundamento de questões colocadas pelos formandos. Os resultados finais revelaram que os formandos gostariam de ter mais formação em softwares de estatística (SPSS), testes estatísticos, análise de dados qualitativos, técnicas de amostragem com mais exemplos práticos, plataformas de pesquisa de informação em saúde sobre radiologia, tecnologias de informação e comunicação, metodologia de investigação científica, como elaborar um protocolo de investigação e questionários, bem como mais informação sobre como citar e referenciar. Evidencia-se que a missão da Biblioteca deve ser alterada e alargada à comunidade académica, assumindo esta o seu papel no processo de tutoria na investigação

Globalization, Global Governance, and Challenges to Contemporary Constitutionalism: The (Trans) Constitutional Perspective and the Dialogue Among Jurisdictions

This article focuses on the challenges facing contemporary constitutionalism before the irreversibility of globalization and the prospect of global governance. The goal of this article is to identify the proposals concerning the development of a global constitutionalism, as well as analyze the limits and possibilities of proposed trans-constitutionalism as an alternative to establish juridical “dialogues” among different legal normative orders. The study is justified, having in mind the need for re-contextualization of contemporary constitutionalism, given the fragility of the concept of sovereignty and the multiplicity of regulatory sources, especially concerning the international protection of human rights. Rationale inductive basis was the methodology used for reporting