RealROC: a shiny based application for ROC curve study with covariate adjustment

Dissertação de mestrado em BioinformaticsA curva ROC (Receiver operating characteristic) é uma ferramenta analítica eficaz para testes clínicos. A análise permite visualizar a variação de sensibilidade e especificidade para uma dada região de corte através de um simples, mas robusto gráfico bidimensional. Num contexto biológico, testes podem ser influenciados por múltiplas variáveis externas e como tal a análise ROC pode não ser a ideal ou gerar resultados incompletos. É então necessário saber que variáveis afetam determinado teste clínico de forma a determinar os melhores parâmetros para determinado teste ou até descartar determinada metodologia mediante a situação. O ajuste da curva ROC a covariáveis permite a normalização do efeito das mesmas ou diretamente ajustar a curva para os seus efeitos. Software direcionado ao ajuste da curva ROC é, infelizmente, escasso e muitas vezes difícil de manusear por utilizadores não especializados. Recentemente o pacote AROC foi lançando para R que disponibiliza vários recursos para estes ajustamentos, no entanto a dificuldade de utilização mantém-se. A combinação deste pacote com a estrutura Shiny, um pacote que permite o desenvolvimento de aplicações interativas, tem por objetivo a criação de um programa grátis e acessível que permita uma análise mais aprofundada disponível para todos os investigadores. RealROC foi capaz de replicar resultados de um caso de estudo que analisou a influência do sexo no sistema de pontuação CRIB e respetiva previsão de mortalidade, demonstrando a usabilidade e acessibilidade do programa que será disponibilizado online e potencialmente contribuir para novos desenvolvimentos na área.Receiver operating characteristic (ROC) curves are a powerful analytical tool for clinical tests. The analysis allows the visualization of varying sensitivity and specificity for a given threshold through a simple, yet robust, two-dimensional plot. In a biological framework, tests can be influenced by multiple external variables, as such, standard ROC analysis may not be suitable or may provide incomplete data. It is then necessary to know which variables influence clinical test results to determine optimal conditions for trials or even to disregard a given method of evaluation in certain contexts. Adjusting for covariates allows ROC analysis to normalize the effects of the variable in question or to directly adjust the curve for its effects. Unfortunately ROC software that is able to conduct such an adjustment is sparse and proven difficult to use for non technical users. Recently, the AROC package for R was released and provides a robust resource for such adjustments however with he same usability problems previously stated. By combining this package with the Shiny framework, an R package that allows the creation of interactive applications, we hope to provide an accessible and free software that allows this extra depth of analysis to be available for all researchers. RealROC was able to mimic the results of a case study analysing the affects of sex to the CRIB score and resulting mortality rates that proving its practicality and will be made available online and hopefully contribute to the advancement of software in this field

Alexitimia e teatro playback: Um ensaio aleatório controlado

Dissertação de Mestrado realizada sob a orientação do Prof. Doutor António José Gonzalez, apresentada no ISPA – Instituto Universitário para obtenção de grau de Mestre na especialidade de Psicologia Clínica.Sendo a alexitimia associada a diversas perturbações psicológicas, psiquiátricas e até doenças físicas, esta pode diminuir a qualidade e o tempo de vida dos indivíduos, sendo por isso importante a investigação sobre como a diminuir. A sua diminuição está associada à utilização de técnicas que aumentem a consciência emocional e a atividade imaginativa dos indivíduos (através da promoção da comunicação não verbal) e à presença de imaginação espontânea. No Teatro Playback dá-se uma maior importância ao uso de uma linguagem não verbal, metafórica e simbólica do que a uma linguagem verbal e literal, em que ao participar numa performance deste formato teatral os atores e a audiência são convidados a “ser aventureiros, espontâneos e criativos”. Encontramos assim uma ligação conceptual entre as formas de diminuição da alexitimia e o Teatro Playback. Este estudo propõe-se a investigar, através da realização de um ensaio controlado aleatório, se uma intervenção de Teatro Playback de 12 sessões semanais durante três meses consecutivos, pode diminuir os níveis de alexitimia nos seus participantes. Uma amostra de 32 participantes (13 do grupo experimental e 19 do grupo de controlo), com idades compreendidas entre os 19 e os 58 anos, respondeu à Escala de Alexitimia de Toronto (TAS-20) antes e depois da realização da intervenção. Os resultados obtidos não nos permitirem inferir qualquer relação entre o Teatro Playback e a diminuição da alexitimia. São discutidas limitações metodológicas e possíveis enviesamentos deste estudo, assim como propostas para estudos futuros.Since alexithymia is associated with a variety of psychological, psychiatric and even physical disorders, it may decrease the quality and life span of individuals, so research on how to reduce it is important. Its decrease is associated with the use of techniques that increase the emotional awareness and imaginative activity of individuals (through the promotion of nonverbal communication) and the presence of spontaneous imagination. In Playback Theater, the use of nonverbal, metaphorical, and symbolic language is given more importance than verbal and literal language, in which by participating in a performance of this theatrical format actors and audience are invited to “be adventurous, spontaneous and creative”. Thus, we find a conceptual link between the forms of diminishing alexithymia and the Playback Theater. This study aims to investigate, by conducting a randomized controlled trial, whether a 12-session weekly Playback Theater intervention for three consecutive months can decrease the levels of alexithymia in its participants. A sample of 32 participants (13 from the experimental group and 19 from the control group), aged 19 to 58 years, responded to the Toronto Alexithymia Scale (TAS-20) before and after the intervention. The results obtained do not allow us to infer any relationship between Playback Theater and the decrease in alexithymia. Methodological limitations and possible biases of this study are discussed, as well as proposals for future studies

“De onde vem esse medo?” Duas Narrativas de Mulheres Indígenas a partir do Mito Akarandek

Dissertação de Mestrado realizada sob a orientação da Professora Doutora Maria Emília Marques, apresentada no Ispa – Instituto Universitário, para obtenção de grau de Mestre na especialidade de Psicologia Clínica.A psicanálise de Freud foi pioneira ao identificar semelhanças entre a estrutura dos mitos e dos sonhos e ao compreender ambas as produções como vias privilegiadas de acesso ao inconsciente. Entre os povos que valorizam estas narrativas, destacam-se as sociedades indígenas. Além de preservar os conhecimentos e a identidade destes povos, os mitos desempenham uma importante função simbólica de contenção e nomeação de angústias primitivas, regulação social e delimitação de representações psíquicas, contribuindo, assim, para o estabelecimento dos papéis desempenhados por seus atores sociais. À luz da perspetiva etnopsicanalítica, proposta por Georges Devereux, este estudo tem o objetivo de explorar as ressonâncias psíquicas e fantasmáticas suscitadas pelo mito “A Cabeça Voadora, Akarandek, a Cabeça-Voraz” no imaginário de mulheres indígenas. Para a realização deste estudo, entrevistaram-se duas mulheres de diferentes etnias indígenas do Brasil, a Kuaracy (35 anos) e a Jací (37 anos), pertencentes ao povo Kalapalo e Tikuna, respetivamente. Para alcançar a dimensão subjectiva das participantes, foi utilizado o método FANI (Free Association Narrative Interview). As entrevistas foram analisadas de acordo com esta metodologia e, dos grandes temas evocados, destacaram-se questões de cariz identitário e associações relacionadas com as representações do feminino. Ademais, constatou-se que, apesar das distintas vivências e cosmovisões, ambas as participantes evocaram a existência de uma representação ambivalente (potente e terrífica) do feminino, corroborando com a literatura (etno)psicanalítica. Destacaram-se ainda questões relacionadas ao inconsciente étnico, aos tabus/interditos estabelecidos por ambos os povos, aos ritos de passagem das meninas pré-púberes e as relações de parentesco, reguladas pelo princípio da exogamia.ABSTRACT: The psychoanalysis of Freud was a pioneer in identifying similarities between the structure of myths and dreams and in understanding both productions as privileged routes of access to the unconscious. Among the peoples who value these narratives, indigenous societies stand out. In addition to preserving the knowledge and identity of people, myths perform an important symbolic function of containing and naming primitive anxieties, social regulation and delimiting psychic representations, thus contributing to the establishment of roles played by their social actors. In light of the ethnopsychoanalytic perspective, proposed by Georges Devereux, this study aims to explore the psychic and phantasmal resonances raised by the myth “The Flying Head, Akarandek, the Ravenous Head” in the imagination of indigenous women. To carry out this study, two women from different indigenous ethnicities in Brazil were interviewed, Kuaracy (35 years old) and Jací (37 years old), belonging to the Kalapalo and Tikuna people, respectively. To reach the subjective dimension of the participants, the FANI (Free Association Narrative Interview) method was used. The interviews were verified in accordance with this methodology and, of the major themes evoked, issues of an identity nature and associations related to representations of the feminine stood out. Furthermore, it was found that, despite their different experiences and worldviews, both participants evoked the existence of an ambivalent (potent and terrifying) representation of the feminine, corroborating the (ethno)psychoanalytic literature. Also highlighted were issues related to the ethnic unconscious, the taboos/prohibitions established by both peoples, the rites of passage of pre-pubescent girls and kinship relationships, regulated by the principle of exogamy

Prospective Risk of Intrauterine Death of Monochorionic-Diamniotic Twins

OBJECTIVE: The purpose of this study was to calculate the prospective risk of fetal death in monochorionic-diamniotic twins. STUDY DESIGN: We evaluated 193 monochorionic diamniotic twin pregnancies that were followed and delivered after 24 weeks. Surveillance included cardiotocography and sonography performed at least once weekly. The prospective risk of fetal death was calculated as the total number of deaths at the beginning of the gestational period divided by the number of continuing pregnancies at or beyond that period. RESULTS: The fetal death rate was 5 of 193 pregnancies (2.6%; 95% CI, 1.1, 5.9); the prospective risk of stillbirth per pregnancy after 32 weeks of gestation was 1.2% (95% CI, 0.3% - 4.2%). CONCLUSION: Under intensive surveillance, the prospective risk of fetal death in monochorionic-diamniotic pregnancies after 32 weeks of gestation is much lower than reported and does not support a policy of elective preterm delivery

Chemical composition of different oregano (origanum vulgare l.) essential oils: relevance for the activity against foodborne and spoilage bacteria

Herbs and spices have been used for centuries in culinary for seasoning and flavouring purposes. More recently, there has been a growing interest regarding the use of some plants and its essential oils (EO) for their activity against foodborne pathogens and foodspoilage bacteria. Due to its potential in extending the self-life of foods and its better acceptability by consumers who demand more “natural” foods, the use of EO can be an interesting alternative to substitute, at least partially, synthetic preservatives

Validação de seqüência didática sobre o aquecimento global a partir de uma análise das atividades e ações propostas

Este trabalho procurou realizar a validação de uma seqüência didática (SD) sobre aquecimento global, proposta a partir de uma situação-problema que foi desenvolvida com alunos do ensino médio de uma escola pública. A SD foi construída articulando os fundamentos da teoria da atividade de Leontiev (1985) e da teoria de assimilação de ações mentais de Galperin (1986). Na análise da seqüência, verificamos que a maior parte das atividades propostas atingiu os seus objetivos e as ações realizadas pelos alunos promoveram aprendizagens significativas no âmbito conceitual e atitudinal. Dessa forma, podemos considerar que a seqüência aplicada alcançou um resultado de aprendizagem satisfatório

Estruturação e análise de oficina pedagógica com abordagem interdisciplinar do tema nanociência

O Brasil tem se destacado no contexto latino-americano ao formular o primeiro Programa Nacional de Nanociência e Nanotecnologia, contudo, o maior interesse é a formação de quadros de excelência. Ciente desse contexto, e indo num sentido contrário, estruturou-se um curso de 30 horas visando à abordagem dessa temática e a estruturação de oficinas pedagógicas interdisciplinares voltadas para os alunos da Educação Básica, no âmbito do Programa de Pós-Graduação em Ensino das Ciências/UFRPE. Este artigo tem como objetivo analisar as atividades que compõem a referida oficina, tomando como critérios de análise, alguns elementos que subsidiam o estudo de seqüências didáticas de ensino aprendizagem. Os resultados indicaram pequenas discrepâncias entre as atividades planejadas e os resultados obtidos o que nos levar a crer no potencial da estrutura de análise utilizada

Complexity-Entropy Causality Plane as a Complexity Measure for Two-dimensional Patterns

Complexity measures are essential to understand complex systems and there are numerous definitions to analyze one-dimensional data. However, extensions of these approaches to two or higher-dimensional data, such as images, are much less common. Here, we reduce this gap by applying the ideas of the permutation entropy combined with a relative entropic index. We build up a numerical procedure that can be easily implemented to evaluate the complexity of two or higher-dimensional patterns. We work out this method in different scenarios where numerical experiments and empirical data were taken into account. Specifically, we have applied the method to i) fractal landscapes generated numerically where we compare our measures with the Hurst exponent; ii) liquid crystal textures where nematic-isotropic-nematic phase transitions were properly identified; iii) 12 characteristic textures of liquid crystals where the different values show that the method can distinguish different phases; iv) and Ising surfaces where our method identified the critical temperature and also proved to be stable.Comment: Accepted for publication in PLoS On

Validação de seqüências didáticas : uma abordagem CTS no ensino da Química

Este estudo visa validar externa e internamente uma seqüência didática (SD) com abordagem CTS (Ciência-Tecnologia-Sociedade) no ensino de química, a partir de uma estrutura analítica focada na análise de atividades e ações realizadas na sala de aula, buscando identificar fatores de sucesso/insucesso e possíveis implicações desses fatores na trajetória de aprendizagem dos alunos. A validação externa e interna apontou aspectos relevantes na SD proposta e para a trajetória de aprendizagem dos alunos, indicando como fatores de sucesso: a diversidade e quantidade de ações realizadas por alunos, na abordagem de aspectos científicos e sociais (CTS), e ações motivadoras que possibilitaram generalização, independência e consciência com relação aos conteúdos estudados. A estrutura analítica proposta foi eficiente para a validação da SD, em um nível macro e micro de análise

Validação de seqüência didática sobre tratamento de água : análise de uma atividade experimental

Este trabalho analisou o desenvolvimento de uma atividade experimental, como uma das etapas de validação interna de seqüência didática (SD) proposta com base em pressupostos teóricos sobre resolução de problemas. A SD foi elaborada por um grupo de pesquisa da UFRPE, Recife-Brasil e aplicada a 35 alunos da 1ª série do ensino médio de uma escola pública sobre os conteúdos: processos físicos e químicos nas etapas de coagulação, floculação e decantação do tratamento de água. A análise desta atividade possibilitou avaliar diferentes níveis de compreensão e envolvimento dos alunos na realização de ações propostas para a aprendizagem. E contribuiu para identificar aspectos relevantes na proposição de atividades experimentais em aulas de ciência, por exemplo, o planejamento de atividades de ensino apropriadas para o engajamento dos alunos em ações e discussões em sala de aula