Clonagem e caracterização de sistemas de restrição e modificação do tipo IIG de Epsilonproteobacteria em Escherichia coli

Tese de mestrado. Biologia (Microbiologia Aplicada). Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2011Os sistemas de restrição e modificação (RM) são sistemas enzimáticos não vitais, de complexidade variável, ubiquitários em Bacteria e Archaea. Actualmente considera-se que existam quatro grandes tipos e vários subtipos. Alguns dos géneros que pertencem à ordem Campylobacterales, nomeadamente Helicobacter e Campylobacter, têm uma característica pouco frequente, a presença de um elevado número de sistemas RM putativos no seu genoma. Analisaram-se os trinta e um genomas completamente sequenciados pertencentes à espécie H. pylori e os nove genomas completamente sequenciados pertencentes à espécie C. jejuni, anotados na REBASE (restriction enzyme database), e verificou-se que os sistemas RM não se encontram distribuídos ao acaso pelo genoma, localizando-se em loci bem definidos. A análise focou-se nos sistemas RM do tipo IIG e tendo as estirpes H. pylori 26695 e C. jejuni RM1221 como modelo, encontraram-se quatro loci em cada uma delas. Foram desenhados primers para os oito loci e usadas dezassete estirpes de H. pylori e cento e sessenta e nove estirpes de Campylobacter para verificar se essa observação era comum entre as diferentes estirpes. Obteve-se amplificação em todos os loci testados mas observaram-se grandes diferenças entre eles, após digestão com HindIII. Pôde também observar-se que nalguns dos loci testados não se obteve amplificação. Todos os produtos de PCR cujo perfil foi diferente, quer de estirpes de H. pylori, quer de estirpes de Campylobacter, foram clonados em pUC19 e transformados em Escherichia coli DH10B, mas apenas sete dos produtos de Campylobacter codificaram para uma enzima de restrição activa. É possível que em H. pylori a maioria destes genes putativos esteja inactivo, não só porque nos genomas sequenciados existem várias ORF com frameshifts, mas também porque podem ter ocorrido movimentos de sequências de DNA entre domínios situados em posições diferentes, no interior de um gene. No futuro, a sequenciação dos clones obtidos poderá permitir perceber se essa é de facto a razão para a falta de actividade observada.Restriction and modification (RM) systems are non-vital enzymatic systems of diverse complexity, which are ubiquitary among Bacteria and Archaea. Currently the RM systems are classified into four major types and several subtypes. Some of the genus which belong to order Campylobacterales, mainly Helicobacter and Campylobacter, have a remarkable characteristic, the presence of a large number of putative RM systems in their genomes. The thirty one complete sequenced H. pylori genomes were analysed as well as the nine complete sequenced C. jejuni genomes annotated in REBASE (restriction enzyme database) and it was found that the RM systems are not randomly distributed over the genome, but instead are located at specific loci. The analysis was directed to type IIG RM systems and having H. pylori 26695 and C. jejuni RM1221 as models, four loci in each of them were found. Primers for the eight loci were designed and seventeen H. pylori strains and a hundred and sixty nine Campylobacter strains were used to test if this observation was common. PCR products were obtained in all loci but large differences between them were observed after digestion with HindIII. It was also realised that some of the loci were empty. All of the different PCR products from H. pylori strains and Campylobacter strains were cloned in pUC19 and transformed in Escherichia coli DH10B, but only seven from Campylobacter showed restriction activity. In H. pylori it is possible that most of these type IIG genes are “turn off” in the majority of the strains tested, not only because in the sequenced genomes there are several ORF with frameshifts, but also because movements of sequences between domains in different positions within a protein coding gene might have occurred . We will sequence some of our clones to see if that is the reason for the lack of activity

Adequação dos exames de radiologia solicitados por um departamento de emergência: um estudo retrospetivo

Imaging tests are essential for diagnosis in the emergency context and convey clinical information that is essential to assess the appropriateness of the tests and improve their interpretation. Therefore, we aimed to analyze the imaging tests requested by the Emergency Department in a district hospital.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Transceiver for an Unmanned Airborne Vehicle

This paper describes a transmission/reception (transceiver) system for the 456MHz - 459MHz band, which allows data communication between a ground station and an unmanned airborne vehicle. The transceiver makes use of quadrature frequency translation techniques, coherent indirect methods for signal generation and supports input signals with several types of modulation. The intermodulation products harmonics and spurious signals are 60dB below the carrier for an output power of 6dBm. The receiver has a sensitivity of -110dBm, a dynamic range of 80dB and an image rejection better than 28dB. The central frequency and the tune steps (100kHz) are digitally controlled by a PLL-based synthesizer. The transceiver draws 500mA from a ±12V supply. These characteristics were found to be good enough for the application referred above

Sistema online de apoio à decisão para médicos oncologistas

Dissertação apresentada na Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa para a obtenção do grau de Mestre em Engenharia Electrotécnica e de ComputadoresNesta dissertação é proposto um sistema de apoio à decisão para médicos oncologistas e pacientes de cancro da mama. O sistema desenvolvido, denominado de BCSurvival, é um sistema web que tem em consideração diversas características individuais de um paciente com cancro de mama permitindo aos utilizadores identificar o nível de risco em que o paciente se encontra, bem como o intervalo de confiança e as regras associadas a esse nível de risco. O sistema disponibiliza ainda curvas de sobrevivência dos vários níveis de risco identificando a curva onde o paciente se enquadra. O estudo foi realizado com uma base de dados obtida pelo Christie Hospital, Wilmslow, Manchester entre 1990-1994. Estes dados foram utilizados em três modelos de prognóstico para a obtenção do risco, intervalos de confiança e estratificação dos pacientes em grupos de risco. Os modelos de prognóstico incorporados no web site são: o Nottingham Prognostic Index(NPI), a Regressão de Cox e o Partial Logistic Artificial Neural Network with Automatic Relevance Determination (PLANN-ARD). O sistema web oferece também ao médico a capacidade de organizar a informação referente ao prognóstico dos seus doentes, apresentando essa informação numa página web especialmente desenhada para esse efeito

Experimental software engineering in educational context

Empirical studies are important in software engineering to evaluate new tools, techniques, methods and technologies in a structured way before they are introduced in the industrial (real) software process. Within this PhD thesis we will develop a framework of a consistent process for involving students as subjects of empirical studies of software engineering. In concrete, our experiences with software development teams composed of students will analyze how RUP (Rational Unified Process) processes can be compliant with the CMMI (Capability Maturity Model Integration), namely in the context of MLs (maturity levels) 2 and 3. Additionally, we will also analyze the influence of project management tools to improve the process maturity of the teams. Our final goal of carrying out empirical studies with students is to understand its validity when compared with the corresponding studies in real industrial settings

UIDEF Research syntheses : 2020-2023

This book is supported by National Funds through FCT-Portuguese Foundation for Science and Technology, I.P., under the scope of UIDEF - Unidade de Investigação e Desenvolvimento em Educação e Formação, UIDB/04107/2020.This is the first volume of the series Research Syntheses, a quadrennial publication of the Research and Development Centre in Education and Training (UIDEF, Unidade de Investigação e Desenvolvimento em Educação e Formação), the research centre of the Instituto de Educação da Universidade de Lisboa, Portugal (IE-ULisboa). As a result of a collaborative work, the series testifies to UIDEF's investigative activity in searching for relevant inputs for the scientific community and support knowledge-driven processes of transformation within educational systems, policies, and practices.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Architectural element points: estimating software development effort by analysis of logical architectures

Empirical studies are important in software engineering to evaluate new tools, techniques, methods and technologies. In object-oriented analysis, use case models describe the functional requirements of a software system, so they can be the basis for software measurement and sizing. The purpose of this study is to develop a new metric called Architectural Element Points (AEPoint) that enables to calculate the effort required to develop a software solution, using the 4-Step Rule Set (4SRS) method. This paper describes a case study with 60 undergraduate students grouped in four teams that developed a software system (Web application) for a real customer. In this study, we used the AEPoint metric to estimate the resources needed to develop a software system. The results of the AEPoint and Use Case Points (UCP) metrics and the real software development effort are compared, conclusions drawn and recommendations are proposed.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Valorização de resíduos de pó de metal duro

Mestrado em Engenharia de MateriaisNeste trabalho investigou-se a incorporação de resíduos de pó WC-Co, provenientes das peças rejeitadas durante a etapa de prensagem e da maquinação das peças em verde, na produção de pastilhas de corte de metal duro. O pó reciclado foi incorporado numa peça cilíndrica em percentagens variáveis entre 50-70%, constituindo a base de suporte da peça. A outra parte do cilindro, a parte virgem, correspondente à zona de trabalho da peça, é constituída por um pó virgem de composição controlada. Estas peças, com dois tipos de pós, foram apelidadas de bimaterial. Selecionaram-se dois tipos de pós virgem, do mesmo grau mas utilizando num caso a parafina como lubrificante de prensagem e no outro o polietilinoglicol (PEG). Estes pós virgem, assim como o pó resultante da mistura de resíduos, foram inicialmente, analisados, com caracterização sistemática a nível de composição química (fluorescência de raios-X), estrutura cristalina (difracção de raios-X, DRX), morfologia (microscopia electrónica de varrimento, SEM) e distribuição granulométrica (Coulter). Foi ainda avaliado o seu comportamento térmico após compactação por análise dilatométrica e o comportamento magnético (balança magnética e força coerciva). O desenvolvimento dos bimateriais foi feito de acordo com as etapas de processamento disponíveis na empresa Palbit, começando com a preparação das misturas de pós, seguindo-se a moagem, granulação, prensagem e finalizando-se com a remoção do lubrificante de prensagem e sinterização. Na etapa de prensagem recorreu-se a uma prensa uniaxial com sistema CNC, tendo sido colocado o pó reciclado e efectuada uma pré-compactação; seguidamente, introduziu-se o pó virgem e realizou-se a prensagem final. Foram utilizados dois ciclos térmicos no processo de sinterização por SinterHIP. Foram caracterizadas duas amostras de bimaterial, correspondentes a cada um dos pós virgem utilizados (com parafina e com PEG), recorrendo à análise estrutural (DRX), micoestruturais e química (SEM/EDS), magnética (balança magnética e força coerciva) e mecânica (dureza e tenacidade à fratura). As peças de bimaterial produzidas apresentaram uma densificação elevada em toda a peça, sem vestígios de porosidade ou de segundas fases, e não apresentaram empenos significativos. A análise química e microestrutural mostrou existir um gradiente de cobalto nas peças produzidas que se traduz num gradiente de propriedades magnéticas e mecânicas. Este gradiente de Co e de propriedades foi avaliado, tendo em perspectiva a produção de peças com uma zona de trabalho detentora de propriedades mecânicas adequadas à sua função de corte e dentro dos parâmetros de qualidade da empresa.In this work, the incorporation of WC-Co powder residues from the re-jected parts of the pressing stage and machining of the green parts, dur-ing the production of carbide cutting inserts was investigated. The recy-cled powder was incorporated in a cylindrical part in variable amounts between 50-70%, constituting the support base of the part. The other part of the cylinder, the pristine part, corresponding to the working zone of the part, consists of a pristine powder with controlled composition. These pieces, with two types of powders, were named bimaterials. Two types of pristine powders of the same grade were selected, but us-ing paraffin as a lubricant in one case and polyethylene glycol (PEG) in the other. These pristine powders, as well as the powder resulting from the mixture of residues, were initially analyzed with the systematic char-acterization at the level of chemical composition (X-ray fluorescence), crystal structure /X- ray diffraction, XRD), morphology (scanning elec-tron microscopy, SEM) and particle size distributions (Coulter). It was also evaluated its thermal behavior after compaction by dilatometric analysis and the magnetic behavior (magnetic balance and coercive force). The development of the bimaterials was done according to the pro-cessing steps available at the company Palbit, starting with the prepara-tion of the powder mixtures, followed by milling, granulating, pressing and ending with the lubricant removal and sintering. In the pressing step an uniaxial press with CNC system was used. The recycled powder was placed and a precompaction was carried out; then the pristine powder was introduced and the final pressing realized. Two thermal cycles were used in the SinterHIP sintering process. Two samples of bimaterial, corresponding to each of the pristine pow-ders used (with paraffin and with PEG) were characterized, using struc-tural analysis (XRD), microstructural and chemical analysis (SEM / EDS), magnetic (magnetic balance and coercive force) and mechanical analyses (hardness and fracture toughness). The pieces of bimaterial produced showed a high densification through-out the piece, without trace of porosity or second phases, and did not present significant deformations. The chemical and microstructural analysis showed that there is a cobalt gradient in the parts produced which transposes into a gradient of magnetic and mechanical proper-ties. This gradient of Co and properties was evaluated, taking into ac-count the production of parts with a work zone that possesses mechani-cal properties adequate to its cutting function and within the quality pa-rameters of the company

A sequence to sequence long short-term memory network for footwear sales forecasting

Footwear sales forecasting is a critical task for supporting product managerial decisions, such as the management of footwear stocks and production levels. In this paper, we explore a recently proposed Sequence to Sequence (Seq2Seq) Long Short-Term Memory (LSTM) deep learning architecture for multi-step ahead footwear sales Time Series Forecasting (TSF). The analyzed Seq2Seq LSTM neural network is compared with two popular TSF methods, namely ARIMA and Prophet. Using real-world data from a Portuguese footwear company, several computational experiments were held. Focusing on daily sales, we analyze data recently collected during a 3-year period (2019-2021) and related with seven types of products (e.g., sandals). The evaluation assumed a robust and realistic rolling window scheme that considers 28 training and testing iterations, each related with one week of multi-step ahead predictions. Overall, competitive predictions were obtained by the proposed LSTM model, resulting in a weekly Normalized Mean Absolute Error (NMAE) that ranges from 5% to 11%.- This work was financed by the project "GreenShoes 4.0 Calcado, Marroquinaria e Tecnologias Avancadas de Materiais, Equipamentos e Software" (N. POCI-01-0247-FEDER-046082), supported by COMPETE 2020, under the PORTUGAL 2020 Partnership Agreement, through the European Regional Development Fund (ERDF)