Nontumoral portal vein thrombosis in patients with and without cirrhosis : clinical significance, natural history of varices and efficacy of anticoagulation

A cirrose caracteriza-se por um estado de hipercoagulabilidade. A incidência de trombose da veia porta (TVP) aumenta na cirrose avançada. O impacto da TVP na história natural de cirrose não é claro. A segurança de anticoagulação na cirrose avançada e TVP não é clara e o seu impacto na sobrevida livre de transplante hepático ortotopico (THO) na cirrose avançada e TVP é controverso. Em doentes com trombose da veia porta não-cirrótica e não-tumoral (TVPNCNT) crónica, existe escassa evidência sobre a história natural de varizes esófagogastricas que são habitualmente manejadas como na cirrose. Não existe evidência relativa à eficácia desta estratégia. No primeiro estudo desta tese, uma coorte de 241 doentes com cirrose sem TVP foi seguida prospectivamente e verificamos que a descompensação prévia de cirrose e trombocitopenia foram factores independentes predizentes de desenvolvimento de TVP. A TVP não foi factor predizente independente de descompensações de cirrose ou de sobrevida livre de THO. No segundo estudo, uma análise retrospectiva duma coorte prospectiva de 178 doentes com TVPNCNT crónica, verificamos que o curso natural de varizes esofagogástricas é semelhante ao de doentes com cirrose. No terceiro estudo, uma análise retrospectiva de 80 doentes com cirrose e TVP não-tumoral, constatamos que a anticoagulação, embora não melhorasse a sobrevida global livre de THO, associou-se a melhoria de sobrevida apenas em doentes com cirrose avançada. A anticoagulação aumentou significativamente a recanalização da TVP e deverá ser mantida para prevenir a retrombose. Em conclusão, a descompensação prévia de cirrose e trombocitopenia predizem independentemente, maior risco de desenvolvimento de TVP. A TVP não influenciou independentemente, descompensações de cirrose ou a sobrevida livre de THO. A anticoagulação foi segura e aparenta melhorar a sobrevida livre de THO na cirrose avançada. Na TVPNCNT crónica a mesma estratégia terapêutica como na cirrose associou-se a um baixo risco de hemorragia e mortalidade.Cirrhosis is considered a hipercoagulable state and there is strong evidence that the incidence of nontumoral portal vein thrombosis (PVT) increases in advanced cirrhosis. There is conflicting data regarding the impact of PVT on the natural history of cirrhosis. The safety of anticoagulation especially in patients with advanced cirrhosis and PVT is unclear. The impact of anticoagulation in patients with cirrhosis and PVT on orthotopic liver transplant (OLT) free survival is controversial. There is scant data regarding natural history of gastroesophageal varices in patients with chronic noncirrhotic nontumoral PVT (NCNTPVT), which are usually managed as in cirrhosis. There is no evidence regarding efficacy of this policy. In the first study of this thesis, a cohort of 241 patients with cirrhosis without PVT at study inclusion were evaluated prospectively and we found that prior decompensation of cirrhosis and thrombocytopenia independently predicted development of PVT. PVT did not independently predict higher risk of cirrhosis decompensations and lower OLT free survival. In the second study, a retrospective analysis of a prospective cohort of 178 patients with chronic NCNTPVT, we found that the course of esophagogastric varices appears to be similar to that in cirrhosis. In the third study, a retrospective analysis of 80 patients with cirrhosis with nontumoral PVT, although anticoagulation did not improve OLT free survival of the entire study cohort, it was associated with significantly higher survival in advanced cirrhosis. Anticoagulation was safe, significantly increased PVT recanalization and should be maintained to avoid rethrombosis. In conclusion, prior decompensation of cirrhosis and thrombocytopenia predicted higher risk of developing PVT. PVT did not independently influence cirrhosis decompensations or OLT free survival. Anticoagulation appears to improve OLT free survival only in advanced cirrhosis. In chronic NCNTPVT using the same therapeutic approach as for cirrhosis was associated with a low risk of bleeding and death

DEVELOPMENT OF A COMPUTATIONAL RESOURCE FOR PERSONALIZED DIETARY RECOMMENDATIONS

There is a global increase in the incidence of non-communicable diseases associated with unhealthy food intakes. Conditions such as diabetes, heart disease, high blood pressure, and strokes represent a high societal impact and an economic burden for health-care systems around the world. To understand these diseases, one needs to account the several factors that influence how the human body processes food, some of which are determined by the genome and patterns of gene expression that translate to the ability - or lack of - to degrade and absorb certain nutrients. Other factors, like the gut microbiota, are more volatile because its composition is highly moldable by diet and lifestyle. Multi-omics technologies can support the comprehensive collection of dietary intake data and monitoring of the health status of individuals. Also, a correct analysis of this data could lead to new insights about the complex processes involved in the digestion of dietary components and their involvement in the prevention or the appearance of health problems, but its integration and interpretation are still problematic. Thus, in this thesis, we propose the utilization of Constraint-Based Reconstruction and Analysis (COBRA) methods as a framework for the integration of this complex data. To achieve this goal, we have created a knowledge-base, the Virtual Metabolic Human (VMH), that combines information from large-scale models of metabolism from the human organism and typical gut microbes, with food composition information, and a disease compendium. VMH’s unique combination of resources leverages the exploration of metabolic pathways from different organisms, the inclusion of dietary information into in-silico experiments through its own diet designer tool, visualization and analysis of experimental and simulation data, and exploring disease mechanisms and potential treatment strategies. VMH is a step forward in providing the necessary tools to investigate the mechanisms behind the influence of diet in health and disease. Tools such as the diet designer can be used as a basis for diet optimization by predicting combinations of foods that can contribute to specific metabolic outcomes, which has the potential to be integrated and translated into treatment development and dietary recommendations in the foreseeable future

Development of a computational platform for the visualization of metabolic models

Dissertação de mestrado em BioinformáticaThe recent sequencing techniques and omics approaches are generating huge amounts of data that can provide ways to extract meaningful knowledge, by resorting to appropriate computational tools. One important technique resorts to the use of genome scale model reconstructions. These models are widely used in Metabolic Engineering, attempting to optimize an organism's functions, genetically modifying it to produce compounds of industrial interest. Another area that became widely important within the fields of Systems Biology and Bioinformatics was network analysis and visualization. Networks can provide a way to better understand the relationships between biological entities, by allowing their visual representation. However, biological networks usually comprise a large number of entities and interactions, that cannot be easily interpreted by the human eye. Integrating visualization and analysis is, therefore, a goal of high interest in several scientific areas, and this has been tackled by several visualization tools available. However, regarding the integration of metabolic engineering techniques with metabolic network visualization, there are still few examples of success. Usually, it is necessary to use more than one tool and the agility of the methods is limited. In this work, a metabolic network visualization framework is presented, with the goal of being a tool that will help researchers in metabolic engineering projects. This framework is divided in two layers: the first deals with the importation and exportation of networks in different formats, while the other layer provides all the visualization and edition features. A metabolic layout is based on the reactions contained in the metabolic model, and it can represent just a part of the metabolism of an organism. To have the possibility to use the same layout in different models, a strategy was defined to map the entities of the visualization with the entities of the model. The layouts are displayed in a bipartite graph, with different node types and colors. It is possible to visualize additional information of the network by clicking the nodes. Some of the features include dragging, zooming and highlighting. On top of all this, it is also possible to apply filters and overlap information over these networks. The filters can change what is visible in the network, while the overlaps allow defining new labels, colors and shapes to the nodes, and new colors and thickness to the edges. Finally, the framework was also integrated within OptFlux, an open-source software to support metabolic engineering available at www.optflux.org, to provide a connection between visualization and metabolic simulation methods.As recentes técnicas de sequenciação e as abordagens "ómicas" estão a gerar enormes quantidades de dados que, através do uso de ferramentas computacionais adequadas, podem fornecer formas de extraccão de conhecimento biológico significativo. Uma importante metodologia recorre à reconstrução de modelos metabólicos à escala genómica. Estes modelos são muito usados na Engenharia Metabólica, tentado-se optimizar o funcionamento do organismo, modificando-o geneticamente, de forma a maximizar a produção de compostos de interesse industrial. Outra área de estudo que tem ganho bastante importância nos campos da Biologia de sistemas e Bioinformática é a análise e visualização de redes. As redes podem oferecer formas de melhor compreender as relações existentes entre entidades biológicas, fornecendo uma representação visual destes relacionamentos. No entanto, as redes biológicas, usualmente, são compostas por um elevado número de entidades e relacionamentos, o que pode tornar difícil a sua interpretação a "olho nu". A integração de visualização e análise sempre foi um objectivo de interesse em todas as áreas científicas, e respostas a este problema têm surgido sob a forma de diferentes ferramentas. No entanto, no que se refere à integração de técnicas de engenharia metabólica com visualização de redes metabólicas, existem ainda poucos exemplos com sucesso. Usualmente, é necessário o uso de diversas ferramentas e as funcionalidades e flexibilidade é ainda limitada. Neste trabalho é apresentada uma plataforma para a visualização de redes metabólicas, com o objectivo de ser uma ferramenta que assista investigadores em projectos de engenharia metabólica. Esta plataforma está dividida em duas camadas: a primeira lida com a importação e exportação de redes em diferentes formatos, enquanto a outra camada oferece todas as funcionalidades de visualização e edição. Um layout metabólico é baseado nas reaccões contidas num modelo metabólico, e pode representar apenas uma parte do metabolismo do organismo. De forma a ser possível utilizar o mesmo layout em modelos diferentes, foi definida uma estratégia para mapear as entidades da visualização com as entidades do modelo. Os layouts são representados sob a forma de um grafo bi-partido, com diferentes tipos de nodos e cores. É possível visualizar informação adicional sobre a rede clicando nos nodos. Algumas das funcionalidades incluem arrastar, focar e realçar partes da rede. Para além de tudo isto, é possível aplicar filtros e sobrepor informação sobre a rede. Os filtros permitem definir o que é visível na rede, enquanto a sobreposição permite definir novas etiquetas, formas e cores dos nodos e cores e espessura das conecções. Finalmente, a plataforma foi integrada no OptFlux, uma ferramenta de código aberto para engenharia metabólica que está disponível em www.optflux.org, de forma a estabelecer uma conexão entre a visualização de redes metabólicas e métodos de simulação do metabolismo.ERDF - European Regional Development Fund through the COMPETE Programme (operational programme for competitiveness)Fundação para a Ciência e a Tecnologia (FCT) - COMPETE FCOMP-01-0124-FEDER-015079 and PEst-OE/EEI/UI0752/201

Visualization plugin for Optflux: tools for the creation of metabolic layouts and analysis of flux distributions

The reconstruction of genome scale metabolic models is one of the major challenges of Systems Biology. These models are used to better understand the organisms’ metabolic functions and predict their behavior in the form of flux distributions. Their increasing availability and use for the integrated analysis with high-throughput data has exacerbated the need for tools to visualize large scale models/networks. This problem was addressed with graph-drawing software such as Cytoscape, which allows the visualization of arbitrary graphs. However, the output from these platforms is visually distinct from the more traditional and empirically based metabolic layouts. In this work, we present a new plugin for the OptFlux[1] framework, an open-source and modular software to support in silico Metabolic Engineering. The main goals of this novel plugin are to allow the creation, edition and visualization of metabolic layouts and to provide a user-friendly way to analyze results generated by other tools in OptFlux, such as phenotype simulation and strain optimization results. To represent metabolic layouts, the software uses a directed bipartite graph, where nodes are reactions and metabolites. Metabolites can be marked as a currency metabolite, a feature used to represent cofactors or other secondary metabolites. Reactions represent interactions between two sets of metabolites (products and reactants). The plugin is able to read metabolic layouts from several file formats, including specialized formats, such as CellDesigner SBML variant, KEGG -ML or BIGG maps, and generic representations, such as SBGN-ML or XGMML (a format that is supported, for instance, by Cytoscape). Users can also create their own layouts using a set of reactions from a pre-loaded model. The framework uses a force directed layout[2] strategy to calculate the best position of each node and allows the user to fix, replicate or merge nodes to simplify the visualization. An important feature is the ability to overlap results from other OptFlux plug-ins over the metabolic layout. An example is the overlap of flux distributions, where the thickness of the reaction edges are changed according to the flux values, while the genetic transformations (e.g. deletions, over/under expression) are also highlighted, with the relevant nodes changed in color and shape. Users are also able to compare flux distributions

Designing a mobile collaborative system for navigating and reviewing oil industry cad models

In this paper, we describe an industrial experience with the creation of a new product for collaboratively navigating and reviewing 3D engineering models, applied to the oil industry. Together with professional oil industry engineers from a large oil company, a team of HCI researchers per formed task analysis and storyboards, designed, imple mented and qualitatively evaluated a prototype that com bines the power of mobility brought by tablets with new navigation modes that employ every sensor present in the tablet to deliver a better experience. The system was the target of a qualitative assessment made by architects and oil industry engineering experts. Lessons learned are valuable, both in terms of performance and experience design, issues that necessarily arise when creating new collaborative vir tual reality systemsinfo:eu-repo/semantics/publishedVersio

ESTÁGIO SUPERVISONADO EM SERVIÇO SOCIAL: a percepção dos supervisores de campo e docentes

Este artigo tem como objetivo destacar a visão dos supervisores de campo, e docentes sobre a formação profissional dos assistentes sociais na cidade de Manaus. Traz considerações para o debate acerca do projeto de formação em Serviço Social, destacando a supervisão de estágio como um pilar importante nesse processo. Trata-se de resultados de pesquisas de iniciação científica realizadas em campo com os sujeitos que compõe este trabalho. A temática da formação profissional está na ordem do dia, sobretudo, no cenário atual do ensino superior com modalidades de cursos aligeirados e que tem posto à profissão inúmeros desafio, especialmente, por diferentes direcionamentos teóricos que divergem daquele eleito coletivamente pela categoria profisisonal. Os resultados mostram o domínio e o entendimento que os sujeitos entrevistados têm sobre a importância do estágio na formação profissional em Serviço Social, visto que esse é o momento privilegiado para os sujeitos envolvidos façam analises da realidade

MULHER NEGRA E MÍDIAS SOCIAIS: construção identitária de jovens negras no Colégio Estadual Bráulio Xavier de Arataca - BA

O presente trabalho tem por tema a mulher negra nas mídias sociais, buscando analisar da influência das mídias sociais feministas negras dentro do espaço escolar do Colégio Estadual Bráulio Xavier de Arataca-BA. A problemática perpassa a percepção que as jovens negras têm de si enquanto mulheres e enquanto negras, analisando assim também o próprio conceito de identidade, de feminismo, de classe e raça que naquele microcosmo existe. A pesquisa conta com análise bibliográfica, levantamento de dados e elaboração de um trabalho final em que são analisados os dados coletados. Espera-se que com essa pesquisa, possamos entender o perfil que a mulher negra tem, dentro do feminismo negro, e a forma como ela atua nas mídias sociais, identificando assim qual enfim, é o lugar de fala que essas jovens negras possuem na sociedade.

A lacuna de tratamento em epilepsia em duas cidades do sudeste do Brasil

OBJECTIVE: To assess the epilepsy treatment gap in Campinas and São José do Rio Preto, two cities in the State of São Paulo, Brazil. METHOD: The treatment gap was estimated using the formula n1-n2/n1x100, where n1 was calculated using 1.86% prevalence and represented the number of individuals with epilepsy, while n2 represented the number of people who could be treated with an adult standard dose for a year utilizing the antiepileptic drugs supplied by the public health system. RESULTS: Our estimates revealed that in 2001, approximately 50% of the population with epilepsy was treated with the recommended antiepileptic medication. CONCLUSION: These results suggest that a relevant percentage of patients with epilepsy are not untreated. Further epidemiological studies are needed to investigate the reasons for this treatment gap so that interventions can reduce this gap and improve the quality of life of patients with epilepsy.OBJETIVO: Estimar a lacuna de tratamento em epilepsia nas cidades de Campinas e São José do Rio Preto, interior do Estado de São Paulo. MÉTODO: Estimamos a lacuna de tratamento através da fórmula n1-n2/n1x100, onde se utiliza o número de pessoas com epilepsia, calculado pela prevalência (n1), e a quantidade de pessoas que podem ser tratadas com a dose padrão para adultos das DAEs, distribuídas no período de um ano na localidade (n2). Usamos a prevalência estimada de 1,86% e consumo de medicação antiepiléptica fornecida pela rede básica de saúde nestas duas cidades. RESULTADOS: Nossas estimativas mostram que somente em torno de metade da população com epilepsia foi tratada em 2001 usando doses preconizadas de medicação antiepiléptica. CONCLUSÃO: A nossa estimativa aponta que uma parcela importante dos pacientes com epilepsia não está sendo tratada no nosso meio. Estudos epidemiológicos futuros devem explorar os motivos desta lacuna de tratamento para que intervenções sejam realizadas para melhorar a qualidade de vida dos pacientes com epilepsia.76176