International genome-wide meta-analysis identifies new primary biliary cirrhosis risk loci and targetable pathogenic pathways.

Primary biliary cirrhosis (PBC) is a classical autoimmune liver disease for which effective immunomodulatory therapy is lacking. Here we perform meta-analyses of discovery data sets from genome-wide association studies of European subjects (n=2,764 cases and 10,475 controls) followed by validation genotyping in an independent cohort (n=3,716 cases and 4,261 controls). We discover and validate six previously unknown risk loci for PBC (Pcombined<5 × 10(-8)) and used pathway analysis to identify JAK-STAT/IL12/IL27 signalling and cytokine-cytokine pathways, for which relevant therapies exist

Red Nacional de reconocedores de suelos.

Los relevamientos sistemáticos de suelos en Argentina comenzaron en la década de 1960, en el marco del Plan Mapa de Suelos. Dicho plan, desarrollado y liderado por el INTA, dio impulso a la formación de especialistas y a la producción de cartografía de suelos a diferentes escalas. Sin embargo, a partir del año 2000 las actividades se redujeron notablemente y gran parte de los equipos provinciales formados hasta ese momento se desarticularon. Desde entonces los relevamientos continuaron de manera aislada sólo en aquellas provincias donde se mantuvieron los grupos de trabajo. Este hecho condujo a que actualmente diferentes regiones del país no cuenten con información acerca de las propiedades y distribución de suelos a una escala adecuada para la toma de decisiones. En este contexto, en el 2018 se crea la Red Nacional de Reconocedores de Suelos (RNRS) que organiza las capacidades técnicas y operativas a nivel nacional para dar pronta respuesta a la creciente demanda de cartografía. Se trata de un equipo interinstitucional e interdisciplinario de especialistas distribuidos por todo el país, que realiza tareas de relevamiento, produce y difunde cartografía básica y utilitaria de suelos, ofrece capacitación y genera espacios de discusión y actualización metodológica. A la fecha, la RNRS ha relevado aproximadamente 760.000 ha en el sur de Córdoba, estimando completar durante el presente año el relevamiento del departamento Río Cuarto. Esta estrategia organizacional permitirá avanzar en el mapeo semidetallado de suelos en nuestro país, estableciendo vinculaciones sinérgicas entre profesionales de diferentes instituciones a fin de fortalecer y potenciar los equipos de trabajo en cada región. El motivo de esta contribución es presentar la RNRS, sus objetivos, avances a la fecha y desafíos a futuro, haciendo una breve revisión del estado actual de los relevamientos a escala semidetallada en nuestro país.Fil: Moretti, Lucas M. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Cerro Azul; ArgentinaFil: Rodriguez, Darío M. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Suelos; ArgentinaFil: Schulz, Guillermo A. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Suelos; ArgentinaFil: Kurtz, Ditmar Bernardo. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Corrientes; ArgentinaFil: Altamirano D. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Manfredi; ArgentinaFil: Amin, S. Universidad Nacional de Río Cuarto; ArgentinaFil: Angelini, Marcos Esteban. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Suelos; Argentina. Wageningen University. Soil Geography and Landscape group; Holanda. International Soil Reference and Information Centre. World Soil Information; HolandaFil: Babelis, German Claudio. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria San Juan; ArgentinaFil: Becerra, Alejandra Gabriela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Córdoba. Instituto Multidisciplinario de Biología Vegetal. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Exactas Físicas y Naturales. Instituto Multidisciplinario de Biología Vegetal; ArgentinaFil: Bedendo, Dante Julian. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Paraná; ArgentinaFil: Boldrini, C. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Marcos Juárez. Agencia de Extensión Rural Río Cuarto; AgentinaFil: Bongiovanni, C. Universidad Nacional de Río Cuarto; ArgentinaFil: Bozzer, S. Universidad Nacional de Río Cuarto; ArgentinaFil: Cabrera, A. Universidad Nacional de Río Cuarto; ArgentinaFil: Canale, A. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Marcos Juárez. Agencia de Extensión Rural Río Cuarto; AgentinaFil: Chilano, Y. Universidad Nacional de Río Cuarto; ArgentinaFil: Cholaky, Carmen. Universidad Nacional de Río Cuarto. Facultad de Agronomía y Veterinaria; ArgentinaFil: Cisneros; José Manuel. Universidad Nacional de Río Cuarto. Cátedra de Uso y Manejo de Suelos; ArgentinaFil: Colazo, Juan Cruz. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria San Luis; ArgentinaFil: Corigliano, J. Universidad Nacional de Río Cuarto; ArgentinaFil: Degioanni, Américo José. Universidad Nacional Río Cuarto. Facultad de Agronomía y Veterinaria. Departamento de Ecología Agraria; ArgentinaFil: de la Fuente, Juan Carlos Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Suelos; ArgentinaFil: Escobar, Dardo. Ministerio de Agricultura, Ganadería y Pesca; ArgentinaFil: Faule, L. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Manfredi. Córdoba. ArgentinaFil: Galarza, Carlos Martin. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Marcos Juárez; ArgentinaFil: González, J. Universidad Nacional de Río Cuarto; ArgentinaFil: Holzmann, R. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Alto Valle; ArgentinaFil: Irigoin, Julieta. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Suelos; Argentina. Universidad Nacional de Luján. Departamento Tecnología; ArgentinaFil: Lanfranco, M. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Manfredi; ArgentinaFil: León Giacosa, C. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Rafaela; ArgentinaFil: Matteio, J.P. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Suelos; ArgentinaFil: Márquez, C. Gobierno de Córdoba. Ministerio de Agricultura y Ganadería; ArgentinaFil: Marzari, R. Universidad Nacional de Río Cuarto; ArgentinaFil: Mattalia, M.L. Universidad Nacional de Río Cuarto; ArgentinaFil: Morales Poclava, P.C. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Salta; ArgentinaFil: Muñoz, S. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Marcos Juárez; ArgentinaFil: Paladino, Ileana Ruth. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Suelos; Argentina. Universidad Nacional de Lomas de Zamora. Facultad de Ciencias Agrarias; ArgentinaFil: Parra, B. Universidad Nacional de Río Cuarto; ArgentinaFil: Pérez, M. Gobierno de Córdoba. Ministerio de Agricultura y Ganadería; ArgentinaFil: Pezzola, A. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Hilario Ascasubi; ArgentinaFil: Perucca, S. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Marcos Juárez. Agencia de Extensión Rural Río Cuarto; ArgentinaFil: Porcel de Peralta, R. Gobierno de Córdoba. Ministerio de Agricultura y Ganadería; ArgentinaFil: Renaudeau, S. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Corrientes; ArgentinaFil: Salustio, M. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Marcos Juárez. Agencia de Extensión Rural Río Cuarto; ArgentinaFil: Sapino, V. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Rafaela; ArgentinaFil: Tenti Vuegen, L.M. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Suelos. ArgentinaFil: Tosolini, R. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Rafaela; ArgentinaFil: Vicondo, M.E. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Manfredi; Argentina. Universidad Nacional de Córdoba. ArgentinaFil: Vizgarra, L.A. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Quimili; ArgentinaFil: Ybarra, D.D. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Corrientes; ArgentinaFil: Winschel, C. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Hilario Ascasubi; ArgentinaFil: Zamora, E. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Corrientes; Argentin

Immunochip analyses identify a novel risk locus for primary biliary cirrhosis at 13q14, multiple independent associations at four established risk loci and epistasis between 1p31 and 7q32 risk variants.

To further characterize the genetic basis of primary biliary cirrhosis (PBC), we genotyped 2426 PBC patients and 5731 unaffected controls from three independent cohorts using a single nucleotide polymorphism (SNP) array (Immunochip) enriched for autoimmune disease risk loci. Meta-analysis of the genotype data sets identified a novel disease-associated locus near the TNFSF11 gene at 13q14, provided evidence for association at six additional immune-related loci not previously implicated in PBC and confirmed associations at 19 of 22 established risk loci. Results of conditional analyses also provided evidence for multiple independent association signals at four risk loci, with haplotype analyses suggesting independent SNP effects at the 2q32 and 16p13 loci, but complex haplotype driven effects at the 3q25 and 6p21 loci. By imputing classical HLA alleles from this data set, four class II alleles independently contributing to the association signal from this region were identified. Imputation of genotypes at the non-HLA loci also provided additional associations, but none with stronger effects than the genotyped variants. An epistatic interaction between the IL12RB2 risk locus at 1p31and the IRF5 risk locus at 7q32 was also identified and suggests a complementary effect of these loci in predisposing to disease. These data expand the repertoire of genes with potential roles in PBC pathogenesis that need to be explored by follow-up biological studies

Classical HLA-DRB1 and DPB1 alleles account for HLA associations with primary biliary cirrhosis.

Susceptibility to primary biliary cirrhosis (PBC) is strongly associated with human leukocyte antigen (HLA)-region polymorphisms. To determine if associations can be explained by classical HLA determinants, we studied Italian, 676 cases and 1440 controls, genotyped with dense single-nucleotide polymorphisms (SNPs) for which classical HLA alleles and amino acids were imputed. Although previous genome-wide association studies and our results show stronger SNP associations near DQB1, we demonstrate that the HLA signals can be attributed to classical DRB1 and DPB1 genes. Strong support for the predominant role of DRB1 is provided by our conditional analyses. We also demonstrate an independent association of DPB1. Specific HLA-DRB1 genes (*08, *11 and *14) account for most of the DRB1 association signal. Consistent with previous studies, DRB1*08 (P=1.59 7 10(-11)) was the strongest predisposing allele, whereas DRB1*11 (P=1.42 7 10(-10)) was protective. Additionally, DRB1*14 and the DPB1 association (DPB1*03:01; P=9.18 7 10(-7)) were predisposing risk alleles. No signal was observed in the HLA class 1 or class 3 regions. These findings better define the association of PBC with HLA and specifically support the role of classical HLA-DRB1 and DPB1 genes and alleles in susceptibility to PBC

Genome-wide meta-analyses identify three loci associated with primary biliary cirrhosis

A genome-wide association screen for primary biliary cirrhosis risk alleles was performed in an Italian cohort. The results from the Italian cohort replicated IL12A and IL12RB associations, and a combined meta-analysis using a Canadian dataset identified newly associated loci at SPIB (P = 7.9 × 10-11, odds ratio (OR) = 1.46), IRF5-TNPO3 (P = 2.8 × 10 -10, OR = 1.63) and 17q12-21 (P = 1.7 × 10-10, OR = 1.38). © 2010 Nature America, Inc. All rights reserved

X Chromosome Contribution to the Genetic Architecture of Primary Biliary Cholangitis.

BACKGROUND & AIMS: Genome-wide association studies in primary biliary cholangitis (PBC) have failed to find X chromosome (chrX) variants associated with the disease. Here, we specifically explore the chrX contribution to PBC, a sexually dimorphic complex autoimmune disease. METHODS: We performed a chrX-wide association study, including genotype data from 5 genome-wide association studies (from Italy, United Kingdom, Canada, China, and Japan; 5244 case patients and 11,875 control individuals). RESULTS: Single-marker association analyses found approximately 100 loci displaying P < 5 × 10(-4), with the most significant being a signal within the OTUD5 gene (rs3027490; P = 4.80 × 10(-6); odds ratio [OR], 1.39; 95% confidence interval [CI], 1.028-1.88; Japanese cohort). Although the transethnic meta-analysis evidenced only a suggestive signal (rs2239452, mapping within the PIM2 gene; OR, 1.17; 95% CI, 1.09-1.26; P = 9.93 × 10(-8)), the population-specific meta-analysis showed a genome-wide significant locus in East Asian individuals pointing to the same region (rs7059064, mapping within the GRIPAP1 gene; P = 6.2 × 10(-9); OR, 1.33; 95% CI, 1.21-1.46). Indeed, rs7059064 tags a unique linkage disequilibrium block including 7 genes: TIMM17B, PQBP1, PIM2, SLC35A2, OTUD5, KCND1, and GRIPAP1, as well as a superenhancer (GH0XJ048933 within OTUD5) targeting all these genes. GH0XJ048933 is also predicted to target FOXP3, the main T-regulatory cell lineage specification factor. Consistently, OTUD5 and FOXP3 RNA levels were up-regulated in PBC case patients (1.75- and 1.64-fold, respectively). CONCLUSIONS: This work represents the first comprehensive study, to our knowledge, of the chrX contribution to the genetics of an autoimmune liver disease and shows a novel PBC-related genome-wide significant locus.The article is available via Open Access. Click on the 'Additional link' above to access the full-text.Published version, accepted versio