Molecular Insights into the Substrate-Assisted Mechanism of Viral DNA 3′-End Processing in Intasome of Prototype Foamy Virus Integrase from Molecular Dynamic and QM/MM Studies

Integrases participate in two important steps for virus replication such as 3′-end processing of viral DNA (vDNA) and nuclear entry of host DNA (hDNA). In this work, insight into the structural changes in intasome of prototype foamy virus integrase (PFV-IN) complexed with vDNA from classical molecular dynamic (MD) simulations are done. Analysis of the results reveal the existence of alternative conformations of the enzyme active site indicating that the 3′-end processing reaction can occur according to three different pathways and taking place with the possible participation of aspartate 185 of a neighboring phosphate group or involving an internal phosphate group of the substrate. In this work, one of them, the so-called substrate-assisted mechanism was explored by QM/MM methods. The free energy barriers of 34.4 kcal mol–1 for the first and 35.3 kcal mol–1 for the second step of reaction computed with free energy perturbation (FEP) methods at the M06-2X/AMBER level show that 3′-end processing has to proceed via a different mechanism than studied herein. Nevertheless, the obtained results are in good agreement with the experimental observations that the substitution of the key atom for this mechanism, oxygen by sulfur, did not influence the catalysis. Additionally, the obtained mechanism reveals significant similarities to the previously studied substrate-assisted mechanism in twister ribozyme. The possible role of Mg2+ in the active site is discussed

A new species of Ectrepesthoneura from Baltic amber (Diptera: Mycetophilidae)

A new species of fungus gnats of the genus Ectrepesthoneura from Baltic amber is described based on one male. The species is characterized by large cerci and deeply divided tergite IX. (Dipteron 32: 44-49)

The importance of operating surplus in the budget of municipalities and cities with county rights on the example of the Wielkopolskie and Lubelskie voivodeship

Znaczenie nadwyżki operacyjnej w budżecie jednostek samorządu terytorialnego wzrosło w związku z obowiązywaniem od 2011 roku wymogu równoważenia budżetu bieżącego, a od 2014 roku indywidualnego wskaźnika zadłużenia, wyliczanego na podstawie nadwyżki operacyjnej. Rozwiązania te skutkowały przeformułowaniem gospodarki finansowej tych jednostek. Celem artykułu jest zbadanie na przykładzie województwa wielkopolskiego i lubelskiego, w jakich jednostkach samorządu terytorialnego występuje nadwyżka operacyjna i na co jest przeznaczana. Realizacji wyznaczonego celu posłużyła analiza takich wskaźników, jak średnie dochody i wydatki bieżące oraz wynik operacyjny i wydatki majątkowe. Zostało również przeanalizowane wykorzystanie nadwyżki operacyjnej przez badane jednostki do zaciągania i spłaty zobowiązań.The importance of the operating surplus in the budget of local government units increased due to the requirement to balance the current budget from 2011, and from 2014 the individual debt index, calculated on the basis of the operating surplus. These solutions resulted in a reformulation of the financial management of these units. The purpose of the article is to examine, on the example of the Wielkopolskie and Lubelskie voivodships, in which local government units the operating surplus is available and for which it is allocated. The implementation of the set objective was used to analyze such indicators as average current income and spending as well as operating result and property spending. The use of the operating surplus by the audited units to incur and repay liabilities was also [email protected]ł Finansów i Bankowości, Wyższa Szkoła Bankowa w PoznaniuDenek E., Dylewski M., 2013, Szacowanie poziomu zadłużenia samorządu terytorialnego w warunkach zwiększonego ryzyka utraty płynności finansowej, Wydawnictwo Difin, Warszawa.Lubińska T., Franek S., Będziszak M., 2007, Potencjał dochodowy samorządu w Polsce. Na tle zmian ustawy o dochodach jednostek samorządu terytorialnego, Wydawnictwo Difin, Warszawa.Lubińska T., 2011, Reguła limitowanej nierównowagi sektora finansów publicznych jako kluczowe narzędzie ograniczenia samorządowego długu publicznego, [w:] Zarządzanie długiem publicznym. Aspekty finansowe i płynnościowe, Denek E., Filipiak B. (red.), „Zeszyty Naukowe Wyższej Szkoły Bankowej w Poznaniu”, nr 36, Wydawnictwo WSB w Poznaniu, Poznań.Nadwyżka operacyjna w jednostkach samorządu terytorialnego w latach 2011–2013, 2014, Ministerstwo Finansów, Warszawa.Patrzałek L., 2010, Finanse publiczne samorządu terytorialnego, Wydawnictwo Uniwersytetu Ekonomicznego we Wrocławiu, Wrocław.Piotrowska-Marczak K., 2011, Zagrożenia rozwoju jednostek samorządu terytorialnego – aspekt finansowy, „Zeszyty Naukowe Uniwersytetu Szczecińskiego”, nr 682, „Ekonomiczne Problemy Usług”, nr 76, Wyzwania dla samorządów w nowej perspektywie europejskiej, VII Forum Samorządowe, Szczecin.Poniatowicz M., 2014, Wpływ kryzysu gospodarczego na systemy finansowe jednostek samorządu terytorialnego. Na przykładzie największych miast w Polsce, Wydawnictwo Difin, Warszawa.Ustawa z dnia 5 czerwca 1998 r. o samorządzie powiatowym (Dz. U. nr 91, poz. 578).Ustawa z dnia 8 grudnia 2006 r. o zmianie ustawy o finansach publicznych oraz niektórych innych ustaw (Dz.U. nr 249, poz. 1832).Ustawa z dnia 27 sierpnia 2009 r. o finansach publicznych (Dz.U. nr 157, poz. 1240 z późn. zm.).2(92)617

Theoretical studies of energetics and binding isotope effects of binding a triazole-based inhibitor to HIV-1 reverse transcriptase

Understanding of protein-ligand interactions is crucial for rational drug design. Binding isotope effects, BIEs, can provide intimate details of specific interactions between individual atoms of an inhibitor and the binding pocket. We have applied multi-scale QM/MM simulations to evaluate binding energetics of a novel triazole-based non-nucleoside inhibitor of HIV-1 reverse transcriptase and to calculate associated BIEs. The binding sites can be distinguished based on the 18O-BIE.This work has been supported by the grants 2011/02/A ST4/00246 (Maestro) from the Polish National Research Center (NCN) and 0478/IP3/2015/73 (Iuventus Plus) from the Polish Ministry of Science and Higher Education

Analiza i ocena subiektywnej jakości życia w grupie chorych po udarze niedokrwiennym mózgu

Introduction. Ischemic stroke, as a sudden onset of a syndrome is the first cause of a varying degree of disability that results in lower quality of life.Aim. The aim of the study is to analyze the quality of life of people after ischemic stroke in terms of their performance in basic areas of life.Material and Methods. Evaluation of the quality of life was carried out, studying a 50-person group of patients aged 42–91 years who had an ischemic stroke within a period longer than 6 months. Their subjective evaluation of the quality of life was aeesessed by our own survey and the SF-36 questionnaire in the Polish version. The collected data, including the biopsychosocial sphere of the respondents were used to analyze the quality of life in eight key areas and were used to determine the significance of the impact of socio-demographic factors on the assessment of the quality of life.Results. Since both quality of life and its assessment are subject to constant change, and the current measurement is really only at time of the study, it has been shown however, that the quality of life in patients after stroke was significantly reduced. This is particularly evident in the area of physical functioning and felt in connection with the constraints resulting from physical health. Such a condition triggers consequences associated with the mental sphere, including the reduction of functioning. Moreover, there has been examined the impact of socio-demographic factors on the quality of life of patients after ischemic stroke and it has been found that they affect only as a set of dependencies. Although being in isolation they are not significantly dependent, however, for an individual they may not be indifferent, and when occurring in appropriate configurations they might affect one’s quality of life.Conclusions. In order to improve the quality of life of patients after ischemic stroke, the accessibility of post-stroke education is recommended for the patients after stroke, and what is salso important for their families, which has a significantly positive impact on the quality of life of both parties. If however, society can be persuaded to changes in the functioning and will prefer a healthy lifestyle through active life and healthy diet, then it will probably be possible to reduce the number of stroke incidents which in an aging society is particularly desirable. (JNNN 2016;5(2):58–68)Wstęp. Udar niedokrwienny mózgu, jako nagle pojawiający się zespół chorobowy jest pierwszą przyczyną różnego stopnia niesprawności, który skutkuje obniżeniem jakości życia.Cel. Celem pracy jest analiza, jakości życia osób po udarze niedokrwiennym mózgu pod kątem ich funkcjonowania w podstawowych dziedzinach życia.Materiał i metody. Ocenę jakości życia podjęto badając 50-osobową grupę osób w wieku 42–91 lat, które przebyły udar niedokrwienny mózgu w okresie dłuższym niż 6 miesięcy. Ich subiektywnej oceny jakości życia dokonano za pomocą ankiety własnej oraz kwestionariusza SF-36 w wersji polskiej. Zebrane dane, obejmujące sferę biopsychospołeczną tychże osób, posłużyły do analizy jakości ich życia w podstawowych ośmiu sferach oraz zostały użyte do określenia istotności wpływu czynników społeczno-demograficznych na ocenę jakości życia.Wyniki. Jako, że zarówno jakość życia jak i jego ocena podlegają ciągłym zmianom, a pomiar aktualny jest tak naprawdę jedynie w momencie badania, wykazano jednakże, iż jakość życia u osób po przebytym udarze mózgu uległa istotnemu obniżeniu. Szczególnie widoczne jest to w sferze funkcjonowania fizycznego i odczuwane w związku z ograniczeniami z powodu zdrowia fizycznego. Taki stan rzeczy ponosi za sobą konsekwencje związane ze sferą mentalną, w tym obniżeniem funkcjonowania. Zbadano ponadto wpływ czynników społeczno-demograficznych, na jakość życia osób po udarze niedokrwiennym mózgu i stwierdzono, iż mają one wpływ jedynie, jako zbiór zależności. Choć w izolacji nie są istotnie zależne, to jednak dla jednostki mogą być nieobojętne, a zaistniałe w odpowiednich konfiguracjach wpływać na jej jakość życia.Wnioski. W celu podniesienia jakości życia osób po udarze niedokrwiennym mózgu, zalecana jest powszechność edukacji poudarowej wśród osób po udarze mózgu i co ważne ich rodzin, co ma znacząco korzystny wpływ na jakość życia obu stron. Jeśli natomiast społeczeństwo da się przekonać do zmian w funkcjonowaniu i preferować będzie zdrowy styl życia poprzez aktywny tryb życia i zdrowy styl żywienia, zapewnie możliwe będzie zmniejszenie ilości incydentów udarowych, co w starzejącym się społeczeństwie jest szczególnie pożądane. (PNN 2016;5(2):58–68

Decytabine enhances cytotoxicity induced by oxaliplatin and 5-fluorouracil in the colorectal cancer cell line Colo-205

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>DNA methylation is an epigenetic phenomenon known to play an important role in the development of cancers, including colorectal cancer (CRC). Aberrant methylation of promoter regions of genes is potentially reversible, and if methylation is important for cancer survival, demethylation should do the opposite. To test this we have addressed the hypothesis that DNA methyltransferase inhibitors (DNMTi), decytabine and zebularine, potentiate inhibitory effects of classical anti-CRC cytostatics, oxaliplatin and 5-fluorouracil (5-FU), on survival of CRC cells <it>in vitro</it>.</p> <p>Results</p> <p>Isobole and median effect analysis revealed that decytabine shows potent synergistic interaction with oxaliplatin and 5-FU and that this is probably not the class effect of DNMTi as zebularine shows strong antagonistic interaction with oxaliplatin. The synergistic combination treatment was also applied to the cultures to investigate their mechanisms of action. We have shown that combinations of decytabine with cytostatics produced dose-dependent growth inhibition and treatment-induced apoptosis.</p> <p>Conclusion</p> <p>The observed synergism between decytabine and cytostatics is most probably related to the augmented apoptotic signal and allowed for significant (both biologically and statistically) reduction of the cytotoxic doses of cytostatics used.</p

Wybrane determinanty jakości życia pacjentów ze zmianami zwyrodnieniowymi kręgosłupa

Introduction. Degenerative spinal disease is considered one of the most prevalent chronic diseases in Poland and worldwide. Sedentary lifestyle, lack of physical activity, and spinal overload contribute to this state of affairs. The chronic nature of the disease, along with pain and functional limitations of the musculoskeletal system, impact the quality of life. Aim. To determine the level of life quality and factors influencing the quality of life in patients with degenerative spinal changes. Material and Methods. The study involved 107 individuals aged between 55 and 65 years. Standardized research tools were utilized, including the Acceptance of Illness Scale (AIS), Oswestry Disability Index (ODI), Neck Disability Index (NDI), Activities of Daily Living scale (ADL), and the World Health Organization Quality of Life-Bref (WHOQoL-BREF) questionnaire. Results. The level of illness acceptance in the study population was 26.52 points (SD=6.61). All respondents experienced pain symptoms, with an average pain intensity of 7.02 (SD=1.13). The average self-assessed quality of life among the participants was 3.5 points (SD=0.76), while the average self-assessed health rating was 2.54 points (SD=0.7). Spinal disability affected all patients in the lumbar region, whereas no disability was reported in the cervical region by 27.10% of the respondents. Conclusions. Patients with degenerative spinal changes have a relatively good quality of life and a moderate level of illness acceptance. Age, marital status, occupational activity, body mass, pain intensity, and degree of disability all influence the quality of life. (JNNN 2023;12(1):44–52)Wstęp. Choroba zwyrodnieniowa kręgosłupa uważana jest za jedną z najbardziej rozpowszechnionych chorób przewlekłych występujących w Polsce i świecie. Wpływ na taki stan rzeczy mają uwarunkowania cywilizacyjne siedzący tryb życia, mała ilość ruchu przeciążenia kręgosłupa. Przewlekły charakter choroby, dolegliwości bólowe i ograniczenia funkcjonalne narządu ruchu rzutują na jakość życia. Cel. Określenie poziomu życia i czynników wpływających na jakość życia u chorych ze zmianami zwyrodnieniowymi kręgosłupa. Materiał i metody. W badaniu uczestniczyło 107 osób w wieku 55 do 65 lat. W badaniach wykorzystano standaryzowane narzędzia badawcze: skale akceptacji choroby (AIS), kwestionariusz Oswestry (ODI), szyjny indeks niepełnosprawności (NDI), skalę podstawowych czynności życia codziennego (ADL) oraz ogólny kwestionariusz do oceny jakości życia WHOQoL-BREF. Wyniki. Poziom akceptacji choroby dla badanej populacji wynosił 26,52 pkt (SD=6,61). Dolegliwości bólowe odczuwali wszyscy respondenci. Średnie nasilenie bólu wynosiło 7,02 (SD=1,13). Średnia ocena jakości życia dokonana przez ankietowanych wynosi 3,5 punktu (SD=0,76). Średnia ocena własnego zdrowia dokonana przez ankietowanych wynosi 2,54 punktu (SD=0,7). Wszystkich pacjentów dotyka niepełnosprawność kręgosłupa lędźwiowego w porównaniu z szyjnym gdzie brak niepełnosprawności deklarowało 27,10%. Wnioski. Pacjenci ze zmianami zwyrodnieniowymi kręgosłupa mają dość dobrą jakość życia i w średnim stopniu akceptacją chorobę. Na jakość życia mają wpływ, wiek, stan cywilny, aktywność zawodowa, masa ciała, natężenie bólu oraz stopień niepełnosprawności. (PNN 2023;12(1):44–52

Influence of Association on Binding of Disaccharides to YKL-39 and hHyal-1 Enzymes

Disaccharide complexes have been shown experimentally to be useful for drug delivery or as an antifouling surface biofilm, and are promising drug-encapsulation and delivery candidates. Although such complexes are intended for medical applications, to date no studies at the molecular level have been devoted to the influence of complexation on the enzymatic decomposition of polysaccharides. A theoretical approach to this problem has been hampered by the lack of a suitable computational tool for binding such non-covalent complexes to enzymes. Herein, we combine quantum-mechanical calculations of disaccharides complexes with a nonstandard docking GaudiMM engine that can perform such a task. Our results on four different complexes show that they are mostly stabilized by electrostatic interactions and hydrogen bonds. This strong non-covalent stabilization demonstrates the studied complexes are some excellent candidates for self-assembly smart materials, useful for drug encapsulation and delivery. Their advantage lies also in their biocompatible and biodegradable character

Combined use of companion planting and PGPR for the assisted phytoextraction of trace metals (Zn, Pb, Cd)

Biomass production and metal accumulation in plant tissue (bioconcentration) are two critical factors limiting the phytoextraction rate.Metal translocation to aboveground organs should be accounted for as the third most important factor, as harvesting of the plant roots is usually economically disadvantageous. These three parameters could be potentially increased with the use of companion planting, a well-known agricultural technique, and inoculation with plant growth–promoting bacteria (PGPB). The aim of the study was to determine whether intercropping and inoculation with endophytic PGPB (Burkholderia phytofirmans PsJNT) can increase the efficiency of phytoextraction of Zn, Pb, and Cd. The study was conducted on Brassica juncea (L.) Czern. “Małopolska” grown in a monoculture or co-planted with Zea mays L. “Codimon” and Medicago sativa L. “Sanditi.” Results show that companion planting and inoculation with rhizobacteria can increase the efficiency of metal phytoextraction, mainly by increasing the yield of dry biomass and the survival rate of plants grown on contaminated soil.We have shown that the simultaneous planting of B. juncea with M. sativa and inoculation with PGPB were the most efficient variants of assisted phytoextraction reaching a recovery of 95% Zn, 90% Cd, and on average about 160% Pb compared with control B. juncea plants grown in monoculture

Pseudolepraria, a new leprose genus revealed in Ramalinaceae (Ascomycota, Lecanoromycetes, Lecanorales) to accommodate Lepraria stephaniana

The new genus Pseudolepraria Kukwa, Jabłońska, Kosecka &amp;amp; Guzow-Krzemińska is introduced to accommodate Lepraria stephaniana Elix, Flakus &amp;amp; Kukwa. Phylogenetic analyses of nucITS, nucLSU, mtSSU and RPB2 markers recovered the new genus in the family Ramalinaceae with strong support. The genus is characterised by its thick, unstratified thallus composed entirely of soredia-like granules, the presence of 4-O-methylleprolomin, salazinic acid, zeorin and unknown terpenoid, and its phylogenetic position. The new combination, P. stephaniana (Elix, Flakus &amp;amp; Kukwa) Kukwa, Jabłońska, Kosecka &amp;amp; Guzow-Krzemińska, is proposed