11 research outputs found
SARS-CoV-2 susceptibility and COVID-19 disease severity are associated with genetic variants affecting gene expression in a variety of tissues
- Author
- Abd Elghafar M. S.
- Abdel-Aziz M.
- Abdollahi H.
- Abdullah T.
- Abecasis G. R.
- Abedalthagafi M.
- Abul-Husn N. S.
- Acquilini D.
- Adams E. L.
- Adamsara A.
- Adeleye O.
- Adra D.
- Afilalo J.
- Afilalo M.
- Afrasiabi Z.
- Aguero D.
- Ahmadi S.
- Aksentijevich A.
- Al Harthi F.
- Al Mutairi A.
- Al-Afghani H.
- Al-Awdah L.
- Alaamery M.
- Alahmadey Z. Z.
- Alaverdian D.
- Alavere H.
- Albader A.
- Albaiceta G. M.
- Albakri J. K.
- AlBardis H.
- Albeladi M.
- Albesher N.
- Albrich W.
- AlDhawi N.
- Aleagha A. E.
- Alghamdi B.
- Alghamdi J.
- Ali A.
- Aliannejad R.
- Aljawini N.
- AlJohani S.
- Alkwai S.
- Allos R.
- AlMalik A.
- Almalki F.
- Almohammed I.
- Almutairi M.
- Alotaibi S.
- Alowayn A. M.
- Alqahtani S.
- Alqubaishi F.
- Alrashed M.
- Alshareef A.
- Alsolm E.
- Alswailm M.
- AlZahrani D.
- Amirsavadkouhi A.
- Amitrano S.
- Andolfo I.
- Andretta F.
- Andreucci E.
- Andrews S. J.
- Andrews S. J.
- Andrews S. J.
- Anedda F.
- Anemoli V.
- Annis A.
- Antinori A.
- Arabi Y. M.
- Arfan Ikram M.
- Armstrong J.
- Arning N.
- Arranz M. J.
- Arribas E.
- Arthur T. D.
- Artuso R.
- Arumugam P.
- Ascolillo S.
- Asvold B. O.
- Atkinson E. G.
- Aucella F.
- Auld D.
- Azarzar S.
- Bachetti T.
- Balaconis M. K.
- Baldassarri M.
- Ball C. A.
- Baltzell A. H.
- Band G.
- Bandini M.
- Baraka D.
- Baras A.
- Baratti S.
- Barbieri C.
- Bargagli E.
- Barhoush E.
- Barnes K. C.
- Baroni S.
- Bartels M.
- Bassetti M.
- Batini C.
- Baya N.
- Beck A.
- Beckmann N. D.
- Bedini J. L.
- Bee C. E.
- Beguin Y.
- Belbin G. M.
- Belhaj Y.
- Beligni G.
- Belisle A.
- Belli M. A.
- Below J.
- Benetti E.
- Bennett D.
- Bergantini L.
- Bergomi P.
- Berkowitz N.
- Bernardo D.
- Bianchi A. P. F.
- Bibert S.
- Biscarini F.
- Blay N.
- Bochud P. -Y.
- Boezen L. F. M.
- Boillat N.
- Botta G.
- Bouab M.
- Boughton A. P.
- Bradford Y.
- Brassard N.
- Brenner B.
- Brent Richards J.
- Brent Richards J.
- Brit-Van B.
- Brumpton B. M.
- Bruno R.
- Bruttini M.
- Bryant S.
- Bryant S.
- Buring J. E.
- Busani S.
- Bussotti M.
- Butler-Laporte G.
- Butler-Laporte G.
- Butterworth A. S.
- Buxbaum J. D.
- Caldarelli G. P.
- Callier S.
- Cameli P.
- Campbell A.
- Campbell A.
- Canaccini A.
- Cantarini L.
- Cantor M. N.
- Capasso M.
- Capitani K.
- Cappelli S.
- Carcel-Marquez J.
- Carella M.
- Carey D. J.
- Carreras A.
- Carriero M. L.
- Castano-Vinyals G.
- Castelli F.
- Castori M.
- Catena E.
- Ceri S.
- Chamnanphon M.
- Chan G.
- Chang X.
- Chang X.
- Chariyavilaskul P.
- Charney A. W.
- Chasman D. I.
- Chasse M.
- Chaudhary K.
- Chavan S.
- Chen H. -H.
- Cheng N.
- Chetruengchai W.
- Chittoor G.
- Cho J. H.
- Cho K.
- Choi S.
- Churchhouse C.
- Chwialkowska K.
- Claassen S.
- Claringbould A.
- Coignet M.
- Coiro G.
- Collins B. L.
- Colobran R.
- Colombo R.
- Conticini E.
- Cordioli M.
- Cordioli M.
- Cordioli M.
- Cordioli M.
- Cordioli M.
- Cordioli M.
- Cordioli M.
- Cordioli M.
- Corridi M.
- Cortes B.
- Cossarizza A.
- Coto E.
- Coviello D. A.
- Croci L.
- Croci S.
- Crook D. W.
- Crooks K.
- Crotti L.
- Cullell N.
- Cusick C.
- D'Alessandro M.
- D'Antonio M.
- D'Antonio-Chronowska A.
- D'Arminio Monforte A.
- D'Mellow K.
- Daga S.
- Dalmau D.
- Daly M.
- Danesh J.
- Darcis G.
- Daya M.
- de Cid R.
- de Felipe Mimbrera A.
- de Geus E. E. J. C.
- de la Cal-Sabater P.
- De Vivo O.
- DeDiego M. L.
- Deelen P.
- Degli Antoni M.
- Dei S.
- Della Monica M.
- Desanctis E.
- Di Angelantonio E.
- Di Biagio A.
- Di Domenico P.
- Di Pietro M.
- Di Sarno L.
- Dietl B.
- Do R.
- Dobano C.
- Doddato G.
- Domingo C.
- Dominguez-Mayoral A.
- Donati A.
- Donner K.
- Durand M.
- Earle S. G.
- Eid M. A.
- El-Jawhari J. J.
- El-Lawaty W. M.
- El-Shanshory M. R.
- El-Sherbiny Y. M.
- Elhadidy T. A.
- Elnagdy M. H.
- Eltoukhy M. M.
- Emiliozzi A.
- Emma D.
- Erard V.
- Esko T.
- Fabbiani M.
- Falcone M.
- Fallerini C.
- Farre X.
- Fava F.
- Fawns-Ritchie C.
- Fawns-Ritchie C.
- Fawzy M. S.
- Felemban W. A.
- Feng Y. -C. A.
- Feri M.
- Fernandez-Cadenas I.
- Ferreira M. A. R.
- Ferri C.
- Field M. J.
- Finer S.
- Finucane H.
- Fiorentino G.
- Fiz-Lopez A.
- Forgetta V.
- Forgetta V.
- Fowler T.
- Franchi F.
- Francisci D.
- Franco G.
- Frazer K. A.
- Frediani B.
- Free R. C.
- Frippiat F.
- Frithiof R.
- Frullanti E.
- Furini S.
- Gabbi C.
- Gabrieli A.
- Gaddis M.
- Galvan-Femenia I.
- Ganna A.
- Ganna A.
- Garcia-Aymerich J.
- Garcia-Clemente M.
- Garcia-Madrona S.
- Gass M. C.
- Gatti F.
- Georges M.
- Gettler K.
- Ghosh B.
- Giannattasio F.
- Gignoux C. R.
- Giliberti A.
- Giorli A.
- Giot J. -B.
- Girardis M.
- Girshick A.
- Glessner J. R.
- Glessner J. T.
- Gofflot S.
- Goldstein J. I.
- Gomez J.
- Gonzalez-Villa E.
- Gori M.
- Grassi D.
- Green R. C.
- Griffiths C. J.
- Grip J.
- Guarnaccia A.
- Guerrini S.
- Guidelli L.
- Guindo-Martinez M.
- Guiot J.
- Guntz J.
- Gupta R.
- Guturu H.
- Guyatt A. L.
- Guzman C.
- Hakonarson H.
- Hakonarson H.
- Halawani R. T.
- Harerimana N.
- Harris J. R.
- Hasanato R.
- Hayward C.
- Hayward C.
- Hegazy M. A. F.
- Helgeland O.
- Henry D.
- Hensen K.
- Hiester L. L.
- Hirankarn N.
- Ho Y. -L.
- Hoggart C.
- Hollox E. J.
- Hong E. L.
- Horowitz J. E.
- Hosseini A.
- Hottenga J. J.
- Huang Q. Q.
- Huckins L. M.
- Huffman J. E.
- Hultstrom M.
- Hunt K. A.
- Huynen P.
- Hveem K.
- Iglesias L. L.
- Iolascon A.
- Itan Y.
- Jacques J.
- Jantarabenjakul W.
- Jimenez-Xarrie E.
- John C.
- Jordan D. M.
- Josyula N. S.
- Jung J.
- Justice A. E.
- Kallaste A.
- Kamdar D.
- Kanai M.
- Kanai M.
- Kanai M.
- Karczewski K. J.
- Karjalainen J.
- Karlson E. W.
- Karp A.
- Kaufmann D. E.
- Kaunisto M.
- Keller K.
- Kenny E. E.
- Kerr S. M.
- Khafaga W. T.
- Khattab A. K.
- Kimchi N.
- King D.
- Kisand K.
- Kivinen K.
- Knight S.
- Koelling N.
- Kogevinas M.
- Koskelainen S.
- Kosmicki J. A.
- Kousathanas A.
- Kristiansson K.
- Kyle Satterstrom F.
- La Rovere M. T.
- Laane E.
- Labkowsky A.
- Laisk T.
- Lall K.
- Lambermont B.
- Lanting P.
- Lauren P. E.
- Laurent L.
- Leader J. B.
- Lee P. H.
- Lee Y.
- LeFaive J.
- Lena F.
- Leonard P.
- Lepage P.
- Lepamets M.
- Levy T.
- Li B.
- Li K. W.
- Li R.
- Liao R. G.
- Lin S. -K.
- Lipcsey M.
- Lista M.
- Llucia-Carol L.
- Loos R. J. F.
- Lopera E.
- Lorubbio M.
- Lozano F.
- Lu W.
- Lucas A.
- Luchi S.
- Ludovisi S.
- Maggiolo F.
- Magi R.
- Magnus P.
- Mahmoud E. S.
- Malaise O.
- Mamlouk N.
- Mancarella S.
- Mandala M.
- Mangino M.
- Mangul S.
- Manson J. E.
- Mantovani S.
- Marcantonio S.
- Marciano C.
- Mari F.
- Maricic T.
- Mark Lathrop G.
- Marquez L.
- Marti-Fabregas J.
- Martin A. R.
- Martin H. C.
- Martin-Nalda A.
- Martinelli E.
- Martinez A. P.
- Masjuan J.
- Mason D.
- Massadeh S.
- Masucci L.
- Matsui H.
- Mazzei M. A.
- McCormick J. B.
- McCurdy S.
- Medina-Gomez C.
- Meigs J. B.
- Meloni I.
- Menatti E.
- Mencarelli M. A.
- Menendez-Valladares P.
- Mercader J.
- Mercader J. M.
- Merla G.
- Metsalu K.
- Metspalu A.
- Meuris C.
- Michael Gaziano J.
- Milani L.
- Miraglia F. G.
- Mirshahi T.
- Misset B.
- Moahmed H. S.
- Moghaddam S. B. M.
- Mohamed A. A. S.
- Mondelli M. U.
- Montagnani F.
- Mooser V.
- Moreno V.
- Morris M.
- Morrison D. R.
- Moutschen M.
- Moutsianas L.
- Muino E.
- Murphy S. N.
- Mussini C.
- Naaber P.
- Naderpour Z.
- Nadkarni G. N.
- Nakanishi T.
- Nakanishi T.
- Neale B. M.
- Nencioni C.
- Neofytos D.
- Nguyen H.
- Nguyen J. P.
- Niavarani A.
- Niblo K.
- Niemi M. E. K.
- Niemi M. E. K.
- Niemi M. E. K.
- Niemi M. E. K.
- Niemi M. E. K.
- Nilaratanakul V.
- Nivard M. M. G.
- Nkambul L.
- Nkambul L.
- Nkambul L.
- Nkambule L.
- Nkambule L.
- North K.
- Noto K.
- Nussle S. G.
- O'Connell A. M.
- O'Donnell C. J.
- O'Reilly P.
- Odhams C. A.
- Ognibene A.
- Okasha K.
- Oliveira M.
- Ori A. P. S.
- Paciosi F.
- Paciosi F.
- Packer R. J.
- Palmer D. S.
- Palmieri M.
- Palotie A.
- Pancrazzi A.
- Panese S.
- Parati G.
- Parisi S. G.
- Park D.
- Parravicini P.
- Partha R.
- Pasko D.
- Pathak G. A.
- Pathak G. A.
- Pavlovic M.
- Peloso G.
- Perez E. F.
- Perez-Tur J.
- Perna R.
- Perola M.
- Peruggia M.
- Pessina G.
- Pesukova J.
- Peterson P.
- Petitjean L.
- Petrocelli P.
- Phokaew C.
- Piacentini P.
- Picchiotti N.
- Pigazzini S.
- Pigazzini S.
- Pigazzini S.
- Pigazzini S.
- Pinoli P.
- Pinto A. M.
- Pirinen M.
- Piscopo C.
- Planas A. M.
- Polikowski H.
- Polimanti R.
- Polymeropoulos C.
- Polymeropoulos M. H.
- Polymeropoulos V.
- Pongpanich M.
- Porteous D. J.
- Porteous D. J.
- Poscente M.
- Preuss M.
- Przychodzen B. P.
- Putchareon O.
- Puthanakit T.
- Puusepp M.
- Quinodoz M.
- Quiros-Roldan E.
- Rader D.
- Rafaels N.
- Raggi P.
- Ragoussis J.
- Rahmouni S.
- Raimondi F.
- Rancan I.
- Rand K.
- Ravaglia S.
- Reimann E.
- Rendon A.
- Renieri A.
- Rhead B.
- Rhodes D.
- Richmond A.
- Richmond A.
- Rico V.
- Ridker P. M.
- Ringmets I.
- Ripamonti D.
- Ripatti S.
- Ritchie M. D.
- Riva A.
- Rivolta C.
- Rizzi M.
- Rizzo C. L.
- Roberts G.
- Robles V.
- Rogne T.
- Rojo S.
- Romani D.
- Rooyackers O.
- Rossetti B.
- Rudkin J. K.
- Ruiz L.
- Ruiz-Jaen F.
- Ruotsalainen S.
- Rusconi S.
- Russo R.
- Sabrina R.
- Saeedi M.
- Safieh L. A.
- Salerni L.
- Salib I.
- Samir A.
- Sanarico M.
- Sanguinetti M.
- Sarma G.
- Sarzi-Braga S.
- Sauvage A. -S.
- Sawaji M.
- Scaggiante R.
- Scala R.
- Schadt E. E.
- Schiaroli E.
- Schurr E.
- Scolletta S.
- Scott R. H.
- Scotton P. G.
- Sealfon S. C.
- Sebra R. P.
- Seed C.
- Segala F. V.
- Segura T.
- Serra-Llovich A.
- Serrano-Heras G.
- Sesso H. D.
- Shahin D.
- Sharififard B.
- Shaw D. M.
- Shortt J.
- Shotelersuk V.
- Shrine N.
- Siano M.
- Sloofman L. G.
- Smieszek S. P.
- Smith A. V.
- Smoller J. W.
- Sobh A.
- Sodsai P.
- Soler P.
- Solligard E.
- Solomonson M.
- Solomonson M.
- Soranzo N.
- Soriano A.
- Spargi G.
- Spector T. D.
- Spencer C. C. A.
- Spertilli C.
- Squeo G. M.
- Starkopf J.
- Stella A.
- Stevens C.
- Stevens C.
- Stuckey A.
- Suardi C.
- Suchartlikitwong P.
- Suh N.
- Suliman B. A.
- Sumoy L.
- Sun Y. V.
- Suttichet T. B.
- Tabri J.
- Tacconi D.
- Tadi H. A.
- Tamm A.
- Tanfoni M.
- Tang L.
- Tardif N.
- Tavecchia L.
- Tenesa A.
- Thompson R. C.
- Thys M.
- Timmers P. R. H. J.
- Tiseo G.
- Tita R.
- Tobin M. D.
- Tommasi A.
- Torky M. S.
- Torrents D.
- Torvorapanit P.
- Trankiem A.
- Trembath R. C.
- Trivedi B.
- Trogstad L. -I. S.
- Trotta T.
- Tsao P.
- Tselios C.
- Tsuo K.
- Tumbarello M.
- Turley P.
- Uitterlinden A. G.
- Underwood S. J.
- Vaghi M.
- Valente S.
- Valentino F.
- van Blokland I.
- van Heel D. A.
- Vecchia M.
- Veerapen K.
- Venn L. D.
- Venturelli S.
- Vergori A.
- Verma A.
- Verma S. S.
- Verzuri A.
- Villalonga J. M.
- Vincenti A.
- Voide C.
- Von Frenckell C.
- von Hohenstaufen K. A.
- Vonk J. M.
- Vulesevic N. R. B.
- Wain L. V.
- Walker S.
- Walters R. K.
- Wang J.
- Wang X.
- Wanying Z.
- Warmerdam R.
- Weiss S. T.
- Wicks S. J.
- Willer C.
- Williams A. T.
- Wilson D. J.
- Wilson J. F.
- Wolford B.
- Wolford B.
- Woolley A. E.
- Wright J.
- Wyllie D. H.
- Xue X.
- Yadav A.
- Yassen A. M.
- Zanella I.
- Zeberg H.
- Zguro K.
- Zhang M.
- Zhao J. H.
- Zhou W.
- Zhou W.
- Zlatopolsky M.
- Zollner B. W. S.
- Zucchi P.
- Zyndorf M.
- Publication venue
- 'Elsevier BV'
- Publication date
- 01/01/2021
- Field of study
Variability in SARS-CoV-2 susceptibility and COVID-19 disease severity between individuals is partly due to genetic factors. Here, we identify 4 genomic loci with suggestive associations for SARS-CoV-2 susceptibility and 19 for COVID-19 disease severity. Four of these 23 loci likely have an ethnicity-specific component. Genome-wide association study (GWAS) signals in 11 loci colocalize with expression quantitative trait loci (eQTLs) associated with the expression of 20 genes in 62 tissues/cell types (range: 1:43 tissues/gene), including lung, brain, heart, muscle, and skin as well as the digestive system and immune system. We perform genetic fine mapping to compute 99% credible SNP sets, which identify 10 GWAS loci that have eight or fewer SNPs in the credible set, including three loci with one single likely causal SNP. Our study suggests that the diverse symptoms and disease severity of COVID-19 observed between individuals is associated with variants across the genome, affecting gene expression levels in a wide variety of tissue types
Whole-genome sequencing reveals host factors underlying critical COVID-19
- Author
- Abd Elghafar M. S.
- Abdel-Aziz M.
- Abdelrazik M.
- Abdollahi H.
- Abdullah T.
- Abecasis G. R.
- Abedalthagafi M.
- Abel L.
- Abernathy C.
- Abraheem A.
- Abul-Husn N. S.
- Acquilini D.
- Adams C.
- Adams E. L.
- Adams K.
- Adamsara A.
- Adanini O.
- Adeleye O.
- Adra D.
- Afilalo J.
- Afilalo M.
- Afolabi D.
- Afrasiabi Z.
- Agasou A.
- Agrawal S.
- Aguero D.
- Ahmad N.
- Ahmadi S.
- Ahmed A.
- Ahmed C.
- Akeroyd L.
- Akhtar M. N.
- Akinkugbe O.
- Aksentijevich A.
- Al-Afghani H.
- Al-Awdah L.
- Alaamery M.
- Alahmadey Z. Z.
- Alaverdian D.
- Alavere H.
- Albader A.
- Albaiceta G. M.
- Albakri J. K.
- AlBardis H.
- Albeladi M.
- Albesher N.
- Albrich W.
- AlDhawi N.
- Aldridge J.
- Aleagha A. E.
- Alexander P.
- Alfonso J.
- Alghamdi B.
- Alghamdi J.
- Ali A.
- Ali A.
- Ali I. A. M.
- Ali S.
- Aliannejad R.
- Aljawini N.
- AlJohani S.
- Alkwai S.
- Allan A.
- Allan E.
- Allan J.
- Alldis Z.
- Allen L.
- Allen M.
- Allen S.
- Allibone S.
- Allison K. S.
- Allos R.
- Ally S. M.
- AlMalik A.
- Almalki F.
- Almohammed I.
- Almutairi M.
- Alotaibi S.
- Alowayn A. M.
- Alqahtani S.
- Alqubaishi F.
- Alrashed M.
- Alshareef A.
- Alsolm E.
- Alswailm M.
- Altabaibeh A.
- Alvaro A.
- AlZahrani D.
- Amin V.
- Amirsavadkouhi A.
- Amitrano S.
- Anastasescu E.
- Anderson F.
- Anderson J.
- Anderson M.
- Anderson P.
- Anderson S.
- Anderson S.
- Anderson T.
- Andolfo I.
- Andretta F.
- Andreucci E.
- Andrew A.
- Andrew B.
- Andrew G.
- Andrews E.
- Andrews S. J.
- Anedda F.
- Anemoli V.
- Annis A.
- Antcliffe D.
- Antinori A.
- Antoni M. D.
- Anumakonda V.
- Apetri E.
- Aquino M.
- Arabi Y. M.
- Aravindan L.
- Arbane G.
- Archer K.
- Arden T.
- Arias S. S.
- Arif S.
- Armstrong J.
- Armstrong L.
- Armstrong R.
- Arning N.
- Arnold S.
- Arranz M. J.
- Arribas E.
- Artuso R.
- Arumugam P.
- Ascolillo S.
- Ashraf S.
- Ashton L.
- Aslibekyan S.
- Astin-Chamberlain R.
- Asvold B. O.
- Atkinson E. G.
- Attwood B.
- Aucella F.
- Auld D.
- Auld F.
- Austin K.
- Austin P.
- Auton A.
- Ayers A.
- Azarzar S.
- Bachetti T.
- Baikady R. R.
- Baillie J. K.
- Baines B.
- Baines D.
- Baines K.
- Baird Y.
- Bakthavatsalam D.
- Balaconis M. K.
- Baldassarri M.
- Ball C. A.
- Baltzell A. H.
- Bamford A.
- Bamford P.
- Banach D.
- Bancroft H.
- Band G.
- Bandini M.
- Bandla N.
- Bano S.
- Baptista D.
- Barakeh D.
- Baras A.
- Baratti S.
- Barber R.
- Barberis L.
- Barbieri C.
- Barclay L.
- Bargagli E.
- Barhoush E.
- Barker J.
- Barnes K. C.
- Baroni S.
- Barrett F.
- Barron A.
- Barry P.
- Bartels M.
- Bartley S.
- Baruah R.
- Bashyal A.
- Basikolo C.
- Bassetti M.
- Bastion V.
- Bates H.
- Bates M.
- Batini C.
- Battle C.
- Bauchmuller K.
- Baxter N.
- Baya N.
- Bayo L. -A.
- Beadle J.
- Bean S.
- Beaumont K.
- Beavis S.
- Beck A.
- Beckmann N. D.
- Bedini J. L.
- Bee C. E.
- Beech E.
- Beech V.
- Beekes M.
- Beesley K.
- Begg C.
- Beguin Y.
- Behan T.
- Beith C. M.
- Belagodu Z.
- Belbin G. M.
- Belfield H.
- Belhaj Y.
- Beligni G.
- Belisle A.
- Bell D.
- Bell G.
- Bell M.
- Bell S.
- Bellamy M.
- Belli M. A.
- Bellini A.
- Bellwood R.
- Below J.
- Bemand T.
- Benetti E.
- Benham L.
- Bennett D.
- Bennett S.
- Bentley D.
- Bentley M.
- Benyon S.
- Beranova E.
- Bercades G.
- Bergantini L.
- Bergomi P.
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- Mills G. H.
- Millward H.
- Milner L.
- Mimbrera A. F.
- Miraglia F. G.
- Mirshahi T.
- Misset B.
- Mitchard S.
- Mitchell A. M.
- Mitchelmore O.
- Mitra A.
- Moahmed H. S.
- Moghaddam S. B. M.
- Mohamed A. A. S.
- Moncur E.
- Mondelli M. U.
- Monforte A. D.
- Monica M. D.
- Monnery S.
- Montagnani F.
- Montaser R.
- Montgomery H.
- Moore F.
- Moore L. S. P.
- Moore S. C.
- Mooser V.
- Moreno V.
- Moreno-Cuesta J.
- Morgan A.
- Morgan J.
- Morino E.
- Morrice K.
- Morris A.
- Morris L.
- Morris M.
- Morris S.
- Morrison A.
- Morrison D. R.
- Moss S.
- Mostoles L.
- Motherwell N.
- Moultrie S.
- Moutschen M.
- Moutsianas L.
- Msiska M.
- Mtuwa S.
- Muchenje N.
- Muino E.
- Mulcahy M.
- Mulla S.
- Mullan D.
- Munt S.
- Mupudzi M.
- Murdoch E.
- Murdoch S.
- Murphy A.
- Murphy C.
- Murphy L.
- Murphy L.
- Murphy S.
- Murphy S. N.
- Mussini C.
- Mutairi A. A.
- Mutch R.
- Mwaura E.
- Mwaura L.
- Naaber P.
- Naderpour Z.
- Nadkarni G. N.
- Nagra I.
- Naisbitt J.
- Nakanishi T.
- Naranjo A.
- Nasir F.
- Nayak M.
- Nazari R.
- Neal A.
- Neale B. M.
- Nencioni C.
- Neofytos D.
- Netherton K.
- Newell H.
- Newey L.
- Newman J.
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- Newton M.
- Ng A.
- Nguyen H.
- Niavarani A.
- Niblo K.
- Nichol A.
- Nicholson A.
- Nicholson A.
- Nicol L.
- Niemi M. E. K.
- Nikitas N.
- Nilaratanakul V.
- Nilsson A.
- Nivard M.
- Nixon R.
- Nkambul L.
- Nkambul L.
- Noble H.
- Nolan C.
- Norman K.
- Norris J.
- Nortcliffe T.
- North J.
- North K.
- Noto K.
- Novis C.
- Nown A.
- Nune A.
- Nussle S. G.
- Nwafor L.
- O'Brien L.
- O'Brien P.
- O'Connell A. M.
- O'Connell S.
- O'Connor D.
- O'Connor G.
- O'Donnell C. J.
- O'Hara M.
- O'Leary R.
- O'Malley L.
- O'Neil P.
- O'Neill L.
- O'Reilly K.
- O'Reilly P.
- O'Sullivan S.
- Oakley N.
- Oblak M.
- Odam M.
- Odhams C. A.
- Oetjens M.
- Ogg B.
- Ognibene A.
- Okasha K.
- Okeefe L.
- Oliveira M.
- Olufuwa O.
- Omar Z.
- Oosthuyzen W.
- Openshaw P. J. M.
- Ori A. P. S.
- Ostermann M.
- Otahal I.
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- Paciosi F.
- Packer R. J.
- Packham S.
- Padden G.
- Page V. J.
- Pairo-Castineira E.
- Pakou G.
- Palmer D. S.
- Palmieri M.
- Palotie A.
- Pancrazzi A.
- Panese S.
- Pappa E.
- Paramsothy R.
- Parati G.
- Parisi S. G.
- Park D.
- Park L.
- Parker R.
- Parkin J.
- Parkinson N.
- Parkinson P.
- Parmar C.
- Parravicini P.
- Parris V.
- Parsons P.
- Partha R.
- Partridge R.
- Pasko D.
- Passmore H.
- Patch C.
- Patel A.
- Patel B.
- Patel B.
- Patel K.
- Patel M.
- Patel T.
- Paterson T.
- Pathak G. A.
- Pathan N.
- Pattison N.
- Paul P.
- Pavlovic M.
- Pawley C.
- Pearson H.
- Pearson S.
- Peasgood E.
- Peloso G.
- Penacerrada M.
- Pendlebury J.
- Penn R.
- Pereira A. C.
- Perez E. F.
- Perez J.
- Perez-Tur J.
- Perkins E.
- Perna R.
- Perola M.
- Perrella A.
- Perry J.
- Peruggia M.
- Pessina G.
- Pesukova J.
- Peters C.
- Peters M. J.
- Peterson P.
- Petitjean L.
- Petrocelli P.
- Petty L. E.
- Pheby J.
- Philbin J.
- Phillips C.
- Phillips P.
- Phipps J.
- Phokaew C.
- Phull M.
- Piacentini P.
- Picchiotti N.
- Pickard A.
- Piercy C.
- Pigazzini S.
- Pinnell J.
- Pinoli P.
- Pinto A. M.
- Pinzuti I.
- Pippard L.
- Pirinen M.
- Piscopo C.
- Pitts S.
- Planas A. M.
- Player B.
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- Pogson D.
- Polgar O.
- Polgarova P.
- Polikowski H.
- Polimanti R.
- Pollard R.
- Polymeropoulos C.
- Polymeropoulos M. H.
- Polymeropoulos V.
- Pongpanich M.
- Ponting C. P.
- Poole A.
- Popescu M.
- Porteous D. J.
- Poscente M.
- Pothecary C.
- Potla D.
- Potoczna D.
- Potts K.
- Poulaka M.
- Poultney U.
- Prady H.
- Prager K.
- Praman K.
- Pratley A.
- Prendergast C.
- Prentice L.
- Preston S.
- Preuss M.
- Price A.
- Price C.
- Price R.
- Prime Z.
- Pristopan V.
- Pritchard K.
- Proudfoot N.
- Prout R.
- Prysyazhna O.
- Przychodzen B. P.
- Pugh R.
- Purewal B.
- Purewal M.
- Purohit D.
- Purvis S.
- Putchareon O.
- Puthanakit T.
- Puusepp M.
- Puxty A.
- Puxty K.
- Pye K.
- Qiu X.
- Quaid S.
- Queiroz J.
- Quinn A.
- Quinn H.
- Quinodoz M.
- Quiros-Roldan E.
- Rad L.
- Rader D.
- Rader D. J.
- Radford E.
- Radhakrishnan J.
- Rafaels N.
- Raggi P.
- Ragoussis J.
- Rahmouni S.
- Rai S. G.
- Raimondi F.
- Raith E.
- Raithatha A.
- Raj M.
- Ramos L.
- Rancan I.
- Rand J.
- Rand K.
- Randell G.
- Ranga P.
- Rangarajan H.
- Rankin T.
- Ratnam V.
- Rattray A.
- Ravaglia S.
- Rawlik K.
- Rawlins J.
- Ray S.
- Raynard D.
- Reddy A.
- Reece-Anthony R.
- Reed A.
- Rees A.
- Rees S.
- Rees T.
- Rehman H.
- Reid K.
- Reimann E.
- Rekha P.
- Rendon A.
- Renieri A.
- Reschreiter H.
- Reyes A.
- Reynolds J.
- Rezk N.
- Rhead B.
- Rhead K.
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- Rhodes J.
- Rice P.
- Richards J. B.
- Richards O.
- Richardson N.
- Riches J.
- Riches K.
- Richmond A.
- Rico V.
- Ridker P. M.
- Rikunenko R.
- Ringmets I.
- Ripamonti D.
- Ripatti S.
- Rishton C.
- Ritchie M. D.
- Ritzema J.
- Riva A.
- Rivers V.
- Rivolta C.
- Rizzi M.
- Rizzo C. L.
- Roberts B.
- Roberts G.
- Robinson M.
- Robinson P.
- Robles V.
- Roche L.
- Roche L.
- Roche S.
- Rodden N.
- Roe N.
- Rogers N.
- Rogers P.
- Rogerson K.
- Rogne T.
- Rojo R.
- Rojo S.
- Romani D.
- Rooney K.
- Rooney L.
- Rooyackers O.
- Rosa A. D.
- Rosaroso L.
- Rose A.
- Rose S.
- Rossetti B.
- Rostron A.
- Rothwell J.
- Rovere M. T. L.
- Rowan K.
- Rowland-Jones S.
- Roy A.
- Roynon-Reed A.
- Rudkin J. K.
- Ruiz L.
- Ruiz-Jaen F.
- Runciman N.
- Ruotsalainen S.
- Rusconi S.
- Russell C. D.
- Russo R.
- Ryan L.
- Ryan-Smith J.
- Saad S.
- Sabrina R.
- Saeedi M.
- Safieh L. A.
- Saha R.
- Saha R.
- Saha S.
- Sainsbury H.
- Salberg A.
- Salciute E.
- Saleem M.
- Salehi S.
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- Salmi S.
- Salmon K.
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- Saluzzio R. P.
- Samakomva T.
- Samir A.
- Sampson J.
- Sanarico M.
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- Sandhu R.
- Sangombe M.
- Sanguinetti M.
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- Sargeant J.
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- Sarno L. D.
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- Sathe S.
- Satterstrom F. K.
- Saunderson A.
- Saunderson P.
- Sauvage A. -S.
- Savill H.
- Sawaji M.
- Scaggiante R.
- Scala R.
- Scanlon J.
- Schadt E. E.
- Scherewode J.
- Schiaroli E.
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- Schon K.
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- Schurr E.
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- Scott T.
- Scott Z.
- Scotton P. G.
- Scriven J.
- Sealfon S. C.
- Seaman R.
- Sebra R. P.
- Seed C.
- Segala F. V.
- Segura T.
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- Semple G.
- Semple M. G.
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- Serrano-Ruiz A.
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- Simpson K.
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- Sloane G.
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- Smith J.
- Smith J.
- Smith J.
- Smith K.
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- Smyth M.
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- Soler P.
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- Solomonson M.
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- Spector T. D.
- Spencer C. C. A.
- Spencer K.
- Spencer S.
- Spertilli C.
- Spivey M.
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- Srikaran S.
- Stacey A.
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- Stenhouse A.
- Stephens D.
- Stephenson E.
- Stephenson L.
- Stevens C.
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- Stone S.
- Stones E.
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- Stroud N.
- Stuart C.
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- Suardi C.
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- Subramanian D.
- Subramanian G.
- Suchartlikitwong P.
- Suh N.
- Sukha A.
- Sukumaran A.
- Suliman B. A.
- Summers C.
- Summers J.
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- Sun Y. V.
- Sundar A.
- Sundaram R.
- Sutherland I.
- Sutherland S. -B.
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- Symon L.
- Symons A.
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- Tariq A.
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- Taylor M.
- Taylor M.
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- Thomas A.
- Thomas B.
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- Thomas J.
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- Thomas V.
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- Timlick E.
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- Tiseo G.
- Tita R.
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- Todd L.
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- Tommasi A.
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- Torrents D.
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- Trembath R. C.
- Tridente A.
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- Trivedi B.
- Trodd D.
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- Trotta T.
- Trower H.
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- Tsuo K.
- Tucci A.
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- Tully R.
- Tumbarello M.
- Turki S.
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- Turnbull A.
- Turner K.
- Turner L.
- Turner P.
- Turner V.
- Turner-Bone I.
- Turney S.
- Turtle L.
- Tutton R.
- Twiss S.
- Tyl D.
- Tyler A.
- Uitterlinden A. G.
- Underwood S. J.
- Vaghi M.
- Vaida M.
- Valente S.
- Valentine J.
- Valentino F.
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- van Koutrik L.
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- Verma A.
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- Vertue M.
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- von Hohenstaufen K. A.
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- Walker S.
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- Wild L.
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- Wilkinson B.
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- Williams A.
- Williams A.
- Williams A.
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- Zhao J. H.
- Zheng C.
- Zhou W.
- Zitter L.
- Zlatopolsky M.
- Zollner S.
- Zongo O.
- Zucchi P.
- Zyndorf M.
- Publication venue
- 'Springer Science and Business Media LLC'
- Publication date
- 01/01/2022
- Field of study
Critical COVID-19 is caused by immune-mediated inflammatory lung injury. Host genetic variation influences the development of illness requiring critical care1 or hospitalization2–4 after infection with SARS-CoV-2. The GenOMICC (Genetics of Mortality in Critical Care) study enables the comparison of genomes from individuals who are critically ill with those of population controls to find underlying disease mechanisms. Here we use whole-genome sequencing in 7,491 critically ill individuals compared with 48,400 controls to discover and replicate 23 independent variants that significantly predispose to critical COVID-19. We identify 16 new independent associations, including variants within genes that are involved in interferon signalling (IL10RB and PLSCR1), leucocyte differentiation (BCL11A) and blood-type antigen secretor status (FUT2). Using transcriptome-wide association and colocalization to infer the effect of gene expression on disease severity, we find evidence that implicates multiple genes—including reduced expression of a membrane flippase (ATP11A), and increased expression of a mucin (MUC1)—in critical disease. Mendelian randomization provides evidence in support of causal roles for myeloid cell adhesion molecules (SELE, ICAM5 and CD209) and the coagulation factor F8, all of which are potentially druggable targets. Our results are broadly consistent with a multi-component model of COVID-19 pathophysiology, in which at least two distinct mechanisms can predispose to life-threatening disease: failure to control viral replication; or an enhanced tendency towards pulmonary inflammation and intravascular coagulation. We show that comparison between cases of critical illness and population controls is highly efficient for the detection of therapeutically relevant mechanisms of disease
SARS-CoV-2 susceptibility and COVID-19 disease severity are associated with genetic variants affecting gene expression in a variety of tissues
- Author
- Abd Elghafar Mohamed S.
- Abdel-Aziz Mahmoud
- Abdollahi Hamed
- Abdullah Tala
- Abecasis Goncalo R.
- Abedalthagafi Malak
- Abul-Husn Noura S.
- Acquilini Donatella
- Adams Emma L.
- Adamsara Alireza
- Adeleye Olumide
- Adra Darin
- Afilalo Jonathan
- Afilalo Marc
- Afrasiabi Zaman
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- Ahmadi Saeideh
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- Alqahtani Saleh
- Alqubaishi Fatimah
- Alrashed May
- Alshareef Abdulraheem
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- Alswailm Moneera
- AlZahrani Deema
- Amirsavadkouhi Ali
- Amitrano Sara
- Andolfo Immacolata
- Andretta Francesca
- Andreucci Elena
- Andrews Shea J.
- Andrews Shea J.
- Andrews Shea J.
- Anedda Federico
- Anemoli Valentina
- Anne Feng Yen-Chen
- Annis Aubrey
- Antinori Andrea
- Antoni Melania Degli
- Aprile von Hohenstaufen Kathrin
- Arabi Yaseen M.
- Armstrong Jacob
- Arning Nicolas
- Arranz Maria J.
- Arribas Elisa
- Arthur Timothy D.
- Artuso Rosangela
- Arumugam Prabhu
- Ascolillo Steven
- Atkinson Elizabeth G.
- Aucella Filippo
- Auld Daniel
- Azarzar Samira
- Åsvold Bjørn Olav
- Bachetti Tiziana
- Balaconis Mary K.
- Baldassarri Margherita
- Ball Catherine A.
- Baltzell Asher Haug
- Band Gavin
- Bandini Maria
- Baraka Dona
- Baras Aris
- Baratti Stefano
- Barbieri Chiara
- Bargagli Elena
- Barhoush Eman
- Barnes Kathleen C.
- Baroni Silvia
- Bartels Meike
- Bassetti Matteo
- Batini Chiara
- Baya Nikolas
- Beck Andrew
- Beckmann Noam D.
- Bedini Josep L.
- Bee Catherine E.
- Beguin Yves
- Belbin Gillian M.
- Belhaj Yasmine
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- Belli Mary Ann
- Below Jennifer
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- Bennett David
- Bergantini Laura
- Bergomi Paola
- Berkowitz Nathan
- Bernardo David
- Bibert Stéphanie
- Biscarini Filippo
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- Bochud Pierre-Yves
- Boillat Noémie
- Bottà Giordano
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- Boughton Andrew P.
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- Brassard Nathalie
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- Brumpton Ben M.
- Bruno Raffaele
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- Bryant Sam
- Bryant Sam
- Buring Julie E.
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- Butler-Laporte Guillaume
- Butler-Laporte Guillaume
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- Buxbaum Joseph D.
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- Callier Shawneequa
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- Campbell Archie
- Campbell Archie
- Canaccini Anna
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- Cantor Michael N.
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- Capitani Katia
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- Carey Dave J.
- Carreras Anna
- Carriero Miriam Lucia
- Castaño-Vinyals Gemma
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- Castori Marco
- Catena Emanuele
- Caulfield Mark J.
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- Ceri Stefano
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- Chang Xiao
- Chang Xiao
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- Chasman Daniel I.
- Chassé Michaël
- Chaudhary Kumardeep
- Chavan Sameer
- Chen Hung-Hsin
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- Chetruengchai Wanna
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- Cho Judy H.
- Cho Kelly
- Choi Sam
- Churchhouse Claire
- Chwialkowska Karolina
- Claassen Sabine
- Claringbould Annique
- Coignet Marie
- Coiro Gabriella
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- Nakanishi Tomoko
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- Paciosi Francesco
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- Pathak Gita A.
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- Pigazzini Sara
- Pigazzini Sara
- Pigazzini Sara
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- Richards J. Brent
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- Solomonson Matthew
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- Wolford Brooke
- Wolford Brooke
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- Zhao Jing Hua
- Zhou Wei
- Zhou Wei
- Zlatopolsky Menachem
- Zucchi Patrizia
- Zyndorf Marissa
- Publication venue
- 'Elsevier BV'
- Publication date
- 01/01/2021
- Field of study
Variability in SARS-CoV-2 susceptibility and COVID-19 disease severity between individuals is partly due to
genetic factors. Here, we identify 4 genomic loci with suggestive associations for SARS-CoV-2 susceptibility
and 19 for COVID-19 disease severity. Four of these 23 loci likely have an ethnicity-specific component.
Genome-wide association study (GWAS) signals in 11 loci colocalize with expression quantitative trait loci
(eQTLs) associated with the expression of 20 genes in 62 tissues/cell types (range: 1:43 tissues/gene),
including lung, brain, heart, muscle, and skin as well as the digestive system and immune system. We perform
genetic fine mapping to compute 99% credible SNP sets, which identify 10 GWAS loci that have eight or fewer
SNPs in the credible set, including three loci with one single likely causal SNP. Our study suggests that the
diverse symptoms and disease severity of COVID-19 observed between individuals is associated with variants across the genome, affecting gene expression levels in a wide variety of tissue types
Whole-genome sequencing reveals host factors underlying critical COVID-19
- Author
- Abd Elghafar M.S.
- Abdel-Aziz M.
- Abdelrazik M.
- Abdollahi H.
- Abdullah T.
- Abecasis G.R.
- Abecasis G.R.
- Abedalthagafi M.
- Abel L.
- Abernathy C.
- Abraheem A.
- Abul-Husn N.S.
- Acquilini D.
- Adams C.
- Adams E.L.
- Adams K.
- Adamsara A.
- Adanini O.
- Adeleye O.
- Adra D.
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- Afilalo M.
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- Agrawal S.
- Agüero D.
- Ahmad N.
- Ahmadi S.
- Ahmed A.
- Ahmed C.
- Akeroyd L.
- Akhtar M.N.
- Akinkugbe O.
- Aksentijevich A.
- Al Harthi F.
- Al Mutairi A.
- Al-Afghani H.
- Al-Awdah L.
- Alaamery M.
- Alahmadey Z.Z.
- Alaverdian D.
- Alavere H.
- Albader A.
- Albaiceta G.M.
- Albakri J.K.
- AlBardis H.
- Albeladi M.
- Albesher N.
- Albrich W.
- AlDhawi N.
- Aldridge J.
- Aleagha A.E.
- Alexander P.
- Alfonso J.
- Alghamdi B.
- Alghamdi J.
- Ali A.
- Ali A.
- Ali I.A.M.
- Ali S.
- Aliannejad R.
- Aljawini N.
- AlJohani S.
- Alkwai S.
- Allan A.
- Allan E.
- Allan J.
- Alldis Z.
- Allen L.
- Allen M.
- Allen S.
- Allibone S.
- Allison K.S.
- Allos R.
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- AlMalik A.
- Almalki F.
- Almohammed I.
- Almutairi M.
- Alotaibi S.
- Alowayn A.M.
- Alqahtani S.
- Alqubaishi F.
- Alrashed M.
- Alshareef A.
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- Alswailm M.
- Altabaibeh A.
- Alvaro A.
- AlZahrani D.
- Amin V.
- Amirsavadkouhi A.
- Amitrano S.
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- Anderson F.
- Anderson J.
- Anderson M.
- Anderson P.
- Anderson S.
- Anderson S.
- Anderson T.
- Andolfo I.
- Andretta F.
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- Andrew B.
- Andrew G.
- Andrews E.
- Andrews S.J.
- Anedda F.
- Anemoli V.
- Annis A.
- Antcliffe D.
- Antinori A.
- Antoni M.D.
- Anumakonda V.
- Apetri E.
- Aquino M.
- Arabi Y.M.
- Aravindan L.
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- Archer K.
- Arden T.
- Arias S.S.
- Arif S.
- Armstrong J.
- Armstrong L.
- Armstrong R.
- Arning N.
- Arnold S.
- Arranz M.J.
- Arribas E.
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- Arumugam P.
- Arumugam P.
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- Ashraf S.
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- Auld F.
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- Austin P.
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- Azarzar S.
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- Baikady R.R.
- Baillie J.K.
- Baillie J.K.
- Baillie J.K.
- Baines B.
- Baines D.
- Baines K.
- Baird Y.
- Bakthavatsalam D.
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- Baldassarri M.
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- Bamford P.
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- Band G.
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- Barber R.
- Barberis L.
- Barberis L.
- Barbieri C.
- Barclay L.
- Bargagli E.
- Barhoush E.
- Barker J.
- Barnes K.C.
- Baroni S.
- Barrett F.
- Barron A.
- Barry P.
- Bartels M.
- Bartley S.
- Baruah R.
- Bashyal A.
- Basikolo C.
- Bassetti M.
- Bastion V.
- Bates H.
- Bates M.
- Batini C.
- Battle C.
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- Baxter N.
- Baya N.
- Bayo L.-A.
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- Bean S.
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- Beavis S.
- Beck A.
- Beckmann N.D.
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- Bee C.E.
- Beech E.
- Beech V.
- Beekes M.
- Beesley K.
- Begg C.
- Beguin Y.
- Behan T.
- Beith C.M.
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- Belbin G.M.
- Belfield H.
- Belhaj Y.
- Beligni G.
- Belisle A.
- Bell D.
- Bell G.
- Bell M.
- Bell S.
- Bellamy M.
- Belli M.A.
- Bellini A.
- Bellwood R.
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- Benetti E.
- Benham L.
- Bennett D.
- Bennett S.
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- Bentley M.
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- Bewley J.
- Bhatia N.
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- Bi R.
- Bianchi F.
- Bibert S.
- Bibi F.
- Biddle J.
- Biggs H.
- Birch J.
- Birch J.
- Birch S.
- Birchall K.
- Birchall K.
- Bird S.
- Birkinshaw I.
- Birt M.
- Biscarini F.
- Black E.
- Black K.
- Blackledge B.
- Blackledge B.
- Blackman H.
- Blakemore H.
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- Blunt M.
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- Boyle R.
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- Bradley P.
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- Burnett C.
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- Parris V.
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- Ponting C.P.
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- Smith T.
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- Williams A.
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- Zongo O.
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- Zyndorf M.
- Zöllner S.
- Åsvold B.O.
- Publication venue
- Springer Science and Business Media LLC
- Publication date
- 07/07/2022
- Field of study
Critical COVID-19 is caused by immune-mediated inflammatory lung injury. Host genetic variation influences the development of illness requiring critical care1 or hospitalization2,3,4 after infection with SARS-CoV-2. The GenOMICC (Genetics of Mortality in Critical Care) study enables the comparison of genomes from individuals who are critically ill with those of population controls to find underlying disease mechanisms. Here we use whole-genome sequencing in 7,491 critically ill individuals compared with 48,400 controls to discover and replicate 23 independent variants that significantly predispose to critical COVID-19. We identify 16 new independent associations, including variants within genes that are involved in interferon signalling (IL10RB and PLSCR1), leucocyte differentiation (BCL11A) and blood-type antigen secretor status (FUT2). Using transcriptome-wide association and colocalization to infer the effect of gene expression on disease severity, we find evidence that implicates multiple genes—including reduced expression of a membrane flippase (ATP11A), and increased expression of a mucin (MUC1)—in critical disease. Mendelian randomization provides evidence in support of causal roles for myeloid cell adhesion molecules (SELE, ICAM5 and CD209) and the coagulation factor F8, all of which are potentially druggable targets. Our results are broadly consistent with a multi-component model of COVID-19 pathophysiology, in which at least two distinct mechanisms can predispose to life-threatening disease: failure to control viral replication; or an enhanced tendency towards pulmonary inflammation and intravascular coagulation. We show that comparison between cases of critical illness and population controls is highly efficient for the detection of therapeutically relevant mechanisms of disease
A first update on mapping the human genetic architecture of COVID-19
- Author
- Abd Elghafar Mohamed S.
- Abdel-Aziz Mahmoud
- Abdollahi Hamed
- Abdullah Tala
- Abecasis Goncalo R.
- Abedalthagafi Malak
- Abul-Husn Noura S.
- Acquilini Donatella
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- Choi Sam
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- Lee Sang Hyuck
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- Mason Dan
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- Åsvold Bjørn Olav
- Publication venue
- 'Springer Science and Business Media LLC'
- Publication date
- 01/01/2022
- Field of study
peer reviewe
A first update on mapping the human genetic architecture of COVID-19
- Author
- Abd Elghafar M. S.
- Abdel-Aziz M.
- Abdollahi H.
- Abdullah T.
- Abecasis G. R.
- Abedalthagafi M.
- Abu Safieh L.
- Abul-Husn N. S.
- Acquilini D.
- Adams E. L.
- Adamsara A.
- Adeleye O.
- Adra D.
- Afilalo J.
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- Almutairi M.
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- Helgeland O.
- Henry D.
- Hensen K.
- Hiester L. L.
- Hirankarn N.
- Ho Y. L.
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- Hollox E. J.
- Hong E. L.
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- Huang Q. Q.
- Huckins L. M.
- Huffman J. E.
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- Hultstrom M.
- Hunt K. A.
- Hurles M.
- Hussain S.
- Huynen P.
- Hveem K.
- Iglesias L. L.
- Ikram M. A.
- Iolascon A.
- Islam K.
- Itan Y.
- Jacques J.
- Jantarabenjakul W.
- Jaquet M.
- Jimenez-Xarrie E.
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- Kanai M.
- Karczewski K. J.
- Karjalainen J.
- Karlson E. W.
- Karp A.
- Kaufmann D. E.
- Kaunisto M.
- Keller K.
- Kenny E. E.
- Kerchberger V. E.
- Kerr S. M.
- Khafaga W. T.
- Khan A.
- Khan A.
- Khattab A. K.
- Kimchi N.
- King D.
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- Kivinen K.
- Kleger G. R.
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- Kogevinas M.
- Koskelainen S.
- Kosmicki J. A.
- Kousathanas A.
- Kristiansson K.
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A first update on mapping the human genetic architecture of COVID-19
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- Publication date
- 01/01/2022
- Field of study
Whole-genome sequencing reveals host factors underlying critical COVID-19
- Author
- Abd Elghafar Mohamed S.
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- Mason D.
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- McAlindon Michael
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- Mwaura L.
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- Nicholson A.
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- Åsvold Bjørn Olav
- Publication venue
- Publication date
- 01/01/2022
- Field of study
Altres ajuts: Department of Health and Social Care (DHSC); Illumina; LifeArc; Medical Research Council (MRC); UKRI; Sepsis Research (the Fiona Elizabeth Agnew Trust); the Intensive Care Society, Wellcome Trust Senior Research Fellowship (223164/Z/21/Z); BBSRC Institute Program Support Grant to the Roslin Institute (BBS/E/D/20002172, BBS/E/D/10002070, BBS/E/D/30002275); UKRI grants (MC_PC_20004, MC_PC_19025, MC_PC_1905, MRNO2995X/1); UK Research and Innovation (MC_PC_20029); the Wellcome PhD training fellowship for clinicians (204979/Z/16/Z); the Edinburgh Clinical Academic Track (ECAT) programme; the National Institute for Health Research, the Wellcome Trust; the MRC; Cancer Research UK; the DHSC; NHS England; the Smilow family; the National Center for Advancing Translational Sciences of the National Institutes of Health (CTSA award number UL1TR001878); the Perelman School of Medicine at the University of Pennsylvania; National Institute on Aging (NIA U01AG009740); the National Institute on Aging (RC2 AG036495, RC4 AG039029); the Common Fund of the Office of the Director of the National Institutes of Health; NCI; NHGRI; NHLBI; NIDA; NIMH; NINDS.Critical COVID-19 is caused by immune-mediated inflammatory lung injury. Host genetic variation influences the development of illness requiring critical care or hospitalization after infection with SARS-CoV-2. The GenOMICC (Genetics of Mortality in Critical Care) study enables the comparison of genomes from individuals who are critically ill with those of population controls to find underlying disease mechanisms. Here we use whole-genome sequencing in 7,491 critically ill individuals compared with 48,400 controls to discover and replicate 23 independent variants that significantly predispose to critical COVID-19. We identify 16 new independent associations, including variants within genes that are involved in interferon signalling (IL10RB and PLSCR1), leucocyte differentiation (BCL11A) and blood-type antigen secretor status (FUT2). Using transcriptome-wide association and colocalization to infer the effect of gene expression on disease severity, we find evidence that implicates multiple genes-including reduced expression of a membrane flippase (ATP11A), and increased expression of a mucin (MUC1)-in critical disease. Mendelian randomization provides evidence in support of causal roles for myeloid cell adhesion molecules (SELE, ICAM5 and CD209) and the coagulation factor F8, all of which are potentially druggable targets. Our results are broadly consistent with a multi-component model of COVID-19 pathophysiology, in which at least two distinct mechanisms can predispose to life-threatening disease: failure to control viral replication; or an enhanced tendency towards pulmonary inflammation and intravascular coagulation. We show that comparison between cases of critical illness and population controls is highly efficient for the detection of therapeutically relevant mechanisms of disease
A first update on mapping the human genetic architecture of COVID-19
- Author
- Abd Elghafar MS
- Abdel-Aziz M
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- Domenico A Coviello (13566775)
- Dona Baraka (13567120)
- Donatella Acquilini (13566850)
- Dorota Pasko (3810187)
- Douglas M Shaw (13566325)
- Duncan Emma (13567186)
- Duncan S Palmer (13566187)
- E Tadini (13566550)
- Ebrahim S Mahmoud (13567135)
- Ebtehal Alsolm (13567096)
- Eco EJC de Geus (13567081)
- Edoardo Conticini (9656608)
- Edward J Hollox (7692299)
- Edward Laane (13566427)
- EE Kampouri (13566529)
- Eimear E Kenny (13567051)
- Elena Andreucci (224653)
- Elena Arciero (840544)
- Elena Bargagli (8467728)
- Elena Desanctis (13566709)
- Elena Jimenez-Xarrie (13567318)
- Elena Muino (13567249)
- Eliecer Coto (58914)
- Elisa Arribas (13567300)
- Elisa Benetti (3804865)
- Elisa Frullanti (553477)
- Elisabetta Menatti (13566832)
- Elisabetta Schiaroli (167530)
- Elizabeth G Atkinson (12556642)
- Elizabeth W Karlson (9559317)
- Eman Barhoush (79416)
- Emanuele Catena (9333452)
- Emanuele Di Angelantonio (79027)
- Emma F Perez (13566988)
- Emma L Adams (8950484)
- Ene Reimann (667292)
- Enrico Martinelli (13566838)
- Eric E Schadt (13567012)
- Erik Solligard (13566967)
- Erwin Schurr (238686)
- Esteban Lopera (13566970)
- Esther Gonzalez-Villa (13567312)
- Eugenia Quiros-Roldan (363429)
- Eurie L Hong (13566235)
- F Desgranges (13566517)
- F Kyle Satterstrom (13566196)
- F Meyer zu Bentrup (13566475)
- Fabio Lena (13566835)
- Faisal Almalki (8101943)
- Farah Tahmasebi (13566910)
- Fatimah Alqubaishi (8604696)
- Fawz Al Harthi (13567093)
- Federica Gaia Miraglia (13566736)
- Federico Anedda (9656602)
- Federico Franchi (4355680)
- Ferdinando Giannattasio (13566766)
- Filippo Aucella (821349)
- Filippo Biscarini (3167496)
- Floriana Valentino (9265076)
- Francesca Andretta (13566745)
- Francesca Fava (1739860)
- Francesca Gatti (182206)
- Francesca Mari (383438)
- Francesca Montagnani (459741)
- Francesco Bianchi (13566664)
- Francesco Castelli (746687)
- Francesco Paciosi (13566739)
- Francesco Raimondi (228519)
- Francesco Vladimiro Segala (9338937)
- Francisca Ruiz-Jaen (13567270)
- Francisco Lozano (253720)
- Franco Maggiolo (372561)
- Frederic Frippiat (13566277)
- G Mark Lathrop (13566313)
- G-R Kleger (13566604)
- Gabriella Coiro (13566772)
- Gabriella Doddato (10764909)
- Gabriella Maria Squeo (13566820)
- Gavin Band (415106)
- Geetha Chittoor (716141)
- Gemma Castano-Vinyals (13566643)
- Gemma Serrano-Heras (13016304)
- Genevieve Roberts (9596631)
- Genni Spargi (13566694)
- Georgia Chan (13567198)
- Gerome Breen (15025)
- Giada Beligni (11283254)
- Gian Piero Caldarelli (13566715)
- Gianfranco Parati (299443)
- Gilles Darcis (777607)
- Gillian M Belbin (13567045)
- Gina Peloso (257020)
- Giordano Botta (13566844)
- Girish N Nadkarni (8335719)
- Gita A Pathak (11830112)
- Giulianini Franco (11576257)
- Giuseppe Fiorentino (5627507)
- Giuseppe Merla (124032)
- Giusy Tiseo (8380998)
- Gloria Pessina (12914361)
- Goncalo R Abecasis (9523871)
- Gopal Sarma (13566190)
- Grainne Colligan (13566877)
- Guillaume Butler-Laporte (5314937)
- Guillermo M Albaiceta (13567276)
- H Wozniak (13566610)
- Hadeel AlBardis (13567105)
- Hakon Hakonarson (102913)
- Hamed Abdollahi (11179078)
- Hani Al-Afghani (13567168)
- Hannah Polikowski (13566328)
- Hanteera S Moahmed (13566403)
- Harendra Guturu (451866)
- Helene Alavere (3139806)
- Hengameh Ansari Tadi (13566934)
- Hilary C Martin (13566862)
- Hilary Finucane (13566193)
- Hilary Martin (6109097)
- Howard D Sesso (13567336)
- Hugo Zeberg (240614)
- Hung-Hsin Chen (2611435)
- Huy Nguyen (234070)
- Ilaria Meloni (383436)
- Ilaria Rancan (11493025)
- Iman Almohammed (13567132)
- Immacolata Andolfo (206267)
- Inge Ringmets (455705)
- Irene Salib (13567006)
- Irene van Blokland (13566976)
- Isabella Zanella (4705786)
- Israel Fernandez-Cadenas (6398018)
- Ivan Galvan-Femenia (13566637)
- J Brent Richards (10175105)
- J Chassot (13566499)
- J Kenneth Baillie (3875020)
- J Michael Gaziano (8950637)
- J Pugin (13566616)
- J Regina (13566541)
- J Tschopp (13566553)
- Jaana Pesukova (9568951)
- Jack A Kosmicki (13567066)
- Jacob Armstrong (13567210)
- Jacqueline Goldstein (12556723)
- Jahad Alghamdi (13231065)
- Jaime Masjuan (11111439)
- James B Meigs (9357259)
- James F Wilson (7949999)
- James Priest (3567791)
- Jara Carcel-Marquez (13567252)
- Jean-Baptiste Giot (13566280)
- Jehad K Albakri (13567147)
- Jehan J El-Jawhari (13566361)
- Jekaterina Tabri (13566433)
- Jennifer Below (3532292)
- Jennifer E Huffman (8950712)
- Jennifer R Harris (13567180)
- Jessica Jacques (2967813)
- Jiannis Ragoussis (16749)
- Jing Hua Zhao (7634084)
- Jiongming Wang (13566928)
- JL Pagani (13566472)
- Joan Marti-Fabregas (13567315)
- Joan Montaner Villalonga (13567330)
- JoAnn E Manson (13567339)
- Joel Starkopf (63530)
- John Danesh (8874)
- John Wright (164277)
- Jonathan Afilalo (6323771)
- Jonathan Grip (4792788)
- Jonathan Shortt (6267884)
- Jonathon LeFaive (6836711)
- Jordan W Smoller (12556996)
- Jordi Perez-Tur (13567255)
- Josep L Bedini (13567267)
- Josep Maria Mercader (13566649)
- Josep Mercader (246585)
- Joseph B Leader (13567072)
- Joseph B McCormick (13566340)
- Joseph D Buxbaum (12557011)
- Joseph R Glessner (13566343)
- Joseph T Glessner (13566322)
- Jouke Jan Hottenga (8647935)
- Juan Gomez (13567273)
- Judith Garcia-Aymerich (582609)
- Judith M Vonk (8950451)
- Judy H Cho (13567042)
- Juha Karjalainen (102376)
- Julie E Buring (13567342)
- Julie E Horowitz (13567069)
- Julien Guiot (10320803)
- Julien Guntz (13566253)
- Junghyun Jung (6946745)
- Justine K Rudkin (13567213)
- JY Meuwly (13566571)
- K Bouras (13566619)
- Kai Kisand (3804379)
- Kamal Okasha (13566412)
- Kamrul Islam (430894)
- Karen A Hunt (13566859)
- Kari North (34035)
- Karolina Chwialkowska (392636)
- Katherine Keller (6422546)
- Kathleen C Barnes (8835713)
- Kathrin Aprile von Hohenstaufen (13566364)
- Kati Donner (443249)
- Kati Hensen (8038706)
- Kati Kristiansson (149853)
- Katia Capitani (13566661)
- Katja Kivinen (178529)
- Keith Noto (569517)
- Kelly Cho (289664)
- Kenton D'Mellow (13566352)
- Kevin W Li (13566919)
- Konrad J Karczewski (7943060)
- Kristi Lall (13566418)
- Kristi Niblo (13567024)
- Kristian Hveem (189996)
- Kristin Rand (3944516)
- Kristin Tsuo (13566178)
- Kristina Zguro (11283245)
- Kristjan Metsalu (13566421)
- Kristy Crooks (169871)
- Kumar Veerapen (11771843)
- Kumardeep Chaudhary (326177)
- Kyle Gettler (13567003)
- L O'Mahony (13566595)
- L Portopena (13566511)
- L Rochat-Stettler (13566544)
- Laetitia Laurent (13566289)
- Laia Llucia-Carol (13567246)
- Laila Al-Awdah (13567153)
- Lara Lloret Iglesias (8327214)
- Lara Tang (10807375)
- Laura Bergantini (8467704)
- Laura D Venn (13566442)
- Laura Di Sarno (11283257)
- Laura G Sloofman (13566202)
- Laura M Huckins (13567057)
- Lauro Sumoy (257882)
- Lea Davis (3852967)
- Leen Abu Safieh (8604687)
- Leonardo Croci (13566703)
- Leonardo Marquez (777461)
- Les Biesecker (13567345)
- Lia Crotti (547645)
- Liam L Hiester (13567021)
- Lili Milani (73375)
- Lill-Iren S Trogstad (13567183)
- Lindo Nkambul (13566169)
- Lindokuhle Nkambul (13566262)
- Lindokuhle Nkambule (13566259)
- Lorenzo Salerni (10643531)
- Louis Petitjean (13566301)
- Louise Wain (3497912)
- Loukas Moutsianas (282004)
- Luca Cantarini (459123)
- Luca Guidelli (13566691)
- Luca Masucci (8805251)
- Lude Franke (102406)
- Luisa Tavecchia (13566778)
- Luong Ruiz (13566229)
- M Arfan Ikram (5134676)
- M Bochud (7745951)
- M Filipovic (10653125)
- M Frischknecht (13566601)
- M Jaquet (13566502)
- M Oddo (13344315)
- M Papadimitriou-Olivgeris (13566538)
- M Rime (13566496)
- M Van Singer (13566556)
- Maarja Lepamets (6819143)
- Madeleine Durand (4383913)
- Madonna M Eltoukhy (13566370)
- Maha Albeladi (13567162)
- Maharun Chowdhury (13566874)
- Mahmoud Abdel-Aziz (13566391)
- Mairo Puusepp (13566424)
- Malak Abedalthagafi (108899)
- Manal Alaamery (6628499)
- Manolis Kogevinas (135763)
- Mansour Almutairi (13231080)
- Manuel AR Ferreira (13567060)
- Marc Afilalo (11261745)
- Marcela Morris (13566337)
- Marco Castori (2940015)
- Marco Falcone (720412)
- Marco Feri (13566688)
- Marco Gori (13566655)
- Marco Mandala (13566757)
- Marco Rizzi (502062)
- Marco Tanfoni (13566658)
- Marco Vecchia (295131)
- Margherita Baldassarri (383428)
- Mari EK Niemi (13566244)
- Mari Kaunisto (443248)
- Maria Antonietta Mazzei (8467722)
- Maria Antonietta Mencarelli (9265094)
- Maria Bandini (13566706)
- Maria J Arranz (13567282)
- Maria Lorubbio (13566730)
- Maria Palmieri (9265085)
- Maria Teresa La Rovere (10150877)
- Marie Coignet (13566220)
- Marie Thys (12405087)
- Marike Boezen (5227757)
- Mario Capasso (227244)
- Mario Tumbarello (57171)
- Mario Umberto Mondelli (13566670)
- Marissa Zyndorf (13567009)
- Mark Daly (574908)
- Mark J Caulfield (7948367)
- Mark J Daly (4951582)
- Markus Perola (62544)
- Marta Corridi (13566697)
- Marta Garcia-Clemente (13567279)
- Marta Guindo-Martinez (13566652)
- Marta L DeDiego (13567258)
- Martin D Tobin (7795649)
- Marwa H Elnagdy (13566382)
- Mary Ann Belli (13566781)
- Mary K Balaconis (13566166)
- Marylyn D Ritchie (13567087)
- Masahiro Kanai (10534335)
- Massimiliano Fabbiani (239073)
- Massimo Carella (174251)
- Massimo Di Pietro (237801)
- Massimo Girardis (453925)
- Massimo Mangino (87550)
- Massimo Vaghi (13566676)
- Mathieu Quinodoz (7274789)
- Matt Hurles (13566883)
- Matteo Bassetti (344094)
- Matteo Della Monica (13566748)
- Matteo Siano (11559168)
- Matthew C Gass (13567075)
- Matthew Solomonson (1565770)
- Matti Pirinen (415109)
- Mattia Cordioli (13566211)
- Maureen Oliveira (219196)
- Maurizio Bussotti (299434)
- Maurizio Sanarico (13566811)
- Maurizio Sanguinetti (145176)
- May Alrashed (11773373)
- Meike Bartels (109714)
- Melania Degli Antoni (13566673)
- Menachem Zlatopolsky (13567036)
- Meriem Bouab (13566295)
- Miao Zhang (17216)
- Michael Chasse (13566316)
- Michael Gaddis (13566226)
- Michael Hultstrom (13567171)
- Michael N Cantor (13567063)
- Michael Peruggia (13567018)
- Michael Preuss (183175)
- Michel Georges (69807)
- Michel MG Nivard (13567084)
- Michel Moutschen (262488)
- Michelle Daya (458882)
- Mihael H Polymeropoulos (13567240)
- Miklos Lipcsey (70592)
- Milos Pavlovic (13566232)
- Mirella Bruttini (9656614)
- Miriam Lucia Carriero (11885967)
- Miriana D'Alessandro (13566679)
- Mirjam Lista (13566667)
- Mohamed AF Hegazy (13566388)
- Mohamed R El-shanshory (13566406)
- Mohamed S Abd Elghafar (13566379)
- Mohamed S Torky (13566400)
- Mohammad Anwar (3524741)
- Mohammad S Fawzy (13567111)
- Mohammed A Eid (13566415)
- Mona Sawaji (13567117)
- Moneera Alswailm (13567129)
- Monica Poscente (13566799)
- Monnat Pongpanich (5895068)
- Monpat Chamnanphon (12102132)
- Morteza Saeedi (13566949)
- N Boillat-Blanco (13566562)
- N Suh (13566589)
- Nadia Harerimana (13566214)
- Nardin Rezk (10905754)
- Natalia Blay (13016307)
- Natalia Cullell (8610123)
- Nathalie Brassard (3863584)
- Nathan Berkowitz (3576476)
- Nathan Cheng (54329)
- Nattiya Hirankarn (215382)
- Navya Shilpa Josyula (7968935)
- Nicholas Rafaels (262791)
- Nick Shrine (220391)
- Nicola Picchiotti (11283242)
- Nicolas Arning (5011661)
- Nicolas Tardif (13567174)
- Nicole Soranzo (12361)
- Nikolas Baya (13566181)
- Nils Koelling (13567219)
- Nishat Safa (13566907)
- Noam D Beckmann (13566997)
- Noemie Boillat (13566457)
- Noemie Suh (13566463)
- Nofar Kimchi (10905748)
- Noor Mamlouk (10905745)
- Nora Aljawini (13231071)
- Nouf AlDhawi (13567159)
- Nour Albesher (13231074)
- Noura S Abul-Husn (13567048)
- O Clerc (13566481)
- O Hugli (13566568)
- O Manuel (13566532)
- O Marchetti (13566484)
- O Pantet (13566574)
- Olav Rooyackers (269514)
- Olivier Malaise (421168)
- Olumide Adeleye (10905742)
- Opass Putchareon (13566955)
- Oreste De Vivo (13566754)
- Oyvind Helgeland (13567177)
- P Filippidis (13566520)
- P Montillier (13566631)
- P Vollenweider (7644698)
- Pajaree Chariyavilaskul (10136341)
- Paloma De La Cal-Sabater (13567303)
- Paloma Menendez-Valladares (13567333)
- Pamela Raggi (13566823)
- Panos Deloukas (21564)
- Paola Bergomi (9649394)
- Paola Petrocelli (13566853)
- Paolo Cameli (8467695)
- Paolo Di Domenico (13566847)
- Paolo Piacentini (10312815)
- Part Peterson (13566430)
- Pascale Huynen (13566271)
- Patrick Deelen (187548)
- Patrick Turley (7725947)
- Patrizia Zucchi (316158)
- Pattama Torvorapanit (13566958)
- Paul H Lee (8383278)
- Paul M Ridker (7949642)
- Paul Naaber (7116242)
- Paul O'Reilly (614014)
- Paul RHJ Timmers (8950553)
- Pauline Lanting (8946206)
- Per Magnus (76559)
- Pere Soler (13567291)
- Petty E Lauren (13566331)
- Phil Tsao (3503066)
- Philippe Leonard (13566274)
- Pier Giorgio Scotton (13566742)
- Pierpaolo Parravicini (13566763)
- Pierre Lepage (271528)
- Pierre-Yves Bochud (205597)
- Pietro Pinoli (7842704)
- Pimpayao Sodsai (9931517)
- Pintip Suchartlikitwong (9504663)
- Prabhu Arumugam (13567201)
- PY Bochud (13566514)
- Qin Qin Huang (4166860)
- R Friolet (13566469)
- R Merlet Viollet (13566505)
- Rachel G Liao (13566160)
- Rafael de Cid (5998061)
- Raffaele Bruno (162723)
- Raffaele Scala (7024661)
- Raghavendran Partha (659210)
- Rahul Gupta (358711)
- Raili Allos (13566436)
- Rana Hasanato (13567123)
- Rasoul Aliannejad (10054106)
- Ravaglia Sabrina (13566802)
- Raymond Chung (1955386)
- Raymond K Walters (13566184)
- Reedik Magi (61757)
- Renato Polimanti (3043917)
- Renzo Scaggiante (6104627)
- Riccardo Colombo (94203)
- Richard C Trembath (9257558)
- Richard H Scott (13567189)
- Richard J Packer (11075223)
- Rita Perna (13566829)
- Roaa T Halawani (13567141)
- Robert C Free (8880545)
- Robert C Green (13566985)
- Robert Frithiof (348314)
- Robert P Sebra (13567000)
- Robert Warmerdam (13566973)
- Roberta Russo (587655)
- Robin Lerner (13566895)
- Roger Colobran (824193)
- Ron Do (201540)
- Rosangela Artuso (13566787)
- Rossella Tita (9265091)
- Rui Li (4631)
- Ruth JF Loos (3810124)
- Ryan C Thompson (13566994)
- S Estoppey Younes (13566583)
- S Foucras (13566493)
- S Gonseth Nussle (13566577)
- Sabine Claassen (13566256)
- Sabino Scolletta (65043)
- Sabrina Ravaglia (6410091)
- Saeideh Ahmadi (13566940)
- Salam Massadeh (6628496)
- Saleh Alqahtani (3315315)
- Sam Bryant (13566172)
- Sam Choi (1977952)
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- Publication venue
- Publication date
- 03/08/2022
- Field of study
The COVID-19 pandemic continues to pose a major public health threat, especially in countries with low vaccination rates. To better understand the biological underpinnings of SARS-CoV-2 infection and COVID-19 severity, we formed the COVID-19 Host Genetics Initiative1. Here we present a genome-wide association study meta-analysis of up to 125,584 cases and over 2.5 million control individuals across 60 studies from 25 countries, adding 11 genome-wide significant loci compared with those previously identified2. Genes at new loci, including SFTPD, MUC5B and ACE2, reveal compelling insights regarding disease susceptibility and severity.</p