For Better Silk : Sericulture Reform in Sichuan, 1901-1945

Ph.DDOCTOR OF PHILOSOPH

Emerging model spedies driven by transciptomics

This work is focused on 'emerging model species', i.e. question-driven model species which have sufficient molecular resources to investigate a specific phenomenon in molecular biology, developmental biology, molecular ecology and evolution or related molecular fields. This thesis shows how transcriptomic data can be generated, analyzed, and used to investigate such phenomena of interest even in species lacking a reference genome. The initial ButterflyBase resource has proven to be useful to researchers of species without a reference genome but is limited to the Lepidoptera and supports only the older Sanger sequencing technologies. Thanks to Next Generation Sequencing, transcriptome sequencing is more cost effective but the bottleneck of transcriptomic projects is now the bioinformatic analysis and data mining/dissemination. Therefore, this work continues with presenting novel and innovative approaches which effectively overcome this bottleneck. The est2assembly software produces deeply annotated reference transcriptomes stored in the Chado database. The Drupal Bioinformatic Server Framework and genes4all provide species-neutral and an innovative approach in building standardized online databases and associated web services. All public insect mRNA data were analyzed with est2assembly and genes4all to produce the InsectaCentral. With InsectaCentral, a powerful resource is now available to assist molecular biology in any question-driven model insect species. The software presented here was developed according to specifications of the General Model Organism Database (GMOD) community. All software specifications are species-neutral and can be seamlessly deployed to assist any research community. Further through a case studies chapter, it becomes apparent that the transcriptomic approach is more cost-effective than a genomic approach and therefore sequence-driven evolutionary biology will benefit faster with this field

Functional genomics of the Glanville fritillary butterfly

The glanville fritillary butterfly is an important ecological model species for habitat fragmentation, whose genetics was poorly understood. In order to expand the research of this butterfly species into the realm of functional genomics a lot genetic tools were developed. These tools were used to investigate the genetic basis of phenotypic traits that are important in the wild. Gene expression microarrays based on de novo assembled transcriptome were used to study expression differences between adult butterflies from newly established colonies and older colonies as well as gene expression variation among larval families reared in three thermal regimens during final larval instar. Colonization and larval development are crucially important in maintaining the metapopulation structure of glanville fritillary butterfly in the Åland. We identified gene expression differences than can explain the observed variation in the phenotypes in the natural population. We sequenced the full genome of the glanville fritillary butterfly and used this to do additional gene expression and allelic variation analysis variation from multiple populations around the baltic sea using rna sequencing (rna-seq). Flight induced gene expression changes were analyzed using butterflies from Åland islands and the small isolated Pieni Tytärsaari ("daughter island") populations in a forced flight experiment. Fragmented populations (Åland islands and Uppland) were compared to continuous populations (saaremaa and öland) in order to find common signatures of selection caused by habitat fragmentation. Together these four full-genome studies have revealed that habitat fragmentation causes selection pressure on an intricately connected set of genes and pathways that leads to a so called life history syndrome , where the butterflies that colonize new habitat patches have a distinct set of traits and associated expression differences in these traits that make them more successful in establishing new colonies.Täpläverkkoperhonen on tärkeä ekologinen mallieläin elinympäristön pirstoutumiselle. lajin genetiikka on kuitenkin viimeaikoihin saakka ollut puutteellinen. tutkimuksen laajentaminen genetiikkaan ja toiminnalliseen genomiikkaan vaati uusien geneettisten työkalujen kehittämistä ja soveltamista. Geneettiset työkalut mahdollistivat pitkään tutkittujen ekologisesti merkittävien fenotyyppisten muuttujien analysoimisen genomisella tasolla. geeni-ilmentymisen tutkimiseen kehitimme geenisirun de novo koostetusta transkriptomista. Geenisiruilla selvitimme geeni-ilmentymisen eroja aikuisista täpläverkkoperhosista, jotka olivat peräisin joko hiljattain kolonisoiduilta tai pitkää asutetuilta kedoilta. Selvitimme myös yksilön kehityksen aikana muuttuvaa geeni-ilmentymistä viimeisen toukkavaiheen aikana eri toukka-perheistä olevilla yksilöillä, jotka kasvatettiin kolmessa eri lämpökäsittelyssä. Uusien asuinympäristöjen kolonisaatio ja toukan kehitys ovat täpläverkkoperhoselle kriittisiä ahvenanmaan metapopulaation ylläpitämisessä. löysimme geeni-ilmentymiseroja, jotka voivat selittää luonnonpopulaatioissa fenotyyppitasolla havaittua vaihtelua. Seuraavana sekvensoimme täpläverkkoperhosen koko genomin ja käytimme sitä hyödyksi geeni-ilmentymisen ja alleelivariaation selvittämiseen useista itämeren täpläverkkoperhospopulaatioista, käyttäen rna sekvensointia (rna-seq). Metaboliaa mittaavassa lentokokeessa selvitimme lennon seurauksena muuntuneita geeni-ilmentymisiä Ahvenanmaan ja Pienen Tytärsaaren populaatioista. Elinympäristön pirstoutumisen vaikutusta geeni-ilmentymiseen ja alleelivariaatioon selvitimme vertaamalla kahta yhtenäisestä elinympäristöstä olevaa populaatioita (Saarenmaa ja Öölanti) kahteen pirstoutuneesta elinympäristöstä olevaan populaatioon (Ahvenanmaa ja Uplanti). Havaitsimme että elinympäristön pirstoutuminen johtaa monen ominaisuuksia samanaikaiseen valintaan, joista lentokyky edustaa yhtä osaa. Yhdessä nämä neljä genominlaajuista tutkimusta ovat paljastaneet että täpläverkkoperhosen ekologian kannalta merkittävä fenotyyppinen vaihtelu on geeni-ilmentymisen tasolla kytkeytynyt, ja on samojen säätelygeenien ja säätelyreittien ohjaama

South Carolina Wildlife, March-April 1987

The South Carolina Wildlife Magazines are published by the South Carolina Department of Natural Resources who are dedicated to educating citizens on the value, conservation, protection, and restoration of South Carolina's wildlife and natural resources. These magazines showcase the state’s natural resources and outdoor recreation opportunities by including articles and images of conservation, reflections and tales, field notes, recipes, and more. In this issue: Biosphere ; Books ; Readers' Forum ; Natural History: Eastern Wild Turkey ; Events ; Crappie Fever ; Silent Spring Revisited ; Do You Fish Too Much? ; Jewels Of The Night ; A Love Affair With Wood ; Almanacs - Losing An American Heritage ; Pittman-Robertson's Golden Anniversary: A Wildlife Success Story ; Field Trip ; Roundtable ; Ramblings

Effect of curing conditions and harvesting stage of maturity on Ethiopian onion bulb drying properties

The study was conducted to investigate the impact of curing conditions and harvesting stageson the drying quality of onion bulbs. The onion bulbs (Bombay Red cultivar) were harvested at three harvesting stages (early, optimum, and late maturity) and cured at three different temperatures (30, 40 and 50 oC) and relative humidity (30, 50 and 70%). The results revealed that curing temperature, RH, and maturity stage had significant effects on all measuredattributesexcept total soluble solids

Correlations between physical and structural properties of spider silk - Correlaties tussen fysische en structurele eigenschappen van spinnenzijde

Spinnen produceren tot zeven verschillende draden met opmerkelijke mechanische eigenschappen. Als gevolg hiervan is er de laatste jaren veel interesse ontstaan in het ontwerp van deze materialen voor de ontwikkeling van nieuwe proteïne-gebaseerde polymeren. Daarvoor is het vereist om de relaties tussen structuur en eigenschappen te verstaan. De bedoeling van dit doctoraatsonderzoek is om daartoe bij te dragen door het bestuderen van deze relaties voor twee types spinnenzijdes (eizak- en “dragline” spinnenzijde) in vergelijking met zijdes afkomstig van twee rupsen Bombyx mori (of gewone zijde) en Antheraea pernyi (Tussah of wilde zijde). Tijdens dit onderzoek werd vastgesteld dat eizakspinnenzijde een totaal ander mechanisch gedrag vertoont dan de overige zijdes, o.m. de dragline spinnenzijde. Gezien de literatuur zeer beperkt is over dit type spinnenzijde, werd gekozen om de focus dan ook op dit type zijde te leggen. Naast het rek-sterkte gedrag werd ook het visco-elastisch gedrag, meer bepaald het elastisch en kruipgedrag, bestudeerd. De secundaire structuur werd geanalyseerd aan de hand van Fourier-transformatie infraroodspectroscopie (FT-IR) en vastestof nucleaire magnetische resonantie (NMR) spectroscopie. Verder werd ook het thermisch gedrag bestudeerd aan de hand van thermogravimetrie (TGA) en thermische mechanische analyse (TMA). Uit het bekomen structuuronderzoek werd voor eizakspinnenzijde een structureel model afgeleid dat zijn fysische eigenschappen kan verklaren. De structuur van eizakspinnenzijde wordt gedomineerd door een uitgestrekte amorfe faze met verbonden “-turn” structuren. De kristallijne faze is beperkt en bestaat uit korte “-sheet” structuren. Beide fazen zijn verder gegroepeerd tot een niet-fibrillaire kern-mantel structuur