Online Umfrage zu Open Journal Systems (OJS). Bedarfsanalyse im Rahmen des Projektes „OJS-de.net“

Im Rahmen des Projektes „OJS-de.net – Nachhaltige OJS-Infrastruktur zur elektronischen Publikation wissenschaftlicher Zeitschriften“ (www.ojs-de.net) wurde im Frühjahr 2015 eine Online-Umfrage zu Open Journal Systems (OJS) an alle OJS-Akteure im deutschsprachigen Raum versandt. Das Projekt „OJS-de.net“ ist eine gemeinsame Initiative des Center für Digitale Systeme der Freien Universität Berlin (CeDiS), der Universitätsbibliothek Heidelberg, und des Kommunikations-Informations- und Medienzentrums (KIM) der Universität Konstanz und wird von der Deutschen Forschungsgemeinschaft (DFG) finanziert. Die Online-Umfrage hatte zum Ziel, einen Überblick über die Verwendung und den Einsatz von OJS an deutschsprachigen Universitäten und Forschungseinrichtungen sowie die Bedarfe von Hostinganbietern und Zeitschriftenbetreibern an der OJS-Software zu ermitteln und zu analysieren. In der vorliegenden Publikation werden alle Ergebnisse und Antworten der Online-Umfrage zu Open Journal Systems zusammengetragen und in Open Access zugänglich gemacht

Altertumsforscher gründen neue Online-Zeitschrift : »Frankfurter elektronische Rundschau zur Altertumskunde« will interdisziplinären Austausch fördern

Durch die Möglichkeit der schnellen und kostengünstigen Publikation haben in den letzten Jahren Online-Zeitschriften sowohl in den Altertumswissenschaften als auch in anderen geisteswissenschaftlichen Fächern eine immer größere Bedeutung erlangt. In der Mehrzahl der Fälle verstehen sich diese elektronischen Zeitschriften entweder als die Online-Versionen zu den auf konventionellem Weg parallel veröffentlichten Ausgaben oder ausschließlich als Rezensionsjournale. http://publikationen.ub.uni-frankfurt.de/volltexte/2006/2637/ http://www.fera-journal.eu

Historische Aufnahmen aus dem Vorderen Orient. Teil 2: Iraq und Iran (1971)

Mit diesem Beitrag ("Iraq und Iran") liegt Teil 2 der dreiteiligen Online-Publikation "Historische Aufnahmen aus dem Vorderen Orient" vor, die als Zeitdokumente Bilder und begleitende Texte von Reisen aus den Jahren 1968 bis 1979 in einige Länder des Nahen Ostens vorstellt. Die Bildauswahl zeigt v. a. Kunstobjekte und Landschafts- bzw. Architekturaufnahmen mit Bezug zur Archäologie und Kunstgeschichte

Linking Text and Image with SVG

Annotation and linking (or referring) have been described as "scholarly primitives", basic methods used in scholarly research and publication of all kinds. The online publication of manuscript images is one basic use case where the need for linking and annotation is very clear. High resolution images are of great use to scholars and transcriptions of texts provide for search and browsing, so the ideal method for the digital publication of manuscript works is the presentation of page images plus a transcription of the text therein. This has become a standard method, but leaves open the questions of how deeply the linkages can be done and how best to handle the annotation of sections of the image. This paper presents a new method (named img2xml) for connecting text and image using an XML-based tracing of the text on the page image. The tracing method was developed as part of a series of experiments in text and image linking beginning in the summer of 2008 and will continue under a grant funded by the National Endowment for the Humanities. It employs Scalable Vector Graphics (SVG) to represent the text in an image of a manuscript page in a referenceable form and enables linking and annotation of the page image in a variety of ways. The paper goes on to discuss the scholarly requirements for tools that will be developed around the tracing method, and explores some of the issues raised by the img2xml method

Systematic review about data quality and protocol compliance in clinical trials

Bei Investigator Initiated Trials (IITs) werden alternative risikoadaptierte Monitoring-Strategien in Abhängigkeit vom individuellen Studiendesign und dem Risikoprofil diskutiert, um bei oft restriktiven Ressourcen eine den gesetzlichen Vorgaben genügende Qualität der Studiendurchführung und der Daten zu gewährleisten. Aufgrund einer Literaturanalyse sollten in der vorliegenden Arbeit Untersuchungen ausgewertet werden, in denen quantitative Aussagen zu Datenqualität und Prüfplan-Compliance in klinischen Prüfungen gemacht wurden. Bei der Interpretation der Ergebnisse sollten die implementierten Qualitätssicherungsmaßnahmen berücksichtigt werden. Aufgrund einer systematischen Recherche in MEDLINE konnten 21 Publikationen identifiziert werden, bei denen die Daten- und Prozessqualität in klinischen Prüfungen untersucht, die Qualität durch Überprüfungen mit Source Data Verification vor Ort oder Überprüfung übermittelter Quelldaten in der Studienzentrale ermittelt wurde und quantitative Informationen zu den Bereichen Datenqualität, Protokoll-Compliance oder Defizite bei Einwilligungserklärungen vorlagen. Die Mehrzahl der Untersuchungen ist drei Organisationen zuzuordnen: European Organization für Research and Treatment of Cancer (EORTC) (n=7), National Cancer Institute (NCI) (n=7) und Untersuchungen der Trans-Tasman Radiation Oncology Group (TROG) (n=4). Darüber hinaus wurden drei Untersuchungen weiterer Studiengruppen identifiziert. Die Untersuchungen wurden im Zeitraum von 1981 bis 2003 publiziert. Überwiegend wurden in der Literatur onkologische Studien betrachtet (n=19), wobei die Radiotherapie im Vordergrund stand (n=8). Für die EORTC-Studien wurde in der Regel eine gute Datenqualität berichtet (80-90% korrekte Daten). Punktuelle Probleme wurden im Hinblick auf die Protokoll-Compliance und das Berichten von Nebenwirkungen/schwerwiegenden unerwünschten Ereignissen festgestellt. Eine gute Qualität wurde ebenfalls bzgl. des korrekten Einschlusses von Patienten beobachtet. Durch das NCI wurde ein standardisiertes Audit-System eingeführt und innerhalb von kooperativen Studiengruppen implementiert. Im Rahmen dieser Audits wurden verschiedene Kriterien überprüft und eine überwiegend gute Datenqualität und Protokoll-Compliance festgestellt. Mängel wurden in ca. 5% der Fälle im Hinblick auf die Einwilligungserklärung, die korrekte Anwendung der Einschlusskriterien, Protokollverletzungen, bei der Ermittlung des Zielkriteriums, der Erfassung der Toxizität, der adäquaten Datenlieferung und bei der Datenverifikation beobachtet. In einzelnen Untersuchungen ergaben sich Probleme mit der Behandlungscompliance (10-20%), bei Protokollabweichungen im Hinblick auf die Arzneimitteldosis (10%) und bei der Drug Accountability (15%). Von der TROG wurde ein Qualitätssicherungsprozess implementiert, der auf zentralem Monitoring von kopierten Quelldaten basiert. Durch den Qualitätssicherungsansatz der TROG konnten schwerwiegende Probleme mit der Protokoll-Compliance unter 10% gesenkt werden, ebenso konnte eine gute Datenqualität mit einer Fehlerrate unter 5% erreicht werden. Die korrekte Handhabung von Ein- und Ausschlusskriterien stellte in Einzelfällen ein Problem dar. Zusammenfassend kann festgestellt werden, dass die in dem Review erfassten Studiengruppen von einer guten Datenqualität und einer guten bis moderaten Protokoll-Compliance berichten. Diese basiert nach Aussage der Autoren im wesentlichen auf etablierten Qualitätssicherungs-Prozeduren, wobei das durchgeführte Audit ebenfalls einen potentiellen Einflussfaktor darstellt. Geringe Probleme wurden in der Regel im Hinblick auf die Einwilligungserklärung, die korrekte Handhabung der Ein- und Ausschlusskriterien und die Datenqualität beobachtet. In einzelnen Studien gab es jedoch Probleme mit der Protokoll-Compliance. Insgesamt hängen Anzahl und Art der Mängel von dem Studientyp, dem Qualitätsmanagement und der Organisation der Studiengruppe ab. Wissenschaftsbetrug wurde nur in sehr wenigen Fällen durch die Audits festgestellt. Die vorgelegten Informationen beziehen sich nahezu ausschließlich auf etablierte Studiengruppen; bezüglich Datenqualität und Protokoll-Compliance außerhalb der Studiengruppen liegen kaum Informationen in der Literatur vor. Bei der Bewertung der Ergebnisse sollte berücksichtigt werden, dass es sich zum Teil um Eigenauswertungen der Studiengruppen und nicht um unabhängige externe Prüfungen (z.B. externe Audits) handelt. Inwieweit die Ergebnisse einer konsequenten Überprüfung nach derzeitigen Good Clinical Practice (GCP) – Regeln standhalten würden, kann aus der Analyse nicht beantwortet werden. Aus der vorliegenden Literaturanalyse ergeben sich Konsequenzen für die Planung einer prospektiven kontrollierten Studie zum Vergleich unterschiedlicher Monitoring-Strategien. Wesentlicher Einflussfaktor für die Datenqualität und Protokollcompliance in einer klinischen Studie ist das Qualitätsmanagement. Dieses Qualitätsmanagement umfasst neben Monitoring zahlreiche andere Maßnahmen. Um zu einer Bewertung von Monitoringstrategien kommen zu können, müssen daher alle Qualitätssicherungsmaßnahmen im Rahmen einer Studie berücksichtigt werden. Für den Vergleich unterschiedlicher Monitoringstrategien sind geeignete Zielparameter zu definieren (z.B. schwerwiegende Defizite bzgl. Ein- und Ausschlusskriterien, Sicherheit). Die vorliegende Analyse ergibt, dass bei gutem Qualitätsmanagement ohne umfassendes vor Ort Monitoring schwerwiegende Fehler nur mit relativ niedriger Häufigkeit festgestellt wurden. Unterschiede zwischen Monitoringstrategien könnten, gegeben ein funktionierendes Qualitätsmanagementssystem, sich als quantitativ gering erweisen. Testet man auf Äquivalenz von Monitoringstrategien, sind nur niedrige Differenzen zu akzeptieren, was wiederum eine Auswirkung auf die Fallzahlplanung hat. Weiterhin muss berücksichtigt werden, dass zur Feststellung der Auswirkung unterschiedlicher Monitoringstrategien auf die Sicherheit der Patienten und die Validität der Daten im Rahmen einer kontrollierten Untersuchung ein unabhängiges Audit notwendig ist. Dabei ist zu berücksichtigen, dass ein Audit bereits einen möglichen Einflussfaktor für die Datenqualität und Protokoll-Compliance darstellen kann, und damit eine Bewertung des Nutzens einer Monitoringstrategie erschwert werden könnte. Schlüsselwörter: systematisches Review, Datenqualität, Protokoll-Compliance, klinische StudieFor Investigator Initiated Trials (IITs) alternative risk-adapted monitoring strategies are discussed in order to fulfill rules and regulations, taking into consideration the restricted resources. In this systematic review investigations, presenting quantitative data about data quality and protocol compliance in clinical trials, are analyzed. The results are discussed taking into account the quality assurance procedures implemented. Based on a systematic MEDLINE retrieval, 21 studies could be identified in which data and process quality in clinical trials were investigated and assessed by site visits with source data verification or review of copied source data in the study center and quantitative information about data quality and protocol compliance was available. The majority of investigations were performed by three organizations: European Organization for Research and Treatment of Cancer (EORTC) (n=7), National Cancer Institute (NCI) (n=7) and investigations of the Trans-Tasman Radiation Oncology Group (TROG) (n=4). In addition three investigations of other study groups were identified. The investigations were published between 1981 and 2003. In the majority of cases oncological trials were investigated (n=19) with a focus on radiotherapy trials (n=8). In the EORTC-trials an overall good data quality was assessed (80–90% correct data). Singular problems were found with respect to protocol compliance and reporting of adverse reactions and serious unexpected events. Good quality was also observed with respect to the correct inclusion of patients into trials. By the NCI a standardized audit system was introduced and implemented within cooperative study groups. In the context of these audits different criteria were assessed and a good data quality and protocol compliance were measured. Deficits occurred in about 5% of the cases with respect to informed consent, correct application of inclusion criteria, protocol compliance, assessment of outcome criteria, assessment of toxicity, adequate data reporting and data verification. In some investigations problems with treatment compliance (10-20%), drug dose deviations (10%) and drug accountability (15%) were identified. By the TROG a quality assurance procedure was implemented, based on central monitoring of copied source data. By this approach major problems with protocol compliance could be reduced to less than 10% together with a good data quality with an error rate under 5%. The correct handling of in- and exclusion criteria was a problem in individual cases. In summary we found out that good data quality and good to moderate protocol compliance were reported by the study groups that are included in the systematic review. Due to the authors this is mainly due to an established quality assurance system, taking into consideration that audits itself may be an influential factor. Generally, minor problems were observed with respect to informed consent, correct handling of in- and exclusion criteria and data quality, however, in some studies there were problems with protocol compliance. Overall, number and type of deficits depend on study type, quality management and organization of the study group. Fraud was detected only in very few cases. The available evidence refers mainly to established study groups; for data quality and protocol compliance outside these groups only few information is available. However, it should be taken into consideration, that the analysis was performed, at least partly, by the study groups themselves and is not based on independent audits (e.g. external audits). The analysis cannot answer the question whether the results would have been replicable if a strict review according to criteria of Good Clinical Practice (GCP) would have been performed. From the systematic review consequences have to be taken for planning a prospective controlled trial comparing different monitoring strategies. The main influence factor for data quality and protocol compliance in a clinical trial is the quality management system. Quality management covers several other measures apart from monitoring. In order to assess monitoring strategies, all quality assurance procedures within a clinical trial have to be taken into consideration. For the comparison of different monitoring strategies adequate outcome parameter have to be defined (e.g. severe deficits with respect to inclusion and exclusion criteria, safety). The analysis indicates that with good quality management and no extensive on-site monitoring severe errors were detected only at relative low frequency. It could well be that with an efficient quality management system differences between monitoring strategies would be small. In order to demonstrate statistical equivalence of monitoring strategies, only small differences can be accepted which again leads to consequences for the sample-size calculation. In addition, it must be taken into consideration that within a controlled trial an independent audit is necessary to assess the effect of different monitoring strategies on the safety of patients and the quality of data. Audits however may be a possible influence factor for data quality and protocol compliance and may complicate the evaluation of the benefit of a monitoring strategy. Keywords: systematic review, data quality, protocol compliance, clinical tria

Digistylus - An Online Information System For Palaeography Teaching and Research

This paper starts by describing the experiences the authors recently had with online information systems for teaching and research in palaeography. The study also considers the differences in the students' access to the site "Teaching Materials for Latin Palaeography" when they attended the palaeography courses, as it was usually used in the lectures by one of the authors. With the increase in the quantity of plates (reproducing pages or parts of them from medieval manuscripts) and texts (concerning the analysis of the writing styles, the cataloguing, the history of manuscripts, the codicology and other important topics in the palaeography's scientific debate), it became clear that there was a difference in the way students approached those materials: when students first used the systems in the academic year 2001/2002, they read all the documents and used all the plates; more recently, with the quantity of materials on the site considerably increased, the students wait for the professor's suggestions and evidence uncertainties and difficulties when autonomously looking for a document or a plate. As a consequence, the online information system Digistylus has been planned and is going to be created for the management of the data in the site "Teaching Materials". The main consequence of the above observations has been the detection of a new knowledge construction paradigm and the development of new research procedures in palaeography

Online-Marktplatz für regionale Lebensmittel in Sachsen: Bedarfs- und Machbarkeitsstudie für einen „Online-Marktplatz für regionale Lebensmittel in Sachsen“

Die Publikation informiert umfassend zum Thema „Online-Marktplatz für regionale Lebensmittel in Sachsen“. Anhand von drei potentiellen Geschäftsmodellen werden die Chancen und Risiken eines Online-Marktplatzes dargestellt. Detaillierte Analysen und Berechnungen zeigen die Möglichkeiten zur Umsetzung. Die Veröffentlichung richtet sich an Landwirte, Unternehmer des Ernährungsgewerbes und Akteure aus dem Online-Handel. Redaktionsschluss: 15.06.202

Autophagy in Microglia and Alzheimer's disease

Alzheimer’s disease (AD) is the most common neurodegenerative disease, characterized by amyloid-beta plaques, neurofibrillary tangles and neuroinflammation. Autophagy has been associated with several neurodegenerative diseases. Recently, autophagy has been linked to the regulation of the inflammatory response in macrophages. My thesis investigates how an impairment of autophagy influences the inflammatory response of microglia. We used Beclin1 heterozygous (Becn1+/-) mice as a model of impaired autophagy. Beclin1 plays a role in the initiation of autophagy and was shown to be decreased in microglia isolated from AD patients compared to healthy controls. In vitro, acutely stimulated microglia from neonatal Becn1+/- mice exhibited increased expression of the proinflammatory cytokines IL-1beta and IL-18 compared to wild type microglia. Both IL-1beta and IL-18 are processed by the NLRP3 inflammasome pathway. The investigation of this pathway showed an elevated number of cells with inflammasomes and increased levels of the inflammasome components NLRP3 and cleaved Caspase1 in Becn1+/- microglia. Super resolution microscopy revealed a very close association of NLRP3 aggregates and LC3-positive autophagosomes. Interestingly, despite suggestions that the murine CALCOCO2 does not function as an autophagic adaptor, we discovered CALCOCO2 colocalised with NLRP3 and that its downregulation by siRNA knockdown increased IL-1beta release. These data support the notion that selective autophagy can impact microglia activation by modulating IL-1beta and IL-18 production via NLRP3 degradation. These in vitro data present a mechanism how impaired autophagy could contribute to neuroinflammation in AD. In vivo analysis of Becn1+/-.APPPS1 mice also demonstrated enhanced IL-1beta levels, but no differences in amyloid beta pathology, nor phagocytic capacity. The constitutive heterozygosity of Beclin1 might be responsible for the milder effects in vivo. Therefore, we performed studies utilizing more sophisticated models targeting immune cells specifically. The first model, Aldh1l1-iCre.Becn1-flox, targets Becn1 deletion specifically in astrocytes in the central nervous system after injection with the drug tamoxifen. Peripherally, Aldh1l1 is also expressed by hepatocytes. The Aldh1l1-iCre.Becn1-flox mice suffered from peripheral damage in the liver 10 days after tamoxifen injection, and can therefore not be used in further studies. The second model, Cx3Cr1-iCre.Becn1-flox, targets Becn1 deletion specifically in microglia in the central nervous system, and will be crossed to the APPPS1 mice to create a tool to study the role of Beclin1 in microglia in neuroinflammation and neurodegeneration. This new tool and the data generated in this work will support a new direction of research, to unravel the therapeutic potential of autophagy-dependent inflammation in neurodegenerative diseases.Die Alzheimer-Krankheit (AD) ist die häufigste neurodegenerative Erkrankung, die durch Amyloid-Beta-Plaques, neurofibrilläre Verwicklungen und Neuroinflammation gekennzeichnet ist. Autophagie wurde mit mehreren neurodegenerativen Erkrankungen in Verbindung gebracht. Vor Kurzem wurde Autophagie mit der Regulierung der Entzündungsreaktion in Makrophagen in Verbindung gebracht. Meine Dissertation untersucht, wie eine Beeinträchtigung der Autophagie die Entzündungsreaktion von Mikroglia beeinflusst. Wir haben Beclin1-heterozygote (Becn1+/-) Mäuse als Modell für eingeschränkte Autophagie verwendet. Beclin1 spielt eine Rolle bei der Initiierung der Autophagie und es wurde gezeigt, dass es bei aus AD-Patienten isolierten Mikrogliazellen im Vergleich zu gesunden Kontrollen abnimmt. Akut stimulierte Mikroglia aus neonatalen Becn1+/– Mäusen zeigten in vitro eine erhöhte Expression der proinflammatorischen Zytokine IL-1beta und IL-18 im Vergleich zu Wildtyp-Mikroglia. Sowohl IL-1beta als auch IL-18 werden vom NLRP3-Inflammasom-Weg verarbeitet. Die Untersuchung dieses Weges zeigte eine erhöhte Anzahl von Zellen mit Inflammasomen und erhöhte Spiegel der Inflammasomenkomponenten NLRP3 und gespaltenen Caspase1 in Becn1+/– Mikroglia. Super-Resolution-Mikroskopie zeigte eine sehr enge Lokalisation von NLRP3-Aggregaten und LC3-positiven Autophagosomen. Interessanterweise haben wir trotz der Kritik, dass das murine CALCOCO2 nicht als autophagischer Adapter fungiert, entdeckt, dass CALCOCO2 mit NLRP3 kolokalisiert und dass die Herunterregulierung durch siRNA die IL-1beta-Freisetzung erhöhte. Diese Daten stützen die Ansicht, dass selektive Autophagie die Mikroglia-Aktivierung beeinflussen kann, indem die IL-1beta- und IL-18-Produktion durch NLRP3-Abbau moduliert wird. Diese in vitro Daten stellen einen Mechanismus dar, wie eine gestörte Autophagie zur Neuroinflammation bei AD beitragen kann. In vivo Analysen von Becn1+/–.APPPS1 Mäusen zeigten ebenfalls erhöhte IL-1beta-Spiegel, jedoch keine Unterschiede in der Amyloid-Beta-Pathologie und auch keine in Bezug auf die Phagozytosekapazität. Die konstitutive Heterozygotie von Beclin1 könnte für die geringen Auswirkungen in vivo verantwortlich sein. Daher etablierten zwei neue Modelle, die speziell auf Immunzellen abzielten. Das erste Modell, Aldh1l1-iCre.Becn1-Flox, zielt auf die Becn1-Deletion spezifisch in Astrozyten im zentralen Nervensystem nach Injektion des Arzneimittels Tamoxifen ab. In der Peripherie wird Aldh1l1 auch von Hepatozyten exprimiert. Die Aldh1l1-iCre.Becn1-Flox Mäuse erlitten 10 Tage nach Tamoxifen-Injektion eine periphere Schädigung der Leber und können daher nicht in weiteren Studien verwendet werden. Das zweite Modell, Cx3Cr1-iCre.Becn1-flox, zielt auf die Becn1-Deletion speziell in Mikroglia im Zentralnervensystem ab und wird mit den APPPS1-Mäusen gekreuzt, um ein Modell für die Untersuchung der Rolle von Beclin1 in Mikroglia bei Neuroinflammation und Neurodegeneration darzustellen. Dieses neue Mausmodell und die in dieser Arbeit generierten Daten werden eine neue Richtung der Forschung unterstützen, um das therapeutische Potenzial autophagieabhängiger Entzündungen bei neurodegenerativen Erkrankungen zu ermitteln