A tecnologia da informação em instituições de preservação cultural: relato de experiência no instituto memória histórica e cultural da Universidade de Caxias do Sul: The information technology in institutions of cultural preservation: report of experience in the institute of the historical cultural memory of the University of Caxias do Sul

A preservação e o gerenciamento da informação é crucial para qualquer organização. O Instituto Memória Histórica e Cultural (IMHC) visa restaurar e preservar artefatos que retratam a vida dos habitantes da serra gaúcha. Considerando a importância do acervo como fonte de estudo para diversas áreas do conhecimento, constatou-se a necessidade de padronizar o sistema arquivístico pertinente ao IMHC. Este processo é relevante uma vez que alguns dos departamentos do IMHC possuem seu próprio sistema de banco de dados, enquanto outros não possuem ferramentas tecnológicas para o gerenciamento do conteúdo arquivístico. O presente artigo tem como objetivo relatar a aplicabilidade dos softwares Archivematica e AtoM junto ao acervo histórico cultural do IMHC. Os resultados indicam que os softwares proporcionarão as funcionalidades necessárias para o gerenciamento do acervo arquivístico, contribuindo para a gestão informacional do IMHC

Processo de sucessão em negócios familiares na viticultura no cluster vitivinícola da Serra Gaúcha

O cluster vitivinícola da Serra Gaúcha iniciou sua formação a partir do assentamento de imigrantes italianos e é composto principalmente por negócios familiares, com cerca de 88% de toda a produção de uvas tendo como destino a vinificação e a comercialização para terceiros (EMBRAPA, 2017). Assim, existe uma relação de dependência dos negócios vinícolas com os negócios vitícolas, produtores de uvas. Dada essa realidade, o processo de sucessão nos negócios produtores de uvas, em sua maioria familiares, é um ponto crítico para a sustentação do cluster. Por conseguinte, esta monografia se propõe a estudar o processo de sucessão nos negócios familiares na viticultura no cluster vitivinícola da Serra Gaúcha. Para tal, a metodologia escolhida para a realização da pesquisa foi o estudo caso, usufruindo da análise de discurso (BARDIN, 2011) para a realização da análise. Assim, optou-se a realizar o estudo em 4 casos de negócios cooperativados familiares onde existem sucessores. Foram investigados como o processo vem ocorrendo, os obstáculos e fatores de influência, ademais das iniciativas da cooperativa frente ao processo de sucessão. Os resultados apontaram que nos negócios familiares cooperativados atualmente existe uma tendência de continuidade. Os obstáculos e fatores de influência foram agrupados em quatro temáticas: rentabilidade, tecnologia e automação, escolaridade e gênero, cultura e família. Dessa forma é perceptível que os fatores que influenciam na continuidade do negócio perpassam pela boa rentabilidade propiciada pela atividade e pelo incremento tecnológico e automação, facilitando o trabalho do produtor rural e diminuído a necessidade de mão de obra, ademais do bom relacionamento familiar e a abertura ao diálogo. As inciativas da cooperativa frente ao processo focam nos grupos de risco, jovens e mulheres, sendo observadas como efetivas.The Serra Gaúcha Wine Cluster began its formation from the settlement of Italian immigrants, and it is mainly composed of family businesses, with around 88% of all grape production destined to winemaking and commercialization to third parties (EMBRAPA, 2017). Thus, there is a relationship of dependence between the wine business and grape production business. In view of this situation, the succession process in the grape-producing business, mostly family-owned, is a critical point for the cluster. Therefore, this monograph intends to study the succession process in family business in viticulture in the Serra Gaúcha Wine Cluster. To that end, the methodology chosen for the research was the case study, using the discourse analysis (BARDIN, 2011) to analyze the data. Thereby, it was chosen to conduct the study in 4 family businesses associated to a winery cooperative, in which there are successors. We investigated how the process has been taking place, the obstacles and influencing factors, as well as the cooperative initiatives in the succession process. The results pointed out that nowadays in family businesses members of the cooperative there is a continuity trend. Obstacles and factors of influence were grouped into four themes: profitability, technology and automation, education and gender, culture and family. Accordingly, to the results, it is noticeable that the factors that influence business continuity permeate the good profitability provided by the activity and the technological increase and automation, facilitating the work of the rural producer and reducing the need for manpower, moreover the good family relationship and openness to dialogue. Cooperative initiatives in the process focus on risk groups, youth and women, and are observed to be effective

Estudo conformacional do complexo proteico DDB2-DDB1 e suas diferentes variantes mutantes na doença Xeroderma pigmentosum

Uma das dificuldades no entendimento da doença Xeroderma Pigmentosum (XP) é a falta de dados estruturais das proteínas XPA até XPG, cuja inatividade ou disfunção levam ao seu desenvolvimento. Nesse sentido, a proteína DDB2, produto do gene XPE, atua no reconhecimento de danos ao DNA, nos primeiros passos da via de Reparo por Excisão de Nucleotídeos, a principal via molecular afetada na doença. Da mesma forma, pacientes com desregulação em DDB2 possuem uma das maiores incidências de câncer de pele dentre os subtipos de XP, tornando seu entendimento importante para as ciências biomédicas. Atualmente, DDB2 é a única proteína XP cuja estrutura tridimensional está 90% elucidada, contudo, pouco de sabe sobre seu comportamento molecular e como as mutações encontradas em pacientes com XP afetam seu funcionamento e sua ligação com a proteína DDB1, sua principal parceira molecular. Sendo assim, esta tese de doutorado tem como objetivo caracterizar o comportamento molecular de DDB2 e as variantes mutantes R273H, L350P e K244E, assim como DDB2 complexada com DDB1 e como as diferentes mutações afetam o complexo DDB2-DDB1. Para tanto, análises por dinâmica molecular e redes dinâmicas foram empregadas para cada sistema selvagem e mutante. Os dados revelaram que todas as variantes mutantes apresentam um aumento de rigidez em DDB2. Adicionalmente, uma região específica, resíduos 354 até 371, mostrou-se fortemente afetada nos mutantes e parece ter conexão com seu estado conformacional. Quando complexada, todos mutantes de DDB2 geraram uma proteína mais rígida. A mutação L350P alterou a interação entre DDB2 e DDB1, originando uma interação mais fraca. A mutação R273H, assim como a L350P, alterou o domínio de ligação ao DNA de DDB2, e este mesmo domínio pareceu ser instável comparado à forma selvagem. A mutação K244E mostrou uma alteração de ligação entre o domínio de ligação do DNA de DDB2 e DDB1, indicando um complexo com perda de função de reconhecimento. Sendo assim, os dados forneceram informações críticas para o entendimento de como as mutações vistas em XP, tipo E, afetam DDB2 e seu complexo com DDB1.A major challenge in the understanding of the Xeroderma Pigmentosum (XP) disease is the lack of structural data of XPA to XPG proteins, whose inactivity or dysfunction, lead to XP. In this sense, the DDB2 protein acts in the DNA-damage recognition, on the first steps of the Nucleotide Excision Repair pathway, the main molecular pathway affects in XP. Patients with impairments in DDB2 protein have one of the highest incidences of skin cancer among the XP subtypes, making its understanding an important matter in the biomedical field. Nowadays, DDB2 is the only XP protein which its tridimensional structure is 90% elucidated; however, little is known about how the mutations found in the DDB2 protein affect its binding proprieties to with protein DDB1 in XP patients. This work aims to characterize the molecular dynamics of wild-type DDB2 and the XP variants R273H, L350P and K244E. In addition, the dynamic of WT- and mutantassociated DDB2-DDB1 complex was performed. For this purpose, molecular dynamics and dynamic networks were employed for each WT and mutant DDB2, alone and complexed with DDB1. The data revealed that the all mutated variants show an increase in structural rigidity in DDB2. Additionally, a specific region, residues 354 to 371, was altered in the mutants and appears to be linked to the DDB2 conformational state. When complexed, all DDB2 mutants display a less dynamic structure. In this sense, the L350P mutation diminished the potential of interaction between DDB2 and DDB1. The R273H mutation, as well as the L350P, modified the DNA-binding domain of DDB2, and the same domain seems to be unstable when compared to the WT. The K244E mutants affects the DNA-binding domain of DDB2 as well as the interaction with DDB1, denoting a complex with loss of the DNA-recognition function. Thus, the data offers critical information for the understanding of how mutations found in XPE affect DDB2 and its complex with DDB1

Avaliação da Política Nacional de Ciência, Tecnologia e Inovação em Saúde : contribuições para a pesquisa & desenvolvimento em biotecnologia em saúde (2004 – 2014)

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Humanas, Departamento de Serviço Social, Programa de Pós-Graduação em Ciência Política, 2015.O Sistema Único de Saúde (SUS) movimenta a economia desde a pesquisa & desenvolvimento até a produção e compra de tecnologias para promover a oferta de bens e serviços à população. Nesse contexto, a bioeconomia, cujo um dos alicerces é a biotecnologia em saúde, consiste no atual paradigma tecnológico que tem o potencial de desenvolver produtos e processos que atendam às prioridades do SUS, reduzindo a vulnerabilidade tecnológica do país ao mercado internacional. Este estudo objetiva avaliar os projetos de P&D na área de biotecnologia em saúde, financiados pelo Departamento de Ciência e Tecnologia da Secretaria de Ciência, Tecnologia e Insumos Estratégicos para a Saúde do Ministério da Saúde (Decit/Sctie/MS), por meio das contratações diretas e editais temáticos nacionais, lançados no período de 2004 a 2012. A abordagem metodológica utilizada foi a triangulação de métodos, baseada na observação participante, na análise de conteúdo e na vertente bibliográfica, para se identificar a amostra do estudo. Posteriormente, foi aplicado o modelo avaliativo de políticas de saúde, que realizou de modo combinado três análises interdependentes: a normativa, a estratégica e a de produção científica e tecnológica resultante das atividades de P&D avaliadas. As bases de dados públicas – Sistema Pesquisa Saúde e Plataforma Lattes – foram as principais fontes secundárias utilizadas para a coleta de dados. Constatou-se que, de 2004 a 2012, a PNCTIS investiu R 168.981.016,60 em 268 projetos de P&D em biotecnologia em saúde, sendo que 141 desses prosseguiram, principalmente, devido ao cofinanciamento das agências nacionais e estaduais de fomento. Foram apoiados 121 projetos em terapia celular com o uso de células-tronco; 18 em biomateriais para engenharia tecidual; 60 em biofármacos; 17 em vacinas; 5 em hemoderivados; e 47 relacionados a kits diagnósticos. Foram realizados 72 ensaios pré-clínicos e 33 clínicos. Verificou-se que 55 projetos de P&D em biotecnologia direcionavam-se para as doenças negligenciadas. Entre esses, a leishmaniose e a tuberculose lideram, sendo o alvo de 12 e 9 projetos, respectivamente. A amostra total avaliada resultou na publicação de 1.831 artigos científicos; 316 teses de doutorado; 430 dissertações de mestrado; 74 pedidos de patentes e outras 26 produções tecnológicas, de 2004 a 2014. Foram mobilizadas também 34 redes de pesquisa; 21 parcerias entre universidade ou centro de pesquisa e empresas; e 19 instituições internacionais para a execução dos projetos de P&D financiados. Este estudo conclui que as induções da PNCTIS avaliadas atenderam às prioridades governamentais do país no campo da biotecnologia em saúde. Recomenda-se que os futuros editais temáticos nacionais e contratações diretas concentrem os investimentos para a P&D em biotecnologia em saúde, apoiando um menor quantitativo de projetos para alocar uma maior quantia de recursos para cada. É fundamental também assegurar a continuidade do financiamento para a execução de projetos de médio e longo prazo. O incentivo aos Institutos Nacionais de Ciência e Tecnologia e às parcerias com o setor empresarial, instituições internacionais e redes de pesquisa é estratégico. Buscou-se, assim, contribuir para o aprimoramento da gestão de ciência, tecnologia e inovação em saúde no âmbito do SUS.Brazil’s Unified Health System (SUS) moves the Brazilian economy - from R&D to production and purchase of technology - towards the supply of goods and services to its population. In this context, Bioeconomy - being biotechnology healthcare one of its foundations - has been the current technological paradigm with the potential to develop products and processes that would ultimately meet the SUS’ priorities, thus reducing the country’s technological vulnerability to the international market. This study aims to review the R&D projects in biotechnology healthcare funded by the Department of Science and Technology at the Secretariat of Science, Technology and Strategic Inputs, a division of the Ministry of Health (Decit/Sctie/MS), through direct hiring and public notices from 2004-2012. The methodological approach was a triangulation of methods based on participant observation, content analysis and literature, so as to identify the sample of this study. Subsequently, an evaluation model for healthcare policies was applied, by combining three interdependent reviews: normative analysis, strategic analysis and a review on the production of science and technology resulting from the R&D activities assessed in this study. Two public databases – the Healthcare Research System and the Lattes Platform - were used as the main secondary sources of data collection, among others. This study found that, from 2004 to 2012, the PNCTIS invested R 168,981,016.60 in 268 R&D biotechnology healthcare projects; 141 of them showed progress, especially due to the co-financing of national and state development agencies. The number of supported projects are as follows: 121 on cell therapy with stem cells; 18 on biomaterials for tissue engineering; 60 on biopharmaceuticals; 17 on vaccines ; 5 on blood-based products; and 47 on diagnostic kits. 72 pre-clinical trials and 33 clinical trials were done. It was found that 55 R&D projects on biotechnology focused on neglected diseases, most of them on leishmaniasis (12) and tuberculosis (9). The total sample assessed resulted in the publication of 1,831 scientific articles, 316 Ph.D. theses, 430 Master’s papers, 74 patent applications and 26 other technology goods and processes between 2004 and 2014. The implementation of the funded R&D projects involved 34 research networks, 21 partnerships between universities or research centers and companies, and 19 international institutions. This study concludes that the application of the assessed PNCTIS has met the Brazilian government’s priorities in the biotechnology healthcare field. It is recommended that, for further public notices and direct hires, investiments in R&D be applied mainly to biotechnology healthcare. It is also recommended that fewer projects be involved, so that each project is granted a greater amount of funds. An ongoing flow of funds for the implementation of the medium and long-term projects is also crucial. The incentive to the National Science and Technology Institutes, as well as partnerships with the private sector, international institutions and research networks is of strategic importance. The SUS, as a result, was created to improve the management of the Brazilian healthcare science, technology and innovation.El Sistema Único de Salud (SUS) mueve la economía desde la investigación & desarrollo hasta la producción y compra de tecnologías para promover la oferta de bienes y servicios para la población. En este contexto, la bioeconomía, en que una de sus bases es la biotecnología de la salud, consiste en el actual paradigma tecnológico que posee el potencial de desarrollar productos y procesos que atiendan las prioridades del SUS, reduciendo la vulnerabilidad tecnológica del país al mercado internacional. Este estudio tiene como objetivo evaluar los proyectos I&D en el área de biotecnología de la salud, financiados por el Departamento de Ciencia y Tecnología de la Secretaría de Ciencia, Tecnología e Insumos Estratégicos del Ministerio de Salud (Decit/Sctie/MS), por medio de las contrataciones directas y pliegos de licitaciones temáticas nacionales, lanzados en el periodo del 2004 al 2012. El abordaje metodológico utilizado fue la triangulación de métodos, basada en la observación participante, en el análisis del contenido y en la vertiente bibliográfica, para identificar la muestra de este estudio. Posteriormente, fue aplicado el modelo evaluativo de políticas de la salud, que realizó de modo combinado tres análisis interdependientes: el normativo, el estratégico y el de producción científica y tecnología resultante de las actividades de I&D. Las bases de datos públicas – Sistema Investigación Salud y Plataforma Lattes – fueron las principales fuentes secundarias utilizadas para la recolección de datos. Se constató, que del 2004 al 2012, la PNCTIS invirtió R$ 168.981.016,60 en 268 proyectos de I&D en biotecnología de la salud, de los cuales 141 continuaron, principalmente, debido a la cofinanciación por parte de las agencias nacionales y estatales de fomento. Fueron apoyados 121 proyectos en terapia celular con el uso de células madre; 18 en biomateriales para ingeniería de tejidos; 60 en biofármacos; 17 en vacunas; 5 en hemoderivados; y 47 relacionados a kits de diagnóstico. Fueron realizados 72 ensayos preclínicos y 33 clínicos. Se verificó que 55 proyectos de I&D en biotecnología estaban dirigidos a enfermedades olvidadas. Entre estos, la leishmaniasis y la tuberculosis lideran, siendo el objetivo de 12 y 9 proyectos, respectivamente. La muestra total evaluada tuvo como resultado la publicación de 1.831 artículos científicos; 316 tesis de doctorado; 430 disertaciones de maestría; 74 solicitudes de patente y otras 26 producciones tecnológicas, del 2004 al 2012. Fueron movilizadas también 34 redes de investigación; 21 convenios entre universidades o centro de investigación y empresas; y 19 instituciones internacionales para la ejecución de los proyectos de I&D financiados. Este estudio concluye que las inducciones de la PNCTIS evaluadas cumplieron con las prioridades gubernamentales del país en el área de la biotecnología de la salud. Se recomienda que los futuros pliegos de licitaciones temáticas nacionales y contrataciones directas concentren las inversiones para la I&D en biotecnología de la salud, apoyando una menor cantidad de proyectos para asignar un mayor monto de recursos para cada proyecto. También es fundamental asegurar la continuidad del financiamiento para la ejecución de proyectos a medio y largo plazo. El incentivo a los Institutos Nacionales de Ciencia y Tecnología y los convenios con el sector empresarial, instituciones internacionales y redes de investigación es estratégico. De esta manera, se buscó contribuir con el perfeccionamiento de la gestión de ciencia, tecnología e innovación de la salud en el ámbito del SUS

Estimativa de carga de trabalho de enfermeiros em uma UTI por meio de redes neurais e IoT-fog

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro Tecnológico, Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computação, Florianópolis, 2022.Para tratar pacientes em uma Unidade de Terapia Intensiva (UTI), é necessária uma equipe de enfermeiros nas 24 horas do dia, sendo necessário estimar a carga de trabalho dos mesmos e distribuir as tarefas de forma a evitar sobrecarregá-los. Visto que uma quantidade insuficiente de profissionais implica em uma baixa qualidade de atendimento aos pacientes, maiores riscos à saúde dos mesmos e aumento do tempo de internação. Uma das ferramentas para avaliar a carga de trabalho dos enfermeiros é o Nursing Activities Score (NAS), que pode identificar os casos em que existe uma alta carga de trabalho para os enfermeiros. Redes IoT-fog demonstraram ser eficientes para capturar e processar grandes quantidades de dados, possibilitando automatizar decisões em ambientes inteligentes, por meio do uso de técnicas de inteligência artificial. Este trabalho tem como objetivo desenvolver uma rede IoT-Fog, incluindo um protótipo de leito inteligente que será capaz de detectar quando um ou mais profissionais de enfermagem se aproximam dela, e enviará estes dados à fog, que irá utilizar técnicas de inteligência artificial para estimar a quantidade destes profissionais a ser alocada por dia de trabalho. Proporcionando, assim, uma alta qualidade de atendimento aos pacientes, ao considerar o NAS para calcular a carga de trabalho necessária. Os principais sistemas que foram desenvolvidos incluem o dispositivo IoT, que tem como função documentar a duração das atividades de enfermagem; um simulador, que gera dados sobre atividades de enfermagem com base em artigos publicados na área; e um módulo de inteligência artificial, que utiliza redes neurais para fazer estimativas de carga de trabalho diária com base no diagnóstico dos pacientes da UTI em questão.Abstract: In order to treat patients in an ICU, a nursing team is needed 24 hours a day, and it is necessary to estimate their workload and distribute tasks in order to avoid overloading them. An insufficient number of nurses implies in low-quality patient care, greater risks to their health and increased length of stay. One tool to assess nurses? workload is NAS, which can identify in which cases there is a high workload for nurses. IoT-fog networks have proven to be efficient in capturing and processing large amounts of data, enabling automated decisions in intelligent environments through artificial intelligence techniques. In this thesis, an IoT-Fog network is developed, including a prototype of an intelligent ICU bed that will be able to detect when one or more nurses approach it, and will send this data to a fog node, which will use artificial intelligence techniques to estimate the number of nurses to be allocated per working day, thus providing a high quality of patient care, when considering NAS to calculate the required workload. The main components that were developed include the IoT device, whose function is to document the duration of each nursing activity; a simulator, which generates data about nursing activities based on articles published in this area; and an artificial intelligence module, which uses neural networks to estimate the daily required workload, based on the diagnosis of patients in the ICU

Desenvolvimento de parâmetros para simulação de flavonoides e chalconas no campo de força GROMOS

Chalconas e flavonoides são compostos comumente presentes em plantas, e constituem uma grande família de produtos naturais com um amplo espectro de atividades farmacológicas. Mudanças na estrutura destas moléculas tem se provado úteis no desenvolvimento de novos agentes terapêuticos, sendo assim, esses compostos tem sido intensamente estudados. Métodos computacionais como a dinâmica molecular (DM) são ferramentas poderosas para o acesso a informações de difícil obtenção por outros meios experimentais. Campos de força acurados são essenciais para a descrição de sistemas biológicos em simulações de DM, assim, um conjunto de parâmetros associado a um composto necessita ser cuidadosamente calibrado para garantir a obtenção de resultados confiáveis. Considerando a relevância dessa família de moléculas e a falta de parâmetros validados para a estrutura básica de chalconas e flavonoides no campo de força GROMOS, o presente trabalho tem como objetivo prover um novo conjunto de parâmetros para a simulação destes compostos. Um protocolo que combina cálculos ab initio e simulações de DM foi aplicado para obter novas cargas atômicas e parâmetros torsionais Propriedades experimentais como densidade e entalpia de vaporização foram usadas como comparação aos valores obtidos em simulações, como forma de validação dos parâmetros. A comparação dos perfis torsionais obtidos por cálculos quânticos e por mecânica molecular auxiliou na geração de novos potenciais que permitem uma descrição conformacional mais acurada dos diedros de interesse. Diversos ajustes em grupos de cargas foram feitos, e os valores para propriedades termodinâmicas obtidos nas simulações estão em concordância com os dados experimentais. Simulações de metadinâmica foram realizadas para avaliar o comportamento conformacional de chalconas e flavonoides completos, e contatos de NOE foram medidos durante simulações de DM, obtendo uma reprodução quase completa das distâncias entre alguns grupos de prótons. O protocolo empregado gerou parâmetros de campo de força que reproduzem bem dados experimentais, e espera-se que estes resultados contribuam para a realização de estudos computacionais acurados envolvendo chalconas e flavonoides.Chalcones and flavonoids are polyphenolic compounds extensively distributed in plants, constituting a large family of natural products with a broad spectrum of pharmacological activities. Changes in their structure have been proven useful for the development of new therapeutic agents, thus these biomolecules are being intensively studied and modified. Computational methods such as molecular dynamics (MD) simulations are powerful tools to assess information that is difficult to obtain experimentally. Accurate force fields are essential for describing biological systems in a MD simulation, thus a parameter set associated to a certain compound need to be carefully calibrated to ensure reliable results. Considering the relevance of this family of molecules and the lack of validated parameters for the basic structure of chalcones and flavonoids in the GROMOS force field, this work intends to provide a new parameter set for the simulation of these compounds. We employed a protocol combining ab initio calculations and MD simulations for the obtention of new atomic charges and torsional parameters Experimental properties such as density and enthalpy of vaporization were compared to the calculated values in order to validate the parameters. A fitting of molecular-mechanical to quantum-mechanical torsional profiles was performed for each of the dihedrals of interest in the structures, generating new torsional potentials that provide accurate description of conformational behavior. Additionally, adjustments in charge groups were made in topologies used for the MD simulations and the obtained values of the thermodynamic properties are in good agreement with experimental data. Metadynamics simulations were performed to evaluate the conformation of complete chalcones and flavonoids, and NOE contacts during MD simulations were measured, obtaining an almost complete reproduction of inter-proton interactions. The employed protocol generated force field parameters that reproduce well the target data and we expect they will contribute to more accurate computational studies on the biological role of chalcones and flavonoids

Estrutura e dinâmica de oligossacariltransferases procarióticas

A N-glicosilação é uma modificação distribuída de forma abundante nos domínios da vida, e é caracterizada pelo reconhecimento de uma assinatura N-X-S/T nas proteínas-alvo. O último passo dessa via biossintética é a transferência em bloco da cadeia glicídica para a asparagina da assinatura de N-glicosilação, sendo realizada pelas oligossacariltransferases (OSTs) PglB (Bacteria), AglB (Archaea) e STT3 (Eukarya). Dados cristalográficos para essas enzimas identificaram suas divisões em subunidades estruturais, como o núcleo central (CC), a sequência inserida (IS) e a periferia (P1 e P2). A unidade CC é fundamental para a interação com o substrato e a catálise, enquanto hipóteses da literatura sugerem que as outras unidades são importantes para a estabilidade estrutural das OSTs. Em decorrência do emprego desses sistemas enzimáticos em glicoengenharia de proteínas e no desenvolvimento de vacinas, a compreensão da origem estrutural para suas propriedades catalíticas e para a seletividade por substratos pode contribuir diretamente para o desenvolvimento de novas aplicações tecnológicas. Nesse âmbito, a presente tese avalia aspectos estruturais e conformacionais das OSTs, assim como a potencial função de suas unidades estruturais. Para tanto, empregamos a técnica de dinâmica molecular nas duas OSTs caracterizadas até o momento: a PglB de Campylobacter lari e a AglB de Archaeoglobus fulgidus. Desta forma, observamos a plasticidade conformacional do sítio ativo da PglB, com variações em elementos importantes, como a alça externa 5(EL5) e os resíduos catalíticos, sob influência da complexação dos substratos. Verificamos ainda que interações com as N-acetilações da glicana podem influenciar na seletividade desse substrato. Quanto à AglB, obtivemos evidências estruturais para propostas prévias da literatura de um papel termoestabilizador das unidades IS e P1 em relação à unidade CC. Nesse sentido, a presente tese esclareceu importantes aspectos estruturais e funcionais de OSTs, oferecendo suporte para o planejamento de novos experimentos e de aplicações tecnológicas. As novas informações sobre o mecanismo de seletividade da PglB podem auxiliar no desenvolvimento de glicoproteínas portando monossacarídeos específicos, potencialmente úteis para a produção de vacinas e de biomoléculas com uso terapêutico.N-glycosylation is a modification broadly distributed in all domains of life. It is characterized by a sequence motif N-X-S/T in proteins that portray this glycan chain. The last step of the oligosaccharide biosynthetic pathway is the en bloc transfer of the glycan chain to the Asn from the motif. This reactions is performed by enzimes named oligosaccharyltransferases PglB (Bacteria), AglB (Archaea), and STT3 (Eukarya). Previous crystallography data identified subdivisions in the OST domains, such as the central core (CC), the inserted sequence (IS), and the peripheries (P1 and P2). CC unit is essential to the interaction with substrates and catalysis. Hypothesis from the literature suggests that the other units are important for structural stability of OSTs. The N-glycosylation systems are being employed in studies regarding glycoengineering, and vaccine development, therefore, the comprehension of structural aspects that explains the catalytic properties, as well as substrate selectivity of OSTs, may contribute directly to the development of novel technological applications. In this context, this thesis evaluates the structural behavior of OSTs which involves the dynamics of conformational states, as well as the impact caused by the deletion of structural units, aiming to infer the function of these regions. To achieve these goals, molecular dynamics simulations were performed using both OSTs characterized until now: PglB from Campylobacter lari and AglB from Archaeoglobus fulgidus. Analyzing data generated by PglB simulations, it was possible to observe the conformational plasticity of the PglB active site, with variation of important elements, such as the external loop 5 (EL5) and the catalytic residues, when in the presence of different substrates. Regarding AglB data, we obtained structural eveidences for the previously proposed thermostabilizing role displayed by IS and P1 units. In this manner, the present thesis clarified important structural and functional aspects of OSTs, offering support for new experiments and for technological applications. The new information about PglB selectivity mechanism could provide a basis for the development of glycoproteins possessing specific monosaccharides, potentially useful for the production of vaccines and therapeutical biomolecules

Modelo ontológico para sistematização da assistência de enfermagem na perspectiva da teoria da complexidade

Orientadora: Profª. Drª. Aida Maris PeresCoorientadora: Profª. Drª. Juliana Helena MontezeliTese (doutorado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências da Saúde, Programa de Pós-Graduação em Enfermagem. Defesa : Curitiba, 24/02/2022Inclui referências: p. 218-238Resumo: Introdução: A Sistematização da Assistência de Enfermagem corresponde à organização do trabalho quanto ao método, pessoal e instrumentos, vislumbrando operacionalizar o processo de enfermagem. Porém, há limitação da compreensão semântica do seu significado, conhecimento, operacionalização dos seus componentes e da contribuição para prática profissional e Ciência da Enfermagem. Objetivo: analisar, sob a ótica da Teoria da Complexidade, a construção de um modelo ontológico sobre Sistematização da Assistência de Enfermagem como tecnologia de apoio à organização da prática profissional do enfermeiro. Método: estudo qualitativo e exploratório, em três etapas. Primeiramente, construiu-se um mapa conceitual baseado nas sete etapas apresentadas por Cañas, Novak, Reiska (2015), almejando identificar conceitos, estrutura, processos e operação da Sistematização da Assistência de Enfermagem, à luz da Teoria da Complexidade. Organizou-se e representou-se o conhecimento com apoio do software CMap Tools. A segunda etapa compôs-se de entrevistas semiestruturadas, entre maio e dezembro de 2020, com 17 enfermeiros, dos quais nove eram do Grupo de Trabalho da Sistematização da Prática de Enfermagem da Comissão Mista da Associação Brasileira de Enfermagem e Conselho Regional de Enfermagem-PR e oito da Comissão Permanente de Sistematização da Prática de Enfermagem, nomeada pela Associação Brasileira de Enfermagem. Empregou-se a Análise de Conteúdo Temática, apoiada no software MAXQDA. Na terceira etapa, modelou-se a representação de uma ontologia sobre a Sistematização da Assistência de Enfermagem, baseada no guia interativo Ontology Development 101 apoiada pelo software Protégé (versão 5.5.0), a partir do mapa conceitual e das entrevistas. Resultados: identificou-se inconsistência semântica e de correlações, retratando a complexidade dos componentes da Sistematização da Assistência de Enfermagem, com fragmentos mecanicistas. No mapa conceitual, elaboraram-se três camadas conceituais. Organizaram-se os conceitos de acordo com a proposta conceitual da Sistematização da Assistência de Enfermagem prevista em sua principal legislação e posteriormente foram ampliados. Desta análise, procedeu-se ao agrupamento por temáticas: Sistematização da Assistência de Enfermagem; Ações de Enfermagem; Ações da Gestão do Cuidado; Ações de Gestão do Serviço de Enfermagem; Ações para Aplicação dos Cuidados; Ações para Aplicação no Serviço de Enfermagem; Fundamentos; Competências; Instrumentos; Normativas e Pessoal. Das entrevistas, emergiram 863 unidades de registro e seis categorias: Significado de Sistematização da Assistência de Enfermagem, com três subcategorias primárias; Construção Histórica do Conceito de Sistematização da Assistência de Enfermagem, com quatro subcategorias primárias; Ensino e Aprendizagem; Pesquisa da Enfermagem; Implicações Prática e Concretização da Sistematização da Assistência de Enfermagem. Identificaram-se 156 conceitos relevantes para modelagem da ontologia, utilizando-se da "metodologia 101", objetivando representar o conhecimento do domínio Sistematização da Assistência de Enfermagem. Considerações finais: a ontologia sobre Sistematização da Assistência de Enfermagem ancorada na Teoria da Complexidade permitiu um novo olhar sobre os fenômenos, os quais devem ser desenvolvidos, revistos e ressignificados. Acredita-se que esta ontologia facilite a representação formal do conhecimento sobre Sistematização da Assistência de Enfermagem, afirmando-a enquanto área de conhecimento representativo, fortalecendo sua identidade, significado unívoco, organização, compartilhamento de saberes e de informação. Ademais, pode favorecer difusão de vocabulário comum, contribuindo com a prática profissional de enfermeiros.Abstract: Introduction: the Systematization of Nursing Care is the work organization according to the method, personnel and instruments, which glimpses to operationalize the nursing process. However, there is a limitation in the semantic understanding of its meaning, knowledge, and operationalization of its components and the contribution to the practice and science of nursing. Objective: to analyze, from the perspective of Complexity Theory, the process of building an ontological model on Systematization of Nursing Care as a technology to support the organization of professional nursing practice. Method: qualitative and exploratory study, in three stages. Firstly, a conceptual map was built based on the seven stages presented by Cañas, Novak, Reiska (2015), aiming to identify concepts, structure, processes and operation of the Systematization of Nursing Care, in light of the complexity, anchored in the related literature. Knowledge was organized and represented with the support of CMap Tools software. The second stage consisted of semi-structured interviews, between May and December 2020, done with 17 professionals, of whom nine from the Working Group on the Systematization of Nursing Practice of the Mixed Commission of the Brazilian Nursing Association and Regional Nursing Council-PR and eight from the Permanent Commission for the Systematization of Nursing Practice, appointed by the Association. Thematic Content Analysis was used, supported by the MAXQDA software. In the third stage, the representation of ontology on the Systematization of Nursing Care was modeled, based on the interactive guide Ontology Development 101 supported by the software Protégé (version 5.5.0), from the conceptual map and the interviews. Results: semantic inconsistency and correlations were identified, portraying the complexity of the components of the Systematization of Nursing Care, with mechanistic fragments. In the conceptual map, three conceptual layers were elaborated. The concepts were organized according to the conceptual proposal of the Systematization of Nursing Care provided for in its main legislation and were later expanded. From this analysis, we proceeded to group by themes: Systematization of Nursing Care; Nursing Actions; Management Care Actions; Nursing Service Management Actions, Care Management Actions; Nursing Service Management Actions; Actions for Application of Care, and Actions for Application in the Nursing Service; Fundamentals, Competencies; Instruments; Regulations and Personnel. From the interviews, 863 record units and six categories emerged: Meaning of Systematization of Nursing Care, with three primary subcategories; Historical Construction of the Concept of Systematization of Nursing Care, with four primary subcategories; Teaching and Learning; Nursing Research; Practical Implications and Implementation of the Systematization of Nursing Care. 156 relevant concepts for ontology modeling were identified using the "101 methodology", aiming to represent the knowledge of the Systematization of Nursing Care domain. Final considerations: the ontology on Systematization of Nursing Care anchored in Complexity Theory allowed a new look at the phenomena, which must be developed, reviewed and re-signified. It is believed that this ontology facilitates the formal representation of knowledge about Systematization of Nursing Care, affirming it as a representative area of knowledge, strengthening its identity, univocal meaning, organization, sharing of knowledge and information. Furthermore, it can favor the diffusion of common vocabulary, contributing to the professional practice of nurses.Resumen: Introducción: la sistematización de la asistencia de Enfermeríaes la organización del trabajo en cuanto a método, personal e instrumentos, con el objetivo de operacionalizar el proceso de enfermería. Sin embargo, existe una limitación en la comprensión semántica de su significado, conocimiento, operacionalización de sus componentes y el aporte a la práctica y ciencia de enfermería. Objetivo: analizar, en la perspectiva de la Teoría de la Complejidad, el proceso de construcción de un modelo ontológico sobre la sistematización de la asistencia de Enfermería como tecnología de apoyo a la organización de la práctica profesional de enfermería. Método: estudio cualitativo y exploratorio, en tres etapas. En primer lugar, se construyó un mapa conceptual a partir de las siete etapas proclamadas presentadas por Cañas, Novak, Reiska (2015), con el objetivo de identificar conceptos, estructura, procesos y funcionamiento de la sistematización de la asistencia de Enfermería, a la luz de la complejidad, anclada en la literatura relacionada. El conocimiento fue organizado y representado con el apoyo del software CMap Tools. La segunda etapa consistió en entrevistas semiestructuradas, entre mayo y diciembre de 2020, con 17 profesionales, de los cuales nueve del Grupo de Trabajo sobre Sistematización de la Práctica de Enfermería de la Comisión Mixta de la Asociación Brasileña de Enfermería y Consejo Regional de Enfermería-PR y ocho del Comisión Permanente para la Sistematización de la Práctica de Enfermería, designada por el Colegio. Se utilizó el Análisis de Contenido Temático, apoyado en el software MAXQDA. En la tercera etapa, se modeló la representación de una ontología sobre la sistematización de la asistencia de Enfermería, a partir de la guía interactiva Ontology Development 101 con el apoyo del software Protégé (versión 5.5.0), del mapa conceptual y de las entrevistas. Resultados: fueron identificadas inconsistencias semánticas y correlaciones, retratando la complejidad de los componentes de lasistematización de la asistencia de Enfermería, con fragmentos mecanicistas. En el mapa conceptual se elaboraron tres capas conceptuales. Los conceptos fueron organizados de acuerdo con la propuesta conceptual de la sistematización de la asistencia de Enfermeríaprevista en su legislación principal y posteriormente fueron ampliados. A partir de ese análisis, se procedió a agrupar por temas: Sistematización de la Asistencia de Enfermería; Acciones de Enfermería; Acciones de Gestión del Cuidado; Acciones de Gestión del Servicio de Enfermería; Acciones de Gestión del Cuidado; Acciones de Gestión del Servicio de Enfermería; Acciones de Aplicación de Cuidados; Acciones de Aplicación en el Servicio de Enfermería; Fundamentos; Competencias; Instrumentos; Reglamentos y Personal. De las entrevistas surgieron 863 unidades de registro y seis categorías: Significado de sistematización de la asistencia de Enfermería, con tres subcategorías primarias; Construcción Histórica del Concepto de Sistematización de la Atención de Enfermería, con cuatro subcategorías primarias; Enseñanza y Aprendizaje; Investigación en Enfermería; Implicaciones Prácticas e Implementación de la sistematización de la asistencia de Enfermería. Fueron identificados 156 conceptos relevantes para el modelado ontológico utilizando la "metodología 101", con el objetivo de representar el conocimiento del dominio sistematización de la asistencia de Enfermería. Consideraciones finales: la ontología sobre sistematización de la asistencia de Enfermería anclado en la Teoría de la Complejidad permitió una nueva mirada sobre los fenómenos, que deben ser desarrollados, revisados y redefinidos. Se cree que esta ontología facilita la representación formal del conocimiento sobre sistematización de la asistencia de Enfermería, afirmándola como área representativa del saber, fortaleciendo su identidad, sentido unívoco, organización, intercambio de saberes e informaciones. Además, puede favorecer la difusión del vocabulario común, contribuyendo a la práctica profesional de los enfermeros

SISTEMA DE APOIO À DECISÃO ESPACIAL PARA O ACESSO AO ATENDIMENTO DE CRIANÇAS/ADOLESCENTES EM CONDIÇÕES CRÔNICAS

Tendo em vista a improvisação no acesso ao atendimento hospitalar de crianças/adolescentes com condições crônicas decorrente da dificuldade de obediência a protocolos multifacetados, este estudo teve como objetivo: implementar um sistema de apoio à decisão espacial que subsidie à gestão hospitalar no processo de tomada de decisão para o acesso ao atendimento de crianças/adolescentes em condição crônica. Trata-se de um estudo que utilizou dados secundários, referente ao ano de 2017, provenientes do Sistema de Informação de Crianças e Adolescentes com Doenças Crônicas de um hospital de referência no estado da Paraíba. A componente espacial foi inserida no sistema como elemento de decisão, em todas as suas fases, sendo a análise espacial realizada através da identificação da Razão de Incidências Espacial e aplicação do método de detecção de aglomerado espacial, a estatística Scan espacial. Essa análise revelou uma concentração de aglomerados espaciais significativos nas mesorregiões do Agreste (limite com a Mata Paraibana), bem como na Mata Paraibana, local onde se encontra o serviço hospitalar público que atua como referência estadual nas recorrentes internações dessa população em condições de cronicidade. O sistema projetado nesta pesquisa corresponde a um software denominado de Sistema de Apoio à Decisão Espacial para o Acesso ao Atendimento de Condições Crônicas. Ele foi fundamentado em decisões programadas e em um modelo de decisão baseado em regras cujo intuito consiste em subsidiar a gestão de instituições hospitalares frente ao acesso ao atendimento de crianças/adolescentes em condições crônicas. Esse sistema atua no sentido de contribuir com essa população em condição de adoecimento crônico que chega ao serviço de referência em busca de resolutividade para o enfrentamento dos entraves da rede de atenção à saúde, nível hospitalar. A sua finalidade consiste em minimizar os consequentes danos que a improvisação pode acarretar à rede de atenção à saúde, como sobrecarga em determinados serviços de saúde, bem como prejuízos na continuidade do cuidado à saúde do indivíduo.Cape

Estrutura versus função : aspectos estruturais e funcionais do Jaburetox e da urease de Proteus mirabilis

Ureases são proteínas moonlighting, com mapeamento da estrutura-atividade ainda pouco compreendido. A urease de Proteus mirabilis (PMU) é um importante fator de virulência. PMU apresenta-se em solução como um trímero onde cada monômero apresenta três subunidades estruturais: PmUreα, PmUreβ e PmUreγ. Neste trabalho, identificamos que a PMU se comporta como agonista, promovendo agregação plaquetária e é tóxica a leveduras, provocando alterações morfológicas. Estas características foram já descritas para outras ureases e também identificadas para a PmUreβ. As subunidades γ e β da PMU são capazes de ativar o sistema imune do inseto Rhodnius prolixus e quando testadas em Dysdercus peruvianus, PmUreβ apresentou maior toxicidade que as subunidades recombinantes γ e α quando administrados por via oral a este inseto. A atividade de agonista da PMU acredita-se que seja devido à porção contida na PmUreβ identificada como uma duplicação gênica entre a PmUreβ e a urease de Canavalia ensiformis (JBU) correspondente à porção α na PMU. A atividade entomotóxica da JBU é devido à liberação do polipeptídeo jaburetox (Jbtx) após hidrólise da JBU por enzimas do tipo catepsina. A PMU e sua subunidade β apresentam um overlap de toxicidade com o Jbtx, devido à existência de uma duplicação gênica entre as sequências de nucleotídeos do Jbtx e da PmUreβ. Outro fator determinante para a toxicidade apresentada pela PmUreβ seria a perda de estrutura quando em solução, conforme descrito para o Jbtx, foi classificado como uma proteína intrinsicamente desordenada capaz de interagir com lipídios presentes na membrana celular alterando a permeabilidade da mesma, sugerindo a interação Jbtx-membrana como base para sua entomotoxicidade. Visando investigar esta interação, foram analisadas soluções contendo Jbtx em presença de modelos de membrana artificiais. Quando em presença de micelas compostas por SDS, Jbtx teve um aumento de estruturas secundária e terciária. Em presença de vesículas e bicelas, o polipeptídeo apresentou uma pequena alteração estrutural nas porções N e C-terminal. Nossos resultados sugerem que o Jbtx é capaz de ancorar-se à membrana celular de insetos, devido uma interação com os lipídios presentes na mesma, de modo a facilitar seu contato com um alvo específico presente na membrana plasmática.Ureases are moonlighting proteins, with poorly structure-activity mapping properties characterized. Urease from Proteus mirabilis (PMU) is an important virulence factor for this bacteria. PMU is a trimeric protein in which each monomer is composed by three structural subunits: PmUreα, PmUreβ and PmUreγ. In this work, we identified that PMU acts as an agonist, promoting platelet aggregation and was shown to be toxic against yeasts causing morphological alterations, the same characteristics observed for PmUreβ and already described for other ureases. PmUreγ and PmUreβ subunits are able to activate the immune system of the insect Rhodnius prolixus. In addition, when tested against Dysdercus peruvianus, PmUreβ showed higher toxicity to this insect than the recombinant subunits α or γ if administered orally. The agonist activity of PMU is due to a portion of intragenic duplication at PmUreβ, this duplication was found between ureB and Canavalia ensiformis (JBU) gene corresponding to a subunit from PMU. Entomotoxic activity of JBU is mainly due to a polypeptide release, this polypeptide is called jaburetox (Jbtx), after urease hydrolysis by cathepsin-like enzymes. Both PmUreβ and Jbtx present regions of intragenic duplication, which seem to be an explanation for the toxicity of PMU and Jbtx overlap. A second issue is that PmUreβ looses its structure when in solution, the same characteristic described for Jbtx that is an intrinsically disordered polypeptide able to interact with lipids present on cellular membranes. That interaction alters its permeability hinting to a role of Jbtx-membrane interaction as the basis for its toxicity. Intending to investigate the interaction between Jbtx and cellular membranes we performed experiments of Jbtx in presence of artificial membranes (micelles, large unilamellar vesicles - LUVs, and bicelles). The polypeptide when in presence of SDS micelles had an increase of its secondary and tertiary structures. When Jbtx interacted with LUVs, and bicelles as well, the polypeptide presented a slight change of structure at its terminal regions. Our results suggest that Jbtx could anchor to the cellular membrane by an interaction with lipids in order to facilitate its interaction with a membrane-bound target present at the plasma membrane