E-Biothon : Une plate-forme pour accélérer les recherches en biologie, santé et environnement

National audienceE-Biothon : Une plate-forme pour accélérer les recherches en biologie, santé et environnemen

Diet-ethic: Fair Scheduling of Optional Computations in GridRPC Middleware

Most HPC platforms require users to submit a pre-determined number of computation requests (also called jobs). Unfortunately, this is cumbersome when some of the computations are optional, i.e., they are not critical, but their completion would improve results. For example, given a deadline, the number of requests to submit for a Monte Carlo experiment is difficult to choose. The more requests are completed, the better the results are, however, submitting too many might overload the platform. Conversely, submitting too few requests may leave resources unused and misses an opportunity to improve the results. This paper introduces and solves the problem of scheduling optional computations. An architecture which auto-tunes the number of requests is proposed, then implemented in the DIET GridRPC middleware. Real-life experiments show that several metrics are improved, such as user satisfaction, fairness and the number of completed requests. Moreover, the solution is shown to be scalable.La plupart des plate-formes HPC demandent à l'utilisateur de soumettre un nombre pré-déterminé de requêtes de calcul (aussi appelées " job "). Malheureusement, cela n'est pas pertinent quand une partie des calculs est optionnelle, c'est-à-dire, que l'exécution des requêtes n'est pas critique pour l'utilisateur, mais que leur complétion pourrait améliorer les résultats. Par exemple, étant donnée une date limite, le nombre de requêtes à soumettre pour une expérience Monte Carlo est difficile à choisir. Plus il y a des requêtes qui sont exécutées, meilleures sont les résultats. Cependant, en soumettant trop de requêtes, on risque de surcharger la plate-forme. À l'opposé, en ne soumettant pas assez de requêtes, les ressources sont sous-exploitées alors qu'elles auraient pu être utilisées pour améliorer les résultats. Cet article introduit et résout le problème d'ordonnancer des requêtes optionnelles. Une architecture qui choisit automatiquement le nombre de requêtes est proposée puis implémentée dans l'intergiciel GridRPC DIET. Les expériences faites sur de vraies plate-formes - telles que Grid'5000 - montrent que plusieurs métriques peuvent être améliorées, telles que la satisfaction des utilisateurs, l'équité et le nombre des requêtes exécutées. Enfin, la solution proposée passe à l'échelle

Diet-ethic: Fair Scheduling of Optional Computations in GridRPC Middleware

Most HPC platforms require users to submit a pre-determined number of computation requests (also called jobs). Unfortunately, this is cumbersome when some of the computations are optional, i.e., they are not critical, but their completion would improve results. For example, given a deadline, the number of requests to submit for a Monte Carlo experiment is difficult to choose. The more requests are completed, the better the results are, however, submitting too many might overload the platform. Conversely, submitting too few requests may leave resources unused and misses an opportunity to improve the results. This paper introduces and solves the problem of scheduling optional computations. An architecture which auto-tunes the number of requests is proposed, then implemented in the DIET GridRPC middleware. Real-life experiments show that several metrics are improved, such as user satisfaction, fairness and the number of completed requests. Moreover, the solution is shown to be scalable.La plupart des plate-formes HPC demandent à l'utilisateur de soumettre un nombre pré-déterminé de requêtes de calcul (aussi appelées " job "). Malheureusement, cela n'est pas pertinent quand une partie des calculs est optionnelle, c'est-à-dire, que l'exécution des requêtes n'est pas critique pour l'utilisateur, mais que leur complétion pourrait améliorer les résultats. Par exemple, étant donnée une date limite, le nombre de requêtes à soumettre pour une expérience Monte Carlo est difficile à choisir. Plus il y a des requêtes qui sont exécutées, meilleures sont les résultats. Cependant, en soumettant trop de requêtes, on risque de surcharger la plate-forme. À l'opposé, en ne soumettant pas assez de requêtes, les ressources sont sous-exploitées alors qu'elles auraient pu être utilisées pour améliorer les résultats. Cet article introduit et résout le problème d'ordonnancer des requêtes optionnelles. Une architecture qui choisit automatiquement le nombre de requêtes est proposée puis implémentée dans l'intergiciel GridRPC DIET. Les expériences faites sur de vraies plate-formes - telles que Grid'5000 - montrent que plusieurs métriques peuvent être améliorées, telles que la satisfaction des utilisateurs, l'équité et le nombre des requêtes exécutées. Enfin, la solution proposée passe à l'échelle

OrthoInspector: comprehensive orthology analysis and visual exploration

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>The accurate determination of orthology and inparalogy relationships is essential for comparative sequence analysis, functional gene annotation and evolutionary studies. Various methods have been developed based on either simple blast all-versus-all pairwise comparisons and/or time-consuming phylogenetic tree analyses.</p> <p>Results</p> <p>We have developed OrthoInspector, a new software system incorporating an original algorithm for the rapid detection of orthology and inparalogy relations between different species. In comparisons with existing methods, OrthoInspector improves detection sensitivity, with a minimal loss of specificity. In addition, several visualization tools have been developed to facilitate in-depth studies based on these predictions. The software has been used to study the orthology/in-paralogy relationships for a large set of 940,855 protein sequences from 59 different eukaryotic species.</p> <p>Conclusion</p> <p>OrthoInspector is a new software system for orthology/paralogy analysis. It is made available as an independent software suite that can be downloaded and installed for local use. Command line querying facilitates the integration of the software in high throughput processing pipelines and a graphical interface provides easy, intuitive access to results for the non-expert.</p

Décrypthon Grid - Grid Resources Dedicated to Neuromuscular Disorders

International audienceThanks to the availability of computational grids and their middleware, a seamless access to computation and storage resources is provided to application developers and scientists. The Décrypthon project is one example of such a high performance platform. In this paper, we present the architecture of the platform, the middleware developed to facilitate access to several servers deployed in France, and the data center for integrating large biological datasets over multiple sites, supported by a new query language and integration of various tools. The SM2PH project represents an example of a biological application that exploits the capacities of the Décrypthon grid. The goal of SM2PH is a better understanding of mutations involved in human monogenic diseases, their impact on the 3D structure of the protein and the subsequent consequences for the pathological phenotypes