Review of QSAR Models and Software Tools for predicting Biokinetic Properties

In the assessment of industrial chemicals, cosmetic ingredients, and active substances in pesticides and biocides, metabolites and degradates are rarely tested for their toxicologcal effects in mammals. In the interests of animal welfare and cost-effectiveness, alternatives to animal testing are needed in the evaluation of these types of chemicals. In this report we review the current status of various types of in silico estimation methods for Absorption, Distribution, Metabolism and Excretion (ADME) properties, which are often important in discriminating between the toxicological profiles of parent compounds and their metabolites/degradation products. The review was performed in a broad sense, with emphasis on QSARs and rule-based approaches and their applicability to estimation of oral bioavailability, human intestinal absorption, blood-brain barrier penetration, plasma protein binding, metabolism and. This revealed a vast and rapidly growing literature and a range of software tools. While it is difficult to give firm conclusions on the applicability of such tools, it is clear that many have been developed with pharmaceutical applications in mind, and as such may not be applicable to other types of chemicals (this would require further research investigation). On the other hand, a range of predictive methodologies have been explored and found promising, so there is merit in pursuing their applicability in the assessment of other types of chemicals and products. Many of the software tools are not transparent in terms of their predictive algorithms or underlying datasets. However, the literature identifies a set of commonly used descriptors that have been found useful in ADME prediction, so further research and model development activities could be based on such studies.JRC.DG.I.6-Systems toxicolog

Advanced oxidation process models for optimisation and decision making support in water management

The objective of this thesis is contributing to the development of a systematic modelling approach for a more efficient and sustainable water management. The main aim is introducing Chemical and Process System Engineering methods and tools to provide a contribution to the AOPs (Advanced Oxidation Processes) investigation field by proposing process models that can be exploited to progress towards efficient management strategies for practical AOPs operation and inclusion in wastewater treatment networks. First, different advanced oxidation processes, namely Fenton, photo-Fenton and VUV photo-oxidation, were investigated and compared for the treatment of paracetamol (PCT) aqueous solution, by evaluating a series of performance indicators. Among the selected AOPs, VUV photo-oxidation and photo-Fenton showed the most promising results. Both processes allowed attaining total removal of the target compound and high mineralization levels. The second and main part of the thesis was focused on transforming “data into knowledge” by proposing different modelling approaches. The modelling effort focused on Fenton/photo-Fenton processes that showed the need of improving operating conditions. Accordingly, two practical kinetic models for Fenton and photo-Fenton degradation of organic compounds have been proposed and validated: • A conventional First Principles Model, based on a line source radiation model with spherical and isotropic emission, developed for the prediction of Fenton and photo-Fenton degradation of PCT and the oxidant (H2O2) consumption; • A general non-conventional First Principles Model, based on a wide-ranging contaminant degradation mechanism considering a variable number of carbon atoms for the characterization of the intermediates. Both models were experimentally validated and showed that were able to satisfactorily reproduce the system behavior. Particularly, the non-conventional First Principles Model showed to be a successful modelling approach for the Fenton/photo-Fenton degradation of different wastewater systems composed by single or multiple organic contaminants by means of lumped parameters (e.g. Total Organic Carbon-TOC). Thus, the approach proved to offer practical characterization of complex mixtures of chemicals. Once process models are proposed and validated, they can be systematically exploited to determine efficient operation modes or design alternatives. Accordingly, the thesis addressed two cases of practical interest: the optimization of a control recipe and the design of a treatment network. Particularly, a dynamic optimization framework for taking advantage of available kinetic models and determining the best hydrogen peroxide dosage profile, was proposed. Economic and environmental objectives and constraints were included to develop a dynamic optimization problem that was implemented in JModelica and solved using a direct simultaneous optimization method (IPOPT). Finally, the combination of cheaper conventional biological processes with more expensive AOPs was explored. A Mixed-Integer Non Linear Programming (MINLP) model for the optimization of a general wastewater network was proposed based on a superstructure of alternative designs, which was implemented and solved in GAMS. The novel formulation includes the BOD5/COD ratio method, describing the removal efficiency of BOD5 and COD of a treatment for modelling the variation of the biodegradability of the influents. This novel formulation allows determining the extent of the AOP treatments when combined with biological treatments, and paves the way for more complex models aimed at solving the trade-off between cost and treatment efficiency.El objetivo de esta tesis es contribuir al desarrollo de técnicas de modelado sistemático para una gestión del agua eficiente y sostenible. El objetivo principal es contribuir a la investigación de los PAOs (Procesos Avanzados de Oxidación). La tesis introduce métodos y herramientas de Ingeniería de Procesos Químicos y propone modelos que puedan ser explotados para producir estrategias eficientes de gestión y operación de los PAOs, así como para la integración de estos PAOs en redes de tratamiento de aguas residuales. Primero, se investigaron diferentes PAOs. Se consideraron los procesos Fenton, foto-Fenton y la foto-oxidación VUV, y se compararon en el tratamiento de soluciones acuosas de paracetamol (PCT) adoptando una serie de indicadores de rendimiento (Key Performance Indicators, KPI). Entre los PAOs seleccionados, la foto-oxidación VUV y foto-Fenton producieron los resultados más prometedores, permitiendo lograr la eliminación total del contaminante y alto nivel de mineralización. La segunda parte de la tesis se centró en transformar ¿datos en conocimiento¿ mediante la propuesta de modelos para los procesos Fenton / photo-Fenton con el fin de mejorar las condiciones operativas de los mismos. En concreto se han propuesto y validado dos modelos cinéticos que describen la degradación de compuestos orgánicos por procesos Fenton y foto-Fenton: ¿ Un Modelo de Principios Básicos (F convencional, que incluye la modelización de la radiación lineal con emisión esférica e isotrópica, desarrollado para predecir la degradación Fenton y foto-Fenton del PCT y el consumo de oxidante (H2O2); ¿ Un Modelo de Principios Básicos no convencional, que propone un mecanismo de degradación de contaminantes general puesto que considera el número de átomos de carbono del contaminante como la variable de partida para la propuesta de fragmentación y consiguiente generación de intermedios. Ambos modelos se validaron experimentalmente y mostraron reproducir satisfactoriamente el comportamiento del sistema. En particular, el Modelo de Principios Básicos no convencional genero resultados prometedores para la degradación Fenton / foto-Fenton de diferentes sistemas (compuestos por uno o más contaminantes orgánicos) por medio de parámetros globales (como el Carbono Orgánico Total). Por tanto, este enfoque ofrece un modelado práctico independiente del contaminante y válido para mezclas complejas de productos químicos. Una vez propuestos y validados, los modelos de proceso se pueden utilizar sistemáticamente para determinar modos de operación eficientes o alternativas de diseño. En consecuencia, la tesis se dirigió a dos casos de interés práctico: la optimización de una receta de control y el diseño de una red de tratamiento. En el primer caso, se propuso una estrategia de optimización dinámica para aprovechar los modelos cinéticos disponibles y determinar el mejor perfil de dosificación de peróxido de hidrógeno. Se incluyeron objetivos y limitaciones económicas y ambientales para desarrollar un problema de optimización dinámica que se implementó en JModelica y se resolvió utilizando un método de optimización simultánea directa (IPOPT). Finalmente, se exploró la combinación de procesos biológicos convencionales, más baratos, con PAOs, más costosos. Se propuso un modelo de Programación no Lineal de Enteros Mixtos (MINLP) para la optimización de una red general de aguas residuales, basado en una superestructura de diseños alternativos, que se implementó y resolvió en GAMS. La nueva formulación incluye la relación BOD5 / COD, que describe la eficiencia de eliminación de BOD5 y COD de un tratamiento con el fin de modelar la variación de la biodegradabilidad de los influentes. Esta novedosa formulación permite determinar el alcance de los tratamientos de PAOs cuando se combinan con tratamientos biológicos, y allana el camino para modelos más complejos destinados a resolver el equilibrio entre coste y eficiencia del tratamiento.L'objectiu d'aquesta tesi és contribuir al desenvolupament de tècniques de modelatge sistemàtic per a una gestió de l'aigua eficient i sostenible. L'objectiu principal és contribuir a la investigació dels PAOs (Processos Avançats d'Oxidació). La tesi introdueix mètodes i eines d'Enginyeria de Processos Químics i proposa models que puguin ser explotats per produir estratègies eficients de gestió i operació dels PAOs, així com per a la integració d'aquests PAOs en xarxes de tractament d'aigües residuals. Primer, es van investigar diferents PAOs. Es van considerar els processos Fenton, foto-Fenton i la foto-oxidació VUV, i es van comparar en el tractament de solucions aquoses de paracetamol (PCT) adoptant una sèrie d'indicadors de rendiment (Key Performance Indicators, KPI). Entre els PAOs seleccionats, la foto-oxidació VUV i foto-Fenton van produir els resultats més prometedors, permetent aconseguir l'eliminació total del contaminant i alt nivell de mineralització. La segona part de la tesi es va centrar en transformar "dades en coneixement" mitjançant la proposta de models per als processos Fenton / photo-Fenton amb la finalitat de millorar les condicions operatives dels mateixos. En concret, s’han proposat i validat dos models cinètics que descriuen la degradació de compostos orgànics per processos Fenton i foto-Fenton: • Un model de Principis Bàsics convencional, que inclou la modelització de la radiació lineal amb emissió esfèrica i isotròpica, desenvolupat per predir la degradació Fenton i foto-Fenton del PCT i el consum d'oxidant (H2O2); • Un model de Principis Bàsics no convencional que proposa un mecanisme de degradació de contaminants general, ja que considera el nombre d'àtoms de carboni del contaminant com la variable de partida per a la proposta de fragmentació i consegüent generació d'intermedis. Tots dos models es van validar experimentalment i van mostrar la seva capacitat de reproduir satisfactòriament el comportament del sistema. En particular, el Model de Principis Bàsics no convencional ha generat resultats prometedors per a la degradació Fenton / foto-Fenton de diferents sistemes (compostos per un o més contaminants orgànics) per mitjà de paràmetres globals (com el Carboni Orgànic Total). Per tant, aquest enfocament ofereix un modelatge pràctic, independent del contaminant i vàlid per a mescles complexes de productes químics. Un cop proposats i validats, els models de procés es poden utilitzar sistemàticament per determinar maneres d'operació eficients o alternatives de disseny. En conseqüència, la tesi es va dirigir a dos casos d'interès pràctic: l'optimització d'una recepta de control i el disseny d'una xarxa de tractament. En el primer cas, es va proposar una estratègia d'optimització dinàmica per aprofitar els models cinètics disponibles i determinar el millor perfil de dosificació de peròxid d'hidrogen. Es van incloure objectius i limitacions econòmiques i ambientals per desenvolupar un problema d'optimització dinàmica que es va implementar en JModelica i es va resoldre utilitzant un mètode d'optimització simultània directa (IPOPT). Finalment, es va explorar la combinació de processos biològics convencionals, més barats, amb PAOs, més costosos. Es va proposar un model de Programació No Lineal Entera Mixta (MINLP) per a l'optimització d'una xarxa general d'aigües residuals, basat en una superestructura de dissenys alternatius, que es va implementar i resoldre en GAMS. La nova formulació inclou la relació BOD5 / COD, que descriu l'eficiència d'eliminació de BOD5 i COD d'un tractament per tal de modelar la variació de la biodegradabilitat dels influents. Aquesta nova formulació permet determinar l'abast dels tractaments de PAOs quan es combinen amb tractaments biològics, i aplana el camí per a models més complexos destinats a resoldre l'equilibri entre cost i eficiència del tractament.L'obiettivo della presente tesi è contribuire allo sviluppo di tecniche di modellizzazione sistematica finalizzate ad una gestione efficiente e sostenibile delle risorse idriche. L'obiettivo principale è contribuire allo studio dei POA (Processi di Ossidazione Avanzata). La tesi introduce metodi e strumenti dell’ingegneria dei processi chimici e propone modelli che possano servire per lo sviluppo di strategie efficaci di gestione dei POA nonché per l'integrazione di questi ultimi nelle reti di trattamento delle acque reflue. In primo luogo, sono stati studiati diversi POA. Nello specifico, sono stati studiati i processi di foto-ossidazione Fenton, photo-Fenton e VUV per il trattamento di soluzioni acquose di paracetamolo (PCT) la cui efficacia è stata confrontata adottando una serie di indicatori di prestazione (Key Performance Indicators, KPI). Tra i POA selezionati, la foto-ossidazione VUV e il processo photo-Fenton hanno prodotto i risultati più promettenti, consentendo di ottenere l'eliminazione totale del contaminante e un alto livello di mineralizzazione. La seconda parte della tesi si è concentrata sulla trasformazione dei "dati in conoscenza" proponendo modelli finalizzati alla descrizione dei processi Fenton / photo-Fenton e con l’obiettivo ultimo di adoperarli per ottimizzare le condizioni operative di questi ultimi. In particolare, sono stati proposti e validati due modelli cinetici che descrivono la degradazione dei composti organici per mezzo dei processi Fenton e photo-Fenton: • Un modello convenzionale, che include la modellizzazione della radiazione basata sull’ipotesi di radiazione lineare ed emissione sferica e isotropica, e in grado di prevedere la degradazione del PCT ad opera dei processi Fenton e photo-Fenton nonché il consumo di ossidante (H2O2); • Un modello non convenzionale, che propone un meccanismo generale di degradazione degli inquinanti basato sul numero di atomi di carbonio del contaminante da degradare a partire dal quale si propone un meccanismo di frammentazione di quest’ultimo con conseguente generazione di prodotti intermedi. Entrambi i modelli sono stati validati sperimentalmente e hanno mostrato prestazioni soddisfacenti. In particolare, il modello non convenzionale ha mostrato di poter rappresentare la degradazione Fenton e photo-Fenton di diversi composti organici attraverso l’utilizzo di un parametro globale (come il carbonio organico totale) e qindi di offrire una proposta di modellizzazione pratica indipendente dal contaminante e che può pertanto essere adottata in caso di miscele complesse di prodotti chimici. Una volta proposti e convalidati, i modelli di processo possono essere utilizzati sistematicamente per determinare modalità operative efficienti o alternative di progettazione. Di conseguenza, la tesi ha affrontato due casi di interesse pratico: l'ottimizzazione della ricetta di controllo del processo e la progettazione di una rete di trattamento di acque reflue. Nel primo caso è stata proposta una strategia di ottimizzazione dinamica per sfruttare i modelli cinetici disponibili e determinare il miglior profilo di dosaggio del perossido di idrogeno. Sono stati inclusi obiettivi e limiti economici e ambientali per sviluppare un problema di ottimizzazione dinamica implementato in JModelica che è stato risolto utilizzando un metodo di ottimizzazione simultanea diretta (IPOPT). Infine, è stata esplorata la combinazione di processi biologici convenzionali, più economici, con i PAO, più costosi. È stato proposto un modello MINLP (Nonlinear Mixed Integer Programming) per l'ottimizzazione di una rete di acque reflue, basato su una struttura attraverso la quale è possibile rappresentare scelte progettuali alternative, che è stato implementato e risolto in GAMS. La nuova formulazione include il rapporto BOD5 / COD, che descrive l'efficienza di eliminazione di BOD5 e COD di un trattamento al fine di modellare la variazione della biodegradabilità degli influenti. Questa nuova formulazione consente di determinare le diverse possibilità di combinazione dei PAO con i trattamenti biologici e apre la strada a modelli più complessi volti a risolvere l'equilibrio tra costo ed efficienza del trattamento

Advanced oxidation process models for optimisation and decision making support in water management

Aplicat embargament des de la data de defensa fins a l'abril de 2019The objective of this thesis is contributing to the development of a systematic modelling approach for a more efficient and sustainable water management. The main aim is introducing Chemical and Process System Engineering methods and tools to provide a contribution to the AOPs (Advanced Oxidation Processes) investigation field by proposing process models that can be exploited to progress towards efficient management strategies for practical AOPs operation and inclusion in wastewater treatment networks. First, different advanced oxidation processes, namely Fenton, photo-Fenton and VUV photo-oxidation, were investigated and compared for the treatment of paracetamol (PCT) aqueous solution, by evaluating a series of performance indicators. Among the selected AOPs, VUV photo-oxidation and photo-Fenton showed the most promising results. Both processes allowed attaining total removal of the target compound and high mineralization levels. The second and main part of the thesis was focused on transforming “data into knowledge” by proposing different modelling approaches. The modelling effort focused on Fenton/photo-Fenton processes that showed the need of improving operating conditions. Accordingly, two practical kinetic models for Fenton and photo-Fenton degradation of organic compounds have been proposed and validated: • A conventional First Principles Model, based on a line source radiation model with spherical and isotropic emission, developed for the prediction of Fenton and photo-Fenton degradation of PCT and the oxidant (H2O2) consumption; • A general non-conventional First Principles Model, based on a wide-ranging contaminant degradation mechanism considering a variable number of carbon atoms for the characterization of the intermediates. Both models were experimentally validated and showed that were able to satisfactorily reproduce the system behavior. Particularly, the non-conventional First Principles Model showed to be a successful modelling approach for the Fenton/photo-Fenton degradation of different wastewater systems composed by single or multiple organic contaminants by means of lumped parameters (e.g. Total Organic Carbon-TOC). Thus, the approach proved to offer practical characterization of complex mixtures of chemicals. Once process models are proposed and validated, they can be systematically exploited to determine efficient operation modes or design alternatives. Accordingly, the thesis addressed two cases of practical interest: the optimization of a control recipe and the design of a treatment network. Particularly, a dynamic optimization framework for taking advantage of available kinetic models and determining the best hydrogen peroxide dosage profile, was proposed. Economic and environmental objectives and constraints were included to develop a dynamic optimization problem that was implemented in JModelica and solved using a direct simultaneous optimization method (IPOPT). Finally, the combination of cheaper conventional biological processes with more expensive AOPs was explored. A Mixed-Integer Non Linear Programming (MINLP) model for the optimization of a general wastewater network was proposed based on a superstructure of alternative designs, which was implemented and solved in GAMS. The novel formulation includes the BOD5/COD ratio method, describing the removal efficiency of BOD5 and COD of a treatment for modelling the variation of the biodegradability of the influents. This novel formulation allows determining the extent of the AOP treatments when combined with biological treatments, and paves the way for more complex models aimed at solving the trade-off between cost and treatment efficiency.El objetivo de esta tesis es contribuir al desarrollo de técnicas de modelado sistemático para una gestión del agua eficiente y sostenible. El objetivo principal es contribuir a la investigación de los PAOs (Procesos Avanzados de Oxidación). La tesis introduce métodos y herramientas de Ingeniería de Procesos Químicos y propone modelos que puedan ser explotados para producir estrategias eficientes de gestión y operación de los PAOs, así como para la integración de estos PAOs en redes de tratamiento de aguas residuales. Primero, se investigaron diferentes PAOs. Se consideraron los procesos Fenton, foto-Fenton y la foto-oxidación VUV, y se compararon en el tratamiento de soluciones acuosas de paracetamol (PCT) adoptando una serie de indicadores de rendimiento (Key Performance Indicators, KPI). Entre los PAOs seleccionados, la foto-oxidación VUV y foto-Fenton producieron los resultados más prometedores, permitiendo lograr la eliminación total del contaminante y alto nivel de mineralización. La segunda parte de la tesis se centró en transformar ¿datos en conocimiento¿ mediante la propuesta de modelos para los procesos Fenton / photo-Fenton con el fin de mejorar las condiciones operativas de los mismos. En concreto se han propuesto y validado dos modelos cinéticos que describen la degradación de compuestos orgánicos por procesos Fenton y foto-Fenton: ¿ Un Modelo de Principios Básicos (F convencional, que incluye la modelización de la radiación lineal con emisión esférica e isotrópica, desarrollado para predecir la degradación Fenton y foto-Fenton del PCT y el consumo de oxidante (H2O2); ¿ Un Modelo de Principios Básicos no convencional, que propone un mecanismo de degradación de contaminantes general puesto que considera el número de átomos de carbono del contaminante como la variable de partida para la propuesta de fragmentación y consiguiente generación de intermedios. Ambos modelos se validaron experimentalmente y mostraron reproducir satisfactoriamente el comportamiento del sistema. En particular, el Modelo de Principios Básicos no convencional genero resultados prometedores para la degradación Fenton / foto-Fenton de diferentes sistemas (compuestos por uno o más contaminantes orgánicos) por medio de parámetros globales (como el Carbono Orgánico Total). Por tanto, este enfoque ofrece un modelado práctico independiente del contaminante y válido para mezclas complejas de productos químicos. Una vez propuestos y validados, los modelos de proceso se pueden utilizar sistemáticamente para determinar modos de operación eficientes o alternativas de diseño. En consecuencia, la tesis se dirigió a dos casos de interés práctico: la optimización de una receta de control y el diseño de una red de tratamiento. En el primer caso, se propuso una estrategia de optimización dinámica para aprovechar los modelos cinéticos disponibles y determinar el mejor perfil de dosificación de peróxido de hidrógeno. Se incluyeron objetivos y limitaciones económicas y ambientales para desarrollar un problema de optimización dinámica que se implementó en JModelica y se resolvió utilizando un método de optimización simultánea directa (IPOPT). Finalmente, se exploró la combinación de procesos biológicos convencionales, más baratos, con PAOs, más costosos. Se propuso un modelo de Programación no Lineal de Enteros Mixtos (MINLP) para la optimización de una red general de aguas residuales, basado en una superestructura de diseños alternativos, que se implementó y resolvió en GAMS. La nueva formulación incluye la relación BOD5 / COD, que describe la eficiencia de eliminación de BOD5 y COD de un tratamiento con el fin de modelar la variación de la biodegradabilidad de los influentes. Esta novedosa formulación permite determinar el alcance de los tratamientos de PAOs cuando se combinan con tratamientos biológicos, y allana el camino para modelos más complejos destinados a resolver el equilibrio entre coste y eficiencia del tratamiento.L'objectiu d'aquesta tesi és contribuir al desenvolupament de tècniques de modelatge sistemàtic per a una gestió de l'aigua eficient i sostenible. L'objectiu principal és contribuir a la investigació dels PAOs (Processos Avançats d'Oxidació). La tesi introdueix mètodes i eines d'Enginyeria de Processos Químics i proposa models que puguin ser explotats per produir estratègies eficients de gestió i operació dels PAOs, així com per a la integració d'aquests PAOs en xarxes de tractament d'aigües residuals. Primer, es van investigar diferents PAOs. Es van considerar els processos Fenton, foto-Fenton i la foto-oxidació VUV, i es van comparar en el tractament de solucions aquoses de paracetamol (PCT) adoptant una sèrie d'indicadors de rendiment (Key Performance Indicators, KPI). Entre els PAOs seleccionats, la foto-oxidació VUV i foto-Fenton van produir els resultats més prometedors, permetent aconseguir l'eliminació total del contaminant i alt nivell de mineralització. La segona part de la tesi es va centrar en transformar "dades en coneixement" mitjançant la proposta de models per als processos Fenton / photo-Fenton amb la finalitat de millorar les condicions operatives dels mateixos. En concret, s’han proposat i validat dos models cinètics que descriuen la degradació de compostos orgànics per processos Fenton i foto-Fenton: • Un model de Principis Bàsics convencional, que inclou la modelització de la radiació lineal amb emissió esfèrica i isotròpica, desenvolupat per predir la degradació Fenton i foto-Fenton del PCT i el consum d'oxidant (H2O2); • Un model de Principis Bàsics no convencional que proposa un mecanisme de degradació de contaminants general, ja que considera el nombre d'àtoms de carboni del contaminant com la variable de partida per a la proposta de fragmentació i consegüent generació d'intermedis. Tots dos models es van validar experimentalment i van mostrar la seva capacitat de reproduir satisfactòriament el comportament del sistema. En particular, el Model de Principis Bàsics no convencional ha generat resultats prometedors per a la degradació Fenton / foto-Fenton de diferents sistemes (compostos per un o més contaminants orgànics) per mitjà de paràmetres globals (com el Carboni Orgànic Total). Per tant, aquest enfocament ofereix un modelatge pràctic, independent del contaminant i vàlid per a mescles complexes de productes químics. Un cop proposats i validats, els models de procés es poden utilitzar sistemàticament per determinar maneres d'operació eficients o alternatives de disseny. En conseqüència, la tesi es va dirigir a dos casos d'interès pràctic: l'optimització d'una recepta de control i el disseny d'una xarxa de tractament. En el primer cas, es va proposar una estratègia d'optimització dinàmica per aprofitar els models cinètics disponibles i determinar el millor perfil de dosificació de peròxid d'hidrogen. Es van incloure objectius i limitacions econòmiques i ambientals per desenvolupar un problema d'optimització dinàmica que es va implementar en JModelica i es va resoldre utilitzant un mètode d'optimització simultània directa (IPOPT). Finalment, es va explorar la combinació de processos biològics convencionals, més barats, amb PAOs, més costosos. Es va proposar un model de Programació No Lineal Entera Mixta (MINLP) per a l'optimització d'una xarxa general d'aigües residuals, basat en una superestructura de dissenys alternatius, que es va implementar i resoldre en GAMS. La nova formulació inclou la relació BOD5 / COD, que descriu l'eficiència d'eliminació de BOD5 i COD d'un tractament per tal de modelar la variació de la biodegradabilitat dels influents. Aquesta nova formulació permet determinar l'abast dels tractaments de PAOs quan es combinen amb tractaments biològics, i aplana el camí per a models més complexos destinats a resoldre l'equilibri entre cost i eficiència del tractament.L'obiettivo della presente tesi è contribuire allo sviluppo di tecniche di modellizzazione sistematica finalizzate ad una gestione efficiente e sostenibile delle risorse idriche. L'obiettivo principale è contribuire allo studio dei POA (Processi di Ossidazione Avanzata). La tesi introduce metodi e strumenti dell’ingegneria dei processi chimici e propone modelli che possano servire per lo sviluppo di strategie efficaci di gestione dei POA nonché per l'integrazione di questi ultimi nelle reti di trattamento delle acque reflue. In primo luogo, sono stati studiati diversi POA. Nello specifico, sono stati studiati i processi di foto-ossidazione Fenton, photo-Fenton e VUV per il trattamento di soluzioni acquose di paracetamolo (PCT) la cui efficacia è stata confrontata adottando una serie di indicatori di prestazione (Key Performance Indicators, KPI). Tra i POA selezionati, la foto-ossidazione VUV e il processo photo-Fenton hanno prodotto i risultati più promettenti, consentendo di ottenere l'eliminazione totale del contaminante e un alto livello di mineralizzazione. La seconda parte della tesi si è concentrata sulla trasformazione dei "dati in conoscenza" proponendo modelli finalizzati alla descrizione dei processi Fenton / photo-Fenton e con l’obiettivo ultimo di adoperarli per ottimizzare le condizioni operative di questi ultimi. In particolare, sono stati proposti e validati due modelli cinetici che descrivono la degradazione dei composti organici per mezzo dei processi Fenton e photo-Fenton: • Un modello convenzionale, che include la modellizzazione della radiazione basata sull’ipotesi di radiazione lineare ed emissione sferica e isotropica, e in grado di prevedere la degradazione del PCT ad opera dei processi Fenton e photo-Fenton nonché il consumo di ossidante (H2O2); • Un modello non convenzionale, che propone un meccanismo generale di degradazione degli inquinanti basato sul numero di atomi di carbonio del contaminante da degradare a partire dal quale si propone un meccanismo di frammentazione di quest’ultimo con conseguente generazione di prodotti intermedi. Entrambi i modelli sono stati validati sperimentalmente e hanno mostrato prestazioni soddisfacenti. In particolare, il modello non convenzionale ha mostrato di poter rappresentare la degradazione Fenton e photo-Fenton di diversi composti organici attraverso l’utilizzo di un parametro globale (come il carbonio organico totale) e qindi di offrire una proposta di modellizzazione pratica indipendente dal contaminante e che può pertanto essere adottata in caso di miscele complesse di prodotti chimici. Una volta proposti e convalidati, i modelli di processo possono essere utilizzati sistematicamente per determinare modalità operative efficienti o alternative di progettazione. Di conseguenza, la tesi ha affrontato due casi di interesse pratico: l'ottimizzazione della ricetta di controllo del processo e la progettazione di una rete di trattamento di acque reflue. Nel primo caso è stata proposta una strategia di ottimizzazione dinamica per sfruttare i modelli cinetici disponibili e determinare il miglior profilo di dosaggio del perossido di idrogeno. Sono stati inclusi obiettivi e limiti economici e ambientali per sviluppare un problema di ottimizzazione dinamica implementato in JModelica che è stato risolto utilizzando un metodo di ottimizzazione simultanea diretta (IPOPT). Infine, è stata esplorata la combinazione di processi biologici convenzionali, più economici, con i PAO, più costosi. È stato proposto un modello MINLP (Nonlinear Mixed Integer Programming) per l'ottimizzazione di una rete di acque reflue, basato su una struttura attraverso la quale è possibile rappresentare scelte progettuali alternative, che è stato implementato e risolto in GAMS. La nuova formulazione include il rapporto BOD5 / COD, che descrive l'efficienza di eliminazione di BOD5 e COD di un trattamento al fine di modellare la variazione della biodegradabilità degli influenti. Questa nuova formulazione consente di determinare le diverse possibilità di combinazione dei PAO con i trattamenti biologici e apre la strada a modelli più complessi volti a risolvere l'equilibrio tra costo ed efficienza del trattamento.Postprint (published version

Intelligent data acquisition for drug design through combinatorial library design

A problem that occurs in machine learning methods for drug discovery is aneed for standardized data. Methods and interest exist for producing new databut due to material and budget constraints it is desirable that each iteration ofproducing data is as efficient as possible. In this thesis, we present two papersmethods detailing different problems for selecting data to produce. We invest-igate Active Learning for models that use the margin in model decisiveness tomeasure the model uncertainty to guide data acquisition. We demonstrate thatthe models perform better with Active Learning than with random acquisitionof data independent of machine learning model and starting knowledge. Wealso study the multi-objective optimization problem of combinatorial librarydesign. Here we present a framework that could process the output of gener-ative models for molecular design and give an optimized library design. Theresults show that the framework successfully optimizes a library based onmolecule availability, for which the framework also attempts to identify usingretrosynthesis prediction. We conclude that the next step in intelligent dataacquisition is to combine the two methods and create a library design modelthat use the information of previous libraries to guide subsequent designs

A review of wildland fire spread modelling, 1990-present, 1: Physical and quasi-physical models

In recent years, advances in computational power and spatial data analysis (GIS, remote sensing, etc) have led to an increase in attempts to model the spread and behaviour of wildland fires across the landscape. This series of review papers endeavours to critically and comprehensively review all types of surface fire spread models developed since 1990. This paper reviews models of a physical or quasi-physical nature. These models are based on the fundamental chemistry and/or physics of combustion and fire spread. Other papers in the series review models of an empirical or quasi-empirical nature, and mathematical analogues and simulation models. Many models are extensions or refinements of models developed before 1990. Where this is the case, these models are also discussed but much less comprehensively.Comment: 31 pages + 8 pages references + 2 figures + 5 tables. Submitted to International Journal of Wildland Fir

SciTech News- 69(1)-2015

Columns and Reports From the Editor.....5 SciTech News Call for Articles....5 Conference Report, Momentum Press SLA Annual Conference Grant Recipient.. 20 Division News Science-Technology Division...6 Chemistry Division... 11 Engineering Division... 17 Aerospace Section of the Engineering Division.. 23 Architecture, Building Engineering, Construction and Design Section of the Engineering Division.. 24 Call for Nominations & Applications Sparks Award for Professional Development... 16 Reviews Sci-Tech Book News Reviews.... 25 Advertisements Annual Reviews.....3 IEEE....