Domain Representations Induced by Dyadic Subbases

We study domain representations induced by dyadic subbases and show that a proper dyadic subbase S of a second-countable regular space X induces an embedding of X in the set of minimal limit elements of a subdomain D of $\{0,1,\perp\}\omega$. In particular, if X is compact, then X is a retract of the set of limit elements of D

Dyadic Subbases and Representations of Topological Spaces

We explain topological properties of the embedding-based approach to computability on topological spaces. With this approach, he considered a special kind of embedding of a topological space into Plotkin\u27s $T^omega$, which is the set of infinite sequences of $T = {0,1,bot }$. We show that such an embedding can also be characterized by a dyadic subbase, which is a countable subbase $S = (S_0^0, S_0^1, S_1^0, S_1^1, ldots)$ such that $S_n^j$ $(n = 0,1,2,ldots; j = 0,1$ are regular open and $S_n^0$ and $S_n^1$ are exteriors of each other. We survey properties of dyadic subbases which are related to efficiency properties of the representation corresponding to the embedding

A Stream Calculus of Bottomed Sequences for Real Number Computation

AbstractA calculus XPCF of 1⊥-sequences, which are infinite sequences of {0,1,⊥} with at most one copy of bottom, is proposed and investigated. It has applications in real number computation in that the unit interval I is topologically embedded in the set Σ⊥,1ω of 1⊥-sequences and a real function on I can be written as a program which inputs and outputs 1⊥-sequences. In XPCF, one defines a function on Σ⊥,1ω only by specifying its behaviors for the cases that the first digit is 0 and 1. Then, its value for a sequence starting with a bottom is calculated by taking the meet of the values for the sequences obtained by filling the bottom with 0 and 1. The validity of the reduction rule of this calculus is justified by the adequacy theorem to a domain-theoretic semantics. Some example programs including addition and multiplication are shown. Expressive powers of XPCF and related languages are also investigated

Finite choice, convex choice and finding roots

We investigate choice principles in the Weihrauch lattice for finite sets on the one hand, and convex sets on the other hand. Increasing cardinality and increasing dimension both correspond to increasing Weihrauch degrees. Moreover, we demonstrate that the dimension of convex sets can be characterized by the cardinality of finite sets encodable into them. Precisely, choice from an n + 1 point set is reducible to choice from a convex set of dimension n, but not reducible to choice from a convex set of dimension n–1. Furthermore we consider searching for zeros of continuous functions. We provide an algorithm producing 3n real numbers containing all zeros of a continuous function with up to n local minima. This demonstrates that having finitely many zeros is a strictly weaker condition than having finitely many local extrema. We can prove 3n to be optimal.SCOPUS: ar.jinfo:eu-repo/semantics/publishe

Mathematical Theory of Water Waves

The water-wave problem is the study of the two- and threedimensional irrotational flow of a perfect fluid bounded above by a free surface subject to the forces of gravity and surface tension. It is a paradigm for most modern methods in nonlinear functional analysis and nonlinear dispersive wave theory. Its mathematical study calls upon many different approaches, as iteration methods, bifurcation theory, dynamical systems theory, complex variable methods, PDE methods, the calculus of variations, positive operator theory, topological degree theory, KAM theory, and symplectic geometry

Chromosome Kissing and Chromosome Folding in Eukaryotic and Bacterial Cells

Das bakterielle und eukaryotische Genom wird durch ein differenziertes Zusammenspiel von dreidimensionaler (3D) Kompaktifizierung und Zellfunkionalitaet, beispielsweise bezueglich Genexpression, organisiert. Das Ziel dieser Arbeit ist es, solche Struktur- und Funktionszusammenhaenge zu untersuchen. Ich habe vier Schluesselmerkmale identifiziert, die einen grossen Einfluss auf die Architektur von Biopolymeren haben: Polymertopologie, (raeumlicher) Einschluss, Semiflexibilitaet und Fixierung. In einem Projekt meiner Doktorarbeit habe ich gezeigt, dass die 3D-Organisation der Synaptonemalen Komplexe (SK) waehrend der Meiose stark durch das Wechselspiel von raeumlichem Einschluss und doppelter Fixierung der SK-Enden beeinflusst wird. In einer anderen Kollaboration konnte gezeigt werden, dass die raeumlich Anordnung und Dynamik von Hefe-Chromosomen im Rahmen eines Rabl Models, basierend auf Einschluss, Fixierung und der entsprechenden Packungsdichte, beschrieben werden kann. Ein grosser Teil der Dissertation traegt zu einem besseren Verstaendnis der raeumlichen E. coli Chromosomorganisation und -segregation bei. Wir konnten zeigen, dass Sternpolymere mit zirkulaeren Armen, deren struktureller Aufbau dem des E. coli Chromosomes entspricht, einen Uebergang von sphaerischen zu flachen, gestreckten Strukturen durchlaufen, welcher es erleichtern koennte, das bakterielle Genom in einer gestreckten Huelle unterzubringen. Wir konnten den Nachweis liefern, dass die Kopplung von Chromosomentopologie und Einschluss relevant ist, um den Hang des bakterielle Chromosomes zu ueberwinden, sich zu mischen. Wir schlagen einen Mechanismus zur Bildung von Domaenen im E. coli Chromosom vor und testen diesen: Der Prozess der Kolokalisation von Transkriptionsfaktoren und deren Zielgenen, der die durch das regulative Transkriptionsnetzwerk definierte Kontrolle imitiert, kann die experimentell beobachtete, praezise Positionierung der genetischen Segmente erklaeren. Der hier definierte Rahmen zur Chromosomenanordnung erlaubt es ausserdem, die Segregation von E. coli Chromosomenpaaren waehrend der Zellteilung im Kontext von Volumenausschlusswechselwirkung, spezifischen Chromosomentopologien und geometrischen Einschraenkungen zu verstehen. Im Schulterschluss mit einer weiteren Kollaboration wurde eine Methode entwickelt, die die raeumliche Chromosomenorganisation aufloesen kann, indem sie den Chromatinstrang als Worm-like Chain modelliert und ein Ensemble von Chromatinstrukturen generiert, die Strukturrestriktionen basierend auf Chromosome Conformation Capture- oder Mikroskopiedaten konsistent abbilden

On the automatic detection of otolith features for fish species identification and their age estimation

This thesis deals with the automatic detection of features in signals, either extracted from photographs or captured by means of electronic sensors, and its possible application in the detection of morphological structures in fish otoliths so as to identify species and estimate their age at death. From a more biological perspective, otoliths, which are calcified structures located in the auditory system of all teleostean fish, constitute one of the main elements employed in the study and management of marine ecology. In this sense, the application of Fourier descriptors to otolith images, combined with component analysis, is habitually a first and a key step towards characterizing their morphology and identifying fish species. However, some of the main limitations arise from the poor interpretation that can be obtained with this representation and the use that is made of the coefficients, as generally they are selected manually for classification purposes, both in quantity and representativity. The automatic detection of irregularities in signals, and their interpretation, was first addressed in the so-called Best-Basis paradigm. In this sense, Saito's Local discriminant Bases algorithm (LDB) uses the Discrete Wavelet Packet Transform (DWPT) as the main descriptive tool for positioning the irregularities in the time-frequency space, and an energy-based discriminant measure to guide the automatic search of relevant features in this domain. Current density-based proposals have tried to overcome the limitations of the energy-based functions with relatively little success. However, other measure strategies more consistent with the true classification capability, and which can provide generalization while reducing the dimensionality of features, are yet to be developed. The proposal of this work focuses on a new framework for one-dimensional signals. An important conclusion extracted therein is that such generalization involves a mesure system of bounded values representing the density where no class overlaps. This determines severely the selection of features and the vector size that is needed for proper class identification, which must be implemented not only based on global discriminant values but also on the complementary information regarding the provision of samples in the domain. The new tools have been used in the biological study of different hake species, yielding good classification results. However, a major contribution lies on the further interpretation of features the tool performs, including the structure of irregularities, time-frequency position, extension support and degree of importance, which is highlighted automatically on the same images or signals. As for aging applications, a new demodulation strategy for compensating the nonlinear growth effect on the intensity profile has been developed. Although the method is, in principle, able to adapt automatically to the specific growth of individual specimens, preliminary results with LDB-based techniques suggest to study the effect of lighting conditions on the otoliths in order to design more reliable techniques for reducing image contrast variation. In the meantime, a new theoretic framework for otolith-based fish age estimation has been presented. This theory suggests that if the true fish growth curve is known, the regular periodicity of age structures in the demodulated profile is related to the radial length the original intensity profile is extracted from. Therefore, if this periodicity can be measured, it is possible to infer the exact fish age omitting feature extractors and classifiers. This could have important implications in the use of computational resources anc current aging approaches.El eje principal de esta tesis trata sobre la detección automática de singularidades en señales, tanto si se extraen de imágenes fotográ cas como si se capturan de sensores electrónicos, así como su posible aplicación en la detección de estructuras morfológicas en otolitos de peces para identi car especies, y realizar una estimación de la edad en el momento de su muerte. Desde una vertiente más biológica, los otolitos, que son estructuras calcáreas alojadas en el sistema auditivo de todos los peces teleósteos, constituyen uno de los elementos principales en el estudio y la gestión de la ecología marina. En este sentido, el uso combinado de descriptores de Fourier y el análisis de componentes es el primer paso y la clave para caracterizar su morfología e identi car especies marinas. Sin embargo, una de las limitaciones principales de este sistema de representación subyace en la interpretación limitada que se puede obtener de las irregularidades, así como el uso que se hace de los coe cientes en tareas de clasi cación que, por lo general, acostumbra a seleccionarse manualmente tanto por lo que respecta a la cantidad y a su importancia. La detección automática de irregularidades en señales, y su interpretación, se abordó por primera bajo el marco del Best-Basis paradigm. En este sentido, el algoritmo Local Discriminant Bases (LDB) de N. Saito utiliza la Transformada Wavelet Discreta (DWT) para describir el posicionamiento de características en el espacio tiempo-frecuencia, y una medida discriminante basada en la energía para guiar la búsqueda automática de características en dicho dominio. Propuestas recientes basadas en funciones de densidad han tratado de superar las limitaciones que presentaban las medidas de energía con un éxito relativo. No obstante, todavía están por desarrollar nuevas estrategias más consistentes con la capacidad real de clasi cación y que ofrezcan mayor generalización al reducir la dimensión de los datos de entrada. La propuesta de este trabajo se centra en un nuevo marco para señales unidimensionales. Una conclusión principal que se extrae es que dicha generalización pasa por un marco de medidas de valores acotados que re ejen la densidad donde las clases no se solapan. Esto condiciona severamente el proceso de selección de características y el tamaño del vector necesario para identi car las clases correctamente, que se ha de establecer no sólo en base a valores discriminantes globales sino también en la información complementaria sobre la disposición de las muestras en el dominio. Las nuevas herramientas han sido utilizadas en el estudio biológico de diferentes especies de merluza, donde se han conseguido buenos resultados de identi cación. No obstante, la contribución principal subyace en la interpretación que dicha herramienta hace de las características seleccionadas, y que incluye la estructura de las irregularidades, su posición temporal-frecuencial, extensión en el eje y grado de relevancia, el cual, se resalta automáticamente sobre la misma imagen o señal. Por lo que respecta a la determinación de la edad, se ha planteado una nueva estrategia de demodulación para compensar el efecto del crecimiento no lineal en los per les de intensidad. Inicialmente, aunque el método implementa un proceso de optimización capaz de adaptarse al crecimiento individual de cada pez automáticamente, resultados preliminares obtenidos con técnicas basadas en el LDB sugieren estudiar el efecto de las condiciones lumínicas sobre los otolitos con el n de diseñar algoritmos que reduzcan la variación del contraste de la imagen más ablemente. Mientras tanto, se ha planteado una nueva teoría para estimar la edad de los peces en base a otolitos. Esta teoría sugiere que si la curva de crecimiento real del pez se conoce, el período regular de los anillos en el per l demodulado está relacionado con la longitud total del radio donde se extrae el per l original. Por tanto, si dicha periodicidad es medible, es posible determinar la edad exacta sin necesidad de utilizar extractores de características o clasi cadores, lo cual tendría implicaciones importantes en el uso de recursos computacionales y en las técnicas actuales de estimación de la edad.L'eix principal d'aquesta tesi tracta sobre la detecció automàtica d'irregularitats en senyals, tant si s'extreuen de les imatges fotogrà ques com si es capturen de sensors electrònics, així com la seva possible aplicació en la detecció d'estructures morfològiques en otòlits de peixos per identi car espècies, i realitzar una estimació de l'edat en el moment de la seva mort. Des de la vesant més biològica, els otòlits, que son estructures calcàries que es troben en el sistema auditiu de tots els peixos teleostis, constitueixen un dels elements principals en l'estudi i la gestió de l'ecologia marina. En aquest sentit, l'ús combinat de descriptors de Fourier i l'anàlisi de components es el primer pas i la clau per caracteritzar la seva morfologia i identi car espècies marines. No obstant, una de les limitacions principals d'aquest sistema de representació consisteix en la interpretació limitada de les irregularitats que pot desenvolupar, així com l'ús que es realitza dels coe cients en tasques de classi cació, els quals, acostumen a ser seleccionats manualment tant pel que respecta a la quantitat com la seva importància. La detecció automàtica d'irregularitats en senyals, així com la seva interpretació, es va tractar per primera vegada sota el marc del Best-Basis paradigm. En aquest sentit, l'algorisme Local Discriminant Bases (LDB) de N. Saito es basa en la Transformada Wavelet Discreta (DWT) per descriure el posicionament de característiques dintre de l'espai temporal-freqüencial, i en una mesura discriminant basada en l'energia per guiar la cerca automàtica de característiques dintre d'aquest domini. Propostes més recents basades en funcions de densitat han tractat de superar les limitacions de les mesures d'energia amb un èxit relatiu. No obstant, encara s'han de desenvolupar noves estratègies que siguin més consistents amb la capacitat real de classi cació i ofereixin més generalització al reduir la dimensió de les dades d'entrada. La proposta d'aquest treball es centra en un nou marc per senyals unidimensionals. Una de las conclusions principals que s'extreu es que aquesta generalització passa per establir un marc de mesures acotades on els valors re ecteixin la densitat on cap classe es solapa. Això condiciona bastant el procés de selecció de característiques i la mida del vector necessari per identi car les classes correctament, que s'han d'establir no només en base a valors discriminants globals si no també en informació complementària sobre la disposició de les mostres en el domini. Les noves eines s'han utilitzat en diferents estudis d'espècies de lluç, on s'han obtingut bons resultats d'identi cació. No obstant, l'aportació principal consisteix en la interpretació que l'eina extreu de les característiques seleccionades, i que inclou l'estructura de les irregularitats, la seva posició temporal-freqüencial, extensió en l'eix i grau de rellevància, el qual, es ressalta automàticament sobre les mateixa imatge o senyal. En quan a l'àmbit de determinació de l'edat, s'ha plantejat una nova estratègia de demodulació de senyals per compensar l'efecte del creixement no lineal en els per ls d'intensitat. Tot i que inicialment aquesta tècnica desenvolupa un procés d'optimització capaç d'adaptar-se automàticament al creixement individual de cada peix, els resultats amb el LDB suggereixen estudiar l'efecte de les condicions lumíniques sobre els otòlits amb la nalitat de dissenyar algorismes que redueixin la variació del contrast de les imatges més ablement. Mentrestant s'ha plantejat una nova teoria per realitzar estimacions d'edat en peixos en base als otòlits. Aquesta teoria suggereix que si la corba de creixement és coneguda, el període regular dels anells en el per l d'intensitat demodulat està relacionat amb la longitud total de radi d'on s'agafa el per l original. Per tant, si la periodicitat es pot mesurar, es possible conèixer l'edat exacta del peix sense usar extractors de característiques o classi cadors, la qual cosa tindria implicacions importants en l'ús de recursos computacionals i en les tècniques actuals d'estimació de l'edat.Postprint (published version