Mapping the Asymmetrical Citation Relationships Between Journals by h-Plots

I propose the use of h-plots for visualizing the asymmetric relationships between the citing and cited profiles of journals in a common map. With this exploratory tool, we can understand better the journal's dual roles of citing and being cited in a reference network. The h-plot is introduced and its use is validated with a set of 25 journals belonging to the statistics area. The relatedness factor is considered for describing the relations of citations from a journal “i” to a journal “j,” and the citations from the journal “j” to the journal “i.” More information has been extracted from the h-plot, compared with other statistical techniques for modelling and representing asymmetric data, such as multidimensional unfolding

Proceedings of the Thirteenth International Conference on Time-Resolved Vibrational Spectroscopy

The thirteenth meeting in a long-standing series of “Time-Resolved Vibrational Spectroscopy” (TRVS) conferences was held May 19th to 25th at the Kardinal Döpfner Haus in Freising, Germany, organized by the two Munich Universities - Ludwig-Maximilians-Universität and Technische Universität München. This international conference continues the illustrious tradition of the original in 1982, which took place in Lake Placid, NY. The series of meetings was initiated by leading, world-renowned experts in the field of ultrafast laser spectroscopy, and is still guided by its founder, Prof. George Atkinson (University of Arizona and Science and Technology Advisor to the Secretary of State). In its current format, the conference contributes to traditional areas of time resolved vibrational spectroscopies including infrared, Raman and related laser methods. It combines them with the most recent developments to gain new information for research and novel technical applications. The scientific program addressed basic science, applied research and advancing novel commercial applications. The thirteenth conference on Time Resolved Vibrational Spectroscopy promoted science in the areas of physics, chemistry and biology with a strong focus on biochemistry and material science. Vibrational spectra are molecule- and bond-specific. Thus, time-resolved vibrational studies provide detailed structural and kinetic information about primary dynamical processes on the picometer length scale. From this perspective, the goal of achieving a complete understanding of complex chemical and physical processes on the molecular level is well pursued by the recent progress in experimental and theoretical vibrational studies. These proceedings collect research papers presented at the TRVS XIII in Freising, German

Advances in multidimensional unfolding

Meerdimensionale ontvouwing is een analyse techniek die afbeeldingen maakt van twee sets van objecten, bijvoorbeeld van personen en producten, gebaseerd op de voorkeuren van de personen voor die producten. De afstanden tussen de personen en de producten in de afbeelding dienen zo goed mogelijk te corresponderen met deze voorkeuren en wel zo dat een kleine afstand overeenkomt met een grote voorkeur, terwijl een grote afstand correspondeert met een geringe voorkeur. Ontvouwing heeft echter sinds zijn conceptie in de jaren zestig te maken met het zogenaamde degeneratieprobleem, waardoor de oplossingen perfect zijn in termen van de verliesfunctie (de afstanden geven de voorkeuren perfect weer), maar die volstrekt onbruikbaar zijn in termen van interpretatie (de perfecte weergave is nietszeggend). In dit proefschrift worden twee mogelijke oplossingen aangedragen voor het degeneratieprobleem. De meest algemene oplossing gebruikt een penaltyfunctie, die straft indien de oplossing dreigt te degenereren. Het algoritme is gebruikt voor de implementatie van PREFSCAL, het ontvouwingsprogramma van IBM SPSS STATISTICS. Met de controle over het degeneratieprobleem is de weg vrij gemaakt om het ontvouwingsmodel verder te ontwikkelen: extra, verklarende variabelen kunnen worden toegevoegd voor interpretatie en het doen van voorspellingen. De mate waarin gegevens mogen ontbreken zonder een doorslaggevende invloed te hebben op de eindoplossing, de afbeelding, is ook uitgebreid onderzocht.LEI Universiteit LeidenMultivariate analysis of psychological data - ou

Book reviews

Peer Reviewedhttp://deepblue.lib.umich.edu/bitstream/2027.42/45933/1/357_2005_Article_BF01195682.pd

Large Protein Folding and Dynamics Studied by Advanced Hydrogen Exchange Methods

Protein folding studies over the past 50 years have been largely focused on small proteins (\u3c 200 residues) leading to a dearth of information about large protein folding. Regardless of protein size, research has generally lacked the structural tools with necessary temporal resolution to provide mechanistic insight into the process. This goal requires incisive information on transient kinetic intermediate conformations that describe the folding pathway. In this work special challenges that hinder large protein folding studies are addressed, and advancements to both HX NMR and HX MS experiments are described that provide unparalleled temporal resolution of structure formation than has been previously possible. These various advanced hydrogen exchange methods are used to study folding behaviors of the large, 370-residue, two-domain maltose binding protein from E. coli and provide a description of its folding pathway in structural detail. This work sheds light on two basic unresolved problems regarding the mechanisms of protein folding, the first being the enigmatic nature of the initial folding collapse event seen in many proteins, and the second concerning the nature of the folding pathway. We find that from an initially heterogeneous hydrophobic collapse, an obligatory intermediate emerges with a 7-second time constant followed by an apparent sequential pathway to the native state. These results add the largest protein studied at structural resolution to-date to the list of proteins known to fold through obligatory, native-like intermediates in distinct pathways and this work highlights strategies that may be employed to interrogate other large systems in future work

Studying the folding of peptide dendrimers using molecular simulation methods

Tese de mestrado, Bioquímica, Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2009Dendrimers are a family of branched compounds that share a common layout where wedges emerge radially from a core by means of a regular branching pattern. Peptide dendrimers are a specific kind of dendrimers formed by alternating functional amino acids with branching diamino acids. There has been increasing interest in the synthesis of peptide-based dendritic architectures modelling specific aspects of biological function. Some results are already available, demonstrating these molecules ability to act as enzyme models and to mimic natural ligands. Unfortunately, most studies concerning peptide dendrimers lack structural information at the molecular level. The theoretical study published so far, reported peptide dendrimers presenting shapes close to spheres, though experimental studies on the same systems suggest the existence of more disordered states. Herein, we characterize five third-generation peptide dendrimers (B1, B1H, B1HH, B1HHH and C1) through multiple long molecular dynamics simulations (MD), and analyse their conformational details and folding preferences in solution. Special emphasis is placed on the analysis of conformational trends representative of the examined models. The conformational sampling results, obtained through MM/MD simulations, were scrutinized using several approaches. Namely, histogram analysis, phi-psi dihedral distributions, inter-residue distance matrices, shape analysis and principal coordinate analysis. The adequacy of each approach to discern the conformation space of peptide dendrimers is discussed. Using these analysis procedures we were able to observe two distinct types of behaviour (sphere-like and bowl-like structures), both asserting the enormous structural flexibility characterizing these molecules; and the myriad of conformational states available to them. Our conclusions can be interpreted together with the available experimental results, contributing to a synergistic understanding of the structure-function relation in peptide dendrimers, and casting the bases for novel knowledge-based applications.Os dendrímeros são uma família de compostos ramificados que partilham uma arquitectura comum, onde diferentes cadeias emergem radialmente de um mesmo núcleo (ou centro) através de um padrão de ramificação regular. Os dendrímeros peptídicos, são uma classe particular de dendrímeros, constituída por estruturas que incorporam de forma alternada e iterativa resíduos de amino-ácidos funcionais (resíduos de espaçamento) com resíduos de diamino-ácidos ramificados (resíduos de ramificação). Os resíduos de diamino-ácidos ramificados promovem a bifurcação das cadeias peptídicas e a aquisição da estrutura dendrítica. A possibilidade de sintetizar dendrímeros com composições que mimetizem as funções de moléculas biológicas, constitui o aliciante para a investigação neste campo cientifico. Em particular, a síntese planeada e controlada de estruturas dendríticas baseadas nos componentes apresentados pelas moléculas biológicas, como peptidos ou glícidos, constitui um desafio atractivo pelas potenciais aplicações que dai podem emergir. De facto, já foram reportados dendrímeros peptídicos que modelam aspectos específicos de funções biológicas, tais como: modelos enzimáticos para catálise dirigida (“enzimas artificiais”); mimetização de co-factores naturais (de que e exemplo a vitamina B12); transportadores de fármacos, pois quando acopladas aos ligandos adequados estas moléculas tem a capacidade de aderir à membrana celular. É também importante referir que várias destas moléculas têm sido estudadas enquanto modelos de folding das proteínas naturais, pois investigações experimentais indiciam que alguns dendrímeros peptídicos podem apresentar, em solução, uma estrutura compacta semelhante à das proteínas globulares. Contudo, a maioria dos estudos experimentais realizados até à data são omissos no que concerne a informação estrutural, e carecem do enquadramento adequado a nível molecular e atómico. O único estudo teórico publicado sobre dendrímeros peptídicos parece confirmar a ideia de que, em solução estas moléculas apresentam, de facto, formas semelhantes a esferas, isto apesar de existirem evidências experimentais que sugerem a existência de estados conformacionais mais desordenados, nesses mesmos sistemas. Considerando o grande interesse que estas moléculas tem vindo a despertar, a verdade é que pouco se sabe sobre o seu arranjo estrutural tridimensional, e sobre os processos que a ele conduzem (folding). Nesta tese tentamos preencher algumas destas lacunas. Para tal, procedemos à caracterização de cinco dendrímeros peptídicos de terceira geração (que designamos por B1, B1H, B1HH, B1HHH e C1) com diferentes constituintes peptídicos. Os sistemas que escolhemos como objecto de estudo, estão directamente relacionados com a coordenação da aquocobalamina (análogo da vitamina B12) a dendrímeros peptídicos, ainda que apenas três deles tenham sido sintetizados e caracterizados experimentalmente (B1, B1H e C1). Deste modo, pretendemos não só investigar as suas preferências conformacionais, mas também inferir possíveis relações entre a sua estrutura e a capacidade para desempenhar uma função análoga à das moléculas biológicas (transcobalamina). É importante salientar que de entre os dendrímeros que foram sintetizados experimentalmente, e que são também aqui estudados, os que apresentam maior capacidade de coordenação com a aquacobalamina, são os que possuem um menor número de resíduos com potencial de coordenação. Este aparente paradoxo é por si só interessante e pode estar interligada com aspectos mais estruturais. Como temos por objectivo compreender as alterações e a variabilidade subjacentes às estruturas tridimensionais dos diferentes dendrímeros, empregamos metodologias adequadas ao detalhe da escala que pretendemos investigar. Nomeadamente, métodos computacionais de simulação molecular (MM/MD). Optámos portanto por simular cada um destes cinco sistemas através de múltiplas e longas simulações de dinâmica molecular, utilizando a água enquanto solvente explícito. Com efeito, no trabalho que conduziu a esta tese, realizamos simulações que contabilizam aproximadamente 1 μs-1 para cada um dos dendrímeros em estudo. No que respeita a estes sistemas, isto é muito superior ao tempo simulado em estudos anteriores. Nas últimas décadas a investigacao científica tem beneficiado imenso do avanço das técnicas de simulação computacional, que providenciam resultados e formas de escrutinar sistemas, que são de outra forma normalmente inacessíveis. A dinâmica molecular, especificamente, permite “seguir” a evolução temporal dos átomos que constituem um sistema, através da integração das equações de Newton para o movimento de corpos. É inclusive um dos métodos computacionais de eleição para estudar fenómenos biomoleculares. Os resultados obtidos com esta técnica de amostragem conformacional permitiram-nos analisar e identificar de forma adequada, os detalhes estruturais de cada um dos dendrímeros peptídicos. Colocamos especial ênfase nos arranjos estruturais mais estáveis. As conformações tridimensionais obtidas a partir das trajectórias resultantes das simulações, foram agrupadas de forma a obtermos os ensembles conformacionais característicos de cada dendrímero. Sobre estes conjuntos de conformações realizamos várias análises. Começamos por investigar algumas das propriedades que caracterizam estes sistemas, como o raio de giração, o número total de ligações de hidrogénio, a distância máxima entre os dois átomos mais afastados de cada estrutura, a superfície acessível ao solvente, entre outros. O raio de giração revelou ser a propriedade que individualmente, melhor espelha as variações intrínsecas a estes sistemas. Adicionalmente, procedemos também a caracterização da distribuição dos valores de phi-psi característicos dos diedros de cada um dos dendrímeros. Complementamos esta análise com o estudo das matrizes que reflectem as distãncias mínimas entre os resíduos de todas as conformações. Posteriormente aplicamos metodologias de análise conformacional que envolvem a determinação da energia livre, associada a diferentes coordenadas reaccionais (ou de folding) para cada estrutura nos diferentes ensembles, obtendo assim as correspondentes superfícies energéticas (folding landscapes). Utilizamos esta abordagem por forma a obter folding landscapes bi- e tridimensionais. Em especifíco, utilizamos como coordenadas de folding os valores do raio de giração, do root mean square deviation (RMSD), dos componentes principais do tensor do raio de giração diagonalizado, e os valores para a posição relativa das diferentes conformações, num espaço concordante com a matriz de RMSD, utilizando para tal o método de análise das coordenadas principais (PCoorA). Utilizando o tensor do raio de giração, foi possível investigar a forma dos arranjos estruturais de cada dendrímero peptídico, tendo inclusive sido definido um espaço tridimensional baseado nos componentes principais do tensor diagonalizado (espaço de giração). A capacidade de cada uma destas abordagens para discriminar de forma adequada o espaço das conformações dos dendrímeros peptídicos é discutida ao longo da tese. Dos diversos procedimentos de análise conformacional empregues, resulta uma clara indicação de que, em solução, os dendrímeros peptídicos podem apresentar dois comportamentos preferenciais distintos: estruturas compactas que privilegiam as interacções entre os diferentes resíduos, semelhantes a esferas (sphere-like); e estruturas “abertas” com as diferentes ramificações espaçadas, em que as interacções entre resíduos não adjacentes são minimizadas, semelhantes a taças (bowl-like). Ambas estas configurações atómicas consubstanciam a enorme flexibilidade estrutural que parece caracterizar estas moléculas, dando provas da miríade de estados conformacionais que lhes estão acessíveis. Foi ainda possível verificar a existência de evidências que suportam a ideia de que estas moléculas possuem uma grande robustez estrutural. Isto é, pequenas alterações na composição dos resíduos de amino-ácidos que as constituem não parecem desencadear alterações conformacionais significativas nos arranjos estruturais preferenciais. Através da comparação entre o coeficiente de difusao experimental disponível para um dos dendrímeros, e o coeficiente de difusão calculado com base nas trajectórias obtidas por simulação, foi possível verificar que os modelos utilizados, reflectem de forma adequada os sistemas experimentais. Concluiu-se também que o campo de força (force field) GROMOS 53A6 possui a capacidade de transferabilidade apropriada para lidar com estas moléculas. Os pontos fortes e fracos dos nossos modelos são discutidos ao longo da tese. Durante este trabalho foi ainda desenvolvida e implementada uma metodologia que permite o cálculo eficiente do RMSD entre estruturas dendríticas. As conclusões apresentadas nesta tese podem ser interpretadas juntamente com os resultados experimentais disponíveis, de forma a contribuir para uma compreensão sinérgica da relação entre a estrutura e a função dos dendrímeros peptídicos, lançando as fundações para aplicações inovadoras