One thousand plant transcriptomes and the phylogenomics of green plants

Abstract: Green plants (Viridiplantae) include around 450,000–500,000 species1, 2 of great diversity and have important roles in terrestrial and aquatic ecosystems. Here, as part of the One Thousand Plant Transcriptomes Initiative, we sequenced the vegetative transcriptomes of 1,124 species that span the diversity of plants in a broad sense (Archaeplastida), including green plants (Viridiplantae), glaucophytes (Glaucophyta) and red algae (Rhodophyta). Our analysis provides a robust phylogenomic framework for examining the evolution of green plants. Most inferred species relationships are well supported across multiple species tree and supermatrix analyses, but discordance among plastid and nuclear gene trees at a few important nodes highlights the complexity of plant genome evolution, including polyploidy, periods of rapid speciation, and extinction. Incomplete sorting of ancestral variation, polyploidization and massive expansions of gene families punctuate the evolutionary history of green plants. Notably, we find that large expansions of gene families preceded the origins of green plants, land plants and vascular plants, whereas whole-genome duplications are inferred to have occurred repeatedly throughout the evolution of flowering plants and ferns. The increasing availability of high-quality plant genome sequences and advances in functional genomics are enabling research on genome evolution across the green tree of life

Führungsprozesse

Bostock and Wombwell's Menagerie loads with camels photographed 1913. Digitisation and record funded by the Pilgrim Trust. Original 178C78.11

needs, current approach, perspectives

A survey concerning the future development of E- Learning was distributed among the faculty and disclosed positive results. The first implementation of E-Learning by using an open source based system was evaluated. Students of the clinical part of the curriculum wish a continuous extension and improvement of E-Learning as a quite exiting multifaceted and also challenging way of learning. The existing technology will be strengthened and expanded. An optimal flow of information between all personnel and processes involved in the educational process can be reached by this way. A detailed analysis of costs and required resources has to follow.In any case, the further development of E-Learning is an important part of the quality of education.Eine Bedarfsumfrage im Studiengang Medizin hinsichtlich einer Weiterentwicklung des E-Learning- Angebots an der Fakultät erbrachte ein positives Resultat. Der erstmalige Einsatz des E-Portals wurde evaluiert. Auch die Studenten wünschen mehrheitlich eine Weiterentwicklung auf diesem Gebiet. Vorerst wird der Ausbau der eigenen Technologie vorangetrieben, wobei möglichst effizient vorhandene Systeme bzw. noch zu beschaffende Einheiten in das Gesamtkonzept integriert werden sollen. Hierdurch soll ein optimaler Informationsfluss zwischen allen am Lehrprozess beteiligten Personenkreisen gewährleistet werden. Eine detaillierte Bedarfs- und Kostenanalyse wird sich anschließen und dabei vor allem auch die personelle Untermauerung noch einmal diskutiert werden müssen. In jedem Fall ist die Weiterentwicklung des E- Learnings an der Fakultät eine der Grundsäulen für die Sicherung und den Ausbau der Qualität der Lehre

Quality Management System of Education at Dresden Faculty of Medicine

Within two years the Faculty of Medicine Dresden introduced a quality management system (QMS) for educational processes. The system underwent a certificational procedure and was certified according to DIN EN ISO 9001:2000. The QMS is based on a manual describing all educational processes. It serves visualization of these processes, identification of links between them and a clear definition of responsibilities. All involved employees of Faculty of Medicine can use the manual to optimize and improve the educational system.Leadership-, core- and supporting processes are described. Procedure instructions and further applicable documents are included.The manual is accessible via Intranet to all employees and "clients" of the Faculty of Medicine.The QMS is a leadership instrument. It relies on the vision of the Dresden Faculty of Medicine which defines short and long term goals and strategies to reach them. Certification procedure was completed with handing over of the certificate to the dean. It is valid for three years and the Faculty of Medicine will be under yearly supervision of certification agency.Nach zweijähriger Einführungszeit führte die Medizinische Fakultät Dresden als erste medizinische Fakultät Deutschlands ein Qualitätsmanagementsystem (QMS) für die Lehre ein und ließ es nach der DIN EN ISO 9001:2000 Norm zertifizieren. Das QMS beruht auf einem Handbuch, welches die wesentlichsten mit der Lehre verbundenen Prozesse beschreibt. Es dient der klaren Prozessvisualisierung, Identifikation der Vernetzungen zwischen den Abläufen und einer ebenso klaren Definition der Verantwortlichkeiten mit Verbindlichkeitscharakter. Es ist eine Handlungsanleitung, auf die alle in die Prozesse der Ausbildung involvierten Kollegen Zugriff haben, mit dem Ziel, alle sich aufzeichnenden Möglichkeiten zur Optimierung zu nutzen und eine Verbesserung des Gesamtsystems kontinuierlich voranzutreiben. Beschrieben werden Führungsprozesse, Kernprozesse und Unterstützungsprozesse.Verfahrensanweisungen wurden erstellt und mitgeltende Unterlagen definiert.Das Managementhandbuch ist als EDV-Version im Intranet (html-Format) verfügbar und jedem Mitarbeiter und "Kunden" zugänglich.Das QMS wird als ein Führungsinstrument verstanden. Das QMS beruht auf den Leitlinien für die Lehre der Fakultät, welche lang- und kurzfristige Ziele und Strategien zur Zielerreichung festlegen.Die Zertifizierung wurde mit der Zertifikatübergabe abgeschlossen. Das Zertifikat ist drei Jahre gültig. In diesem Zeitraum finden jährliche Überwachungsaudits statt

Conformational changes necessary for gene regulation by Tet repressor assayed by reversible disulfide bond formation.

We constructed and characterized four Tet repressor (TetR) variants with engineered cysteine residues which can form disulfide bonds and are located in regions where conformational changes during induction by tetracycline (tc) might occur. All TetR mutants show nearly wild-type activities in vivo, and the reduced proteins also show wild-type activities in vitro. Complete and reversible disulfide bond formation was achieved in vitro for all four mutants. The disulfide bond in NC18RC94 immobilizes the DNA reading head with respect to the protein core and prevents operator binding. Formation of this disulfide bond is possible only in the tc-bound, but not in the operator-bound conformation. Thus, these residues must have different conformations when bound to these ligands. The disulfide bonds in DC106PC159' and EC107NC165' immobilize the variable loop between alpha-helices 8 and 9 located near the tc-binding pocket. A faster rate of disulfide formation in the operator-bound conformation and a lack of induction after disulfide formation show that the variable loop is located closer to the protein core in the operator-bound conformation and that a movement is necessary for induction. The disulfide bond in RC195VC199' connects alpha-helices 10 and 10' of the two subunits in the dimer and is only formed in the tc-bound conformation. The oxidized protein shows reduced operator binding. Thus, this bond prevents formation of the operator-bound conformation. The detection of conformational changes in three different regions is the first biochemical evidence for induction-associated global internal movements in TetR