SurVegE-logiciel pour le suivi de la végétation en parcelles permanentes

UniVegE, Clermont Auvergne University, conducts research relating to the characterization of natural and anthropized habitats, from plant bio-indicators, for the purpose of management and conservation. Since 2005, this work has been supplemented by research and expertise relating to the diagnosis and monitoring of natural areas on permanent plots and along transects, on behalf of environmental partners: Regional nature parks, Espaces Naturels Sensibles of the departement 63, Clermont-Auvergne metropole ... In this context 51 permanent plots have been set up in natural areas of the Massif central, territories of local authorities and/or protected areas. This experience made it possible to test new monitoring methods to concretely respond to managers’ questions and lead to the development of the SurVegE software.SurVegE (SURvey VEGetation Ecology) is an assistance software for the operator who manages natural areas. It allows, from floristic surveys carried out on bounded and geore­ferenced permanent plots, to characterize the floristic and ecological changes occurring between several years. The data analysis, integrated into the software and based on the values of benchmarks assigned to plant species, directly provides the comparative results quantified and illustrated, in the form of diagrams, figures and tables.We will present here some features of the software, taking as an example concrete cases of studies carried out in the field. The sites selected correspond to different types of habitats and have been the subject of either initial reports or comparative diachronic analyses.UniVegE, Université Clermont Auvergne, conduit des recherches qui ont trait à la caractérisation des habitats naturels et anthropisés, à partir des bio-indicateurs végétaux, dans une finalité de gestion et de conservation. Depuis 2005, ces travaux ont été complétés par des recherches et expertises portant sur le diagnostic et le suivi d’espaces naturels sur des parcelles permanentes et le long de transects, pour le compte de partenaires de l’environnement : Parcs naturels régionaux, Espaces Naturels Sensibles du département 63, Clermont-Auvergne métropole… Dans ce cadre 51 parcelles permanentes ont été mises en place dans des espaces naturels du Massif central, territoires de collectivités territoriales et/ou aires protégées. Cette expérience a permis de tester de nouvelles méthodes de suivi pour répondre concrètement aux questionnements des gestionnaires et déboucher sur l’élaboration du logiciel SurVegE.SurVegE (SURveillance VÉGétation Écologie) est un logiciel d’assistance à l’opérateur gestionnaire d’espaces naturels. Il permet, à partir de relevés floristiques effectués sur des parcelles permanentes bornées et géoréférencées, de caractériser les changements floristiques et écologiques intervenus entre plusieurs années. L’analyse des données, intégrée dans le logiciel et basée sur des valeurs d’indices de référence affectés aux espèces végétales, fournit directement les résultats comparatifs chiffrés et illustrés, sous forme de diagrammes, figures et tableaux.Nous allons présenter ici certaines fonctionnalités du logiciel en prenant comme exemple des cas concrets d’études menées sur le terrain. Les sites sélectionnés correspondent à différents types d’habitats et ont fait l’objet soit d’états initiaux, soit d’analyses diachroniques comparatives

Contribution to the survey of the heathlands of the french Massif central (habitats 4030 and 4060) : analysis of phytosociological data.

Based on a sample of 990 relevés of heathlands from the French Massif central, taken from the bibliography and from recent surveys in the field, the authors carry out a global analyses in MTC, CCA and DCA, then focus partial analyses on 675 relevés concerning montane and subalpine belt. The results of this revision lead to the characterization of 16 plant associations, including 5 new ones and 47 sub-units. The south and east of the Massif central, Cévennes, Vivarais, Margeride, until now less well known, bring the largest batch of phytosociological novelties. These plant communities belong to 2 phytosociological classes (Loiseleurio procumbentis-Vaccinietea microphylli and Calluno vulgaris-Ulicetea minoris) and 3 alliances including a new one, Genisto pilosae-Empetrion hermaphroditi all. nov. and Genisto pilosae-Vaccinion Braun-Blanq. 1926. The nomenclature and syntaxonomy of this last alliance are discussed and modified and a new suballiance is created inside it (Vaccinienion myrtillo-uliginosi suball. nov.). The studied communities differ mainly according to the climatic disparity, the altitudinal gradient, the geological substrate and the topography. They can be stable or be included in dynamic successions leading to wooded stages. The characterization of these communities contributes to the knowledge of the biogeographic and bioclimatic compartmentalization of the Massif central; it reflects differences linked to the importance of summer rainfall, between northwestern volcanic mountains under oceanic influence, internal massifs with a subcontinental character and southern border under mediterranean influence. Likewise an upper subalpine belt is confirmed in the few mountains which exceed 1600 m. The hierarchy of discriminating ecological variables for these communities, the description of their station conditions and their dynamic characterization within sylvo-pastoral spaces, provide elements for the management and conservation of the corresponding habitats of European interest, especially number 4030 and 4060.  À partir d’un échantillonnage initial de 990 relevés de landes du Massif central français, issu de la bibliographie et de recherches récentes sur le terrain, les auteurs réalisent une analyse globale puis des analyses partielles en MTC, CCA et DCA sur 675 relevés concernant les étages montagnard moyen et subalpin. Les résultats de cette révision conduisent à la caractérisation de seize associations végétales dont cinq nouvelles et quarante-sept sous-unités. Le sud et l’est du Massif central, Cévennes, Vivarais, Margeride, jusqu’ici moins bien connus, apportent le plus grand lot de nouveautés phytosociologiques. Ces communautés appartiennent à 2 classes phytosociologiques (Loiseleurio procumbentis-Vaccinietea microphylli et Calluno vulgaris-Ulicetea minoris) et 3 alliances dont le Genisto pilosae-Empetrion hermaphroditi all. nov. et le Genisto pilosae-Vaccinion Braun-Blanq. 1926. La nomenclature et la syntaxonomie de cette dernière alliance sont discutées et modifiées et une sous-alliance nouvelle y est créée (Vaccinienion myrtillo-uliginosi suball. nov.). Les communautés étudiées se différencient principalement en fonction de la disparité climatique du Massif, le gradient altitudinal, le substrat géologique et la topographie. Elles peuvent constituer des végétations stables ou entrent dans des successions dynamiques conduisant à des stades boisés. Leur caractérisation contribue à la connaissance de la compartimentation biogéographique et bioclimatique du Massif central, en rapport notamment avec les différences liées à la pluviométrie estivale, entre montagnes volcaniques nord-occidentales sous influence océanique, massifs internes au caractère subcontinental et bordure méridionale sous influence méditerranéenne. De même les végétations étudiées confirment un étage subalpin supérieur dans les quelques massifs qui dépassent 1600 m. La hiérarchisation des variables écologiques discriminantes pour ces végétations, la description de leurs conditions stationnelles et leur caractérisation dynamique au sein des espaces sylvo-pastoraux, donnent des éléments pour la gestion et la conservation des habitats d’intérêt européens correspondants, en particulier 4030 and 4060

Les tourbières du haut bassin versant de la Loire (Massif central oriental)

À l’échelle du haut bassin versant de la Loire, les tourbières apparaissent généralement comme des écosystèmes marginaux du fait de leurs superficies modestes. Cependant, les 1 500 hectares du secteur étudié du Massif central oriental n’en présentent pas moins une grande valeur patrimoniale qui s’exprime autant par l’originalité des communautés végétales que ces tourbières abritent, que par la richesse de l’information paléoenvironnementale qu’elles archivent. Jusqu’à la Seconde Guerre mondiale, l’utilisation de ces milieux humides n’a jamais remis en cause leur pérennité. Depuis, leur exploitation économique s’est intensifiée et a pris des formes très diverses : pacage, extraction de tourbe, valorisation touristique, captage de la ressource en eau… Cette emprise humaine nouvelle entraîne des modifications souvent irréversibles du fonctionnement de ces hydrosystèmes, mais aussi parfois leur destruction pure et simple. La régression des surfaces tourbeuses aboutit ainsi à un appauvrissement du spectre biologique régional et constitue une menace sérieuse pour les archives paléoécologiques de l’histoire des paysages et des sociétés humaines qui les ont façonnées. Cette donnée nous semble devoir être intégrée dans une réflexion sur la gestion conservatoire des tourbières du Massif central oriental.In the upper Loire basin, mires generally appear as marginal ecosystems because of their limited surface area, and the lack of particular economic value. However, the 1.500 hectares of mires in the Eastern Massif central do in fact represent great heritage value, namely because of the quantities of palaeoenvironmental evidence they contain, as well as they originality and diversity of their flora. Until the World War II the traditional use consisted only in extensive grazing which didn’t damage the mires. But, for 30 years, the economic exploitation of these mires have combined various uses including more intensive grazing, peat extraction, tourism, captive water supply… These uses modify these ecosystems, often irreversibly, as the affect the functioning of these hydrosystems. The reduction of the surface of these wetlands and the threats to their integrity have led local decision makers to define wetlands conservation policies

Navigating the Future V: Marine Science for a Sustainable Future

Navigating the Future is a publication series produced by the European Marine Board providing future perspectives on marine science and technology in Europe. Navigating the Future V (NFV) highlights new knowledge obtained since Navigating the Future IV1 (2013). It is set within the framework of the 2015 Paris Agreement2 and builds on the scientific basis and recommendations of the IPCC reports3. NFV gives recommendations on the science required during the next decade to deliver the ocean we need to support a sustainable future. This will be important for the United Nations Decade of Ocean Science for Sustainable Development4 (2021 – 2030), the implementation of the UN Sustainable Development Goals5 and the European Commission’s next framework programme, Horizon Europe6 (2021 - 2027). There is a growing need to strengthen the links between marine science, society and policy since we cannot properly manage what we do not know. In recent years, the ocean and seas have received new prominence in international agendas. To secure a safe planet a priority is the management of the ocean as a “common good for humanity”, which requires smarter observations to assess of the state of the ocean and predictions about how it may change in the future. The ocean is a three-dimensional space that needs to be managed over time (thus four-dimensional), and there is a need for management and conservation practices that integrate the structure and function of marine ecosystems into these four dimensions (Chapter 2). This includes understanding the dynamic spatial and temporal interplay between ocean physics, chemistry and biology. Multiple stressors including climate change, pollution and over-fishing affect the ocean and we need to better understand and predict their interactions and identify tipping points to decide on management priorities (Chapter 3). This should integrate our understanding of land-ocean-atmosphere processes and approaches to reducing impacts. An improved science base is also needed to help predict and minimize the impact of extreme events such as storm surges, heat waves, dynamic sea-floor processes and tsunamis (Chapter 4). New technologies, data handling and modelling approaches will help us to observe, understand and manage our use of the fourdimensional ocean and the effect of multiple stressors (Chapter 5). Addressing these issues requires a strategic, collective and holistic approach and we need to build a community of sustainability scientists that are able to provide evidence-based support to policy makers within the context of major societal challenges (Chapter 6). We outline new frontiers, knowledge gaps and recommendations needed to manage the ocean as a common good and to develop solutions for a sustainable future (Chapter 7). The governance of sustainability should be at the core of the marine research agenda through co-production and collaboration with stakeholders to identify priorities. There is need for a fully integrated scientific assessment of resilience strategies, associated trade-offs and underlying ethical concepts for the ocean, which should be incorporated into decision support frameworks that involve stakeholders from the outset. To allow the collection, processing and access to all data, a key priority is the development of a business model that ensures the long-term economic sustainability of ocean observations

Archiving primary data: solutions for long-term studies

The recent trend for journals to require open access to primary data included in publications has been embraced by many biologists, but has caused apprehension amongst researchers engaged in long-term ecological and evolutionary studies. A worldwide survey of 73 principal investigators (Pls) with long-term studies revealed positive attitudes towards sharing data with the agreement or involvement of the PI, and 93% of PIs have historically shared data. Only 8% were in favor of uncontrolled, open access to primary data while 63% expressed serious concern. We present here their viewpoint on an issue that can have non-trivial scientific consequences. We discuss potential costs of public data archiving and provide possible solutions to meet the needs of journals and researchers

<scp>ReSurveyEurope</scp>: A database of resurveyed vegetation plots in Europe

AbstractAimsWe introduce ReSurveyEurope — a new data source of resurveyed vegetation plots in Europe, compiled by a collaborative network of vegetation scientists. We describe the scope of this initiative, provide an overview of currently available data, governance, data contribution rules, and accessibility. In addition, we outline further steps, including potential research questions.ResultsReSurveyEurope includes resurveyed vegetation plots from all habitats. Version 1.0 of ReSurveyEurope contains 283,135 observations (i.e., individual surveys of each plot) from 79,190 plots sampled in 449 independent resurvey projects. Of these, 62,139 (78%) are permanent plots, that is, marked in situ, or located with GPS, which allow for high spatial accuracy in resurvey. The remaining 17,051 (22%) plots are from studies in which plots from the initial survey could not be exactly relocated. Four data sets, which together account for 28,470 (36%) plots, provide only presence/absence information on plant species, while the remaining 50,720 (64%) plots contain abundance information (e.g., percentage cover or cover–abundance classes such as variants of the Braun‐Blanquet scale). The oldest plots were sampled in 1911 in the Swiss Alps, while most plots were sampled between 1950 and 2020.ConclusionsReSurveyEurope is a new resource to address a wide range of research questions on fine‐scale changes in European vegetation. The initiative is devoted to an inclusive and transparent governance and data usage approach, based on slightly adapted rules of the well‐established European Vegetation Archive (EVA). ReSurveyEurope data are ready for use, and proposals for analyses of the data set can be submitted at any time to the coordinators. Still, further data contributions are highly welcome.</jats:sec

La dynamique des hauts-marais et les paramètres écologiques qui la contrôlent : proposition d’un schéma fonctionnel et applications à la conservation

Ecological constraints on Sphagnum bog development : a conceptual model for conservation. — Sphagnum bogs cover large continental areas and may play a major role as carbon sinks. They have also great biological, historical and paleoecological values. These features led to a large amount of research and publications, especially conceptual and numerical models in various scientific fields. Drawing on this literature, we propose an integrated conceptual model of bog functioning. The model is built on 8 basic assumptions acting at two scales : the ecosystem as a whole, the bog or mesotope and the microforms, the elementary systemic units. Five kinds of ecological constraints driving the ecosystem are defined too. Based on the assumptions, the constraints and bibliographical data, thresholds and positive and negative feedbacks are elucidated. The negative feedbacks controlling the development and homeostasis of the ecosystem are related to the balance between the vegetation which builds the peat body, the shape of the later and the water fluxes passing through it. The positive feedback allowing the establishment and the persistence of the ecosystem is related to peat moss engineering. Four positive feedback loops can stop the peat production, and lead to the destruction of the bog. Two loops are biological processes involving trees and blue moor grass (Molinia caerulea) which spread onto the bog. The two other loops are related to soil and shape disturbance and changes in production and degradation of the organic matter. The model is especially designed to help ecological monitoring and highlights the importance of an ecological diagnostic integrating plants, soil and water fluxes. Based on this model, action plans should focus on maintaining the negative feedbacks and the peat moss engineering while stopping the unfavourable other positive feedback loops.L’importance quantitative, le rôle primordial dans le cycle du carbone et les valeurs biologiques, historiques et paléoécologiques des hauts-marais ont suscité de nombreux travaux scientifiques s’intéressant aux processus naturels ayant lieu dans ces écosystèmes. A partir de l’analyse de la bibliographie, nous proposons un schéma fonctionnel de l’écosystème. Ce schéma s’appuie sur 8 propriétés fondamentales, opérant à deux échelles, l’écosystème haut-marais et la microforme, unité fonctionnelle de base. Parallèlement 5 classes de paramètres écologiques contrôlant la dynamique de l’écosystème sont établies. L’analyse conjointe des propriétés et des paramètres met en lumière des seuils et des boucles de rétroactions qui déterminent le fonctionnement de l’écosystème. Les principales boucles de rétroaction négative qui permettent la persistance de l’écosystème se référent à l’adéquation entre les végétations à l’origine du tertre tourbeux, la forme de ce dernier, et le flux hydrique qui le traverse. La boucle positive conditionnant l’apparition, le développement ou le maintien de l’écosystème s’appuie sur l’ingénierie écologique des sphaignes. Quatre boucles de rétroaction positive induisent l’arrêt du fonctionnement et la destruction de l’édifice tourbeux ; deux sont d’origine biologique et correspondent respectivement à l’invasion des ligneux arborescents ou à celle de la molinie. Les deux autres font appel à des processus de modification de la forme de l’édifice et des logiques de production et de dégradation de la matière organique. L’utilisation du schéma fonctionnel en terme de diagnostic écologique met en relief l’importance d’une approche intégrant : les plantes, surtout les sphaignes ; le sol, par sa qualité et sa forme à différentes échelles ; et l’eau. Les objectifs prioritaires en termes de conservation sont (1) le maintien ou la facilitation des boucles négatives et celle, positive, d’ingénierie des sphaignes, (2) l’arrêt des boucles positives défavorables au fonctionnement.Goubet Pierre, Thébaud Gilles, Pétel Gilles. La dynamique des hauts-marais et les paramètres écologiques qui la contrôlent : proposition d’un schéma fonctionnel et applications à la conservation. In: Revue d'Écologie (La Terre et La Vie), tome 61, n°2, 2006. pp. 101-116

L'identification syntaxonomique dans les démarche de gestion et/ou restauration écologique en France : pour ou contre ?

International audienceUne « identification syntaxonomique » est une opération rapportant les différentes végétations présentes dans une aire d’étude à une identité syntaxonomique la plus précise possible. L’identification syntaxonomique est omniprésente dans les démarches de gestion des espaces naturels et semi-naturels dans l’hexagone, depuis la gestion des sites Natura 2000 jusqu’à celle des Espaces naturels sensibles et des Réserves Naturelles, et la demande de réalisation de cette opération par les gestionnaires et porteurs de projets est croissante. Cette omniprésence apparaît, de prime abord, entièrement justifiée, car la végétation est reconnue comme étant un très bon intégrateur des conditions écologiques, à même d’apporter des informations (certes non exhaustives, mais capitales), non seulement sur la biodiversité, mais également sur le fonctionnement écologique et sur les pressions subies par les biocénoses. Malheureusement, les outils et connaissances à disposition pour réaliser des identifications syntaxonomiques sont aujourd’hui en France insuffisants et inadaptés, et les pratiques actuelles sont grevées par une confusion majeure : elles utilisent comme seuls outils d’identification des listes d’espèces, qui sont des outils de description, non des outils d’identification autosuffisants. En conséquence, dans les conditions actuelles en France, nous défendons qu’il est souhaitable que les gestionnaires et maîtres d’ouvrage de projets de préservation/restauration évitent de faire appel à des identifications syntaxonomiques. À plus long terme, il serait évidemment souhaitable que les conditions soient réunies pour rendre possible la réalisation d’identifications syntaxonomiques rigoureuses dans les cadres susmentionnés. Pour cela, le travail d’établissement et de mise en accès libre de bases de données phytosociologiques est un chantier qui, sans être à lui seul suffisant, revêt une importance capitale